INTRODUCTION

In recent years, genetic issues have gone from rel ative obscurity to a significant emphasis in conservation
research as modern molecular techniques revolutionize our ability to delineate relationships among individuals,
populations, and species. However, some researchers have questioned the relative importance of genetic
information, stating that ecological or demographic issues may be more pressing (e.g.. Uncle 1988, Schemske et
al. 1994). As with any new field, the pendulum has swung widely as genetic techniques become part of a
repertoire of tools needed to address our ever-increasing loss of biodiversity.
We have come to recognize that overlapping stochastic and deterministic demographic, environmental, and
genetic factors contribute to population or species viability. Maintaining adequate levels of genetic di versity
within and among populations is one critical aspect to consider, yet in some cases it may be futile to be
concerned with long-term goals when habitat is being destroyed at a rate such that even short-term population
survival cannot be assured. In these extreme situations, managing for high levels of genetic diversity may take a
back seat to other concerns. However, molecular tools can be valuable as a means to plan for
Manuscript received 15 July 1995: revised and accepted 15 February 1997: final version received 16 June
1997. For reprints of this Special Feature. see footnote I. p. 359. long-term genetic diversity and for clarifying
demographic and ecological issues early in species recovery. For example. clarification of taxonomy can call
greater or lesser attention to a particular taxon, resulting in reprioritization of conservation efforts. Defining the
extent of hybridization can have a similar result. Understanding relative levels of within- and among-population
differentiation can help focus efforts on specific populations in need of recovery. Finally, defining the structure of
a population (e.g., founder relationships, rates of effective dispersal among subpopulations, and effective
population size [Acj leads to more accurate population management from the beginning of recovery efforts when
options may be the most flexible. Thus, this paper will illustrate how molecular tools have contributed to
resolving these issues in the past and the potential they hold for the future.
Historically, the field of conservation genetics has been portrayed through illustration of a few classic examples
(e.g., felids, canids, and salmonids; see Avise and Hamrick 1995). These excellent studies provide a starting
point for further studies of lesser known taxa and issues. In this paper. with full recognition of these pioneering
efforts, I will illustrate work on some lesser known taxa in an effort to broaden our perspective on the
contribution molecular genetics can make to a di versity of conservation issues. Further. I will show how
molecular work is more meaningful when carried out
USE OF MOLECULAR MARKERS IN DEFINING
SPECIES AND SUBSPECIES
Taxonomic definition
The U.S. Endangered Species Act and other endangered species programs around the world (e.g., IUCN
[International Union for the Conservation of Nature and Natural Resources)) identify and protect endangered
and threatened species, subspecies, and populations. While these designations can be controversial from an
evolutionary perspective, they can "make or break" recovery of specific species or groups because resources
allocated for their recovery often are prioritized based on their taxonomic status (e.g., Ryder 1986, O'Br ien and
Mayr 1991, Ball and Avise 1992). Conversely, recognition that a species, subspecies, or population is not distinct
from nonthreatened, closely related taxa can free resources that could otherwise be spent on more critical
needs. With new advances in molecular techniques, these ascotcments are now fairly straightforward and
inexpensive and are often the only means of resolving taxonomic issues.
One case in point is determination of species status for the endangered Kcmp's Ridley sea turtle (Lepidochelys
kempi) and olive Ridley sea turtle (L olivacea). Prior to mitochondria' DNA (mtDNA) analyses, hypotheses were
put forth that either lumped the two as one species, split them into two species, made Kemp's Ridley a
subspecies of olive Ridley, or classified Kemp's Ridley as a hybrid between loggerhead sea turtles (Caretta
caretta) and either the hawksbill (Erermochelys imbricata) or green turtle (CheIonia mydas). MIDNA analyses
indicated that the two forms were distinct from populations of other sea turtles and the mtDNA separation was
great enough for the two forms to be considered for separate protection under the U.S. Endangered Species Act
(Bowen et al. 1991).
Similarly, resolution of potential species status of Hawaiian Honcycreepers has helped clarify and concentrate
conservation efforts. DNADNA hybridization studies concluded that the ancestral form was the first passerine
to inhabit the Hawaiian islands (Sibley and Ahlquist 1982). Subsequent mtDNA analyses of four members of the
Amakihi complex (subspecies of
four members of the Amakihi complex (subspecies of Hemignathus Wrens) and two outgroup comparisons
indicated that full species status should be granted to H. v. clitoris and H. v. stejnegeri (Tart and Fleischer
1993). This separation helped lend greater credence to current conservation efforts for these taxaIn some
situations, species clarification can result in lumping previously separate groups. On the South Island of New
Zealand, two groups of rare, flightless, chafer beetles have been traditionally considered different species
(Prodontria modesta and P. bicolorata
based on a color dimorphism (Emerson and Wallis 1994). Allozyme and morphological analyses indicated that
strong geographic structuring occurred at the population level, but there was no evidence for speciation. While
lumping these two groups into one species could potentially take away from conservation focus on each, threats
from agricultural development to the single species remain critical; hence, efforts will continue as before.
A very practical use of species-specific markers is in identification of forensic material. Baker et al. (1996) used
mtDNA and a portable laboratory to identify whale and dolphin species collected from markets and restaurants in
Korea and Japan. They were able to identify 18 species of Odontates, a number of regional populations or
subspecies of baleen whales, and a previ ously unrecognized subspecies of Bryde's whale (Balaenoptera edeni).
These results have obvious law enforcement benefits as well as taxonomic implications.
Finally, while traditional phylogenetic analyses are helpful in understanding relationships among species or
higher level comparisons, little more is usually made of the results. Kmjewski (1994), however, proposed
comparing levels of biodiversity among different groups using phylogenetic measures that weight species
according to their contribution to overall genetic diversity of a clade. For example, using results from DNADNA
hybridization for crane species in the family Gruidae, he determined that the greatest single contributor to family
diversity was the Crowned Crane (Balearica pavonina) and the smallest contributor was the Common Crane
(Gras grus). He concluded that these weightings should be taken into account when species are prioritized for
conservation efforts.
Hybridization
Introgressive hybridization among closely related taxa can have serious conservation, political, and eco nomic
implications because it can have both positive (e.g., increased genetic diversity, fitness, and adaptability) and
negative (e.g., loss of genetic diversity, genetic assimilation, outbreeding depression) consequences for
population viability. However, development of new molecular techniques provides an increasingly accurate
assessment of taxonomic relationships and the history of gene flow. Most noteworthy are is-
and the history of gene flow. Most noteworthy are issues associated with hybridization within salmonids
(reviewed by Allendorf and Waples 1995. Hyman et al. 1995). In these species, there is extensive hybridization
among closely related native and non-native species. subspecies, and races. There are also problems related to
management of captive stock used to bolster wild populations. The conservation goal is to sort out this genetic
mixing to maintain distinctness of species while assuring viable populations for the future. Management of
salmonid populations influences human populations

as well. For example, the economy of local and native fishermen depends on these species, while industries such
as power and timber companies feel the impacts of conservation policies. One species at the heart of the debate
is the cutthroat trout (Salmo clarki). Aliozyme and mtDNA data indicate that hybridization between native
Cutthroat Trout and non-native species is one of the most critical factors contributing to loss of cutthroat
populations. Genetically mongrelized populations leave remaining native populations isolated from each other,
increasing the risk of extinction. Current conservation efforts focus on removing some introgressed populations
so that native populations may interbreed and prosper (Allendorf and Leary 1988, Ryman et al. 1995).
Hybridization has become a critical issue for canids as well (reviewed in Wayne 1995). In North America, debate
stirred for years regarding the status of the red wolf (Canis rufiss). The issue is whether the red wolf is a
separate species or the result of hybridization between gray wolves (C. lupus) and coyotes (C. harems). Red
wolves went extinct in the wild in 1975 and ever since a tremendous effort has been placed in conser vation
efforts to restore wild populations. Both mtDNA and microsatellite data showed that red wolves are the result of
extensive hybridization between coyotes and result of extensive hybridization between coyotes and gray wolves (Wayne
and Jenks 1991, Roy et al. 1994). Other instances of hybridization between these two species are detailed by Lehman et al.
(1991), Wayne et al. (1992). and Garcia-Moreno et al. (1996). A similar situation exists for the simian jackal (C. simensis).
the world's most endangered canid. Mtl3NA and microsatellites were used to determine that this Ethiopian wolf is a distinct
species but that hybridization occurs with domestic dogs (Gottelli et al. 1994). Molecular markers have also been used to
document additional cases of extensive canid hybridization in swift and kit foxes (Vulpes velar and V. macrotis; Mercure et
al. 1993). In each of these cases, once hybridization is defined, difficult and controversial decisions must be made regarding
whether hybrids should receive further attention and protection.
The case of the Florida panther (Fells concolor) is an unusual example in which molecular techniques helped point out
that the potential to hybridize might result in increased population viability. Molecular analyses (allozymes, mtDNA, and
minisatellites) suggest that Florida panthers have lower genetic variability than other pumas (RoeIke at al. 1993) and have
suffered from severe negative effects of inbreeding (O'Brien 1994). This has resulted in highly malformed sperm (95%) and
a dramatically increasing incidence of cryptorchidism, a heritable defect causing undescended testicles in males (Barone at
al. 1994). Since the current gene pool is clearly depauperate, plans are underway to introduce a Texas subspecies. F. c.
stanleyana. to

Florida in the hope that hybrids will be viable. This subspecies most l ikely interbred with Florida panthers in the
19th century (O'Brien 1994). While controversial, this plan would not only increase the gene pool but would
contribute to improved demographic structure of the population by increasing reproduction.
Hybridization is common among avian species (Grant and Grant 1992). but few hybrid taxa have sur faced as
significant conservation issues (although. see Avisc and Nelson 1989, Zink and Kale 1995). Perhaps the most
extensive example of avian hybridization occurs among Mallard-like ducks in the genus Anus. Here, allozyme
and/or mIDNA results suggest extensive hybridization between Mallard Ducks (A. platyrhynchos) and Black Ducks
(A. rubripes; Ankney et al. 1986. Avise et al 1990), Hawaiian Ducks (A. wyvit liana; Browne et al. 1993) and New
Zealand Grey Ducks (A. supercitiosa superciliosa; Gillespie 1985, Rhymer et al. 1994). Swamping of the non-
Mallard gene pool has occurred, in part, due to loss of habitat and behavioral dominance of male Mallards. In each
case, the result has placed the integrity of the non-Mallard species in question.
One other recent avian example lies with the recent discovery of hybridization between Northern Spotted Owls
(Strix occidentalis) and Barred Owls (S. varia) Owls (Strix occieknralis) and Barred Owls (S. varia)
in the North American Pacific Northwest (Hamer et al.
1994). The situation leading to this hybridization is
proposed to be the result of loss of old-growth habitat
used by Spotted Owls and encroachment of Barred
Owls into suboptimal Spotted Owl habitat. Currently,
RAPD (random amplified polymorphic DNA) and mi-
crosatellite analyses are being used to assess the extent
of this hybridization (S. M. Haig and T. D. Mullins.
unpublished manuscript).
Outside of the vertebrates, hybridization is rarely identified as a conservation issue. It is likely that more examples will
arise as the use of molecular techniques becomes more common and as other taxa are taken more seriously in conservation
assessments. In plants, there are a few examples where genetic analyses have been carried out to resolve conservation issues
(reviewed in Rieseberg 1991). For example, introduction of domestic herbivores on Santa Catalina Island, Cal ifornia,
caused significant decline in the Catalina mahogony (Cercocarpus trasiciae), California's rarest tree. The population,
which has declined from 40 to <7 individuals, is now also threatened with genetic assimilation via hybridization with more
common species: C. bauloides Nutt. ex T and G. var. blancheae (C. K. Schncid) Little. Allozymes indicated low genetic
diversity in C. traskiae and extensive hybridization (Rieseberg et al. 1989). Current conservation efforts include
destruction of hybrids, establishment of pure C. traskiae in several locations, and removal of non-native herbivores.

USE OF MOLECULAR MARKERS IN DEFINING
POPULATION VIABILITY
Within- and among-population genetic diversity
The partitioning of genetic diversity within and among populations is a major contribution that con-servation geneticists
can make towards evaluating population viability. Evaluation of gene flow, or lack thereof, provides an
assessment of populations that are most genetically depauperate. most fragmented, and closest or most distant
to others. This translates into identification of populations in need of new individuals, populations that could
safely donate individuals to more vulnerable populations, or populations in need of fur ther demographic or
environmental consideration. These factors are used administratively in acsessment of recovery needs, progress
towards recovery, and allocation of funds relative to other species or populations. Further, while combining
genetic results with extensive field data is the best way to evaluate population viability, at times field data
collection may be too expensive or time-consuming within a defined time-frame. In this situation, molecular
analyses can provide at least a rough evaluation of some of the issues at hand in a timely fashion
There have been numerous conservation efforts requiring quantification of gene flow (Avise et al. 1995), with
some of the most complete work carried out on endangered desert fishes of the southwest United States
(Vrijenhoek 1995), sea turtles (Bowen and Avise 1995). and whales (Baker and Palumbi 1995). Much of the work
has dealt with species that, until the development of molecular techniques, were untrackable in the wild. Efforts
are now focused on surveying additional species or taxa and on using several molecular techniques to provi de a
more comprehensive picture of their population biology and status In recent studies of vulnerable plant species,
aliozymes have been used most often in describing population structure (e.g., Godt et al. 1996, Hall et al. 1996,
Sun 1996, Young and Brown 1996). For example, within- and among-population genetic diversity was low for 19
populations of the threatened wetland herb, Helonias bullaia (H = 0.05 for the species; He = 0.03 within
populations; Godt et al. 1995). Ironically, some of the smallest populations had the highest genetic di versity.
This result was attributed to their status as relictual populations. However, since the overall result was low
genetic diversity and habitat was limited and isolated, habitat conservation measures are now being taken to
preserve the species. Similarly, a rare Hawaiian fern (Adenophorus periens), known only from one population on
the island of Hawaii, had extremely high levels of allozyme diversity relative to two more widespread congeneric
species (Ranker 1994). In this case, more pressing concerns such as adverse effects (Campanulaceae; Lesica- et
al:1988) or in Lifer; ris fernanderiona from volcanic emissions were considered proximate threats to the species,
regardless of their genetic status. Plans are now underway to transplant some individuals away from danger.
No allozymc diversity was found in the rare northwest North American aquatic plant Howe/ha aquaticus
fernanderiona Phil., a plant found on the Juan Fernandez Islands of Chile and the only member of the family
Lactoridaceae (Crawford et al. 1994). A more geneti cally comprehensive study of the endangered, endemic
Santa Cruz Island bush mallow [Malacothamnus fasciculatus (Nutt.) Greene var. nesioticus) utilized aliozymes,
RAPDs, and ribosomal DNA to evaluate its status relative to other varieties within the species (Swensen et al.
1995). The two populations had unique RAPD and allozyme alleles, rendering them different from the other
varieties. Further, the only genetic di versity within either population was detected by rDNA analyses. Based on
this low genetic diversity and ecological threats to their limited habitat, plans are now proceeding to protect the
variety by fencing individuals and implementing controlled burns to allow resprouting from root stocks.
A similar approach involving RAPDs has been used to evaluate translocation strategies for Corrigan greyillea
(Grevillea scapigera A. S. George), a woody perennial from western Australia (Rossetto et al. 1995). Pushed to
the brink of extinction due to massive habitat loss, the species has been reduced to four populations with a total
of 27 plants. RAPD data indicated little difference among populations, thus it was concluded that translocations
would not result in negative genetic effects. RAPD data were also used to identify variable individuals to be used
for recovery efforts.
Minisatellite DNA, RAPDs and allozymes have also been used to evaluate translocation options for the en-
dangered Red-cockaded Woodpecker (Picoides borealis), a species suffering from habitat fragmentation of old-
growth pine in the southeastern United States Minisatellites were used to identify population structure in a small
South Carolina population in need of translocation so that a subsequent population viability analysis could
estimate the number of individuals needed to maintain a stable population (Haig et al. I993a, b). Choosing
potential donor populations was carried out using RAPDs and allozymes. Results from both techniques, sampling
similar populations throughout the species range, did not detect significant differentiation among local
populations (Stangel et al. 1992, Haig et al. 1994a). However, significant population differentiation was apparent
(high FsT) when distant populations were compared (Haig et al. 1996). Thus, it was recommended that birds
could be moved among local populations if donor populations could withstand the loss and habitat conditions
were similar between the


MOLECULAR TECHNIQUES IN ECOLOGY
Two populations. Movements between regions were discouragcd due to greater genetic differences among distant
populations.
The threatened black rat snake (Sap/re o. obsoleta) and eastern Massasauga rattlesnake (Sistrurus C. Ca-
tena:us) have both suffered extreme population fragmentation in Canada in recent years due to habitat loss.
However. estimates of nucleotide diversity within populations and sequence divergence between populations
were derived from RAPD data and suggested that populations were not genetically differentiated in either
species (Gibbs et al. 1994). Since population fragmentation has been recent, genetic factors may not be im-
portant to address at this time and future efforts can focus on other factors affecting species viability.
Similarly, amphibian populations are suffering decline in many parts of the world (Blaustein et al. 1994).
Concern over the status of isolated northern leopard frog (Rana pipienS) populations in Utah and Arizona led
Kimberling et al. (1996) to investigate genetic distance among populations using RAPDs. They found significant
population differentiation and reduced genetic diversity in several of these populations. These populations are
now under consideration for better protection.
Mitochondria] DNA (mtDNA) variation has also been used as a means of quantifying within- and among-
population diversity. The utility of these markers is somewhat controversial due to maternal inheri tance and
other factors (reviewed in Moritz 1994. Avise 1995), yet mtDNA appears suitable in situations wher e there is
distinct philopatry along matrilineal lines or where populations are somewhat sedentary. One helpful example is
the case of the endangered eastern barred bandicoot (Perameles youth). a species confined to Tasmania and a
city park in Hamilton. Australia. No genetic diversity was resolved within or among these populations using
allozymes (Sherwin et al. 1991). RFLP (restriction fragment length polymorphism) analyses of mtDNA indicated
high variability within the Hamilton population and none in the Tasmanian population (Robinson 1995). RFLPs
also distinguished animals from east and west Hamilton, as well as north and south Tasmania. MONA sequence
divergence between the Tasmanian and Hamilton populations was high (8.21%). Thus, recommendations for
recovery of the Hamilton population did not include introduction of Tasmanian animals and strategies were
designed to reduce inbreeding.
The future in defining population structure clearly
lies in further development and use of microsatellites (see Parker et al. 1998). One of the first microsatellite
studies to address interpopulation differences was carried out on black bears (Ursus americanus) at three
national parks in Canada (Paetkau and Strobek 1994). While allozyme studies of black bears had concluded
T hat there was low genetic diversity and effective population size (Wathen et al. 1985), two of the three pop-
ulations sampled with microsatellites had heterozygosity values that were an order of magnitude higher than the
highest values reported from allozyme work. A similar approach was used for population studies of polar bears
(U. maritimus). Use of microsatellites revealed differentiation among populations as well as populations with
limited gene flow (Paetkau et al. 1995). In both cases, the increased number of variable loci found in
microsatellites greatly increased the detail with which populations could be described and differ entiated, thus
providing better resolution for identifying genetically depauperate populations.
A more detailed microsatellite study involves identifying genetic diversity following a severe bottleneck in
koalas (Phascolarctos cinereus) in Australia (Houlden et al. 1996). Some populations had much lower genetic
diversity than others. These animals have been translocated to a number of sites since the 1920s when the
bottleneck occurred, but often the new populations were founded by only a few individuals. This has resulted in
some populations having low genetic diversity. Management strategies will have to be altered to reduce this
trend.
Finally, one avenue of research that has not been well explored is the idea proposed by Avise (1992) regarding
ecosystem-level analyses of the effect of habitat fragmentation on a number of populations for a number of
species and taxa. His work in the southeastern United States has illustrated how patterns of habitat
fragmentation can have similar effects on populations from widely varied taxa. Current efforts in the Pacific
Northwest to address similar questions raised by President Clinton's Northwest Forest Management Plan are
underway, starting with amphibians and birds (S. M. Haig, R. S. Wagner, and T. D. Mullins, unpublished data). In
the Northwest. this approach represents not only an implementation of the Southeastern model but also an
attempt to characterize many species of concern listed in the Northwest Forest Plan. Because traditional field
work yields little information regarding population structure and status for many of the more cryptic, aquatic, or
subterranean species, they would most likely go unrecognized without some genetic sampling to address these
issues.
Population and race-specific markers
One often overlooked contribution molecular techniques can make in conservation efforts is the potential
to identify population- or race-specific markers. While these markers do not confer information directly re-
garding population status or viability, the ability to track movements of genes or individuals over great
geographic distances and throughout the annual cycle can be critical for understanding migration patterns and
habitat needs, dispersal patterns. mctapopulation structure, and regulatory issues such as illegal harvesting.
Some of the best examples to date are from marine species where data on annual migration patterns have
allowed more comprehensive habitat protection measures to be implemented.
The humpback whale (Megaptera novaeangliae)has a worldwide distribution but has plummeting populations
due to overharvesting. Each year. individuals from six subpopulations or stocks migrate over 10 000 km round-
trip from summer feeding areas in high latitudes to winter breeding and calving grounds in low-latitude waters
(Baker et al. 1994, Baker and Palumbi 1995). Variation in mtDNA restriction types among these subpopulations
was used to identify distinct sub-populations. migration movements, and mixing of genetically distinct
subpopulations in feeding areas (Baker et al. 1990). This potential subpopulation mixing contributes to our
understanding of gene flow and effective population size for the species, as well as strategies for habitat
conservation.
The green turtle is another endangered marine species whose movements were unknown until molecular
markers shed some light on population structure and dispersal (reviewed in Bowen and Avise 1995). Their long
life span, long time to sexual maturation, long migration distance, and the difficulty of monitoring individuals left
biologists in a quandary over population structure and status. Further, green turtles, like other marine turtles,
use nesting beaches that are often
thousands of kilometers from their feeding areas, making it difficult to determine their breeding distributions.
MtDNA genotypes have recently been shown to be population specific when populations are defined by their
breeding beaches (Norman at al. 1994). These markers were not individual specific, but were specific enough to
natal populations to provide an understanding of the genetic origins of individuals at feeding sites in the
nonbreeding season.
Identification of run-specific markers in chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) from the Sacramento
San Joaquin River Basin in the Central Valley of California presents an interesting conservation di lemma (Nielsen
ct al. 1994): fish in winter runs are protected as endangered species, but some of the races in the spawning
runs are not. MtDNA markers were established for the spawning runs to facilitate identi fication of fish from
winter runs. Now that markers are available and winter population st ructure can be assessed, further spawning
runs may be protected. Recent analyses of single-locus minisatellite markers have further distinguished among
chinook populations in British Columbia (Heath et al. 1995). These markers may be applicable to other chinook
populations, as well.
Migratory birds present a problem similar to marine species with regard to understanding annual move-
malts and population mixing. Most avian conservation efforts focus on protection of breeding sites, but rec -
ognition that birds may spend up to 80% of their time at migration and winter sites has led to renewed interest
in identifying and protecting nonbreeding areas. For endangered species, identification of specific winter sites for
specific breeding populations can further focus conservation efforts for specific breeding populations. For
example, monitoring movements of the endangered Peregrine Falcon (Falco peregrinus) has been critical to
planning conservation efforts. Decline of the species was largely attributed to exposure to DDT (dichloro
diphenyltrichloroethane) and other hazardous chemicals, and understanding population-specific movements
aided in determining where toxins were picked up. Ini tially. a tandem repeat was cloned from Merlin (F.
columbarius) genomic DNA that resulted in highly polymorphic restriction patterns in Peregrines. This lead to
development of population-specific markers that differentiated Greenland and Argentina populations (Longmire
et al. 1988). Then the minisatellite probe M13 was used to identify fragments only present in female Peregrines.
One of the sex-linked fragments also proved to separate individuals from F. p. tundrius (breeds in Alaska) and F.
p. anatum (breeds in northern Mexico) when the subpecies mixed on migration (Longmire et at 1991). Further
work on these markers will provide a more complete picture of falcon movements.
In a broader sense, RAPD markers are being used
to track movements of shorebird (Order: Charnels& iformes, Family: Chamdriidae)populations throughout the
annual cycle (Haig et al. 1997). Because conventional bind-banding has limited applicability when so few birds
are rcsighted, development of molecular markers could be a far more effective means of tracking populations
throughout the annual cycle. In a survey of nine species, population-specific RAPD markers were found in Dunlin
(Calidris &pasta). Hudsonian Godwit (linsosa haemastica). and Semipalmated Sandpipers (C. semipalmatus).
Markers identified for Iludsonian Godwits strongly suggested either a new population or migration route. Given
the tenuous status of this species, these results are now being investigated by field workers. Of additional
interest, however, was calculation of a relative probability of assignment of individual birds to population
sampled. These probabilities were most helpful in assigning population origin in Hudsonian Godwits,
Semipalmated Plovers (Charadrius semipalmatus), Pectoral Sandpipers (Cal idris melanotos), and Dunlin. They
were least informative in Red-necked Phalaropes (Phalaropus lobatus). Not surprisingly, these results mirrored
levels of population differentiation and dispersal tendencies. This work is now being carried out on the
endangered Piping Plover (Charadrius melodist), for which some
breeding populations continue to decline in areas that should be stable. However, because many winter sites are
declining or of poor quality, it may not be a breeding site problem. Thus, if markers can identify the breeding
origin of winter birds, their success in winter can be traced to breeding population status and vice versa. This
might change the focus of habitat protection activities to include winter sites.
Identification of population structure
Over 20 yr ago, we became aware of the potential role molecular markers could play in assessing population
structure (i.e., genetic diversity, effective size, inbreeding. etc.) and status when Bonne11 and Selender (1974)
used allozymes to examine genetic diversity in breeding colonies of northern elephant seals (Mirounga
angusiirosiris). In their landmark paper, they reported no polymorphisms were found in the 24 loci examined
(reconfirmed by bezel et al. 1993) and concluded that this lack of hcterozygosity might be attributed to pop-
ulation reduction due to years of hunting in the 1800s. Little attention was paid to these issues until 5 yr later
when Rails et al. (1979) began investigating the potential detrimental effects of inbreeding in small populations
of captive ungulates. Subsequently. O'Brien et al.'s (1983) use of molecular markers pointed to lack of genetic
diversity and subsequent decline in the cheetah (Aeinonyx jubeaus). From this point on, conservation biologists
have been quick to recognize the util ity of molecular techniques in quantifying and evaluating the interrelated
factors that may affect population viability.
Traditionally, allozymes have been used to assess population structure (conservation applications reviewed in
Avise et al. 1995). While these techniques are straightforward, often little variability i s detected (particularly in
birdsBarrowclough 1983). For some organisms, however, allozymes can still render critical information in a
simple fashion, especially when linked with ecological or demographic information. In Wyoming, for example,
bighorn sheep (this eanadensis) have declined from over 150 000 individuals to <7000 in 70 yr. Allozyme
sampling of this population indicated that horn growth was significantly higher (up to 13%) in more
heterozygous adult rams than in less heterozygous adult rams (FitzSimmons et al. 1995). Since hunting these
sheep involves selective removal of large-horned rams, status of the population may be further threatened if
these animals continue to be removed.
Several recent papers have illustrated that interpretation of heterozygosity and allelic diversity resulting from
allozyme studies needs further attention (Leberg 1992). In cotton-top tamarins (Saguinus oedipus), an
endangered primate from Colombia, a survey of 21 loci in 106 captive individuals resulted in average hctero-
LOT to WHY CLIIILIIIIIJIIS WIICHa LCIIIMPLIMAILM
zygosity of 1% (Cheverud et al. 1994). However, body mass was found to be significantly heritable (h2 35%).
Thus, low levels of genetic diversity based on molecular markers did not correspond to a lack of quantitative
genetic variation in this important character. It is likely that most important life history traits associ ated with
fitness are also polygenic, quantitative traits (Storfer 1996). For these tamarins. results suggest there might be
sufficient genetic variation that would provide for adaptation to wild conditions when a reintroduction program is
initiated despite their low protein polymorphism. Additional molecular studies using micro-satellites may provide
greater insight into this issue.
Concern over interpretation of allozyme data as it relates to population structure, particularly in conser vation
situations, led Hartl and Pucek (1994) to more closely examine the relationship between heterozygos ity (H) and
percentage of polymorphic loci (P) in their study of a severely bottlenecked population of European bison (Bison
bonasus bonasus) in Poland's Bialowieza Primeval Forest. They examined these two factors in their population
and for similarly bottlenecked Artiodactyla species or populations. Their allozyme survey of 69 presumptive bison
loci not only indicated low average heterozygosity (H = 1.2%), but this value was three times lower than results
from a previous survey of 20 loci (H = 3.5%), which had concluded their status was not of concern (Gebczynski
and Tomaszewska-Guszlciewicz 1987). Data from other Artiodactyla indicated that the percentage of polymor -
phic loci was the only factor that appeared significantly reduced in genetically bottlenecked species/popula tions.
Further, heterozygosity was only useful as an indicator of overall genetic variability in nonbottlenecked
species/populations. These results led them to suggest that genetic depletion should be considered by examining
the ratio of H:13 and variance of H among a number of loci.
Recent isolation of hypervariable DNA loci, such as microsatellites or minisatellites, has revolutionized our ability
to identify population structure. For example, DNA fingerprints can be helpful indicators of changes in genetic
diversity over short periods of time. In Guam Rails (Rallus owsoni), flightless birds formerly endemic to the
Pacific island of Guam, DNA fingerprints, allozymes. and pedigree analyses were used to examine potential loss
of genetic diversity after the birds had been extirpated from the wild and were maintained in captivity (Haig and
Ballou 1995). Using the pedigree as a guide, fingerprinting indicated a 6% increase in DNA similarity (i.e..
decrease in diversity) between the 21 founders of the captive population and t he captive population 4 yr later (n
= 105). Interestingly. allozymc data also indicated a 6% loss of hetcrozygosity in a similar comparison. Further.
DNA similarity was high for the founders (S = 0.62) and subsequent population
(S = 0.64), while allozyme heterozygosity was average (0.03) relative to other avian species. Thus, both tech-
niques measured similar levels of change between subsequent generations but differed in levels of variability
measured. Population managers interpreted these results to indicate the captive population structure needed to be
carefully managed so as not to lose further diversity.
Estimating levels of DNA similarity in highly social alpine mannots (Marmara marinate) led to discovery of a
past population bottleneck (Rassmann et al. 1994). Low levels of DNA fingerprint polymorphisms were detected
in the Bavarian Alp population at Berchtesgadcn National Park. Subsequent analyses did not indicate abnormally
low mutation rates. Further, population estimates were fairly high and dispersal widespread. An explanation for
these results was finally proposed when heterozygosity and effective population size were estimated from
population and DNA fingerprint data. Effective population size was at least an order of magnitude lower than
what was predicted from other populations. After considering the possibility of a social system leading to
inbreeding. Rassman et al. (1994) concluded that, rather, the population had undergone a drastic reduction in
number of breeding pairs in the past. This reduction was attributed to significant losses during harsh winters.
More specific assessments of effective population size can be made once the mating system is identified. In the
endangered and cooperatively breeding Red-cockaded Woodpecker. DNA profiles were used to identify parents
in several populations (Haig et al. 1993a, 1994c). Lack of evidence for extra-pair fertilizations (suspected from
helpers) led to reassessment of effective population size estimates and progress towards achieving recovery
goals based on N. Thus, helpers could not be counted in estimates of breeding birds (as had been done
previously). These results were a significant contribution to a subsequent population viability analysis that
evaluated various options for augmenting population growth in a small woodpecker population in South Carolina
(Haig et al. 19930. They are also being used in re-evaluation of the species recovery objective.
Population analyses using microsatellites are in their infancy, but the technique holds great potential for more
accurate assessment of population structure. One excellent example of its potential use in conservation genetics
is Taylor ct al.'s (1994) work on the decline mtDNA and minisatellite DNA techniques were used or the nort hern
hairy-nosed wombat (Lasiorhinus krefftiO, a species on the brink of extinction in Australia. Of three known
colonies for this species, two went extinct about 1910 as a result of human activities. The third colony,
discovered in 1939, may have numbered several thousand individuals in pre-European times, but only 20-30
individuals were found. Initially, both to evaluate population structure in the remaining colony, in some tissue
recovered from the extinct colonies, and in the closely related southern hairy-nosed wombat (L. latifrons).
Neither technique yielded much variation among colonies. However, microsatellite variability indicated the extant
colony retained 41% heterozygosity and 36% allelic diversity relative to the southern hairy-nosed wombat.
These values correspond with an effective population size of <10 individuals over the past 120 yr. While these
values are startlingly low, the population persists, giving hope for improved viability in the future.
Perhaps the newest genetic system to be evaluated for its relevance to population structure and conservation
genetics is the major histocompatibility complex (MHC; Hedrick 1994). MHC gene products, used to identify
potentially harmful foreign antigens, are extremely polymorphic. Studies to elicit population structure using MHC
are just beginning (Schreiber and Ti chy 1992). They have been used to describe genetic variability in populations
of Swedish moose (Aires alas; Ellegren et al. 1996) and beluga whales (Delphi nopterus leucas; Murray et al.
1995). As this technique is further developed, there are suggestions that captive or small populations should be
designed to focus on allelic diversity in MHC genes (Hughes 1991). This controversial idea has been hotly
debated as the function of specific genes is not known, hence managing for these genes would have unknown
consequences (e.g.. Gilpin and Wills 1991, Miller and Hedrick 1991, Vrijenhoek and L,eberg 1991, Hedrick and
Miller 1996). Most likely we will need some concrete examples from known populations prior to rendering
judgment on this hypothesis. In the meantime, MHC polymorphisms may prove to be useful in evaluating specific
population problems such as their susceptibil ity to disease.
Identification of unknown individuals
While characterization of general population structure is an important step in evaluating population viability.
often the relationship among some individuals in the population is not known. In many cases, this may not be a
problem, but in small and/or captive populations where each individual's contribution to past and future genetic
diversity is critical, knowledge of !elatedness is essential. For example, identification of relatedness among
founders to a wild, translocated. reintroduced or captive population will help guide future population
management. In some cases, identification of parentage alone will provide greater understanding of population
structure. For example, pedigree relationships were derived for captive Waldrapp Ibises (Geronticus eremita) by
comparing DNA fingerprints from each captive individual with each potential
mother-father pair (Signer et al. 1994). Using this approach, parentage was deduced for 29 of 33 birds. At that
point, bird pairings could then be chosen so that their offspring woul d represent as diverse a population as
possible.
Deriving more complex relatedness information has stymied scientists for years. In most cases, allozyme and
mitochondrial data do not provide the detail necessary for such fine-tuned analyses. Minisatellites have been a
great step forward, but analyses can still be problematic due to overlapping DNA similarity values for some
degrees of relatedness and difficulty in scoring across autoradiograms. Microsatellites provide the best resolution
to date, but have not been tested extensively (but see Blouin et al. 1996). Discussed below are several novel
approaches that have proved helpful in the specific situations discussed. In all cases, note that knowledge of at
least a partial pedigree has been the backbone of the analyses.
It is now becoming fairly well accepted that a significant relationship exists between minisatellite DNA
similarity and relatedness values calculated from most pedigrees of wild or captive individuals (e.g.. Gilbert et at
1991, Haig et al. 1993,1994b, c, 1995, Rave et al. 1994). The exception may be in pedigrees with highly inbred
animals (Butler et al. 1994). Establishment of this relationship allows further hypotheses to be tes ted regarding
individual relationships. For example. in Guam Rails and Micronesian Kingfishers (Halcyon cinnamomina
cinnamomina; Haig et al. 19946,1995), rel
Cu lenrutims. IIMIVILM7/1 IcIattOnsmps. rw. CAMIIIJIC. in
Guam Rails and Micronesian Kingfishers (Halcyon cin-
namomina cinnamomina; Haig et al. 1994b, 1995), rel -
ative relatedness among founders to their respective
captive populations was determined by testing, via re-
gression, various hypotheses regarding possible found-
er relationships. In both species. the most helpful hy-
pothesis incorporated use of UPGMA (Unweighted
Pair Group Method Analysis) cluster analyses of in-
dividual similarity values among all founders calibrat-
ed to known relatedness/similarity values from the re-
mainder of the pedigree. Once the population structure
was determined, captive pairings could be made that
minimized mean kinship in captive and newly intro-
duced populations.
Hypothesis testing was also used in deriving relatedness among several unknown captive Rothschild's Mynahs
(Leucopsar rothschildi), an endangered species for which population management program was just beginning.
Ashworth and Parkin (1992) used simple and multiple regression to examine the relationship (slope) between
similarity and relatedness for various hypotheses potentially explaining the relationship among unknown birds. A
more accurate, but complex approach was used by Geyer and Thompson (1995) to estimate founder relatedness
among captive California Condors (Gymnogyps californianus). Their use of maximum likelihood estimates
appears to make optimal use of all DNA similarity data, but is computationally com plex and realistically
impractical for pedigrees larger than 20 individuals. Finally, the potential for two previously unknown wild
Speke's gazelles (Casella :peke to be considered as additional founders (i.e., unrelated to the remaining
population) to the extremely inbred captive population was evaluated by estimating relatedness between the
new animals and captive founders using a permutation test on all pairwisc DNA similarities (Butler et al. 1994).
The wild individuals were determined to be unrelated and they have now added new, desperately needed genes
to the captive population.
Analysis of microsatellites is just beginning to make a contribution in individual identification. In long-finned
pilot whales (Globicephala melas), identification of pod members via microsatellites revealed that pod structure
is made up of single extended families often containing >100 individuals (Amos et al. 1993). That is, offspring of
neither sex disperse, yet inbreeding is not a factor. Matings occur between members of different pods when
pods happen upon each other. This remarkable social system allows males to help related females, increasing
their inclusive fitness, without introducing inbreeding within the pod. The conservation implications for this and
any other species with a similar social organization are daunting. If there is little or no movement between pods,
as many pods as possible must be conserved to maintain existing genetic diversity.
CONCLUSIONS
In this paper, recent case studies illustrated how molecular tools can be used to address specific conservation
issues. Studies that used several molecular techniques to address related questions provided a more definitive
assessment of an issue than those that used only one technique. Molecular techniques also provide insight into
the role of individuals in a population, relationships among populations, and differences among species. The
greatest understanding of molecular information will come, however, when it is used in conjunction with
ecological, demographic, behavioral, and physiological data collected in the field. In the future, the rapid
evolution of new molecular techniques will enable workers to identify individuals and population structure with
great resolution, and potentially to trace the effects of factors such as disease (via MHC) on population viability.
ACK NOWLEDGMIINTS
thank P Parker for inviting this paper. D. Simberloff for encouraging me to think more broadly about the
relative importance of genetic issues in conservation, and J. Ballou for expanding my vision of conservation
genetics to include pedigree analyses. P. Kareiva, T. Mullins, P. Parker. A. Snow, and S. Wagner provided helpful
comments on the paper.













INTRODUCCIN
En los ltimos aos , los problemas genticos han pasado de rel oscuridad ativa a un nfasis significativo en
la conservacin cin de investigacin como las tcnicas moleculares modernas revolu tionize nuestra
capacidad para delinear las relaciones entre los individuos en , poblaciones y especies. Sin embargo , los
investigadores algunas re han puesto en duda la importancia relativa de la informacin gentica ,
afirmando que las cuestiones grficas de demostracin ecolgica o pueden ser ms de presin ( por
ejemplo, el to 1988 , Schemske et al. 1994 ) . Como con cualquier nuevo campo, el dulum pluma ha
oscilado ampliamente tcnicas genticas se convierten en parte de un repertorio de herramientas necesarias
para hacer frente a nuestra creciente prdida de biodiversidad.
Hemos llegado a reconocer que los factores demogrficos , ambientales y genticos estocstico y
deterministas historias superpuestas contribuyen a la poblacin o viabilidad de las especies . Mantener
niveles adecuados de diversidad gentica di dentro y entre poblaciones es un aspecto fundamental a
considerar, sin embargo, en algunos casos, puede ser intil preocuparse por objetivos a largo plazo cuando el
hbitat est siendo destruido a un ritmo tal que la poblacin incluso a corto plazo la supervivencia no se
puede asegurar . En estas situaciones extremas , el manejo de altos niveles de diversidad gentica puede
tomar un asiento trasero a otras preocupaciones . Sin embargo , las herramientas moleculares mo pueden
ser valiosos como medio para planificar
Manuscrito recibido el 15 de julio 1995 : revisado y aceptado 15 de febrero 1997 : versin final recibi el 16
junio de 1997. Para las reimpresiones de esta caracterstica especial . vase la nota I. p. 359 . a largo plazo la
diversidad gentica y para aclarar las cuestiones demogrficas y ecolgica a principios de recuperacin de la
especie . Por ejemplo . aclaracin de la taxonoma puede llamar en mayor o menor atencin a un
determinado taxn , lo que resulta en nuevas prioridades en los esfuerzos de conservacin . Definicin de la
extensin de la hibridacin puede tener un resultado similar . Un prensin niveles relativos de dentro de - y
entre -pop diferenciacin blacin puede ayudar a centrar los esfuerzos en las poblaciones que necesitan la
recuperacin. Por ltimo , la definicin de la estructura de una poblacin (por ejemplo , las relaciones
fundadoras , las tasas de dispersin efectiva entre las subpoblaciones , y el tamao efectivo de la poblacin [
Acj conduce a la gestin de la poblacin ms precisa desde el comienzo de los esfuerzos ery recu cuando las
opciones puede ser la ms flexible. As , este artculo ilustrar cmo las herramientas moleculares han
contribuido a la solucin de estas cuestiones en el pasado y el potencial que tienen para el futuro.
Histricamente , el campo de la gentica de la conservacin ha sido retratado a travs de la ilustracin de
algunos ejemplos clsicos (por ejemplo, flidos , cnidos, y salmnidos ; ver Avise y Hamrick 1995 ) . Estos
excelentes estudios proporcionan un punto de partida para estudios posteriores de los taxones y las
cuestiones menos conocidas . En este trabajo . con pleno reconocimiento de estos esfuerzos pioneros , voy a
ilustrar el trabajo sobre algunos taxones menos conocido en un esfuerzo por ampliar nuestra perspectiva
sobre la contribucin gentica molecular pueden hacer a una diversidad di de temas de conservacin.
Adems . Voy a mostrar cmo el trabajo molecular es ms significativa cuando se lleva a cabo
USO DE MARCADORES MOLECULARES EN LA DEFINICIN
Especies y subespecies
definicin taxonmica
La Ley de Especies en Peligro de EE.UU. y los programas de especies Amenazadas otra endan todo el mundo
(por ejemplo , la IUCN [ Unin Internacional para la Conservacin de la Naturaleza y los Recursos Naturales) )
identificar y proteger endan digitado y especies amenazadas , subespecies, y las pobla ciones . Si bien
estas designaciones pueden ser objeto de controversia desde una perspectiva evolutiva , pueden " hacer o
deshacer " la recuperacin de las especies o grupos especficos ya que los recursos asignados para su
recuperacin a menudo son anteriores itized en funcin de su estatus taxonmico (por ejemplo , Ryder
1986 , O'Brien y Mayr 1991 , Ball y Avise 1992 ) . Por el contrario , el reconocimiento de que una especie ,
subespecie o poblacin que no es distinto de no amenazadas , los taxones estrechamente relacionados
puede liberar recursos que podran dedicarse a atender necesidades ms crticas. Con los nuevos avances en
las tcnicas moleculares , estos ascotcments ahora son bastante sencillas y de bajo costo y son a menudo el
nico medio de solucin de los problemas taxonmicos.
Un ejemplo de ello es la determinacin de la condicin de las especies de Ridley tortugas en peligro de
extincin de Kcmp mar ( Lepido chelys kempi ) y tortuga golfina (L olivacea ) . Antes de ADN mitocondrial "
(ADNmt ) analiza , potheses hy fu echada fuera que sea agrup los dos como una sola especie, los divide
en dos especies , hizo Ridley de Kemp una subespecie de tortugas golfina , o clasificado Ridley de Kemp como
un hbrido entre caguama tortugas ( Caretta caretta ) y, o bien la carey (Er ermochelys imbricata ) o la
tortuga verde ( CheIonia mi das ) . Los anlisis de Midna indic que las dos formas eran distintas de las
poblaciones de otras tortugas marinas y la separacin ADNmt era lo suficientemente grande para las dos
formas de ser considerados para la proteccin separada bajo la Ley de Especies en Peligro de EE.UU. ( Bowen
et al. 1991 ) .
Del mismo modo , la resolucin del potencial estado de las especies de Honcycreepers hawaianas ha
ayudado a clarificar y los esfuerzos de conservacin concentrado con . Estudios cin DNA-DNA hibridacin
concluyeron que la forma ancestral fue la primera paseriformes que habitan las islas de Hawai ( Sibley y
Ahlquist , 1982). Anlisis de ADN mitocondrial de otros cuatro miembros de los complej os amakihi (
subespecie de
cuatro miembros de las complejas amakihi ( subespecie de Hemignathus Wrens ) y dos comparaciones
indicaron que el grupo externo condicin de especie debe concederse a H. v cltoris y H. v stejnegeri (agria y
Fleischer , 1993). Esta separacin ayud a dar mayor credibilidad a los esfuerzos de conservacin actuales
para estos taxaIn algunas situaciones , las especies aclaracin puede resultar en la formacin de grumos
grupos previamente separados. En tierra el sur es de Nueva Zelanda, dos grupos de especies raras, no
volador , escarabajos chafer se han considerado tradicionalmente dife rentes especies ( Prodontria
Modesta y P. bicolorata
basado en un dimorfismo de color ( Emerson y Wallis 1994 ) . Aloenzimtica y anlisis morfolgicos indican
que una fuerte estructuracin geogrfica se produjo a nivel pop blacin , pero no hubo evidencia de
especiacin. Mientras agrupar estos dos grupos en una especie potencialmente podra quitar de enfoque de
conservacin de cada uno, las amenazas de desarrollo agrcola a las cias individuales spe siguen siendo
fundamentales , por lo que los esfuerzos continuarn como ser palestra.
Un uso muy prctico de marcadores especficos de la especie est en la identificacin de material forense.
Baker et al . ( 1996 ) utilizaron el ADNmt y un laboratorio porttil para identificar las especies de ballenas y
delfines recogidos de los mercados y restaurantes en Corea y Japn. Ellos fueron capaces de iden tificar 18
especies de Odontates , una serie de ulations o subespecies de ballenas con barbas pop regionales , y una
Previ subespecies ously no reconocidos de la ballena de Bryde (Ba laenoptera edeni ) . Estos resultados
tienen derecho obvio Forcement beneficios, as como las implicaciones taxonmicas .
Por ltimo , mientras que los anlisis filogenticos tradicionales son tiles para entender las relaciones entre
las especies o las comparaciones de nivel alto, poco ms se hace generalmente de los resultados. Kmjewski (
1994 ), sin embargo , propuso la comparacin de los niveles de biodiversidad entre los diferentes grupos
filogenticos utilizando medidas que cas spe peso de acuerdo a su contribucin a la diversidad gentica
global de un clado . Por ejemplo , utilizando los resultados de la hibridacin ADN-ADN de especies de grullas
en el fam ilia Gruidae , determin que el mayor sola buidor a la diversidad de la familia era la Coronada
Crane ( Balearica pavonina ) y el ms pequeo contribuyente fue la Grulla Comn ( Gras grus ) . Lleg a la
conclusin de que estas ponderaciones se deben tomar en cuenta cuando las especies se da prioridad a los
esfuerzos de conservacin .
hibridacin
Introgressive hibridacin entre los taxones estrechamente relacionados con la conservacin puede tener
graves , poltica y eco nmicos implicaciones , ya que puede tener tanto positivos (por ejemplo , el
aumento de la diversidad gentica, de la aptitud y adaptacin dad ) y negativo (por ejemplo , la prdida de
la diversidad gentica , ge cuencias asimilacin magntica , depresin por exogamia ) conse para la
viabilidad poblacional . Sin embargo , desarrollar cin de nuevas tcnicas moleculares proporciona una
creciente vez ms una evaluacin precisa de las relaciones taxonmicas y la historia del flujo de genes . Lo
ms notable son es
y la historia de flujo de genes . Lo ms notable son es Sues asociados con la hibridacin dentro de los
salmnidos (revisado por Allendorf y Waples 1995 . Hyman et al. 1995 ) . En estas especies , hay una extensa
hibridacin entre especies nativas y no nativas estrechamente relacionados. subespecies y razas . Tambin
hay problemas relacionados con la gestin del plantel en cautividad utilizado para reforzar las poblaciones
silvestres. El objetivo es la conservacin de resolver esta mezcla gentica para mantener la distincin de
especies sin dejar de asegurar poblaciones viables de cara al futuro . Gestin de las poblaciones de
salmnidos influye en las poblaciones humanas

as . Por ejemplo , la economa de los pescadores locales y nativas depende de estas especies , mientras que
las industrias tales como las empresas de energa y de la madera se sienten los impactos de las polticas de
conservacin. Una de las especies en el centro del debate es la trucha degollada (Salmo cl arki ) . Enzima Alio
y los datos de ADNmt indican que la hibridacin sea tre nativa Trucha de asesino y de especies no
autctonas es uno de los factores ms importantes que contribuyen a la prdida de poblaciones feroz .
Genticamente mestiza ciones po dejan restantes poblaciones nativas aisladas unas de otras , lo que
aumenta el riesgo de extincin. Act alquilar los esfuerzos de conservacin se centran en la eliminacin de
algunas de las poblaciones trogressed por lo que las poblaciones nativas pueden cruzarse y prosperar (
Allendorf y Leary 1988 , el hombre Ry et al. 1995 ) .
La hibridacin se ha convertido en un tema crtico para los cnidos , as (revisado en Wayne , 1995). En
Amrica del Norte , el debate agit durante aos sobre el estado de la (Canis rufiss ) lobo rojo . La cuestin es
si el lobo rojo es una especie separada o el resultado de la hibridacin sea lobos entre grises (C. lupus ) y
coyotes ( C. harenes ) . Lobos rojos se extinguieron en estado salvaje en 1975 y desde entonces un gran
esfuerzo se ha puesto en los esfuerzos de conser vacin para restaurar las poblaciones silvestres. Tanto
ADNmt y datos de microsatlites mostraron que los lobos rojos son el resultado de una extensa hibridacin
entre coyotes y resultado de una extensa hibridacin entre coyotes y lobos grises (Wayne y Jenks 1991 , Roy
et al. 1994 ) . Hay otros casos de hibridacin entre estas dos especies se detallan por Lehman et al. ( 1991 ) ,
Wayne et al . ( 1992 ) . y Garca -Moreno et al. ( 1996 ) . Una situacin ilar sim existe para el chacal simio (
C. simensis ) . cnido ms amenazado del mundo. Mtl3NA y mi crosatellites se utilizaron para determinar
que este lobo etope es una especie distinta , pero que la hibridacin ocurre con los perros domsticos (
Gottelli et al. 1994 ) . Los marcadores moleculares se han utilizado tambin para documentar casos
adicionales de extensa hibridacin cnido en los zorros veloces y kit ( Vulpes velares y V. macrotis ; . Mercure
et al 1993) . En cada uno de estos casos , una vez que se define la hibridacin, se deben tomar decisiones
difciles y controversiales con respecto a si los hbridos deben recibir mayor atencin y proteccin.
El caso de la pantera de Florida ( Fells concolor ) es un ejemplo inusual en el que las tcnicas moleculares
ayudaron sealan que el potencial para hibridar podra dar lugar a una mayor viabilidad de la poblacin .
Molecular Yses anales ( alozimas , ADNmt y minisatlites ) sugieren que las panteras de la Florida tienen
variabilidad gentica menor que otros pumas ( RoeIke at al . 1993) y han sufrido graves efectos negativos de
la endogamia (O'Brien 1994 ) . Esto ha dado lugar a los espermatozoides altamente malformados ( 95 % ) y
un aumento de la incidencia de forma espectacular cripta orchidism , un defecto hereditario que causa tes
culos no descendidos en los varones ( Barone et al. 1994 ) . Desde la reserva gentica actual es claramente
depauperate , hay planes para introducir una subespecie de Texas. F. c . stanleyana . a

Florida , con la esperanza de que los hbridos sern viables . Esta subespecie ms probable es que se cruzaron
con las panteras de la Florida en el siglo 19 (O'Brien 1994 ) . Mientras controver sial , este plan no slo
aumentara la reserva de genes , sino que contribuir a mejorar la ra estructura demogrfica de la
poblacin mediante el aumento de la reproduccin.
La hibridacin es comn entre las especies de aves ( Grant y Grant 1992 ) . pero pocos taxones hbridos han
sur enfrent problemas de conservacin como significativos ( puede. ver Avisc y Nelson 1989 , Zink y Kale
1995 ) . Tal vez la ms extensa ejemplo de oc hibridacin aviar curs entre patos Mallard - como en el gnero
ano . Aqu, allozyme y / o resultados sugieren Midna exten sive hibridacin entre nades reales ( rhynchos
A. laminar ) y los patos negros (A. rubripes , . . Ankney et al 1986 Avise et al 1990) , Patos de Hawai (A.
wyvit liana ; . Browne et al 1993 ) y Nueva Zelanda grises Ducks ( superciliosa A. supercitiosa ; Gillespie
1985 , Rhymer et al 1994) . . Se ha producido inundando de la reserva gentica no Mallard , en parte, debido
a la prdida de hbitat y la dominacin del comportamiento de los patos silvestres masculinos. En cada caso ,
el resultado ha colocado la integridad de las especies no silvestre en cuestin .
Otro ejemplo aviar reciente recae sobre el reciente descubrimiento de la hibridacin entre bhos manchados
septentrionales (Strix occidentalis ) y S. varia (S. varia) Bhos (Strix occieknralis ) y S. varia (S. varia)
en el noroeste del Pacfico de Amrica del Norte ( Hamer et al.
1994 ) . La situacin que lleva a esta hibridacin es
propuesto para ser el resultado de la prdida de hbitat de edad madura
utilizado por S. occidentalis y la invasin de Barred
Bhos en el hbitat del bho manchado subptima . Actualmente ,
RAPD (ADN polimrfico amplificado al azar ) y millas
anlisis microsatlites se utilizan para evaluar el grado
de esta hibridacin ( SM Haig y TD Mullins .
manuscrito no publicado ) .
Fuera de los vertebrados , la hibridacin es raramente identificado como una cuestin de conservacin . Es
probable que surjan ms ejemplos como el uso de tcnicas moleculares se vuelve ms comn y, como otros
taxones se toman ms en serio en las evaluaciones de conservacin. En las plantas, hay algunos ejemplos en
los que los anlisis genticos han sido llevadas a cabo para resolver los problemas de conservacin ( re
vistos en Rieseberg 1991 ) . Por ejemplo , la introduccin de herbvoros domsticos en la Isla de Santa
Catalina , ifornia Cal , caus disminucin significativa en el hogony Catalina ma ( Cercocarpus trasiciae ) ,
rbol ms raro de California. La poblacin , que ha disminuido de 40 a < 7 personas , ahora tambin amenaz
con ilation assim gentica mediante hibridacin con las especies ms comunes : C. bauloides Nutt. ex T y G.
var. blancheae (C. K. Schncid ) Little. Alozimas indicado bajo di versidad gentica en C. traskiae y extensa
hibridacin ( Rie Seberg et al. 1989 ) . Los esfuerzos de conservacin actuales en la destruccin incluyen
los hbridos, establecimiento de puro C. traskiae en varios lugares, y la eliminacin de los herbvoros no
nativos .

USO DE MARCADORES MOLECULARES EN LA DEFINICIN
VIABILIDAD DE LA POBLACIN
Dentro - y la diversidad gentica entre poblaciones
La particin de la diversidad gentica dentro y entre poblaciones es una importante contribucin que los
genetistas estafa conservacin pueden aportar a la evaluacin de la viabilidad blacin pop. Evaluacin del
flujo de genes, o la falta de , proporciona una evaluacin de la poblacin que son ms genticamente
depauperate . ms fragmentado , y ms cercano o ms distante a los dems . Esto se traduce en la identifi
cacin de las poblaciones en necesidad de nuevos individuos, ul ations pop que podran donar con
seguridad los individuos a las poblaciones ms vulnerables, o poblaciones en necesidad de pieles ther
consideracin demogrfica o ambiental. Estos factores se utilizan administrativamente en acsessment de las
necesidades de recuperacin , el progreso hacia la recuperacin , y la ubicacin al de fondos en relacin
con otras especies o poblaciones ciones . Adems, mientras que la combinacin de los resultados genticos
con gran cantidad de datos de campo es la mejor forma de evaluar pobla cin de viabilidad, a veces la
recoleccin de datos puede ser demasiado caro o mucho tiempo dentro de un marco de tiempo definido. En
esta situacin, los anlisis moleculares pueden proporcionar por lo menos una evaluacin aproximada de
algunos de los temas en cuestin en el momento oportuno
Se han realizado numerosos esfuerzos de conservacin re Quiring cuantificacin del flujo de genes (Avise et
al. 1995 ), con algunos de los trabajos ms completos realizados en peces del desierto en peligro de extincin
del suroeste de los Estados Unidos ( Vrijenhoek 1995 ) , tortugas marinas ( Bowen y Avise 1995 ) . y las
ballenas (Baker y Palumbi 1995 ) . Gran parte del trabajo se ha ocupado de las especies que, hasta el
desarrollo de de tcnicas moleculares , eran untrackable en la naturaleza. Los esfuerzos se centran ahora
en la topografa especies o taxones dicionales ad y en el uso de varias tcnicas moleculares para
proporcionar una imagen ms completa de su biologa de la poblacin y el estado En estudios recientes de
especies de plantas vulnerables , Alio - enzimas se han utilizado con mayor frecuencia para describir pop
estructura ulacin ( por ejemplo , Godt et al . 1996 , Hall et al . 1996 , dom 1996 , Young y Brown 1996 ) . Por
ejemplo, con en - y la diversidad gentica entre poblaciones fue baja para 19 poblaciones de la hierba de
los humedales amenazados, l lonias bullaia (H "= 0,05 para la especie; He = 0,03 dentro de las poblaciones
; . Godt et al 1995) . Irnicamente , algunas de las poblaciones ms pequeas tenan la ms alta gentica di
versidad . Este resultado se atribuy a su condicin de re poblaciones lictual . Sin embargo , ya que el
resultado global fue baja diversidad gentica y el hbitat era limitado y aisl ado, ahora se estn tomando las
medidas de conservacin de hbitat para preservar la especie . Del mismo modo, un raro helecho Ha
waiian ( periens Adenophorus ) , conocido slo de una poblacin en la isla de Hawaii, tena niveles
extremadamente altos de allozyme diversidad en relacin con dos congneres ms extendidas ( Ranker 1994
) . En este caso , las preocupaciones ms acuciantes , como los efectos adversos ( Campanulaceae ; Lesica - et
al : 1988 ) o en Lifer ; ris fer nanderiona de las emisiones volcnicas se consideraron amenazas inmediatas
para la especie , independientemente de su condicin gentica. Los planes estn en marcha para trasplantar
algunos individuos fuera de peligro .
Sin diversidad allozymc fue encontrado en la planta norte rara oeste de Amrica del Norte acutico Howe /
ha aquaticus
fer nanderiona Phil . , una planta que se encuentra en el archipilago Juan Fernndez de Chile y el nico
miembro de la familia Lactoridaceae (Crawford et al. 1994 ) . A ms genticamente camente estudio
exhaustivo de la especie en peligro , endmicas Isla Santa Cruz arbusto malva [ Malacothamnus fas
ciculatus ( Nutt. ) Greene var. nesioticus ) utilizados alio enzimas , RAPDs y ADN ribosomal para evaluar su
estado en relacin con otras variedades dentro de la especie ( Swensen et al. 1995 ) . Las dos poblaciones
tenan RAPD nico y allozyme alelos , hacindolos diferente de las otras variedades . Adems, la nica
diversidad gentica di dentro de cualquiera poblacin fue detectado por los anlisis de ADN recombinante .
En base a esta baja diversidad gentica y eco lgicas amenazas a su hbitat limitado , los planes estn
avanzando para proteger la variedad cercando las personas y la aplicacin de quemas controladas para
permitir rebrotar cin de portainjertos .
Un enfoque similar con RAPDs ha sido utilizado para evaluar las estrategias de translocacin de Corrigan gris
Illea ( Grevillea scapigera AS George), un arbolado pe rennial de Australia occidental ( Rossetto et al. 1995
) . Llevado al borde de la extincin debido a la prdida masiva de hbitat , la especie se ha reducido a cuatro
poblaciones con un total de 27 plantas. Datos de RAPD indican poca diferencia entre las poblaciones , por lo
tanto , se concluy que las translocaciones no daran lugar a efectos genticos negativos . Datos RAPD
tambin se utilizaron para identificar a los individuos de variables que se utilizarn para los esfuerzos de
recuperacin .
Minisatlite DNA , RAPD y allozymes tambin se han utilizado para evaluar las opciones de translocacin de
la pulsacin de corriente Rojo cockaded en Amenazadas ( Picoides bo realis ), una especie que sufren de la
fragmentacin del hbitat de pino viejo - crecimiento en el sureste de Estados Unidos minisatlites se
utilizaron para identificar la poblacin estruc tura en una pequea poblacin de Carolina del Sur en la
necesidad de la translocacin de modo que un anlisis de viabilidad poblacional posterior pudo estimar el
nmero de individuos necesitan para mantener una poblacin estable ( Haig et al. I993a , b). La eleccin de
las poblaciones potenciales donantes se llev a cabo usando RAPDs y aloenzimas . Los resultados de ambas
tcnicas, el muestreo de poblaciones similares en toda la gama de especies, no detectaron importantes
ciacin diferenciacin entre las poblaciones locales ( Stangel et al. 1992 , Haig et al. 1994a ) . Sin embargo,
la significativa poblacin diferen ciacin era evidente ( alta FST ) cuando se compararon ulations pop
distante ( Haig et al. 1996 ) . Por lo tanto , se recomend que las aves podan moverse entre las poblaciones
locales, si las poblaciones de donantes podan soportar las condiciones de prdida de hbitat y fueron
similares entre los


TCNICAS MOLECULARES EN ECOLOGA
Dos poblaciones. Los movimientos entre regiones eran dis couragcd debido a las mayores diferencias
genticas entre poblaciones dis tantes .
La serpiente rata negro amenazado ( Sap / re o obsoleta . ) Y el este de la serpiente de cascabel Massasauga (
Sistrurus C. Ca tena: nosotros) tienen ambos sufrieron la extrema fragmentacin de la poblacin cin en
Canad en los ltimos aos debido a la prdida de hbitat. Sin embargo . estimaciones de la diversidad de
nucletidos dentro ulations pop y la secuencia de divergencia entre las poblaciones se obtuvieron a partir
de datos de RAPD y sugirieron que ulations pop no se diferenciaron genticamente en ninguna de las
especies ( Gibbs et al. 1994 ) . Dado que la fragmentacin de la poblacin cin ha sido reciente , los f actores
genticos pueden no ser importante im abordar en este momento y los futuros esfuerzos puedan centrarse
en otros factores que afectan la viabilidad de las especies .
Del mismo modo, las poblaciones de anfibios estn sufriendo cline de en muchas partes del mundo (
Blaustein et al. 1994 ) . La preocupacin por la situacin de la rana leopardo del norte ( Rana pipiens )
poblaciones aisladas en Utah y Arizona llev Kimberling et al. ( 1996 ) para investigar dis tancia gentica
entre las poblaciones utilizando RAPDs . Encontraron diferencias poblacionales significativas y la reduccin
de la diversidad ge ntica en varias de estas poblaciones. Estas poblaciones estn ahora bajo consideracin
para una mejor pro teccin .
Las mitocondrias ] ADN ( ADNmt ) variacin tambin se ha utilizado como un medio para cuantificar dentro
de - y la diversidad entre - poblacin . La utilidad de estos res marca es algo polmico debido a tancia
materna heren y otros factores (revisado en 1994 Moritz . Avise 1995 ) , sin embargo, el ADNmt parece
adecuado en situaciones donde hay distintos filopatra lo largo de las lneas matrilineales o donde las
poblaciones son algo sedentaria. Una ayuda ful ejemplo es el caso del bandicoot barrado del este en
peligro de extincin (jvenes Perameles ) . una especie confinada a Tasmania y un parque de la ciudad en
Hamilton. Australia . Sin la diversidad gentica se resolvi dentro o entre estas poblaciones utilizando
aloenzimas ( Sherwin et al. 1991 ) . RFLP ( polimorfismo de longitud de fragmentos de restriccin ) el anlisis
de ADNmt se indica una alta variabilidad dentro de la poblacin Hamilton y ninguno en la poblacin de
Tasmania (Robinson 1995 ) . RFLPs tambin distinguidos animales de oriente y occidente Hamilton , as como
al norte y al sur de Tasmania . MONA secuencia de divergencia sea tre las poblaciones de Tasmania y
Hamilton fue alta ( 8,21 %). Por lo tanto , las recomendaciones para la recuperacin de la poblacin de
Hamilton no incluan la introduccin de animales y estrategias de Tasmania fueron diseados para reducir la
endogamia.
El futuro en la definicin de la estructura de poblacin claramente
radica en el desarrollo y la utilizacin de microsatlites (ver Parker et al. 1998 ) . Uno de los primeros
estudios de microsatlites para hacer frente a las diferencias entre poblaciones fue auto ried sobre el oso
negro ( Ursus americanus ) en tres parques nacionales en Canad ( Paetkau y Strobek 1994 ) . Mientras
allozyme estudios de osos negros haban llegado a la conclusin
Q ue hubo una baja diversidad gentica y el tamao efectivo de pop blacin ( Wathen et al. 1985 ) , dos de
los tres pobla-ciones de la muestra con los microsatlites heterocigotos tenan valores gosity que eran de
un orden de magnitud superior a los valores ms altos reportados desde allozyme trabajo. Un enfoque
similar fue utilizado para los estudios de las poblaciones de osos polares ( U. maritimus ) . El uso de
microsatlites re revelaron diferenciacin entre las poblaciones , as como las poblaciones con flujo
limitado de genes ( Paetkau et al. 1995 ) . En ambos casos , el aumento del nmero de loci variable que se
encuentra en los microsatlites aumenta en gran medida el detalle con que las poblaciones podran ser
descritos y difieren renciadas , proporcionando as una mejor resolucin para identificar cin poblaciones
genticamente empobrecidas .
Un estudio ms detallado de microsatlites implica iden tificar diversidad gentica tras un severo cuello de
botella en los koalas (dentadura cinereus ) en Australia ( Hould en et al. 1996 ) . Algunas poblaciones tenan
la diversidad ge ntico mucho menor que otros. Estos animales han sido trasladadas a un nmero de sitios
desde los aos 1920 cuando se produjo el cuello de botella, pero a menudo las nuevas poblaciones fueron
fundadas por slo unos pocos individuos . Esto tiene re sultado en algunas poblaciones que tienen sidad
baja diver gentica . Las estrategias de gestin tendrn que ser modificados para reducir esta tendencia.
Por ltimo , una lnea de investigacin que no ha sido bien explorada es la idea propuesta por Avise ( 1992 )
en cuanto a nivel de ecosistemas, los anlisis de los efectos de la fragmentacin hab itat en una serie de
poblaciones de varias especies y taxones. Su trabajo en el sur este de Estados Unidos ha puesto de
manifiesto cmo los patrones de fragmentacin del hbitat puede tener efectos similares sobre ulations
pop de muy variadas taxones. Los esfuerzos actuales en el noroeste del Pacfico para abor dar cuestiones
similares planteadas por el Plan de Gestin Forestal del Noroeste del presidente Clinton estn en marcha , a
partir de los anfibios y las aves (SM Haig , RS Wagner y TD Mullins , unpub cido de datos). En el Noroeste.
este enfoque no slo representa una implementacin del modelo del Sureste , sino tambin un intento de
caracterizar a muchas especies de preocupacin que figuran en el Plan Forestal del Noroeste . Debido a los
rendimientos del trabajo de campo tradicionales de poca informacin sobre la estructura de la poblacin y el
estado de muchas de las especies ms crpticas , acuticos o subterrneos , lo ms probable es pasar
desapercibida y sin muestreo algunos sam gentica para abordar estas cuestiones .
Poblacin y marcadores de la carrera especfica
Una contribucin a menudo pasado por alto nicas tecnologa molecular pueden hacer en los esfuerzos de
conservacin es el potencial
identificar la poblacin - o los marcadores de la carrera especfica. Mientras que estos marcadores no
confieren directamente re Grding estado de la poblacin o la viabilidad de la informacin, la capacidad de
seguir los movimientos de los genes o individuos a grandes distancias geogrficas y en todo el ciclo anual
puede ser fundamental para la comprensin de los patrones de migracin y necesidades de hbitat, patrones
de dispersin . mctapopulation estruc tura , y las cuestiones de regulacin, tales como la extraccin ilegal .
Algunos de los mejores ejemplos hasta la fecha son de especies marinas donde l os datos sobre los patrones
migratorios anuales han permitido das proteccin del hbitat ms amplio mea a implementar.
La ballena jorobada ( Megaptera novaeangliae ) tiene una distribucin mundial , pero ha desplome ciones
poblaciones debido a la sobreexplotacin . Cada ao . individuos de seis subpoblaciones o poblaciones
migran ms de 10 000 kilmetros de ida y vuelta desde las zonas de alimentacin de verano en altas itudes
lat a la cra de invierno y de paricin motivos en las aguas de latitudes bajas (Baker et al. 1994 , Baker y
Palumbi 1995 ) . La variacin en los tipos de restriccin de ADNmt entre estas subpoblaciones se utiliz para
identificar subpoblaciones distintas . los movimientos migratorios , y la mezcla de ge netically
subpoblaciones distintas en las reas de alimentacin ( Ba ker et al. 1990 ) . Este potencial subpoblacin
mezcla contribuye a nuestra comprensin del flujo de genes y ef tamao de la poblacin fective para la
especie , as como tegias estrategia para la conservacin del hbitat.
La tortuga verde es otro peligro cas especies marinas cuyos movimientos eran desconocidos hasta que los
marcadores moleculares arrojan algo de luz sobre la estructura poblacional y la dispersin (revisado en
Bowen y Avise 1995 ) . Su larga vida til , mucho tiempo para la maduracin sexual , distancia de migracin
de largo, y la dificultad de monitoreo en individuos dej bilogos en un dilema sobre la estructura de la
poblacin y el estado . Adems, las tortugas verdes, al igual que otras tortugas marinas , usan las playas de
anidacin que a menudo son
miles de kilmetros de sus zonas de alimentacin , mak ing difcil determinar sus distribuciones de cra.
Genotipos de ADNmt han sido recientemente demostrado ser especfico poblacin cuando las poblaciones se
definen por sus playas de reproduccin ( Norman et al. 1994 ) . Estos marcadores no fueron especficos
individuales , pero eran lo suficientemente especficos para las poblaciones natales para proporcionar una
entienden cin de los orgenes genticos de los individuos en los sitios de alimentacin en la poca no
reproductiva .
Identificacin de marcadores run- especfica en el salmn real (Oncorhynchus tshawytscha ) de - mento San
Cuenca del Ro de la Sacra Joaqun en el Valle Central de California presenta una interesante conservacin
di lema ( al Nielsen ct 1994 . ) : Los peces en carreras de invierno estn protegidos como especie en peligro ,
pero algunas de las carreras en las carreras de desove no lo son. Se establecieron los marcadores de ADNmt
para las carreras de desove para facilitar cacin identificacin de peces de carreras de invierno. Ahora que
los marcadores estn disponibles y estructura de la poblacin de invierno pueden ser tan evaluaron ,
adems las carreras de desove pueden ser protegidos . Recientes anlisis de marcadores minisatlite solo
locus tienen piel ther distinguido entre las poblaciones de Chinook en Brit ish Columbia ( Heath et al.
1995 ) . Estos marcadores pueden ser aplicables a otras poblaciones chinook , tambin.
Las aves migratorias presentan un problema similar a las especies marinas en lo que respecta a la
comprensin de movimiento anual
maltas y mezcla de la poblacin . La mayora de los esfuerzos de conservacin de aves se centran en la
proteccin de los sitios de reproduccin , pero recono-cimiento de que las aves pueden pasar hasta 80 % de
su tiempo en los sitios de migracin y el invierno ha llevado a un renovado inters en la identificacin y
proteccin de las reas no reproductivas . Para las especies en peligro de extincin , la identificacin de sitios
especficos de invierno para las poblaciones reproductivas especficas puede centrarse an ms los esfuerzos
de conservacin de las poblaciones de mejoramiento especficos. Por ejemplo , los movimientos de
seguimiento de la especie en peligro halcn peregrino ( Falco peregrinus ), ha sido fundamental para la
planificacin de los esfuerzos de conservacin . Declive de la especie se atribuye en gran medida a la
exposicin al DDT ( dicloro diphenyltrichloroethane ) y otros peligrosos qumi ductos qumicos , y la
comprensin de los movimientos de poblacin especficos ayudado a determinar donde las toxinas fueron
recogidos . Ini cialmente . una repeticin en tndem fue clonado de Merlin ( F. columbarius) ADN genmico
que dio lugar a patrones de restriccin altamente polimrficos en peregrinos . Esto llev al desarrollo de
marcadores especficos de poblacin que diferenciaban a las poblaciones de Groenlandia y Argentina (
Longmire et al. 1988 ) . A continuacin, la sonda minisatlite M13 se utiliz para identificar fragmentos slo
presentes en Peregrines femeninos . Uno de los fragmentos ligados al sexo tambin result individuos
separados de F. p . tundrius ( se reproduce en Alaska ) y F. p . Anatum ( se reproduce en el norte de Mxico ) ,
cuando los subpecies mixta sobre migracin ( Longmire et al 1991 ). Seguir trabajando en estos marcadores
proporcionar una imagen ms completa de mentos halcn de movimiento.
En un sentido ms amplio , se estn utilizando marcadores RAPD
para seguir los movimientos de las aves playeras ( Orden : charnels y iformes , Familia: Chamdriidae )
poblaciones a lo largo del ciclo anual ( Haig et al 1997 . ) . Porque conven cional bind- banding ha limitado
la aplicabilidad cuando se rcsighted tan pocas aves , desarrollo de marcadores moleculares podra ser un
medio mucho ms eficaz para el seguimiento de las poblaciones a lo largo del ciclo anual. En una encuesta de
nueve especies , marcadores RAPD especficos de cada poblacin fueron encontrados en Correlimos Comn
(Calidris y pasta). Godwit Hudsonian ( haemastica linsosa ) . y gaiteros Semipalmated arena ( C.
semipalmatus ). Los marcadores identificados para agachadizas Sonian Ilud sugiere fuertemente ya sea un
nuevo blacin pop o ruta de migracin . Dada la condicin frgil de esta especie , estos resultados estn
siendo investigados por los trabajadores de campo . De inters adicional, sin embargo, fue el clculo de una
probabilidad relativa de la asignacin de las aves en particular poblacin analizada . Estos proba lidades
fueron de gran ayuda en la asignacin de la poblacin o igin en zarapitos de pico recto , Semipalmated
chorlo ( Charadrius semipalmatus ), pectorales Lavanderas ( melanotos idris Cal ), y Correlimos comn .
Eran menos infor normativo en falaropos de cuello rojo (TUS Phalaropus loba ) . No es sorprendente que
estos resultados reflejan los niveles de diferenciacin de la poblacin y las tendencias de dispersin . Este
trabajo se est llevando a cabo en el peligro de extincin de tubera (Charadrius melodista ) , de los cuales
algunos
poblaciones reproductoras continan disminuyendo en las zonas que deben ser estables . Sin embargo ,
debido a que muchos sitios de invierno estn en declive o de baja calidad , puede no ser un problema con el
sitio ing raza. Por lo tanto , si los marcadores pueden identificar el origen de cra de aves de invierno, su
xito en el invierno se puede remontar a la condicin de la poblacin reproductora , y viceversa. Esto podra
cambiar el enfoque de las actividades de proteccin del hbitat para incluir sitios de invierno.
Identificacin de la estructura de poblacin
Hace ms de 20 aos , nos dimos cuenta de la posible funcin de marcadores molecul ares podran
desempear en la evaluacin de la estructura pobla cin (es decir , la diversidad gentica , tamao efectivo
, la endogamia. Etc ) y el estado cuando Bonne11 y Selender ( 1974 ) utilizaron allozymes examinar gentica
diversidad en las colonias de reproduccin de elefantes marinos del norte ( Mirounga angusiirosiris ) . En su
artculo de referencia , que no informaron polimorfismos se encuentran en los 24 loci examinados (
reconfirmada por bisel et al. 1993 ) y concluyeron que esta falta de hcterozygosity podra atribuirse al pop
blacin reduccin debido a los aos de la caza en la dcada de 1800 . Se prest poca atencin a estas
cuestiones hasta 5 aos ms tarde, cuando Rails et al. ( 1979 ) se inici la investigacin de la po efectos
perjudiciales potenciales de la endogamia en pequeos ulations pop de ungulados en cautividad .
Posteriormente . O'Brien et al. ' S ( 1983 ) el uso de marcadores moleculares se refiri a la falta de diversidad
gentica y la posterior cada en el tah chee ( Aeinonyx jubeaus ) . A partir de ahora , los bilogos conserva
cin no han tardado en reconocer la util dad de tcnicas moleculares para cuantificar y evaluar Ating los
factores interrelacionados que pueden afectar a la viabilidad de la poblacin.
Tradicionalmente , alozimas se han utilizado para evaluar la estructura de la poblacin ( aplicaciones de
conservacin re vieron en Avise et al . 1995 ) . Aunque estas tcnicas son sencillas , a menudo se detecta
poca variabilidad (en particular en las aves - Barrowclough 1983 ) . Para algunos organismos , sin embargo ,
pueden todava rendir allozymes informacin crtica de una forma sencilla , sobre todo cuando se asocia con
la informacin ecolgica o demogrfica . En Wyo macin , por ejemplo, el borrego cimarrn (esto
eanadensis ) han disminuido de ms de 150 000 personas a < 7,000 en 70 aos . Aloenzimtica muestra de
esta poblacin indi cado de que el crecimiento del cuerno fue significativamente mayor ( hasta 13% ) en
carneros adultos ms heterocigotos que en menos carneros adultos heterocigotos ( FitzSimmons et al. 1995 )
. Dado que la caza de estas ovejas implica la eliminacin selectiva de los carneros - grandes cuernos , el
estado de la poblacin puede verse amenazada an ms si estos animales siguen siendo re movido.
Varios estudios recientes han puesto de manifiesto que la interpretacin tacin de heterocigosidad allica
y diversidad que resulta de allozyme estudios requiere ms atencin ( Leberg 1992 ) . En el tit cabeciblanco (
Saguinus oedipus ), un primate en peligro de extincin en Colombia , un estudio de 21 loci en 106 ejemplares
en cautiverio result en promedio hctero
LOT a WHY CLIIILIIIIIJIIS WIICHa LCIIIMPLIMAILM
cigosidad de 1 % ( Cheverud et al . 1994 ) . Sin embargo , la masa corporal se encontr que era
significativamente heredable ( h2 35 % ) . Por lo tanto , los bajos niveles de diversidad gentica basados en
marcadores moleculares no correspondan a la falta de quan tativa variacin gentica de este importante
personaje. Es probable que la mayora de los importantes rasgos de historia de vida aso ATED con gimnasio
son tambin , los rasgos cuantitativos ( polignicos Storfer 1996 ) . Para estos tamarinos . resultados sugieren
que podra haber suficiente variacin gentica que se destinaran a la adaptacin a las condiciones salvajes
cuando un programa de reintroduccin se inici a pesar de su baja en protenas poli morfismo . Estudios
moleculares adicionales utilizando micro-satlites pueden proporcionar un mayor conocimiento de este
tema .
La preocupacin por la interpretacin de los datos allozyme lo que se refiere a la estructura de la poblacin,
particularmente en situaciones de conser vacin , llev Hartl y Pucek ( 1994 ) para examinar ms de cerca la
relacin entre heterozygos dad (H ) y el porcentaje de loci polimrficos ( P) en su estudio de una poblacin
severamente cuello de botella de Euro bisonte europeo (Bison bonasus bonasus ) en Bi alowieza bosque
primitivo de Polonia. Ellos examinaron estos dos factores en su poblacin y para la botella de manera similar
especies o poblaciones artiodctilos cuello . Su alo enzima encuesta de 69 presuntiva loci bisonte no slo
indica la heterocigosidad promedio bajo (H = 1,2 %), pero este valor es tres veces menor que los resultados
de un estudio anterior de 20 loci (H = 3,5 % ), que haba concluido su estado no era de preocupacin (
Gbczyski y Tomaszewska - Guszlciewicz 1987 ) . Los datos de los otros artiodctilos indicaron que el
porcentaje de polimorfismo fica loci fue el nico factor que aparecieron redujo significativamente en un
cuello de botella nes genticamente las especies / poblaciones . Adems, la heterocigosidad era slo es til
como un indicador de la variabilidad gentica general en nonbottle especies de cuello / poblaciones . Estos
resultados les llevaron a sugerir que el agotamiento gentico debe ser considerado por el examen de la
relacin de H: 13 y la varianza de H entre un nmero de loci.
Aislamiento reciente de loci de ADN hipervariable , como microsatlites o minisatlites , ha revolucionado
nuestra capacidad de identificar la estructura poblacional . Por ejemplo , huellas de ADN pueden ser tiles
indicadores de los cambios en la diversidad gentica en perodos cortos de tiempo. En Guam Rails ( Rallus
owsoni ) , aves que no vuelan antes Endem ic a la isla del Pacfico de Guam, las huellas dactilares de ADN ,
allozymes . y anlisis de pedigr se utilizaron para examinar la posible prdida de la diversidad gentica
despus de que los pjaros haban sido extirpadas de su medio natural fueron mantenidas en cautiverio (
Haig y Ballou 1995 ) . Usando el pedigr como gua, toma de huellas dactilares indic un aumento del 6% en la
similitud de ADN ( es decir, disminucin en la diversidad ) entre los 21 fundadores de la poblacin cautiva y
la cautiva poblacin de 4 aos ms tarde ( n = 105 ) . Es interesante . datos allozymc tambin indicaron una
prdida del 6% de hetcrozygosity en una comparacin similar. Adems . Similitud de ADN fue alta par a los
fundadores ( S = 0,62) y la poblacin posterior
( S = 0.64 ), mientras que allozyme heterocigosidad era normal ( 0,03 ) en relacin con otras especies de aves.
Por lo tanto , ambos cas tecnologa midieron niveles similares de cambio entre el sub generaciones
subsiguientes , pero difieren en los niveles de variabilidad medidos. Gerentes Poblacin interpretan estos re
sultados para indicar la estructura de la poblacin cautiva necesaria para ser manejados con mucho
cuidado para no perder ms versidad di .
Estimacin de los niveles de similitud de ADN en mannots alpinos altamente sociales ( Marmara Marinar ) ha
llevado al descubrimiento de un pasado cuello de botella poblacional ( Rassmann et al. 1994 ) . Se detectaron
niveles bajos de polimorfismos de ADN de huellas dactilares en la poblacin bvara Alp en el Parque
Nacional Berchtes gadcn . Los anlisis posteriores no en dican anormalmente bajas tasas de mutacin .
Adems, las pobla lacin estimaciones eran bastante alto y la dispersin generalizada . Una explicacin
para estos resultados se propuso finalmente cuando heterocigosidad y eficaz tamao de la poblacin se
estima a partir de los datos de impresin dedo de poblacin y de ADN. El tamao efectivo de la poblacin
fue de al menos un orden de magnitud menor que lo que se predijo de otras poblaciones. Despus de
considerar la posibilidad de un sistema social que conduce a la endogamia. Rassman et al . ( 1994 ) concluy
que , ms bien, la poblacin tena dergone sin una reduccin drstica en el nmero de parejas
reproductoras en el pasado. Esta reduccin se atribuy a prdidas significativas durante los duros inviernos .
Evaluaciones ms especficas de tamao efectivo de la poblacin se puede hacer una vez que el sistema de
apareamiento se identifica . En la pulsacin de corriente Rojo cockaded peligro de extincin y la cra
cooperativa. Se utilizaron los perfiles de ADN para identificar a los padres en varias poblaciones ( Haig et al.
1993a, 1994c ) . La falta de evidencia de extra-pareja nizaciones fertil ( sospechosos de ayudantes) condujo
a la reevaluacin de las estimaciones del tamao efectivo de la poblacin y el progreso a salas logrando los
objetivos de recuperacin basados en N. Por lo tanto , los ayudantes no podan ser contados en las
estimaciones de la cra de aves ( como lo haba hecho ha hecho anteriormente ) . Estos resultados fueron una
contribucin significativa a un anlisis de viabilidad poblacional posterior que evalu diversas opciones para
aumentar el crecimiento de la poblacin en una pequea poblacin de carpintero en Carolina del Sur ( Haig
et al. 19930 . Ellos tambin se estn utilizando en la re-evaluacin de las especies re peracin objetivo .
Poblacin analiza utilizando microsatlites estn en su infancia , pero la tcnica tiene un gran potencial para
una evaluacin ms precisa de la estructura de la poblacin . Un excelente ejemplo de su uso potencial en la
gentica de la conservacin es Taylor ct al. ' S (1994) funciona en la disminucin se utilizaron ADN
mitocondrial y de ADN minisatlite o el wombat Septentrionales de nariz peluda ( Lasiorhinus kreff Ti ,
una especie al borde de la extincin en Australia . de las tres colonias conocidas de esta especie , dos se
extinguieron alrededor de 1910 , como resultado de las actividades humanas. La tercera colonia , descubierto
en 1939 , pudo haber numerado varios miles de personas en los tiempos pre - europeos, pero slo 20-30
personas fueron encontrados. Inicialmente , tanto para evaluar la estructura de la poblaci n en el resto de
col ony , en algunos tejidos recuperados de las colonias extintas , y en el wombat de nariz peluda sur
estrechamente relacionados ( L. latifrons ) . Ninguna tcnica produjo mucha variacin entre colonias. Sin
embargo , la variabilidad de microsatlites en dicated la colonia existente retuvo el 41% y el 36%
heterocigosidad allica diversidad en relacin con el wombat de nariz peluda del sur. Estos valores se
corresponden con un ef tamao de la poblacin fective de < 10 personas en los ltimos 120 aos . Si bien
estos valores son sorprendentemente bajos, el blacin pop persiste , dando esperanza para mejorar la
viabilidad en el futuro.
Tal vez el sistema gentico ms reciente para ser evaluada por su relevancia para la estructura de l a
poblacin y la conser vacin gentica es el complejo mayor de histocompatibilidad (MHC ; Hedrick 1994 ) .
MHC productos genticos , que se utilizan para identificar los antgenos extraos potencialmente dainos ,
son ex extremadamente polimrfico. Estudios para provocar poblacin tura estructura usando MHC
apenas comienzan ( Schreiber y Ti qua 1992 ) . Se han utilizado para describir la variabilidad gentica en las
poblaciones de alces sueco ( Aires al como ; Ellegren et al 1996 . ) Y las ballenas beluga ( Delphi nopterus
leucas ; . Murray et al 1995) . A medida que se desarroll an ms esta tcnica, hay sugerencias de que las
poblaciones cautivas o pequeas deben ser diseados para centrarse en la diversidad allica en los genes
MHC (Hughes 1991 ) . Esta idea controversial ha sido objeto de acalorados debates que no se conoce la
funcin de los genes especficos , por lo tanto, la gestin de estos genes tendra consecuencias desconocidas
(por ejemplo, Gilpin y Testamentos de 1991 , Miller y Hedrick 1991 , Vrijenhoek y L , Eberg 1991 , Hedrick y
Miller 1996 ) . Lo ms probable es que necesitaremos algunos ex plos de poblaciones conocidas antes de
dictar sentencia en esta hiptesis concreta. Mientras tanto , los polimorfismos del MHC puede llegar a ser
til en la evaluacin de problemas especficos de poblacin, como su dad susceptibilidad a la enfermedad .
Identificacin de individuos desconocidos
Mientras que la caracterizacin de la poblacin en general estruc tura de es un paso important e en la
evaluacin de la poblacin vi habilidad . a menudo no se conoce la relacin entre algunos individuos de la
poblacin . En muchos casos , esto puede no ser un problema, pero en nes pequeas y / o poblaciones en
cautiverio donde la contribucin de cada individuo a la diversidad gentica pasado y el futuro es crtico , el
conocimiento de ! Elat Edness es esencial. Por ejemplo , la identificacin de re latedness entre los
fundadores a un salvaje, trasladadas . reintroducido o poblacin cautiva ayudar a guiar la gestin futura de
la poblacin. En algunos casos , la identificacin de la filiacin solo proporcionar una mayor comprensin de
la estructura de la poblacin . Por ejemplo , las relaciones ciones pedigr se han obtenido para Ibises
Waldrapp cautivos ( Geronticus eremita) mediante la comparacin de las huellas dactilares de ADN de cada
individuo cautivo con cada posible
pareja madre - padre ( Firmante et al. 1994 ) . El uso de este ap enfoque , la filiacin se dedujo para 29 de
33 aves. En ese punto , los emparejamientos de aves a continuacin, podran ser tales que su descendencia
representara como una poblacin diversa como sea posible .
Derivado de informacin de relacin ms compleja ha frustrado a los cientficos durante aos . En la mayora
de los casos, allozyme y mitocondrial de datos no proporcionan el sario detalle ncop para este tipo de
anlisis perfeccionadas . Los minisatlites han sido un gran paso adelante, pero los anlisis todava puede ser
problemtico debido a la superposicin de valores de similitud de ADN de algunos grados de parentesco y la
dificultad en la puntuacin a travs de autorradiogramas . Los microsatlites proporcionan la mejor
resolucin hasta la fecha, pero no se han probado ampliamente (pero ver Blouin et al. 1996 ) . A
continuacin se abordan los nuevos enfoques rales sev que han demostrado ser tiles en las situaciones
especficas discutidas . En todos los casos , tenga en cuenta que el conocimiento de al menos un pedigr
parcial ha sido la columna vertebral de los anlisis.
Ahora es cada vez bastante bien aceptado que existe relacin significativa entre un sig similitud de ADN
minisatlite y los valores de la relacin calculada a partir de la mayora de las genealogas de los individuos
silvestres o en cautividad (por ejemplo, Gilbert et al 1991 , Haig et al. 1993,1994 b , c, 1995 , Rave et al . 1994
) . La excepcin puede ser en las genealogas con animales de alta ly endogmicas ( Butler et al. 1994 ) . El
establecimiento de esta relacin permite nuevas hiptesis a prueba ed respecto a las relaciones
individuales. Por ejemplo . en Guam Rails y el martn pescador de Micronesia ( Halcyon cin namomina
cinnamomina ; . Haig et al 19946,1995 ) , rel
Cu lenrutims . IIMIVILM7 / 1 IcIattOnsmps . rw . CAMIIIJIC . en
Guam Rails y el martn pescador de Micronesia ( Halcyon cin
namomina cinnamomina ; Haig et al. 1994b , 1995 ) , rel
Ative relacin entre los fundadores de sus respectivas
poblaciones cautivas se determin mediante pruebas, a travs de re
progresin , diversas hiptesis sobre el posible encontrados
er relaciones. En ambas especies . la hy ms til
uso ptesis incorporado de UPGMA ( no ponderado
Analiza Pair Grupo Mtodo de anlisis ) en el grupo de
valores de similitud s individuales entre todos los fundadores calibrat
ed a los valores de la relacin / de similitud conocidos de la re
mainder del pedigr . Una vez que la estructura de la poblacin
se determin , parejas cautivas podran hacer que
parentesco media minimizado en la introduccin cautivo y recin
poblaciones ducidas .
La prueba de hiptesis se utiliz tambin en la obtencin de rela Edness entre varios desconocidos cautivo
Mynahs de Rothschild ( Leucopsar rothschildi ) , una especie en peligro cas spe para que programa de
gestin de la poblacin estaba empezando . Ashworth y Parkin ( 1992 ) utilizaron ple sim y regresin
mltiple para examinar la relacin (pendiente) entre la similitud y la relacin de varias hiptesis que podra
explicar la relacin entre las aves desconocidas. Un enfoque ms preciso, pero complejo fue utilizado por
Geyer y Thompson ( 1995 ) para estimar la relacin entre los cautivos fundador Cndores de California (
Gymnogyps californianus ) . Su uso de max estimaciones de probabilidad imum parece hacer un uso ptimo
de todos los datos de similitud de ADN , pero es compleja com computacionalmente y realismo prctico para
las genealogas de ms de 20 individuos. Finalmente , el potencial de dos gacelas de Speke salvajes pre
viamente desconocidos ( Casella : PEK e para ser considerado como fundadores adicionales (es decir ,
ONU relacionadas con la poblacin restante ) a la poblacin cautiva extremadamente puras se evalu
mediante la estimacin de la relacin entre el nuevos animales y ders fundaciones cautivo utilizando una
permutacin de prueba en todo pairwisc ADN sim ilarities (Butler et al. 1994 ) . los individuos silvestres se
determin que no guardan relacin y ahora se han aadido nuevos genes necesarios desesperadamente cin
la poblacin cautiva .
El anlisis de los microsatlites est empezando a hacer un aporte en la identificacin individual . En largas
aletas ballenas piloto ( Globicephala melas ) , iden cin de los miembros de la vaina a travs de
microsatlites revel que la estructura de la vaina est formada por familias extendidas individuales que a
menudo contienen > 100 individuos ( Amos et al. 1993 ) . Es decir, la descendencia de ninguno de los sexos se
dispersan , pero la endogamia no es un factor. Los apareamientos ocurren entre miembros de diferentes
vainas cuando las vainas suceden unos sobre otros . Este sistema social notable permite varones para ayudar
a las mujeres relacionadas , aumentando su aptitud inclusiva , sin en troducing endogamia dentro de la
vaina. Las implicaciones para la conservacin de esta y otras especies con una organizacin social ilar sim
son desalentadores . Si hay poco o ningn movimiento entre las vainas, tantas vainas como pos sible debe
ser conservada para mantener la diversidad gentica existente .
CONCLUSIONES
En este trabajo , los estudios de casos recientes ilustran cmo se pueden utilizar las herramientas
moleculares mo para abordar cuestiones especficas vacin conservacin . Los estudios que utilizaron
varios cas tecnologa molecular para abordar cuestiones relacionadas proporcionaron una evaluacin ms
definitiva de un problema que los que utiliza una sola tcnica . Las tcnicas moleculares tambin
proporcionan informacin sobre el papel de los individuos en una poblacin , las relaciones entre las
poblaciones y las diferencias entre las especies . El mayor comprensin de la informacin lar molec vendr,
sin embargo, cuando se utiliza en conjuncin con ecolgico , demogrfico , compor conductual , y los datos
fisiolgicos recogidos sobre el terreno . En el futuro, la rpida evolucin de los nicas nueva tecnologa
molecular permitir a los trabajadores para identificar individuos y estructura de la poblacin con gran
resolucin y poten cialmente para rastrear los efectos de factores tales como la enfermedad (a travs de
MHC) en la viabilidad de la poblacin .
ACK NOWLEDGMIINTS
gracias P Parker por invitar a este trabajo . D. Simberloff por animarme a pensar ms ampliamente acerca de
la im portancia relativa de los problemas genticos en la conservacin, y J. Ballou para ampliar mi visin de
la gentica de la conservacin para incluir ped igree anlisis. P. Kareiva , T. Mullins , P. Parker . A. Snow, y
S. Wagner proporcionaron comentarios tiles sobre el papel.