02/04/2014

1
1. Estructura atmica. Tabla peridica y propiedades de los elementos. Elementos esenciales
para la vida. Energa y estados de la materia.
2. Enlaces qumicos y molculas. Iones. Tipos de reacciones qumicas. Equilibrio qumico.
Oxidacin y reduccin. cidos, bases y sales.
3. Caractersticas fisicoqumicas del agua y su importancia para la vida.
4. La qumica del carbono: conceptos bsicos de qumica orgnica. Grupos funcionales.
Nomenclatura y diversidad estructural de los compuestos orgnicos. Polaridad.
5. La bioqumica: Definicin, estructuras, propiedades y funciones biolgicas de las
macromolculas: lpidos, carbohidratos, pptidos y cidos nucleicos. Pigmentos.
Contenidos
0
El tomo es la unidad bsica de la materia (una
viene idea de griegos, como Demcrito).
Su tamao es 10
-1
metros.
Se compone de partculas subatmicas:
Protones (carga positiva; +)
Neutrones (sin carga; 0)
Electrones (carga negativa; -)
Los protones y neutrones forman el ncleo,
alrededor del cual giran los electrones, que son
mucho ms chicos (inspiracin en el sistema
solar).
El tomo: somos vaco!
-
+
Masa atmica: es la cantidad de protones y de
neutrones (1 unidad de masa atmica (amu) =
masa de un protn = 1 x 10
-27
kg!). La masa de los
electrones es insignificante.
Numero atmico: es la cantidad de protones.
Identifica al elemento.
02/04/2014
2
El conocimiento del tomo se ha profundizado enormemente (especialmente a ppios. del s. XX).
Mecnica cuntica: multiplicidad
de estados (onda-partcula)
Fsica subatmica: existen otras
partculas subatmicas aparte
de las citadas (Big science).
Teoriade la Relatividad
(E=mc
2
)
La fsica clsica, desarrollada por siglos es
complementada por 2 de los desarrollos
intelectuales ms grandes de la humanidad.
Niels Bohr
(1885-1962)
Derivado principalmente de estudios de Bohr y Schrdinger.
Los electrones no son simples partculas sino ondas de materia
cuya funcin matemtica representa la probabilidad de presencia
en una regin delimitada del espacio llamada orbital.
Electrones se mueven alrededor del ncleo en orbitales
definidos (cuantizados).
Hay una energa asociada a cada orbital. Los orbitales de =
energa forman una capa. Cuanto ms externa es una capa, ms
energtica (cargas opuestas se atraen).
Si el electrn cae a una rbita de menor energa, ese exceso de
energa sale como luz (radiacin). Para que salte a una rbita de
mayor energa, tiene que absorber una cantidad de energa (luz)
equivalente (un cuanto).
Erwin
Schrdinger
(1887-1961)
Modelo atmico:
02/04/2014
3
De donde vienen los elementos?
El Hidrogeno y el Helio se originaron primordialmente en el Big-Bang.
Los elementos del Carbono al Hierro surgieron en las estrellas por fusin.
Los elementos ms pesados que el Hierro se forman en las supernovas.
El hombre ha creado elementos sintticos
Los tomos pueden sufrir fenmenos de Fusin y Fisin
Fusin
Fisin
La tabla peridica
Cada nube u orbital puede tener hasta 2 electrones.
La capa ms externa del tomo es la capa de valencia.
Los tomos tienden a completar su capa de valencia tomando,
cediendo o compartiendo e-
Grupo (columna): elementos con
similar configuracin de sus
capas ms externas.
Periodo (fila): Elementos con
= numero de capas
electrnicas.
02/04/2014
4
Composicin elemental
de animales
Na
Enlaces y molculas
Los compuestos qumicos se forman al establecerse enlaces entre 2 o + tomos.
Enlace inico (ceder o tomar e-): Se forman por atraccin mutua de iones (tomos cargados) de
carga opuesta.
Cl
Na
+
Cl
-
Enlace covalente (compartir e-):
Se unen los orbitales de los tomos, formndose orbitales moleculares. Se forma una Molcula.
El carbono, al tener 4 e
-
desapareados en su capa de valencia tiende a enlazar covalentemente.
1 Mol= 6 x 10
23
molculas. Mas fcil, un mol es el equivalente en gramos de la masa molecular
(que es la suma de las masas de cada uno de los tomos de la molcula).
Concentracin: Indica que tan abundante es una sustancia. Es la relacin entre soluto y solvente.
Generalmente: masa/volumen (ej. 1 gramo de azcar por litro; 0,3 moles de amoniaco por litro)
02/04/2014
5
Tipos de enlaces covalentes:
Segn se comparten 1, 2 o3 pares de e- entre los dos tomos,
los enlaces covalentes pueden ser simples, dobles o triples. Se
representan con lneas simples, dobles o triples en las
formulas estructurales.
Formulas qumicas:
Formula molecular:H
2
O
Formula estructural: HOH
Enlaces covalentes
Polaridad:
La capacidad de un tomo de atraer y retener los electrones se
llama electronegatividad. Cuando se forma un enlace entre 2
elementos de distinta electronegatividad, los electrones se van a
compartir desigualmente y van a estar ms cerca (simplificando
cuestiones cunticas) del tomo ms electronegativo. Esto es un
enlace covalente polar pues alrededor del tomo ms
electronegativo hay ms carga y ms carga + en torno al otro.
Cuando no hay diferencia de electronegatividad entre los tomos
de un enlace, esta es no-polar.
Metano
(Tetraedro)
Equilibrio qumico: Estado en el cual las
concentraciones de reactivos y productos no
varan en el tiempo. Los sistemas biolgicos
tienden hacia el equilibrio porque es el estado
ms estable, pero en general no lo alcanzan sino
que llegan a un estado estacionario
(homeostasis).
Reacciones qumicas
C
6
H
12
O
6
+ 60
2
6CO
2
+ 6H
2
0 + ENERGIA
Dixido de
carbono
Oxigeno
Agua
Azcar
Reactivos
Productos
Sentido de la reaccin: Las reacciones ser
irreversibles (los productos no pueden regenerar
el sustrato) o reversibles (proceden en ambos
sentidos).
Energtica: Las reacciones pueden ser exergo
nicas o endergonicas, segn liberen o consuman
energa.
Reacciones Redox: una sustancia cede electrones (se oxida) y otra captura esos electrones (se
reduce). Este movimiento de electrones implica transferencia de cargas y de energa. La
respiracin y la fotosntesis se basan en reacciones redox.
02/04/2014
6
3/4 partes del planeta estn cubiertas por
agua.
El agua representa 50-95% del peso de los
seres vivos.
Las molculas de agua son polares y se
asocian entre si mediante Puentes de
Hidrogeno. Son uniones dbiles, por
atraccin electrosttica. Sin embargo, al
ser tan numerosos llegan a tener mucha
fuerza y determinan las caractersticas del
agua.
Alta tensin superficial (resistencia a
aumentar su superficie).
Alta capilaridad (debido a la tensin).
Alto calor especifico (no cambia de
temperatura tan fcilmente).
Gran calor de vaporizacin (la
evaporacin de agua produce
enfriamiento).
Mayor densidad en estado liquido que en
el slido (el hielo flota!).E
Poderoso disolvente (disgrega fcilmente
sustancias inicas o polares que estn en
estado slido).
Solido Liquido Gas
El agua tiene una ligera tendencia a ionizarse: H
2
O H
+
+
OH
-
ATENCION: Estas definiciones no son del todo correctas,
son una simplificacin!
Acido: sustancia que produce un aumento en la cantidad de
H+ en una solucin (mezcla de agua con otra/s sustancias
disueltas).
Acido H
+
+ anin (ion negativo)
Base: Sustancia que produce un aumento en la cantidad de
OH- (hidroxilos) en una solucin. Son aceptores de protones.
Base OH
-
+ catin (ion positivo)
OH
-
+ H
+
H
2
O
Sales:
Se componen de un anin y un catin. Derivan de la
reaccin de un acido con una base.
KOH + HCl H
2
O + KCl
Las sales se disuelven bien y componerse de iones,
conducen la electricidad.
pH:
Forma ms popular de expresar la acidez de una solucin.
pH = -log [H
+
]
Los organismos tienen sustancias en sus fluidos que regulan
el pH (buffers)
+ Acido
Alta [H
+
]
Neutro
[OH
-
] = [H
+
]
+ Bsico
(alcalino)
Lavandina
Acido clorhdrico
Jugo gstrico
Agua destilada
Agua marina
Amoniaco
Soda caustica
02/04/2014
7
Los compuestos orgnicos contienen tomos de carbono, unidos
covalentemente entre si y con hidrogeno. Aparte pueden tener N,
O, P, S, etc.
Hay compuestos inorgnicos que pueden tener C (ej. El carbonato
del mrmol) pero no tienen un esqueleto de C, no derivan de
organismos y no son combustibles (la distincin no es tan simple).
Ismeros: son sustancias con igual formula molecular pero
diferente estructuras.
Hidrofobicidad (=lipofilicidad) e Hidrofilicidad (CONCEPTO CLAVE):
Los compuestos hidroficos son poco polares y no se disuelven
bien en el agua. Los hidrofilicos son polares y muy solubles. El
grado de hidrofobicidad de una sustancia es clave para la vida.
Son estructuras submoleculares que le confieren a la molcula sus caractersticas ms
importantes.
Hidroxilo: caracterstico de los
alcoholes. Ej. Etanol (alcohol
medicinal)
Carbonilo: caracterstico de
aldehdos y cetonas. Ej. Formol
(antiguo anestsico), Azucares.
Carboxilos: caracterstico de los
cidos orgnicos. Muy polar. Ej.
Acido actico (vinagre), cidos
grasos.
Muchos otros:
Sulfhidrilo, ter, amida, benzilo, fenilo, nitrilo,
cianuro, nitro, imina, tio, pirrol, etc
Ester: Unin de un acido graso
con otro compuesto. Ej.
Acetato de etilo (quitaesmalte)
Amino: caracterstico de las
aminas. Ligeramente bsico. Ej.
Aminocidos, anilina.
Fosfato: caractersticos de los
organofosfatos. Ligeramente
cidos. EJ. Fosfolipidos, ATP.
Polmeros:
Muchas-Partes Son grandes
molculas formadas por la unin
covalente de repetidas unidades
estructurales.
02/04/2014
8
Estudio de los procesos qumicos que ocurren en los seres vivos.
Biomoleculas: molculas producidas por los seres vivos.
Macromolculas: biomoleculas de gran masa. No suele usarse
en su sentido estricto y en general refiere a los lpidos,
carbohidratos, protenas y cidos nucleicos.
La Bioqumica estudia las biomoleculas, principalmente las
macromolculas, las reacciones en las que intervienen y su
catlisis, la transferencia y conservacin de la informacin
qumica, y la metodologa para estudiar todo esto.
En los organismos las reacciones qumicas ocurren
encadenadamente: rutas bioqumicas. (ej. Produccin de
azcar). Pueden ser lineales, ramificadas, cclicas, espiraladas.
Etc.
Anabolismo: rutas de sntesis (produccin). Consumen energa.
Catabolismo: rutas de degradacin (destruccin). Producen
energa.
Tambin hay rutas que solo generan energa.
La enzimas son sustancias que catalizan las
reacciones (es decir, hacen que ocurran ms
rpido) y son uno de los pilares de la vida!
Grupo heterogneo de molculas orgnicas solubles en solventes orgnicos (ej.
Cloroformo, hexano) y poco solubles en agua (hidrofobicos).
Principalmente C y H, baja proporcin de otros elementos (O, N, S, etc.)
Funciones estructurales, energticas y de sealizacin.
Liberan mucha energa y se almacenan en seco: principal fuente energtica animal.
cis 18:1-9
El enlace covalente simple C-C tiene siempre el mismo largo y angulo. Al alinearse los cidos en
paralelo se establecen muchas dbiles uniones electrostticos entre ellos (interacciones de Van
de Waals), confirindoles solidez.
Los dobles enlaces son llamados insaturaciones. Cuanto ms insaturado (es decir ms dobles
enlaces y menos H) tenga un acido graso, ms fluido ser (CONCEPTO CLAVE).
El doble enlace (C=C) se establece a un ngulo diferente del simple y hace que se tuerza la
cadena cidos insaturados no se alinean paralelos y establecen menos uniones Van der
Waals ms fluidos. + ms insaturado, + saludable (- riesgo cardiovascular).
El doble enlace es rgido y existe en 2 configuraciones: cis y trans
cidos grasos: cidos carboxlicos (-COOH)
de cadena larga, (en gral. 14-24C), en gral.
lineal.
02/04/2014
9
Acilgliceridos:
Esteres de glicerol con 1 a
3 cidos grasos (mono-,
di- y triglicridos).
Los cidos grasos (as
como protenas y azucares
en exceso) se acumulan
como triglicridos (muy
hidrofobicos).
Fosfolipidos:
Diglicrido unido a un grupo fosfato
que a su vez esta unido a un grupo
orgnico polar.
Anfipaticos (una parte de la
molcula es hidrofobica (los cidos
grasos), otra es hidrofilica (el grupo
polar y el fosfato).
Interactan con el agua formando
micelas y bicapas: forman las
membranas celulares.
Pueden disolver otros lpidos en
agua.
Glicerol
Glicerolipidos
Esteroles:
Alcoholes con esqueleto de ciclopentano perhidro fenantreno
(4 anillos).
Son rgidos y tienen diferentes cadenas laterales.
El colesterol es un constituyente de la membrana.
Hay muchos derivados, a veces sin grupo hidroxilo: esteroides
(cidos biliares, hormonas esteroides)
Ceras: esteres de cidos grasos y
alcoholes grasos. Funcin estructural
y protectora
Esfingolipidos: Se componen de una ceramida (acido
graso + esfingosina) unida a un grupo polar. La mielina es
un componente fundamental de las neuronas por ser
aislante elctrico. Pueden combinarse con azucares y
formar glucolipidos
Y ms lpidos
02/04/2014
10
Tambin llamados glcidos o hidratos de carbono.
Son polihidroxialdehidos (carbonilo en el extremo
de la molcula) o polihidroxicetonas (carbonilo en
el medio).
Tienen la formula (CH
2
O)
n
donde n va de 3 a 7.
Monosacridos: azucares simples. Tienen un
carbono carbonilico (C=O) y el resto con un
hidroxilo (OH-) cada uno.
Las hexosas (6C) suelen cerrarse formando un anillo (son
cclicas).
Glucosa (6C) es el monosacridos ms importante. Es fuente de
energa y sirve para producir otros compuestos. Una gran parte
de los procesos bioqumicos de los organismos est dedicada a la
regulacin de la glucosa.
Guanaco
(Lama guanicoe)
Los monosacridos pueden unirse formando polmeros (di, tri, o
polisacridos). Entre los disacridos esta la sucrosa (azcar comn),
maltosa y lactosa.
Los monosacridos se unen mediante enlaces glucosidicos (son enlaces
covalentes), quedando un tomo de O entre ellos.
Los polisacridos son importantes
fuentes de energa para los
organismos (almidn, glucgeno).
Adems tiene funciones estructurales
(celulosa, quitina) pueden ser muy
grandes (miles de monmeros y de
estructuras muy complejas
(ramificados). Pueden ser muy
resistentes a la descomposicin, pero
hay bacterias y hongos especializados
para destruirlos.
Tienen muchos hidroxilos, por lo cual
son muy polares e hidrofilicos
(CONCEPTO CLAVE).
Azucares: Polisacaridos
Pueden estar combinados con otras
macromolculas (Glicoprotenas y
glucolipidos).
Glucgeno Celulosa Almidn Quitina
02/04/2014
11
Azucares = Carbohidratos = Glcidos
Polisacridos (= muchos monosacridos unidos)
Monosacridos
Los pptidos son polmeros de aminocidos.
Aminocidos (aa): molculas orgnicas con un grupo amino (-
NH
2
) y un carboxilo (-COOH) unidos al mismo C.
Hay 20 aa formando las protenas, identificados con un cdigo
de 3 letras, y otros que no suelen estar en ellas.
Son iones dipolares (-COO- y NH3+).
Aminocidos
Hidrofobicos
Polares
No cargados
cidos (-
COOH extra)
Bsicos (-
NH2 extra)
Los aminocidos se unen mediante una unin covalente C-N llamada enlace peptidico,
formando pptidos.
02/04/2014
12
Son macromolculas compuestas de 1 o + pptidos, de gran tamao.
Funciones: enzimas, motiles, defensa, transporte, almacenamiento, estructurales, control de genes, osmtica
La protena puede tener 2 o + pptidos (= subunidades).
4 niveles de organizacin de las protenas o Estructuras:
1ria: secuencia
de aa.
Determina las
dems.
2ria: configuracin
espacial repetitiva de una
parte de la cadena,
estabilizada por puentes
H (hlices, laminas, etc.)
3ria:
configuracin
espacial de todo
el pptido.
4ria: configuracin
espacial de las
subunidades de la
protena
Son MUY sensibles, leves cambios en cualquier nivel de
estructura puede alterar o anular su funcin:
desnaturalizacin (Cambios de T, pH o concentracin inica).
Cada protena suele tener un pH y T ptimos para su funcin
y solubilidad.
Las estructuras de las protenas determinan su funcin, tienen que estar bien plegada para funcionar.
Muchas protenas cumplen sus funciones realizando cambios de conformacin (CONCEPTO CLAVE) entre 2
o + configuraciones estructurales (ej. Estado activo e inactivo)
Las protenas pueden ser MUY especificas, reaccionando de manera muy diferente a molculas muy
similares
Una misma protena cambia de una
especie a otra, por lo que la secuencia
proteica ayuda a estudiar la evolucin y
clasificacin de los organismos
02/04/2014
13
Pptidos Protenas = Polipptidos
Protena (= muchos aminocidos unidos formando una
cadena plegada de un modo especifico)
Aminocido
Nucletidos = azcar + base nitrogenada + grupo fosfato.
Nucleotidos tienen funciones biolgicas importantes. ATP (adenina + ribosa + 3 fosfatos) es la
moneda energtica de la vida, nicotinamida adenina dinucleotido (NADH) es una molcula
crucial en procesos de transferencia de energa (aceptor de e-).
NADH
Purinas: adenina (A) y guanina (G)
Pirimidinas: citosina (C), timina (T, solo ADN) y uracilo (U, solo ARN)
Base nitrogenada
(purina o pirimidina)
Grupo fosfato
Azcar pentosa
(ribosa (ADN) o
desoxiribosa (ARN))
02/04/2014
14
Los cidos nucleicos son polimeros de nucleotidos unidos por
enlaces fosfodiester. EL ARN consta de una sola cadena. El ADN
tiene dos cadenas apareadas por puentes de H y enroscadas en
doble helice. Los nucleotidos de una cadena no se aparean con
cualquier otro de la cadena opuesta, sino que solo se unen A-T (2
puentes) y C-G (3 puentes). Por ende, las cadenas son
complementarias entre si.
El ADN contiene la informacin de todo el organismo, y sirve para elaborar cada uno de sus
componentes (esp. protenas). Es la base de la evolucin, pues permite propagar esa
informacin a la descendencia.
El cdigo gentico tiene las combinaciones de nucletidos que simbolizan cada uno de los aa.
Molculas que absorben luz
activamente en el rango UV-
Visible especialmente.
Son muy importantes en procesos
biolgicos de transferencia de
energa.
Porfirinas: Compuestos cclicos
nitrogenados. Los N del centro de
la molcula pueden formar enlaces
con un tomo de un metal.
Son cruciales para la vida: estn en
los pigmentos respiratorios
(hemoglobina) y fotosintticos.
Isoprenoides: Vitamina A y
carotenos. Intervienen en
fotosntesis y en la visin