Universit de Lige

Facult de Mdecine
Analyse bactriologique des aliments en
milieu rural au Laos
Mlanie Csar
Dpartement des sciences biomdicales et prcliniques
Unit de Microbiologie mdicale
Professeur P. De Mol
Mmoire prsent en vue de lobtention du grade de licenci en Sciences Biomdicales,
ralis en collaboration avec la facult de Mdecine de lUniversit Nationale du Laos
(UNL)
Anne acadmique 2005-2006
Remerciements
Ce mmoire naurait pas pu tre ralis sans la contribution de nombreuses
personnes et organisations que je tiens remercier par ces quelques lignes.
Tout dabord mon promoteur, Monsieur Patrick De Mol, pour lopportunit
quil ma oerte de partir dans un pays magnique et daccomplir un merveilleux
projet. Je le remercie galement pour sa patience, ses conseils et son soutien dans
les dicults que jai pu rencontrer en ralisant ce travail.
Je tiens remercier la facult de mdecine de luniversit nationale du Laos
(UNL) pour laccueil et pour les locaux quelle nous a prts ainsi que toutes les
personnes qui nous ont aides sur place.
Je remercie particulirement Madame Pethsamone Mathouchanh qui nous a
reues et aides lors de notre travail sur le terrain.
Je remercie Monsieur Khamphanh Prabouasane pour ses conseils et son aide
sur le terrain.
Monsieur Kampheui Phommachan, gestionnaire du projet, pour son accueil et
son aide lors de la rsolution de problmes administratifs.
Jadresse mes sincres remerciements Vinciane DAlpaos avec qui jai partag
deux mois magniques.
Un tout grand merci Madame Franoise Daoud pour le temps prcieux quelle
ma accord, pour son aide et nos agrables conversations.
Jadresse ma profonde reconnaissance toutes les personnes travaillant dans
le laboratoire de bactriologie du CHU de Lige qui mont donn des conseils et
mont aid rsoudre certains problmes.
Le voyage ralis dans le cadre du prsent travail a t rendu possible grce
lintervention nancire du Conseil interuniversitaire de la Communaut franaise
de Belgique - Commission universitaire pour le Dveloppement et le Centre de
Coopration au Dveloppement (CECODEL).
Jaimerais galement remercier Monsieur Georges Daube et Madame Sophie
ii
Van Belle pour leur patience et leurs explications.
Ce mmoire naurait pas t possible sans le soutien quotidien et les encoura-
gements de ma famille et de mes proches.
Jassocie ces remerciements mon papa, Patrick et Bernadette pour leur re-
lecture attentive.
Enn, je naurais jamais pu arriver au bout de ce mmoire sans Nico qui a su
me supporter durant ce travail. Je le remercie pour ses relectures, ses conseils, son
aide, sa patience et tous les bons moments passs ensemble durant cette priode.
Je ddie ce travail ma maman qui, je pense, aurait apprci de le lire.
iii
Rsum
Les maladies diarrhiques occasionnent de nombreuses victimes travers le monde
en particulier dans les pays en voie de dveloppement comme le Laos. An de trouver
des solutions pour diminuer lincidence de ces maladies, il convient dabord de dnir les
caractristiques locales de la maladie. Une des causes possibles rside dans lalimenta-
tion et le manque dhygine lors de la prparation de la nourriture et ce particulirement
dans les milieux ruraux. Cest dans ce contexte que sinscrit ce travail qui a pour but
danalyser la qualit bactriologique des aliments les plus courants (padek) dans le mi-
lieu rural au Laos. Aprs une premire phase de rcolte des chantillons dans les villages
du district de Pakkading, nous avons procd lensemencement de ces chantillons par
culture sur boites de Ptri et en bouillons. Ceci nous a permis de dnombrer les co-
liformes, les coliformes fcaux et les entrobactries totales ainsi que de rechercher la
prsence ventuelle de germes pathognes tels que Salmonella, Shigella et Escherichia
Coli. Par la suite, notre retour en Belgique, nous avons identi chaque souche bact-
rienne isole prcisment par galerie Api 20E et nous avons procd un antibiogramme.
Le dnombrement des coliformes, des coliformes fcaux et des entrobactries a rvl un
nombre trop important de ceux-ci dans les chantillons par rapport aux normes alimen-
taires tablies par le CNERNA mettant ainsi en vidence la mauvaise qualit du padek.
Les souches bactriennes identies sont assez diversies mais na permis de mettre en
vidence aucune Salmonella et Shigella. Lanalyse de la sensibilit aux antibiotiques na
montr aucune rsistance particulire, les souches prsentant seulement des rsistances
naturelles certains antibiotiques. Nous avons dmontr quaucune corrlation ntait
tablie entre le dnombrement des coliformes, coliformes fcaux et entrobactries et
certains paramtres tels que la dure de conservation du padek et le niveau de vie des
foyers, de mme entre les souches prsentes et ces mmes paramtres. Cependant, les
conditions de travail ayant empch le traitement dun nombre lev dchantillons, une
analyse recherche plus longue permettrait dobtenir plus des rsultats et augmenterait
la abilit de ceux-ci.
iv
Table des matires
But et plan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
I INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.1 Le Laos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.2 Mode de vie alimentaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.2.1 Consommation des aliments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.3 Rcolte et analyse des chantillons, travail au laboratoire . . . . . . . . . 5
1.3.1 Prlvement des chantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.3.2 Description du padek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.3.3 Description du laboratoire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.4 La qualit de lalimentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.4.1 Technique danalyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.4.2 Entrobactries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.4.3 Coliformes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.4.4 Coliformes fcaux ou thermotolrants . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.4.5 Salmonella . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
1.4.6 Shigella . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.5 Normes et critres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
1.6 Les antibiotiques et les rsistances aux antibiotiques . . . . . . . . . . . 15
1.6.1 Dnition et origine des antibiotiques . . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.6.2 Mcanismes daction des antibiotiques . . . . . . . . . . . . . . . 15
v
1.6.3 Classes des antibiotiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.6.4 Rsistances aux antibiotiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.6.5 Antibiotiques utiliss dans cette tude . . . . . . . . . . . . . . . 18
II MATRIELS ET MTHODES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.1 LAOS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.1.1 Prlvement des chantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.1.2 Prparation des chantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.1.3 Dilutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.1.4 Numration des entrobactries totales . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.1.5 Colimtrie et recherche dEscherichia Coli . . . . . . . . . . . . . 22
2.1.6 Recherche des germes pathognes (Salmonella et Shigella) . . . . 24
2.1.7 TESTS DE CONFIRMATION DIDENTIFICATION . . . . . . . 25
2.2 Belgique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.2.1 Analyse des chantillons ramens du Laos par nos soins . . . . . . 27
2.2.2 Analyse des chantillons ramens du Laos un mois aprs le retour 30
III RSULTATS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.1 Analyse des chantillons de catgorie I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.1.1 Quantication des coliformes totaux, des coliformes fcaux et des
entrobactries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.1.2 Identication des souches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.2 Analyse des chantillons de Catgorie II . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.3 Corrlations selon les dirents paramtres . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
vi
3.3.1 Prsentation des villages et des dirents paramtres. . . . . . . . 36
3.3.2 Corrlation entre le dnombrement en coliformes, coliformes f-
caux, entrobactries et certains paramtres . . . . . . . . . . . . 37
3.3.3 Types de bactrie en fonction des dirents paramtres. . . . . . . 40
3.4 Recherche des rsistances des direntes souches identies . . . . . . . . 42
IV DISCUSSION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
V PERSPECTIVES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Bibliographie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Liste des abrviations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
vii
But et plan
Durant la dernire dcennie, le taux de mortalit d aux maladies diarrhiques
dans le monde na eu de cesse de diminuer. Cette diminution est le fruit de nom-
breuses campagnes de sensibilisation qui encouragent de meilleures conditions sa-
nitaires et hyginiques, principalement dans le milieu rural. Malheureusement, le
combat est encore loin dtre gagn et ces maladies occasionnent encore de nom-
breuses victimes travers le monde et ce majoritairement dans les pays en voie de
dveloppement. Le Laos entre dans cette catgorie. Ce pays trs pauvre est par-
ticulirement touch par ces maladies. Celles-ci sont dautant plus mal connues
dans ce pays puisquelles nont pas fait lobjet de nombreuses tudes scientiques
et leurs causes sont donc mal dnies (Yamashiro et al., 1998). Une des causes
possibles rside bien sur dans lalimentation et le manque dhygine lors de la
prparation de la nourriture et ce particulirement dans les milieux ruraux. Cest
dans ce contexte que sinscrit ce mmoire qui a pour but danalyser la qualit
bactriologique des aliments les plus courants dans le milieu rural au Laos. Plus
spciquement, nous avons cibl notre tude en vue dobtenir des renseignements
utiles sur la contamination des aliments, tant dun point de vue qualitatif que
quantitatif, ainsi que sur la source de ces contaminations, animale ou humaine.
Aprs une premire phase de rcolte et danalyses des chantillons ralise sur
place, nous avons galement procd des analyses complmentaires en Belgique,
en particulier, lidentication prcise des souches bactriennes rcoltes et ltude
des rsistances des souches identies dirents antibiotiques.
Ce mmoire est structur comme suit :
Au chapitre I, nous introduisons ce mmoire par une description du Laos,
des conditions de travail sur place, de la qualit de lalimentation et des
antibiotiques.
Au chapitre II, nous dcrivons notre mode opratoire.
Au chapitre III, nous fournissons nos rsultats.
Au chapitre IV et V, nous discutons nos rsultats et envisageons les pers-
pectives.
1
Chapitre I
INTRODUCTION
Dans ce chapitre nous fournissons une brve prsentation du Laos ainsi que
du mode de vie alimentaire de ce pays. Nous explicitons ensuite la manire dont
nous avons rcolt nos chantillons et nos conditions de travail. Finalement, nous
abordons les bactries les plus couramment rencontres dans lalimentation, les
normes alimentaires et les antibiotiques que nous allons tester.
Cette tude est ralise en parallle avec celle de Vinciane DAlpaos qui analyse
la qualit bactriologique de leau de consommation en milieu rural au Laos.
1.1 Le Laos
Le Laos ou lantique pays du " Million dlphants et du parasol blanc " est
un pays enclav, sans accs la mer, bord sur toute sa partie occidentale par
le Mkong, frontire naturelle avec la Thalande, montagneux au nord et lest.
Il possde des frontires terrestres avec la Chine, le Myanmar, la Thalande, le
Vietnam et le Cambodge (gure 1). Ce pays, pour une supercie quivalente
celle de la Grande Bretagne, ne possde quune population de 6 millions dhabi-
tants. Cest le pays le moins densment peupl de toute lAsie du sud-est. Le Laos
est un pays qui a subi de nombreuses occupations et qui na donc gure connu
de rpit jusqu la n de la guerre du Vietnam, qui se droula en grande partie
sur son sol, lui valant le cruel privilge davoir t ce jour le pays le plus bom-
bard dans lhistoire de lhumanit. Incorpor lIndochine franaise pendant la
priode coloniale, le Laos y faisait gure de parent pauvre. Faute de perspectives
conomiques prometteuses, il passait en dernier dans les budgets, au point dtre
lune des rares colonies franaises navoir pas hrit dun chemin de fer ni dun
rseau routier digne de ce nom. Le pays hrita cependant, bien malgr lui, de la
guerre dIndochine, puis aprs son indpendance en 1954, de celle du Vietnam. Il
se retrouve aujourdhui avec - rsidus des bombardements - des milliers dengins de
guerre non exploss qui rgulirement, dans les campagnes, continuent de tuer ou
2
Fig. 1: Carte du Laos
de handicaper enfants et adultes. En 1975, comme au Vietnam et au Cambodge, la
guerre sarrte, consacrant la victoire communiste, et le royaume du Laos se mue
en rpublique dmocratique populaire Lao. Aprs une longue priode disolement
sur le plan international et de quasi-autarcie conomique, le pays sest progressi-
vement ouvert, et il est dsormais partie prenante de la construction rgionale de
lAsean (Association des Nations de LAsie du Sud-Est). La population est trs
jeune et trs majoritairement rurale (80 % en 2000 selon les statistiques de luni-
versit de Sherbrooke : World Perspectives). Prs de la moiti vit dans les plaines
du Mkong o sont situes toutes les grandes villes (Luang Prabang, Vientiane,
Savannakhet, Paks). Lautre moiti, principalement diverses minorits ethniques,
est rpartie dans les rgions montagneuses du Nord et de lEst. Il y a plus de 70
ethnies au Laos et on distingue 3 grands groupes : Lao Loum, Lao Theung et Lao
Soung (suivants des dirences linguistiques, conomiques et socio-culturelles).
Si lon suit les indicateurs internationaux, conomiques et sociaux, le pays
gure parmi les moins dvelopps du monde (le PIB en 2002 tait de 1,72 milliards
de dollars, soit 330 dollars par habitant, ce qui place le pays au 132e rang sur les
3
162 nations du monde
1
). Il est en eet trs peu dvelopp conomiquement ainsi
quen matire dducation ou de sant (lesprance de vie est de 53 ans contre 79
en Belgique). Ainsi, le secteur de la sant nest nanc qu raison de 2,9 % du
PIB du pays (secteur priv et publique). Il y a plus ou moins 0,25 mdecins pour
1000 habitants (1996), ce qui est trs peu quand on compare avec la Belgique :
5 pour 1000 habitants (2000) (Universit Sherbrooke, World Perspectives 2003).
Les maladies diarrhiques font partie des principales maladies mortelles dans ce
pays, essentiellement chez les jeunes enfants, comme cest le cas dans la plupart
des autres pays en voie de dveloppement dans les zones tropicales (Yamashiro et
al., 1998).
Le Laos, mlange de sourire, dauthenticit et de naturel, est aussi un pays
rempli dune culture et de paysages encore largement intacts qui attirent de plus
en plus de touristes depuis son ouverture conomique il y a 10 ans. Ce pays est
caractris par une grande diversit gographique, culturelle et linguistique dont
les riches traditions ont survcu. Malgr son dnuement, qui touche spcialement
les minorits ethniques, mais pas elles seules, le Laos est un pays de diversit,
de grce, de dignit. Les Lao assumant leurs dicults, ont dvelopps un art
de vivre, une joie quotidienne, des crmonies, des traditions, une spiritualit qui
retiennent ceux qui savent les comprendre.
1.2 Mode de vie alimentaire
La population lao se nourrit essentiellement de riz (80 % de la consommation
journalire). Le reste de lalimentation est principalement compose de poisson,
des fruits de fort, des petits animaux, champignons, et lgumes. Les villageois
se nourrissent principalement de leur propre production agricole, de la pche,
de la chasse et de la cueillette. Etant donn la quasi absence dlectricit et la
pauvret des habitants, la conservation de ces denres repose sur des mthodes
ancestrales de conservation telles que le fumage, le schage au soleil de la viande et
du poisson et lutilisation de saumure. Les aliments en saumure sont conservs dans
des grandes jarres simplement fermes par un tissu. Leur dure de stockage dans ces
1
En comparaison : la Belgique a un PIB denviron 300 milliards de dollars (Universit de
Sherbrooke, World Perspectives, 2003).
4
conditions peut tre trs importantes (1 2 ans) et il est donc intressant dtudier
lecacit de cette conservation et la qualit des aliments dans ces conditions
(nombre de bactries prsentes dans ces aliments).
1.2.1 Consommation des aliments
Les lao manipulent beaucoup la nourriture avec leurs mains. Tout dabord
travers la prparation de celle-ci (dcoupage, assaisonnement) mais galement
pour sa consommation puisque lusage de couverts est peu rpandu dans les cam-
pagnes. Ce contact est un puissant vecteur de contamination des aliments, dautant
plus important que la majorit de la population ne se lave pas correctement les
mains avant de manipuler de la nourriture. En eet, une enqute ralise dans le
cadre du centre de dveloppement rural dans le district de Pakkading auprs de
481 personnes vivant dans 6 villages cibles de ce district a rvl que seulement
26 % des 481 personnes interroges se lavaient les mains avec du savon avant de
manger. Cette tude met galement en vidence de nombreux facteurs favorisant
la contamination des aliments tels quune mauvaise cuisson de ceux-ci, des mau-
vaises habitudes dhygine alimentaire, ou encore une mauvaise conservation des
aliments. Grce cette tude, on peut voir que beaucoup de facteurs entrent en
jeu dans lincidence de la diarrhe. Il est donc intressant de se pencher sur la pr-
valence de lapparition de certaines bactries dans les aliments les plus courants
et de faire des relations avec les conditions de vie et les pratiques de conservation,
de prparation et de consommation de la nourriture.
1.3 Rcolte et analyse des chantillons, travail
au laboratoire
1.3.1 Prlvement des chantillons
Un centre multidisciplinaire de dveloppement rural, chapeaut par la CIUF
(Conseil Interuniversitaire de la Communaut franaise de Belgique, a t mis en
place dans le district de Pakkading (gure 2) et cest dans ce cadre que nous
avons pu eectuer nos recherches et prlvements. Ce district se situe se situe
le long du Mkong 180 Km lest de la capitale (Vientiane) dans la province
de Bolikhamsai (Bolikhan) et est compos de 12 villages. Nous avons prlev nos
5
chantillons dans 6 villages choisis au hasard parmi ceux-ci, savoir : Somsanook,
Ban Na Khua Nok, Houyxai, Phonhom, Kengsadok et Paksa.
Fig. 2: Carte de la province de Bolikhamsay o sont prlevs nos chantillons
Notre intention de dpart tait de considrer tous les aliments dorigine animale
la base de lalimentation lao en milieu rural savoir la viande, le poisson et le
padek (quils mangent chaque repas). Ctait sans tenir compte de la ralit du
terrain. En eet, la viande est un aliment rare et coteux pour les villageois tandis
que le poisson est consomm directement aprs la pche. Dans ce contexte et bien
que les villageois ne sopposaient pas se priver de viande pour nous en donner,
nous avons prfr orienter notre recherche vers un aliment commun tous les
villageois et prsent en abondance : le padek.
1.3.2 Description du padek
Le padek est un condiment de base daccompagnement du riz. Cest un mlange
de petits poissons (10 kg) dont on a enlev les excrments auxquels on ajoute du
sel en grande quantit (20 25 kg), du son de riz (10 kg), du piment et de leau.
Cette prparation doit fermenter dans une grande jarre ferme pendant 6 12
mois. La plupart du temps, le padek est cuit avant dtre consomm mais ce nest
pas toujours le cas car certains lao aiment son got plus prononc lorsquil est
consomm cru. Une image du padek se trouve en gure 3.
6
Fig. 3: Figure de gauche : Femmes prparant le padek (Le padek est conserv dans une grande
jarre recouverte par un tissu). Figure de droite : Padek dans un rcipient de plastique
1.3.3 Description du laboratoire
Pour raliser nos analyses, nous avons bnci dun laboratoire danalyse mi-
crobiologique, prt par la facult de mdecine de luniversit de Vientiane, capitale
du Laos. Notre premire tche en arrivant au Laos, fut damener celui-ci un tat
acceptable pour la ralisation de nos analyses. En eet, quoique dot dimportants
matriels tels que une hotte PSM II, un autoclave, un four, un incubateur, des
microscopes, un bain marie, un vortexer,... - dons de la CIUF en Belgique -, le
laboratoire manquait cruellement de moyens de base tels que leau courante, une
systme lectrique fonctionnel, un frigo, un broyeur (automatique), des milieux de
culture ou de simples erlenmeyers.
Nous avons du ainsi consacrer une vingtaine de jours de nos 2 mois de voyage
lachat de matriel (verrerie, boites de ptri, milieux de culture, mixeur, un
frigo,...) et lamnagement du laboratoire (mise en place dune pompe eau, par
exemple).
1.4 La qualit de lalimentation
La prolifration non contrle de micro-organismes dans un aliment peut poser
des problmes au niveau sanitaire. Des bactries pathognes peuvent tre prsentes
et ventuellement se dvelopper. Des micro-organismes banaux sont susceptibles
de provoquer galement des troubles en fonction des circonstances. Les risques en-
courus varient en fonction de nombreux paramtres : nature du micro-organisme,
7
niveau de contamination (dose infectante), nature de laliment, tat physiologique
du consommateur... Dans le cas des germes pathognes, pour quun aliment soit
dangereux, il faut soit quil contienne au dpart le micro-organisme, soit quil soit
contamin par lui. La contamination se fait par lenvironnement, le consommateur
ou parfois un vecteur (insecte). Les maladies microbiennes dorigine alimentaire
sont frquentes, surtout lors dun manque dhygine et sont favorises par la col-
lectivit des repas, la mauvaise cuisson de la nourriture, la prparation lavance
des repas, ou encore la mauvaise conservation de ceux-ci (Guiraud, 2003) .
Toutes sortes de micro-organismes peuvent contaminer les produits dalimen-
tation : bactries, levures et moisissures, protistes, parasites et virus. Nous allons
nous concentrer sur la microbiologie (bactriologie) des poissons et produits aqua-
tiques, puisque nos chantillons de padek font partie de cette catgorie.
Leau des rivires contient une ore importante susceptible de contaminer les
produits de la pche. Ces eaux peuvent tre extrmement pollues par les rejets
humains et animaux et contenir donc des germes pathognes (Salmonella, Shi-
gella, Vibrio, Clostridium perfringens, Proteus, Coliformes, etc). Normalement la
chair des poissons est strile, les rgions contamines sont les branchies, le mu-
cus qui recouvre la peau et le tube digestif. La ore de surface des poissons est
constitue des bactries appartenant aux genres Pseudomonas, Aeromonas, Serra-
tia, Proteus, Vibrio, Bacillus, Lactobacillus, Streptococcus, etc. Cette ore est trs
variable au point de vue quantitatif. La ore intestinale est constitue de bactries
appartenant aux genres Achromobacter, Pseudomonas, Flavobacterium, Escheri-
chia, Clostridium, Vibrio, etc (Guiraud, 2003). Tous ces micro-organismes peuvent
dgrader les produits et peuvent se multiplier et rendre le poisson impropre la
consommation. Les dgradations microbiennes proviennent de la ore de surface
et de la ore intestinale. Il est donc par exemple prfrable dviscrer rapidement
le poisson pour viter toute multiplication des germes de la ore intestinale. Le
padek est constitu de poissons entiers parfois non viscrs et constitue ainsi un
danger de contamination. Le padek est un produit en saumure, ferment. Les al-
trations microbiennes et le risque sanitaire li la consommation de ce produit
dpend de plusieurs facteurs : pH (< 4, 5 limite le danger), taux de salinit, qua-
lit des aliments de base de la prparation et cuisson (qui dtruit la plupart des
8
germes pathognes mais slectionne des thermorsistants).
1.4.1 Technique danalyse
Pour les produits en saumure comme le padek, on eectue lanalyse sur un
broyat, un prlvement de surface ou un chantillon de saumure (Guiraud, 2003) :
dnombrement des coliformes, des coliformes thermotolrants ou dEcherichia
Coli,
dnombrement des staphylocoques
dnombrement de la ore " totale " msophile et psychrophile
dnombrement des Vibrio banaux (bien que le sel de saumure inhibe la
croissance des vibrio),
recherche de Salmonella, dautres germes pathognes et de toxines
Les staphylocoques ne seront pas dnombrs dans cette tude car laliment ne de-
vient toxique que sil est contamin par des souches productrices dentrotoxines
(peu frquent) et si des conditions favorables une multiplication bactrienne im-
portante et la toxinognse se trouvent runies. Autrement dit, la recherche de
staphylocoques dans les aliments prsente moins dintrt que la recherche den-
trotoxines et donc nest pas intressante titre prventif. Dautre part, il faut
aussi remarquer que la toute grande majorit des infections alimentaires par le
staphylocoque ne sont pas dangereuses (Frevey et al, 2000).
Les vibrio banaux ne seront pas non plus dnombrs car le sel de saumure inhibe
leur croissance. Ainsi pour des raisons de matriels et de temps nous nanalyserons
que la ore globale gram - (entrobactries totales), coliformes totaux et thermo-
tolrants et une recherche de quelques germes pathognes (E. Coli, Salmonella,
Shigella).
1.4.2 Entrobactries
La famille des Entrobactries regroupe de nombreuses espces dont la plupart
sont des htes normaux (commensaux) de lintestin de lhomme et des animaux.
Dans lintestin terminal, ces bactries reprsentent plus de 10 % de la ore totale
et la majorit de la ore intestinale aro-anarobie. Chez lhomme, lentrobactrie
intestinale dominante est Escherichia Coli. Les Entrobactries sont trs rpandues
dans la nature en raison de la contamination de lenvironnement par lintermdiaire
9
des matires fcales animales et humaines et des eaux dgout (Avril et al., 2000).
Ce sont des contaminants alimentaires trs frquents (contamination fcale directe
et indirecte) et cest pour cette raison que nous nous intresserons particulirement
ces bactries. Celles-ci sont capables de dveloppements abondants dans un
produit alimentaire et donc de dgradations importantes.
Les Entrobactries sont des bacilles Gram -, oxydase -, catalase + (sauf pour
Shigella dysenteriae serovar 1), asporuls. Ils rduisent les nitrates en nitrites et
fermentent le glucose ; ils sont anarobies facultatifs. Les Entrobactries se mul-
tiplient facilement sur glose ordinaire pH neutre, une temprature de 37C.
Elles donnent des colonies apigmentes lisses ou rugueuses de 1 3 mm de dia-
mtre. Certaines espces sont mobiles, dautres pas (Avril et al., 2000 ; Fervey et
al., 2000).
Les principales entrobactries rencontres dans lalimentation sont nombreuses
mais nous nallons nous intresser qu certaines de ces bactries qui sont prsen-
tes dans les sous-sections suivantes.
1.4.3 Coliformes
En microbiologie alimentaire, on appelle " coliformes " les Entrobactries fer-
mentant le lactose avec production de gaz 30C. Il sagit dun groupe disparate
issu de plusieurs tribus qui comprend les genre les Escherichia, Citrobacter, Ente-
robacter et Klebsiella. Sauf quelques biotypes dEscherichia Coli, il sagit despces
peu dangereuses sur le plan sanitaire et qui ne sont jamais entro-pathognes. Ce-
pendant, lorsquils sont en nombre trs lev, les coliformes peuvent provoquer des
intoxications alimentaires. Les coliformes sont donc des marqueurs de qualit hy-
ginique gnrale et cest pour cette raison que leur dnombrement est intressant
(Guiraud, 2003).
1.4.4 Coliformes fcaux ou thermotolrants
Les coliformes fcaux sont des coliformes capables de se dvelopper 44C.
Cette catgorie inclut essentiellement Escherichia Coli, ce qui se traduit parfois
par lappellation " E.Coli prsomptifs ". Cette ore est spcique de la ore fcale
et est donc recherche pour valuer la contamination fcale des aliments. Les coli-
formes fcaux ne survivent pas longtemps lextrieur du corps, leur prsence dans
10
les aliments est donc un signe de contamination relativement rcente. Pour distin-
guer les coliformes des coliformes fcaux, lincubation 2 tempratures direntes
(37C et 44C respectivement) est ncessaire (Guiraud, 2003).
1.4.4.1 Escherichia Coli
Il sagit dune Entrobactrie lactose +, gazogne, ralisant une fermentation
mixte ; elle produit de lindole (Varnam & Evans, 1996). Cest un hte normal
de lintestin de lhomme et des animaux qui est trs abondant dans les matires
fcales (10
6
10
7
par gramme chez lhomme : 80 % de la ore arobie)(Avril et
al., 2000). Cest lun des rsidents les plus communs du tractus intestinal et cest
probablement lorganisme le mieux connu en microbiologie. Comme les autres
coliformes, cette espce peut tre responsable dintoxications cause dun dve-
loppement abondant. En outre, certains srotypes peuvent tre considrs comme
pathognes et provoquent des troubles digestifs spciques. Ces E.Coli pathognes
possdent selon le cas, une ou plusieurs toxines. La prsence dE.Coli dans leau
ou les aliments est un indice de contamination fcale. Bien que ce microorganisme
ne soit pas habituellement un agent pathogne, il cause parfois des infections des
voies urinaires, des diarrhes, gastro-entrites, mningites, septicmie et provoque
de trs graves maladies dorigine alimentaire (Guiraud, 2003). E.Coli est lune des
principales bactries responsables de diarrhe dans les pays en voie de dveloppe-
ment o elle gnre des pidmies de collectivit. La transmission des infections
par E.Coli est fco-orale. Les dirents syndromes cliniques sont dus des E.Coli
dirents. On reconnat au moins 5 types de souches responsables de diarrhes
(Avril et al., 2000) :
E.Coli entro-pathognes (ECEP) : Ces souches sont responsables des
gastroentrites svres surtout chez les enfants de moins dun an. Elles pos-
sdent parfois des toxines de type Shiga-like.
E.Coli entro-toxignes (ECET) : Elles provoquent des syndromes cho-
lriformes. Ces souches sont capables dexcrter des toxines (thermostables
et thermolabiles). Cest lagent responsable de la diarrhe du voyageur.
11
E.Coli entro-invasifs (ECEI) : Ces souches infectieuses sont trs rares.
Elles provoquent des diarrhes aigus avec vre, il sagit de syndromes dys-
entriformes : la souche se xe la muqueuse et linfecte. La prsence de
leucocytes dans les selles est le tmoignage du processus invasif.
E.Coli entro-hmorragiques (ECEH) : Ces souches sont responsables
de diarrhes banales ou hmorragiques. Elles provoquent une diarrhe san-
glante et ventuellemnt un syndrome durmie hmolytique li la prsence
dune vrotoxine (type Shiga-like SLT). La souche la plus dangereuse est
responsable dpisodes pidmiques avec des cas mortels. Un produit ali-
mentaire contamin peut tre lorigine des pidmies (surtout la viande).
E.Coli entro-agrgatifs (EAggEC) : Ces souches provoquent des diar-
rhes chroniques persistantes.
1.4.5 Salmonella
Les Salmonella sont des Entrobactries, bacilles mobiles, produisant du gaz en
glucose, lactose - et ONPG -, possdant une LDC et une ODC, utilisant le citrate
de Simmons comme seule source de carbone, ne possdant ni urase, ni TDA, ni
glatinase, ne fermentant pas le saccharose, le ranose et la salicine et dont la
raction de Voges-Proskauer (VP) est ngative. (Varnam & Evans, 1996). Leur
classication est complexe car il existe plus de 2500 srotypes. Presque toutes les
espces du genre Salmonella sont potentiellement pathognes et peuvent causer
une varit de symptmes pouvant aller de la simple gastro-entrite des manifes-
tations plus svres pouvant parfois entraner la mort. On trouve frquemment ces
bactries dans le tractus intestinal de nombreux animaux. La contamination des
produits peut tre originelle (animaux malades) ou provenir de manipulateurs ma-
lades ou porteurs sains de germes. Lorsque les conditions dhygine sont mdiocres,
il y a un risque de contamination des aliments et, par consquent, des humains. La
contamination se fait par voie orale. La frquence des infections Salmonella est
en augmentation. Elle est favorise par le dveloppement des repas pris en collec-
tivit o les aliments sont prpars bien avant dtre consomms et dans lesquels
les bactries peuvent se multiplier (Guiraud, 2003). Toutes les varits daliment
sont susceptibles dtre contamin par quelques germes de Salmonella mais on les
12
retrouve surtout dans les produits dorigine animale (oeufs, lait, viande, volaille,
poissons,...), leau pollue et les produits consomms crus. Tout dfaut dans la
conservation des aliments permet la multiplication des quelques germes ventuel-
lement prsents. Plusieurs srotypes parmi lesquels Typhi et Paratyphi provoquent
des maladies infectieuses graves appeles respectivement vres typhode et pa-
ratyphode. Dautres srotypes plus frquemment impliqus provoquent des infec-
tions bnignes appeles salmonelloses. Lingestion de 10
5
bactries entrane une
toxi-infection alimentaire. Les toxi-infections Salmonella se manifestent par des
diarrhes, de la vre et des vomissements ; les premiers signes surviennent 8 10
heures aprs lingestion de laliment contamin. Lvolution de ces gastro-entrites
est souvent favorable en quelques jours mais elle constitue un rel danger chez
les jeunes enfants. La plus simple prvention contre une infection Salmonella
est lhygine. Les Salmonella tant des bactries dangereuses, responsables dun
grand nombre de troubles dorigine alimentaire, elles ne doivent pas tre prsentes
dans un aliment. Les cas mortels ne sont pas exceptionnels, en particulier chez les
jeunes enfants et les personnes ges (Avril et al., 2000 ; Guiraud, 2003).
1.4.6 Shigella
Les Shigella sont des entrobactries Gram ngatif, lactose -, immobiles,
fermentant le glucose sans gaz, ne produisant jamais de H
2
S et ne prsentant pas
de culture sur milieu citrate de Simmons ni de LDC ou de tryptophane-dsaminase
(Varnam & Evans, 1996). Elles sont toujours pathognes et leur principal rservoir
est le tube digestif de lhomme. Ces bactries ne font pas partie de la ore normale
du tube digestif. Elles sont prsentes dans les matires fcales des malades. Les
dirents srotypes sont lis la possession dantignes O et K. Ils sont rpartis
en 4 groupes correspondant des espces (Avril et al., 2000) :
Groupe A (10 srotypes) : S. dysenteriae
Groupe B (6 srotypes) : S. exnerii
Groupe C (15 srotypes) : S. boydii
Groupe D (1 srotype) : S. sonnei
La forme la plus grave de shigellose est la dysenterie bacillaire due S. dysente-
riae. Cette souche provoque des diarrhes sanglantes avec des troubles associs
13
(douleurs, cphales). Les autres shigelloses sont plus frquentes : elles se mani-
festent comme des gastro-entrites avec un caractre entro-invasif. La shigellose
est la plus transmissible des maladies bactriennes intestinales, dix germes vivants
peuvent provoquer la maladie chez un adulte sain. La dissmination de la maladie
se fait par des aliments, de leau de boisson contamins par des matires fcales,
par des mouches ou de personne personne. Les shigelloses surviennent l o les
conditions dhygine sont dfectueuses. Le lavage des mains et lamlioration de
lapprovisionnement en eau sont des mesures qui rduisent la transmission fco-
orale (Guiraud, 2003). Ces bactries sont responsables de la dysenterie bacillaire
et de diarrhes qui constituent un problme majeur de sant publique dans les
pays en voie de dveloppement. En eet ces pays prsentent un taux de morbidit
par les shigelloses lev (Avril et al., 2000). Les enfants de 1 5 ans sont particu-
lirement atteints. Dans certains pays, la mortalit est leve. On compte plus ou
moins 600 000 morts par an.
1.5 Normes et critres
Pour obtenir une qualit dalimentation optimale, des normes ont t tablies
qui dterminent le nombre seuil de micro-organismes ne pas dpasser en vue
dviter tout danger pour la population. Ces normes dnissent un niveau de
risque acceptable pour une population donne. Chaque pays a ses propres normes
en matire dalimentation mais la plupart des pays adoptent celles conseilles
par lOrganisation Mondiale de la Sant (OMS). Le Laos se base aussi sur les
normes lOMS (Codex alimentarius) mais ces normes ne sont bien videmment
pas contrles dans lalimentation des campagnes. Nous ne tiendrons en compte
que les normes alimentaires pour les poissons sals ou marins (ce qui correspond
au poisson en saumure comme le padek) pour les bactries qui nous concernent :
Le CNERNA (Centre national dtudes et de recommandations sur la nutrition
et lalimentation) propose :
absence de Salmonella dans 25 g
absence dautres germes pathognes et toxines (Shigella)
Entrobactries < 10
3
/g,
Coliformes < 10
3
/g,
14
Coliformes thermotolrants < 10/g ou Escherichia Coli< 10/g
Ces normes sont valables pour tous les pays membres de la commission du codex
alimentarius (FAO/OMS).
1.6 Les antibiotiques et les rsistances aux
antibiotiques
1.6.1 Dnition et origine des antibiotiques
Antibiotique = toute substance, naturelle ou synthtique capable dinhiber in
vivo le dveloppement des bactries. Selon quils sont actifs contre beaucoup ou
peu de germes, on les divise en antibiotiques large spectre ou spectre troit.
2
Un antibiotique se caractrise donc par une action spcique sur les germes
viss sans perturber le fonctionnement des cellules eucaryotes (hte). Il devra donc
idalement aecter une voie mtabolique absente ou peu active chez les eucaryotes
mais essentielle aux procaryotes, ou atteindre une cible spcique aux procaryotes.
1.6.2 Mcanismes daction des antibiotiques
Les antibiotiques bloquent de manire spcique les processus mtaboliques
vitaux des bactries sensibles et arrtent ainsi leur dveloppement, le plus souvent
seulement temporairement (eet bactriostatique) mais parfois dnitivement (ef-
fet bactricide). Cette inhibition ne se manifeste qu partir dune certaine concen-
tration, la concentration minimale inhibitrice (CMI). En dessous de cette concen-
tration, la croissance bactrienne reprend.
1.6.2.1 Cibles bactriennes des antibiotiques (mcanismes daction)
Les bactries, qui sont des cellules procaryotes, se composent de structures dont
la prsence est essentielle leur croissance et leur survie : la paroi cellulaire, la
membrane plasmique, le cytoplasme, les ribosomes et lADN du chromosome, les
enzymes intervenant dans le mtabolisme cellulaire. Par consquent, attaquer une
des structures cellulaires ou dnaturer les enzymes, cest viser lintgrit de la
cellule microbienne et provoquer sa mort.
2
Dnition de Jacques Quevauvilliers et Abe Fingerhut (coord. par), Dictionnaire Mdical
(5me dition), Paris, Ed. Masson, 1997, 1999, 2001.
15
Il existe dirents types dantibiotiques capables dagir sur les bactries (Sand-
ford et al., 2005) :
a. Antibiotiques actifs sur la paroi bactrienne
Les cellules eucaryotes animales ne possdent pas de paroi. Les bactries
par contre sont entoures dune coque en peptidoglycan, polymre de sucres
rticul par des ponts de nature peptidique. Plusieurs classes dantibiotiques
prennent pour cibles des enzymes intervenant dans la synthse de cette paroi.
(Exemples : beta-lactames, glycopeptides)
b. Antibiotiques actifs sur la membrane plasmique
Ce sont des antibiotiques qui altrent la permabilit de la membrane. La
membrane plasmique des microorganismes, situe juste sous la paroi cellu-
laire, est la cible de nombreux agents antimicrobiens. Cette membrane joue
un rle actif dans la rgulation de lentre des nutriments dans la cellule et
de llimination des dchets hors de la cellule. La dtrioration des lipides ou
des protines de la membrane plasmique par un agent antimicrobien entrane
la rupture de la membrane et lcoulement du contenu de la cellule dans le
milieu environnant, ce qui fait obstacle la croissance de la cellule.
c. Antibiotiques actifs sur la synthse protique
Les ribosomes procaryotes ne sont pas constitus des mmes protines que
les ribosomes eucaryotes, et ont dailleurs des coecients de sdimentation
dirents :
70S pour les ribosomes procaryotes (50S pour la sous-unit lourde et 30S
pour la sous-unit lgre)
80S pour les ribosomes eucaryotes (60S pour la sous-unit lourde et 40S
pour la sous-unit lgre)
Il existe des inhibiteurs de la sous-unit 50S et de la sous-unit 30S.
d. Antibiotiques actifs sur le mtabolisme des acides nucliques et de
leurs prcurseurs
On distingue les antibiotiques actifs dune part sur la synthse des ARN et
dautre part sur la synthse des ADN ou de leurs prcurseurs.
e. Antibiotiques inhibiteurs des voies mtaboliques
Chez les procaryotes, le mtabolisme procde de voies trs varies car ils ont
16
acquis une capacit dadaptation la vie dans des milieux nutritifs et des
conditions de survie trs dirents des eucaryotes. Malgr ce fait, le nombre
de molcules agissant ce niveau et utilisables en clinique est trs rduit.
1.6.3 Classes des antibiotiques
Il est trs dicile de classer les antibiotiques. On peut les classer par familles
selon la composition chimique. Il existe 17 familles dantibiotiques et plusieurs
sous-familles classes en fonction des groupements chimiques. Les plus courantes
sont (Rpertoire Comment des Mdicaments, 2006) :
a. Beta-lactames comprenant les Pnicillines, les Cphalosporines,... ayant un
spectre dactvit assez large.
b. Macrolides qui ont un spectre dactivit troit.
c. Tetracyclines
d. Aminoglycosides ou aminosides, antibiotiques daction rapide et puissante.
e. Quinolones, antibiotiques large spectre.
f. Sulfamides antibactriens.
1.6.4 Rsistances aux antibiotiques
La rsistance aux antibiotiques peut se manifester de deux manires distinctes :
Rsistance naturelle : On peut parler de rsistance naturelle si toutes les
souches dune mme espce sont rsistantes un antibiotique. Cest lexpres-
sion dune proprit inne retant lempchement daccder la cible ou
labsence de la cible.
Rsistance acquise : La rsistance acquise advient lorsque quelques souches
dune mme espce normalement sensibles deviennent rsistantes. Cette r-
sistance peut tre acquise par mutagense : cest une rsistance chromoso-
mique. La mutation est spontane avec une frquence dapparition de 10
6
10
7
. Cest un vnement assez rare.
Autres types de rsistances : Les bactries sont capables de transfrer
des informations gntiques telles que des mcanismes de rsistance.
17
1.6.5 Antibiotiques utiliss dans cette tude
Les antibiotiques utiliss dans cette tude, leurs classes et leurs mcanismes
daction sont repris au tableau 1.
Antibiotique Abrviation Famille Mcanisme daction
Doxicycline D Ttracycline Action sur la synthse protique et inhibi-
tion de nombreux systmes enzymatiques
Acide Nalidixique NA Quinolones Inhibition de la rplication de lADN
Gram ngatifs
Pipracilline ta-
zobactam
TZP Beta-lactames (p-
nicilline)
Inhibition de la synthse de la paroi et
inactivation denzymes entrant dans lac-
tivit de la membrane + inhibition des
beta-lactamases (tazobactam sodique)
Ampicilline AM Beta-lactames (p-
nicilline)
Action sur la synthse protique et inhibi-
tion denzymes actifs dans la membrane
Ciprooxacine CIP Quinolones (uoro-
quinolones)
Inhibition de la rplication de lADN bac-
trien
Sulfamthazole
+ Trimthoprime
SXT Sulfamids Inhibition de bases dADN (purines)
Gentamycine GM Aminoglycosides Inhibition de la synthse de certaines pro-
tines bactriennes
Ceftazidime CAZ Beta-lactames (c-
phalosporines)
Inhibition de la synthse de la paroi
Cefotaxime CTX Beta-lactames (c-
phalosporines)
Inhibition de la synthse de la paroi
Amoxicilline -
Acide clavula-
nique (augmen-
tin)
AMC Beta-lactames (p-
nicilline)
Inhibition de la synthse de la paroi et
inactivation denzymes entrant dans lac-
tivit de la membrane + inhibition des
beta-lactamases (acide clavulanique)
Tab. 1: Classication et caractristiques des antibiotiques utiliss dans cette tude
18
Chapitre II
MATRIELS ET MTHODES
Dans cette partie, nous allons dcrire toutes les tapes de notre mode opratoire
au Laos puis en Belgique. La pratique sest droule comme suit :
1. Laos : rcolte et premires analyses des chantillons (culture sur boites
(dnombrement des coliformes et coliformes fcaux et des entrobactries),
recherche des germes pathognes, tests complmentaires comme test cyto-
chrome oxydase, test -glu, test de coloration Gram)
2. Belgique : 2 tapes :
a. Identication et antibiogramme des souches ramenes du Laos
b. Analyse et identication des chantillons de padek rcolts ultrieure-
ment notre retour en Belgique.
2.1 LAOS
Comme nous lavons expliqu plus haut, nous avons pu raliser nos analyses
dans le laboratoire de microbiologie de la facult de mdecine de luniversit na-
tionale de Vientiane. Ltat du laboratoire et le manque de matriel a dtermin le
nombre danalyses par semaine et nous a donc amen analyser un nombre rduit
dchantillons. Avant lchantillonnage, une prparation pralable des milieux de
culture suivant le mode opratoire conseill par le fabricant est ncessaire. Ces
milieux de culture sont ensuite soit couls en boite de Ptri, soit rpartis en tubes,
puis sont conservs au rfrigrateur (4C) jusqu leur utilisation. . Cette section
est principalement base sur louvrage Microbiologie alimentaire (Guiraud J-P.,
Paris, 2003) auquel nous renvoyons le lecteur pour de plus amples informations.
2.1.1 Prlvement des chantillons
Ltape suivante de notre protocole danalyse est la rcolte des chantillons
puis lanalyse de ceux-ci au laboratoire. Le prlvement des chantillons se fait
dans 6 villages du district de Pakkading dans la province de Bolikhamsa. Un
19
chantillon de padek est prlev par foyer, slectionn alatoirement. Entre 10 et 20
chantillons sont prlevs par village, cette quantit dpendant de la disponibilit
en padek des villageois (gure 4).
Fig. 4: Prlvement de padek solide ( gauche) et liquide ( droite). Le padek est conserv
dans une grande jarre recouverte par un tissu
A chacun deux, nous avons adjoint direntes informations telles que le nombre
de personnes vivant dans la maison, le nombre denfants par habitation, la dure
de conservation du padek, et une estimation personnelle du niveau de vie du foyer
suivants dirents critres comme la prsence dlectricit, de sanitaires, la pos-
session dun frigo,... (sur une chelle croissante de 1 (niveau de vie pauvre, faible)
10 (niveau de vie lev)).
Les chantillons prlevs sont des chantillons de 10 g recueillis laide dune
cuiller strile puis dposs soit dans un petit sac en plastique ligatur, soit dans
un tube de 20 mL strile (cas pour les chantillons liquides). Ceux-ci sont ensuite
disposs dans un box frigo et transports ainsi jusquau laboratoire. Etant donn
la pauvret des villageois, il ntait pas possible et il ne nous semblait pas opportun
de leur prendre une grande quantit de nourriture malgr la gnrosit que ceux-ci
montraient envers nous.
2.1.2 Prparation des chantillons
Les chantillons solides sont broys via un mixer. Puis 8 g des chantillons
solides et liquides sont homogniss et mlangs laide dune solution reviviante
deau peptone tampone (16ml) (solution denrichissement) [OXOID]. Ensuite
la suspension est laisse 15 45 minutes la temprature du laboratoire (20C)
20
avant deectuer les dilutions et densemencer les milieux. Les 2 g restant des
chantillons liquides et solides seront utiliss par la suite pour la recherche de
germes pathognes (voir point 2.1.6)
2.1.3 Dilutions
Les dilutions des chantillons sont eectues laide de solution de revivi-
cation : eau peptone tampone [Merck]. Les dilutions sont eectues selon des
sries logarithmiques dont les termes sont en progression gomtriques savoir :
0,1 (10
1
), 0,01 (10
2
), 0,001 (10
3
), 0,0001 (10
4
). Les dilutions sont eectues
dans des conditions aseptiques. Nous prparons autant de tubes quil y a de dilu-
tions raliser en prenant des tubes striles dans lesquels on pipette aseptiquement
9 ml de liquide diluant. Le liquide diluant utilis est de leau peptone tampone
qui est un milieu denrichissement pour les entrobactries. Ensuite on prlve 1
ml de la suspension de lchantillon (= suspension de dpart ou suspension mre)
laide dune pipette de 1 ml et on le porte dans le premier tube de dilution
(10
1
). Avec une nouvelle pipette de 1 ml, on homognise par aspirations et souf-
ages le contenu de ce tube 10
1
et on ensemence le tube 10
2
et ainsi de suite en
changeant chaque fois de pipette pour ne pas perturber les dilutions (+ tubes
tmoins).
2.1.4 Numration des entrobactries totales
Les Entrobactries totales sont dnombres car elles sont un bon marqueur de
la qualit hyginique. Le dnombrement et lisolement des Entrobactries totales
seectuent sur un milieu glucos inhibant la croissance des bactries Gram + et
de la plupart des autres bactries Gram -. Le milieu le plus courant pour lana-
lyse alimentaire est la glose glucose bilie au cristal violet et au rouge neutre
(VRBG) [facult de vtrinaire, ULg]. La bile et les colorants sont des agents s-
lectifs et le glucose permet la croissance de toutes les Entrobactries. Dirents
types densemencement existent. Ici nous utiliserons linoculation dans la masse.
Cette technique densemencement consiste ajouter 1 ml de chaque dilution dans
des boites de Ptri vides striles en utilisant un pipette propre. Ensuite 10 15 ml
de milieu glos en surfusion (40 45C) sont couls dans la boite et mlangs uni-
formment avec linoculum par un mouvement circulaire horizontal. Aprs 5 min,
21
une nouvelle couche de milieu vierge est coule sur la couche prcdente solidie.
Ce procd favorise les conditions anarobies (numration en double couche) : les
germes anarobies sont favoriss au dtriment des arobies stricts. Aprs 24 heures
dincubation 37C, les colonies se dvelopperont en profondeur. Le comptage
des colonies rouges, dau moins 0,5 mm de diamtre, donne le nombre dEntro-
bactries (UFC = unit formant colonie). Pour des raisons de manque de matriel,
nous nensemenceront que 2 boites de Ptri 2 dilutions dirents : 10
1
et 10
2
.
2.1.5 Colimtrie et recherche dEscherichia Coli
La colimtrie peut constituer un bon indice de qualit hyginique mais le d-
nombrement des Entrobactries totales est plus intressant. Les Entrobactries
et Escherichia Coli ont une thermorsistance identique celle des germes patho-
gnes non sporuls : leur recherche permet donc de juger si laliment a t cuit
de faon ecace tuer les germes ou non. Escherichia Coli est considr comme
un bon indicateur de contamination fcale (et donc de prsomption de bactries
pathognes) pour les produits crus ; dans les autres cas, il sagit dun indicateur
dhygine gnrale.
2.1.5.1 Colimtrie en milieu liquide
La colimtrie en milieu liquide permet la caractrisation et dnombrement des
coliformes. Il ne sagit bien souvent que dun test prsomptif qui demande conr-
mation et qui ncessite lemploi dun milieu solide de direnciation et disolement.
La colimtrie en milieu liquide consiste en une numration par la mthode NPP
(voir plus bas). Le milieu utilis est le milieu BLBVB (= bouillon lactos bili au
vert brillant) avec cloche (Milieu pour le dnombrement des coliformes) [OXOID].
Lassociation bile-vert brillant inhibe la plupart des germes non-Entrobactries.
La culture se fait dans des tubes avec cloche de Durham. Les milieux sont incu-
bs 24 48 heures une temprature de 37C. Le milieu devient trouble et vert
jauntre lors de la pousse bactrienne ; si elle saccompagne dune importante pro-
duction de gaz, ceci est une prsomption de la prsence de coliformes. Le caractre
positif se traduit par un dgagement de gaz de 1/10
e
au moins du volume de la
cloche.
22
2.1.5.2 Numration par la mthode NPP (Nombre le Plus Probable)
Cette mthode est base sur le fait quaprs ensemencement dun milieu liquide,
toute croissance microbienne indique la prsence dau moins un germe (UFT :
Unit Formant Trouble). Le dveloppement peut tre apprci visuellement par
dgagement gazeux dans une cloche de Durham.
Une srie de dilutions est eectue partir de la suspension dnombrer (voir
plus haut au point 2.1.3). Une petite quantit (6 mL) de ces dilutions est place
dans des tubes contenant du bouillon BLBVB (6 mL). La dilution 10
1
nest pas
ensemence en raison du manque de matriel. Il tait en eet prfrable de sin-
tresser aux tubes plus dilus tant donn les grandes concentrations de germes
trouvs dans les tests dexpriences. Aprs culture, on procde la lecture des
rsultats. Sont compts positifs les tubes qui prsentent une croissance (dgage-
ment de gaz) et ngatifs les autres. Lorsquun seul tube est ensemenc par dilution
(comme cest le cas ici vu le manque de matriel), on peut faire une estimation de
la concentration de coliformes dans notre chantillon. Ainsi, si le tube 10
3
est po-
sitif (et les dilutions plus faibles) et le 10
4
est ngatif (et les dilutions plus fortes),
on dira quil y avait au moins une cellule dans la dilution ayant ensemenc le tube
10
3
et au plus 9 car sil y en avait eu 10, le tube 10
4
aurait t positif. On dira
alors que la ore contient entre 10
3
et 9.10
3
germes/mL. Lorsque plusieurs tubes
sont ensemencs, la dtermination est plus prcise mais il na pas t possible de
le faire faute de moyens (matriel) et de temps. Un test de conrmation peut tre
ralis pour vrier la prsence des coliformes en incubant une petite quantit de
la culture des tubes positifs sur un milieu slectif tel que le milieu losine et au
bleu de mthylne de Teague-Levine (EMB) [Biomrieux] 37C.
Les coliformes thermotolrants, parfois appels " coliformes fcaux " ou
" Escherichia Coli prsomptifs ", peuvent tre recherchs et dnombrs dans les
mmes conditions mais lincubation se fait 44C. Sil y a dgagement de gaz, une
conrmation par culture en milieu solide est ncessaire (milieu EMB). Dautres
Entrobactries (Citrobacter, Klebsiella,...) peuvent donner une raction positive,
il conviendra donc de raliser une identication plus prcise via un isolement sur
milieu EMB puis pour conrmation plus prcise de raliser une galerie Api 20 E
23
(voir section 2.2.1.2).
Pour la recherche dE.Coli, un isolement sur milieu EMB ralis partir
des derniers tubes positifs de la colimtrie permet de conrmer la prsence de
E.Coli dans notre chantillon. Lensemencement de la glose EMB se fait par
transfert lese et tal directement sous formes de stries dpuisement la
surface de la glose. Lincubation dure 24 heures 44C. Le milieu EMB contient
deux colorants, losine et le bleu de mthylne qui inhibent la majeure partie
de la ore Gram+ (sauf Streptocoques D). Bien que les Entrobactries lactose -
puissent sy dvelopper, la culture des Entrobactries lactose + y est favorise.
Le lactose est un critre de direnciation du milieu : lutilisation du lactose se
traduit par un centre fonc daspect mtallique des colonies (lactose +), dans le cas
contraire les colonies sont incolores (lactose -). Les Escherichia Coli apparaissent
comme des colonies isoles, de 2 3 mm de diamtre, ayant tendance conuer
et prsentant un reet mtallique verdtre en lumire rchie et un centre noir
pourpre en lumire transmise.
2.1.6 Recherche des germes pathognes (Salmonella et Shigella)
La recherche de ces germes est souvent complique par leur faible concentration
dans lchantillon analyser. Une des solutions est dutiliser des milieux denrichis-
sement liquides qui permettent la multiplication des germes avant leur isolement
et leur identication. Cette technique ne permet pas une numration mais une
simple mise en vidence.
La mthode est la mme pour les Salmonella et les Shigella : 1 g dchantillon
est mlang 9 ml de bouillon slnite selon Leifson (milieu denrichissement
pour Salmonella et Shigella) [BD]. Le slnite de sodium inhibe la croissance des
bactries coliformes et des entrocoques ainsi que celle de nombreuses bactries
Gram positif. Mais il peut y avoir dveloppement de quelques entrobactries
non pathognes (Klebsiella, Proteus) et dautres bactries Gram- (Pseudomonas).
Aprs enrichissement, les milieux servent ensemencer des milieux solides disole-
ment comme la glose SS (Salmonella-Shigella) que nous utilisons ici. Cette glose
contient 4 inhibiteurs qui empchent la croissance des germes Gram positif et
rendent dicile la croissance des germes Gram ngatif autres que Salmonella et
24
Shigella. Ce milieu contient galement du lactose dont la fermentation est mise
en vidence par le rouge neutre et du citrate ferrique qui permet de mettre en
vidence la production dH
2
S. Lincubation dure 24 heures 37C.
Ensuite des tests de caractres sont eectus :
Milieu TSI [BD] : milieu pour la direnciation des entrobactries par la
fermentation de trois sucres et la production dH
2
S.
Milieu Citrate de Simmons [BD] : Milieu glos pour lidentication des
entrobactries par lutilisation du citrate comme seule source de carbone.
Milieu Lysine [BD] : Milieu de diagnostic des Salmonella, la glose lysine-
fer est un milieu direntiel qui dtecte les salmonelles par leur activit lysine
dcarboxylase et la production dH
2
S.
Milieu SIM [BD] : Milieu pour la direnciation des entrobactries base
sur la production dH
2
S, la production dindole et la mobilit des germes.
Suivant la couleur prise par ces milieux et le dgagement ventuel de gaz, une
prsomption didentication peut tre ralise.
2.1.7 TESTS DE CONFIRMATION DIDENTIFICATION
Des tests de conrmation didentication peuvent tre raliss pour toutes les
souches obtenues en vue de conrmer notre prsomption didentication.
1. Caractrisation denzymes : Test -glu
Ce test est utilis pour diagnostiquer les Escherichia Coli. La -glucuronidase
(-glu) hydrolyse lacide paranitrophnyl -glucopyranoside uronique. Ce
compos donne du paranitrophnol de couleur jaune. Cette enzyme est pr-
sente chez E.Coli et est donc intressante pour son diagnostic car la plupart
des autres Entrobactries sont ngatives pour cette enzyme.
2. Mise en vidence denzymes respiratoires : Test cytochrome oxydase
Les oxydases interviennent la n des tapes de dshydrognation et des
chanes de cytochromes. Il en existe plusieurs types. Elles sont mises en vi-
dence par leur proprit de catalyser la raction doxydation dun substrat
organique par loxygne de lair. Le substrat utilis est le N-dimthyl para-
phnylne diamine, qui est incolore sous forme rduite et rouge-violet sous
forme oxyde ou le chlorohydrate de ttramthyl paraphnylne diamine qui
25
donne une coloration pourpre. Le caractre oxydase + signie que la souche
possde une enzyme capable doxyder le substrat employ et ne signie pas
la prsence dune oxydase particulire. Le test est ralis sur papier ltre
" OX ", imprgns de ractif. La colonie est prleve et dpose sur le pa-
pier ltre. Une coloration bleue est considre comme positive. Toutes les
entrobactries sont cytochrome oxydase ngative.
3. Coloration Gram
La coloration direntielle la plus connue est celle de Gram, qui permet de
diviser les bactries en deux grands groupes : Gram + et Gram -. Cette
mthode de coloration est base sur la dirence de structure de paroi chez
les 2 groupes : les bactries Gram + contiennent une forte proportion de
lipides (20%) et retiennent le violet de gentiane (premier colorant) aprs
lavage lalcool ; les bactries Gram - contiennent une faible proportion de
lipides, sont dcolores lalcool et prennent ensuite la couleur du second
colorant.
Fig. 5: Reprsentation de la paroi des bactries Gram - et Gram +. La coloration Gram permet de
direncier ces bactries. Le traitement par lalcool extrait les lipides chez les Gram - entrainant
une dcoloration des organismes au premier colorant qui vont alors prendre la coloration du
second colorant(rouge). Les parois Gram + au contraire sont dshydrates par lalcool : leur
permabilit diminue, le premier colorant ne peut tre extrait et elles gardent donc la coloration
du premier colorant (bleu). Extrait de (genebio, 2006)
Aprs avoir prsumer lidentication de nos direntes souches bactriennes, les
souches intressantes sont inocules sur un milieu PCA (plate count agar, milieu
pour le transport) et sont conserves au frigo (4C). Les souches sont ramenes
en Belgique pour tre analyses dans le laboratoire de bactriologie du CHU.
26
2.2 Belgique
2.2.1 Analyse des chantillons ramens du Laos par nos soins
Les souches vont subir une identication plus prcise via des galeries Api 20E,
un antibiogramme et le vitek (qui combine identication et antibiogramme).
2.2.1.1 Antibiogramme
Un antibiogramme est une technique de laboratoire visant tester la sensibi-
lit dune souche bactrienne vis--vis dun ou plusieurs antibiotiques. Le principe
consiste placer la culture de bactries en prsence du ou des antibiotiques
tester et observer les consquences sur le dveloppement et la survie de celle-ci.
On place alors plusieurs pastilles dantibiotiques sur une souche bactrienne tale
dans une boite de Mueller-Hinton 2 [Biomrieux] laide dun couvillon. Ce mi-
lieu est une glose riche pour tester laction des dirents antibiotiques. Il existe
3 types dinterprtation selon le diamtre du cercle qui entoure le disque danti-
biotique : souche sensible, intermdiaire ou rsistante. Ce diamtre reprsente la
zone dinhibition de lantibiotique sur la souche donne. Il reprsente la concen-
tration minimale inhibitrice (CMI) de lantibiotique sur cette souche (gure 6,
gauche). Les limites dinterprtation des antibiotiques que nous utilisons sont
Fig. 6: Suspension bactrienne dans une boite de Ptri. Figure de gauche : On constate
clairement leet inhibiteur de 4 des 5 antibiotiques. Le diamtre de la zone dinhibition de
lantibiotique correspond au CMI ou concentration minimale inhibitrice. Figure de droite :-
lactamase spectre largi : Le bouchon de champagne (che) entre le disque AMC et le disque
CTX montre une synergie entre le CTX et lacide clavulanique ; il sagit dune souche possdant
une BLSE.
27
fournies au tableau 2.
Antibiotique Sensible Intermdiaire Rsistant
D > 16 13 - 15 < 12
NA > 19 14 - 18 < 13
TZP > 21 18 - 20 < 17
AM > 17 14 - 16 < 13
CIP > 21 16 - 20 < 15
SXT > 16 11 - 15 < 10
CAZ > 18 15 - 17 < 14
GM > 15 13 - 14 < 12
CTX > 23 15 - 22 < 14
AMC > 18 14 - 17 < 13
Tab. 2: Seuils de sensibilit - rsistance des dirents antibiotiques tests. Le diamtre est
exprim en mm. D = doxicycline ; NA = acide nalidixique ; TZP = pipracilline tazobactam;
AM = aminopnicilline ; CIP = ciprooxacine ; SXT = trimthoprime ; GM = gentamycine ;
CAZ = ceftazidime ; CTX = cefotaxime ; AMC = amoxicilline - acide clavulanique.
Nous recherchons via lantibiogramme les rsistances ces antibiotiques ainsi
que la prsence de -lactamase spectre tendu (BLSE). Ce terme dsigne les
enzymes -lactamases produites surtout par Klebsiella sp. et E. Coli, codant pour
la rsistance aux -lactamines large spectre, qui sont habituellement actives
contre les bacilles Gram ngatif. Parmi ces antibiotiques gurent la cfotaxime,
la ceftriaxone, la ceftazidime, laztronam et la cefpodoxime. Ces enzymes nont
aucune activit vis--vis des cphamycines et sont inhibes par lacide clavulanique
(gure 6, droite).
2.2.1.2 Galerie Api 20E [Biomrieux]
Galerie de 20 microtubes prts lemploi permettant de raliser 23 tests bio-
chimiques an didentier des bacilles Gram - appartenant la famille des EN-
TEROBACTERIACEAE.
Prparation de linoculum : Nous isolons une colonie bien isole ou nous
prlevons une souche pure et nous lintroduisons dans 5 ml deau distille
(Suspension dopacit de 0,5 sur lchelle de Mac Farland).
Ensemencement de la galerie : Nous introduisons la suspension bactrienne
dans chaque tube laide dune pipette Pasteur strile, pointe appuye
lintrieur et sur le ct pour viter la formation de bulles. Pour certains
28
Fig. 7: Galerie Api 20E. La suspension bactrienne est introduite dans chaque tube laide
dune pipette Pasteur strile. Lincubation dure 24 heures et la lecture permet didentier la
souche.
caractres, il faut remplir le tube et la cupule (CIT, VP, GEL). Pour dautres
caractres, il faut remplir le tube et recouvrir dhuile de parane (ADH,
LDC, ODC, H2S, URE)(conditions anarobies)(gure 7).
Lecture de la galerie : La lecture se fait aprs 24 heures dincubation. Nous
ajoutons les ractifs adquats avant la lecture de la galerie (TDA, IND,
VP). La lecture se fait par linterprtation des couleurs (virage ou non) et
lattribution dun chire correspondant cette couleur. On obtient alors un
code qui nous permet de se rfrer au catalogue pour identier la souche.
2.2.1.3 Vitek (Automate pour lidentication et lantibiogramme) [Biom-
rieux]
Vitek automatise toutes les tapes ncessaires la ralisation des tests diden-
tication et dantibiogramme avec les cartes VITEK. Il est compos dun prpa-
rateur, dun incubateur/lecteur, dun ordinateur et dune imprimante. Le prpa-
rateur permet lensemencement des cartes VITEK. Lincubateur/lecteur assure
simultanment lincubation et la lecture des cartes. Lordinateur quip des logi-
ciels VITEK eectue un contrle permanent des oprations en cours, mmorise les
valeurs, traite et interprte les rsultats. Chaque carte didentication comporte 30
puits qui contiennent des substrats biochimiques sous forme dshydrate. Aucun
ractif nest ajouter, ce qui vite tout risque doubli, derreur ou de contamina-
tion. Lidentication VITEK couvre plus de 300 espces.
29
2.2.2 Analyse des chantillons ramens du Laos un mois aprs le retour
Les chantillons ramens ultrieurement du Laos vont tre ensemencs et iden-
tis au laboratoire de microbiologie mdicale du CHU de Lige. Les chantillons
sont premirement broys manuellement grce des billes de verre striles de
0,5 mm de diamtre. Dans chaque chantillon sont ajoutes des billes de verre,
puis lchantillon est mlang avec un vortexer pour homogniser lchantillon et
dtacher chaque bactrie potentielle. Ensuite les ensemencements des milieux de
culture sont eectus.
2.2.2.1 Ensemencements
Dirents milieux de culture sont ensemencs en vue de rechercher la prsence
dEscherichia Coli, de Salmonella et de Shigella.
a. Recherche dEscherichia Coli
Un milieu Coli ID [Biomrieux] est dabord ensemenc pour rechercher la
prsence dEscherichia Coli dans nos chantillons. Ce milieu de culture est
un milieu slectif chromogne permettant :
le dnombrement 44C des E.Coli -glucuronidase positive.
la dtection et le dnombrement simultan des E.Coli et des autres coli-
formes 37C, partir des produits alimentaires.
Linoculum est dpos dans la boite de Ptri, puis 10 15 mL du milieu glos
en surfusion (45C) est ajout et mlang avec linoculum via un mouvement
circulaire horizontal. Lincubation dure 24 heures 44C.
Colonie rose Bleue Incolore
-glucuronidase + - -
-galactosidase + + -
E.Coli Autres coliformes Autres gram -
Tab. 3: Coloration des souches bactriennes lensemencement du milieu ID Coli. Ce milieu
permet une raction colore spcique vis--vis des E.Coli et des autres coliformes possdant
les enzymes -glucuronidase et -galactosidase.
Un milieu Drigalski agar [Merck] est aussi ensemenc pour la dtection d
E.Coli dans nos chantillons. Ce milieu est slectif pour lisolement et la
direnciation des Entrobactries bas sur la capacit fermenter le lactose.
30
b. Recherche de Salmonella et Shigella
Le protocole est peu prs le mme que celui eectu au Laos. Un bouillon
slnite (milieu denrichissement)[OXOID] est ensemenc avec 1 mL de notre
chantillon et incub 24 heures 37C. Puis un ensemencement dun milieu
XLD [BD] est eectu par transfert lose et des stries dpuisement sont
ralises sur ce milieu. Ce milieu Xylose Lysine Dsoxycholate est un milieu
disolement et didentication prsomptive la fois des Salmonella et des
Shigella, bas sur la fermentation du xylose, la dcarboxylation de la lysine et
la production dhydrogne sulfur pour direncier les Salmonella et Shigella
des bactries non-pathognes.
Ensuite, une identication par galerie Api 20E et Vitek 2 ainsi quin antibiogramme
sont raliss suivant les mmes protocoles que vu prcdemment.
31
Chapitre III
RSULTATS
Dans ce chapitre, nous prsenterons les rsultats obtenus travers lanalyse
de nos chantillons au Laos et en Belgique. Nous commencerons par exposer les
rsultats des dnombrements des coliformes et des coliformes fcaux. Puis nous
prsenterons les identications de toutes souches trouves. Ensuite nous mettrons
en relation nos rsultats avec les informations recueillies sur le terrain. Notre tude
est base sur les 60 chantillons rcolts et analyss par nos soins au Laos (Cat-
gorie I). A ceux-ci nous adjoindrons et comparerons les 55 chantillons rcolts
ultrieurement sur place et ensemencs en Belgique (Catgorie II). Nous ter-
minerons par prsenter les direntes rsistances aux antibiotiques de toutes nos
souches trouves.
3.1 Analyse des chantillons de catgorie I
3.1.1 Quantication des coliformes totaux, des coliformes fcaux et
des entrobactries
3.1.1.1 Coliformes totaux
Nous avons eectu le dnombrement des coliformes totaux dans 46 chan-
tillons de Catgorie I par la mthode du Nombre le Plus Probable (NPP) explique
dans la section Matriels et mthodes. Nous avons ralis les dilutions selon des
sries logarithmiques dcimales dont les termes sont en progression gomtriques
savoir : 0,1 (10
1
), 0,01 (10
2
), 0,001 (10
3
), 0,0001 (10
4
), 0,00001 (10
5
). Aprs
ensemencement des tubes nous avons quanti les coliformes dont les rsultats
sont illustrs la gure 8. 48 % des chantillons prsentent un taux de coliformes
infrieur la limite recommande par le CNERNA cest--dire 10
3
germes/mL
dchantillon. A contrario, 52% des chantillons prsentent un taux de coliformes
suprieur aux recommandations. Ainsi, par exemple, une concentration suprieure
9.10
5
germes/mL est observe dans 15% des chantillons.
32
Fig. 8: Rpartition des concentrations en coliformes dans les dirents chantillons. Le seuil
limite impos par le CNERNA est reprsent par la droite rouge.
3.1.1.2 Coliformes fcaux
Les coliformes fcaux ont t dnombrs suivant la mme mthode. Contrai-
rement aux coliformes totaux, nos rsultats prsentent une diminution de type
exponentielle du pourcentage dchantillons en fonction de la concentration en co-
liformes fcaux (gure 9). 52% des chantillons prsentent un taux de coliformes
Fig. 9: Rpartition des concentrations en coliformes fcaux dans les dirents chantillons.
fcaux compris entre 0 et 90 germes par mL, 24% un taux compris entre 100 et
900 germes/mL et seulement 2% des chantillons possdent un taux de coliformes
fcaux suprieur 900 000 germes/mL.
33
3.1.1.3 Entrobactries totales
Nous avons eectu un dnombrement des Entrobactries totales dans 48
chantillons par ensemencement dans la masse dun milieu VRBG de la dilution
10
1
. Lors de la lecture des botes nous avons constat que 52% des chantillons
prsentaient une concentration dEntrobactries totales si leve que la quanti-
cation tait impossible (tableau 4).
UFC (Dilution 10
1
) Nombre dEntrobactries/mL Pourcentage
0 0 20,83%
1 10 4,16%
2 20 6,25%
4 40 2,08%
5 50 2,08%
8 80 2,08%
10 100 2,08%
25 250 2,08%
40 400 2,08%
83 830 2,08%
165 1650 2,08%
Indnombrable Indnombrable 52,08%
Tab. 4: Distribution de la concentration en entrobactries totales parmi les chantillons. Le
nombre denterobactries par mL dchantillon est simplement dduit partir du nombre de
germes prsents dans la dilution 10
1
de lchantillon considr. (UFC=Unit formant Colonie).
Etant donn la concentration limite recommande par le CNERNA de moins
de 10
3
germes/mL dchantillon, 54% de nos chantillons prsentent un taux dEn-
trobactries trop lev.
3.1.2 Identication des souches
Sur nos 60 chantillons, nous avons mis en vidence la prsence de 77 souches
bactriennes. Celles-ci ntaient pas rparties de manire homogne entre les di-
rents chantillons. En eet, dans 6 chantillons, nous navons pas isol de bactries
tandis que de nombreux chantillons prsentaient deux trois souches bactriennes
direntes. Notre tude portait initialement sur la recherche de trois types de bac-
tries, savoir Escherichia Coli, Salmonella et Shigella. Nous navons trouv E.Coli
quen faible quantit et Salmonella et Shigella taient inexistantes. Ainsi seulement
10% des souches identies taient E.Coli tandis quaucune souche de Salmonella
34
ou de Shigella na pu tre mise en vidence par nos tests. Parmi les souches identi-
es, 41% taient de lespce des Enterobacter Cloacae, 18% de lespce Klebsiella
pneumoniae, 15 % de Proteus mirabilis et 7 % de Providencia stuartii. Le reste
de souches se rpartissaient en direntes souches minoritaires. Les pourcentages
dtaills sont prsents la gure 10. Comme attendu, la majorit des souches
identies appartenaient la famille des Enterobactries, les milieux de culture
utiliss tant conus pour assurer la croissance de celles-ci.
Fig. 10: : Distribution des direntes types de souches bactriennes prsentes dans nos chan-
tillons de catgorie I .
3.2 Analyse des chantillons de Catgorie II
Sur les 55 chantillons de la catgorie II, seuls 13 chantillons prsentaient des
rsultats positifs lensemencement. Dix-sept souches bactriennes ont pu tre
identies partir de ceux-ci. Les souches prsentes se direncient fortement de
celles de la Catgorie I. En eet, Enterobacter Cloacae, majoritaire dans notre ana-
lyse des chantillons de catgorie I, ne reprsente ici que 17% des souches, lespce
dominante tant ici Providencia (29%). Nous avons galement mis en vidence la
prsence de Pseudomonas aeruginosa, celui-ci constituant un quart des souches (4
chantillons). Cinq autres souches ont pu tre mises en vidences savoir Pantoa,
Pasteurella pneumo., Flavi. Oryzhabitans, Stnotrophomonas maltophilia et Kleb-
siella pneumo. (gure 11). Notre analyse na cependant pas permis de dtecter
35
Fig. 11: : Distribution des direntes souches bactriennes prsentes dans nos chantillons de
catgorie II.
la prsence dE.Coli, de Salmonella ou de Shigella parmi les chantillons de la
catgorie II.
3.3 Corrlations selon les dirents paramtres
Nous venons de mentionner les taux bactriens prsents dans nos chantillons
ainsi que les direntes souches qui ont pu tre identies. Comme nous lavons
dj indiqu, la rcolte des chantillons tait adjointe la prise en compte de dif-
frents renseignements tels que le niveau de vie du foyer, le nombre de personnes
et denfants composant celui-ci ou encore la dure de conservation du padek pr-
lev. Dans cette section nous tudions les ventuelles corrlations entre certains
paramtres et nos rsultats.
3.3.1 Prsentation des villages et des dirents paramtres.
Nous avons rcolts nos chantillons dans 6 villages du district de Pakkading.
Nous fournissons ici une vue densemble de quelques caractristiques de ces vil-
lages et de leur population. Ainsi, ces villages taient dirents tant au point de
vue de la religion pratique par ses membres quau point de vue du niveau de
vie gnral. Nous mentionnons au tableau 5 les caractristiques des villages vi-
sits. A la religion pratique, nous avons adjoint une apprciation personnelle du
36
niveau de pauvret du village base sur laccs leau, les matriaux de construc-
tion des maisons, la richesse du chef de village, le nombre de vhicules motoriss,...
Village Niveau de pauvret Religion
SOMSANOOK trs pauvre culte des esprits
BAN NA KHUA NOK pauvre bouddhisme
HOUAYXAI trs pauvre culte des esprits
PHONHOM ais catholique
KENGSADOK ais catholique
PAKSA pauvre bouddhisme
Tab. 5: Niveau de pauvret des dirents villages et religion pratique dans ceux-ci.
La population de ces villages est telle que plus de 80 % des foyers observs sont
composs de 4 7 personnes. Approximativement 10% des foyers sont composs de
plus de 8 personnes. Nous avons attribu chacun des foyers un indice relatif au
niveau de vie de ceux-ci. Celui-ci tait tabli selon notre apprciation personnelle
du niveau de vie partir de dirents critres tels que la prsence dlectricit, de
sanitaires, la possession dun frigo,... (sur une chelle croissante de 1 (niveau de
vie pauvre, faible) 10 (niveau de vie lev)). Approximativement 75% des foyers
visits possdent un indice infrieur 6, la plus grande partie des foyers (30%)
possdant un indice de valeur 3, ce qui traduit la forte pauvret de ceux-ci.
3.3.2 Corrlation entre le dnombrement en coliformes, coliformes
fcaux, entrobactries et certains paramtres
Nous avons recherch des ventuelles corrlations entre certains paramtres (ni-
veau de vie et la dure de conservation du padek) et la concentration de coliformes
totaux, coliformes fcaux et entrobactries totales.
3.3.2.1 Niveau de vie
Nous avons tudi une hypothtique relation entre le niveau de vie et la concen-
tration de coliformes totaux, coliformes fcaux ou entrobactries totales. Nous
avons spar nos chantillons en 2 classes :
37
les chantillons comportant une concentration de germes infrieure au seuil
limite tabli par le CNERNA.
les chantillons comportant une concentration de germes suprieure ce
seuil.
De plus, pour mettre vidence une ventuelle corrlation et faciliter les tests sta-
tistiques, les indices de niveau de vie ont t rassembls en deux catgories :
niveau de vie compris entre 2 et 4
niveau de vie compris entre 5 et 7.
Les rsultats sont prsents au tableau 6. Celui-ci illustre la rpartition des chan-
Infrieur au seuil Suprieur au seuil Total p-value
Entrobactries
niveau de vie 2 4 16 (33) 15 (31) 31 (64,5) 0,277
niveau de vie 5 7 6 (13) 11 (23) 17 (35,5) 0,277
Total 22 (46) 26 (54) 48 (100)
Coliformes
niveau de vie 2 4 16 (35) 15 (33) 31 (67) 0,46
niveau de vie 5 7 6 (13) 9 (19) 15 (33) 0,46
Total 22 (48) 24 (52) 46 (100)
Coliformes fcaux
niveau de vie 2 4 18 (38) 13 (28) 31 (66) 0,18
niveau de vie 5 7 6 (13) 10 (21) 16 (34) 0,18
Total 24 (51) 23 (49) 47 (100)
Tab. 6: Rpartition des chantillons selons les direntes classes et catgories tablies. Le
pourcentage est indiqu entre parenthses. Le niveau dincertitude est de 5%. La p-value
obtenue pour le test chi-carr est indique
tillons selons les direntes classes et catgories tablies. Le pourcentage est in-
diqu entre parenthses. Le test statistique du chi-carr a t ralis et aucune
association signicative entre le taux de germes et le niveau de vie na pu tre
dmontre tant donn que la p-value obtenue est suprieure au seuil conven-
tionnel de 5% ( = 0, 05). Nous nobservons pas de rpartition prfrentielle des
chantillons possdant une concentration problmatique de germes dans les foyers
de niveau de vie plus faible. De la mme manire, les chantillons sains ne se
retrouvent pas majoritairement vers les foyers de classe leve.
38
3.3.2.2 Dure de conservation du padek
Nous avons galement cherch une ventuelle dpendance entre le taux bact-
rien et la dure de conservation du padek. Nos chantillons ont t rpartis en 4
catgories (0-3 mois, 4-6 mois, 7-9 mois, > 9 mois).
La gure 12 illustre la rpartion, pour une dure de conservation de padek
donne, des chantillons dont le dnombrement des coliformes est infrieur (en
vert) et suprieur (en rouge) au critre CNERNA (seuil : < 10
3
germes/mL).
Fig. 12: Rpartition des chantillons de concentration de coliformes totaux suprieure (rouge)
et infrieure (vert) au seuil CNERNA pour une dure de conservation du padek donne
Cette rpartion ne semble pas prsenter de dpendance claire par rapport la
dure de conservation du padek. Nous constatons nanmoins une lgre diminution
de la proportion dchantillons au-dessus du seuil durant les 9 premiers mois de
conservation. Cependant, le test statistique de chi-carr ne permet dtablir aucune
association signicative (p-value= 0, 81).
Ltude des coliformes fcaux dans les mmes conditions na pas rvl la mme
conguration (gure 13). Le taux dchantillons suprieur au seuil limite ne pr-
sente pas de lgre diminution durant les premiers mois de conservation du padek
mais manifeste un prol en dent-de-scie. A nouveau, le test statistique na pas
rvl dassociation signicative (p-value=0, 279).
En ce qui concerne les entrobactries, le taux dchantillons prsentant une
39
Fig. 13: Rpartition des chantillons de concentration de coliformes fcaux suprieure (rouge)
et infrieure (vert) au seuil CNERNA (10 germes/mL) pour une dure de conservation du padek
donne
concentration suprieure au seuil (<10
3
germes/mL) semble augmenter avec la du-
re de conservation mais le test statistique ne conrme pas cette hypothse (p-
value=0, 31).
3.3.3 Types de bactrie en fonction des dirents paramtres.
Nous recherchons ici les ventuelles corrlations entres certains paramtres et
la prsence des souches bactriennes les plus prvalentes (Enterobacter Cloacae,
Escherichia Coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Providencia stuartii).
Nous nous sommes tout dabord intress la rpartition des direntes souches
bactriennes identies en fonction du village dorigine de lchantillon. Nous avons
constat une rpartition approximativement homogne des souches Enterobac-
ter Cloacae, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis entre les dirents villages.
Cette rpartition est illustre la gure 14. Le cas de BAN NA KHUA NOK
nest pas repris dans notre analyse tant donn le faible nombre dchantillons
collects dans ce village (5 contre environ 10 et 20 dans les autres villages). La
majorit des E.Coli (75%) sont situs dans les chantillons provenant du village de
SOMSANOOK. Les Providencia stuartii sont galement rparties de manire non
homogne puisque prs de 70% de celles-ci proviennent du village de HOUAYXAI.
40
Fig. 14: Rpartition des direntes souches bactriennes parmi les villages.
Aucune corrlation pertinente na pu tre mise en vidence entre les dirents
types de souches bactriennes trouves et le niveau de vie (gure 15).
Fig. 15: Rpartition des direntes souches bactriennes par niveau de vie.
Enn, nous avons tudi la possibilit dune relation entre la rpartition des
direntes souches bactriennes et la dure de conservation du padek dont ces
souches proviennent. Pour plus de abilit, nous avons distribu nos souches de
manire obtenir un nombre quivalent dans chaque catgorie dage de padek
considre. Mme si la rpartition de certaines souches bactriennes prsente un
pic aux alentours de 6-7 mois, il nest pas ais de tirer des conclusions quant
41
une ventuelle corrlation (gure 16) mais on remarque quil y a moins dE.Coli
dans les prlvements plus vieux.
Fig. 16: : Rpartition des direntes souches bactriennes en fonction de la dure de conser-
vation du padek.
3.4 Recherche des rsistances des direntes
souches identies
Comme nous lavons mentionn prcdemment, chaque souche identie a t
soumise un antibiogramme an de dterminer la sensibilit aux direntes bact-
ries. Pour rappel les antibiotiques tests ainsi que leur " limite de dtection " sont
repris au tableau 2. Nos analyses ont permis dtablir de manire trs claire le
prol des rsistances selon lespce bactrienne. Ainsi, 100% des souches Klebsiella
pneumoniae identis sont rsistantes lantibiotique AM et 100 % des Proteus
mirabilis lantibiotique D. Approximativement 90% des Enterobacter Cloacae
sont rsistantes la fois aux antibiotiques AM et AMC, les 10% restant tant
constitu de souches rsistantes uniquement lun de ces deux antibiotiques. De
la mme manire, environ 65% des Providencia prsentent une rsistance conjointe
aux antibiotiques D, AM et AMC, les 35 % restant tant au moins rsistant lune
de ces trois catgories. Un rsum de ces considrations est fourni au tableau 7.
Ltude des souches Escherichia Coli na permis dtablir aucune rsistance
pour celles-ci et ce dans 100% des cas.
42
Souche bactrienne Rsistances Poucentage
Klebsiella pneumoniae Rsistance AM 100%
Escherichia Coli Aucune rsistance 100%
Enterobacter Cloacae Rsistant AM et AMC 91,42%
Proteus mirabilis Rsistant D 100,00%
Providencia Rsistant D,AM et AMC 63,33%
Pseudomonas aeruginosa Rsistant AM et AMC 100,00%
Tab. 7: Caractrisation des rsistances des direntes souches bactriennes aux antibiotiques
Nous navons pas pu tablir un pourcentage pour les autres souches bact-
riennes tant donn la faible proportion de celles-ci. Nanmoins, nous avons tout
de mme tudi leurs rsistances ventuelles que nous prsentons au tableau 8.
Souche bactrienne Rsistances
Aci. baumanii AM
Flavi. oryzhabitans AM, AMC
Klebsiella oxytoca Aucune
Morganella morganii AM, AMC
Morganella morganii AM, AMC
Pantoea spp Aucune
Pasterella pneumo. D
Ser. Liquefaciens AM, AMC
Stno maltophilia AM, GM, AMC
Stno maltophilia AM, GM, CTX, AMC
Tab. 8: Rsistances aux antibiotiques des souches bactriennes minoritaires.
43
Chapitre IV
DISCUSSION
Dans ce travail nous avons dans un premier temps valu la qualit de lali-
mentation en milieu rural au Laos travers lanalyse bactriologique de nombreux
chantillons dun aliment fondamental de ce pays : le padek. Dans un second
temps la rsistance des souches bactriennes identies dirents antibiotiques a
t teste. Notre tude est base sur les 60 chantillons que nous avons rcolts et
ensemencs sur place ainsi que sur les 55 autres rcolts aprs notre dpart du Laos
et ensemencs en Belgique par nos soins. Lanalyse des 115 chantillons a permis
la mise en vidence de 94 souches bactriennes rparties en 13 types de bactries.
Parmi celles-ci, 37% des souches identies appartiennent lespce Enterobacter
cloacae. Celles-ci sont suivies par Klebsiella pneumoniae (15,95%), Proteus mira-
bilis (13%), Providencia stuartii (12%), Escherichia Coli (8,5%) et par 14% de
souches minoritaires. Les 94 souches identies ne sont pas rparties de manire
homogne entre les chantillons puisque 48 chantillons sont demeurs ngatifs.
On trouve de ce fait de nombreux chantillons prsentant des souches multiples. Il
faut noter que la majorit des chantillons ngatifs appartiennent au groupe des
55 chantillons de catgorie II, cest--dire ceux pour lesquels nous navons pas
particip la rcolte. Dans cette Catgorie II, la proportion des chantillons qui
nont pas prsent de bactries est de 75%, soit une proportion nettement plus
leve que celle prsente par le groupe I qui slve 10%. Limportante disparit
entre les deux catgories dchantillons pourrait laisser penser que les chantillons
de Catgorie II nont pas t conservs dans des conditions optimales et que le
dlai entre le prlvement et linoculation des chantillons a t trop long.
La prsence des bactries identies peut sexpliquer par le mode de prpa-
ration du padek et par les ingrdients prsents dans celui-ci savoir des petits
poissons parfois non-viscers, du son de riz, de leau et du sel. Ainsi , Ente-
robacter cloacae, Klebsiella pneumonia, Proteus mirabilis, Providencia stuartii,
44
Escherichia Coli sont toutes bactries commensales du systme digestif humain
et animal et se retrouvent frquemment dans lenvironnement, le sol et leau. La
mme constatation sapplique aux autres bactries minoritaires prsentes dans nos
chantillons. La prsence des bactries est directement mettre en relation avec
dune part le manque dhygine qui accompagne la prparation du padek et dautre
part la contamination des ingrdients (prparation la main, qualit mdiocre de
leau, nettoyage du poisson, salage adquat, qualit du son de riz,... ). La contami-
nation observe nest pas des moindres, loin de l. En eet, dans notre tude, les
taux de coliformes, coliformes fcaux et entrobactries sont inquitants et sug-
grent un grave problme de qualit bactriologique pour ce condiment (padek),
en particulier dans les villages tudis.
En ce qui concerne les coliformes, 24 chantillons sur les 46 analyss prsentent
un taux suprieur au seuil limite recommand par le CNERNA pour les poissons
sals ou marins (10
3
germes/mL).
La situation est tout fait similaire dans le cas des entrobactries puisque
26 chantillons sur 48 prsentent un taux suprieur la norme CNERNA pour
les poissons sals ou marins (10
3
germes/mL), ceci laissant supposer que celles-ci
correspondent aux coliformes.
Les coliformes fcaux sont prsents en quantit infrieure. Cela pourrait sex-
pliquer par le temps de survie plus faible de ces bactries. Nanmoins, la contami-
nation du padek par celles-ci nen est pas moins alarmante puisquau moins 50%
des chantillons analyss prsentent un taux de coliformes fcaux suprieur la
norme du CNERNA (10 germes/mL) pour les poissons sals et marins.
Nos tests statistiques nont pu tablir aucune dpendance signicative entre
le taux de coliformes, coliformes fcaux ou entrobactries et le niveau de vie ou
la dure de conservation du padek. Labsence de corrlation avec le niveau de vie
pourrait sexpliquer par le fait que le mode de prparation du padek est le mme
pour tous, quel que soit le niveau de vie du foyer. Cependant, malgr labsence
dassociation signicative entre le taux de coliformes totaux et la dure de conser-
vation du padek, on observe une dcroissance du pourcentage dchantillons de
concentration suprieure la norme durant les 9 premiers mois de conservation.
Celle-ci pourrait sexpliquer par le fait que la prparation du padek requiert la
45
fermentation des ingrdients en jarre close pendant au moins 6 mois. Durant cette
priode les coliformes prsents lorigine ne survivant pas aisment hors du tube
digestif sont compltement isoles du milieu extrieur et samenuisent progressive-
ment. Aprs fermentation, la jarre est rgulirement ouverte et la contamination
se produit nouveau, ce qui expliquerait laugmentation observe. Dautre part,
aucune corrlation claire na pu tre mise en vidence entre la prsence des dif-
frentes souches et le niveau de vie ou la dure de conservation du padek. Nous
avons cependant observ une rpartion prfrentielle des souches Escherichia Coli
dans les chantillons de 0 3 mois qui pourrait galement sexpliquer par la dure
de vie de ces bactries. Remarquons aussi que celles-ci sont distribues de manire
trs inhomogne travers les dirents villages, 80% des souches E.Coli identies
provenant des chantillons du village de Somsanook.
Toutes ces observations sont mettre au conditionnel. En eet, il nest pas
prudent dtablir des observations statistiques ables sur un nombre aussi rduit
dchantillons. Notre premire intention tait de collecter 200 chantillons de nour-
riture mais nos objectifs nont pas pu tre raliss en raison des ralits du terrain,
le manque de temps et de matriel constituant notre principale entrave.
Le deuxime objectif de notre tude consistait mettre en vidence les rsis-
tances des souches bactriennes identies dirents antibiotiques.
Conformment la littrature (Avril et al., 2000 ; Frre, 2003), nous avons
bien observ la rsistance dEnterobacter cloacae lampicilline (AM) et lam-
picilline+acide clavulanique (AMC). En eet, les Enterobacter sont souvent trs
rsistants aux antibiotiques en particulier E.Cloacae a une rsistance naturelle
lampicilline.
Labsence de rsistance de Escherichia Coli sexplique par le fait que, bien que
cette bactrie peut prsenter des rsistances aux antibiotiques (amino-pnicillines
(AM, AMC, TZP), cphalosporines (CAZ, CTX), quinolones (NA, CIP), aminosides
(GM), trimthoprime-sulfamthoxazole (SXT)), ces rsistances se manifestent des
degrs divers et ne sont pas systmatiques. Le fait de navoir identier aucune
rsistance pourrait sexpliquer par le faible nombre dchantillons considrs.
46
Le comportement des Klebsiella sexplique galement par le fait que ceux-
ci possdent une rsistance naturelle lampicilline (AM) et sont normalement
sensibles aux cphalosporines.
Proteus mirabilis est gnralement beaucoup plus sensible aux antibiotiques,
notamment les beta-lactamines (AM, TZP, AMC, CAZ, CTX) ainsi que quaux
nouvelles uoroquinolones (CIP) mais a une rsistance naturelle la ttracycline
(D), ce qui est bien observ.
Providencia stuartii pose souvent des problmes diciles dantibiothrapie car
il est souvent multirsistant comme cest le cas ici.
Pseudomonas aeruginosa est habituellement rsistant aux aminopnicillines,
aux cphalosporines, aux ttracyclines, aux macrolides, au trimthoprime-sulfamthoxazole
mais nous nobservons quune rsistance lampicilline et laugmentin (AM et
AMC).
Les rsistances que nous avons identies sont donc en parfait accord avec les
rsistances naturelles de ces bactries qui sont dcrites actuellement (Avril et al.,
2000).
Lanalyse de nos rsultats, tant au niveau des dnombrements des germes quau
niveau du nombre de souches direntes identies, met en vidence une contami-
nation importante et trs varie du padek. Notre tude dmontre donc clairement
la faible qualit bactriologique du padek, condiment de base de lalimentation
lao.
47
Chapitre V
PERSPECTIVES
Au terme de ce mmoire, de nombreuses questions restent en suspens et il serait
utile et ncessaire de prolonger cette tude. En eet, beaucoup de points dinter-
rogation tels que labsence totale de Shigella et Salmonella ou encore la faible
quantit dEscherichia Coli trouve subsistent en raison du faible chantillonage.
La collecte et lanalyse des chantillons ont demand normment de temps vu
le manque de matriel de base, lloignement du site de rcolte (200 km) et la
dure de ltude. Par exemple, lanalyse du padek passe obligatoirement par le
broyage de celui-ci. Cette tape tait ralise laide dun simple mixer de cuisine
nettoy et strilis pour chaque chantillon ce qui ralentissait considrablement
les oprations. De plus, la mthode NPP pour lanalyse des coliformes demandait
normment de tubes dont nous ne disposions pas sur place. Notre travail a donc
t fortement ralenti par le fait que nous ne pouvions pas examiner simultanment
un nombre signicatif dchantillons. Il serait certainement intressant pour une
tude ultrieure de disposer dun plus long laps de temps tant donn les longs
dlais ncessaires lobtention de matriels. Ce temps supplmentaire serait ga-
lement trs utile la prise de contact avec le chef du district, le chef du village
et les villageois et ce tant donn les lenteurs administratives propres au contexte
local. La collecte des informations auprs des villageois associes la rcolte des
chantillons proterait galement dune prolongation de la dure de la mission.
Enn, dans lintrt des villageois, il serait intressant de leur faire part des rsul-
tats qui pourraient dboucher sur des actions prventives concrtes. Ainsi, tant
donn le risque que prsente le padek, le changement de la prparation (exemple :
salaison) ou la cuisson de celui-ci seraient recommander.
Bien videmment notre tude devrait conduire en envisager dautres plus
cibles telles que ltude dune ventuelle relation entre le taux de salinit du padek
et la contamination bactrienne, lanalyse de la qualit des ingrdients utiles la
prparation du padek ou encore la recherche dautres germes pathognes.
48
RFRENCES
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[41] geniebio, Espace collaboratif en biotechnologie www.geniebio.ac-aix-
marseille.fr
52
Liste des abrviations
ADH = Arginine DiHydrolase (raction du test galerie Api 20E)
ADN = Acide dsoxyribonuclique
AM = aminopnicilline
AMC = amoxicilline - acide clavulanique
ARN = Acide ribonuclique
-glu = beta glucuronidase
BLBVB = Bouillon lactos bili au vert brillant
BLSE = beta-lactamases spectre largi
CAZ = ceftazidime
CECODEL = Centre de coopration au dveloppement
CIP = ciprooxacine
CIT = CITrate utilization (raction du test galerie Api 20E)
CIUF = Conseil interuniversitaire de la communaut Franaise
CNERNA = Centre National dEtudes et de Recommandations sur la Nu-
trition et lAlimentation
Coli ID = milieu didentication pour coliformes et Escherichia Coli
CTX = cefotaxime
CUD = Commission Universitaire au Dveloppement
D = doxicycline
E.Coli = Escherichia Coli
EMB = Milieu osine bleu de mthylne
FAO = Food and Agriculture Organization
GEL = GELatinase (raction du test galerie Api 20E)
GM = gentamycine
H
2
S = Hydrogne sulfur
IND = INDole production (raction du test galerie Api 20E)
LDC = Lysine DCarboxylase (raction du test galerie Api 20E)
MIC = CMI = Concentration Minimale Inhibitrice
NA = acide nalidixique
NPP = Methode du Nombre le Plus Probable
53
ODC = Ornithine DCarboxylase (raction du test galerie Api 20E)
OMS = Organisation Mondiale de la Sant (WHO = World Health Organi-
zation)
ONPG = Ortho NitroPhenyl-D-Galactopyranosidase (raction -galactosidase
du test galerie Api 20E)
PCA = plate count agar
PIB = Produit Intrieur Brut
PSM II = Poste de Scurit Microbiologique de niveau II
S.aureurs = Staphylocoques aureus
SIM = milieu Sulde Indole Mobilit
SXT = trimthoprime
TDA = Tryptophane DAminase (raction du test galerie Api 20E)
TSI = Triple Sugar Iron
TZP = pipracilline tazobactam
UFC = Unit Formant Colonie - UFT = Unit Formant Trouble
UNICEF = United Nations International Childrens Emergency Fund
URE = UREase (raction du test galerie Api 20E)
VP = raction de Voges Proskauer (production dacttoine) (raction du test
galerie Api 20E)
VRBG = glose glucose bilie au cristal violet et au rouge neutre
XLD = Xylose Lysine Desoxycholate
54