La pelcula narra la misin de unos sacerdotes Jesuitas que se adentran al
Amazonas para convertir a los indios nativos de la selva en catlicos o por lo menos creyentes en Dios. Al principio los indgenas no permitieron a los jesuitas entrar a su territorio. Luego el padre Gabriel (que haba mandado a un jesuita que fue asesinado posteriormente por los nativos) fue hacia el lugar de los indgenas. El camino para llegar era largo y difcil, pero los jesuitas no se rendan. Cuando el padre Gabriel se encuentra cerca de los nativos empieza a tocar flauta para entablar una amistad con los nativos. El lder no est muy acuerdo con su llegada, pero los dems lo reciben interesados por su msica. l les empieza a ensear un poco de la religin. En eso, Rodrigo Mendoza (traficante de indios) asesina a un nativo solo para que se mantengan controlados. Los guaranes corren a protegerse con el padre el cual le dice a Mendoza que se largue del lugar y deje en paz a los nativos. Mendoza se va sin prestar mucha atencin a lo que dijo el jesuita. La siguiente escena es en alguna colonia portuguesa. El capitn Mendoza llega con una carga de indios para ser esclavizados. Cuando llega, mira a su novia y la saluda mientras ella est con su hermano, Federico. Le habla a Cabeza que es el traficante principal de indios. Despus su novia le confiesa que ella en realidad est enamorada de su hermano Federico. l le dice que est bien y ella le pide que no le haga nada. Luego de eso hay un carnaval en el pueblo en donde todos estn celebrando. Mendoza ve que su novia le habla a su hermano y luego se abrazan. Cuando Mendoza entra a la habitacin encuentra a su hermano con su novia en plena accin. Rodrigo reacciona muy mal y sale enojado de la casa. Su hermano lo persigue para explicarle y unos residentes ser ren de l. Mendoza les responde enojado y su hermano lo golpea dicindole que no meta a nadie ms en esto. En la pelea Mendoza asesina a su hermano y no lo pueden culpar porque fue en defensa propia. El padre Gabriel habla con l dicindole que aprecie su vida y haga algo para remediarlo. Mendoza acepta y lo sigue al lugar de los guaranes pero deber cargar toda su armadura y armas. El camino es duro para Mendoza y los padres que acompaan a Gabriel le piden que suelte sus cosas porque ya ha sufrido bastante. Pero Gabriel se resa dicindole que hasta que l crea que es suficiente lo ser. Al llegar el lder quera matarlo porque lo reconocan. Gabriel les explica y deciden no matarlo. En vez de eso cortan la soga con todas sus armas y la tiran al ro. Mendoza llora y los nativos se ren porque al principio le tenan miedo pero al ver que llora ven que no es poderoso. Los jesuitas junto con los guaranes empiezan a construir la Misin llamada San Carlos. En el transcurso Mendoza se hace muy amigo de los guaranes y construyen comedor, una capilla y vivienda para todos. Mendoza juega con los nios junto con los jesuitas. Lo hacen uno de ellos pintndolo con rayas y crculos. Adems Gabriel habla con los de la orden de jesuitas para permitirle a Mendoza ser uno de ellos. La orden accede y Mendoza pasa por un ritual para ser uno de ellos, un jesuita. Despus los jesuitas se enteran que los portugueses quieren el territorio de los guaranes debido al tratado con Espaa que esto no inclua ese territorio. La verdadera razn por la que quieren ese lugar es para esclavizar a los guaranes. Como los jesuitas estn en ese lugar no pueden acercrseles. El Papa manda a un misionero con mucha inteligencia para que escuche a los jesuitas y portugueses y decida si dejarlos en el territorio guaran o cederle el territorio a los portugueses. El cardenal llega al pueblo y es mediocremente recibido por los residentes. Don Cabeza que era uno de los que estaba a favor de esclavizar a los guaranes hablaba muy mal de los jesuitas sin saber que el cardenal fue jesuita. En la corte los jesuitas le dan razones al cardenal para que no permita que quiten el territorio. Don Cabeza tambin se defiende pero en eso Mendoza dice que lo hacen para esclavizar a los guaranes. Don Cabeza le dice que lo ha ofendido y le exige que le pida perdn a l enfrente de toda la corte. Mendoza no quiere acceder a eso pues lo que dijo fue verdad pero sin importar eso ofendi a Cabeza. Gabriel le pide que le pida perdn y Mendoza se resa. Al final el cardenal le ordena que le pida perdn. Aunque Mendoza lo hace de mala gana. Cuando Gabriel habla en privado con el cardenal le dice que lo que dijo Mendoza sobre los esclavos es cierto y que el una vez fue traficante de esclavos indgenas. De regreso a la corte, Mendoza pide perdn en pblico por la falta de respeto que cometi anteriormente aunque lo hace de un modo peculiar. Como diciendo perdn pero no del todo. El cardenal tena que tomar una decisin pero antes de eso decide ir a ver las dos misiones que llevan los jesuitas. La misin de San Miguel es la primera. El cardenal ve como tratan de bien a los indgenas y Gabriel le muestra que hay algunos indgenas con marcas de azotes en la espalda. Cabeza le dice que es necesario para los ingresos. El cardenal sigue viendo y ve como los indgenas fabrican instrumentos musicales, comida y practican canto. Adems que son cristianizados y cuidados. El dinero que gana la misin se divide por igual entre los indios y ellos para que haya libertad. Despus de esto el cardenal viaja hasta la otra misin, la que est en la selva, la misin San Carlos. El cardenal es bien recibido por los guaranes tirndole flores, haciendo bailes y celebrando su llegada. El cardenal, aunque est muy agradado por la visita, debe de decir que sedan el lugar porque si no la Corona no estar contenta con la Iglesia y puede ocasionarles problemas. Los indgenas se resan a salir de su pueblo y le dan una buena discusin al cardenal. l les dice que el rey de Portugal no quiere escuchar y el jefe de los guaranes le dice que l tambin es el rey de este lugar y no quiere escucharlo a l. A pesar de que el cardenal les dice que deben irse de ese lugar ellos rechazan la idea y estn dispuestos a pelear al lado de los indgenas, entre ellos Mendoza. Gabriel le dice que un jesuita no debe hacer eso, no deben pelear. Mendoza est dispuesto a pelear y Gabriel a quedarse hasta el final. Los soldados portugueses avanzan por la selva y aunque los indgenas se esfuerzan bastante por evitar la invasin los portugueses son ms y tienen ms armas por lo que no pueden ganar. En la batalla matan a todos los jesuitas y guaranes. Los soldados matan tambin a todo guaran que vean, inclusive las mujeres y nios. Queman toda la misin y aunque Mendoza trata de ganarles con un arma secreta los portugueses ya la haban desactivado. Al final matan a Mendoza y Gabriel y casi todos los indgenas. El cardenal aparece hablando con un portugus importante. l le dice que as es el mundo pero el cardenal le responde que el mundo no es as, somos nosotros los que lo hemos hecho as. El final de la historia se ve a los nios sobrevivientes nadando en el ro en busca de un nuevo hogar, ya que han destruido todo lo suyo. Los nios nadan corriente arriba del ro, terminando con la accin de la pelcula.
Resumen N3: Amrica, siglo XVIII. La Misin se encuadra en la jungla tropical que est por encima de las cataratas de Iguaz. All un jesuita, el padre Gabriel - Jeremy Irons-, sigue el camino de un jesuita crucificado, sin ms armas que su fe y una flauta. Al ser aceptado por los indios guaranes, Gabriel crea la Sinopsis: Un misionero jesuita del siglo XVIII, el padre Gabriel, es aceptado por los indios guaranes y crea la misin de San Carlos, en la jungla tropical sudamericana que est por encima de las cataratas del Iguaz, siguiendo el camino de un jesuita crucificado, sin ms armas que su fe y una flauta. A sus aclitos se une Rodrigo de Mendoza, hasta entonces un violento traficante de esclavos, mercenario y asesino, que encuentra su redencin entre sus antiguas vctimas, convirtindose a su vez en jesuita. Varios aos despus, como consecuencia del Tratado de Madrid, los jesuitas son convocados ante Altamirano, nombrado por el Papa para decidir sobre el destino de unas misiones que, creadas en un territorio perteneciente a la Corona Espaola, por una nueva delimitacin de fronteras, estn ahora bajo dominio portugus. Cuando Altamirano ordena a los guaranes que abandonen San Carlos, los indios deciden presentar batalla. Gabriel y Mendoza se encuentran entonces ante un terrible dilema: abandonar a los indios en su lucha o quebrantar su voto sagrado de obediencia y no violencia. Al acercarse el estruendo de los mosquetes y caones europeos, uno eleva su voz orando mientras que el otro decide empuar su espada. Resumen N2: misin de San Carlos. A sus seguidores se une Rodrigo Mendoza -Robert De Niro-, extraficante de esclavos, mercenario y asesino, que encuentra su redencin entre sus antiguas vctimas, convirtindose a su vez en jesuita. Despus de aos de luchar juntos, se ven divididos por posturas opuestas en una dramtica batalla por la independencia de los nativos. Uno confa en el poder de la oracin. El otro cree en la fuerza de la espada. La pelcula cuenta la historia del cura espaol Gabriel, quien trata de establecer una misin en la jungla cerca de las catataras de Iguaz para convertir a los guaranes al cristianismo, educarlos y protegerlos de los abusos que se cometen contra ellos. Su misin recibe un nuevo miembro, el reformado mercenario portugus, Rodrigo Mendoza, quien percibe la reduccin jesuita como un santuario y la ltima posibilidad de pedir perdn por el homicidio de su hermano. Paso a paso el ex-comerciante de esclavos se da cuenta que el cura y los guaranes no slo le han enseado una manera de hacer penitencia, sino que le han enseado tambin los valores humanos.
Mendoza y Gabriel tratan de defender a la comunidad guaran contra la crueldad de los coloniadores portugueses, Gabriel sin ms armas que su fe y Mendoza con la ayuda de su entrenamiento militar. Los dos saben que el Tratado de Madrid ha cambiado de nuevo la demarcacin entre los territorios de Espaa y Portugal, lo que significa que la misin que estaba bajo la proteccin espaola ahora est en manos de los portugueses quienes estn decididos a esclavizar a los guaranes. Adems los jesuitas reciben una orden del emisario papal, el Cardenal Altamirano, de retirarse de este territorio.
La pelcula no slo habla de los trgicos acontecimientos histricos surgidos alrededor del Tratado de Madrid de 1750, sino muestra tambin el dolor humano de los guaranes, su inocencia y belleza. Uno ve que los pocos defensores de los guaranes, quienes no estn de acuerdo con el desprecio del colonizador por los indgenas, pagan con su vida. El espectador queda con la impresin que el humanismo y el cristianismo no tiene ninguna importancia por el juego de poder entre Espaa, Portugal y Roma. Los guaranes son sacrificados sin piedad en el altar de la avaricia colonialista.