El fraile Bartolom De Las Casas, monje dominico, presento un proyecto al
consejo el cual planteaba la supresin de las encomiendas, la liberacin completa de los indios y la administracin de la poblacin indgena por los religiosos. Fue aprobada por el cardenal Cisneros perteneciente a la orden franciscana, la culminacin de este proyecto fue puesta en manos de la orden de San Jernimo debido a la rivalidad entre las rdenes franciscanas y dominicas. Las Casas eligi a tres monjes: Luis de Figueroa, Bernardino de Manzanedo y Alonso de Santo Domingo, Sin embargo Cisneros creo un plan alternativo en donde las leyes de burgo deban seguir existiendo con ciertas modificaciones, ya que el plan de las casas de suprimir las encomiendas era poco factible para los colonos espaoles, Las Casas estaba furioso con los jernimos ya que segn el traicionaron su causa poniendo el plan de Cisneros en ejecucin al instante as que se quej delante del cardenal el cual ignoro por completo sus quejas, razn por la que Las Casas decide abandonar toda esperanza de salvar a los indios. Los jernimos llegaron el 20 de diciembre de 1516, un mes despus a la fecha enviaron su primer informe a Cisneros informando que La Espaola era tierra frtil pero que estaba desierta, los colonos desconfiaban de los jernimos ya que se deca que estos venan a liberar a los indios, para tranquilizar a los colonos ordenaron a los indios que fueran a trabajar , quitaron las encomiendas a los ausentes y ordenaron a los mineros espaoles establecer un salario a sus indios para que estos no trabajaran en exceso; Cinco meses ms tarde informaron que los indios estaban siendo tratados bien, recomendaron la importacin de esclavos negros, para facilitar el trabajo a los indios sin disminuir los negocios de la corona y tambin el establecimiento de colonos de Portugal y de las islas canarias en la Espaola por la necesidad de alguien que se ocupara en las labores agrcolas, se empezaron a suprimir las residencias ya que la accin de cada hombre se haba vuelto contra su vecino. Los jernimos hicieron una encuesta a 15 colonos los cuales representaran el pensamiento general de todos los colonos espaoles, todos estuvieron de acuerdo en que las costumbres de los indgenas eran ociosas y lejos del sendero de la Fe Cristiana as como tambin de que los indios eran menos capaces de autogobernarse que los espaoles y de llevar una vida cristiana en completa libertad, los indios no tenan sentido del negocio y era ah donde los colonos vean una gran desventaja ya que si los indios eran puestos en libertad no llegaran a ser cristianos, el comercio se paralizara y los ingresos reales se acabaran ya que todos los colonos abandonaran la isla; no se quera que los indios fueran sacados del sistema de encomienda y puestos bajo la corona de ningn modo, ni tampoco se quera ms cambios a las actuales leyes , se crea que si estas eran cumplidas sera suficiente, pero en realidad el problema inmediato era salvar a la escaza poblacin indgena, el rgimen jeronimita sigui intentando resolver esta situacin hasta que se enteraron de la muerte del cardenal Cisneros el 8 de noviembre de 1517 y decidieron enviar a Espaa a Bernardino de Manzanedo el cual informo al rey que se haban tomado un gran trabajo para descubrir algn remedio para los indios y la satisfaccin de los colonos al tiempo, despus de tanto se lleg a la conclusin de que no exista ninguna solucin que se pudiera recomendar totalmente ya que los indios no se autogobernaran de la forma en que los espaoles lo hacan , ni seguiran la fe cristiana y si los indios se dejaban bajo el mando de los espaoles estos seguiran disminuyendo , por otro lado si se dejaba a los indios en total libertad los ingresos reales se veran afectados, tambin se pens en dejar la encomienda bajo las leyes de burgos pero ni los franciscanos, ni dominicanos aceptaron esto, sin embargo Manzanedo pensaba que la encomienda ofreca menos problemas que los dems planes, insisti en que los indios deban ser relevados del trabajo en las minas y ms bien deban ser utilizados solo para la agricultura suponiendo que las rentas reales con el tiempo se estabilizaran, la encomienda solo incluira ochenta personas, desaconsejaba distribuir los indios de la Corona entre los colonos, aconsejo incrementar la colonizacin permitiendo la emigracin desde Espaa como tambin permitir a los colonos importar esclavos negros si se enviaban ms colonos a la Espaola, finalmente pidi al rey que le concediera el permiso para que l y los dems padres pudieran volver a sus claustros y a su orden. Las reformas de los jernimos no satisficieron a nadie por lo cual su administracin fue quitada de su control en agosto de 1518 y sus poderes fueron transferidos a un nuevo juez de residencia, Rodrigo de Figueroa el cual llego a La Espaola en agosto de 1519, los padres jernimos se quedaron asesorndolo hasta comienzos del ao 1520. Las indicaciones de Figueroa incluan el cdigo completo de las Leyes de Burgos ms las recomendaciones de Manzanedo pero estas al igual que las de los jernimos fracasaron. Carlos V se convenci de que la encomienda no poda ser tolerada ms tiempo, finalmente se decidi que los indios serian libres totalmente y que ellos no podran darlos en encomienda como se haba hecho anteriormente, se le indico a Figueroa acomodarlos en poblaciones como lo haban hecho los jernimos. Basados en la terrible experiencia en las Antillas, Carlos V resolvi que con el descubrimiento de Mjico no deba suceder lo mismo.