MIKROOGANISME PROKARIOT

(Membran, Sporulasi, Biolumenescens dan Kemotaksis)

Dr. Anja Meryandini, MS

Makhluk hidup dengan lingkungannya dibatasi oleh membrane, demikian pula
mikroorganisme memiliki membrane sebagai pelindung sel dari luar yang bersifat selektif
permeable.
A. Membran
Membran mengandung pompa-pompa, kanal, enzim, dan reseptor yang dapat berfungsi
dalam pengenalan sel, penerimaan signal dan transport.
1. Ciri membran:
a. berbentuk lembaran
b. terutama terdiri dari protein dan lipid. Perbandingan lipid : protein = 1 : 4 hingga 4 : 1.
Membran juga mengandung karbohidrat yang terikat pada lipid atau protein
c. lipid pada membran relatif berupa molekul kecil dengan bagian yang hidrofil dan
hidrofob. Lipid ini di dalam medium cair akan membentuk secara spontan lapisan
bimolecular (phospholipid bilayer) yang tertutup. Lapisan ini merupakan barrier bagi
molekul polar. Lipid bertanggung jawab atas stabilitas, fleksibilitas, semipermeabilitas
dan fluiditas dari membran
d. molekul protein dan lipid pada membran tidak terikat secara kovalen, tetapi melalui
interaksi non-kovalen yang kooperatif
e. bersifat asimetri. Membran luar dan dalam mempunyai komposisi dan aktivitas ensimatik
yang berbeda. Contoh pompa Na
+
, K+ terletak sedemikian rupa sehingga begitu Na
+

dipompa keluar sel, dan K
+
dipompa ke dalam sel.
f. Merupakan struktur yang tidak kaku. Beberapa protein dan lipid dalam membran selalu
bergerak (transversal, horizontal, atau plit plot).

2. Komponen membran
a. Lipid:
Pembentukan membran dari fosfolipid dan glikolipid dalam air berlangsung spontan dan
sangat cepat, disebabkan oleh tenaga hidrofob. Lipid membran adalah molekul
bifungsional karena mengandung bagian yang hidrofil dan hidrofob.
b. Protein:
Kandungan protein di dalam membran bervariasi. Myelin mengandung 18% protein.
Plasma membran (yang banyak mengandung kanal, pompa dan reseptor) mengandung
50% protein. Sistem membran yang berhubungan dengan pembentukan atau transfer
energy mempunyai kandungan protein hingga 75% (pada mitokondria dan kloroplas).
Protein di dalam membran dapat dibagi atas protein perifer dan protein integral.Protein
integral mempunyai interaksi hidrofobik yang intensif dengan lipid, sehingga hanya dapat
disolubilisasi dengan deterjen. Protein perifer terikat dengan daya elektrostatik dan ikatan
hidrofobik pada membrane. Ikatan ini dapat dirusak melalui penambahan garam atau
perubahan pH.
c. Karbohidrat
Membran sel eukaryot mengandung (2 10)% karbohidrat dalam bentuk glikolipid dan
glikoprotein

B. Biosintesis Dinding Sel
Komponen dinding sel yang memberi sifat kekakuan pada bakteri adalah peptidoglikan.
Peptidoglikan adalah molekul pelindung yang sangat besar, karena mengelilingi isi sel dan
terika secara kovalen satu sama lain.
Peptidoglikan adalah rantai glikan dari asam N-asetilmuramat dan N-asetilglukosamin
yang terikat secara 1,4 ikatan gilkosidik antara atom C1 dari asam N-asetil muramat dengan
C4 N-asetil glkosamin.
Asam N-asetil muramat adalah bentuk modifikasi dari N-asetilglkosamin dimana grup
laktil diikatan pada karbon C3. Yang terikat pada asam N-aestilmuramat adalah tetrapeptid
yang berupa L-anyl--D-glutamyl-L-R3-D-alanin. Asam amino pada posisi 3 bervariasi
antara spesies bakteri. Gram negatif umumnya mempunyai asam meso-deaminopimelat,
sedangkan pada beberapa Spirochaeta ornithin, pada Gram positif lebih bervariasi.
Rantai tetrapepid saling berikatan melalui ikatan peptida. Komposisi ikatannya sangat
bervariasi dan menjadi bagian dari taksonomi. Umumnya ikatan peptid terbentuk melalui
karboksil terminal dari D-alanin dengan grup amino pada L-R3 dari tetrapeptid lain. Pada
bakteri gram negatif dan beberapa species Bacillus ikatan peptid terbentuk antara D-ala
dengan asam diaminopimelat. Pada gram positif ada satu atau lebih jembatan asam amino
misal pada S. aureus ada jembatan dari 5 glisin, pada Micrococcus roseus ada jembatan dari
3 alanin dan 1 threonin, pada Staphylococcus epidermidis ada jembatan dari 3 glisin dan 2 L-
serin.
Peptidoglikan disintesis melalui beberapa tahap:
1. prekursornya derivat UDP dari gula amino yang dibuat di sitosol
2. transfer gula amino melewati membran oleh lipid pembawa
3. polimerisasi peptidoglikan dipermukaan outer membran
4. reaksi transpeptidase cross-link/ berikatan silang peptidoglikan

1. Sintesis derivat UDP
2 gula amino prekursornya adalah N-asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramat,
keduanya berasal dari fruktosa 6 fosfat.
a. donor NH3 dari glutamin ke fruktosa 6 fosfat membentuk glukosamin 6 fosfat
b. transfer grup asetil CoA ke grup amino dari glukosamin 6 fosfat oleh transasetilase
menjadi N-asetilglukosamin-1-fosfat
c. Isomerisasi ke N-asetilglukosamin-1-fosfat
d. mendapat UMP dari UTP menjadi UDP-N-asetilglukosamin oleh pirofosfatase.
Sebagian dari UDP-N-asetilglukosamin (UDP-GLcNAc) merupakan rekusor bagi N-
asetilglukosamin di peptidoglikan dan sebagian lain dikonversi ke asam UDP-N-
asetilmuramat
(UDP-MurNAc).
e. UDP-GlcNAc dikonversi ke UDP-MurNAc dengan penambahan grup laktil ke gula.
Pada reaksi ini OH dari C3 gula menggantikan fosfat dari karbon PEP membentuk
derivat enol piruvat ether dari UDP-N-asam asetilmuramat.
f. derivat enol piruvat ether dari UDP-N-asam asetilmuramat.
g. UDP-MurNAc dikonversi ke UDP MurNAc pentapeptid dengan penambahan bertahap
5 asam amino L-ala, D-glutamat, L-R3 (Residu 3) dan dipeptida D-alanyl-D-alanin.
Pada penambahan pentapeptid, tiap reaksi dikatalisa oleh ensim yang berbeda dan
membutuhkan ATP (4 ATP) untuk mengaktifkan grup karbosil dari asam amino.
Karboksil yang teraktivasi kemungkinan asil fosfat. Produknya adalah ADP dan fosfat
inorganik. D-alanin-D-alanin dibuat oleh ensim yang berbeda. Yang pertama adalah
rasemase yang merubah L-alanin ke D-alanin. Kemudian D-alanyl-D-alanyl synthetase
bergabung ATP membuat D-alanin dari 2 D-alanin. Racemase dan synthetase dihambat oleh
antibiotic D-sikloserin.
2. Reaksi di Membran
Lipid pembawa disebut undercaprenyl phosphat atau bactoprenol. Undercaprenyl
phosphat adalah isoprenoid phosphat C55 yang tidak hanya bertindak sebagai pembawa
precursor peptidoglikan tapi juga sebagai pembawa prekusor polimer dinding sel yang lain
(lipoposakarida, asam tekoat). Ternyata eukaryot juga menggunakan isoprenoid phosphat
(dolichol fosfat) untuk membawa subunit oligosakarida melewati membran ER untuk
bergabung menjadi glikorotein di lumen ER. Dolichol fosfat lebih besar dari underprenyl
phosphat tapi mempunyai struktur yang sama. Proses yang terjadi adalah:
a. Gula nukleotida berdifusi ke membran, sedangkan undercaprenyl phophat (lipid P)
terikat ke UDP-MurNAc-pentapeptid menggantikan UMP
b. Produknya adalah lipid-PP-MurNAc-pentapeptid. GlcNAc kemudian ditransfer dari
disakarida untuk peptidoglikan, lipid-PP-MurNAc (pentapeptid)-GlcNAc.
c. Disakarida lipid ini bergerak ke sisi lain dari membran kemungkinan melalui difusi.
d. Pada permukaan luar membran, disakarida lipid ditransfer pada rantai glikan akseptor
yang sedang tumbuh. Langkah 4 adalah transglikosilasi dimana C4 hidroksil dari
GlcNAc yang baru mengikat ke C1 dari MurNAc pada rantai glikan menggantikan
lipid-PP dari rantai glikan yang tumbuh. Reaksi ini dikatalisa oleh ensim terikat
membran transglikosilase.
e. Lipid-PP dihidrolisis dari rantai glikan oleh pirofosfatase terikat membran menjadi
lipid-P dan Pi. Hidrolisis ini dihambat oleh penisilin.

3. Lipopolisakarida / LPS
LPS adalah komplek polimer dari polisakarida dan lipid pada membran luar bakteri Gram
negatif. Yang paling baik dipelajari adalah dari E. coli dan S. typhimurium. Lipopolisakarida
terbagi dalam 3 bagian:
a. daerah hidrofob disebut lipid A yang terdiri dari tulang rangka 2 residu glukosamin
terikat 1,6 dan tetresterifikasi melalui grup hidroksil ke asam lemak.
b. pusat daerah/ core polisakarida, komposisinya sama pada semua enterbacteriaceae
yang terhubung dengan lipid A melalui 3-deoxy-D-mannooctulosonate (KDO)
c. polisakarida yang berhubungan dengan pusat/core dan sering disebut antigen O atau
repeat oligosakarida, dapat sampai 30 unit.
a.1. Asam lemak pada lipid A
Ada 4 asam lemak yang identik yang terikat langsung ke glukosamin pada lipid A dari E.
coli dan S. typhimurium. Mereka adalah asam lemak hidroksi C14, asam -
hidroxymyrstic (3-hydroxy-tetradecanoic acid) yang terikat melalui ikatan ester ke 3
hidroksil dari glukosamin dan melalui ikatan amin ke nitrogen dari glukosamin. Asam
lemak ini kelihatannya unik pada lipid A dan kehadirannya pada bakteri menunjukkan
adanya lipopolisakarida yang mengandung lipid A. Pada E. coli rantai asam lemak jenuh
panjang yang teresterifikasi pada hydroxyl dari asam -hidroxy-myristic adalah asam
laurat (C12) dan asam meristat (C14).
a.2. Sintesis lipopolisakarida
Lipid A. Lipid A disintesis dari Fruktosa 6 fosfat. Dipercaya bahwa lipid A
disintesis di membran sitoplasma oleh protein membran perifer. -OH asam meristat
ditransfer dari derivat acyl carrier protein (ACP) ke C3 dari UDP-GlcNAc untuk
membentuk derivat monoasil (ingat kalau asam lemak disintesis sebagai derivat ACP).
Kemudian asetat dari nitrogen pada C2 dihilangkan dan molekul B-OH meristat ke dua
ditranfer ke nitrogen dan membentuk derivat 2,3 diasil.
Beberapa derivat 2,3 diasil kehilangan UMP dan dikonversi ke 2,3
diacylglukosamin-1-fostat yang berkondensasi dengan UDP 2,3-diacylglkosamin
membentuk disakarida terikat dengan 1,6. Fosfat ditambahkan untuk membentuk
derivat 1,4 difosfat dan kemudian dimodifikasi dengan penambahan KDO dan asam
lemak teresterifikasi (lauryl dan myristoyl) ke OH dari hydroxy-myristic.
b. Core
Pada Enterobacteriaceae mengandung KDO, heptosa, ethanolamine dan fosfat
sebagai bagian dalam dan heksosa di bagian luar. Sintesis bagian dalam tidak sepenuhnya
dimengerti. Daerah luar tumbuh saat unit heksosa didonasikan satu persatu dari derivat
nukleosida difosfat ke rantai glikan yang terikat ke KDO. Penambahan gula dikatalisa
oleh glycosyl transferase yang spesifik yang terikat membran. Core-lipid A dari LPS
ditranslokasi melalui membran sel ke permukaan periplasma dimana akan diikatkan
dengan O-antigen.
c. O-antigen
O-antigen disintesis sebagai polimer-polimer pada lipid pembawa, kemudian
ditransfer sebagai unit ke core. Lipid carrier adalah undercaprenyl phosphat. Pertama
bagian pengulangan O-antigen disintesis pada lipid carrier. Reaksi ini dikatalisa oleh
ensim-ensim yang berbeda. Kemudian unit pengulangan ini ditransfer ke rantai
oligosakarida. Lipid-PP dari rantai oligosakarida akseptor digantikan dan kembali ken
pool lipid pirofosfat yang kemudian dihidrolisis menjadi lipid-P oleh ensim yang sensitif
terhadap basitransin. Kemudian rantai oligosakarida ditranfer ke lipid A-core,
menggantikan lipid pirofosfat.
Peraktian LPS
Kemungkinan subunit O-antigen tetrasakarida disintesis pada lipid carrier di sisi
sitoplasma pada membran dan kemudian bergerak ke sisi periplasmik dimana akan
ditambahkan ke O-antigen yang terikat di membran oleh lipid pembawanya. Daerah core-
lipid A dapat pula dirakit di permukaan sitoplasma dan ditranslokasi ke permukaan
periplasma. Kesempurnaa/kelengkapan perakitan lipoplisakarida dapat terjadi pada
permukaan periplasma, dimana O-antigen ditransfer ke core-lipid A, menggantikan lipid-
PP. Lipid-PP diregenerasi melalui fosfatase dan memasuki pool. Tak diketahui
bagaimana liopoplisakarida bergerak melewati periplasma ke sampai luar?
C. Kemotaksis
Kemotaksis adalah kemampuan bakteri untuk bergerak sepanjang gradien konsentrasi ke
arah atrakan kimia (kemotaksis positif) atau menjauhi tepelen kimiawi (kemotaksis negatif).
Atraktan dan repelen disebut kemoefektor.
Kemotaksis
Kemotaksis adalah kemampuan bakteri untuk bergerak sepanjang gradien konsentrasi
kearah atrakan kimia (kemotaksis positif) atau menjauhi tepelen kimiawi (kemotaksis negatif).
Atraktan dan repelen disebut kemoefektor.
Bakteri mengukur konsentrasi absolut dari kemoefektif dan membandingkannya dengan
konsentrasi sebelumnya. Dengan kata lain bakteri selalu mengukur perubahan konsentrasi. Jika
bakteri meneukan/menganggap ada atraktan dengan konsentrasi yang lebih tinggi atau repelen
dengan konsentrasi yang lebih rendah dari waktu sebelumnya, dia akan terus bergerak kearah
tersebut. Jika menemukan kebalikannya bakteri akan bergerak secara random kearah lain.
c.1. Tumbling
Saat tidak berespon terhadap efektor kimiawi E. coli dan beberapa bakteri lain berenang
mengikuti suatu jalur untuk beberapa detik kemudian berguling-guling. Umumnya atraktak
menekan frekuensi berguling, sedangkan repelen meningkatkan frekuensi berguling.
Jika bakteri bergerak ke area dimana konsentrasi dari atraktan kimiawi lebih tinggi dari
sebelumnya, sel akan mendeteksi konsentrasi yang lebih tinggi ini (karena kenaikan pengikatan
ke kemoreseptor) frekuensi berguling menurun dan bergerak mendekati arah atraktan yang lebih
tinggi tersebut. Bila sel berenang kea rah dimana konsentrasi repelen lebih tinggi, maka
berguling menjadi meningkat dan sel mengubah arahnya dan menjauhi repelen.
Aspek penting dari respon kemotaksis adalah adaptasi. Bakteri beradaptasi terhadap
kemoefektor sehingga dalam waktu singkat (detik sampai menit) tak ada respon lagi terhadap
konsentrasi tersebut. Aadaptasi dapat dikatakan sebagai bakteri mengingat konsentrasi baru
efektor kimia.
Kemotaksis memerlukan sirkuit regulator kompleks yang melibatkan protein sitoplasma
dan protein membrane. Ada 6 gen yang dibutuhkan untuk kemotaksis. CheA, CheB, CheR,
CheW, CheY, CheZ. Delesi salah satu gen ini mencegah kemotaksis tanpa mengubah motilitas.
Protein Che adalah protein sitoplasma yang merupakan bagian dari jalur transduksi signal antara
atraktan atau repelen dengan flagelar motor switch. CheA termasuk histidin kinase, terfosforilasi
dan akan mentransfer grup fosforil ke protein regulator respon. CheY dan CheB adalah protein
regulator respon mengalami fosforilasi dan defosforilasi.
Jika protein reseptor-transducer tidak jenuh mengikat atraktan terikat pada protein
reseptor-tranducer akan tetap termetilasi sehingga sel beradaptasi pada konsentrasi atraktan. Jika
protein reseptor-transducer tidak jenuh menigkat atraktan, sel akan berespon terhadap atraktan
jika berenang ke daerah dengan konsetrasi atraktan yang lebih tinggi. Bila reseptor transducer
mengikat lebih banyak kemoatraktan, jumlah rata-rata grup metil per transducer meningkat 2 _ 4
x mengimbangi peningkatan atraktan dan menghasilkan adaptasi terhadap konsentrasi yang lebih
tinggi dari atraktan kimiawi. Jika atraktan kimiawi dihilangkan transducer yang lebih termetilasi
menstimulasi autfosforilasi CheA. Hal ini menghasilkan peningkatkan CheY-P dan
mengguling/tumbling. Namun CheB-P metilseterase juga meningkat dan mengembalikan
transducer ke tingkat metilai stadium pre-stimulus dan perilaku run-tumble. Adaptasi repelen
berbeda dalam halCheB-P teraktivitasi mendemetisi tranducer yang merespon repelen.
Jika protein reseptor-transducer tidak jenuh mengikat atraktan terikat pada protein
reseptor-tranducer akan tetap termetilasi sehingga sel beradaptasi pada konsentrasi atraktan. Jika
protein reseptor-transducer tidak jenuh menigkat atraktan, sel akan berespon terhadap atraktan
jika berenang ke daerah dengan konsetrasi atraktan yang lebih tinggi. Bila reseptor transducer
mengikat lebih banyak kemoatraktan, jumlah rata-rata grup metil per transducer meningkat 2 _ 4
x mengimbangi peningkatan atraktan dan menghasilkan adaptasi terhadap konsentrasi yang lebih
tinggi dari atraktan kimiawi. Jika atraktan kimiawi dihilangkan transducer yang lebih termetilasi
menstimulasi autfosforilasi CheA. Hal ini menghasilkan peningkatkan CheY-P dan
mengguling/tumbling. Namun CheB-P metilseterase juga meningkat dan mengembalikan
transducer ke tingkat metilai stadium pre-stimulus dan perilaku run-tumble. Adaptasi repelen
berbeda dalam halCheB-P teraktivitasi mendemetisi tranducer yang merespon repelen.

Photobacterium
Beberapa bakteri Gram negatif, berbentuk batang, berflagela polar memiliki
kemampuan memancarkan cahaya /luminesens dan berasosiasi dengan ikan. Beberapa ikan
memiliki organ spesial dimana bakteri luminesens dapat tumbuh. Bakteri lumnesens yang
lain hidup secara saprofit pada ikan mati dan umumnya membentuk koloni yang dapat
dilihat pada permukaan ikan.
Walaupun Photobakteri bersifat fakultatif aerob, mereka hanya berbioluminessens
bila ada oksigen. Yang diperlukan untuk biolouminessens adalah enzim luciferase, rantai
panjang alifatik aldehid ( misal dodecanal), FMN dan oksigen dengan reaksi:
FMNH2 + O2 + RCHO FMN + RCOOH + H2O + cahaya
Regulasi Bioluminessens
Enzim luciferase mempunyai regulasi sintesis yang unik yang disebut autoinduksi.
Bakteri akan memperduksi substansi spstansi spesifik (autoinduser) yang akan terakumulasi di
dalam medium selama pertumbuhan dan jika sudah mencapai konsentrasi tertentu akan
berfungsi. Merkanisme ini disebut quorum sensing.

Regulasi Bioluminessens
Enzim luciferase mempunyai regluasi sintesis yang unik yang disebut autoinduksi.
Bakteri akan memproduksi substansi spesifik (autoinduser) yang akan terakumulasi di
dalam medium selama pertumbuhan dan jika sudah mencapai konsentrasi tertentu akan
menginduksi luciferase.
Autoinduser pada Fibro fischeri telah diidentifikasi yaitu n-B-ketcaproylhomoserin
lactone. Kultur bakteri luminessens tidak akan berluminessens bila densitinya rendah. Bila
densitasnya tinggi, autoindusernya akan cukup terakumulasi dan berfungsi. Mekanisme ini
disebut quorun sensing.

Sporulasi
Prokariot secara langsung dan kontinu terekspos pada perubahan fisik dan kimiawi
lain adaptasi, fleksibilitas mekanisme tanggap. Fungsi dan struktur baru yang
yang umumnya memerlukan sintesis protein.
Diferensiasi merupakan proses yang tidak dapat balik. Sel hanya dapat kembali ke
dalam fase sebelumnya melalui proses diferensiasi yang baru. Dalam diferensiasi terjadi:
Variasi dalam mekanisme tanggap
Ekspresi gen.
Aktivasi enzim.
Pertumbuhan dan morfgenesis.
Hanya pada umumnya dipicu oleh stimulus lingkungan: oksigen, medium kaya /miskin
Sporulasi
Bentuk sederhana dari diferensiasi yang dimulai dengan pembelahan sel asimetri,
menghasilkan dua bagian sel yang berbeda. Sporulasi pada B. subtilis merupakan proses
multistep pembentukan endospora yang paling baik dipelajari.
Pendekatan genetic untuk memahami proses sporulasi dilakukan dengan membuat
mutan melalui pemblokiran gen-gen yang terlibat dalam sporulasi (menyandikan
komponen struktural dari endospora atau faktor pengatur ekspresi gen yang berfungsi
khusus dalam diferensiasi sel) o Spo OA, Spo OB, Spo II, Spo III, dan seterusnya.
Literatur.
- White, David. 1995. The Physiology and Biochemistry of Prokaryoptes
university Press. Oxford.
- Madigan, M. T., Martinko, J.M., Parker,J. 2000. Brock Biology of Microoganisms.
Prentice Hall, Upper Saddler River.
- Wolfe, S.L. 1995. An Introduction to Cell and Molecular biology. Wadsworth
Publishing company
Lengeler, J.W., Drews, g., Schlegel, H.G. 1999. Biology of the Prokaryotes. Thieme
Verlag. Stuttgart