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Introduccin

TEMA 1

INTRODUCCIN A LA BIOQUMICA

La bioqumica tiene como objetivo ms importante el estudio de la estructura,
organizacin y funciones de la materia viva desde el punto de vista molecular.

Segn los aspectos tratados, esta puede dividirse en 3 bloques:

1.- bioqumica estructural
2.- bioqumica metablica o metabolismo
3.- biologa molecular

La bioqumica estructural estudia la composicin, conformacin,
configuracin y estructura de las molculas de la materia viva, relacionndolas
con su funcin bioqumica.

El metabolismo estudia las transformaciones, funciones y reacciones qumicas
que sufren o llevan a cabo las molculas de la materia viva.

La biologa molecular estudia la qumica de los procesos y molculas
implicadas en la transmisin y el almacenamiento de la informacin biolgica.

La bioqumica, fundamentalmente extrae conocimientos de biologa, qumica
y gentica, y usa tcnicas que ha importado de la fsica.

Origen de la bioqumica

El origen del trmino bioqumica se remonta a los comienzos del siglo XIX,
cuando imperaba una teora conocida como vitalismo que sostena que las
sustancias existentes en la materia viva eran cualitativamente diferentes de la
materia no viva, y que no se comportaban segn las leyes conocidas de la
fsica y la qumica.
Esto se derrumb a raz de los trabajos de un bioqumico alemn (Whler en
1828), que sintetiz en un laboratorio urea a partir de cianato amnico. Hasta
entonces se pensaba que solo se poda sintetizar en los animales, en el rin.
La corriente vitalista an persisti porque se crea que las reacciones de la
materia viva solo podan realizarse en clulas vivas. Segn el vitalismo, las
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reacciones biolgicas se producan por una fuerza vital de naturaleza
misteriosa pero no por procesos qumicos o fsicos.
Se encargaron de echar esto abajo los hermanos Buchner en 1897,
observando que extractos de clulas de levaduras rotas y por lo tanto muertas,
eran capaces de llevar a cabo la fermentacin del azcar hasta etanol. Esto
abri el camino al estudio de las reacciones y procesos bioqumicos in vitro.
A partir de aqu se avanz ms rpidamente en el conocimiento de las
diferentes rutas metablicas.
A finales del siglo XIX todava persistan cientficos vitalistas sosteniendo que
la naturaleza de la catlisis biolgica (las enzimas) y sus estructuras eran
demasiado complejas para describirlas en trminos qumicos.
Este ltimo postulado se derrumb en 1926, cuando Sumner fue capaz de
cristalizar una protena (ureasa purificada de la juda) demostrando que
aunque las protenas tienen unas estructuras grandes y complejas, es posible
sintetizarlas como otro compuesto inorgnico cualquiera y que sus estructuras
pueden determinarse con los mtodos de la fsica y qumica.
A partir de aqu, la contribucin ms importante consisti en establecer las
estructuras qumicas bsicas de las sustancias biolgicas, identificar las
reacciones de cada ruta metablica y localizar stas en el interior de la clula.
Esto es apoyado por el avance en las tcnicas de la biologa celular.
En la mitad del siglo XX se desarrolla la biologa molecular, aunque la idea de
gen ya haba sido propuesta en el siglo XIX por Mendel.
A mediados del siglo XX todava nadie haba aislado un gen ni se haba
determinado su composicin qumica. La mayora de los cientficos pensaban
que los cidos nucleicos tenan una funcin meramente estructural, y que tan
solo las protenas eran lo suficientemente complejas estructuralmente para ser
portadoras de la informacin gentica.
En los aos 40 y 50 se demostr que esto era errneo, y que el ADN era el
portador de la informacin gentica.
Watson y Crick publicaron la estructura en doble hlice del ADN, as como
todos lo descubrimientos posteriores relacionados con los mecanismos de la
transmisin de la informacin biolgica.
Esto dio lugar a una nueva rama de la biologa, la biologa molecular.
La bioqumica tambin nutre de conocimientos a otras ramas de la biologa
como la biofsica, la nutricin, investigacin mdica o biotecnologa entre
otros.




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PROPIEDADES, ORIGEN Y EVOLUCIN DE LAS
BIOMOLCULAS


Bioelementos o elementos biogenticos:

Casi todos los bioelementos se sitan en la primera mitad del sistema
peridico. La composicin en elementos de casi todos los seres vivos es
bsicamente similar, aunque constan de diferencias como el caso del yodo,
que es imprescindible para los vertebrados pero no para otros animales.
En el hombre se han identificado al menos 30 que son indispensables en
proporciones muy diversas. Segn su abundancia, se clasifican en 3 grandes
grupos:
- Bioelementos primarios
- Secundarios
- Oligoelementos

Los bioelementos primarios son H, O, C, N. Son los ms abundantes en todo
el organismo. En el caso del hombre, el 99% del total.

Los bioelementos secundarios son Ca, P, K, S, Na, Cl, Mg, Fe. Son mucho
menos abundantes, pero tambin estn presentes en todos los organismos. En
el cuerpo humano constituyen el 0,7% del total de tomos.

Los oligoelementos son el grupo ms numeroso: Mn, I, Co, Cu, Zn, F, Mo,
Se....
Aparecen tan solo en cantidades trazas, y la diferencia con los anteriores es
que algunos no son esenciales en todos los organismos.
La ausencia de estos bioelementos determina la aparicin de enfermedades.

La razn por la cual los primarios estn en mayor proporcin se debe a que
son los elementos ms pequeos del sistema peridico que pueden formar
enlaces covalentes.
En el caso concreto del C, este presenta la caracterstica de que adems de
formar enlaces de este tipo con otros tomos de otros elementos, tambin
puede formar enlaces covalentes consigo mismo, dando lugar a cadenas de
tomos de carbono que pueden tener ms de 100 tomos de C y que pueden
ser lineales, ramificadas o cclicas.
Los enlaces pueden ser dobles, lo que da lugar a la aparicin de una gran
variedad de grupos funcionales.
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Tambin los enlaces pueden ser triples, aunque son muy raros.

El silicio es un tomo que tambin puede formar cadenas consigo mismo, pero
estos enlaces se oxidan y se rompen por lo que en una atmsfera de
2
O como
la nuestra, stos son inestables.

Las funciones desempeadas por los bioelementos son muy variadas, y las
agruparemos en 3 tipos fundamentales: plsticas / estructurales, catalticas y
osmticas.

Hay elementos que desempean funciones plsticas o estructurales ya que
forman parte de huesos, tejidos fibrosos, tegumentos, etc... Dentro de este
grupo estn C, O, H, N, pero tambin S, P, Ca.

En segundo lugar, muchos desempean funciones catalticas. Un ejemplo es el
caso del Fe, que participa en el transporte de oxgeno y electrones, o el caso
del Zn que es cofactor de muchas encimas, o el I, que forma parte de las
hormonas tiroideas o el Co, que forma parte de la vitamina
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B .

En tercer lugar hay bioelementos con funciones osmticas. Destacan el Na, K,
Cl, que en forma inica intervienen en procesos como la distribucin del agua
en compartimentos intra y extracelulares en procesos como el mantenimiento
de potenciales de membrana, as como otros relacionados.

Del mismo modo que los bioelementos, definimos las biomolculas o
principios inmediatos como aquellas constituyentes de los seres vivos, que
segn su naturaleza las clasificamos en 2 grupos, inorgnicas y orgnicas.
Dentro de las inorgnicas, tenemos el O H
2
, gases como
2
O y
2
CO , sales
inorgnicas como aniones (como fosfato, bicarbonato) o como cationes (como
el amonio).
Dentro de las molculas orgnicas tenemos adems de glcidos, lpidos,
protenas y cidos nucleicos, otras amplias variedades de biomolculas que se
conocen en conjunto como metabolitos, intermediarios de etapas de rutas
metablicas, como el piruvato, cido ctrico, urea, etc.
Aunque existe una gran variedad segn los distintos tipos de clulas, el
principal componente celular siempre es el O H
2
, que representa el 75%
aproximadamente. El 2 componente celular en abundancia son las protenas,
con un 15%. El 10% restante se reparte entre las dems biomolculas.
Aproximadamente, un 2% de azcares, 3% de lpidos, un 2% de ARN, un
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0,5% de ADN, un 1,5% de metabolitos intermediarios y un 1 % de sales. Hay
ciertos grupos de clulas que se salen de esta generalidad debido a sus
funciones, como las clulas adiposas, que contienen un % mayor en lpidos, o
las clulas hepticas, con un % mayor en azcares. Estos porcentajes tambin
pueden variar segn el estado fisiolgico de la clula. Por ejemplo, si la clula
se encuentra en mitosis, el % ser mayor en cidos nucleicos, que si estuviese
madura.




0
10
20
30
40
50
60
70
80
composicin bioqumica
agua
proteinas
azcares
lpidos
ARN
ADN
metabolitos intermediarios
sales



Tipos de enlaces entre biomolculas

Intramoleculares: unen los tomos para formar la biomolcula. Pueden ser
covalentes o inicos.
Intermoleculares : las molculas interaccionan formando asociaciones
supramoleculares que pueden llegar a ser bastante complejas. Las fuerzas
intermoleculares son ms dbiles que las covalentes. Entre estas, tenemos las
electrostticas, puentes de hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones
hidrofbicas y polares.
Ejemplos tpicos de estas estructuras supramoleculares son los ribosomas, la
cromatina, las membranas...

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Modelos moleculares

Son modelos creados que usamos para representar la estructura en 3D de las
biomolculas. Esta la podemos representar por 3 tipos de modelos: espaciales,
de esferas y varillas, y esquelticos.
Los primeros son los ms realistas, ya que en ellos el tamao y configuracin
de un tomo en concreto viene determinado por las propiedades del enlace y
por los radios de Van der Waals.
Ejemplos de
espacial

Los modelos de esferas y varillas son menos realistas ya que los tomos estn
representados por esferas ms pequeas de lo que les correspondera segn los
radios de Van der Waals, pero en ellas se aprecia ms fcilmente la
disposicin de los enlaces, representados por las varillas.

Ejemplos del modelo de representacin con esferas y varillas

Los esquelticos nos proporcionan la imagen ms simple ya que solo muestran
la disposicin molecular. Los tomos no estn indicados explcitamente sino
que la disposicin de estos se deducen en los sitios de unin de los enlaces y
sus trminos. Estos modelos se usan sobre todo para representar grandes
molculas que pueden tener varios miles de tomos.

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Los tomos de H solo se suelen representar en el primer tipo de modelos.

Adems de estos 3 modelos tambin se suelen utilizar representaciones
esquemticas de estructuras extensas como sucede con la clsica
representacin del ADN como 2 cintas en








espiral o como sucede tambin en el caso de las protenas en sus modelos de
cintas. Las cintas representaran las regiones de la protena en hlice , las
flechas en lmina , y los cordones como estructuras enrolladas al azar.



















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