En ingeniera gentica, la ingeniera metablica se puede definir como la tecnologa que se ocupa

de la manipulacin delADN que d como resultado la variacin de rutas metablicas, ya sea

aadiendo nuevos intermediarios a las rutas preexistentes, modificar la regulacin de las mismas o
crear nuevas rutas.
Un ejemplo de ingeniera metablica es la Ingeniera metablica de los flavonoides, que consiste
en la manipulacin del ADN en ciertas plantas con el objetivo de aumentar o disminuir su
concentracin de flavonoides a travs de la manipulacin de sus vas metablicas. De esta forma
se ha logrado cambiar el color de las flores a colores azules o amarillos que no existen en estado
silvestre, y tambin aumentar la concentracin de flavonoides de inters farmacutico en los
alimentos, entre otras cosas.
Otro ejemplo es la produccin de artemisina, una droga antimalrica, en levaduras. A partir de la
ruta del mevalonato, se modifica la regulacin de la ruta y se aaden nuevos enzimas, de forma
que a partir del mevalonato se forma el cido artemisnico.
1

2
aleloqumicos
Sustancias qumicas lanzadas por un organismo ejerciendo efectos conductuales o fisiolgicos en
otro organismo, generalmente negativamente.
En el caso de los microorganismos, los metabolitos secundarios mejor conocidos son los antibiticos. Es en la
idiofase normalmente, cuando se producen (fase en la que el microorganismo no crece, pero sigue
metablicamente activo).
Los metabolitos primarios son compuestos biolgicos necesarios para el crecimiento, desarrollo y
reproduccin de los organismos vivos. Ellos incluyen hidratos de carbono, protenas, lpidos y cidos
nucleicos. Aunque las discusiones de metabolitos primarios suelen centrarse en la biologa de las plantas,
todos los organismos vivos contienen estos compuestos.
En bioqumica, una ruta metablica o va metablica es una sucesin de reacciones qumicas que conducen
de un sustrato inicial a uno o varios productos finales, a travs de una serie de metabolitos intermediarios.
Rutas catablicas
Rutas anablicas
Rutas anfiblicas
Flavonoidees el trmino genrico con que se identifica a una serie de metabolitos secundarios de las
plantas.Los flavonoides o bioflavonoides son pigmentos vegetales no nitrogenados.
Se denomina levadura a cualquiera de los diversos hongos microscpicos unicelulares que son importantes
por su capacidad para realizar la descomposicin mediante fermentacin de diversos cuerpos orgnicos,
principalmente los azcares o hidratos de carbono, produciendo distintas sustancias.
La Ingeniera metablicaestudia todas las reacciones involucradas en elmetabolismo de las plantas y sus
enzimas reguladoras. Las plantas utilizan un lenguaje qumico para interrelacionarse con otros seres vivos con
los que coincide espacial y temporalmente. Los compuestos que median dichas interacciones se denominan
aleloqumicos y pertenecen al grupo de los denominados metabolitos secundarios, productos naturales
sintetizados por las plantas que no son considerados "esenciales" para los procesos bsicos de vida (en
contraste con el metabolismo primario). Los avances recientes en el campo de la biotecnologa vegetal y el
uso de herramientas como la protemica, permiten establecer estrategias eficientes para la obtencin de
metabolitos de inters comercial.
Contenido
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1 Definicin de algunos trminos
2 Ingeniera Metablica
3 Estrategias para incrementar la produccin de metabolitos
secundarios
4 Cultivo a gran escala
5 Bibliografa
Definicin de algunos trminos
Metabolismo: Es el conjunto regulado y coordinado de reacciones qumicas que tienen lugar en
un organismo vivo, cada una catalizada por una enzima especfica. Una va metablica es el conjunto de
reacciones que lleva a la sntesis o degradacin de una biomolecula dada, en tanto que un metabolito es un
intermediario en una va metablica. El metabolismo es la suma del anabolismo (conjunto de las vas de
sntesis, que requieren energa) y del catabolismo (conjunto de las vas de degradacin, que permiten obtener
la energa necesaria para poder llevar a cabo las vas de sntesis).
Metaboloma: El conjunto de vas metablicas que ocurren en una clula, tejido u organismo, incluyendo
su interrelacin y regulacin.
Metabolmica: Rama de la biologa que se dedica al estudio del metaboloma incluyendo los mtodos y
tcnicas especficas que se usan con este objetivo.
Proteoma: El conjunto de protenas que se estn expresando en un momento dado, en una clula, tejido
u organismo. El proteoma puede considerarse como dinmico si se compara con el genoma pues vara
con el tiempo y/o con diferentes estados fisiolgicos o patolgicos especficos.
Protemica: Rama de la biologa que se dedica al estudio del proteoma incluyendo los mtodos y
tcnicas especficas que se usan con este objetivo.
En la practica la utilizacin de la energa metablica para acrecentar la produccin de metabolitos secundarios
en las plantas es un tecnologa de avanzada muy til para el incremento de los rendimientos de metabolitos
secundarios por unidad de masa de droga seca a industrializar.
Ingeniera Metablica
La ingeniera gentica de plantas y clulas de plantas es factible en los das de hoy, mtodos tales como la
transformacin del agrobacterium y el xito silencioso de la pistola de partculas para la introduccin de
nuevos genes en plantas. Pudiera esperarse que fuera posible modificar tambin el metabolismo secundario
de las plantas, se pueden considerar numerosas posibilidades para lograr esto.
1. Incrementando el flujo a travs de las rutas, por incremento de la actividad de las enzimas que
catalizan los pasos lmites. Esto pudiera lograrse utilizando la codificacin gentica para que la
enzima particular de la misma planta o elgen de otra planta u organismo codifique una enzima con
funciones similares. Aun la construccin de nuevas y ms eficientes enzimas (Ingeniera proteica)
puede ser considerada, Ej. Enzimas que no sean sensibles a la inhibicin de la retroalimentacin.
2. Expresin constitutiva de la regulacin de los genes (o parte de) una ruta de metabolitos
secundarios.
3. Bloqueo competitivo de rutas metablicas Ej. Competencia por un mismo inters por el C5 de los
bloques de la construccin (isoprenoides) en caso de los terpenoides de los alcaloides indolicos y
antraquinonas.
4. Bloqueo del catabolismo de un producto deseado.
El primero de los enfoques requiere genes sensibles, los cuales tengan una protena activa, unido a la
maquinaria biosinttica de trabajo en una similar manera como a la planta no transformada o clula de planta,
pero con un flujo ms grande de carbono hacia el producto deseado. Los dos siguientes enfoques requieren
de la eliminacin del antisentido de los genes que bloqueen determinados pasos en una ruta. Ambos el
sentido y el antisentido son la va de entrada de genes en el cambio de color de las flores.
La mayor restriccin para la ingeniera metablica de produccin de metabolitos secundarios de plantas es la
falta de conocimiento sobre el metabolismo secundario y como se regula este.
La mayora de las rutas de los metabolitos secundarios han sido poco estudiadas, casi nicamente se han
hecho las rutas propuestas para la introduccin de varios intermediarios. El conocimiento sobre el nivel de
enzimas es en la mayora de los casos falta y consecuentemente la codificacin de los genes paso
fundamental para el metabolismo secundario o genes reguladores, parte de las rutas no conocidas, adems
para ser capaces de aplicar la ingeniera metablica con xito se deben estudiar en detalle el nivel necesario
de productos y enzimas involucradas.
Para el sistema modelo de los alcaloides por ejemplo la primera parte del proceso es la misma, todos ellos
llegan hasta la estrictosidina como intermediario ms importante desde el cual parte una variedad de 3000
ndoles y alcaloides relacionados como derivados.
Estrategias para incrementar la produccin de
metabolitos secundarios
Las plantas producen una amplia variedad de metabolitos secundarios. Estos compuestos los cuales varan
para cada tipo de plantas con el medio ambiente, Ej. Las sustancias que atraen los polinizadores, los
anticomestibles ante los depredadores o compuestos activos como antimicrobianos (fitoalexinas) contra los
patgenos.Los metabolitos secundarios juegan un importante papel en las plantas ornamentales y
alimentaras Ej. Olor, gusto, sabor y color.
Los metabolitos secundarios de las plantas son un rasgo importante en conexin con la cra de las plantas.
Muchos metabolitos secundarios de las plantas son usados como sustancias qumicas finas Ej. Como
medicamentos, colorantes, insecticidas, fragancias y sabores. Un gran nmero de estos productos son
derivados de plantas raras, lo cual entre otras razones lleva a investigar mtodos de produccin
biotecnolgicos para tales especialidades qumicas. El taxol es un ejemplo. El cultivo de clulas de plantas
provee de una suerte de alternativa de acercamiento a la produccin de metabolitos secundarios de plantas.
Aos atrs todas las plantas tiles econmicamente han sido sometidas a cultivo de tejidos, sin embargo, en
la mayora de los casos las productividades encontradas son bajas para hacer el proceso factible
econmicamente. Las investigaciones ahora se centran en la posibilidad de incrementar la produccin de los
metabolitos secundarios en clulas de plantas.
Discutiremos algunos aspectos de la, biotecnologa de las clulas de plantas:
Factibilidad tecnolgica y econmica.
Aproximacin a los mtodos usados para incrementar la produccin.
Prospeccin de procesos de ingeniera metablica para el incremento de los rendimientos.
El sol y la regulacin de los metabolitos secundarios.
Lo anterior se puede ilustrar con investigaciones realizadas sobre el Cataranthusroseus, (vicaria) y sobre la
Quina roja (Cinchona). El Cataranthusroseus es una fuente de ajmalina, usado como un medicamento que
incrementa la circulacin cerebral y los alcloidesdimericosvinblastina y vincristina, dos
importantesmedicamentos antitumorales.
Desde la corteza de la quina se extraen los alcaloides derivados de la quinolina (quinina), usado como
medicamento antimalarico y agente amargo en bebidas y quinidina un medicamento antiarritmico.
Ambas son derivados de la misma ruta biosinttica como se menciona previamente, mencionando los
alcaloides terpenoidesindolicos, en los que la estrictosidina es un importante intermediario.
Cultivo a gran escala
Los microorganismos estn usualmente conectados con la produccin biotecnolgica. Por supuesto esto
suscita la pregunta en todo caso de cmo es posible producir metabolitos secundarios de plantas con
microorganismos transgnicos. En teora la respuesta es si, sin embargo en la prctica esto no es posible. Es
posible expresar genes de plantas en microorganismos, pero en caso de las complejas rutas biosintticas de
los metabolitos secundarios de plantas se necesita expresar un gran nmero de genes en el microorganismo,
genes los cuales en la mayora de los casos no se conocen. Por otra parte, en las plantas las rutas
secundarias son reguladas entre otras a travs de la compartimentacin. Ej. La 1era etapa en los plastidios, la
siguiente etapa en le citosol y la etapa final en la vacuola. En algunos casos se involucran cedulas diferentes.
Todas estas situaciones no pueden ser realizadas por un microorganismo. nicamente en casos de
bioconversin que involucran uno o dos pasos pueden ser los microorganismos transgnicos una alternativa,
por lo tanto los esfuerzos principales se han centrado en los cultivos de clulas de plantas como posible
sistema de produccin.

Ingenieriametabolica
En ingeniera gentica, la ingeniera metablica se puede definir como la tecnologa que se
ocupa de la manipulacin del ADN que d como resultado la variacin de rutas metablicas,
ya sea aadiendo nuevos intermediarios a las rutas preexistentes, modificar la regulacin de
las mismas o crear nuevas rutas.
Un ejemplo de ingeniera metablica es la Ingeniera metablica de los flavonoides, que
consiste en la manipulacin del ADN en ciertas plantas con el objetivo de aumentar o disminuir
su concentracin de flavonoides a travs de la manipulacin de sus vas metablicas. De esta
forma se ha logrado cambiar el color de las flores a colores azules o amarillos que no existen
en estado silvestre, y tambin aumentar la concentracin de flavonoides de inters
farmacutico en los alimentos, entre otras cosas.
Otro ejemplo es la produccin de artemisina, una droga antimalrica, en levaduras. A partir de
la ruta del mevalonato, se modifica la regulacin de la ruta y se aaden nuevos enzimas, de
forma que a partir del mevalonato se forma el cido artemisnico.

Esto es un extracto del artculo Ingenieriametabolica de la enciclopedia libre Wikipedia. En
Wikipedia hay disponible una lista de los autores.
Ingeniera metablica es la prctica de la optimizacin de los procesos genticos y regulador
dentro de las clulas para aumentar la produccin de una determinada sustancia de las
clulas. Estos procesos son redes qumicas que utilizan una serie de reacciones bioqumicas y
enzimas que permiten a las clulas para convertir las materias primas en las molculas
necesarias para la supervivencia de las clulas. Ingeniera Metablica busca especficamente
para modelar matemticamente estas redes, calcular un rendimiento de productos tiles, y el
pin punto partes de la red que limitan la produccin de estos productos. Tcnicas de ingeniera
gentica se pueden utilizar para modificar la red con el fin de aliviar estas limitaciones. Una
vez ms esta red modificada puede ser modelado para calcular el rendimiento del nuevo
producto.
El objetivo final de la ingeniera metablica es ser capaz de utilizar estos organismos para
producir sustancias valiosas a escala industrial de una manera rentable. Ejemplos actuales
incluyen la produccin de cerveza, vino, queso, productos farmacuticos y otros productos de
la biotecnologa.
Dado que las clulas usan estas redes metablicas para su supervivencia, los cambios
pueden tener efectos drsticos sobre la capacidad de las clulas para sobrevivir. Por lo tanto,
las compensaciones en la ingeniera metablica surgen entre la capacidad de las clulas para
producir la sustancia deseada y sus necesidades de supervivencia naturales. Por lo tanto, en
lugar de eliminar directamente y/o sobreexpresin de los genes que codifican para las
enzimas metablicas, el enfoque actual es apuntar a las redes de regulacin en una clula
para disear de manera eficiente el metabolismo.
Historia y aplicaciones de la ingeniera metablica
En el pasado, para aumentar la productividad de un metabolito deseado, un microorganismo
que se ha modificado genticamente por mutacin inducida qumicamente, y la cepa mutante
que sobreexpresa el metabolito deseado se elige entonces. Sin embargo, uno de los
principales problema con esta tcnica es que la va metablica para la produccin de
metabolito que no se analiz, y como resultado, las restricciones a la produccin y la va de las
enzimas relevantes a ser modificados eran desconocidos. En 1990, una nueva tcnica
denominada ingeniera metablica surgi. Esta tcnica analiza la va metablica de un
microorganismo, y determina las limitaciones y sus efectos sobre la produccin de los
compuestos deseados. A continuacin, utiliza la ingeniera gentica para superar esas
limitaciones. Algunos ejemplos de ingeniera metablica xito son los siguientes: Identificacin
de restricciones a la produccin de lisina en Corynebacteriumglutamicum y la insercin de
nuevos genes para aliviar estas limitaciones para mejorar la ingeniera de produccin de una
nueva ruta de biosntesis de cido graso, llamada va de la beta oxidacin invertido, que es
ms eficiente de la va nativa en la produccin de cidos grasos y alcoholes que pueden
potencialmente ser convertidos catalticamente a los productos qumicos y combustibles
mejora de la produccin de DAHP, un metabolito aromtico producido por E. coli que es un
intermedio en la produccin de aminocidos aromticos. Se determin a travs de anlisis de
flujo metablico que el rendimiento mximo terico de DAHP por molcula de glucosa
utilizada, era 3/7 - Esto se debe a que una parte del carbono de la glucosa se pierde en forma
de dixido de carbono, en lugar de ser utilizado para producir DAHP. Tambin, uno de los
metabolitos que se utilizan para producir DAHP, se converta en piruvato para el transporte de
glucosa en la clula, y por lo tanto, ya no estaba disponible para producir DAHP. Con el fin de
aliviar la escasez de PEP y aumentar el rendimiento, Patnaik et al. ingeniera gentica
utilizada en E. coli para presentar una reaccin que convierte PYR volver a PEP. Por lo tanto,
la PPE utilizada para el transporte de glucosa en la clula se regenera, y se puede utilizar para
hacer DAHP. Esto dio lugar a un nuevo mximo rendimiento terico de 6/7 - doble de la del
sistema de E. coli nativa.
En la escala industrial, la ingeniera metablica es cada vez ms conveniente y rentable. De
acuerdo con la Organizacin de la Industria Biotecnolgica ", ms de 50 instalaciones de
biorrefinera se construyen a travs de Amrica del Norte para aplicar la ingeniera metablica
para la produccin de biocombustibles y productos qumicos a partir de biomasa renovable
que puede ayudar a reducir las emisiones de gases de efecto invernadero". Biocombustibles
potenciales incluyen alcoholes de cadena corta y alcanos, steres metlicos de cidos grasos
y alcoholes grasos y cidos grasos-y biocombustibles basados isoprenoides.
Anlisis de flujo metablico
Un anlisis de flujo metablico se puede encontrar en el anlisis de flujo de equilibrio
La creacin de una va metablica para el anlisis
El primer paso en el proceso es para identificar un objetivo deseado para lograr a travs de la
mejora o modificacin del metabolismo de un organismo. Los libros de referencia y bases de
datos en lnea se utilizan para reacciones de investigacin y las vas metablicas que son
capaces de producir este producto o resultado. Estas bases de datos contienen abundante
informacin genmica y qumica, incluyendo vas para el metabolismo y otros procesos
celulares. Usando esta investigacin, se elige un organismo que se utiliza para crear el
producto o resultado deseado. Consideraciones que se tienen en cuenta a la hora de tomar
esta decisin son la proximidad va metablica del organismo es la va deseada, los costos de
mantenimiento asociados con el organismo, y lo fcil que es modificar la ruta del organismo.
Escherichiacoli se utiliza ampliamente en la ingeniera metablica para sintetizar una amplia
variedad de productos tales como los aminocidos, ya que es relativamente fcil de mantener
y modificar. Si el organismo no contiene la ruta completa para el producto o resultado
deseado, a continuacin, los genes que producen las enzimas que faltan deben ser
incorporados en el organismo.
Anlisis de una va metablica
La va metablica completado se modela matemticamente para encontrar el rendimiento
terico del producto o de los flujos de reaccin en la clula. Un flujo es la velocidad a la que se
produce una reaccin dada en la red. Anlisis simple va metablica se puede hacer a mano,
pero la mayora requieren el uso de software para realizar los clculos. Estos programas
utilizan algoritmos complejos de lgebra lineal para resolver estos modelos. Para resolver una
red usando la ecuacin para sistemas determinados se muestra a continuacin, se debe
introducir la informacin necesaria acerca de las reacciones pertinentes y sus flujos.
Informacin sobre la reaccin estn contenidos en las matrices Gx y Gm. Las matrices Vm y
Vx contienen los flujos de las reacciones pertinentes. Cuando resuelto, la ecuacin se
obtienen los valores de todos los flujos desconocidos.
La determinacin de las manipulaciones genticas ptimas
Despus de resolver para los flujos de reacciones en la red, es necesario determinar qu
reacciones pueden ser alterados con el fin de maximizar el rendimiento del producto deseado.
Para determinar qu manipulaciones genticas especficas para llevar a cabo, es necesario el
uso de algoritmos de clculo, tales como OptGeneoOptFlux. Ellos proporcionan
recomendaciones para los que los genes deben ser sobreexpresados, eliminados, o se
introducen en una clula para permitir aumento de la produccin del producto deseado. Por
ejemplo, si una reaccin dada tiene particularmente bajo flujo y est limitando la cantidad de
producto, el software puede recomendar que el enzima que cataliza esta reaccin debe ser
sobreexpresado en la clula para aumentar el flujo de reaccin. Las manipulaciones genticas
necesarias se pueden realizar utilizando tcnicas estndar de biologa molecular. Los genes
pueden ser sobreexpresados o eliminados de un organsism, en funcin de su efecto sobre la
va y el objetivo final.
Las medidas experimentales
Con el fin de crear un modelo de solucin, a menudo es necesario tener ciertos flujos ya
conocidos o medidos experimentalmente. Adems, con el fin de verificar el efecto de las
manipulaciones genticas en la red metablica, es necesario medir experimentalmente los
flujos en la red. Para medir flujos de reaccin, las mediciones de flujo de carbono se hacen
usando carbono-13 etiquetado isotpico. El organismo se alimenta una mezcla que contiene
molculas donde carbonos especficos estn diseados para ser carbono-13 tomos, en lugar
de carbono-12 - Despus de estas molculas se utilizan en la red, tambin se convierten en
metabolitos aguas abajo marcado con carbono-13, ya que incorporan los tomos en sus
estructuras. El patrn de marcacin especfica de los diferentes metabolitos se determina por
los flujos de reaccin en la red. Patrones de marcaje se pueden medir utilizando tcnicas tales
como cromatografa de gas-espectrometra de masa junto con los algoritmos de clculo para
determinar los flujos de reaccin.

Enrique Iez Pareja
Instituto de Biotecnologa
Universidad de Granada
NDICE:
1. Introduccin
2. Ejemplos de ingeniera metablica tradicional
2.1 Reduccin de acetato en E. coli para lograr gran produccin de
protenas recombinantes
2.2 Ingeniera metablica en bacterias del cido lctico
2.2.1 Inactivacin de la LDH
2.2.2 Oxidacin de NADH
2.2.3 Produccin de diacetilo
2.2.4 Produccin de alanina
3. Ingeniera metablica genmica y sus aplicaciones
3.1 Genmica
3.2 Anlisis de flujo metablico
3.3 Ejemplos de aplicaciones de anlisis de balance de flujo
3.3.1 Deleciones gnicas
3.3.2 Penicilliumchrysogenum
4. Herramientas genticas
4.1 Vectores
4.2 Promotores

1.Introduccin
Definicin de ingeniera metablica:

Manipulacin de los procesos metablicos mediante tecnologa recombinante con el
objetivo de mejorar las propiedades de los microorganismos.

Mejora dirigida de las propiedades celulares mediante I.G. para modificar o introducir
nuevas reacciones bioqumicas especficas.

Alteracin racional y dirigida de las rutas metablicas de un organismo para mejor
comprender y utilizar las rutas celulares en transformaciones (conversiones),
transduccin de energa y ensamblaje supramolecular.
Es un campo interdisciplinario que usa principios y tcnicas de varios mbitos: ciencias
computacionales, gentica, bioqumica, ciencia de los sistemas, biologa celular y molecular,
ingeniera bioqumica. El inters estriba en redirigir los flujos metablicos para objetivos
industriales y mdicos.

Incrementar productividad del proceso (ej., produccin de antibiticos)

Incrementar la produccin de precursores biosintticos o polmeros

Ampliar capacidades metablicas aadiendo actividades extrnsecas.
Hasta hace poco, esto se haca de modo emprico, por ensayo y error (rondas sucesivas de
mutagnesis y rastreo o seleccin de mutantes).
2.Ejemplos de ingeniera metablica tradicional
2.1Reduccin de acetato en E. coli para lograr gran
produccin de protenas recombinantes
El problema tcnico de la acumulacin de acetato en cultivos densos de E. coli en los
biorreactores, que tiene efectos negativos sobre la produccin de protenas recombinantes.

Una aproximacin obvia es la destruccin o eliminacin de la porcin de la ruta que
conduce desde el nodo de acetil-CoA a la formacin de acetato.

Otro enfoque es un mejor control de la captacin de fuente de C para reducir la
acumulacin de piruvato o acetil-CoA

Creacin de una nueva ruta que encaje en las rutas glucolticas preexistentes
introduciendo genes que codifiquen enzimas apropiadas.
Dos enfoques usados para modular la captacin de glucosa:

Metil--glucsido (MG), un anlogo de la glucosa que entra por el mismo sistema PTS,
no txico, metablicamente inerte, inhibidor competitivo de la E-II
glc
. La adicin de
MG redujo la acumulacin de acetato en el fermentador.

Basndose en estos estudios, se construy una raza manipulada que tena baja
formacin de acetato a travs de la modificacin de la tasa de captacin de glucosa.
La cepa tena una mutacin en el gen ptsG, que codifica la PEP:PTS. La produccin de
protena recombinante aument 50%
Redireccin del flujo de C hacia subproductos menos inhibitorios: expresin heterloga del gen de
la acetolactatosintasa (ALS) de B. subtilis, cuyo producto convierte piruvato en acetona. Se
escogi el punto de ramificacin del piruvato debido a su posicin central de punto de redireccin
de flujo. La expresin heterloga de ALS modific drsticamente los flujos glucolticos: el nivel de
acetato excretado se redujo drsticamente, siempre por debajo de su nivel txico, mientras que la
acetona es 50 veces menos txica. No se afectaron la tasa de crecimiento especfica ni los
rendimientos celulares.
Eliminacin de enzimas crticas implicadas directamente en la formacin de acetato,
especficamente la ruta acetato quinasa-fosfotransacetilasa (ack-pta). La destruccin de esta ruta
origin bajos niveles de acetato a expensas de la aptitud celular, debido a que la ruta de la LDH a
partir del piruvato se hace mucho ms competitiva.
2.2Ingeniera metablica en bacterias del cido
lctico
Las BAL homofermentativas tienen un metabolismos relativamente sencillo enfocado a la rpida
conversin de azcar en lctico, y carente de muchas capacidades biosintticas. Poseen un
elaborado sistema proteoltico centrado en la rotura completa de protenas en aminocidos, que
son captados u usados en biosntesis. No hay casi solapamiento entre el catabolismo del C y el
metabolismo biosinttico del N, lo que las hace objetivos ideales de la ingeniera metablica: cada
metabolismo puede ser modificado sustancialmente sin influir en el otro en la medida en que no
se altere la generacin de energa ni la biosntesis de material celular.
El metabolismoshomofermentativo se caracteriza por altas tasas metablicas, logradas
principalmente por la muy alta actividad de LDH, que regenera NAD. Ha sido muy fcil redirigir los
flujos metablicos hacia la produccin de otros metabolitos.
2.2.1Inactivacin de la LDH
Se sabe que ciertas condiciones se reduce la formacin de lctico y aumenta la de ciertas
sustancias, algunas de las cuales (actico, frmico, acetona, acetaldehido, diacetilo) contribuyen a
las cualidades organolpeticas de las leches fermentadas:

Poco metabolismo de azcar, con sustratos como galactosa o limitacin de azcar

Alta aireacin
Estas condiciones provocan una baja actividad LDH o bajos niveles de NADH.

En Lactococcuslactis el gen ldh se inactiv por integracin de plsmido. La cepa
mutante tena una fermentacin mixta en anaerobiosis, produciendo actico, frmico,
acetona y etanol, y una fermentacin casi homoacetonica en aerobiosis.

Algo parecido en Lactobacillusplantarum, aunque fue ms complicado porque esta
bacteria posee dos LDH (para D- y L-lctico)
En ambas bacterias la produccin de etanol se mejor ms clonando los genes de
Zymomonasmobilis, una bacteria muy eficiente en formacin de etanol: la clonacin de los genes
pdc-adh (piruvatodescarboxilasa y alcohol deshidrogenasa) en los mutantes ldh con LDH
inactivada origin un 2% de etanol.
2.2.2Oxidacin de NADH
Superexpresin de NADH-oxidasa (NOX). Se clon el gen nox de Streptococcusmutans bajo el
control del promotor de nisA inducible por nisina en L. lactis, y la adicin de cantidades
subhinibitorias de nisina.
2.2.3Produccin de diacetilo
El aroma a mantequilla se debe al diacetilo, aunque se produce en pequeas cantidades de modo
natural. Hay un intermediario inestable, el -acetolactato, que normalmente se convierte en
acetona (acetotolactatodescarboxilasa, producto del gen ALDB). Se realiz un doble cambio:
superexpresin del gen NOX (para bajar nivles de LSD) y disrupcin integrativa del gene ALDB. La
cepa resultante converta ms del 50% del azcar en diacetilo. Esto es un buen ejemplo de cmo
convertir BAL en factoras de compuestos para alimentacin.
2.2.4Produccin de alanina
Superexpresin de alanina deshidrogenasa de Bacillussphaericus en L. lactis origin la produccin
de alanina dependiente de amonio a partir de azcar. Cuando la clonacin se hizo en un mutante
ldh el resultado fue espectacular: ms del 99,5% del azcar se convirti en alanina. Si adems se
deleciona el gen de la alaninaracemasa, se puede lograr convertir a esta bacteria en fbrica de L-
alanina, que se usa como potenciador del sabor.
3.Ingeniera metablica genmica y sus aplicaciones
Con la llegada de la I.G., se abre la perspectiva de hacerlo racionalmente y a voluntad, realizando
cambios especficos en el genotipo que rindan fenotipos superiores previstos de antemano. Sin
embargo, como dice Stephanopoulos, exista una gran disparidad entre el poder de las
herramientas genticas actuales y la capacidad para analizar racionalmente las redes
bioqumicas. Desde comienzos de los aos 90 toma cuerpo el nuevo enfoque de rediseo
metablico racional, estimulado por las aplicaciones comerciales potenciales y por el atractivo de
sustituir procedimientos qumicos por otros equivalentes biolgicos.
El acercamiento ingenieril al anlisis y diseo depende de tener un modelo matemtico o
computacional (simulador dinmico) del metabolismo, en la esperanza de que tal modelo se
pueda usar luego en el diseo sistemtico, por I.G., para lograr los cambios deseados. Tras los
comienzos en los aos 60, se llega en los 90 a la teora de los sistemas bioqumicos (BST) y al
anlisis del control metablico (MCA). Ambos mtodos proporcionan clculos sobre cmo los
cambios en la concentracin o en la actividad enzimtica pueden llevar a cambios en los flujos
metablicos y en las concentraciones de metabolitos. Se ha visto que cambios sutiles en actividad
de enzimas pueden lograr grandes cambios en los flujos. Igualmente se ha visto que las
limitaciones de los flujos no suelen deberse a una sola enzima, lo que sugiere que las
modificaciones genticas deben ser amplias, incluso afectando a todos los genes de una ruta.
El deseo de tener modelos detallados dinmicos (cinticos) del metabolismo elucidando el
comportamiento sistmico de las redes metablicas comienza a ser factible en la era
postgenmica. Ahora tenemos la perspectiva de elaborar catlogos de partes de los componentes
del metabolismo en razas concretas. A partir de esa informacin es posible reconstruir redes
metablicas a escala celular y recabar informacin sobre la estructura y estequiometra de la red y
de sus reacciones. Se pueden pues construir modelos metablicos a escala genmica.
La fisiologa de las redes complejas como el metabolismo es una funcin de mltiples
componentes que interaccionan. Por lo tanto, para comprender la funcin del metabolismo en
tanto ligado a la fisiologa celular global se necesita un enfoque holstico del estudio del
metabolismo. Esa comprensin de la funcin sistmica de una red metablica es obligatoria para
el xito del campo de la ingeniera metablica.
El control del flujo metablico es el objetivo primario de la ingeniera metablica. El flujo
metablico se define como la tasa a la que el material se convierte va reacciones y rutas
metablicas. Para ello debemos comprender los factores que influyen en el flujo. Una vez que uno
entiende el flujo metablico, se ha dado un paso hacia la comprensin del metabolismo celular,
con lo que el ingeniero est en posicin de alterar el genotipo de la clula en la esperanza de
lograr el fenotipo deseado.
Objetivos:
1. Aumentar la produccin de metabolitos demasiado caros de obtener por sntesis qumica
o para introducir una nueva capacidad.
2. Organismos con nuevas capacidades catablicas, de gran inters en aplicaciones
ambientales o en microorganismos industriales que puedan crecer usando sustratos
diferentes y ms baratos para la obtencin de vitaminas, aminocidos, antibiticos, etc.
3. Propiedades celulares que sean beneficiosas en el proceso industrial: evitacin de
productos txicos como el acetato y desvo hacia productos menos txicos (etanol,
acetolactato). Escherichiacoli con compuestos portadores de oxgeno, lo que le permite
mejorar en condiciones de limitacin de oxgeno.
La ingeniera metablica ya se haca, pero se han logrado resultados inesperados cuando las
enzimas se sobreexpresan o se reprimen. Lo impredecible de la respuesta metablica a las
alteraciones genticas se debe a la naturaleza multignica de la funcin metablica. Por lo tanto,
no basta entender la funcin de una enzima o de una ruta aislada para describir la respuesta
holstica del sistema al cambio gentico. Por lo tanto, para que la ingeniera metablica se
beneficie de la I.G. hace falta comprender las funciones multignicas, y para ello necesitamos la
genmica.
3.1Genmica
Tras terminar un proyecto genoma, hay que identificar los genes o las ORFs, mediante:

Bsqueda por contenido

Bsqueda por seales

Mtodos integrados
Estamos a punto de obtener catlogos completos de componentes de muchos organismos. La
genmica funcional debe llevar al uso de esa informacin para analizar interpretar y predecir las
funciones celulares resultantes de su actividad coordinada. La accin coordinada de mltiples
genes y protenas se puede considerar como un circuito gentico, que es el conjunto de
diferentes productos gnicos que se requieren conjuntamente para ejecutar una funcin
particular. Para comprender la naturaleza sistmica de las funciones celulares, cada gen debe
estudiarse en relacin con su contribucin a la funcin celular global.
Actualmente los microorganismos suministran los mejores modelos para establecer mtodos in
silico para analizar, interpretar u predicir las relaciones genotipo-fenotipo. Una vez que se han
completado las asignaciones de ORFs a genes metablicos, se puede construir el mapa metablico
completo que representa la estequiometra de todas las reacciones metablicas que tienen lugar
en la clula.
3.2Anlisis de flujo metablico
Con el subconjunto de genes que codifican las enzimas metablicas se puede construir una red de
reacciones metablicas. Se puede escribir un balance de flujo para cada metabolito, y con el
tiempo, en el estado estacionario, los flujos se deben equilibrar para evitar una acumulacin
significativa del metabolito en la red. La estequiometra de todas las reacciones de la red se puede
representar por una matriz estequiomtrica
Sv = 0

S es la matriz estequiomtrica de m x n
m es el nmero total de metabolitos
n es el nmero de flujos metablicos)


v es el vector de n flujos metablicos
Tpicamente el sistema est indeterminado donde m>n. Pero bajo ciertas condiciones algunas
rutas no son operativas y se pueden obviar. El sistema se puede hacer totalmente determinado o
supradeterminado y se puede resolver junto con las medidas de los flujos externos o internos. Los
mtodos no invasivos de anlisis, como la RMN pueden proporcionar tambin informacin sobre
la estructura de la red.
Para determinar el estado metablico hay que resolver esa ecuacin para los flujos metablicos
(v), lo que entonces indicar el estado metablico de la clula bajo las condiciones definidas. La
matriz S es el componente clave del anlisis de flujo, y se puede derivar de la informacin
genmica.
El sistema indeterminado origina un rango infinito de soluciones a la ecuacin, pero las reales
residen en un subconjunto llamado el set factible. Este se puede definir como las capacidades del
genotipo metablico de un organismo, puesto que define todas las distribuciones de flujo que se
pueden lograr con un juego particular de genes metablicos. El uso particular del genotipo
metablico bajo unas condiciones concretas se puede definir como fenotipo metablico
desplegado en esas condiciones.
3.3Ejemplos de aplicaciones de anlisis de balance
de flujo
Resumiendo lo visto hasta ahora: la genmica nos suministra informacin sobre la estructura y
contenido de la red metablica de un organismo. A su vez, esto nos sirve para generar una matriz
estequiomtrica, definida por la asignacin de las ORFs. Entonces, el anlisis de balance flujo se
puede emplear para explorar la capacidades tericas de produccin y aptitud general del genotipo
metablico.
Ejemplos de objetivos:

Eliminacin de una enzima o su inhibicin para eliminar una ruta que compite con la
de inters

Eliminacin de un subproducto txico

Amplificacin de un gen o grupo de genes para mejorar la sntesis de un producto
existente

Expresin de enzimas heterlogas para para extender el rango de sustratos, para
producur una nueva sustancia, para lograr rutas de degradacin de compuestos txicos

Desregulacin de enzimas para relajar los mecanismos de control de un nodo rgido

Manipulacin adicional de una ruta del metabolismo central para generar precursores,
cofactores y energa necesarios para sostener a la ruta de inters modificada
Veamos algunas reas de aplicacin.
3.3.1Deleciones gnicas
El anlisis de balance de flujo se puede emplear para interpretar y predecir los efectos fenotpicos
de alteraciones en el genotipo, como las debidas a deleciones. Se puede hacer una prediccin
sobre si la delecin va a alterar negativamente la tasa de crecimiento o no va a tener influencia. La
incapacidad de la red de absorber una alteracin conduce inmediatamente a la
requerimientosauxotrficos. Con ello podemos determinar los requerimientos auxotrficos que se
necesitan en una cepa genticamente alterada para encaminar los recursos metablicos hacia
rutas o reacciones particulares.
En un estudio in silico se investig la relacin entre el genotipo metablico de cepas K.O. de E. coli
y su fenotipo, recurriendo a todas las combinaciones posibles de deleciones sencillas, dobles y
triples de los genes del metabolismo intermediario. Los productos gnicos se clasificaron en varias
categoras: esenciales, importantes, no esenciales y redundantes. Un buen nmero de genes
parecan redundantes para el crecimiento en medio mnimo con glucosa. Los fenotipos previstos
eran coherentes con los mutantes caracterizados experimentalmente.
Se puede investigar los cambios esperados en el enrutamiento metablico cuando hay prdida de
funcin de un producto gnico por deleciones gnicas o por inhibicin de su actividad. La red
metablica tiene la suficiente flexibilidad estequiomtrica para redistribuir sus flujos metablicos
con pocos cambios en su capacidad para el aumento de biomasa, incluso cuando se pierden
enzimas clave. Adems, el anlisis de flujo se puede usar para predecir los fenotipos metablicos
bajo difererentes condiciones de crecimiento, como sustrato o disponibilidad de oxgeno.
El anlisis de flujo se puede combinar con tcnicas recientes que examinan la expresin gentica
en una escala genmica. Aunque la relacin entre el valor de flujo y los niveles de expresin gnica
es no linear, se puede obtener informacin cualitativa (on/off), as como la importancia relativa de
los productos gnicos bajo una determinada condicin. Basndose en la magnitud de los flujos
metablicos, se pueden inferir evaluaciones cualitativas de la expresin gnica. Estos se puede
comparar con grupos de datos experimentales (arrays de oligonucletidos). Ello se vio con la
levadura: se observaron los cambios temporales en los perfiles de expresin gnica durante el
cambio diaxico usando ESTs de todo el genoma.
3.3.2Penicilliumchrysogenum
Un modelo estequiomtrico con este hongo consider 61 flujos internos y la captacin de glucosa,
lactato, -butirato y 21 aminocidos. Puesto que se consideraron 49 metabolitos intracelulares y
82 flujos incluyendo tasas de captacin, el nmero de grados de libertad fue 33. Se midieron 33
flujos, el mismo nmero que el de grados de libertad, incluyendo las tasas de captacin de los
sustratos mencionados y las tasas de formacin de penicilina V y de 5 otros intermediarios clave.
Se calcul el rendimiento mximo terico de produccin de penicilina para dos rutas diferentes de
biosntesis de cistena, una por sulhidrilacin directa y otra por transulfuracin. El estudio propuso
que un incremento de 20% del rendimiento terico mximo de penicilina V sobre glucosa era
posible si la cistena se sintetizaba por sulfhidrilacin directa en lugar de por transulfuracin.
4.Herramientas genticas
Las herramientas genticas ideales para la ingeniera metablica deberan ser:

Promotores fuertes y con un control estricto y consistente en todas las clulas. Los
promotores inducibles deberan responder de modo lineal a la cantidad de inductor

El sistema de control gentico debera poder regular la expresin simultnea de
mltiples genes aunque a diferentes niveles

El vector debera mantenerse indefinidamente en el husped en ausencia de una gran
presin selectiva

El vector y el sistema gentico de regulacin asociado deberan imponer el mnimo de
carga metablica en ausencia de expresin gnica
(Vase artculo para ampliar estas ideas)
4.1Vectores

Deberan tener estabilidad segregacional, al estilo de la que tienen los plsmidos F y
P1

Deberan tener un nmero mnimo pero consistente de copias en todas las clulas del
cultivo. La consistencia la logran plsmidos como el F, cuya replicacin est
coordinada con el ciclo celular

El vector debe poder albergar grandes fragmentos de ADN para poder clonar rutas
completas. De nuevo parece que los sistemas mejores son los derivados del plsmido F

Encotrar vectores de amplio espectro de huspedes
Se han diseado vectores basados en el plsmido F. Tienen entre 1-5 copias por clula. Se ha
construido un vector derivado de F, que presenta las siguientes caractersticas:

9 kb de F con elementos necesarios para la replicacin y la estabilidad segregacional:
Los orgenes oriV, oriS aseguran replicacin especfica del ciclo celular,
el locus de reparto permite ese reparto equitativo a clulas hijas,
el gen repD recombina los dmeros hasta monmeros
los genes ccd matan cualquier segregante que pierda el plsmido


Gen bla para resistencia a ampicilina

Mdulo de clonacin para la expresin:
Promotor de araBAD y gen araC para una expresin inducible por arabinosa
Sitio de clonacin mltiple
Terminadores de transcripcin

Este plsmido es estable en ausencia de presin selectiva, tiene una expresin gnica bien
controlada e impone una pequea carga metablica.
4.2Promotores

Para la mayora de aplicaciones, necesitamos promotores fuertes y regulables

El nivel de expresin debera variar directamente y a ser posible linermente con la
cantidad de inductor

Debera de poder inducido uniformemente cuando se estimule
Desgraciadamente, los promotores investigados, especialmente el de lac, muestran respuestas del
tipo todo o nada, que se piensa se deben al acoplamiento de la expresin del gen que codifica el
transportador para el inductor. Esto supone una mayor carga metablica para las clulas que
expresan los genes. La solucin lgica es desacoplar el control del gen del transportador respecto
del control del inductor, o eliminar el gen del transportador del inductor y usar anlogos del
inductor (como el IPTG) que difunden fcilmente a travs de la membrana.
En otro lugar hemos hablado de los promotores ms usados (lac, araBAD), a los que hay que
sumar el Pm de la ruta meta de los y Pu de la ruta upper de los plsmidos TOL de Pseudomonas.
En ltima instancia, la ingeniera metablica tendr que intentar la expresin de diferentes genes a
partir de diferentes promotores, y de hecho ya hay varios ejemplos de esta estrategia.

Artculos de esta seccin:
[ Arriba ] [ Introduccin a la Biotecnologa ] [ Ingeniera gentica bsica ] [
Ingeniera gentica industrial ] [ Manipulacin de la expresin ] [ Ingeniera
metablica ]

Secciones:
[ Biotica (general) ] [ Biotecnologa (introduccin) ] [ Genoma y sociedad ] [
Terapias gnicas y sociedad ] [ Eugenesia ] [ Clonacin y embriones ] [
Biotecnologa vegetal ] [ Biotecnologa y economa ]

Enrique Iez. Prohibido el uso fraudulento. Se permite su uso no comercial en
entornos educativos.
Microorganismos genticamente optimizados
Produccin de compuestos de alto valor agregado para el agro y el sector de Bioenergas.
En la plataforma de Ingeniera Metablica se desarrollan organismos genticamente optimizados que
permiten la produccin de compuestos de alto valor agregado y mnimo impacto ambiental, a partir de
materias primas de bajo costo.
Para esto, se incorporan en la bacteria adecuada los genes de la ruta metablica de inters y se optimiza
el metabolismo bacteriano para la obtencin del mximo rendimiento posible. Posteriormente, se
identifican las mejores condiciones de cultivo que garantizan la mayor productividad posible.
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Ingeniera metablica, Historia y aplicaciones de la
ingeniera metablica, Anlisis de flujo metablico
Ingeniera metablica es la prctica de la optimizacin de los procesos genticos y regulador
dentro de las clulas para aumentar la produccin de una determinada sustancia de las
clulas. Estos procesos son redes qumicas que utilizan una serie de reacciones bioqumicas y
enzimas que permiten a las clulas para convertir las materias primas en las molculas
necesarias para la supervivencia de las clulas. Ingeniera Metablica busca especficamente
para modelar matemticamente estas redes, calcular un rendimiento de productos tiles, y el
pin punto partes de la red que limitan la produccin de estos productos. Tcnicas de ingeniera
gentica se pueden utilizar para modificar la red con el fin de aliviar estas limitaciones. Una
vez ms esta red modificada puede ser modelado para calcular el rendimiento del nuevo
producto.
El objetivo final de la ingeniera metablica es ser capaz de utilizar estos organismos para
producir sustancias valiosas a escala industrial de una manera rentable. Ejemplos actuales
incluyen la produccin de cerveza, vino, queso, productos farmacuticos y otros productos de
la biotecnologa.
Dado que las clulas usan estas redes metablicas para su supervivencia, los cambios
pueden tener efectos drsticos sobre la capacidad de las clulas para sobrevivir. Por lo tanto,
las compensaciones en la ingeniera metablica surgen entre la capacidad de las clulas para
producir la sustancia deseada y sus necesidades de supervivencia naturales. Por lo tanto, en
lugar de eliminar directamente y/o sobreexpresin de los genes que codifican para las
enzimas metablicas, el enfoque actual es apuntar a las redes de regulacin en una clula
para disear de manera eficiente el metabolismo.
Historia y aplicaciones de la ingeniera metablica
En el pasado, para aumentar la productividad de un metabolito deseado, un microorganismo
que se ha modificado genticamente por mutacin inducida qumicamente, y la cepa mutante
que sobreexpresa el metabolito deseado se elige entonces. Sin embargo, uno de los
principales problema con esta tcnica es que la va metablica para la produccin de
metabolito que no se analiz, y como resultado, las restricciones a la produccin y la va de las
enzimas relevantes a ser modificados eran desconocidos. En 1990, una nueva tcnica
denominada ingeniera metablica surgi. Esta tcnica analiza la va metablica de un
microorganismo, y determina las limitaciones y sus efectos sobre la produccin de los
compuestos deseados. A continuacin, utiliza la ingeniera gentica para superar esas
limitaciones. Algunos ejemplos de ingeniera metablica xito son los siguientes: Identificacin
de restricciones a la produccin de lisina en Corynebacteriumglutamicum y la insercin de
nuevos genes para aliviar estas limitaciones para mejorar la ingeniera de produccin de una
nueva ruta de biosntesis de cido graso, llamada va de la beta oxidacin invertido, que es
ms eficiente de la va nativa en la produccin de cidos grasos y alcoholes que pueden
potencialmente ser convertidos catalticamente a los productos qumicos y combustibles
mejora de la produccin de DAHP, un metabolito aromtico producido por E. coli que es un
intermedio en la produccin de aminocidos aromticos. Se determin a travs de anlisis de
flujo metablico que el rendimiento mximo terico de DAHP por molcula de glucosa
utilizada, era 3/7 - Esto se debe a que una parte del carbono de la glucosa se pierde en forma
de dixido de carbono, en lugar de ser utilizado para producir DAHP. Tambin, uno de los
metabolitos que se utilizan para producir DAHP, se converta en piruvato para el transporte de
glucosa en la clula, y por lo tanto, ya no estaba disponible para producir DAHP. Con el fin de
aliviar la escasez de PEP y aumentar el rendimiento, Patnaik et al. ingeniera gentica
utilizada en E. coli para presentar una reaccin que convierte PYR volver a PEP. Por lo tanto,
la PPE utilizada para el transporte de glucosa en la clula se regenera, y se puede utilizar para
hacer DAHP. Esto dio lugar a un nuevo mximo rendimiento terico de 6/7 - doble de la del
sistema de E. coli nativa.
En la escala industrial, la ingeniera metablica es cada vez ms conveniente y rentable. De
acuerdo con la Organizacin de la Industria Biotecnolgica ", ms de 50 instalaciones de
biorrefinera se construyen a travs de Amrica del Norte para aplicar la ingeniera metablica
para la produccin de biocombustibles y productos qumicos a partir de biomasa renovable
que puede ayudar a reducir las emisiones de gases de efecto invernadero". Biocombustibles
potenciales incluyen alcoholes de cadena corta y alcanos, steres metlicos de cidos grasos
y alcoholes grasos y cidos grasos-y biocombustibles basados isoprenoides.
Anlisis de flujo metablico
Un anlisis de flujo metablico se puede encontrar en el anlisis de flujo de equilibrio
La creacin de una va metablica para el anlisis
El primer paso en el proceso es para identificar un objetivo deseado para lograr a travs de la
mejora o modificacin del metabolismo de un organismo. Los libros de referencia y bases de
datos en lnea se utilizan para reacciones de investigacin y las vas metablicas que son
capaces de producir este producto o resultado. Estas bases de datos contienen abundante
informacin genmica y qumica, incluyendo vas para el metabolismo y otros procesos
celulares. Usando esta investigacin, se elige un organismo que se utiliza para crear el
producto o resultado deseado. Consideraciones que se tienen en cuenta a la hora de tomar
esta decisin son la proximidad va metablica del organismo es la va deseada, los costos de
mantenimiento asociados con el organismo, y lo fcil que es modificar la ruta del organismo.
Escherichiacoli se utiliza ampliamente en la ingeniera metablica para sintetizar una amplia
variedad de productos tales como los aminocidos, ya que es relativamente fcil de mantener
y modificar. Si el organismo no contiene la ruta completa para el producto o resultado
deseado, a continuacin, los genes que producen las enzimas que faltan deben ser
incorporados en el organismo.
Anlisis de una va metablica
La va metablica completado se modela matemticamente para encontrar el rendimiento
terico del producto o de los flujos de reaccin en la clula. Un flujo es la velocidad a la que se
produce una reaccin dada en la red. Anlisis simple va metablica se puede hacer a mano,
pero la mayora requieren el uso de software para realizar los clculos. Estos programas
utilizan algoritmos complejos de lgebra lineal para resolver estos modelos. Para resolver una
red usando la ecuacin para sistemas determinados se muestra a continuacin, se debe
introducir la informacin necesaria acerca de las reacciones pertinentes y sus flujos.
Informacin sobre la reaccin estn contenidos en las matrices Gx y Gm. Las matrices Vm y
Vx contienen los flujos de las reacciones pertinentes. Cuando resuelto, la ecuacin se
obtienen los valores de todos los flujos desconocidos.
La determinacin de las manipulaciones genticas ptimas
Despus de resolver para los flujos de reacciones en la red, es necesario determinar qu
reacciones pueden ser alterados con el fin de maximizar el rendimiento del producto deseado.
Para determinar qu manipulaciones genticas especficas para llevar a cabo, es necesario el
uso de algoritmos de clculo, tales como OptGeneoOptFlux. Ellos proporcionan
recomendaciones para los que los genes deben ser sobreexpresados, eliminados, o se
introducen en una clula para permitir aumento de la produccin del producto deseado. Por
ejemplo, si una reaccin dada tiene particularmente bajo flujo y est limitando la cantidad de
producto, el software puede recomendar que el enzima que cataliza esta reaccin debe ser
sobreexpresado en la clula para aumentar el flujo de reaccin. Las manipulaciones genticas
necesarias se pueden realizar utilizando tcnicas estndar de biologa molecular. Los genes
pueden ser sobreexpresados o eliminados de un organsism, en funcin de su efecto sobre la
va y el objetivo final.
Las medidas experimentales
Con el fin de crear un modelo de solucin, a menudo es necesario tener ciertos flujos ya
conocidos o medidos experimentalmente. Adems, con el fin de verificar el efecto de las
manipulaciones genticas en la red metablica, es necesario medir experimentalmente los
flujos en la red. Para medir flujos de reaccin, las mediciones de flujo de carbono se hacen
usando carbono-13 etiquetado isotpico. El organismo se alimenta una mezcla que contiene
molculas donde carbonos especficos estn diseados para ser carbono-13 tomos, en lugar
de carbono-12 - Despus de estas molculas se utilizan en la red, tambin se convierten en
metabolitos aguas abajo marcado con carbono-13, ya que incorporan los tomos en sus
estructuras. El patrn de marcacin especfica de los diferentes metabolitos se determina por
los flujos de reaccin en la red. Patrones de marcaje se pueden medir utilizando tcnicas tales
como cromatografa de gas-espectrometra de masa junto con los algoritmos de clculo para
determinar los flujos de reaccin.