UNIVERSIDAD NACIONAL AUTNOMA DE

MXICO
FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES
CUAUTITLN

DEPARTAMENTO-CIENCIAS BIOLGICAS
SECCIN-BIOQUMICA Y FARMACOLOGA
HUMANAS

BIOQUMICA DIAGNSTICA
Bioinformtica
Reporte 2. GenBank, ejercicios

Grupo: 2001
Olivares Torres Cynthia Sarai

Asesoras:
M. en C. Maritere Domnguez Rojas
p. BQD Andrea Gonzlez Salcedo
EJERCICIO 1: Accede a la secuencia X01714 y contesta a las siguientes preguntas

1. A qu tipo de molcula corresponde?
A DNA genmico


2. Cuntos nucletidos contiene?
1609 nucletidos



3. En qu fecha se modific el registro por ltima vez?
El 23 de Octubre del 2008



4. En la lnea DEFINITION, qu quiere decir EC 3.6.1.23?
EC quiere decir EnzymeComission (EC), de acuerdo a la nomenclatura de la
Comisin Enzimtica

http://www.ehu.es/biomoleculas/enzimas/enz12.htm#c


El nmero 3 nos indica el grupo al que pertenece la enzima, (hidrolasa). El 6 indica
que actan hidrolizando anhdridos de cido. El 1 indica que es aceptor de un
grupo OH.
Cataliza la hidrlisis de dUTP a dUMP.

5. Cmo se denomina el gen?
E. coli dut gene for dUTPase (EC 3.6.1.23) (deoxyuridine 5'-triphosphate
nucleotidohydrolase)


6. Y la protena que codifica?
Unnamed protein product; dUTP-ase


7. El nombre recomendado de la dUPTasa es desoxiuridina 5-trifosfato
nucletido hidrolasa. Y su nombre alternativo es dUTP pirofosfatasa


8. De qu organismo procede?
Escherichia coli



9. Qu caractersticas diversas (misc_feature) existen en la secuencia?
Explica su papel en la expresin del gen.
En el documento se indican seala 3 regiones misc_feature en la secuencia:

El primero va del nucletido 322 al 324. En esta regin de da el inicio de la
transcripcin.


El segundo va del nucletido 424 a 705. Aqu se indica la regin de la dUTP
trimrica difosfatasa



El tercero va tiene un orden de 550..558,601..609,616..618,628..633. Esta
regin representa un sitio activo



El cuarto va del nucletido 831 al 851. En esta regin se indica que forma
la estructura de un bucle.

El quinto tiene un orden de 424..429,463..465,478..483,487..489,538..540,
544..561,577..585,601..603,610..612,631..633,637..639.
643..645,649..651,661..675,682..684,694..696. Indica el polipptido de unin



El sexto va del nucletido 866 al 893. En esta regin se indica que forma la
estructura de un bucle.


El sptimo va del nuclotido 962 al 1090. Indica la regin reguladora de
protenas


El octavo va del nucletido 905 al 1489. Indica la divisin inhibidora de
protenas.


10 Qu nucletidos abarca la CDS de la dUTPasa?
Abarca del nucletido 343 al 798.


11. Cul es su ORF? (Corta y pega la secuencia FASTA en el programa ORF-
finder)



Su marco de lectura abierto u ORF es el frame +1 que abarca desde el nucletido
340 al 798, ya que aqu se encuentra la secuencia que codifica para la enzima
UTPasa. La regin ORF se encuentra marcada en la imagen con color morado.

12. Qu conclusiones puedes sacar de ello?
En el programa ORF-finder la secuencia codificante vara un poco comparada
con la que presenta el CDS de GenBank. Esta variacin consiste en que en ORF-
finder empieza desde el nucletido 340, mientras que en GenBank empieza en el
343, aunque ambas terminan en el nucletido 798. A pesar de que varan en tres
nucletidos ambos empiezan en un triplete ATG que codifica para metionina, en
el programa ORF-finder los codones que codifican para metionina se encuentran
en los nucletidos 340 y 343, y son los que dan la seal para el inicio de la
transcripcin.



EJERCICIO 2: Busca la secuencia codificadora completa (cds) nucleotdica del
gen de la insulina humana.

1. Cuntos registros encuentras con cada una de las siguientes bsquedas:
human insulin, human AND insulin, human insulin,?

Human insulin.
Se encuentran 15839 resultados


human AND insulin
Se encuentran 15839 restultados


human insulin
Los resultados se reducen a 877







human insulin gene
Se reduce an ms, a 44 restultados


2. Una vez que hayas identificado la secuencia ms apropiada, anota su
nmero de indentificacin.
J00265


3. Cul es su longitud?
Su longitud es de 4044 pb


4. De dnde se aisl esta senciancia en concreto?
De la especie homo sapiens (humano)


EJERCICIO 3: Busca en GenBank la secuencia codificadora completa (cds)
nucleotdica del gen de la methylmalonic aciduria cblA type.

1. Cuntos registros encuentras con cada una de la siguientes bsquedas:
MMAA, human methylmalonic aciduria cblA type, human AND
methylmalonic aciduria cblA type, human methylmalonic aciduria cblA
type gene?
MMAA
Se encuentran430 resultados


human methylmalonic aciduria cblA type
Se encuentran 145 resultados


human AND methylmalonic aciduria cblA type
Se encuentran 145 resultados


human methylmalonic aciduria cblA type gene
Se encuentran 145 resultados


2. Una vez que hayas identificado la secuencia ms apropiada, anota su
nmero de identificacin.
NM_172250


3. Cul es su longitud?
Su longitud es de 5943 pb


4. Qu funcin tiene la protena?
La protena codificada por este gen est implicado en la translocacin de la
cobalamina en la mitocondria, donde se utiliza en los pasos finales de la sntesis
de adenosilcobalamina.



5. Dnde se localiza?
En el brazo largo del cromosoma 4, en la regin 31.21 del bandeo g.