Regulao da Expresso gnica: Sistemas de regulao global

Em continuao ao tema da regulao da expresso gnica, aqui sero tratados alguns

temas cuja linha central a regulao conjunta de vrios gens do genoma. So os
chamados circuitos globais de regulao.
Existem muitos destes sistemas regulatrios e aqui foram escolhidos apenas alguns, pela
sua representatividade ou interesse atual (Regulao estrita, sistema Ntr de dois
componentes, monitoramento de densidade populacional, regulao de gens de
virulncia de V. cholerae).
Regulao da assimilao de nitrognio:
A fonte de nitrognio preferida da maioria de bactrias a amonia NH3.
Geralmente outras formas de nitrogenio reduzidas a NH3 para utilizao (Reduo
assimilativa).
Existem dois caminhos para a assimilao do nitrognio, dependendo da concentrao
de NH3 presente, baixa ou alta.
Na situao de baixa quantidade de NH3, por exemplo quando a nica fonte de N vem
de aminocidos, o seguinte caminho utilizado:
A glutamina sintetase (gen glnA) adiciona o NH3 diretamente ao glutamato, fazendo
glutamina. Esta glutamina por sua vez reage com alfa ceto glutarato, dando dois
glutamatos.
Nesta situao necessria muita glutamina sintetase.
Numa situao de alta concentrao de NH3, quando o meio contem NH4OH por
exemplo, a assimilao diferente. Neste caso a glutamato desidrogenase adiciona o
NH3 diretamente ao alfa-cetoglutarato, fazendo glutamato.
Um pouco do glutamato depois transformado em glutamina pela glutamina sintetase.
Mas aqui a quantidade de glutamina sintetizada pela glutamina sintetase, s com o
objetivo de sntese de proteina, e no para a assimilao total.
Os operons para a utilizao de nitrognio fazem parte de um regulon regulado por
nitrognio (o sistema Ntr). Este sistem similar em todos os gneros de bactrias gram
negativas.
Existe um operon glnA-ntrB-ntrC, regulado por transduo de sinal. O glnA o gen da
glutamina sintetase, necessria em maior quantidade em baixa concentrao de
nitrognio. As outras duas proteinas so proteinas regulatrias. Elas tambm vo ser
feitas em maior quantidade na falta de nitrognio.
Existe um monitoramento na clula da proporo de glutamina para alfa cetoglutarato.
Esta proporo alta quando tem bastante NH3 presente.
A regulao vai requerer NtrB, NtrC, GlnD e PII. Estas formam um caminho de
transduo de sinais. A taxa glutamina para alfa cetoglutarato afeta a atividade de GlnD,
uma enzima que pode adicionar ou retirar UMP da proteina PII.
Com baixo NH3, proteina PII est na forma PII-UMP, e com concentraes altas, s
PII.
A terceira proteina NtrB, e uma autokinase, que adiciona um fosfato a si mesmo:
NtrB~P. Autofosforilao. NtrC a quarta proteina do caminho. Esta um ativador
transcripcional. NtrB~P pode fosforilar NtrC, e quando fosforilada pode auxiliar a
transcrio de promotores do regulon Ntr.
Em concentraes baixas de NH3, fosfato transferido de NtrB~P para NtrC, que ativa
transcrio dos promotores.
Com alta concentrao de NH3, a proteina PII sem UMP se liga a NtrB e atrapalha a
fosforilao de NtrC: o regulon Ntr no ativado.
No caso contrrio, baixo NH3, fosforila NtrC, e ativa promotores.
O sistema NtrB-NtrC forma um sistema de 2 componentes, onde NtrB o sensor e NtrC
o regulador da resposta. Estes pares de proteinas so comuns em bactrias e similares
entre si.
Tipicamente a proteina sensora monitora o ambiente e se fosforila numa histidina. A
fosforilao passa depois para um aspartato da segunda proteina.
Transcrio do operon glnA-ntrB-ntrC: tem 3 promotores, somente um dependente do
sistema Ntr. Os outros 2 so dependentes de sigma 70, e um deles bem fraco.
Promotor p2 o que ativado.
Promotores Ntr utilizando sigma 54 (rpoN). Tem sinais diferentes. Ao invs de regies -
10 e -35 tem sequncias consenso em -12 e -24, e diferentes do consenso -10 e -35.
Todos os promotores conhecidos usando sigma 54 tem proteina ativadora, pertencente
famlia NtrC.
Estrutura de NtrC, vrios domnios.
NtrC se ligando a uns 100bp do promotor, chama-se UAS, upstream activator sequence,
fazendo ativao distncia.
Dois dmeros de NtrC se ligando a UAS.
Alguns outros operons induzidos pela resposta de regulao de nitrognio:
Em E. coli proteinas de degradao de arginina, ornitina, e outros compostos com
nitrognio. Proteinas de transporte de gama aminobutirato, glutamina e amonia.
Variam com a espcie bacteriana, mas geralmente envolvidos com a utilizao de outras
fontes de nitrogenio.
Outro sistema de regulao por dois componentes:
Ver artigo: Signal transduction in the phosphate regulon of Escherichia coli
involves phosphotransfer between PhoR and PhoB proteins- Makino, K, H
Shinagawa, M. Amemura, T. Kawamoto, M. Yamada & A. Nakata.(1989) J. Mol.
Biol. 210:551-559
PhoB um ativador transcricional para vrios gens que so induzidos na ausncia de
fosfato. Entre estes esto os gens phoA e pstS.
Por sua vez a proteina PhoR ativa PhoB na ausncia de fosfato e a inativa na presena
deste.
Neste trabalho eles prope que PhoR se autofosforila, depois transfere o fosfato para
PhoB, que, fosforilada, atua como indutor dos outros gens do regulon.
. O papel de PhoR catalisar a formao e quebra de fosforilao de PhoB em resposta
concentrao de fosfato do meio.
O regulon pho constituido por vrios gens envolvidos com o transporte e assimilao
de fosfato, e so regulados por vrios gens, de forma a serem expressos na ausncia de
fosfato.
A proteina PhoB se liga a uma sequncia consenso presente logo antes de vrios destes
gens.
A regulao do regulon pho por phoB requer a presena de phoR.
PhoR regula negativamente o regulon na presena de fosfato, e positivamente na
ausncia do mesmo.
Este sistema, como outros j conhecidos, denominado de sistema de dois
componentes, onde um deles, PhoR deteta o sinal, e passa uma fosforilao para o outro
componente, no caso PhoB, que vai fazer a ativao.
Neste artigo utiliza uma verso modificada de PhoR, PhoR1084, que no tem a parte
amino-terminal hidrofbica, e fica numa forma que faz com que a expresso do regulon
pho seja constitutiva in vivo.
Vai mostrar que PhoR1084 se autofosforila na presenca de ATP in vitro e transfere o
fosfato para PhoB.
Tambm mostra que PhoB fosforilada se liga melhor a sequencias consenso pho,
ativando transcrio de gens.
Teve dificuldades em purificar PhoR nativa, purificou esta forma modificada no N
terminal, e que fica na frao solvel, e no na membrana celular.
Descreve a purificao de PhoR1084, e sua autofosforilao com gama ATP.
Depois mostra que PhoB fosforilada por fosfo-PhoR1084. A reao ocorre
rapidamente, da ordem de segundos.
Por sua vez fosfo-PhoB hidrolisada dando PhoB e fosfato.
Analisa onde est ligado o fosfato em fosfo-PhoR e fosfo-PhoB. Conclui que em PhoR
est num N de uma histidina, e em PhoB num grupamento acila de glutamato ou
aspartato.
Examinou a seguir a ligao de PhoB ao promotor de ptsS, um gen do regulon pho. Este
gen tem dois locais de ligao a PhoB, um com maior afinidade e o outro de menor
afinidade.
Verificou que a fosfo PhoB se liga com muito mais afinidade aos dois stios em relao
a PhoB no fosforilada.
No sabe ainda se fosfo-PhoB muda a conformao do DNA para auxiliar a entrada da
RNA pol ou se interage com a RNA polimerase facilitando sua ligao, ou os dois.
Monitoramento de densidade populacional (Quorum sensing)
Alguns trabalhos inovadores, h uns 20 anos atrs comearam a tentar examinar as
bactrias em seu comportamento "coletivo", ou seja, no como clulas individuais, mas
o que ocorria em colnias, ou na presena de um grande nmero de clulas.
Este trabalho evoluiu para estudos que atualmente so conhecidos como de
monitoramento de densidade celular, nos quais as clulas passam a expressar novos
gens quando a densidade celular est aumentada.
Tambm se pode interpretar estes estudos como sendo sobre uma comunicao celular,
atravs de um intermedirio qumico.
Os indutores qumicos vo sendo produzidos pelas bactrias durante o crescimento de
uma cultura e vo se acumulando. So chamados de autoindutores. Quando a
concentrao do autoindutor atinge um determinado nvel crtico, alguns gens so
ativados ou inativados.
Exemplos de resposta deste tipo j foram descritas em mais de 25 espcies de gram
negativas, com enfoque ecolgico ou em associao com plantas ou animais.
Tambm vem se estudando o mesmo tipo de resposta em gram positivas. Neste caso o
indutor diferente, no sendo AHL, e sim pequenos peptdeos. Existem estudos
importantes com Staphylococcus aureus e patognese.
O sistema onde isto foi descrito pela primeira vez foi em Vibrio fischeri, um simbionte
bioluminescente de lulas.
o sistema LuxR- LuxI de Vibrio fisheri.
No caso o LuxI que sintetiza o autoindutor.
A N-acil homoserina lactona (AHL) o autoindutor neste caso e em muitos outros.
Estas moleculas tem de 4 a 14 carbonos no radical acila.
Ela feita a partir de S-adenosil metionina e proteina carreadoda de acil.
O operon lux tem 7 gens, incluindo o gen luxI (luxICDABEG) e regulado por LuxR e
duas acil homo lactonas. Uma destas feita pelo LuxI e a outra por AinS.
QSR proteins: proteinas reguladas por quorum sensing.
J encontraram diversas outras proteinas, no ligadas ao operon lux e que tambm so
induzidas em conjunto, formando um regulon.
Uma destas proteinas envolvida na colonizao das lulas. QsrP.
Outro caso bem estudado o de Pseudomonas aeruginosa, cujo estudo j tem outro
enfoque, de associao entre a bactria e o hospedeiro, levando patognese.
No caso de Pseudomonas aeruginosa temos dois sistemas de monitoramento
independentes.
P. aeruginosa considerado um patgeno oportunista, afetando pessoas
imunocomprometidas, ou ferimentos ou queimaduras.
Um sistema denominado las, tem gens lasR e lasI, com homologia a LuxR e LuxI.
Quando ativado, lasR induz varios outros gens, sendo estes gens de virulencia. Outro
sistema presente, rhl, com RhlR e RhlI, utilizando um indutor levemente diferente do
outro sistema. Outros produtos tem sua sintese aumentada atravs deste sistema.
Um sistema no ativado pelo sinal do outro.
O sistema Las ativa ainda gens envolvidos na formao de biofilmes, que uma
atividade coletiva de um grande nmero de bactrias. Os biofilmes tem caractersticas
estruturais prprias e propriedades nicas de resistncia a antibiticos por exemplo.
Ilhas de patogenicidade e exemplo de regulao de gens de patogenicidade de Vibrio
cholerae
O regulon ToxR.
Proteina ToxR regula a produo da toxina colrica CT, constituida de duas sub-
unidades, feitas pelos gens ctxA e ctxB, cujo promotor (acima de ctxA) regulado por
ToxR.
Entre diversos gens regulados por ToxR temos o toxT, cuja proteina correspondente,
age como o regulador final de muitos gens de V. cholerae, sendo muitos destes gens de
virulncia. Assim, muitos gens identificados anteriormente como regulados por ToxR,
na verdade so regulados diretamente por ToxT (que por sua vez regulada por
ToxR).Isto chamado de uma cascata regulatria.
Obs: no entanto alguns gens so realmente diretamente regulados por ToxR, tais como
os gens ctx e o gen ompU, de uma proteina de membrana externa.
A proteina ToxR uma proteina de membrana, mas tambm faz interao com DNA
para regular diretamente alguns gens.