. Publicado en Internet el 25 de noviembre 2011 doi: 10.1186/1471-2164-12-580
PMCID: PMC3293833 Anlisis de los sitios de metilacin CpG y CGI entre los genomas de ADN del virus del papiloma humanos Silvia C Galvn , 1 Martha Martnez-Salazar , 1 Vctor Galvn M , 2 Roco Mndez , 3 Gibran T-Daz Contreras , 4 Moiss Alvarado-Hermida , 4 Rogelio Alcntara-Silva , 4 y Alejandro Garca-Carranc 1, 3
Informacin Autor artculo seala copyright y licencia Ir a: Abstracto Fondo El genoma del virus del papiloma humano (VPH) se divide en secuencias de codificacin tempranos y tardos, incluyendo 8 marcos de lectura abiertos (ORF) y una regin reguladora (LCR). La expresin del gen viral puede ser regulada a travs de los mecanismos epigenticos, incluyendo la metilacin de citosina en los dinucletidos CpG. Hemos analizado la distribucin de los sitios CpG y las islas CpG / grupos (CGI) entre los 92 genomas de VPH diferentes agrupadas en funcin de su tropismo preferencial: cutnea o mucosa. Se calcul la proporcin de sitios CpG (PCS) para cada ORF y se calcularon los valores CpG esperados para cada tipo viral. Resultados CpGs estn insuficientemente representadas en los genomas virales. Se encontr una correlacin positiva entre los valores observados y esperados CpG, con alto riesgo, los virus de la mucosa (HR) que muestran el ms mnimo O / E ratios. Los rangos de los PCS fueron similares para la mayora de las regiones genmicas excepto E4 , donde la mayora de CpG se encuentran dentro de islas / grupos. Al menos un CGI pertenece a cada E2/E4 regin. Se encontraron correlaciones positivas entre PCS para cada ORF viral en comparacin con los otros, a excepcin de la LCR contra cuatro ORFs y E6contra otros tres ORFs. La distribucin de las islas CpG / grupos entre los grupos de VPH es tipo HR-HPV heterogneos y mucosas presentan tanto el nmero ms bajo y ms corto en comparacin con el tamao de la isla bajo riesgo cutnea y mucosa (LR) VPH (todos ellos muy diferentes). Conclusiones Hay una diferencia entre subrepresentacin CpG viral y celular. Existen correlaciones significativas entre el PCS completa del genoma y la falta de correlaciones entre varios pares de regin genmica, especialmente aquellos que involucran LCR y E6 . L2 y L1ORF comportamiento es opuesta a la de los oncogenes E6 y E7 . El primer par posee relativamente bajo nmero de sitios CpG agrupados en CGI mientras que los oncogenes poseen un nmero relativamente alto de sitios CpG no asociados a CGI. En todos los virus del papiloma humano, E2/E4 es la nica regin con al menos un CGI y muestra un contenido ms alto de sitios CpG en cada tipo de HPV con un identificado E4 . Los HR-HPV mucosas muestran ya sea el tamao ms corto CGI, seguido por la mucosa LR-HPV y por ltimo por el subgrupo viral cutnea, y una tendencia a la CGI nmero ms bajo, seguido por el subgrupo viral cutnea y, por ltimo, por la mucosa LR-HPV . Ir a: Fondo Virus del papiloma humano (VPH) constituyen un grupo de ms de 100 tipos diferentes. VPH infectan epitelios estratificados, tanto la mucosa y cutnea y se asocian con trastornos proliferativos benignos y malignos. Tipos virales que infectan preferentemente epitelios mucosos se agrupan ya sea en un grupo de bajo riesgo (LR- HPV) no asociados con el cncer, o en un grupo de alto riesgo (VPH-AR), cuyos miembros se encuentran en casi todos los casos de cncer cervical [ 1 ]. VPH son virus no envueltos icosadrica en forma de no-lticas,, con una circular, genoma de ADN de doble hebra de aproximadamente 8,0 kb que se divide funcionalmente en dos regiones codificantes (denotado E para principios o L para la tarde) y una regin reguladora o LCR. El E regin incluye seis principales marcos de lectura abierta (ORF) que codifican protenas funcionales (E1, E2 y E4) y oncoprotenas (E5, E6 y E7), y la Lregin codifica las dos protenas de la cpside, L1 y L2. E4 se expresa en ambas etapas tempranas y tardas del ciclo de vida viral [ 2 ]. La expresin de genes de VPH est regulada principalmente a nivel transcripcional y post-transcripcional y varios estudios han sugerido que la metilacin del ADN viral puede estar asociada con la expresin gnica viral y la progresin del cncer [ 3 - 6 ]. La mayor parte del trabajo en la metilacin del VPH se ha llevado a cabo en los dos tipos virales principales implicados en el cncer cervical (tipos 16 y 18). En ambos genomas hay un aumento progresivo en la metilacin de portadores asintomticos, a travs de lesiones benignas y enfermedades pre-malignas, a tumores de cncer. Sin embargo, existe una gran heterogeneidad de la metilacin de CpG en genomas virales derivados de muestras clnicas [ 4 - 7 ], y la funcin exacta de la metilacin del ADN viral sigue siendo poco clara. Adems, sobre la base de estudios de virus de Epstein-Barr se ha propuesto que la metilacin del genoma viral puede permitir que una proporcin de las clulas infectadas para sobrevivir citotxico de clulas T de vigilancia inmune [ 8 , 9 ], y los estudios de adenovirus en los genes virales finales sugieren que son ms sensible a la metilacin de los primeros [ 10 ]. En el caso de HPV L2 y L1 genes, que se han propuesto para ser reconocidos preferentemente por la maquinaria de metilacin celular [ 11 , 12 ]. La metilacin es la modificacin covalente slo conocida de ADN en eucariotas y juega un importante papel regulador en los vertebrados por silenciar genes especficos durante el desarrollo y la diferenciacin celular. Metilacin de citosina se produce en la posicin 5 'del anillo de pirimidina, principalmente dentro de un contexto CpG (m5CpG), a pesar de metilacin de citosinas en diferentes contextos se ha descrito recientemente [ 13 , 14 ] y 5-hidroximetilcitosina (HMC 5), una novela DNA modificacin se inform [ 15 ]. Por lo general, la presencia de m5CpG en el ADN genmico est asociado con condensacin de la cromatina y la inactivacin de la expresin gnica. Sin embargo, no est claro si el papel evolutivo primario de metilacin del ADN es el silenciamiento transcripcional o un sistema de defensa del husped frente a elementos de secuencia parasitarias endgenos o exgenos [ 16 ]. En los genomas de eucariotas superiores, dinucletidos CpG estn generalmente insuficientemente representadas, de un tercio a un 5% de su frecuencia esperada [ 17 - 20 ]. El mecanismo propuesto para explicar esta falta de representacin, reconoci por primera vez en los sistemas procariotas [ 21 ], es que los sitios CpG son mutagnicos, debido a la conversin de frecuencia de methylcytosines a timinas travs desaminacin [ 22 ]. Similar a sus anfitriones, dinucletidos CpG estn insuficientemente representadas en la mayora de los virus de ADN pequeos, aunque en menor medida [ 23 ]. Se ha propuesto que las frecuencias CpG bajos pueden permitir que los virus o bien para evitar la metilacin por metiltransferasas de acogida y por lo tanto maximizar su eficacia de la transcripcin, o podra ser un medio para reducir las respuestas inmunitarias mediadas por CpG [ 24 ]. La opinin general es que los sitios CpG en los vertebrados, agrupadas en racimos o islas (CGI), son en su mayora no metilados en las regiones promotoras de los genes transcripcionalmente activos, y metilados en las regiones promotoras de los genes transcripcionalmente inactivos. En contraste, la metilacin de los genes del cuerpo parece ser conservadas evolutivamente y juega un papel importante en el tejido-o regulacin de clulas especficas de promotor alternativo. Adems, las clulas tumorales por lo general muestran hipometilacin de la mayora de la metilacin del genoma y de CGI en las regiones promotoras de genes supresores de tumores [ 14 , 25]. Segn Gardiner-Garden y Frommer [ 26 ] un CGI se define como un fragmento de ADN de al menos 200 pb que contiene al menos 50% de CpG, con una relacin observada / esperada CpG (O / E) de 0,60 o superior y al menos una brecha de 100 pb entre diferentes CGIs. Esta definicin, a pesar de su popularidad, ha suscitado muchas crticas y diversas propuestas diferentes se han postulado [ 27 - 31 ]. Han et al., [ 32 ] recientemente compar tres algoritmos computacionales para la identificacin de islas CpG y, sobre la base de la funcin de genes de vertebrados y de otros factores genmicos, el rendimiento criterios Takai y Jones era el mejor. El anlisis de 132 CGI a travs de todo el cromosoma humano 21 permiti a los investigadores identificar varios atributos asociados con cualquiera de metilacin-resistencia o sensibilidad de metilacin-CGI [ 33 ]. La mayora de las propuestas para la identificacin y los criterios para analizar predisposicin metilacin en las islas CpG CGI no se puede aplicar directamente a los genomas debido a su pequeo tamao de VPH. Adems, la falta de mltiples regiones promotoras y los pocos datos disponibles acerca de metilacin de diferentes tipos virales hacen difcil este escenario. Debido a que en nuestra opinin, la comprensin de la metilacin del ADN puede beneficiarse de nuestro conocimiento de la distribucin de CpG lo largo de diferentes genomas virales, se han analizado las proporciones genmicas y regionales de sitios CpG (PCS) y su disposicin en CGI, en la mayora de los tipos de virus del papiloma humano secuenciado hasta la fecha. Hasta donde sabemos, no ha habido un anlisis exhaustivo de CGIs en los genomas de virus. Proponemos hiptesis acerca de sus roles funcionales, teniendo en cuenta tanto los VPH como un solo grupo o en subgrupos en funcin de su tropismo preferencial (cutnea y mucosa) y su riesgo asociado para inducir el cncer (mucosa de bajo y de alto riesgo). Ir a: Resultados Sitios CpG estn infrarrepresentados entre los genomas de HPV, aunque en menor medida que en sus anfitriones Despus de identificar todos los sitios CpG entre los 92 disponibles las secuencias de ADN del VPH, se calcul el valor de CpG esperado para cada genoma viral. El nmero esperado de sitios CpG se calcul como el nmero de 'C est multiplicado por el nmero de' G en el genoma viral, dividido por el tamao del genoma. Cuando se compar la CpG observado vs los valores esperados para cada tipo viral, una diferencia significativa fue evidente (un lado p = 0, prueba de Chi cuadrado).Adems, se encontr una correlacin positiva (dos caras p = 4.30E-37, rho Spearman rango de correlacin; Figura Figura 1)1 ) que indica una proporcin similar de CpGs disminucin independientemente del tipo viral. Como se prevea, los sitios CpG estn infrarrepresentados en los genomas virales, aunque en menor medida que en su genoma husped humano [ 17 , 20 ]. La diferencia media entre medio es 50,5% (que van desde 32,5% a 58,1%).
Figura 1 Relacin entre los valores observados y esperados CpG de los genomas de VPH . Curiosamente, la mayora de HR-HPV infecta muestran ratios de epitelios mucosos CpG O / E por debajo de la O / E ratio media (0.50), slo cinco tipos de VPH-AR (18, 26, 45, 39 y 68) muestra diferencias ligeramente por encima de la media relacin (de ficheros adicionales 1 , Tabla S1). De hecho, el HR-HPV tienen la media ms baja (0,47) CpG O / E ratio que significa que este subgrupo viral muestra una representacin insuficiente profundo CpG. CpG O / E ratios de medios de LR y los tipos cutneos de HPV son 0,49 y 0,51, respectivamente. En la figura Figura 1,1 , podemos observar los valores de CpG como una funcin de los valores esperados para todos los genomas secuenciados 92 del VPH. La relacin calculada O / E de cada nucletido individual entre los diferentes genomas virales indica que C (0,8) y G (0,9), mientras que estn subrepresentadas A (1,2) y T (1,1) estn sobre-representados dentro de los genomas de VPH. HPV E4 es la regin con la mayor proporcin de CpGs Se calcul cada PCS como el nmero de sitios CpG dividido por el nmero total de nucletidos en la secuencia considerada. Luego trazamos PCS para cada regin viral en orden ascendente (Figura (Figura 2)2 ) independientemente del tipo viral. Esto significa que cada valor del eje x puede representar ms de un tipo viral.
La figura 2 Distribucin de los tipos de VPH en funcin de los valores del PCS regionales . Cada conjunto de datos se representa grficamente de acuerdo con el orden de cada uno particulares PCS regionales, desde el ms bajo al mximo. PCS es el nmero de sitios CpG dividido por el nmero total de nucletidos en ... De la figura Figura 22 (de ficheros adicionales 2 , Tabla S2, donde se enumeran todos los genomas virales analizados), est claro que el E4 ORF posee el ms alto valor de PCS regional (61 de los 68 tipos de VPH que esta regin ha sido identificada, vase la seccin Mtodos para tipos de VPH que carecen de ORFs reportados), y que el E2regin (donde E4 es co-situado) no muestra PCS valores similares (media E2 PCS sin los tipos de VPH que carecen de E4 fue 0.028). En tres de los 68 tipos virales, E7exhibe los ms altos valores de PCS, mientras que la regin LCR muestra los valores ms altos de PCS en cuatro de cada 68 tipos. PCS promedio de la regin (y el rango) para ORFs individuales y la LCR son los siguientes: E6 , 0,024 (,002-,045); E7 , 0,030 (0,010-0,054); E1 , 0,018 (0,009 a 0,035); E2 , 0.029 (0.014 a 0,050); E4 , 0,051 (0,025-0,088); L2 , 0,023 (0,011- 0,043); L1 , 0,018 (0,009 a 0,036), y LCR, 0,027 (0,009 a 0,054). Cuando los VPH se agrupan en funcin de su tropismo preferencial, los E4 ORF PCS promedios son los ms altos en comparacin con cualquier otra regin. De hecho, E4ORF PCS promedios estn bastante cerca, independientemente del tipo, porque cutnea, 0.054 y mucosa, 0.049, similar a cuando los VPH mucosos se agruparon en funcin del riesgo: riesgo bajo, 0.050 y de alto riesgo, 0.048. Adems, E4 promedio de los valores de PCS son alrededor de dos veces los ms altos PCS promedio de cualquier otra regin en cada grupo viral / subgrupo (datos no mostrados). Curiosamente, relaciones de O / E para A (1,16) y G (0,96) nucletidos individuales en la E4 ORF, siga la misma tendencia encontrada en todo el genoma viral, sin embargo, T (0.68) parece poco representados y C (1,20) sobrerrepresentados, en comparacin a los valores de todo el genoma. Cuando Arco-pecado transforman relaciones de O / E de los nucletidos individuales en E4 se compararon y en todo el genoma, se encontr que los dos conjuntos de datos son significativamente diferentes (p = 4.94E-14; prueba de la t), a pesar de que son significativamente correlacin (p = 006; Pearson de correlacin producto-momento). PCS se Arc-pecado transformados con el fin de utilizar correctamente los procedimientos estadsticos, como se mencion en la seccin Mtodos. Distribuciones del tipo de VPH en funcin de la proporcin regional de los sitios CpG son diferentes Tipos de VPH fueron ordenados en funcin del PCS regionales transformadas Arc-sin (AsPCS) y se compararon entre s utilizando un coeficiente de correlacin lineal de Pearson y de dos caras pruebas t. Los resultados se muestran en la Tabla Tabla 1,1 , donde se puede observar que 36 de los 45 son correlaciones significativas. Esto significa que cualquier tipo viral mantiene estrechamente su posicin relativa en funcin de cada par correlacionada significativa de PCS regionales. Hay una falta de correlacin entre PCS LCR y los de los E1, E4, L2 y L1 regiones, as como el promedio de los ORFs; entre E6 PCS y los de los E7, E2 y E4 regiones, y entre E7 y PCS que a partir de la L2regin.
Tabla 1 valores de p para las correlaciones entre los valores * AsPCS regionales La distribucin de las islas CpG / grupos entre los VPH es heterognea Ubicacin CGI se resume en la tabla Tabla22 (y se describe en el archivo adicional 3 , Tabla S3). Hay en promedio 3 CGI por VPH genoma (que van desde 1 a 8) y el tamao medio de la isla es 394 pb, que van desde 203 hasta 1379 pb. Veinte dos tipos de HPV tienen un solo CGI con un tamao medio de 447 pb (que van desde 210 hasta 835); 25 tipos poseen dos CGIs con un tamao promedio de 360 pb (que van desde 215 hasta 562); 15 tipos poseen tres CGIs con un tamao medio de 303 pb (que van desde 234 hasta 426); 10 posee cuatro tipos CGI, tamao medio de 365 pb (que van desde 241 hasta 510); 6 tipos poseen cinco CGI, tamao medio de 481 pb (que van desde 265 hasta 724) ; 6 tipos poseen seis CGI, tamao medio de 477 pb (que van desde 391 hasta 575); 7 tipos poseen siete CGI, tamao medio de 381 pb (que van desde 344 hasta 424), y un solo tipo (VPH 57) posee ocho CGI con un tamao medio de 505 pb (que van desde 209 hasta 1.159). Ninguno de los virus carecen de CGI, y en todos los casos al menos un CGI pertenece a la E2/E4 regin.
Tabla 2 Proporcin de islas CpG por VPH para cada grupo viral HPV E2/E4 es la regin con el mayor nmero de CGIs Se encontr que la regin viral con el mayor nmero de CGI (CGIN) es E2/E4 ; cada tipo viral que posee al menos un CGI en esta regin. Es importante dejar claro que en el caso de E4 , como en cualquier otra regin, slo hemos tenido en cuenta los tipos de VPH que este ORF se ha identificado. Otras regiones que contienen ms comnmente CGI incluyen los E1, E7 y L2 ORF que tienen CGI en al menos la mitad de los tipos de VPH; la L1 regiones ORF y LCR con una CGI en 25 a 50% de los tipos virales, y, finalmente, la regin donde menos de 25% de los tipos virales poseen una CGI es E6 . En la mayora de los tipos, no hay una correspondencia exacta entre toda CGIN genoma y CGIN regionales porque cuando una isla / cluster se distribuye en ms de una regin viral, se toma en cuenta en cada regin comprendida, incluso si slo hay una CGI en todo el genoma. Esto se aplica particularmente a los E2 y E4 regiones debido a que el E4 ORF se encuentra dentro de la E2 ORF, aunque en un marco de lectura diferente (vase la Tabla Tabla22 ). Los tipos de VPH de alto riesgo presentan islas CpG / grupos menos y ms cortos Cuando agrupados por tropismo, y el promedio de CGI tamaos rangos son los siguientes: los tipos de VPH cutneos promedio de 446 pb (203 a 1211 pb); todos los tipos de VPH de la mucosa, 345 pb (205 a 1379 pb); mucosas tipos LR-HPV, 363 pb (205-1379 pb) y la mucosa tipos de VPH-AR, 275 pb (210-410 pb). En particular, cuando se compararon las frecuencias CGI por tamao, se encontraron diferencias significativas entre los HPV cutneos y mucosos (p <0,0005), as como entre la mucosa LR y HR-HPV (p <0,0001, prueba de Chi cuadrado). Adems, ambos tipos virales cutneas y mucosas comparten un promedio de 3,0 CGIs por genoma viral (que van desde 1 a 8), y entre los tipos de mucosas, LR-HPV muestran un promedio de 3,93 CGIs por genoma viral en contraste con HR-HPV que muestran slo 1,60 CGIs.Al comparar las frecuencias por nmero de CGI, tambin encontramos diferencias significativas entre los HPV cutneos y mucosos (p <0,005), as como entre la mucosa LR y HR-HPV (p <0,001, test de Chi cuadrado). Treinta de 45 cutnea y 32 de los 47 tipos de mucosas poseen 3 o menos CGIs, y 15 de los 45 cutnea y 15 de los 47 tipos de mucosas poseen ms de 3 CGIs. En el grupo de la mucosa, 14 de los 29 LR y los 18 HR-HPV poseen 3 o menos CGIs, y 15 de los 29 LR- HPV posee ms de 3 CGIs (archivo adicional 3 , Tabla S3). Aunque CGI parecen regionalmente distribuidos de manera similar entre los tipos cutneas y mucosas (a excepcin de E6, L1 y LCR), hay una diferencia notable entre la proporcin de CGI entre tanto HR-y de la mucosa LR-tipos (vase la tabla Tabla2),2 ), especialmente para regiones E6 (0,07 y 0,32, respectivamente), E1 (0,33 y 1,14, respectivamente), L2 (0,13 y 1,00, respectivamente), L1 (0,0 y 0,55, respectivamente), y LCR (0,0 y 0,46, respectivamente ). De hecho, entre la mucosa tipos de VPH-AR, slo HPV 33 contiene un CGI en el E6 regin, slo el VPH 45 contiene un par de CGIs en la L2 regin, y ninguno de los HR-HPV mucosas contienen CGIs ya sea en la L1 o LCR regiones. Curiosamente, cuando se centra slo en regiones en las que se identificaron las islas (con exclusin de cualquier regin sin CGI; ver la Tabla S3), la regin que posee el nmero ms alto CGI es L1 (promedio 1,71 CGI sobre 21 tipos de VPH), seguido de L2(promedio 1,58 CGI en 36 tipos de VPH), E1 (promedio 1,26 CGIs en 61 tipos de VPH) y LCR (promedio 1,20 CGIs en 25 tipos de VPH). Los oncogenes E6 y E7 , as comoE2 y E4 ORF cuota 1 CGI los das 17, 45, 92 y 68 tipos de VPH, respectivamente. Ir a: Discusin Para nuestro conocimiento, este es el primer anlisis sistemtico de CGI, as como de la distribucin del sitio CpG realizado en 92 tipos de VPH. Este anlisis proporciona la estructura principal que subyace al fenmeno metilacin, orientar la identificacin de regiones genmicas interesantes para futuros estudios experimentales epigenticos. Como era de esperar [ 23 ], encontramos diferencias significativas entre los valores observados y esperados CpG entre todos los genomas secuenciados VPH. Sin embargo, contrariamente a la escasa representacin notable de sitios CpG entre genomas eucariotas donde representan slo un tercio a un 5% de los valores esperados; genomas virales tienen una escasa representacin de slo alrededor del 50% de los valores esperados CpG. De acuerdo con la hiptesis de co-evolucin, sera de esperar que los genomas humanos y VPH exhiben valores de infrarrepresentacin de CpG similares. Las grandes diferencias encontradas podran estar relacionados con otros fenmenos relevantes, tales como el uso del codn especfico de la especie y la composicin genmica de base. De hecho, una relacin entre el uso de codones y la composicin base con C + contenido de G en los VPH se encontr anteriormente [ 34 ,35 ]. En este contexto, parece necesario mencionar que los VPH son pequeos genomas de ADN virales de tamao que no evolucionan rpidamente, a diferencia de otros virus.Se ha calculado que se necesitan alrededor de 200.000 aos en 17 pb, hasta el cambio de estos genomas [ 36 ]. En un contexto biolgico, una correlacin significativa entre los valores observados y esperados CpG podra reflejar constricciones funcionales globales comunes compartidos por la mayora de los tipos de VPH. Al mismo tiempo, la falta AsPCS inter-regional de correlaciones punto a divergencias funcionales constriccin locales, en particular en los E6 regiones y LCR (Tabla (Tabla 2).2 ). Sin embargo, ms estudios de los diferentes tipos de VPH son necesarios para confirmarlo. Curiosamente, L2 y L1 ORF muestran un comportamiento CpG paralelo. Ambos poseen relativamente bajos PCS dispuestas principalmente en CGI. La L2 regin es el sexto lugar en el valor promedio de PCS y el cuarto lugar en nmero isla, y L1 es el octavo lugar en el valor promedio de PCS y el sexto lugar en nmero isla. Se sabe que en las lesiones de cuello uterino de bajo grado asociadas al VPH 16, el genoma viral es episomal, hipometilado, y las L1 y L2 ORF se expresa con el fin de generar las cpsides virales. Por el contrario, la mayora de las lesiones cervicales de alto grado muestran DNA viral integrado, hypermethylated y las L1 y L2 ORF no se expresan. En los vertebrados, la metilacin en los genes del cuerpo juega un papel importante en el tejido o la regulacin de clulas promotor especfico de alternativa, de tal manera que CGI hurfanos se utilizan para la identificacin alternativa promotor [ 37 ]. A pesar de que esta es una idea arriesgada, es tentador especular que los ORFs que codifican la cpside viral se comportan de manera similar y que cuando la clula hypermethylates ellos, es posible que la L1/L2 regin desempea un papel como un promotor alternativo para los genes virales y, cuando integrado, para algunos genes celulares. Adems, los oncogenes virales tambin muestran un comportamiento CpG paralelo, pero de una manera opuesta como los genes que codifican la cpside. Ambos de ellos poseen relativamente altas PCS valores asociados a unos pocos CGI. E7 ocupa el segundo lugar de acuerdo con los valores promedio de PCS regionales y el quinto lugar de acuerdo con el nmero media de la isla, mientras que el E6 regin ocupa el quinto lugar de acuerdo con PCS regionales y la octava colocar de acuerdo con el nmero promedio de isla. Esto significa que los sitios CpG estn ampliamente distribuidos y sugieren ambas regiones podran ser sensibles a la metilacin, especialmente cuando los virus del papiloma humano integran en el genoma de la clula. El E4 ORF parece ser un caso especial debido a sus mltiples funciones durante el ciclo viral. Est implicado en diversas funciones celulares y virales, especialmente en la disminucin de la integridad de queratinocitos [ 38 ], [detencin del ciclo celular en G239 ], la replicacin del ADN del VPH [ 40 ] y la expresin de las protenas tardas [ 41], posiblemente a travs de varios productos de la protelisis protena E4 [ 42 ]. De hecho, la E4 ORF se expresa en todo el ciclo viral [ 2 ]. Sus funciones y la expresin continua podran depsito municipal restricciones funcionales duros a mutaciones de secuencia, as como la necesidad de un mecanismo implicado en evitar la metilacin.El mantenimiento de los sitios CpG en CGI podra ser una especie de compromiso para satisfacer las restricciones del cdigo de secuencia con la expresin necesaria de la protena E4. Adems de la falta de representacin de los sitios CpG en el genoma del VPH, las proporciones de un solo nucletido apuntan a T y A mayores frecuencias a costa de G y C frecuencias, lo que refuerza la hiptesis de la mutacin T C como resultado de la desaminacin CpG. Sin embargo, el E4 regin no comparte el mismo comportamiento.Sorprendentemente, incluso cuando A y G proporciones son similares a los de todo el genoma, frecuencias C parecen ser aumentado a expensas de Ts. Este hecho, sumado a la gran cantidad de sitios CpG, en su mayora organizados en CGIs, lleva a la pregunta de si existe algn mecanismo para evitar la C T mutaciones, como resultado de la desaminacin, que afecta el VPH y en especial la viral E4 regin. De hecho, existen enzimas de reparacin que eliminan bases desaminados, en concreto, timina ADN glicosilasa (TDG) y metil-CpG dominio de la protena de unin 4 (MBD4), que son capaces de eliminar uracilo o timina de G U y G T miss- parejas en el seguimiento de las enzimas de reparacin por escisin de base restaurar un G C par [ 43 , 44 ]. Cuando agrupados por tropismo, el grupo de VPH cutnea, muestra el mayor tamao medio de CGI (446 pb), seguido por el grupo LR-HPV con un tamao medio de CGI intermedia (363 pb) y el grupo HR-HPV muestra el tamao promedio ms pequeo CGI (272 pb). Adems, a pesar de que Cgin de ambos tipos de HPV cutneas y mucosas comparten valores similares (3 CGIs, promedio), parece que hay una tendencia hacia Cgin ms pequeo en comparacin con el HR-LR-VPH (1,6 y 3,93, respectivamente). Estos datos plantean preguntas sobre el posible papel de los CGIs en la interaccin entre el virus y las clulas. Al mismo tiempo, esto sugiere una posible susceptibilidad diferencial a la metilacin en funcin de cualquiera de VPH tropismo o riesgo asociado. Sin embargo, los nicos estudios experimentales sobre methylomes se han llevado a cabo en los tipos de VPH 16 y 18, donde se observaron cambios de metilacin y alta heterogeneidad a lo largo de las fases de la infeccin viral [ 3 - 8 ]. En resumen, las diferencias entre los grupos podran estar relacionados con diferentes estrategias epigenticos infecciones virales. Por ltimo, debe ser interesante examinar virus determinados genes en el genoma humano y ver cules son sus caractersticas y CGI CpG son. Esperamos que nuestro anlisis de la distribucin de CpG y CGI entre los genomas de VPH puede proporcionar elementos para aproximaciones experimentales racionales relacionadas con los procesos biolgicos y evolutivos de estos virus y sus anfitriones. Ir a: Conclusiones En primer lugar, queremos sealar que este trabajo se basa nicamente en el anlisis de secuencia caracterstica, por lo que los resultados presentados aqu pueden necesitar corroboracin experimental. En este estudio, hemos encontrado que hay dos diferencias importantes y las correlaciones entre los valores observados y esperados CpG entre todos los genomas secuenciados de VPH, y que los genomas virales tienen una escasa representacin de slo alrededor del 50% en comparacin con los genomas eucariotas en representacin insuficiente es de 30 a 5 %. El anlisis de la distribucin regional de sitio CpG muestra que las correlaciones entre PCS completos del genoma son significativos, a pesar de que hay una falta de correlacin entre varios pares de regin genmica, especialmente aquellos que involucran LCR y E6 . Por otra parte, se encontr que L2 y L1 ORFs exhiben un comportamiento opuesto a los oncogenes E6 y E7 ; el primer par que posee un nmero relativamente bajo de sitios CpG que se asocian a CGI mientras que los oncogenes poseen un nmero relativamente alto de sitios CpG que no estn asociados a CGI. Nos gustara sealar que E4 es la regin que posee el mayor contenido de CpGs en cada tipo de VPH que una E4 se identifica. A partir del anlisis CGI, el E2/E4 es la nica regin con al menos una CGI en todos los VPH, y la principal diferencia entre esta regin y el genoma completo es que en elE4 regin de la frecuencia de Cs parece aument a expensas de Ts . Los HR-HPV mucosas poseen los tamaos CGI ms cortos, seguido por las mucosas LR-HPV y, finalmente, por el subgrupo viral cutnea. Al mismo tiempo, los HR-HPV mucosa muestran una tendencia hacia nmeros ms bajos CGI, seguido por el subgrupo viral cutnea y, finalmente, por la mucosa LR-HPV. Por ltimo, esperamos que nuestro anlisis de la distribucin de CpG y CGI entre los genomas de VPH puede proporcionar apoyo a los enfoques experimentales racionales relacionadas con los procesos biolgicos y evolutivos de estos virus y sus anfitriones. Ir a: Mtodos Nuestro anlisis de CpG comprende dos fases: la primera es la comparacin de la distribucin del sitio CpG entre los tipos de VPH como un solo grupo, y en la segunda fase que identificar posibles similitudes o diferencias en la distribucin del sitio CpG asociados a la tropismo preferencial y / o el riesgo de cncer causado por los subgrupos virales mucosas. La distribucin de CpG se refiere a proporciones CpG (PCS) y, o bien tamaos CGI o nmeros. Fuente de datos VPH secuencias de ADN se obtuvieron en lnea de GenBank (EE.UU. Biblioteca Nacional de Medicina y los Institutos Nacionales de Salud; ver ficheros adicionales 1 , Tabla S1). El criterio principal para la seleccin del genoma viral fue que cada secuencia de nucletidos haba sido identificado previamente como un tipo de HPV por un estudio taxonmico. Seleccionamos todas las secuencias de VPH incluidos en los esquemas de clasificacin de De Villiers et al. [ 45 ], sobre la base de la secuencia de L1, y de Diallo et al. [ 46 ], en base a secuencias del genoma completo. Secuencia del VPH tipo 16 incluye los cambios propuestos por el Grupo de Biologa Terica y Biofsica en el Laboratorio Nacional de Los Alamos. 92 Todos los genomas de VPH incluidos en el anlisis fueron reeditados por lo que todas las secuencias comienzan en el primer nucletido de la E6 ORF. Las excepciones a esto son los tipos de VPH 71 y 14D, porque ninguno tiene un reporte de E6 ORF. Adems, los tipos de VPH 14D y 3 falta informaron E7 ORFs, tipo de VPH 53 carece de un informado E1ORF y 24 tipos virales carecen informado E4 ORF (VPH 1a, 3, 7, 8, 9, 10, 12, 14D, 15, 17, 19, 25, 26, 27, 30, 32, 34, 40, 45, 50, 52, 53, 56 y 71). Debido a la ausencia de datos puede contribuir a un sesgo en el anlisis, se identificaron ORFs putativo para cada tipo de VPH que carecen ORFs reportados utilizando la herramienta en lnea "ORF finder" [ 47 ]. Los principales criterios de seleccin putativo ORF era el tamao de las regiones codificantes identificados y la existencia de un solo candidato ORF en cada regin considerada. Tomamos en cuenta los fragmentos individuales de 200 pb o ms, y luego se calcul el PCS para estos ORFs putativo. Como puede verse en el archivo adicional 4 , Tabla S4, encontramos putativo sola E 1 y E 7 ORFs para tipos de VPH 53 y 3, respectivamente. En el caso de VPH 14D, encontramos sola E 6 y E 7 ORFs, sin embargo, se constat que eran recubrirse con ms de 100 pb. Para los tipos de VPH sin reportado E 4 ORF, hemos identificado un nico ORF putativo en slo tres tipos virales de VPH: 25, 26 y 32. Los otros 21 tipos de VPH tenan ms de un ORF identificado: se encontraron 11 tipos de VPH con 2, 8 tipos de VPH de 3, 1 tipo de VPH con 4 y 1 tipo de VPH con 5 putativo E4 ORFs. El PCS para las ORFs putativo no cambiaron notablemente el PCS promedios regionales ni el anlisis de los resultados (vase la disposicin 5 , cuadro S5). Por ltimo, con el fin de evitar sesgos en los resultados, se incluy una secuencia de cada tipo de VPH y evitamos cualquier secuencia de tipo Variant. Datos de entrada Los datos de entrada comprendidos todo el genoma, cada ORF y LCR, incluyendo los sitios de inicio y fin, para cada tipo de HPV. Se analizaron los genomas completos de 92 secuencias virales, as como los dividen en 8 regiones ( E1, E2, E4, E6, E7, L1 , y L2 ORF, y LCR). Debido a la escasa cantidad de datos, no hemos incluido tres ORFs reportados en el anlisis: el E8 ORF se ha encontrado solo en 1 de HPV, el E5 ORF est presente slo en 23 de los 92 tipos de VPH (5, 6 bis, 11, 13, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 41, 42, 51, 58, 59, 67, 68, 69, 70, 74, 82 y 85), y el E5 B ORF se informaron slo para dos HPV tipos (11 y 31). Datos de salida Con el fin de identificar los sitios CpG que utilizamos PISMA, una herramienta computacional que hemos diseado, que est disponible a peticin de SCG y / o RAS.PISMA permite la localizacin y la identificacin de los motivos que varan entre 2 a 10 bases, en un mximo de 10 kb secuencias de ADN. Adems, esta herramienta contar el nmero de motivos en las regiones definidas. Hemos identificado los sitios CpG individuales por regin de todas las secuencias de VPH, y en base a los datos de PISMA, se calcularon los PCS como el nmero de sitios CpG dividido por el nmero total de nucletidos en la secuencia. Identificacin de putativo islas CpG / grupos se llev a cabo utilizando la isla CpG Explorer 2.0, disponible pblicamente enhttp://www.uscnorris.com/cpgislands2/cpg.aspx [ 28 ]; parmetros utilizados en la isla CpG de identificacin fueron los de Gardiner-Jardn y Frommer [ 26 ]: CpG 50% o ms, ObsCpG / ExpCpG relacin de 0,60 o ms alto, al menos 200 pb tamao y 100 pb brecha. En la figura Figura 33 se muestran los resultados obtenidos para el VPH 16.
Figura 3 Distribucin de CpG en el genoma de VPH tipo 16 . A. mapa Viral gen; B. Localizacin de sitios CpG y C. sola isla CpG identificados. PCS transformaciones Arc-sen se calcularon con el fin de utilizar correctamente los procedimientos estadsticos paramtricos que no son adecuados para los datos de proporcin debido a la naturaleza binomial del proceso biolgico (ocurrencia CpG). En resumen, la distribucin de proporciones es a menudo sesgada, y la transformacin arcoseno a menudo hace que la distribucin ms normal. Por ltimo, se calcularon los valores esperados CpG para cada genoma viral con el fin de compararlos con los valores observados CpG. Anlisis de Datos Las posibles relaciones entre los resultados de los datos se identificaron utilizando rho de Spearman rango de correlacin y pruebas de Chi cuadrado, as como Momento de Pearson del producto de correlacin y dos caras pruebas t. Los clculos se realizaron utilizando ad hoc Excel macros y corroboracin de los clculos, el uso de software libre en lnea las estadsticas [ 48 , 49 ]. Procedimiento de revisin Con el fin de comprobar la posibilidad de errores en los clculos, se revis todo el procedimiento de seleccin al azar tres grupos de treinta tipos de VPH cada uno. A un grupo se utiliza para repetir los procedimientos de datos de entrada; un segundo grupo se utiliz para repetir los procedimientos de datos de salida, y el tercer grupo se utiliz para repetir los clculos del valor estadsticos y p. Ir a: Lista de las abreviaturas VPH: virus del papiloma humano; LR-HPV: los tipos de VPH de bajo riesgo; HR-HPV: los tipos de VPH de alto riesgo; ORF: marco de lectura abierto; PCS: proporcin de sitios CpG; AsPCS: Arc-sin proporcin transformada de sitios CpG; m5CpG : sitio CpG metilado; CGI: isla CpG; Cgin: Nmero isla CpG; E (nmero): protena viral temprana, L (nmero): protena viral tarda; E (nmero): viral temprana ORF, L(nmero): viral tarda ORF; LCR: regin de control de largo; SRPK1: serina-arginina-rica protena quinasa 1. Ir a: Autores de las contribuciones SCG inici el estudio, realizado el anlisis y la interpretacin, y escribi el manuscrito.MMS, VMG y RM obtuvieron los datos y revis el manuscrito. RAS, GTDC MAH y desarrollaron la herramienta computacional y particip en la obtencin de los datos, y AGC siempre mpetu inicial para llevar a cabo el anlisis y participaron en la redaccin y revisin del manuscrito. Todos los autores ledo y aprobado el manuscrito final. Ir a: Informacin de los autores SCG es un investigador asociado y RAS es profesor en la Universidad Nacional Autnoma de Mxico; AGC es un investigador de la Universidad Nacional Autnoma de Mxico y en el Instituto Nacional del Cncer, VMG es profesor en la Universidad Metropolitana, RM es un investigador asociado en el Instituto Nacional del Cncer, MMS es becario postdoctoral en el laboratorio de AGC; GTDC y TAC son estudiantes guiados por RAS. Ir a: Material complementario Archivo adicional 1: Tabla S1. CpG observado y esperado valores para cada tipo de VPH . La tabla contiene el nmero de acceso de GenBank, los nmeros observados y esperados CpG, y la relacin O / E CpG, para todos los 92 tipos de VPH incluidos en el anlisis. Haga clic aqu para ver archivo (39K, XLS)
Archivo adicional 2: Tabla S2. Proporcin de sitios CpG entre diferentes regiones genmicas . La tabla contiene la proporcin de CpG en la E6, E7, E1, E2, E4, L2 y L1 ORF, y la LCR, todo el genoma y todos los ORFs juntos, para cada tipo viral. Haga clic aqu para ver archivo (41K, XLS)
Archivo adicional 3: Cuadro S3. Islas CpG por regin de cada tipo de VPH . La tabla contiene el nmero de la isla CpG en la E6, E7, E1, E2, E4, L2 y L1 ORF, y la LCR y de genoma completo, el tamao medio de CGI y el tropismo para cada tipo viral. Haga clic aqu para ver archivo (35K, XLS)
La disposicin 4: Tabla S4. ORFs putativo de los tipos de VPH que carecen de ORFs reportados . La tabla contiene todos los fragmentos posible codificacin de 200 pb o ms grande para cada tipo de HPV que carece ORFs reportados; los sitios de inicio y fin, y los valores correspondientes PCS. Haga clic aqu para ver archivo (25K, XLS)
Archivo adicional 5: Tabla S5. P valores de las correlaciones entre AsPCS regionales cuando se incluyen las ORFs putativo . La tabla contiene valores de p para las correlaciones entre los valores AsPCS regionales cuando se incluyen AsPCS de ORFs putativo. Haga clic aqu para ver archivo (29K, XLS)
Ir a: Agradecimientos Queremos reconocer el apoyo de PAPIIT-UNAM IN215411-3 (a SCG) y IN226408 (a AGC). Este trabajo se realiz en la Unidad de Investigacin Biomdica en Cncer, Instituto de Investigaciones Biomdicas de la Universidad Nacional Autnoma de Mxico y el Instituto Nacional de Cancerologa, SSA, en colaboracin con investigadores de la Facultad de Ingeniera, Universidad Nacional Autnoma de Mxico y del Instituto Nacional de Cancerologa , SSA. Agradecemos al Prof. Luis Bojrquez-Castro til para los debates y asesoramiento estadstico, y la Dra. Elizabeth Langley y QFB Martha D. Snchez-Barrios para la revisin crtica del manuscrito.Tambin damos las gracias a dos revisores annimos por excelentes crticas constructivas. Ir a: Referencias 1. Walboomers JMM, Jacobs MV, Manos MM, Bosch X, Kummer A, Shah KV, Snijders PJF, Peto J, Meijer CJLM, Muoz N. del papiloma humano es una causa necesaria del cncer cervical invasivo en todo el mundo. J Pathol. 1999;189 : 12 -19. doi:. 10.1002 / (SICI) 1096-9896 (199909) 189:1 <12 :: AID-PATH431> 3.0.CO, 2-F [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 2. Nakahara T, Peh WL, Doorbar J, D Lee, Lambert PF. Virus del papiloma humano tipo 16 E1 ^ E4 contribuye a mltiples facetas del ciclo de vida del virus del papiloma. J. Virol. 2005; 79 :13150-13165. doi:. 10.1128/JVI.79.20.13150- 13165.2005 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ][ Cruz Ref ] 3. . Rosl F, rabe A, B Klevenz, zur Hausen H. El efecto de la metilacin del ADN en la regulacin de genes de virus del papiloma humano J Gen Virol. 1993; 74. (Pt 5) :791-801 [ PubMed ] 4. Kalantari M, Calleja-Macias IE, Tewari D, Hagmar B, Lie K, Barrera-Saldaa HA, Wiley DJ, Bernard HU. Los patrones de metilacin conservadas del virus del papiloma humano tipo 16 ADN en la infeccin asintomtica y el cncer cervicouterino. J Virol. 2004; 78 :12762-12772. doi:. 10.1128/JVI.78.23.12762- 12772.2004 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ][ Cruz Ref ] 5. Kalantari M, D Lee, Calleja-Macias IE, PF Lambert, Bernard HU. Efectos de la diferenciacin celular, la integracin cromosmica y tratamiento con 5-aza-2'- desoxicitidina en la metilacin del virus del papiloma humano 16-ADN en lneas celulares cultivadas. virologa. 2008; 374 :292-303. doi:. 10.1016/j.virol.2007.12.016 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 6. Balderas-Loaeza A, Anaya-Saavedra G, Ramrez Amador VA, Guido Jimnez- MC, Kalantari M, Callejas-Macias IE, Bernard HU, Garca-Carranc A. Human patrones de metilacin del ADN del virus del papiloma-16 soporta una asociacin causal del virus con carcinomas orales de clulas escamosas.Int J Cancer. 2007; 120 :2165-2169. doi:. 10.1002/ijc.22563 [ PubMed ][ Cruz Ref ] 7. Fernandez AF, Rosales C, Lpez-Nieva P, Graa O, Ballestar E, Ropero S, Espada J, Melo SA, Lujambio A, Fraga MF, Pino I, Javierre B, Carmona FJ, Acquadro F, Steenbergen RDM, Snijders PJF, Meijer CJ, Pineau P, Dejean A, B Lloveras, Capella G, J Quer, Buti M, Esteban JI, Allende H, Rodrguez-Fras F, Castellsagu X, Minarovits J, Ponce J, D Capello, Gaidano G, Cigudosa JC, Gmez-Lpez G, Pisano DG, Valencia A, Piris MA, Bosch FX, Cahir-McFarland E, E Kieff, Esteller M. Los methylomes dinmicos de ADN de virus de ADN de doble cadena asociados con el cncer humano. Res. Genoma. 2009; 19 : 438- 451. [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] 8. Robertson KD, Ambinder RF. La metilacin del genoma del virus de Epstein- Barr en los linfocitos normales. Sangre. 1997; 90 :4480-4484. [ PubMed ] 9. Tao Q, Robertson KD. . Tecnologa de sigilo: Cmo el virus de Epstein-Barr utiliza la metilacin del ADN para ocultar la propia de la deteccin inmunolgica Clin Immunol. 2003; 109 :53-6335. doi:. 10.1016/S1521-6616 (03) 00198-0 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 10. Sutter D, Doerfler W. La metilacin del tipo 12 secuencias integradas de ADN de adenovirus en clulas transformadas est inversamente correlacionada con la expresin de genes virales. Proc Natl Acad Sci EE.UU.. 1980; 77 :253- 256.doi:. 10.1073/pnas.77.1.253 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 11. Badal V, Chuang LSH, Tan EHH, Badal S, Villa LL, Wheeler CM, Li BFL, Bernard HU. CpG metilacin de ADN del virus del papiloma humano tipo 16 en lneas celulares de cncer de cuello uterino y en muestras clnicas: hipometilacin genmico correlaciona con la progresin cancergena. J Virol.2003; 77 :6227-6234. doi:. 10.1128/JVI.77.11.6227-6234.2003[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 12. Turan T, Kalantari M, Cuschieri K, Cubie HA, Skomedal H, Bernard HU.Deteccin de alto rendimiento del Virus del Papiloma Humano-18 metilacin del gen L1, biomarcador candidato a la progresin de la neoplasia de cuello uterino. Virologa. 2001; 361 . :185-193 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] 13. Lpez Castel A, Nakamori M, Tom S, Chitayat D, Gourdon G, Thornton CA, Pearson CE. Repeticin CTG Ampliado demarca un lmite para la metilacin CpG anormal en los tejidos de pacientes con distrofia miotnica. Hum Mol Genet. 2011; 20 :1-15. doi:. 10.1093/hmg/ddq427 [ Artculo libre de PMC ][ PubMed ] [ Cruz Ref ] 14. . Su Z, L Han, Zhao Z. conservacin y divergencia de la metilacin del ADN en eucariotas: Nuevas perspectivas de la base resolucin methylomes individuales de ADN epigentica. 2011; 6 (2) :134-140. doi:. 10.4161/epi.6.2.13875 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 15. SG Jin, Wu X, Li AX, Pfeifer GP. Mapeo genmico de 5-hidroximetilcitosina en el cerebro humano. Nucleic Acids Res. 2011; 39 (12) :5015-5024. doi:. 10.1093/nar/gkr120 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 16. Doerfler W. En la bsqueda de la primera reconocida metilacin epigentica seal ADN: una sinopsis 1976-2008. Epigentica. 2008; 3 :125-133. doi:. 10.4161/epi.3.3.6249 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 17. Bird AP. Islas ricas en CpG y la funcin de la metilacin del ADN. Naturaleza.1986; 321 :209-213. doi:. 10.1038/321209a0 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 18. Antequera F, Bird A. Nmero de islas CpG y los genes en humanos y de ratn.Proc Natl Acad Sci EE.UU.. 1993; 90 :11995-11999. doi:. 10.1073/pnas.90.24.11995 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 19. Schorderet DF, Gartler SM. El anlisis de supresin de CpG metiladas en las especies y no metilado. Proc Natl Acad Sci EE.UU.. 1992; 89 :957-961. doi:. 10.1073/pnas.89.3.957 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 20. Burge C, Campbell AM, Karlin S. Over-y subrepresentacin de oligonucletidos cortos en las secuencias de ADN. Proc Natl Acad Sci EE.UU..1992; 89 :1358- 1362. doi:. 10.1073/pnas.89.4.1358 [ Artculo libre de PMC ][ PubMed ] [ Cruz Ref ] 21. Coulondre C, Miller JH, Farabaugh PJ, Gilbert W. Bases moleculares de los hotspots de sustitucin de bases en Escherichia coli . Nature. 1978; 274 :775- 780. doi:. 10.1038/274775a0 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 22. Scarano E, M Iaccarino, Grippo P, Parisi E. La heterogeneidad de timina grupo metilo en origen ADN isostichs pirimidina de desarrollo de embriones de erizos. Proc Natl Acad Sc EE.UU.. 1967; 57 :1394-1400. doi:. 10.1073/pnas.57.5.1394 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 23. Karlin S, Doerfler W, Cardon LR. Por qu se suprime CpG en los genomas de prcticamente todos los virus pequeos eucariotas pero no en grandes virus. J. Virol. 1994; 68 . :2889-2897 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] 24. Hoelzer K, Shackelton LA, Parrish CR. . Presencia y el papel de la metilacin de la citosina en los virus de ADN de animales Nucleic Acids Res. 2008; 36:2825- 2837. doi:. 10.1093/nar/gkn121 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ][ Cruz Ref ] 25. Herman JG, Baylin SB. El silenciamiento gnico en el cncer en asociacin con la hipermetilacin del promotor. N Engl J Med. 2003; 349 :2042-2054.doi:. 10.1056/NEJMra023075 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 26. Gardiner-Garden M, M. Frommer islas CpG en los genomas de vertebrados. J Mol Biol. 1987, 196 :261-282. doi:. 10.1016/0022-2836 (87) 90689- 9[ PubMed ] [ Cruz Ref ] 27. . Ponger L, Mouchiroud D. CpGProD: identificacin de islas CpG asociados con los sitios de inicio de transcripcin en los grandes mamferos secuencias genmicas . Bioinformatics, 2002; 18 : 631-633. doi:. 10.1093/bioinformatics/18.4.631 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 28. Takai D, Jones PA. La isla CpG buscador: un nuevo recurso de WWW. In Silico Biology. 2003; 3 :235-240. [ PubMed ] 29. Hackenberg M, Previti C, Luque-Escamilla PL, Carpena P, Martnez-Aroza J, Oliver JL. Grupo CpG: un algoritmo basado en la distancia de la isla CpG deteccin. BMC Bioinformatics. 2006; 7 :446-458. doi:. 10.1186/1471-2105-7- 446 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 30. Han L, Zhao Z. isla CpG o grupos CpG cmo identificar regiones ricas en GC funcionales en el genoma? BMC Bioinformatics. 2009; 10 : 65. doi:. 10.1186/1471-2105-10-65 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 31. Zhao Z, Han L. islas CpG: Algoritmos y aplicaciones en estudios de metilacin. Biochem biofsicos Res Comm. 2009, 382 :643-645. doi:. 10.1016/j.bbrc.2009.03.076 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 32. Han L, Su B, Li WH, Zhao Z. isla CpG densidad y sus correlaciones con las caractersticas genmicas en los genomas de mamferos. Genome Biology.2008; 9 (5): R79. doi:. 10.1186/gb-2008-9-5-r79 [ Artculo libre de PMC ][ PubMed ] [ Cruz Ref ] 33. Bock C, M Paulsen, Tierling S, Mikeska T, Lengauer Thomas, Walter J. isla CpG metilacin en los linfocitos humanos est altamente correlacionada con la secuencia de ADN, se repite, y predice la estructura del ADN. PLoS Genet.2006; 2 (3): e26. doi:. 10.1371/journal.pgen.0020026[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 34. Shackelton LA, Parrish CR, Holmes CE. . Bases Evolutiva de uso y el codn sesgo composicin de nucletidos de los virus ADN de vertebrados J Mol Evol.2006, 62 : 551-563. doi:. 10.1007/s00239-005-0221-1 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 35. KN Zhao, Liu WJ, Frazer IH. Sesgo codn de uso y A + T variacin del contenido en los genomas de virus del papiloma humano. Res. virus. 2003; 98:95-104. doi:. 10.1016/j.virusres.2003.08.019 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 36. Ho L, Chan SY, Burk RD, Das BC, Fujinaga K, Icenogle JP, Kahn T, Kiviat N, W Lancaster, Mavromara-Nazos P, Labropoulou V, Mitrani-Rosenbaum S, Norrild B, Pillai MR, Stoerker J, Syrjaenen K, Syrjaenen S, Tay SK, Villa LL, Wheeler CM, Williamson AL, Bernard HU. La deriva gentica de papiloma humano tipo 16 es un medio de reconstruccin de Prehistoria propagacin viral y el Movimiento de antiguas poblaciones humanas. J Virol. 1993; 67 . :6413- 6423 [ PMC libres artculo ] [ PubMed ] 37. Illingworth RS, Gruenewald-Schneider U, S Webb, Kerr AR, James KD, Turner DJ, Smith C, Harrison DJ, Andrews R, Bird AP. Islas CpG hurfanos identifican numerosos promotores conservadas en el genoma de los mamferos. PLoS Genet. 2010; 6 (9) pii: e1001134. [ Artculo libre de PMC ][ PubMed ] 38. Wang Q, A Kennedy, Das P, McIntosh PB, Howell SA, Isaacson ER, Hinz SA, Davy C, Doorbar J. La fosforilacin de la protena 16 del virus del papiloma E1- E4 tipo humano en T57 por ERK desencadena un cambio estructural que mejora la unin de queratina y la estabilidad de la protena. J Virol. 2009; 83:3668-3683. doi:. 10.1128/JVI.02063-08 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ][ Cruz Ref ] 39. Davy CE, Jackson DJ, Wang Q, Raj K, Masterson PJ, Fenner NF, el sur de S, S Cuthill, Millar JBA, Doorbar J. Identificacin de un dominio detencin G2 en el E1 ^ E4 de la protena del virus del papiloma humano tipo 16. J Virol .2002; 76 :9806-9818. doi:. 10.1128/JVI.76.19.9806-9818.2002[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 40. Peh WL, Middleton K, Christensen N, P Nicholls, Egawa K, Sotlar K, J Brandsma, Percival A, Lewis J, Liu WJ, Doorbar J. heterogeneidad del ciclo de vida en modelos animales de la enfermedad asociada a virus del papiloma humano. J. Virol. 2002 ; 76 :10401-10416. doi:. 10.1128/JVI.76.20.10401- 10416.2002 [ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 41. Campana I, Martin A, Roberts S. La protena E1 ^ E4 de virus del papiloma humano interacta con la protena kinasa serina-arginina-especfica SRPK1.J Virol. 2007; 81 :5437-5448. doi:. 10.1128/JVI.02609-06[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 42. Wilson R, Fehrmann F, Laimins LA. Papel de la E1 ^ E4 de protenas en el ciclo de vida diferenciacin-dependiente de papilomavirus humano de tipo 31.J. Virol. 2005; 79 :6732-6740. doi:. 10.1128/JVI.79.11.6732-6740.2005[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 43. Morgan MT, Maiti A, Fitzgerald ME, Drohat AC. Estequiometra y afinidad por timina ADN de unin al ADN especfica y no especfica glicosilasa. Nucleic Acids Res. 2011; 39 :2319-2329. doi:. 10.1093/nar/gkq1164[ Artculo libre de PMC ] [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 44. Screaton RA, Kiessling S, Sansom DO, Millar CB, Maddison K, Ave A, Clarke AR, Frisch SM. Protena de dominio de muerte asociado a Fas interacta con metil-CpG vinculante dominio de la protena 4: Un posible vnculo entre la vigilancia del genoma y la apoptosis. Proc Natl Acad Sc EE.UU.. 2003; 100:5211-5216. doi:. 10.1073/pnas.0431215100 [ Artculo libre de PMC ][ PubMed ] [ Cruz Ref ] 45. De Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H. Clasificacin de los virus del papiloma. Virologa. 2004; 324 :17-27. doi:. 10.1016/j.virol.2004.03.033 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 46. Diallo AB, Badescu D, Blanchette M, Makarenkov V. Un estudio del genoma completo y la identificacin de las regiones carcingenos especficos de los virus del papiloma humano. J Comp Biol.. 2009; 16 :1461-1473. doi:. 10.1089/cmb.2009.0091 [ PubMed ] [ Cruz Ref ] 47. Tatusov T, Tatusov R. "ORF finder" Software Online.http://www.ncbi.nlm.nih.gov 48. Wessa P. gratuito Software Estadstico de la Oficina de Investigacin, el Desarrollo y la Educacin, la versin 1.1.23-r5. http://wessa.net/ 49. Soper DS. "Las estadsticas gratuito Calculadoras Website", Software Online.http://danielsoper.com/statcalc3/default.aspx