Metabolismo del RNA

Transcripcion, enzimas, localizacion, inhibicion

En procariotas, factor sigma
En eucariotas, sequencias cis-regulatorios, TATA, inr, enhancer
In eucariotas, Pol II, TF, iniciacion, elongacion, terminacion
Transcritos primarios y procesados

Dr. Gudrun Kausel, Instituto de Bioquimica, UACh
Acido ribonucleico RNA
En RNA U aparea con A
Sntesis de RNA: hebra crece de 5!3
RNA

Estructura primaria:
secuencia de los ribonucletidos

Estructura secundaria y terciaria:
apareamiento intramolecular


! In vivo: complejos con protenas!
RNAs cumplan funciones estructurales y catalticas
Ej. Funcion estructural en formacin de ribosomas, ej: cataltica durante el empalme de intrones
Flujo de la informacin gnica
El mensajero (mRNA) lleva el mensaje, es la secuencia codificante que
tiene los codones, tiene la misma secuencia que la hebra codificante, el
templado es la hebra antisentido
sentido
sentido
antisentido
hebra
El RNA mensajero lleva la informacin
La RNA polimerasa se une al promotor y sintetiza
RNA dependiente de DNA a partir del +1 en
direccin 5-3, no necesita partidor
(RNA)
n
+ NTP ! (RNA)
n+1
+ PPi
- Precursor activado: NTPs (= ATP, CTP, GTP, UTP)
- RNA polimerasa
- TEMPLADO (y no necesita partidor)
- RNA polimerasa dependiente de DNA
Biosntesis del RNA, RNA crece 5!3
Regiones promotoras con elementos consensus
Sntesis del RNA mensajero en eucariotas y procariotas
en procariotas la
transcripcin esta acoplada
espacial- y temporalmente a la
traduccin
RNA polimerasa en procariotas se compone de
un core de ! ! ! !" y la holoenzima con
subunidad sigma
Solamente iniciacin de la transcripcin
con subunidad sigma
Transcripcin en procariotas
iniciacin
elongacin
terminacin
diferentes factores sigma para los distintos promotores
en procariotas
TIPO GENES TRANSCRITOS
RNA pol I genes del rRNA 18S, 5.8S, 28S
RNA pol II genes que codifican protenas
RNA pol III tRNA genes, 5S rRNA genes, genes
de pequeos RNAs
En eucariotas hay tres RNA polimerasas
Localizacin Inhibicin por
!-amanitin
nucleolo
nucleo
nucleo
-
+++
+
Amanita phalloides
RNA Pol I nucleolus no inhibicin
RNA Pol II nucleus fuerte inhibicin
RNA Pol III nucleus inhibicion

Inhibicin de transcripcin en eucariotas
Antibioticos, inhibidores
de transcripcin
Seminsintetico, inhibe elongacin de transcripcin,
Inhibe formacin del segundo o tercer enlace fosfodiester
Rifampicin inhibe la elongacin despus de la
unin de los primeros nucletidos (en procariotas)
Otro antibiotico (en pro- y eucariotas)
Actinomycin D
Une DNA (intercala) y impide unin de la RNA Pol ! no hay transcripcin
Transcritos primarios y transcritos maduros en
pro- y eucariotas
pre-rRNA ! rRNA
procariota eucariota
pre-tRNA ! tRNA
mRNA pre-mRNA ! mRNA
El nico transcrito primario que no se
procesa es el mRNA de procariotas
porque la transcripcin esta acoplada a
la traduccin
En eucariotas transcripcin de genes que codifican protenas
RNA Pol II
eucariotas
Secuencia de consenso en promotor de gen transcrito
por la RNA Pol II
tss
+1
Intiation site
downstream promoter element
TATA-Box
eucariotas
RNA Pol II
Iniciacin de la transcripcin con factores de
transcripcin generales general TFs
TATA-Box binding protein TBP
Se inicia la formacin
del complejo de
iniciacin con la unin
del TBP en el TATA-box
complejo de
iniciacin
fosforilacin
del C-termino
de la RNA Pol II
! elongacin
reclutamiento de TFs
generales de la RNA Pol II
entrada de la RNA Pol II
eucariotas
Regulacin de la iniciacin de la transcripcin
elementos cis- y trans-regulatorios
enhancer
factores de transcripcin
generales
factor de transcripcin
especifico
Secuencia DNA que une
una protena regulatoria
! efecto a la estabilidad del
complejo de iniciacin
eucariotas
Procesamiento del pre-mRNA al mRNA en el ncleo
proteccin
del 5
eliminacin
de intrones
proteccin
del 3
eucariotas
En eucariotas modificacin del 5 del mensajero por CAP
eucariotas
Eliminacin de los intrones por empalme (splicing)
spliceosoma
snRNAs (small nuclear RNA) que
tambin se llaman U-RNAs, porque estn
ricos en uridina
participan los RNAs pequeos
U1, U2, U4, U5, U6
cortar+ligar el pre-mRNA
se forman particulas ribonucleoproteicas,
que se componen de proteinas y
pequeos RNAs nucleares
procesamiento de eliminacin de intrones en el
eucariotas
RNA Pol II: terminacin de transcripcin y
procesamiento del pre-mRNA en el 3
Clivaje de una parte del 3 del pre-mRNA
poliadenilacin, en el
3 se sintetiza una cola
poli-A
eucariotas
Exportacin del RNA por el poro nuclear al citoplasma
eucariotas
En eucariotas el mensajero maduro,
el mRNA en el citoplasma
eucariotas
Ej. del tamao del gen y mensajero maduro
eucariotas
Hibridacin del mRNA con la secuencia del gen DNA
Eucariotes tienen genes mosaicos, exon-intron
eucariotas
Varias protenas se pueden producir por empalme alternativo
(alternative splicing) a partir de un pre-mRNA
! un gen varias protenas
eucariotas
En eucariotas
- Genes interrumpidos (mosaic genes), grandes intrones
- exones pueden determinar dominios de protenas
- exon shuffling, adquisicin de nuevos combinaciones, nuevas protenas,
sistema combinatoria (lego)
- empalme alternativo aumenta numero y variabilidad de productos gnicos
- evolucin
Porque existen intrones, que importancia tienen intrones?
Algunos genes no tienen intrones
Ej: histonas, citoquinas, Porque?
Genes de rRNA estn en mltiples copias en el genoma en tandem
Secuencia intergenica no-
transcrita (IGS)

secuencia transcrita
18S rRNA 5,8S rRNA 28S rRNA
pre-rRNA
procesamiento
(cortar)
5ETS
External transcribed sequence
3ETS
External transcribed sequence
ITS1
internal transcribed sequence
ITS2
internal transcribed sequence
Cluster de gen
rRNA produce 18S,
5.8S y 28S rRNA
UNIDAD SVEYDBERG S
U3
En el
procesamiento
participa el
pequeo RNA U3
Procesamiento del pre-rRNA
En procariotas: pre- 16S, 5S, 23S rRNA
rRNA RNA ribosomal

- >80% del RNA total de una clula,
- muestra mucha estructura secundaria y terciaria
- complejo macromolecular con protenas forma
ribosomas
ribosomas aprox. 2/3 rRNA y 1/3 protenas
- funcin estructural y actividad cataltica
Estructura secundaria
Estructura terciaria
rRNAs y protenas forman complejos
macromoleculares, las ribosomas
Biosntesis de ribosomas en el nucleolo
tRNA
- aprox. 15% del RNA total de una clula
- aprox. 80 nt
- muchas bases modificadas post-
transcripcionalmente
- estructura tridimensional oja de trebol,
- un brazo 3CCA aceptor del aa,
- un brazo anticodon
Procesamiento del pre-tRNA
Transcrito primario
Pre-tRNA

tRNA maduro