1) Fenotipo: producto del genotipo y del ambiente.
Fenocopias: definicin y ejemplos.
Genotipo: Los genes heredados y que posee un individuo Fenotipo: Todos los aspectos morfolgicos, fisiolgicos, de comportamiento y de relaciones ecolgicas de un individuo. No existen dos individuos que sean genotpica o fenotpicamente idnticos. Excepto los clones para el caso del genotipo. Un nico genotipo puede producir diferentes fenotipos, dependiendo del ambiente en que el organismo se desarrolle. Un mismo fenotipo puede ser producido por diferentes genotipos, dependiendo del ambiente Efectos ambientales Los genes no actan en forma aislada. El fenotipo final de un organismo es el resultado de la interaccin de un gran nmero de genes, que adems estn influenciados, en distintas mediadas, por factores ambientales Fenocopias: Cambios ambientales especficos pueden modificar el desarrollo de un organismo de modo que su fenotipo simule el efecto de un genotipo particular. Ej. la epilepsia
2) Concepto de gen. Intrones - exones. Clasificacin de las secuencias de ADN. Concepto de gen. Un gen es una unidad de informacin dentro del genoma, que contiene todos los elementos necesarios para su expresin de manera regulada. Tambin se conoce como una secuencia denucletidos en la molcula de ADN (o ARN, en el caso de algunos virus) que contiene la informacin necesaria para la sntesis de una macromolcula con funcin celular especfica, habitualmente protenas pero tambin ARNm, ARNr y ARNt. Esta funcin puede estar vinculada con el desarrollo o funcionamiento de una funcin fisiolgica. El gen es considerado la unidad de almacenamiento de informacin gentica y unidad de la herencia, pues transmite esa informacin a la descendencia. Los genes se disponen, pues, a lo largo de ambas cromtidas de los cromosomas y ocupan, en el cromosoma, una posicin determinada llamada locus. El conjunto de genes de una especie se denomina genoma. Los genes estn localizados en los cromosomas en el ncleo celular. Intrones.- Un intrn es una regin del ADN que debe ser eliminada de latranscripcin primaria de ARN, a diferencia de los exones que son regiones que codifican para una determinada protena. El nmero y longitud de los intrones vara enormemente entre especies, as como entre los genes de una misma especie. Por ejemplo, el pez globo, Takifugu rubripees, tiene pocos intrones en su genoma; mientras que los mamferos y las angiospermas(plantas con flores) suelen presentar numerosos intrones. Los Exones. son parte de DNA que se convierten en el ARN de mensajero maduro (mRNA). (6) El proceso por el cual la DNA es utilizada mientras que un modelo para crear el mRNA se llama transcripcin. Este mRNA entonces experimenta otro proceso llamado la traslacin donde el mRNA se utiliza para sintetizar las protenas, va otro tipo de ARN llamado molcula de la transferencia (tRNA).
Clasificacin de las secuencias de ADN. Puede clasificarse por su grado de repeticin o por su funcionalidad: De acuerdo al grado de repeticin Alto grado de repeticin Grado moderado de repeticin Secuencias nicas
3) ADN felomrico. Estructura del telmero. Lazo telomrico. Protenas telomricas. Telmeros y envejecimiento celular. ADN telomrico En casi todos los eucariontes estudiados, el ADN telomrico (ADNt) consiste en repeticiones en tanden de pequeas secuencias nucleotdicas con una distribucin asimtrica de los pares G:C, pues las G se acumulan en una de las hebras (hebra G) y se encuentran agrupadas. La hebra G est orientada de 5' a 3' hacia el extremo del telmero y forma el extremo 3'del ADN cromosmico. En la zona ms extrema no est apareada formando un segmento final monofibrilar con una longitud que vara segn la especie. Las principales caractersticas estructurales de los telmeros se resumen en la figura 1. La longitud del telmero es variable. En Oxytricha y Euplotes es apenas de 38 pb mientras en ratones alcanza 150 kb. Cada organismo posee una longitud media caracterstica. La cantidad de ADNt por cromosoma tambin flucta. En algunos organismos la longitud promedio de los telmeros responde a cambios genticos o nutricionales.
Estructura del telmero. Los telmeros fueron identificados por H.J. Muller durante la dcada de los aos 30. Desde entonces, se ha profundizado extraordinariamente en el conocimiento de estas estructuras, gracias a la introduccin de la moderna tecnologa de la Gentica Molecular. Un resumen de los principales trabajos realizados en los primeros aos de aplicacin de estas tcnicas fue publicado en 1984 porBlackburn y Szostack.
Los estudios se han realizado principalmente en ciliados, cuyos macroncleos pueden contener de 40 000 a 1 000 000 de telmeros segn la especie, por lo que constituyen una excelente fuente de componentes telomricos y de las enzimas que participan en su replicacin. Posteriormente, se ha comprobado que los aspectos descritos en ciliados estn presentes en otros organismos. En los ciliados y en S. cerevisiae los telmeros se encuentran en una forma de estructura cromatnica particular no nucleosmica que ha sido denominada telosoma. Los nucleosomas adyacentes presentan histonas hipoacetiladas caractersticas de la cromatina que no se transcribe activamente. En mamferos, donde son mucho ms largos, se presentan formados por nucleosomas pero hacia la zona ms extrema aparecen como telosomas. Esto evidencia que al menos en parte hay conservacin estructural de los telmeros. Tambin muestran diferencias interespecies algo sorprendentes.
Lazo telomrico Los telmeros tambin forman largas estructuras en lazo, denominadas lazos telomricos o lazos-T, conocidos en ingls como T-loops. De esta manera, las hebras simples de ADN se enroscan sobre s mismas en un amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a telmeros. En el extremo del lazo-T, el ADN telomrico de hebra sencilla se sujeta a una regin de ADN de doble hebra porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se aparea a una de las dos hebras. Lazo de desplazamiento o lazo-D (D-loop), es como se denominar a esta estructura de triple hebra
Las protenas telomricas (PT) pueden presentarse asociadas al extremo monofibrilar o a la zona adyacente de doble hebra. Entre las primeras se ha identificado una protena de Oxytricha que no est relacionada estructuralmente con ninguna otra protena. In vitro, esta protena facilita la formacin de cuartetos G, lo cual sugiere la existencia de estas estructuras in vivo. No se le ha detectado unin a zonas internas del cromosoma. Una protena de unin a la hebra G monofibrilar en levaduras es el producto del gen EST1. La unin de EST1p es especfica para las repeticiones (TG 1!3 ) n de una sola hebra y requiere de un extremo 3' libre. 3
La principal PT de unin a la zona de doble hebra en S. cerevisiae es el producto del gen RAP1. Su unin a las repeticiones (TG 1!3 ) n de hebra simple se realiza con menos afinidad que a las de doble hebra. Se ha demostrado que RAP1p contiene 2 motivos estructurales de unin al ADN que son homlogos a los del oncogen myb. A partir de clulas HeLa se purific una protena de 60 kDa que se une a los telmeros humanos y se le denomin hTRF. La protena tiene 439 aminocidos para una masa molecular de 50 341 dalton y su expresin in vitro da lugar a una protena de tamao similar a la identificada en los extractos nucleares de clulas HeLa. 4 Alrededor de la posicin 350 hTRF contiene 2 secuencias de localizacin nuclear, la zona N terminal es rica en asprtico y glutmico y en la zona C terminal presenta fuerte homologa con la regin de unin al ADN del oncogen myb. Ver la referencia 5 para una comparacin con otros TRF de mamferos. A partir del hTRF se pudo localizar una protena telomrica con motivos del oncogen myb en Schizosaccharomyces pombe. 6
Es de esperar que en los prximos aos se puedan identificar otras protenas implicadas en la estructura y funcin de los telmeros.
Telmeros Los telmeros (del griego telos, "final" y meros, "parte") son los extremos de los cromosomas. Son regiones de ADN no codificante, altamente repetitivas, cuya funcin principal es la estabilidad estructural de los cromosomas en las clulas eucariotas, la divisin celular y el tiempo de vida de las estirpes celulares. Adems estn involucradas en enfermedades tan importantes como el cncer. Los organismos procariotas con cromosomas circulares no poseen telmeros. Algunos procariotas poseen cromosomas lineales con secuencias telomricas, cuya secuencia es diferente a la de eucariotas.
Envejecimiento celular. Es indudable, que el paso del tiempo produce alteraciones fisiolgicas y estructurales en casi todos los rganos y sistemas. El envejecimiento de los individuos est influido en gran medida por factores genticos, dieta, aspectos sociales y la aparicin de enfermedades relacionadas con la edad, como la aterosclerosis, la diabetes y la artrosis. Adems, las alteraciones inducidas por el envejecimiento en las clulas son un componente importante del envejecimiento del organismo. El envejecimiento celular puede representar la acumulacin progresiva con los aos de lesiones subletales que pueden conducir a la muerte celular o, al menos, a una disminucin de la capacidad de la clula para responder a la lesin. Diversas funciones celulares se deterioran progresivamente con la edad. La fosforilacin oxidativa por las mitocondrias est reducida, como lo estn tambin la sntesis de los cidos nucleicos, de las protenas estructurales y enzimticas, de los receptores celulares y de los factores de transcripcin. Las clulas envejecidas tienen una capacidad reducida para captar nutrientes y para reparar las lesiones cromosmicas. Las alteraciones morfolgicas de las clulas envejecidas consisten en ncleos anormalmente lobulados e irregulares, mitocondrias vacuoladas pleomrficas, disminucin del retculo endoplsmico y deformacin del aparato de Golgi. Al mismo tiempo, existe una progresiva acumulacin del pigmento lipofuscina, un producto de la peroxidacin lipdica que constituye una prueba de la lesin oxidativa. Se han propuesto varios mecanismos para explicar el envejecimiento celular, las teoras ms recientes se centran en dos procesos relacionados entre s: la existencia de un reloj genticamente determinado, que controla el envejecimiento, y los efectos de la exposicin continua a factores exgenos, que dan lugar a la acumulacin progresiva de lesiones celulares y moleculares.
4) Localizacin de los genes. Resultados del "proyecto Genoma Humano". Caractersticas generales del genoma humano. Poliformismos de mononucletidos (SNP). Genes parlogos y ortlogos. Localizacin de los genes. Los genetistas utilizan un sistema estandarizado para describir la localizacin citogentica de un gen. Una combinacin de nmeros y letras provee la direccin sobre un cromosoma, lo cual est constituido por numerosas partes: a. El cromosoma en el cual el gen ha sido encontrado. El primer nmero o letra es utilizado para describir la localizacin cromosmica que representa un gen. Los cromosomas del 1 al 22, que son los autosmicos estn designados por su nmero. Los cromosomas sexuales estn designados por X e Y. b. El brazo del cromosoma. Cada brazo del cromosoma est dividido en dos secciones-brazos- basados en la localizacin de la estrechez- constriccin- llamada el centromero. Mediante acuerdo, el brazo ms corto es llamado p y el ms largo q. El brazo del cromosoma es la segunda parte de la direccin. Por ejemplo, 5q es el brazo largo del cromosoma 5, y Xp es el brazo pequeo del cromosoma X. c. La posicin del gen sobre el brazo p o q. La posicin de un gen est basada en un patrn de bandas distintivos claras y oscuras que aparecen cuando el cromosoma es pintado de una manera especfica- lo que es llamado bandeo G- . La posicin usualmente esta designada por dos dgitos que representan la regin y la banda, las cuales a veces estn seguidas mediante decimales adicionales que representan sub bandas entre las bandas claras y oscuras. El nmero que indica la posicin del gen aumenta con la distancia desde el centrmero. Por ejemplo 14q21representa la posicin 21 en el brazo largo del cromosoma 14. 14q21esta mas cerca del centromero que 14q22. d. A nivel molecular los genes se los localiza segn el nmero de pares de bases en el cromosoma humano. Por ejemplo el gen APOE se lo localiza en el cromosoma 19 comenzando en el nmero de par de base 50,100,901 y termina en la par de base 50,104,488. Es decir que contiene 3.588 pares de bases.
Resultados del "proyecto Genoma Humano". El proyecto genoma humano es un gran proyecto de colaboracin internacional que se inici en 1991. Su objetivo es trazar un mapa de las localizaciones especficas de genes determinados en los cromosomas y determinar su secuencia exacta de nucletidos. Este trazado se puede efectuar mediante estudios familiares, utilizando la localizacin conocida de marcadores del ADN, e implica el aislamiento de pequeos intervalos de ADN y la secuenciacin de genes y el otro ADN en esta zona. En Cuba, en el ao 2003 fue creado en el Centro Nacional de Gentica Mdica de Cuba, un Comit de tica Mdica y de la Investigacin, de referencia nacional para los servicios de Gentica Mdica, este comit, en cumplimiento de sus misiones que son: la elaboracin de procedimientos y guas institucionales; el asesoramiento en las decisiones relativas a las investigaciones sobre el genoma humano y las enfermedades genticas; y la educacin tica, ha trabajado en la elaboracin de metodologas para la prctica clnica de los servicios de Gentica Mdica en Cuba, en la evaluacin de los proyectos de investigacin, la asesora al Ministerio de Salud Pblica en temas de tica y Gentica, y en todos los aspectos relacionados con las investigaciones en el campo del Genoma Humano en el pas. Una serie de documentos normativos han sido elaborados por el Comit de tica de referencia nacional, entre ellos se encuentran losPrincipios ticos que deben ser observados en relacin a la realizacin de pruebas genticas diagnsticas, lasConsideraciones ticas y legales sobre las investigaciones del Genoma Humano y las Regulaciones ticas para Bancos de ADN y muestras almacenadas para estudios genticos. Todas estas normativas se aplican en la Red Nacional de Servicios de Gentica Mdica de Cuba. Para el ao 2000 logr tener un mapa de todos los cromosomas y sus respectivos genes. A fines de 1999 se termin el cromosoma 22.
Caractersticas generales del genoma humano. El genoma humano es el genoma (del griego ge-o: generar, que genera, y - la: accin) del Homo sapiens, es decir, la secuencia de ADN contenida en 23 pares de cromosomas en el ncleo de cada clula humana diploide. De los 23 pares, 22 son cromosomas autosmicos y un par determinante del sexo (dos cromosomas X en mujeres y uno X y uno Y en hombres). El genoma haploide (es decir, con una sola representacin de cada par) tiene una longitud total aproximada de 3200 millones de pares de bases de ADN (3200 Mb) que contienen unos 20.000-25.000 genes1 (las estimaciones ms recientes apuntan a unos 20.500). De las 3200 Mb unas 2950 Mb corresponden a eucromatina y unas 250 Mb a heterocromatina. El Proyecto Genoma Humano produjo una secuencia de referencia del genoma humano eucromtico, usado en todo el mundo en las ciencias biomdicas. La secuencia de ADN que conforma el genoma humano contiene codificada la informacin necesaria para la expresin, altamente coordinada y adaptable al ambiente, del proteoma humano, es decir, del conjunto de las protenas del ser humano. Las protenas, y no el ADN, son las principales biomolculas efectoras; poseen funciones estructurales, enzimticas, metablicas, reguladoras, sealizadoras..., organizndose en enormes redes funcionales de interacciones. En definitiva, el proteoma fundamenta la particular morfologa y funcionalidad de cada clula. Asimismo, la organizacin estructural y funcional de las distintas clulas conforma cada tejido y cada rgano, y, finalmente, el organismo vivo en su conjunto. As, el genoma humano contiene la informacin bsica necesaria para el desarrollo fsico de un ser humano completo. El genoma humano presenta una densidad de genes muy inferior a la que inicialmente se haba predicho, con slo en torno al 1,5%2 de su longitud compuesta por exones codificantes de protenas. Un 70% est compuesto por ADN extragnico y un 30 % por secuencias relacionadas con genes. Del total de ADN extragnico, aproximadamente un 70% corresponde a repeticiones dispersas, de manera que, ms o menos, la mitad del genoma humano corresponde a secuencias repetitivas de ADN. Por su parte, del total de ADN relacionado con genes se estima que el 95% corresponde a ADN no codificante: pseudogenes, fragmentos de genes, intrones o secuencias UTR, entre otros.
Poliformismos de mononucletidos (SNP). Un polimorfismo de un solo nucletido o SNP (Single Nucleotide Polymorphism,pronunciado snip) es una variacin en la secuencia de ADN que afecta a una sola base (adenina (A),timina (T), citosina (C) oguanina (G)) de una secuencia del genoma. Sin embargo, algunos autores consideran que cambios de unos pocos nucletidos, como tambin pequeas inserciones y deleciones (indels) pueden ser consideradas como SNP, donde el trmino Polimorfismo de nucletido simple es ms adecuado. 1 Una de estas variaciones debe darse al menos en un 1% de la poblacin para ser considerada como un SNP. Si no se llega al 1% no se considera SNP y s una mutacin puntual. Los SNP constituyen hasta el 90% de todas las variaciones genmicas humanas, y aparecen cada 1,300 bases en promedio, a lo largo del genoma humano. Dos tercios de los SNP corresponden a la sustitucin de una citosina (C) por una timina (T). Estas variaciones en la secuencia del ADN pueden afectar a la respuesta de los individuos a enfermedades, bacterias, virus,productos qumicos, frmacos, etc.. Los SNP que se localicen dentro de una secuencia codificante pueden modificar o no la cadena de aminocidos que producen, se llama SNP no-sinnimos los primeros y SNP sinnimo (o mutacin silenciosa) a los segundos. Los SNP que se encuentren en regiones no codificantes pueden tener consecuencias en el proceso de traduccin, sobre todo en procesos como el splicing, la unin de factores de transcripcin o modificando la secuencia deARN no codificante. Aunque pueden estar tanto en regiones codificantes como en regiones intrnicas o intergnicas, las codificantes son las que ms impacto tienen sobre la funcin de una protena, pero realmente todas pueden estar relacionadas con una enfermedad. Debido a que los SNP no cambian mucho de una generacin a otra, es sencillo seguir su evolucin en estudios de poblaciones. Tambin se utilizan en algunos tipos de pruebas genticas y su estudio es de gran utilidad para la investigacin mdica en el desarrollo de frmacos. Empresas como 23andMe ofrecen anlisis genticos basados en el anlisis de SNPs, que puedan revelar informacin acerca del riesgo a padecer ciertas enfermedades, como Parkinson, diabetes, trastorno bipolar, etc. Los SNP se consideran una forma de mutacin puntual que ha sido lo suficientemente exitosa evolutivamente para fijarse en una parte significativa de la poblacin de una especie. Existen marcadores SNP que detectan el cambio de ese nico nucletido.
Genes parlogos y ortlogos. A travs del tiempo las especies han evolucionado. Vamos a tomar como evolucin, en un resumen rpido de la misma, la diferenciacin entre dos poblaciones de la misma especie. As obtendremos con el paso del tiempo de una especie dos distintas. Pero, qu diferencia a esas dos especies? Para poder considerarse dos especies diferentes sus individuos no han de poder dar descendencia frtil (como es el caso del caballo y el asno). Esto ocurre como resultado de que las dos especies toman nichos ecolgicos diferentes, en un mismo lugar, o se ven separadas fsicamente una de otra. De esta manera se agudizan las diferencias entre las poblaciones fijndose en cada una caractersticas morfolgicas, alimenticias, etc. distintas beneficiosas para su nuevo nicho. Puedes leer ms en nuestro artculo generalidades sobre la especiacin aqu
Estas diferencias observables son realmente el resultado de alteraciones cromosmicas o mutaciones en el genoma de dichas especies. Sin embargo, ambas especies comparten ms de lo que las diferencia. Por ejemplo la especie humana (Homo sapiens) comparte con su pariente evolutivo ms cercano, el gorila (Pan troglodites), ms del 98% de los genes. Evolutivamente hablando, podemos decir que los mamferos comparten una serie de caractersticas que los agrupa dentro del mismo taxn. Ests caractersticas estn codificadas en alguna parte, genes comunes a todos los mamferos que descienden del gen del primer mamfero primitivo. Estos genes han podido sufrir pequeas variaciones durante la evolucin, para adaptarse a las condiciones concretas de cada especie. Entrando en materia, estos genes que provienen del mismo gen ancestral se denominan homlogos, independientemente de la funcin que lleven a cabo. Como pueden ser homlogos un ala de pjaro y un brazo. En gentica los genes pueden presentar homologa de secuencia. Esto ocurre cuando la secuencia de cidos nucleicos de dos genes es la misma o muy similar, en parte o todo el gen. De esta homologa se puede inferir que las protenas resultantes sern similares y posiblemente cumplan una funcin parecida u homologa. Se denominan genes ortlogos a aquellos genes que presentan homologa en dos especies distintas. La homologa de su secuencia puede ser muy alta si estas especies se han separado recientemente. Si por el contrario son especies separadas evolutivamente lahomologa de secuencia puede haber disminuido. En estos genes la secuencia de ADN que dar lugar a los centros activos o catalticos de la protena sern los ms conservados. Para la mayora de genes de una especie puede encontrarse su gen ortlogo, no solo en especies cercanas sino en especies alejadas evolutivamente. Por ejemplo la homologa del gen que codifica para el ARN ribosmico 16S se utiliza para establecer relaciones filogenticas debido a su alta conservacin durante la evolucin. En contraposicin a los genes ortlogos se encuentran los genes parlogos. Estos genes son tambin homlogos. Sin embargo su origen vara ligeramente. En este caso son genes con un alto grado de identidad pero que ambos se encuentran dentro del genoma de una especie. Por lo tanto uno de ellos ha aparecido por duplicacin del otro. Esto disminuye la presin evolutiva sobre una de las copias, permitindole acumular mutaciones sin que el individuo pierda la funcin de dicho gen. Esto permite generar protenas nuevas con unafuncin similar, creando la posibilidad de la especializacin. Por ejemplo la familia de la hemoglobina son genes parlogos que presentan especificidad funcional. La hemoglobina gamma se sintetiza preferentemente en fetos, mientras que la hemoglobina alfa en adultos. Lee ms de la hemoglobina en nuestro artculo aqu (prximamente).
5) El cromosoma, estructura. Cariotipo. El cromosoma. Los cromosomas son estructuras complejas ubicadas en el ncleo de las clulas, compuestos por cromatina. La cromatina es el conjunto de ADN (35 %), histonas (35 %), otras protenas no histnicas (20 %) y ARN (10 %). Un cromosoma es la estructura que resulta del empaquetamiento del ADN y las protenas previo a la divisin celular para su segregacin posterior en las clulas hijas.
Estructuras en los cromosomas Los nucleosomas estn enrollados para formar nucleofilamentos de 30-nm (nanmetro = una billonsima de metro), los cuales dan vueltas y se organizan en forma de lazos. Durante la mitosis los lazos se enrollan ms an, para dar la estructura que se ve en la metafase de los cromosomas.
Cariotipo. El cariotipo es el patrn cromosmico de una especie expresado a travs de un cdigo, establecido por convenio, que describe las caractersticas de sus cromosomas. Debido a que en el mbito de la clnica suelen ir ligados, el concepto de cariotipo se usa con frecuencia para referirse a un cariograma, el cual es un esquema, foto o dibujo de los cromosomas de una clula metafsica ordenados de acuerdo a su morfologa (metacntricos, submetacntricos, telocntricos, subtelocntricos y acrocntricos) y tamao, que estn caracterizados y representan a todos los individuos de una especie. El cariotipo es caracterstico de cada especie, al igual que el nmero de cromosomas; el ser humano tiene 46 cromosomas (23 pares porque somos diploides o 2n) en el ncleo de cada clula, 1 organizados en 22 pares autosmicos y 1 par sexual (hombre XY y mujer XX).Cada brazo ha sido dividido en zonas y cada zona, a su vez, en bandas e incluso las bandas en sub-bandas, gracias a las tcnicas de marcado. No obstante puede darse el caso, en humanos, de que existan otros patrones en los cariotipos, a lo cual se le conoce como aberracin cromosmica. Los cromosomas se clasifican en 7 grupos, de la A a la G, atendiendo a su longitud relativa y a la posicin del centrmero, que define su morfologa. De esta manera, el cariotipo humano queda formado as: Grupo A: Se encuentran los pares cromosmicos 1, 2 y 3. Se caracterizan por ser cromosomas muy grandes, casi metacntricos. En concreto, 1 y 3 metacntricos; 2 submetacntrico. Grupo B: Se encuentran los pares cromosmicos 4 y 5. Se trata de cromosomas grandes y submetacntricos (con dos brazos muy diferentes en tamao). Grupo C: Se encuentran los pares cromosmicos 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, X. Son cromosomas medianos submetacntricos. Grupo D: Se encuentran los pares cromosmicos 13, 14 y 15. Se caracterizan por ser cromosomas medianos acrocntricos con satlites. Grupo E: Se encuentran los pares cromosmicos 16, 17 y 18. Son cromosomas pequeos, metacntrico el 16 y submetacntricos 17 y 18. Grupo F: Se encuentran los pares cromosmicos 19 y 20. Se trata de cromosomas pequeos y metacntricos. Grupo G: Se encuentran los pares cromosmicos 21, 22, Y. Se caracterizan por ser cromosomas pequeos y acrocntricos (21 y 22 con satlites).
6) Genoma. Proteoma. El genoma El genoma es el contenido de DNA que tiene un organismo y que incluye cada uno de los genes que porta la informacin para la sntesis de las protenas que los organismos necesitan para la vida. El genoma humano est compuesto por 3 millones de pares de bases (Adenina, Guanina, Timina y Citosina). El orden y la disposicin de stas es extremadamente importante ya que es lo que marca la diversidad de los organismos, puesto que todos los seres vivos contienen estas mismas bases. La lectura del genoma humano comenz en el ao 1990 y aunque su finalizacin estaba prevista para 15 aos despus, la lectura del mismo se complet en 2003. El objetivo principal de este proyecto fue el identificar los 25.000-30.000 genes contenidos en el DNA humano. Aunque el conocimiento del genoma humano se ha considerado un gran avance cientfico y podr abrir nuevos caminos para el diagnstico y el tratamiento de enfermedades, la verdad es que toda esta informacin se qued corta cuando se observ que el organismo sintetizaba muchas ms protenas que genes haba y que la accin de cada protena, incluidas su secuencia y plegamiento, eran fundamentales para entender los mecanismos de funcionamiento.
El proteoma El proteoma es el conjunto de protenas que un organismo sintetiza a partir de los genes que contiene. Este conjunto de protenas determina cmo son los organismos, cmo funciona su cuerpo, cmo se comporta o la lucha contra infecciones, por ejemplo. El proteoma permite conocer los mecanismos de modificacin postraduccionales de las protenas, cmo afectan los cambios en las protenas (fosforilacin, glicosilacin, etc.) a los aspectos fundamentales de su funcionalidad, la funcionalidad de las protenas en el desarrollo de los individuos y cmo afecta, por ejemplo, el medioambiente o las relaciones multignicas que se establecen en la mayora de las enfermedades. Sin duda este proyecto permitir utilizar toda esta informacin cuando se disponga de los conocimientos y mtodos de estudio necesarios para comprender los mecanismos proteicos. Sin embargo, las protenas no funcionan aisladas en los organismos o tienen una actividad propia independiente, sino que forman parte de complejos procesos, cascadas y rutas metablicas que controlan todas las reacciones biolgicas de los organismos.
7) Cdigo gentico. Marco de lectura: su determinacin. Degeneracin del cdigo. Concepto de gen. Cdigo gentico. El cdigo gentico que ordena el desarrollo, crecimiento y mantenimiento de los seres vivos. El ADN est constituido por una doble cadena helicoidal que est formada por parejas de nucletidos (T-A, C-G) los cuales llevaran inscrito el cdigo gentico. As pues el bloque gentico de un ser vivo (genoma ) constara de un conjunto de cromosomas, formados a su vez por eslabones o genes, todos ellos formados por parejas de nucletidos que contendran los datos genticos segn su distribucin en la cadena. Ahora bien, la pregunta sera: Cmo funciona el cdigo gentico para conseguir el desarrollo, crecimiento y mantenimiento del ser vivo? Pues bien, a continuacin expongo resumidas mis deducciones sobre el mtodo funcional del cogido gentico. Como hemos dicho los cromosomas constan de genes cada uno de los cuales tiene la misin de influir en un determinado elemento de las clulas. Cada gen consta de una porcin de cdigo el cual solo podr acoplarse a un determinado rgano o elemento de una clula. En cada gen podemos distinguir tres caractersticas: Cdigo, AMP energtico y nucletidos (T-A, C-G) acumuladores-emisores de electrones. Por lo tanto, y simplificando los procesos, podemos decir que: "Un gen es un paquete de alimento energtico o combustible con un cdigo de acceso para un elemento determinado de la clula". La misin de los genes y por tanto de ADN (o RNA) es la de alimentar (energa) y desarrollar a los elementos celulares. Por ejemplo, alinear (con cdigo) aminocidos y cederle la energa para soldarlos (>>OH2) y construir as las protenas D. Cuando se produce una fecundacin y se procede al nacimiento y desarrollo de un nuevo ser, ste sera el procedimiento: Primeramente se constituira las clulas madres por medio de la fecundacin. Este tipo de clulas contienen todos los elementos celulares que el ser vivo necesita para construirse. Cada cromosoma toma una lnea de desarrollo o clula madre y sobre ella comienza a emitir sus genes los cuales alimentarn y desarrollaran solo a los elementos de la clula madre que sean tiles para este rgano concreto. As pues con solo alimentar (energticamente) y desarrollar los elementos propios de cada rgano celular es suficiente para crear a este rgano pues los dems elementos desaparecern al no ser alimentados. Por tanto la esencia del desarrollo de un ser vivo est en la alimentacin energtica coordinada de cada uno de sus elementos celulares incluido los elementos inductores de la reproduccin celular. Y esta coordinacin estar determinada por el ordenamiento de los genes en cada cromosoma y de los cromosomas en el conjunto o cuerpo gentico. Entonces podemos decir que: "La funcionalidad gentica consiste en el reparto adecuado de los factores energticos del crecimiento y desarrollo (o genes) mediante un cdigo particular de acceso para cada elemento que estar insertado tanto en el gen". Por tanto el Cdigo Gentico representa diferentes posiciones de acoplamiento con otros rganos celulares. Por otra parte, el proceso de desarrollo desde la clula madre hasta el rgano a construir sera el. La Duplicacin (D) de las clulas seguida de la Transformacin T de las mimas, como se ve en el dibujo. La duplicacin se llevara a cabo por medio de un paquete de inductores (x D) de reproduccin con objeto de conseguir el tamao adecuado del rgano
Degeneracin del cdigo. La degeneracin es una caracterstica del cdigo gentico, la regla de correspondencia entre la secuencia de nucletidos de loscidos nucleicos y la secuencia de aminocidos de lospolipptidos. Se refiere a que existen ms codones distintos de los necesarios para guardar la informacin gentica.
Concepto de gen Un gen es una unidad de informacin dentro del genoma, que contiene todos los elementos necesarios para su expresin de manera regulada. Tambin se conoce como una secuencia denucletidos en la molcula de ADN (o ARN, en el caso de algunos virus) que contiene la informacin necesaria para la sntesis de una macromolcula con funcin celular especfica, habitualmente protenas pero tambin ARNm, ARNr y ARNt. Esta funcin puede estar vinculada con el desarrollo o funcionamiento de una funcin fisiolgica. El gen es considerado la unidad de almacenamiento de informacin gentica y unidad de la herencia, pues transmite esa informacin a la descendencia. Los genes se disponen, pues, a lo largo de ambas cromtidas de los cromosomas y ocupan, en el cromosoma, una posicin determinada llamada locus. El conjunto de genes de una especie se denomina genoma. Los genes estn localizados en los cromosomas en el ncleo celular.
8) Mutacin: definicin Mecanismos mutacionales. Mecanismos de reparacin del ADN. Mutacin: definicin La mutacin en gentica y biologa, es una alteracin o cambio en la informacin gentica (genotipo) de un ser vivo (muchas veces por contacto con mutgenos) y que, por lo tanto, va a producir un cambio de caractersticas de ste, que se presenta sbita y espontneamente, y que se puede heredar o transmitir a la descendencia. Este cambio va a estar presente en una pequea proporcin de la poblacin (variante) o del organismo (mutacin). La unidad gentica capaz de mutar es el gen que es la unidad de informacin hereditaria que forma parte del ADN. En los seres multicelulares, las mutaciones solo pueden ser heredadas cuando afectan a las clulas reproductivas. Una consecuencia de las mutaciones puede ser una enfermedad gentica, sin embargo, aunque en el corto plazo puede parecer perjudiciales, a largo plazo las mutaciones son esenciales para nuestra existencia. Sin mutacin no habra cambio y sin cambio la vida no podra evolucionar.
Mecanismos mutacionales. Varios mecanismos se han propuesto para explicar el comportamiento mutacional: errores durante la recombinacin:el crossing-overdesigual en la profase meitica y el slippageo resbaln de la ADN polimerasa durante la replicacin (31), es este ltimo el que se ajusta ms a la dinmica mutacional observada en estas secuencias. En realidad, los Microsatlites mutan por InDels de sus motivos de repeticin a travs de slippage de la polimerasa (32). En relacin con la recombinacin desigual como un mecanismo mutacional, es importante la observacin que las tasas mutacionales de STRs del cromosoma Y, de uso comn en pruebas forenses, que es en principio, un sistema gentico no recombinante, son muy similares a las tasas observadas en STRs autosmicos, lo Cul hace pensar que este mecanismo no es tan determinante como el slipp agepara generar mutaciones en los STRs.Ms an, Levinson y Gutman (33), encontraron que cepas de Escherichiacoli con y sin sistema funcional de recombinacin tenan una tasa similar de mutacin. Cuando ocurre un crossing-over desigual, pueden ocurrir cambios drsticos tales como la ganancia o prdida de un gran nmero de repeticiones. Esto es debido a que ante una regin repetitiva, se puede formar un hairpin durante la sinapsis, lo cual significa que solo partes, usualmente desiguales en longitud, de cada cromosoma sern intercambiadas y un cromosoma recibir un fragmento ms grande por el nmero mayor de repeticiones intercambiadas, y el cromosoma homlogo recibir un nmero pequeo de repeticiones
Mecanismos de reparacin del ADN. La estabilidad de la copia del material gentico en un entorno celular considerado como normal est muy comprometida, por lo que si no hay nada que se oponga a ello, el nmero de mutaciones por clula y generacin sera de tal calibre que la vida resultara difcil o imposible en tales circunstancias. Sin embargo, como ya se adelant, la clula ha adquirido a lo largo de la evolucin toda una serie de mecanismos que tienden a reducir el dao que se produce en el ADN (Wood, 1996). En ocasiones estos actan haciendo desaparecer el agente inductor del dao, como es el caso de las enzimas antioxidantes: superxido dismutasa (SOD), catalasa, etc., neutralizando de esta forma especies reactivas del oxgeno, que de otra forma podran atacar el ADN, mientras que otros mecanismos (tal vez los ms variados) trataran de reparar el dao producido en esta molcula. Las caractersticas generales de estos sistemas de reparacin son las siguientes: Ubicuidad: en todas las clulas. Redundancia: varios sistemas por clula. Complejidad: numerosos elementos intercambiables en la mayora de los casos. Eficiencia: nunca al 100% (unos ms que otros). Variabilidad funcional: un mismo sistema podra actuar de manera diferente en cada tipo de clula. Homologa interespecfica: por lo general bien conservados evolutivamente. 9) Sistema de reparacin de malapareamiento de bases Reconocen los malos apareamientos excepto C--C. Reconocen la cadena normal si existe un sistema lento de metilacin mediante el sistema MutHLS Mutaciones en Mut H, S o L aumenta la tasa de mutaciones espontneas Fallas en la metilasa Dam tambin incrementan la tasa de mutacin. Un mecanismo similar repara las lesiones de depurinacin o de depirimidinacin. La depurinacin es muy comn en mamferos. Todas las clulas presentan endonucleasas apurnicas que cortan la hebra del DNA cerca del sitio apurnico.
10) Sistemas de reparacin por escisin nucleotdica (REN). Repara regiones que presentan bases modificadas y que alteran la forma normal de la doble hlice. Ej dmeros de timidina o citocina.
Primero, se forma un complejo de dos molculas de UvrA y una de UvrB y se unen al DNA. Tanto la formacin del complejo como la unin al DNA requiere ATP. Parece que la unin es sobre DNA no daado. El complejo se transloca sobre la doble hlice hasta encontrar una distorsin. Gasta ATP
11) Fallas en la reparacin: enfermedades originadas. Instabilidad cromosmica.
Fallas en la reparacin. Inestabilidad cromosmica Los genes alterados que originan la CIN no son completamente conocidos pero podran ser los que codifican para protenas implicadas en la condensacin de los cromosomas, en la cohesin de las cromtides hermanas, en la formacin y funcin del cinetocoro y del huso, y finalmente en los genes que controlan el ciclo celular en el paso de metafase a anafase. Ejemplos: MAD2 en cncer de seno. MAD1 en leucemias inducidas por el Human T-cell leukaemia virus type 1 . BUB1 en cncer de colon. Cromosomas que contienen daos no reparados en el ADN pueden segregar inapropiadamente pues las cromtides hermanas pueden permanecer conectadas por uniones entre el ADN o ADN-protenas en el momento de la segregacin. Por esto mutaciones en genes responsables de controlar la integridad de ADN pueden originar CIN. Ejemplos: ATR, BRCA1, BRCA2, p53. Otra causa potencial de CIN son centrosomas anormales. La inestabilidad cromosmica lleva con frecuencia a una prdida de heterocigocidad. La prdida del alelo materno o paterno es comn en los tumores y por lo general es acompaada por una ganancia en el otro alelo. Prdida de 25% de los alelos se observa comnmente en cnceres de colon, seno, pncreas o prstata y no es raro encontrar tumores con una prdida de hasta al 50% de sus alelos.
12) Rupturas de doble cadena en el ADN. Las roturas de doble cadena: son un tipo de lesin que parte el ADN. Sus causas ms frecuentes son la radiacin ionizante y los compuestos qumicos aunque tambin pueden originarse cuando la maquinaria de replicacin encuentra otro tipo de daos (como un corte de cadena simple) as como en procesos de recombinacin en los que aparecen como intermediarios Son importantes porque con slo una DSB (abreviacin de roturas de doble hlice en ingls) se puede inducir con eficiencia la muerte celular (en organismos superiores) y porque una mala reparacin de estas lesiones puede causar mutaciones, deleciones, o translocaciones. Estas ltimas pueden generar cromosomas acntricos o dicntricos, tambin muy peligrosos para la clula. Sistemas de reparacin: Aunque la molcula de ADN es bastante inerte a la degradacin espontnea o inducida por el entorno, su enorme tamao hace inevitable que ocurran lesiones. As, se estima que una clula metablicamente activa de mamfero padece unas 10000 alteraciones diarias en su genoma. Para corregir las alteraciones la clula ha desarrollado sistemas que los detectan, sealizan y finalmente reparan la lesin. Estos sistemas suelen ser especficos de un tipo de lesin concreta. En este artculo el autor se centra en los sistemas que reparan los daos del tipo rotura de doble hlice.
13) Genes BCR1 Y BCR2. El descubrimiento del gen BRCA1 abri paso a un mejor entendimiento tanto del cncer de mama hereditario como del cncer de mama espordico y llev a nuevas opciones teraputicas y preventivas. El gen BRCA1 fue nombrado por primera vez en 1991 por Mary-Claire King. Su grupo lo asign al cromosoma 17 despus de analizar la relacin de un gran grupo de familias con casos de cncer de mama detectado a edades tempranas; pero el paso definitivo fue la identificacin de las mutaciones truncadas en el cdigo de secuencia del BRCA1 en familias con mltiples casos de cncer de mama. Algunas familias con alta incidencia de cncer de mama en hombres resultaron ser no portadoras del BRCA1, lo que llev a los investigadores a buscar otros genes. Fue entonces en 1994 cuando se relacion el cromosoma 13 con el gen BRCA2, y un ao despus fue clonado por el mismo grupo. 12 El cncer de mama en hombres es una alteracin rara que representa menos de 1% de todos los cnceres y causa 0.1% de las muertes por cncer entre los hombres. BRCA1 y BRCA2 son genes supresores de tumores que codifican las protenas que funcionan en el proceso de reparacin del ADN. Por lo tanto, una mutacin o una delecin de un gen supresor tumoral provocaran una prdida de su funcin y como consecuencia aumentara la probabilidad de que se desarrolle un tumor. Aunque individuos con el sndrome de cncer de mama-ovario hereditario heredan un solo alelo defectuoso en BRCA1 o en BRCA2 de su madre o de su padre, tienen un segundo alelo que es funcional. Ahora bien, si este segundo alelo es afectado, se puede desarrollar una clula cancergena a travs de la acumulacin de mutaciones adicionales del ADN de la clula. Las mutaciones que se reportaron primero en el BRCA1 fueron insercin, delecin intrnica o mutaciones de tipo terminal (mutacin nonsense). Estas mutaciones usualmente generan una protena BRCA1 acortada y no funcional. Las tcnicas ms comnmente utilizadas para deteccin de mutaciones son la de anlisis de protenas truncadas (PTT), la desnaturalizacin de cromatografa lquida de alto rendimiento (DHPLC), amplificacin mltiple de sondas ligando-dependientes (MLPA) y la secuenciacin directa de ADN. La tcnica del PTT ha dado buenos resultados pero, sin duda, aunque su costo es ms elevado, el secuenciamiento completo del gen es la mejor prueba.
14) Conservacin de las secuencias de ADN. Las secuencias de ADN altamente conservadas se cree que tienen valor funcional. El papel de muchas de estas secuencias de ADN no codificantes altamente conservadas no se entiende. Un estudio reciente que elimin cuatro secuencias no codificantes de ADN altamente conservadas en ratones produjo ratones viables sin diferencias fenotpicas significativas; los autores describen sus hallazgos como "inesperada". Muchas regiones del ADN, incluyendo secuencias de ADN muy conservadas, consisten en elementos de secuencia repetidos. Una posible explicacin de la hiptesis nula anterior es que la eliminacin de slo uno o un subconjunto de una secuencia repetida podra preservar tericamente funcionamiento fenotpica en el supuesto de que uno de tales secuencias es suficiente y las repeticiones resultan superfluos para los procesos esenciales para la vida, no se ha especificado en el peridico si las secuencias eliminadas eran secuencias repetidas. La secuencia promotora TATA es un ejemplo de una secuencia de ADN altamente conservado, que se encuentra en la mayora de los eucariotas.
15) Reloj molecular. En gentica, el reloj molecular es una tcnica para datar la divergencia de dos especies. Deduce el tiempo pasado a partir del nmero de diferencias entre dos secuencias de ADN. La nocin de "reloj molecular" fue acuada por Emile Zuckerkandl y Linus Pauling, quienes en 1962 subrayaron que la cantidad de diferencias en los aminocidos de la hemoglobina entre linajes encajaba con la tasa evolutiva de divergencia basada en la evidencia fsil. Esta observacin fue generalizada, afirmando que la tasa de cambio evolutivo de cualquier protena especfica era aproximadamente constante a lo largo del tiempo y de diferentes linajes. Asimismo, se aplic a la evolucin de las secuencias de ADN, en particular a la teora de la evolucin neutra. Ms tarde, Allan Wilson y Vincent Sarich, a partir de su trabajo y el deMotoo Kimura (1968) observaron que los errores espontneos en la replicacin del ADN causan mutacionesque dirigen la evolucin molecular, y que la acumulacin de diferencias evolutivas neutrales entre dos secuencias poda usarse para medir el tiempo, si pudiera calibrarse la tasa de error de la replicacin del ADN. Para ello, se utilizaron como referencias pares de grupos de especies vivas cuya fecha de especiacin era ya conocida a partir del registro fsil. En principio, se asumi que la tasa de error de la replicacin del ADN era constante - no a lo largo del tiempo, sino en todas las especies y en cualquier parte del genoma que quisiese compararse. Dado que las enzimas que replican el ADN difieren muy ligeramente entre especies, a priori esta hiptesis pareca razonable. Sin embargo, conforme fue acumulndose evidencia molecular, la hiptesis de la constancia de la tasa de cambio se demostr falsa, al menos como hiptesis general. No obstante, a pesar de que la hiptesis del reloj molecular no puede asumirse completamente, funciona muchas veces, aunque ha de comprobarse en cada caso. La tcnica del reloj molecular es una herramienta importante en la sistemtica molecular. El conocimiento de la tasa aproximada de evolucin molecular en ciertos grupos de linajes facilita el establecimiento de fechas de eventos filogenticos no documentados en el registro fsil, como la divergencia de taxones vivos y la formacin del rbol filogentico.
16) Agentes mutagnicos. En biologa, un mutgeno es un agente fsico, qumico o biolgico que altera o cambia la informacin gentica (usualmente ADN) de un organismo y ello incrementa la frecuencia de mutaciones por encima del nivel natural. Cuando numerosas mutaciones causan el cncer adquieren la denominacin de carcingenos. No todas las mutaciones son causadas por mutgenos. Hay "mutaciones espontneas", llamadas as debido a errores en la reparacin y la recombinacin del ADN.
17) Espectros de mutacin. Dada la complejidad de la estructura de los genes human es lgico esperar que un gen determinado pueda ser afectado de numerosas ma- neras, es decir que pueda ser objeto de muchas y muy diversas mutaciones. Las distintas mutaciones que afectan al mismo gen pueden expresarse de maera muy variada, desde cambios "silenciosos" que a lo sumo generan un polimorfismo de ADN o de protena, pasando por formas que afectan moderadamente el fenotipo, hasta formas severas de una enfermedad. Por consiguiente, al buscar el origen de una enfermedad hereditaria mendeliana (monognica) muchas veces se encuentran diferentes mutaciones de un mismo gen que generan esta dolencia. sta es una de las fuentes importantes de la heterogeneidad gentica de las enfermedades hereditarias (otras fuentes se vern en otros captulos). El conjunto de mutaciones conocidas que afectan a un gen se conoce como el espectro de mutacin d ese gen. Estos espectros de mutacin, muy tiles para el diagnstico y pata investigar el origen de las mutaciones en poblaciones humanas, empezaron a estar disponibles a medida que se fueron clonando y secuencian-do genes humanos. En el cuadro 8-5 se mencionan algunos de los genes humanos para los que se posee esta informacin. En estos y otros genes conocidos es posible obtener un "espectro mutaciones" que muestra, en general, que no todos los segmentos de un gen son afectados con igual frecuencia. Uno de los ejemplos ms estudiados es el gen responsable de la fibrosis qustica. Este gen codifica la protena de un canal de ion cloro en la membrana celular de las glndulas exocrinas, es de gran tamao y coacta de 17 exones. Hasta 1992 se haban comunicado 230 mutaciones de este gen que no estn repartidas uniformemente sobre l sino concentradas sobre los exones 10-12 y 19-22, que son tos que codifican las regiones que se unen al ATP en la protena reguladora producida por el gen (fig. 8-10). Estas regiones pueden ser crticas para la funcin de la pro-tena y por eso las mutaciones son ms fcilmente observables. Sin embargo, una sola mutacin es responsable. Sin embargo, una sola mutacin es responsable del 67% de los casos de fibrosis.
18) Empalme alternativo: sus efectos. Mutaciones de empalme. Salteamiento de exones.
19) Enzimas de restriccin. Propiedades y mecanismos de accin. Vectores: tipos y propiedades. Clonacin. Genotecas genmicas y de ADNc. Sondas: definiciones y usos. Secuenciacion del ADN. Reaccin en cadena de la polimerasa: mecanismo y utilizacin. Secuenciacion del ADN: procedimientos (de Sanger) y resultados. Microarreglos de ADN y de ogonucletidos. Perfiles de expresin gnica. 20) Utilidad de las tcnicas de gentica molecular en el diagnstico de enfermedades de origen gentico. Utilidad de la gentica molecular en la terapia gnica. Teraputica de las enfermedades de origen gentico.
Más allá del ADN: La Revolución Epigenética: Desde Mecanismos Celulares hasta Factores Ambientales: Cómo la Epigenética Moldea Nuestro Destino Biológico y las Implicaciones para la Salud, el Comportamiento y el Futuro de la Investigación