Chaban et al. 2014 Microbioma, 2:23 http://www.microbiomejournal.

com/content/2/1/23
INVESTIGACIN Acceso Abierto
Caracterizacin de la microbiota vaginal saludable de las mujeres canadienses a travs del ciclo
menstrual
3 3,4 1,2 Bonnie Chaban, Mateo G Links , Teenus Paramel Jayaprakash3, Emily C Wagner ,
Danielle K Bourque2,
1,2 Zoe Lohn2, Arianne, YK Albert2, Julie van Schalkwyk 5 , Gregor Reid 6,7 , Sean M
Hemmingsen 3 , Janet E Hill
1,2 y Deborah M Dinero
Resumen
Antecedentes: La comunidad microbiana vaginal desempea un papel vital en mantener la
salud de la mujer. Comprender la exacta composicin bacteriana es difcil a causa de las
diversas y de difcil naturaleza cultura bacteriana de muchos componentes, que requiere de
una cultura metodologa independiente. Durante un ciclo menstrual natural, los cambios
fisiolgicos pueden tener un impacto sobre crecimiento bacteriano, la colonizacin y
estructura de la comunidad. El objetivo de este estudio fue evaluar la estabilidad del
microbioma vaginal saludable de las mujeres canadienses en todo el ciclo menstrual con
cpn60-segn anlisis microbiota. Muestras vaginales de ciclismo 27 naturalmente las mujeres
en edad reproductiva se renen semanalmente a travs de un nico ciclo menstrual. Reaccin
en cadena de la polimerasa (PCR) para amplificar la regin objetivo universal del pcn60 gen y
generar amplicones representante de la comunidad microbiana.
Amplicones fueron pyrosequenced, montados en las unidades taxonmicas operacionales, y
analizado. Las muestras ensayadas para total 16S rRNA contenido y Gardnerella vaginalis por
PCR cuantitativo y estudiadas para detectar la presencia de los Mollicutes con familia y gnero
de PCR especfica
Resultados: En general, el microbioma vaginal de la mayora de las mujeres se mantuvo
relativamente estable a lo largo de todo el ciclo menstrual, con poca variacin en la diversidad
y slo fluctuaciones moderadas en cuanto a riqueza de especies. Microbioma entre las mujeres
eran ms diferentes que los recogidos consecutivamente de cada mujer. La agrupacin de
agentes microbianos perfiles revelan el esperado grupos dominados por Lactobacillus
crispatus, Lactobacillus iners, y Lactobacillus jensenii. Curiosamente, otros dos grupos fueron
dominados por Bifidobacterium breve o una mezcla heterognea de nonlactobacilli. G.
vaginalis cuantificacin directa correlacin fuertemente con sus pyrosequencing leer,
abundancia y Mollicutes, incluyendo Mycoplasma hominis, Ureaplasma parvum y Ureaplasma
urealyticum, se detectaron en la mayora de las muestras.
Conclusiones: Nuestros cpn60-investigacin basado de la vagina microbioma demostr que la
mayora de las mujeres sanas microbioma vaginal se mantuvo estable a travs de su ciclo
menstrual. De inters en estos resultados fue la presencia de Bifidobacteriales Gardnerella
especies ms all. Bifidobacteriales son a menudo representados en 16S rRNA en los estudios,
y su deteccin por cpn60-base investigacin sugiere que su importancia en la comunidad
vaginal puede ser menospreciado.
Keywords: Vaginal microbioma, cpn60, ciclo menstrual, Bifidobacteriales, Bifidobacterium,
Lactobacillus, Mollicutes, micoplasma, Ureaplasma, Gardnerella, las bacterias vaginales
Correspondencia: dmoney@cw.bc.ca
1 Departamento de Obstetricia y Ginecologa, Universidad de British Columbia, 1190 Hornby
Street, Vancouver, BC V6Z 2K5, Canad
2 la salud de la Mujer Instituto de Investigacin, 4500 Oak Street, Vancouver, BC V6H 3N1,
Canad lista completa de informacin sobre el autor est disponible al final del artculo
2014 Chaban et al.; licenciatario BioMed Central Ltd Este es un artculo Acceso Abierto
distribuido bajo los trminos de la licencia Creative Commons Attribution License
(http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), que permite el libre uso, distribucin y
reproduccin en cualquier medio, siempre que la obra original es debidamente acreditadas.
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artculo, a menos que se indique lo contrario.





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intensivos Antecedentes las metodologas asociadas con bacteriologa desde hace mucho
tiempo se ha reconocido que la comunidad microbiana cultura (poco prctico para los estudios
a gran escala), y la limitada capacidad del tracto genital inferior desempea un papel vital en el
mantenimiento de crecer la diversa variedad de los organismos presentes, as como la salud
reproductiva de las mujeres [ 1]. La vagina micro, importantes dificultades para determinar
con precisin de la biota de las mujeres de edad reproductiva ha sido tradicionalmente
abundancia relativa. 16S rRNA de mtodos se han caracterizado por la cultura de las tcnicas
basadas en dominado por superar algunos de los lmites de la cultura, pero que se sabe
especie Lactobacillus, que, entre otras funciones, producir sesgos de amplificacin y oferta
limitada resolucin cido lctico, biosurfactantes, el perxido de hidrgeno y otros para
algunos taxones [ 26]. Otras dianas moleculares, como factores que contribuyen a crear un
ambiente inhspito para meca- el universal gen cpn60 [ 27], se han utilizado para obtener un
gnica bacterias [ 2-7]. Comunidad detallados perfiles con diferentes perspectivas de las
comunidades microbianas en una cultura independiente tcnicas ha demostrado que la cultura
de manera independiente.
"Saludable" las comunidades microbianas son generalmente dominado por similares a 16S
rRNA en los estudios, cpn60 sur de Lactobacillus crispatus, Lactobacillus iners, Lactobacillus
tencias microbioma vaginal revelan que muchos en gran medida, Lactobacillus gasseri jensenii,
o una combinacin de estos lactobacilos dominado por los perfiles y taxonmica mejor, y en
una pequea parte de las mujeres, "mixta" perfiles nonlactobacilli resolucin de algunos
grupos como Gardnerella se han agotado de lactobacilos y consisten de bacterias, tales como y
Prevotella [ 28-31]. Para futuros estudios de la cavidad vaginal Gardnerella, Prevotella,
Atopobium, Megasphaera microbioma, y es muy importante entender si Streptococcus [ 8-14].
Este ltimo han puesto en tela de juicio nuestro trad- distribucin de muestreo durante el ciclo
menstrual se traducirn comprensin del "microbioma vaginal saludable", resultado de
variaciones significativas que debe ser tenido en cuenta y plantea preguntas acerca de la
estructura y la funcin de en estudios de corte transversal de la cavidad vaginal micro esta
comunidad y la respuesta a ella. bioma en las poblaciones.
La composicin relativa estabilidad de la vagina El objetivo primario de este estudio fue
caracterizar microbioma es notable, en funcin de la variabilidad de la microbioma vaginal
durante un ciclo menstrual natural los ecosistemas el host asociado con el ciclo menstrual, en
una cohorte de saludables y asintomticos, la canadiense contacto sexual, y a la introduccin
de bacterias de la piel las mujeres, mediante el cpn60 gen. En segundo lugar, y el entorno
externo. En particular, el ciclo menstrual para sondear en busca de Las bifidobacterias y
Mollicutes no crea un siempre cambiante ambiente vaginal, con ovula- detectados por otras de
alto rendimiento mtodos secuenciales,, menstruacin, y las fluctuaciones correspondientes
de los niveles de estrgeno y de comprender mejor la estabilidad temporal y/o los niveles de
progesterona y bacterianas que afectan el accesorio a la variacin del microbioma vaginal
dentro de cada el epitelio vaginal [ 15], produccin de moco cervical [ 16], las mujeres. El
pH y el potencial redox [ 17], y el glucgeno niveles [ 18].
Estudios realizados sobre la base de la cultura en la que la comunidad microbiana se
caracteriza en varios puntos en el tiempo durante el ciclo se re-
portado Mtodos una serie de conclusiones, de ningn cambio en los participantes de la
comunidad y el diseo de estudios
composicin, a alguna variacin en el aerobic versus anaer- Este estudio longitudinal fue
diseado para recoger obic comunidades durante un ciclo menstrual, y una mayor vaginal-
muestras de frotis de una cohorte de mujeres sanas proporcin de especies de lactobacilos
presentes durante cada semana a travs de un mismo ciclo menstrual. Las mujeres son eli-
menstruacin [ 19-23]. Esta variabilidad interindividual se refleja para participar si han
demostrado ampliamente en el mbito de la cultura de los estudios independientes, con
algunas mujeres principal- de la lengua inglesa a un nivel necesario para coherente
conteniendo una comunidad microbiana en mul- entregar el consentimiento informado,
fueron por lo menos 18 aos de muestreo ticycle, mientras que otros tenan tiempo las
fluctuaciones con la edad, y ciclos menstruales regulares. Los individuos fueron menstruacin,
y algunos de ellos las fluctuaciones al azar sin excluidos si estaban embarazadas o planeando
quedar en causa aparente [13,24,25 ]. Curiosamente, por lo menos en algunas mujeres
embarazadas durante el perodo de estudio, haba una crnica de los casos, las caractersticas
de funcionamiento global de la comunidad inmune o condicin inflamatoria, haba un
intrauter- se prev que mantenga, a pesar de las fluctuaciones en el ine dispositivo in situ,
anticonceptivos hormonales de uso, o en la composici bacteriana, debido a que el cambio
en las relaciones- se est llevando los antimicrobianos o ha tomado medi- puede ser limitado
dominio de diferentes cido lctico de cationes (por ejemplo, antibiticos o terapia
antimictica) que producen especies bacterianas [ 13]. dentro de 4 semanas despus de la
inscripcin. Este estudio ha recibido el conocimiento de la microbiota vaginal hasta la fecha
aprobacin tica de la Junta de Revisin Institucional haba sido predominantemente
formados por la cultura o 16S la Universidad ofBritishColumbia(certificateno.H09-rRNA
cultura-estudios independientes. Aunque ambos 00860). El tamao de la muestra se basa en
anteriores longi- contribuir de gran riqueza de informacin sobre el tudinal vaginal estudios del
microbioma microbiota en la que una composicin, tienen limitaciones. La gama de siete a 49
temas previstos suficiente num- a la cultura de los estudios independientes se vio estimulado
por la obra de- sarrollo de investigacin microbioma [13,25,32 -34].





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y recoleccin de muestras Datos
Salud reproductiva de las mujeres de mediana edad fueron reclutados en dos cohortes de
participantes en la fase III de los ensayos clnicos de la vacuna contra el VPH, Obstetricia y
Ginecologa prcti- ca, y en los anuncios publicitarios e impresin en Vancouver, British
Columbia, Canad. Luego de obtener el consentimiento informado, los datos demogrficos y
clnicos fueron recogidos por la historia y de las historias clnicas.
Al tiempo que lleva a cabo rutina examen espculo (deriva de pruebas de papanicolaou), los
facultativos utilizaron un hisopo Dacron (Copan Diagnostics Inc. , Murrieta, CA, USA) para la
posterior muestra lateral fornix y pared vaginal. Esta muestra representa la primera de las
cuatro muestras cobradas a travs del ciclo menstrual en los grficos. Todos los participantes
se presentaron con agendas para registrar las actividades incluyendo la actividad sexual y
cualquier intervalo sntomas.
Tambin se les han proporcionado con la coleccin kits que acudan los hisopos estriles figura
diseada con un punto de ruptura en el asa (Puritan Productos Mdicos Company LLC,
Guilford, ME, ESTADOS UNIDOS), coleccin tubos conteniendo 200 l de DN Azol-Direct
reactivo (MRCGENE, Cincinnati, OH, ESTADOS UNIDOS) y instrucciones detalladas sobre la
recogida. Una vez lavado de las manos, las mujeres se le pedir que inserte el hisopo en la
vagina de la mitad de camino sobre la palanca, gire el hisopo 3 veces, retirar el hisopo y
colocarlo en el tubo de recogida, se rompa el mango, dejando el hisopo en el reactivo tubo y la
estrecha y fecha del tubo.
Las muestras fueron almacenadas a temperatura ambiente hasta que los tres de las muestras
fueron adquiridas en 1 semana de vals. Este mtodo de muestreo fue una duplicacin de los
anteriores mtodos de estudio utilizados por nosotros mismos y sus colegas en la que hemos
validado la alta calidad de la toma de muestras en comparacin con el mdico [35,36 ].
Al final del perodo de recoleccin, los participantes regresaron las muestras y se reuni con el
estudio personal para que examine sus agendas y completar una entrevista final, a cambio de
unos modestos honorarios ($20 CAD). Todas las muestras fueron identificados, y mediante el
uso de la informacin de los partici- pantes asignado a una fase menstrual utilizando un
calendario basado en una tcnica de: ciclo menstrual, el da 1 (inicio de la menstruacin) a cese
del sangrado (da 4 a 7); fol- licular, el cese del sangrado da 12; periovulatory, da 13 a da 16;
insuficiencia lutenica, el da 17 de 26 a 32 das (des- pus de sangrado). Si dos muestras
fueron recogidas en la fase ltea, ellos fueron contados sequen- dentes como insuficiencia
lutenica-I y luteal-II. DNAzol-que contienen cido nucleico fue separado del bastoncillo cabeza
por centrifugacin en el laboratorio y utilizar directamente como plantilla para reacciones de
PCR.
PCR cuantitativa (qPCR) y PCR convencional
se evaluaron muestras de integridad de cidos nucleicos cuanti- ficacin de la citocromo c
oxidasa subunidad 1
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(cox1) y de los genes 16S rRNA (regin V3) con SYBR Green ensayos, como se describe
anteriormente [ 37].
Gardnerella vaginalis fue cuantificado con cebadores [ 38] SYBR Green y condiciones del
ensayo [ 39] previamente determinado. La presencia de los Mollicutes (Mycoplasma o
Ureaplasma) fue determinado por el gen 16S arnr mediante el uso de un convencional, semi-
nested PCR [ 40], y Ureaplasma spp., fueron detectados por PCR especfico para el antgeno de
varias bandas gen [ 41].
cpn60 Objetivo Universal (UT) PCR y
PCR pyrosequencing se llev a cabo utilizando un cctel de cpn60 UT de cebadores especficos
que consta de una 1:3 relacin molar de los cebadores H279/H280:H1612/H1613, tal y como
se describe anteriormente [29,42,43 ]. Grupos de cebadores se modificaron en el extremo 5'
con uno de los 24 nicos decamer multiplexado- ticipantes (MID) secuencias, como por las
recomendaciones del fabricante (Roche, Brandford, CT, USA). Adems, ellas de 16S rRNA
producto de PCR de 12 muestras se consolid y pyrosequenced. Cador contras se agruparon
en concentraciones equimolares para crear bibliotecas para la secuencia en el GS FLX Titanium
plat- form. Emulsin PCR y secuenciacin se llevaron a cabo en el Consejo Nacional de
Investigacin, Saskatoon, SK, Canad.
Anlisis de las unidades taxonmicas operacionales (OTUs)
Pyrosequencing los datos fueron procesados mediante el valor por defecto en los
procedimientos de perforacin de 454/Roche. MEDIADOS de particiones se- cuencias fueron
procesados con perfiles microbiana mediante Asamblea metagenmica" (mPUMA) oleoducto
(http:// mpuma.sourceforge.net [ 44]) con la configuracin predeterminada para generar las
unidades taxonmicas operacionales (OTUs) con gsAs- sembler (Roche). OTUs fueron
sometidas a pruebas de deteccin y filtrado de chi- con Chaban por meras quimeras Checker
(C3), seguido de curadura manual. LAS UOT abundancia se calcul con base en la correlacin
de las lecturas de secuencia mediante secuencias de mPUMA Bowtie 2. OTUs fueron
identificados por regado por las explosiones [ 29] comparacin con el pcn60 base de datos de
referencia, cpnDB_nr (descargado el 21 de marzo de 2013, en la pgina web: www.cpndb.ca, [
45] ), y OTUs que tiene la misma referencia mejor base de datos se agrupan en cerca de est al
prjimo "especies", mientras que OTUs que tengan menos de 55% de identidad de cualquier
referencia secuencia fueron eliminadas del conjunto de cpn60 secuencia. Datos de secuencia
archivos Raw se depositaron en el NCBI Breve de Lectura Archive (BioProject PRJNA210319).
Las muestras con menos de 100 secuencia lee despus de su transformacin se retiraron,
dejando un total de 76 muestras de 27 mujeres para el anlisis.
Mtodos estadsticos
Hemos examinado los parmetros demogrficos y clnicos de la cohorte de estudio mediante
estadstica descriptiva.





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diversidad alfa y beta las comparaciones
cuantitativas Conocimientos en ecologa microbiana (QIIME) [ 46] se utiliz para calcular indice
de diversidad de Shannon, Chao1 nmero estimado de especies, y el gato, acuchillado de
diversidad beta distancia Bray-Curtis matrices.
Para estos anlisis, los datos agrupados en el vecino ms cercano "especies" se utiliza y todo,
de la diversidad de medidas se arrancara 100 veces en 1.000 lecturas por ejemplo o la muestra
mxima cuando menos de 1.000 .
Las parcelas de rarefaccin Chao1 fueron generados para asegurarse de que una adecuada
profundidad de muestreo para cada una de las muestras.
Mediciones de la diversidad alfa de las muestras se utiliz el promedio de los 100 programados
previamente en los conjuntos 1.000 lecturas por ejemplo, y se compararon los resultados
obtenidos entre las cuatro fases menstruales (menstrual y folicular, periovulatory, y luteal)
mediante el uso de un lineal anidado efectos mixtos modelo de diversidad de Shannon y de
Poisson anidar efectos mixtos de Chao1 modelo anidado dentro de tema. Las comparaciones
post hoc de Tukey se llevaron a cabo cuando sea necesario por medio del "multcomp" paquete
en R [47,48 ].
Diversidad beta (ecolgico) se calcul como la media pares de distancias de los 100 conjuntos
previamente programados en 1.000 lecturas por ejemplo. Hemos comparado eco- lgica las
distancias de las muestras dentro de los temas mediante la comparacin entre todos en un
mismo sujeto pares de dis- con todas entre-sujetos pares de distancias mediante ANOVA.
Adems, se compararon los pares de fases menstruales distancias dentro (es decir, todos en
menstruales, y todo dentro de folicular, todos dentro de periovulatory, y todo dentro de
insuficiencia lutenica) con todas las distancias entre fases (ms comn) mediante ANOVA.
Estos anlisis no tener en cuenta mltiples muestras por sujeto, ya que se basan en pares de
distancias entre las muestras; por tanto, se debe considerar exploratorias.
La agrupacin jerrquica
de las lecturas de al menos una muestra mediante el paquete vegana en R [ 49]. Clustering Jer
se logr mediante el uso de esta matriz de distancias y ward. Apoyo Bootstrap para los grupos
se evalu utilizando el promedio de Jaccard simi- pados de la clusterboot funcin en el "cof"
paquete en R [ 50]. %1 Como el promedio de la distancia mediante bootstrap matrices no
incluyen las muestras con <1.000 lee, se gener otra matriz de distancia Bray-Curtis en la
proporcin de lecturas de cada vecino ms cercano "especies" por muestra utilizando slo los
taxones que representaba por lo menos
los resultados de la agrupacin son casi idnticos en el bootstrap medias de todas las muestras
con >1.000 lecturas se utiliza en su lugar. Las muestras adicionales con- tribuir a algunos
grupos, pero no cambian la estructura de la agrupacin los resultados.
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estabilidad de la Comunidad
adems de los lineales mixtos en modelos de efectos de diversidad alfa, y las comparaciones
de en frente- mujer ecolgico entre las distancias, hemos utilizado un mtodo grfico para
evaluar la "estabilidad" de las comunidades microbianas en muestras de la misma materia.
Para explorar la manera en que las re- lativa abundancia de taxa ha cambiado con el tiempo,
nos dibuja las parcelas de rea proporcional composicin taxonmica para cada mujer con
taxones que representa al menos el 10% como mnimo, de una muestra. Las mujeres con las
muestras que haba < 25% de cambio en las proporciones de taxa dominante se considera
estable. Estabilidad por esta medida, y la estabilidad en la medida que indica si una mujer se
mantuvo en uno de los grupos definidos anteriormente, o entre grupos, se han comprobado
para las asociaciones con el IMC (bajo peso, normal, sobrepeso, obesidad), embarazo anterior,
el estado civil (asociado frente nico), consumo de alcohol, sexo vaginal, el uso de los
preservativos, sin perfume y el uso de tampones durante el periodo de estudio mediante test
exacto de Fisher.
Correlacin de la secuencia de lectura de abundancia para qPCR Gardnerella vaginalis
la proporcin del total obtenido por pyrosequencing lee muestra corresponden a G. vaginalis
(el ms cercano- bor "especies") se han comparado con la cantidad absoluta de G. vaginalis
DNA detectado por qPCR en cada una de las muestras mediante un rango de Spearman de
prueba de correlacin (SPSS Inc. , Chicago, IL, ESTADOS UNIDOS).
Resultados
Estudio cohorte
caractersticas demogrficas y clnicas de los 27 participantes del estudio se resumen en la
Tabla 1. Todas las mujeres no tenan signos o sntomas de una infeccin vaginal en el momento
de la inscripcin. Todos informaron haber menstruacin normal cy- cles de aproximadamente
28 das (rango, 26 a 31 das).
La mayora de las mujeres (81,5 %) registraron un diagnstico clnico de va- ginal infeccin (por
ejemplo, la levadura vaginitis, vaginosis bacteriana (VB) o una infeccin de transmisin sexual
(ITS) en algn momento de su vida. Slo dos mujeres (7,4 %) re- portado un diagnstico de VB
en su vida, y slo una mujer (3,7 %) reportaron haber una BV episodio dentro del ltimo ao.
Ninguna de las mujeres han informado del uso de productos para duchas vaginales durante el
periodo de estudio.
Integridad de la muestra
para confirmar la presencia de cidos nucleicos amplifiable DNAzol en la muestras, las
muestras fueron humanos gen citocromo c oxidasa bacteriana total y 16S rRNA contenido.
ADN humano fue detectable en 72 (98,6 %) de 73 muestras analizadas, mientras que el gen
16S arnr-
4 carpa cay dentro de los rangos de menos de 10 copias/algodn
4 5 5 (33 muestras), 10 a 10 copias/hisopo (31 muestras) o 10





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Tabla 1 datos demogrficos y clnicos de estudio vecino ms cercano "especies" nivel (UOT con
mejores
participantes (n = 27) base de datos de referencia coinciden), bacterianas 73 "especies" se
identifican los datos demogrficos con un promedio mnimo porcentaje identidad
edad 34,96 4,17 (18-53) de 94.0% 7,1 %, como promedio, el mximo porcentaje de
IMC 23,47 1,86 (16,8 -36) de 96,6 % 5,2 %, y una media de porcentaje 95,5 % 5,5 % de la
referencia. UNA Etnia resumen detallado del vecino ms cercano "especies" Asia 9 (33,3 %)
identificados en cada muestra en un archivo adicional
Caucsicos 15 (55,6 %) (ver archivo adicional 1).
Otros 3 (11,1 %) para evaluar si el nmero de secuencia
para cada sustancia lee muestra era de una suficiente representacin del un sesgo
actual 2 fumadores (7,4 %) nal microbiota, rarefaccin parcelas de Chao1-nmero estimado de
especies fueron calculados. Representaciones grficas de consumo de alcohol 20 (74,1 %) de la
rarefaccin submuestreadas desde parcelas de datos pre- historia Sexual representadas en un
archivo adicional (ver archivo adicional 2). En el
estado civil la mayora de las muestras, la Chao1 valores se mantuvo relativamente
Asociado 9 (33,3 %), consistentes en todo (lnea plana en toda la parcela), lo que indica
un solo 18 (66,7 %) que la muestra no se encontraron diferencias en la riqueza cambian
significativamente cuando
los compaeros sexuales en los ltimos ao 1,04 0,28 (0-3) 100 a 1.000 lecturas por ejemplo
secuencia fueron examinados.
Esta coherencia se indica que la mayor parte de la comunidad fue parejas sexuales en los
ltimos 2 meses 0,78 0,23 (0-2) fue capturado en la profundidad de muestreo. Coito vaginal
durante el perodo de estudio 17 (63,0 %)
uso del condn durante el perodo de estudio 8 (29,6 %) embarazo anterior 10 (37,0 %)
microbioma Vaginal riqueza, diversidad y ecolgico
4 esterilizacin quirrgica (14,8 %) distancia
ciclo Menstrual el indice de diversidad de Shannon proporciona una medida cuantitativa de la
diversidad de especies (riqueza y uniformidad), duracin del ciclo (das) 28,05 0,68 (26-31)
mientras que el Chao1-nmero estimado de especies proporciona uso de tampones durante el
perodo de estudio 12 (44,4 %) una medida cuantitativa de la riqueza de las especies. No hubo
historia BV y las enfermedades de transmisin sexual se encontr diferencia entre las fases
menstruales (lineal
diagnosticados con BV, levadura o ITS en vida 22 (81,5 %) modelo de efectos mixtos; razn de
verosimilitud test, P = 1) en el
diagnstico de VB en vida til 2 (7,4 %) promedio de diversidad de Shannon microbioma
muestras vaginales
BV episodio en los ltimos 1 aos (3,7 %), despus de varias muestras de cada indivi-
dual. Sin embargo, una relacin significativa entre los hombres- utilizacin de antimicrobianos
en los ltimos 2 meses strual fase y la Chao1 nmero estimado de especies Oral 1 (3,7 %) se
observ (Poisson modelo de efectos mixtos: combinacin de la probabilidad
Actualidad 2 (7,4 %) ratio test, P = 0,03 ), con lo que sugiere que las comparaciones post hoc
aNo intravaginal antibiticos. que la fase folicular, en promedio, 1,3 ms especies
IMC, indice de masa corporal; BV, la vaginosis bacteriana; LAS INFECCIONES DE TRANSMISIN
SEXUAL, infecciones de transmisin sexual. de la fase ltea (ajustado, P = 0,01 ), despus de
que varios
las variables continuas se presentan como promedio IC 95% (rango). las muestras por cada se
han tomado en cuenta. Ninguna de
las variables categricas se informa como N ( %). los otros de la menstruacin fase
comparaciones mostraron diferencias significativas. Cifras que muestran que el promedio
indice de diversidad de Shannon y Chao1 nmero estimado de especies
6 a 10 copias/hisopo (12 muestras). Todas las muestras generado calculado para cada fase
menstrual se presentan en una cpn60-UT de amplicones pyrosequencing. archivo adicional
(ver archivo adicional 3).
Las comparaciones entre las comunidades de micro-vaginal bioma perfiles mostraron en
promedio una mayor ecologic dis-
mediana, mujer (mediana = 0.29; rango = de 0 a 0,98 ; Figura 1: ;4 "generacin de perfil- entre
muestras de diferentes mujeres (mediana = Tras la toma de muestras y procesamiento, una
media de 0,97 ; rango = de 0 a 1) que entre muestras de la misma tres muestras vaginales por
mujer (rango, 1 a
3) que estaban disponibles para el anlisis. Los perfiles fueron el anlisis de varianza (ANOVA)
microbiana, F1, 2.209 = 133,4 ; P < 0,0001 ). No se distinguieron de un promedio de 7.585
lecturas secuencia por diferencia de ecologic distancia se observ al comparar muestras (rango
de 125 a 37.419 ; mediana, 4.256 ), las muestras entre las fases menstruales y menstruales en
generar 567 OTUs nica. Cuando se combinan en las fases.





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muestras de todas las fases (Figura 2). Un inventario de las
especies dominantes 1,00 1,00 perfil de la fase menstrual diferentes muestras siempre de cada
uno es de archivos adicionales (ver archivo adicional 4).
0,75 0,75 A fin de tener una idea ms clara de la estabilidad de la composicin de la
comunidad "con el tiempo, ges- parcelas rea de la composicin taxonmica de cada mujer se
reuni del microbioma (Figura 3). Los
0,50 0,50 parcelas agrupadas en cuatro tipos generales de vaginal micro bioma perfiles. El
primer grupo consisti de 12 mujeres con perfiles bacteriana relativamente estable durante el
muestreo ( < 25% variabilidad en proporcin relativa de domin- 0,25 0,25 Distancia Bray-
Curtis Distancia Bray-Curtis ant especie bacteriana; en la Figura 3A). Estas mujeres fueron
tambin entre aquellos que no cambiar entre conglomerados de comunidades, tal como se
define anteriormente por clustering jer.
0.00 0.00 El segundo grupo compuesto por nueve mujeres con micro-
todos entre el sujeto de todos entre todos los perfiles biota que constaba de los mismos o
bacteriana- ganisms, pero las proporciones relativas de cada una de las "especies" Figura 1
media distancia Bray-Curtis ecolgico de las matrices de distancia jackknifed microbioma
vaginal. Las lneas horizontales fluctu en >25% en el tiempo (Figura 3B). Cinco de estos
indican la media distancia; casillas indican el rango intercuartlico temas tambin cambia entre
los grupos, tal y como se definen
rangos, bigotes a 1.5 veces el rango intercuartlico; y la anterior, mientras que los cuatro
restantes no.
diamantes indican medios. El tercer grupo est compuesto por tres mujeres que mostr
cambios dramticos en su microbiota
vaginal durante el muestreo de la composicin "curso (un cambio total en el clustering jer
dominante de cada una de las 76 muestras revelaron cinco clus- los miembros de la
comunidad; en la Figura 3C), mientras que los ters con similitudes de Jaccard promedio 100
resam- cuarto grupo figuran dos mujeres con >25% variabil- portamiento de 0,99 , 0,85 ,
0,96 , 0,80 , 0,78 (de izquierda a derecha en ity en proporciones relativas de las bacterias
"especies", as Figura 2). Los grupos 1, 2, 3, y 5 de izquierda a derecha en una aparente
introduccin de nuevas bacterias "especies" Figura 2) fueron dominadas por L. crispatus (29
muestras de (Figura 3D).
13 Las mujeres), L. jensenii (12 muestras de cinco mujeres), las diferencias en composicin
microbioma se reflejaron Bifidobacterium breve (un no-Gardnerella Bifidobacteriales: anlogas
diferencias en el indice de diversidad de Shannon siete muestras de dos mujeres), y L. iners (20
muestras y Chao1-estimar valores. Parcelas de temporal de 11 mujeres). El resto de
instrumentos contiene un hetero en el bootstrap variacin indice de diversidad de Shannon
semisncronas mezcla de taxa dominante incluyendo Alloscardovia y Chao1 las previsiones de
las necesidades de cada persona son incluidos en omnicolens, Bifidobacterium longum,
Streptococcus agalac- un archivo adicional (ver archivo adicional 5).
definitiva, G. vaginalis subgrupo A y mixtos Actinobacteria Ninguna evidencia se ve que la
"estabilidad", tal como se definen las especies (ocho muestras de cinco mujeres). o bien como
< 25% de cambio en taxa dominante, o como el grupo de los 26 las mujeres que haban
varias muestras en la conmutacin, se relaciona con el IMC categora anterior, anlisis de la
gestacin, 18 haban todos sus perfiles vaginal pertenecientes a la nancy, estado civil, uso de
alcohol, sexo vaginal, uso del mismo grupo, mientras que ocho de ellas diferentes de creencias
religiosas de los preservativos, o Uso de tampones durante del ciclo menstrual. Cuatro de las
mujeres que periodo de estudio por test exacto de Fisher (P > 0,05 ). Otro cluster cambia
(W14, W27, W30, y W33) transiciones covariables clnica no han sido investigados, como muy
pocos dsticos L. iners entre el grupo y la L. crispatus existan temas por categora (Cuadro 1).
grupo Lactobacillus y permaneci as dominada en general.
Una mujer (W29) transicin entre la L. crispatus Evaluacin de ms cercano y prximo
"especie"
y abundancia de G. L. jensenii cluster, y una mujer (W23) pertur-
bles vaginalis niveles entre las tres Lactobacillus-dominado clus- En un esfuerzo por confirmar
independientemente si el ms cercano. Ninguna de las mujeres pasa al o del vecino "especies"
lectura secuencia refleja abundancia- B. breve-dominado cluster, mientras que dos mujeres
(W12 tual especies bacterianas en las muestras, G. vaginalis y W25) pasa de la heterogeneidad
de cuantificar en las muestras, y el PCR cuantitativo los resultados a un Lactobacillus-dominado
clster a travs de la menstruacin en comparacin con la secuencia leer. G. vaginalis fue ciclo
(Figura 3). elegido como blanco de ataque porque se ha detectado en el 74% de sam- una
relacin no parecen estar presentes entre clus- fa en una amplia gama de secuencia leer
abundancia. El pro- tracin y fase menstrual, como la mayora de los clsteres figura parte de
lecturas totales obtenidos por muestra correspondiente





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Menstrual perfil de fase



ltea menstrual periovulatory folicular
Clusters: 1 2 3 4 5
Pgina 7 de 12
Actinomyces neuii Alloscardovia omnicolens Atopobium fosilizado Atopobium vaginae
Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium breve Bifidobacterium longum Bifidobacterium
dentium Brachybacterium faecium Brevibacterium mcbrellneri Brevibacterium sp).
Corynebacterium accolens Corynebacterium glucuronolyticum Corynebacterium jeikeium
Corynebacterium lipophiloflavum Corynebacterium xerosis Gardnerella vaginalis Gardnerella
vaginalis Grupo A Grupo B Grupo C Gardnerella vaginalis Mobiluncas curtsii Propionibacterium
sp).
Bacteroides coagulans Prevotella Porphyromonas uenonis buccalis Prevotella disiens
Prevotella timonensis micraerophilus Dialister pneumosintes Lactobacillus crispatus
Lactobacillus gasseri Lactobacillus iners jensenii Lactobacillus Lactobacillus sp.
Megasphaera sp.
Streptococcus agalactiae Streptococcus parasanguinis
Figura 2 clustering jer microbioma vaginal de perfiles ms cercano y vecino de
Streptococcus salivarius Acidovorax sp.

Mollicutes Oligella urethralis Ureaplasma
como mnimo, de una muestra. La escala de color refleja la proporcin del total de cada una de
las "especies" representado. Las muestras se dividieron en cinco grupos (indicados por los
nmeros) a partir de las semejanzas de Jaccard promedio 100 muestras. Bloques de color en la
parte superior indica la fase menstrual de cada muestra. Mollicutes y Ureaplasma muestras
positivas se indican por cajas negras por debajo del calor cleanair (cuadros grises indican que la
muestra no se ha probado). %1: "especie." Slo ms cercano y prximo "especies" que incluya
al menos
a G. vaginalis se correlacion significativamente con la cantidad de G. vaginalis detectado por
qPCR en cada muestra (rs = 0.405; identidades ( >95%) Mycoplasma hominis y Ureaplasma
n = 76; P < 0,001 ).
Mycoplasma y Ureaplasma en el microbioma vaginal
una limitacin conocida del cpn60-segn perfiles microbiana es que algunas especies de los
Mollicutes no contienen este gen. Para resolver este problema, todas las muestras fueron
sometidas a pruebas de deteccin de Mollicutes, conun con PCR (prueba de micoplasma
diseado para detectar y/o Ureaplasma especie. Mollicutes fueron detectados en 59 (80,8 %)
de 73 muestras, que representa a 23 (85,2 %) de 27 mujeres (Figura 2).
Cuando el Ureaplasma-PCR especficos se aplican a las mismas muestras, 23 (31,5 %) de los 73
regresaron los resultados positivos de 10 (37,0 %) de 27 mujeres, que consta de 18 muestras
(24,7 %) con U. parvum (ocho mujeres) y cinco muestras (6,8 %) con U. urealyticum (dos
mujeres). Para comprender la com- posicin de los Mollicutes de ms productos de PCR, los
productos de PCR de 12 muestras (representando a cinco mujeres en ei- ther folicular,
periovulatory o fases ltea) se combinaron y pyrosequenced para generar 54.926 lecturas.
Mollicutes, como secuencias representaron 77,7 % de lecturas, con claro
spp.de 76,2 % de las secuencias (Ureaplasma no pueden ser identificadas con esta regin del
gen 16S arnr).
El restante 1,5 % de los Mollicutes-como dice agrupados en siete diferentes UOT que haba
slo un 85% a 90% de identidad de especies conocidas, lo que sugiere que novela Mollicutes
puede estar presente en el microbioma.
Secuencias de Mycoplasma genitalium no fueron detectados. Curiosamente, la PCR tambin
genera cador contras desde varios Staphylococcus especies, incluyendo S.
epidermidis (17,3 % de lecturas), S. pasteuri (0,21 % de lee), S. hyicus (0,04 % de lee), y
Staphylococcus spp., (2,9 % de lee), as como la especie Lactobacillus L. iners (1,6 % de
lecturas), L. crispatus (0,04 % de lee), y L. jensenii (0,07 % de lee). Esto indica que parte del
producto de PCR generados no se Mollicutes y sugiere que esta prueba de PCR tiene el
potencial de generar un resultado falso positivo.
Discusin
Los resultados de nuestro cpn60-estudio de la microbiota vaginal a travs de un ciclo
menstrual demuestran que





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UN
W18 W17 W26 W11
F P L-I L-II F L-I L-II F L-I M P L I F P L-I
Pgina 8 de 12
W31
W02 W24 W20 W22
L-I L-II M F P L-I F P L-I M
B
W29 W08 W32
F M P L I F L-I F L-I L-II M P L-I L-II
W15 W05 W16
L-F M I L-I L-II L-I L-II F L-II
W33 Lactobacillus crispatus
iners Lactobacillus Lactobacillus jensenii Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis Grupo A
Grupo B Bifidobacterium longum Bifidobacterium breve
W14 W01 W34 W27 W25 Corynebacterium lipophiloflavum
F P P L-I L-II F P L-I F P L I F L-I L-II Brevibacterium
Corynebacterium glucuronolyticum
Alloscardovia
Vaginae omnicolens Atopobium
Streptococcus agalactiae Dialister pneumosintes micraerophilus
Oligella urethralis sp.
C
W03 W12 W19 W23 D.
F L-I F L-I P L-I F P L-I L-II M F L-II
W30
La Figura 3 (vase la leyenda en la pgina siguiente.)





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L-II, la insuficiencia lutenica II, tal como se define en el texto). Los perfiles estn dispuestos a
reflejar las mujeres con relativamente estable microbioma ( < 25% de cambio (A), los
perfiles de los mismos organismos, pero las proporciones de estos organismos fluctu en
>25% en el tiempo (B), los perfiles que haba cambios radicales en el momento de muestreo
(C), y los perfiles con una mezcla de alterando las proporciones y la introduccin de nuevos
organismos (D). Identificacin de las muestras aparecen los nmeros en la esquina superior
izquierda de cada individuo. La leyenda incluye ms cercano y prximo "especies" que cuenta
de al menos el 10% de la secuencia lee en al menos una muestra. ;I (vase la figura de la
pgina anterior.) La Figura 3 perfiles microbioma Vaginal durante la fase menstrual. Los datos
se presentan como porcentaje del total de la secuencia lee obtenidos para cada una de las
muestras, con la altura de la coordinacin corresponde a 100 %. Tiempos de Muestreo vertical
se indican con lneas quebradas, y fase del ciclo menstrual de cada una de las muestras se
indica en el eje de abscisas (M, ciclo menstrual; F, foliculares; P, periovulatory, L-I, la
insuficiencia lutenica
en esta cohorte, slo unos pocos estados de la comunidad de mujeres clnicamente sanos. As,
secuenciacin de las mujeres sanas, con L. crispatus, L. iners, po- sitivas y L. jensenii Mollicutes
novela siete de secuencias que pudieran ser los miembros dominantes. Esto es consistente con
las especies indican sin caracterizar. Curiosamente, profunda pyrose- estudios publicados
previamente [12,13,25 ]. De la nota, Lactoba- quencing de que, al parecer, Mollicutes PCR
especficos de productos cillus gasseri es prominente en otros estudios [12,13 ], pero se cuidan
de un grupo de 12 PCR-muestras positivas demostr que no era un organismo dominante en
toda mujer de micro imprimacin especificidad es imperfecta. La generacin de la biota en
este estudio perfil. amplicn de otros organismos, en particular Staphylo- en riqueza,
diversidad, ecolgicas y distancia, coccus y especies de lactobacilos, que fue la misma que se
observ un elemento de composicin tamao personalizado como los Mollicutes producto
puede ser la causa de patrn en la mayora de las mujeres a lo largo del tiempo: perfiles
generados algunos sobrenotificaci deteccin de Mollicutes en los estudios de las muestras
recogidas en diferentes fases menstruales con estos iniciadores
de la misma mujer mostr un mayor grado de compartir nuestro estudio difiere de otros en el
nmero similitud en la estructura de la comunidad versus perfiles de perfiles de vaginal
dominada por Gardnerella de Bifidobacterium- ciada de diferentes mujeres, pero en el mismo
bacteriales. Especie Bifidobacterium (G + C, Gram fase menstrual [13,51 ]. No obstante, habida
cuenta de la limitada positiva, Actinobacteria) son los miembros conocidos de la va- tamao de
la muestra, la extensin de un "personalizado" microbiota microbiota ginal y gneros como
Bifidobacterium y queda por confirmar. Alloscardovia han sido aisladas de muestras vaginales
observamos una relacin estadsticamente significativa, en varios basado en la cultura
investigacin [19,21,59 -62].
tween fase menstrual y el Chao1 calcula num- cultura-estudios independientes sobre la base
de 16S rRNA de especies, en fase folicular que se tomaron muestras de genes tambin han
informado acerca de la especie Bifidobacterium promedio 1,3 ms especies de las que no se
presenta a la fase muestras vaginal microbioma [14,63,64 ], con un estudio diagnstico sin
embargo, no creemos que esta observacin es la bio- que la comunidad dominante miembro
de dos de 20 mujeres lgicamente significativo, dado que la presencia o ausencia de una en el
estudio [ 65]. Ms comnmente, el 16S rRNA de especies pueden ser afectadas por matices
tcnicos y las investigaciones tienden a no informe Bifidobacteriumin la va- efectos de
muestreo aleatorio [ 52]. ginal microbioma [ 12 -14,51]. Este fenmeno hace eco Mycoplasma
y Ureaplasma Genital han sido aso- hallazgos previos de estudios microbioma intestinal de la
publi, en las mujeres con las infecciones genitales como vaginitis, que basado en la cultura las
investigaciones revelaron una riqueza de cervicitis, enfermedad plvica inflamatoria, y con un
Bifidobacterium, mientras que 16S rRNA de cultura: la variedad de otras negativas de salud
reproductiva y neonatal, estudios independientes ha detectado muy pocos, lo que conduce a
la dis- [ 53-55]. M. hominis, M. genitalium, U. parvum, descubrimiento que muchos universal
16S rRNA PCR y U. urealyticum son regularmente detectado en la vagina, a pesar de la mala
calidad de este gnero [26,66,67 ].
muestras de cultura o de cada taxn mtodos de RCP, lo cual impide la identificacin de
Bifidobacterium aunque la prevalencia reportada es de gran alcance (20% es su relacin con G.
vaginalis, una especie que se margi- al 80% en funcin de la poblacin del estudio). Estas en la
cuaresma microbiota vaginal, y pertenece a la misma especie son mucho ms raramente en
16S rRNA de familia taxonmica [ 68]. El cpn60-universal basado en la PCR anlisis microbiota
[12,14,51 ], probablemente porque de protocolo utilizado en este estudio ha demostrado
experinental de imprimacin universal sesgo [ 56]. La falta de un cpn60 gen en cmputo para
representar las bifidobacterias ms precisin en Mollicutes mater- no es un fenmeno
universal, porque sev- segundo lugar figuran microbioma en comparacin con 16S rRNA de
general especies de micoplasma, incluyendo a M. genitalium, PCR universal [ 26], y el pcn60
secuencia objetivo es tener un cpn60 gen. Sin embargo, M. genitalium no ha sido claramente
distinguibles entre Gardnerella y Bifidobac- detectada en cualquier cpn60-en los estudios de la
pseudomona Pyocyaneaus po- da (promedio secuencia identidad de slo el 75 %, en
comparacin vaginal microbioma hasta la fecha [ 28-30]. Mycoplasma y con 16S rRNA
identidades de >90%). El hallazgo de que Ureaplasma se reportan los mandantes equivalan
vaginal en trabajo lo vamos grouphad Bifidobacterium [57,58 ], seguir apoyando la propuesta
de que estos o breve, Bifidobacterium longum,o Alloscardovia omnicolens ganisms son parte
de la microbiota vaginal de muchos como un organismo vaginal dominante parece razonable.





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Las bifidobacterias en general, se considera beneficiosa los miembros de la microbiota
intestinal [ 69], si bien su papel en la microbiota vaginal an no ha sido aclarada. Es concebible
que Bifidobacterium, lac-tic bacterias productoras de cido, podra tener una proteccin o
promocin de la salud en la vagina efecto anlogo de Lactobacillus. Las bifidobacterias
tambin parecen jugar un papel im- portante en la salud infantil y el desarrollo [ 70], y su
presencia en la microbiota vaginal de saludables y reproductivas de las mujeres de mediana
edad podra proporcionar un medio de trans- fer de la madre y el recin nacido durante el
parto.
Se han tomado medidas para evaluar calidad de la muestra y los sentativeness leer la
secuencia de abundancia, y limitaciones conocidas de la tcnica empleada. Calidad de la
muestra se evalu a partir de la posibilidad de ampliar tanto humanos (a travs de la cox1 gen)
y ADN bacteriano (a travs de la 16S rRNA y cpn60 los genes) de las muestras. El hecho de que
las bacterias pueden ser generadas amplicn de todas las muestras y amplicn humanos de
todos pero una muestra indic que los cidos nucleicos se mantuvo la calidad a un nivel
suficiente para su anlisis. A continuacin se determin empricamente que cpn60 amplicn
generacin representado fielmente y secuencia real importe inicial de blanco en la ex- un
amplio caso de G. vaginalis. Adems, se prev que Mollicutes especies sera mal caracterizado
por cpn60 anlisis, que van dirigidas investigacin de este importante grupo se han realizado
por separado. Todas estas medidas se ha aadido los datos experimentales de los resultados
generados por el pcn60 anlisis y ayuda a asegurar que los de subscripciones
www.elca.org/wo/ individuales de la microbiota vaginal estn bajo investigacin fueron fieles y
representativa posible.
Los resultados de este estudio sugieren que los hombres- strual fase de una mujer no es
predictivo de la microbiota vaginal en ese momento. 18 (69%) mujeres, todas las muestras
recogidas a lo largo de todo el ciclo menstrual clus- tradas por composicin. Un perodo
adicional de seis (23%) mujeres transicin entre Lactobacillus dominado por grupos a lo largo
de todo el ciclo menstrual, mientras que slo dos (8%) mujeres haba composiciones muestra
heterognea de la transicin a un grupo Lactobacillus de domi- cluster. Ninguna pauta de
cambio de la composicin microbioma vaginal fue observado por fase menstrual, y ninguna
asociacin con las prcticas de salud personales o para la actividad sexual.
Es de destacar que la mayora de las mujeres en este estudio tenan microbiota dominado por
especies de lactobacilos.
A pesar de que esta es una tendencia observada, reconocemos que las observaciones
formuladas en esta cohorte puede no ser aplicable a las poblaciones de las mujeres con una
mayor prevalencia de Lactobacillus dominado por microbiota vaginal. An ms, el ies de
esprrago ms las mujeres canadienses durante perodos ms largos son necesarios para
seguir haciendo frente a importantes cuestiones acerca de la composicin y estabilidad del
microbioma vaginal. Tambin es importante para asegurarse de que estos estudios se realizan
en diferentes cohortes con variable
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grupos tnicos y caractersticas de comportamiento en varios sitios en todo el mundo.
Conclusiones
La composicin del microbioma vaginal no ap- pear para estar directamente vinculados a las
fases del ciclo menstrual de las mujeres en nuestro estudio. Algunas mujeres las comunidades
microbianas vaginales que fueron aparentemente estable de la composicin y abundantes a lo
largo de todo el ciclo menstrual, mientras que otros fueron moderadas o grandes cambios con
el tiempo.
A pesar de estos cambios, la composicin de la comunidad en general tiende a uno de los
pocos tipos de estructura composicional dominado por especies de lactobacilos en ningn
momento. El uso de los codificadores de protenas cpn60 gen como marcador comunidad
cdigo de barras, a diferencia de algunos otros mtodos, revel Bifidobacteriales dominado
por perfiles vaginal cuyo papel en el cuidado de la salud requiere ms investigacin. El grado
de las aberraciones de la mujer microbioma vaginal y conducir a enfermedad sintomtica
requiere de urgente atencin, dada la prevalencia de estas enfermedades y su ad- verso
efectos en la calidad de vida y resultados reproductivos.
Archivos adicionales
archivo adicional 1: resumen detallado de ms cercano vecino de especies identificadas en
cada una de las muestras. Resumen de la tabla de ms cercano y prximo "especies"
identificados en cada una de las muestras, mnimo, mximo y promedio de la identidad ms
cercano y prximo "especies" etiqueta secuencias de referencia de base, el nmero de las UOT
(nico cpn60 secuencia) por vecino ms cercano "especies", y la ms cercana al vecino
"especies" secuencia abundancia (pyrosequencing lee obtenidos) para cada muestra.
Archivo adicional 2: rarefaccin parcelas de Chao1-nmero estimado de especies los valores
de las 76 muestras estudiadas. Para cada una de las muestras, de 100 a 1.000 lecturas
secuencia (en incrementos de 25 secuencias) fueron submuestreadas desde 100 veces de los
datos, y la media Chao1-clculo de los nmeros de especies fueron trazados para cada
incremento. Si una muestra de estudio haba sido completamente secuenciados, los datos
representan un mtodo asinttico, meseta, lo que indica que se secuencia no seran
significativamente ms especies nuevas. Esto se hizo para confirmar que la secuenciacin
profundidad utilizada en este estudio fue suficiente para capturar la muestra riqueza.
Archivo adicional 3: Media y diversidad de Shannon Chao1-nmero estimado de especies por
fase menstrual. Diversidad de Shannon promedio (A) y Chao1-nmero estimado de especies
(B) por fase menstrual.
Las etapas se definen como menstruales, da 1 (inicio de la menstruacin) de la cesacin de
sangrado (das 4 a 7); folicular, cese del sangrado a da 12; periovulatory, el da 13 al da 16;
insuficiencia lutenica, da 17 a da 26 a 32 (comienzo del sangrado).
Las barras de error indican intervalos de confianza del 95 %. La nica diferencia
estadsticamente significativa entre la determinacin Chao1-nmero estimado de especies
entre las fases folicular y luteal; sin embargo, no creemos que ello sea biolgicamente
significativas.
Archivo adicional 4: Cluster 76 afiliacin para todos las muestras de estudio.
Cuadro resumen identificar los clustering jer asignacin de cada una de las 76 muestras en
una de las cinco agrupaciones basadas en similitudes Jaccard. Estos datos se representan
grficamente en la Figura 2.
Archivo adicional 5: variacin temporal de los dice de diversidad de Shannon y Chao1 las
previsiones de las necesidades de cada individuo. Grficos que muestran el cambio de
bootstrap indice de diversidad de Shannon (A) y Chao1 las estimaciones (B) para cada una de
las mujeres (N = 27) por el da se haya tomado cada muestra. Los grficos reflejan los
resultados que muchas mujeres haban diversidad estadsticas que se mantena a lo largo del
periodo de estudio, mientras que algunas mujeres se producen cambios en los valores de estas
medidas.





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Abreviaturas 16S rRNA: 16-Svedberg RNA ribosmico, BV: vaginosis bacteriana; cox1:
citocromo c oxidasa subunidad 1 gen; cpn60: la chaperonina eucaritica-60 gen; G. vaginalis:
Gardnerella vaginalis; G + C: guanina + citosina; VPH: Virus del papiloma humano; L.
crispatus: Lactobacillus crispatus, L. iners: Lactobacillus iners; L. jensenii: Lactobacillus jensenii;
M. genitalium: Mycoplasma genitalium; M. hominis: Mycoplasma hominis; MEDIO: el
multiplexado identificacin; mPUMA: Perfiles Microbiana mediante Asamblea metagenmica";
NCBI: Centro Nacional de Informacin Biotecnolgica; las UOT: unidad taxonmica; PCR:
reaccin en cadena de la polimerasa; QIIME: Cuantitativo Conocimientos en ecologa
microbiana; qPCR: reaccin en cadena de la polimerasa cuantitativa; S. epidermidis:
Staphylococcus epidermidis; S. hyicus: Staphylococcus hyicus; S. pasteuri: Staphylococcus
pasteuri; U. parvum: Ureaplasma parvum; U.
urealyticum: Ureaplasma urealyticum, UT:objetivo universal.
Competencia de intereses Los autores declaran que no tienen intereses contrapuestos.
Los autores de las contribuciones DM, jvs, GR, HSM, y el estudio del concebido, supervis y
contribuy para la recopilacin y anlisis de datos, y particip en el manuscrito por escrito. BC
genera 16S rRNA y Gardnerella qPCR datos, y particip en el anlisis de datos y de manuscritos
por escrito. MGL, anlisis de datos y particip en el manuscrito por escrito. TPJ gener el cpn60
vaginal Mollicutes microbioma perfiles y datos. ECW supervis recopilacin de datos clnicos y
anlisis y particip en el manuscrito por escrito. ZL particip en manuscrito por escrito.
AYKA, anlisis estadstico y particip en el manuscrito por escrito. DB supervis muestra cl
ica y la recopilacin de datos. Todos los autores ledo y aprobado el manuscrito final.
Agradecimientos Los autores gracias a las mujeres que se tomaron el tiempo y el esfuerzo
necesarios para participar en este estudio. Apoyo financiero fue proporcionado por un
Institutos Canadienses de Investigacin en Salud (CIHR) Catalizador Premio a MS.
Autor detalles
1Departamento de Obstetricia y Ginecologa, Universidad de la Columbia Britnica, 1190
Hornby Street, Vancouver, BC V6Z 2K5, Canad. 2 La Salud de la Mujer Instituto de
Investigacin, 4500 Oak Street, Vancouver, BC V6H 3N1, Canad.
3Departamento de Microbiologa Veterinaria, Universidad de Saskatchewan, 52
4 Campus Drive, Saskatoon, SK S7N 5B4, Canad. La agricultura y agroalimentario Canad, 107
Ciencia, Saskatoon, SK S7N 0X2, Canad. 5Departamento de Microbiologa e Inmunologa de la
Universidad de Western Ontario y Lawson Health Research Institute, Londres, Ontario, Canad.
6 Consejo Nacional de Investigacin de Canad, 110 Gimnasio, Saskatoon, SK S7N 0W9,
Canad.
7Departamento de Microbiologa e Inmunologa de la Universidad de Saskatchewan,
Saskatoon, SK S7N 5E5, Canad.
Recibido: 13 de diciembre de 2013 Aceptado: 31 2014 marzo Publicado: 4 2014 Julio
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doi:10,1186 / 2049-2618-2-23 Citar este artculo como: Chaban et al.: Caracterizacin de la
microbiota vaginal saludable de las mujeres canadienses a travs del ciclo menstrual.
2014 Microbioma 2:23.