MAESTRA EN QUMICA BIOORGNICA

BIOQUMICA



UNIDAD 3 ENZIMAS



JESUS ALBERTO HERNNDEZ GARCA
KAREN SANDOVAL GARCA







XALAPA, VER. A 22 DE OCTUBRE DE 2014



CLASIFICACIN Y FUNCIN DE LAS ENZIMAS

Las enzimas son los catalizadores biolgicos de las reacciones, la mayora son
protenas (a excepcin de algunas molculas del ARN cataltico) que aceleran las
reacciones metablicas en los sistemas biolgicos. Su actividad cataltica depende
de la integridad de su conformacin proteica nativa. Si se desnaturaliza o se
disocia en sus subunidades, suele perder la actividad. Asi, las estructuras
primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de las proteinas enzimticas son
escenciales para su actividad cataltica. Principalmente podriamos resaltar algunos
de sus funciones mas importantes como sigue:
Los enzimas son protenas que catalizan reacciones qumicas en los seres
vivos.
Aumentan la reaccin hasta en un orden de 10
6

Los enzimas son catalizadores, es decir, sustancias que, sin consumirse en
una reaccin, aumentan notablemente su velocidad.
No hacen factibles las reacciones imposibles, sino que solamente aceleran
las que espontneamente podran producirse.
Ello hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan lugar reacciones
que sin catalizador requeriran condiciones extremas de presin,
temperatura o pH.
Las enzimas por su conformacin pueden encontrarse constituidas de la
siguiente manera:

Con unidades de masa desde 12000 hasta mas de un milln. Para su actividad
algunas enzimas no requieren mas que los grupos qumicos de los residuos de
sus aminocidos, otros requieren un componente qumico adicional que puede ser
de carcter orgnico o inorgnico, o inclusive slo la proteina. Estos
complementos son:

a) Grupo prostetico: Estrechamente integrados a la estructura de la enzima
mediante enlaces covalentes o no covalentes por lo general son metales
que interactan son el sustrato para hacerlo mas electroflico o
nucleoflico.Como el NAD, FAD o algulos o los metaloenzimas.
b) Cofactores: Se asocian de manera reversible a enzimas y sustratos, es
decir de manera transitoria, estos pueden ser uno o varios iones metlicos
como Fe
2+
, Mg
2+
, Zn
2+
o Mn
2+
. . Casi un tercio de los enzimas conocidas
requieren cofactores
c) Coenzimas: Como transbordadores de sustrato, agentes de transferencia
de grupo reciclables, transfieren al sustrato desde el punto de generacin
hasta el de utilizacin, como una vitamina.

Hay varias formas mediante las cuales se asigna un nombre a un enzima:
Nombres particulares:
Estos eran asignados por su descubridor. Al ir aumentando el nmero de
enzimas conocidos, se hizo necesaria una nomenclatura sistemtica que
informara sobre la accin especfica de cada enzima y los sustratos sobre
los que actuaba.
Nombre sistemtico:
El nombre sistemtico de un enzima consta actualmente de 3 partes:
1.- El sustrato preferente
2.- El tipo de reaccin realizado
3.- Terminacin "asa"
Un ejemplo sera la glucosa fosfato isomerasa que cataliza la isomerizacin de
la glucosa-6-fosfato en fructosa-6-fosfato.

Cdigo de la comisin enzimtica (enzyme comission):
El nombre de cada enzima puede ser identificado por un cdigo numrico,
encabezado por las letras EC (enzyme commission), seguidas de cuatro nmeros
separados por puntos. El primer nmero indica a cual de las seis clases pertenece
la enzima, el segundo se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo, el
tercero y el cuarto se refieren a los grupos qumicos especficos que intervienen en
la reaccin. Ejemplo: 2.7.1.1, (2) Clase Transferasa, (7)Subclase:Fosfotransferasa,
transferencia de un grupo fosforilo, (1) Caracterstica de la subclase:En este caso,
contiene un OH como aceptor, (1) Caracterstica del receptor:En este caso, D-
glucosa del grupo fosfato.

Clasificacin de las enzimas:

En un principio a las enzimas se les daba el nombre de acuerdo a su
actividad u origen o extraccin, en algunos casos una enzima poda tener mas de
un nombre, por tal motivo se acord distribuir a las enzimas en 6 grupos:

1) Reductasa oxidasa: Catalizan una amplia variedad de reacciones de
xido-reduccin, empleando coenzimas, tales como NAD
+
y NADP
+
, como
aceptor de hidrgeno. Este grupo incluye las enzimas denominadas
comnmente como deshidrogenasas, reductasas, oxidasas, oxigenasas,
hidroxilasas y catalasas.
2) Ligasas: Catalizan la formacin de enlace entre C y O, S, N y otros tomos.
Generalmente, la energa requerida para la formacin de enlace deriva de
la hidrlisis del ATP. Las sintetasas y carboxilasas estn en este grupo.
3) Isomerasas: Transforman sus substratos de una forma isomrica en otra.
Ej.: Epimerasas, racemasas y mutaras
4) Transferasa: Catalizan varios tipos de transferencia de grupos de una
molcula a. otra (transferencia de grupos amino, carboxilo, carbonilo,
metilo, glicosilo, acilo, o fosforilo). Ej.: aminotransferasas (transaminasas)
5) Liasas: Tambin catalizan la ruptura de enlaces (C-C, C-S y algunos C-N,
excluyendo enlaces peptdicos), pero no por hidrlisis. Ejs.: decarboxilasas,
citrato-liasa, deshidratasas y aldolasas.
6) Hidrolasas: Catalizan reacciones que implican la ruptura hidroltica de
enlaces qumicos, tales como C=O, C-N, C-C. Sus nombres comunes se
forman aadiendo el sufijo -asa al nombre de substrato. Ejs.: lipasas,
peptidasas, amilasa, maltasa, pectinoesterasa, fosfatasa, ureasa. Tambin
pertenecen a este grupo la pepsina, tripsina y quimotripsina.

Una de las importancias de las enzimas radica en su alta especificidad pues
son estereoespecficas porque forman varias interacciones entre aminocidos del
sitio activo y los distintos grupos del sustrato. Se unen a sustratos por lo menos a
travs de 3 puntos de fijacin y pueden convertir a sustratos no quirales en
quirales, permitindole al organismo tener control de una amplia gama de
procesos qumicos y biolgicos.

El mecanismo de accin de las enzimas proporciona un ambiente especfico
dentro del cual una reaccin determinada puede transcurrir a mayor velocidad.

Se lleva a cabo en los confines de una bolsa de la enzima llamada sitio
activo, que comprende:
(1) Un sitio de unin formado por los aminocidos que estn en contacto directo
con el sustrato
(2) Un sitio cataltico, formado por los aminocidos directamente implicados en el
mecanismo de la reaccin.
La molcula fijada al sitio activo y sobre la que acta la enzima se denomina
sustrato.
Hay dos modelos sobre la forma en que el sustrato se une al sitio activo de la
enzima:
El modelo llave-cerradura:
Este supone que la estructura del sustrato y la del sitio activo son
complementarias, de la misma forma que una llave encaja en una cerradura.
Este modelo es vlido en muchos casos, pero no es siempre correcto.
El modelo del ajuste inducido:
En algunos casos, el sitio activo adopta la conformacin idnea slo en
presencia del sustrato. La unin del sustrato al sitio activo de la enzima
desencadena un cambio conformacional que da lugar a la formacin del producto.

Cinetica enzimtica
Es el campo de la bioqumica que se encarga de la medicin cuantitativa de
los ndices de reacciones catalizadas por enzimas y de los factores que afectan
estos ndices.

Determina la velocidad de la reaccin catalizada por la enzima y el modo en
que esta cambia en respuesta a los cambios de parmetros experimentales.

En las reacciones espontneas, los productos finales tienen menos energa
libre de Gibbs (G) que los reactantes. Por tanto, en las reacciones espontneas
se libera energa de Gibbs (G<0).

Sin embargo, el comienzo de la reaccin requiere un aporte inicial de
energa. Esta energa inicial que hay que suministrar a los reactantes para que la
reaccin transcurra se llama energa de activacin (Ea). Cuanto menor es la Ea
ms fcilmente transcurre la reaccin.
La accin de los catalizadores consiste, precisamente, en disminuir la Ea.
Los enzimas son catalizadores especialmente eficaces, ya que disminuyen la Ea
an ms que los catalizadores inorgnicos.

La accin de los catalizadores consiste, precisamente, en disminuir la Ea.
Los enzimas son catalizadores especialmente eficaces, ya que disminuyen la Ea
an ms que los catalizadores inorgnicos.

En 1913 L. Michaelis y M. Menten propusieron una ecuacin de velocidad
que explica el comportamiento cintico de las enzimas.

Para explicar la relacin observada entre la velocidad inicial (V0 ) y la
concentracin inicial de sustrato ([S]0) Michaelis y Menten propusieron que las
reacciones catalizadas enzimticamente ocurren en dos etapas:


En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en la segunda,
el complejo enzima-sustrato da lugar a la formacin del producto, liberando la
enzima libre.
Cuando toda la enzima se encuentra en forma de complejo ES, la
velocidad de la reaccin es la mxima posible (Vmx).
El complejo ES se encuentra en estado estacionario.
Bajo condiciones de saturacin, toda la enzima interviene en la
formacin del complejo ES.
Cuando toda la enzima se encuentra en forma de complejo ES,la
velocidad de la reaccin es la mxima posible (Vmx)




Km: concentracin de sustrato a la cual la velocidad de la reaccin es Vmax
Vmx: velocidad cuando todos los centros activos estn ocupados con
S,velocidad mxima terica.
Vo : Velocidad inicial es el cambio en la concentracin de reactivos o productos
inmediatamente despus de que la reaccin se inicia, es decir cuando la reaccin
es lineal.











Velocidad inicial es el cambio en la concentracin de reactivos o productos
inmediatamente despus de que la reaccin se inicia, es decir cuando la reaccin
es lineal.

La grfica de velocidad frente a [S] mostrada anteriormente no es lineal.
Aunque a bajas concentraciones de sustrato se mantenga lineal, se va curvando a
medida que aumenta la concentracin de sustrato. Antes de la llegada de los
ordenadores, que permiten ajustar regresiones no lineales de forma sencilla, poda
llegar a ser realmente difcil estimar los valores de la K
m
y la V
max
en las grficas
no lineales. Esto dio lugar a que varios investigadores concentraran sus esfuerzos
en desarrollar linearizaciones de la ecuacin de Michaelis-Menten, dando como
resultado la grfica de Lineweaver-Burke.
La grfica de Lineweaver-Burk o representacin de doble recproco es la
forma ms comn de mostrar los datos cinticos. Para ello, se toman los valores
inversos a ambos lados de la ecuacin de Michaelis-Menten. El resultado de este
tipo de representacin es una lnea recta cuya ecuacin es y = mx + c, siendo el
punto de corte entre la recta y el eje de ordenadas equivalente a 1/Vmax, y el
punto de corte entre la recta y el eje de abscisas equivalente a -1/Km.










Grfica de dobles recprocos o de Linewever- Burk

Km es una relacin de constantes de velocidad para una determinada
reaccin.

El valor de Km da idea de la afinidad de la enzima por el sustrato: A menor
Km, mayor afinidad de la enzima por el sustrato, y a mayor Km, menor afinidad.
unque el mecanismo enzimtico para una reaccin unimolecular ES E +
P puede ser bastante complejo, existe una etapa enzimtica limitante que permite
que el mecanismo sea simplificado como una etapa cintica nica cuya constante
es k
2
.

k
2
tambin llamado k
cat
o nmero de recambio, hace referencia al mximo nmero
de reacciones enzimticas catalizadas por segundo.

Existen los casos en que enzimas catalizan reacciones en las que
intervienen dos o mas sustratos. Estas reacciones implican normalmente la
transferencia de un tomo o un grupo funcional de un sustrato a otro. Tales
reacciones transcurren por una o varias rutas diferentes.

En algunos casos ambos sustratos estan fijados a la enzima al mismo
tiempo, formando en algun momento de la reaccin un complejo ternario no
covalente. Los sustratos pueden fijarse en una secuencia al azar o en un orden
especfico.







En otros casos no se forma complejo ternario ciuando el primer sustrato se
convierte en producto y se disocia antes de que se una el segundo sustrato. Un
ejemplo de esto es el mecanismo de ping-pong o de doble desplazamiento.



Inhibicin Enzimtica

Los inhibidores enzimticos son agentes moleculares que interfieren en la
catlisis, haciendo mas lentas o deteniendo las reacciones. Se conocen dos
grandes clasificaciones de estos inhibidores, a continuacin se detallan.


Inhibidores Reversibles

Los inhibidores reversibles, son aquellos que no modifican qumicamente la
estructura de la enzima, y que con el simple hecho de aumentar la concentracin
del sustrato, se para la inhibicin reversible. Existen tres tipos de inhibidores
reversibles que se detallan a continuacin.

1. Competitivos
Un inhibidor competitivo, compite con el sustrato por el sitio activo. Mientras el
inhibidor (I) ocupa sitio activo, impide la fijacin del sustrato. Muchas veces I
competitivos se parecen al S, se combina con E, IE.






2. No competitivos
Un inhibidor acompetitivo, se fija a un sitio distinto al que se fija el sustrato en el
sitio activo. Se une al complejo ES.



Clases de
Inhibidores
Reversibles
Se unen de manera dbil , por lo que son fciles
de desplazar
Irreversible
Se unen con gran firmeza a una enzima, a
menudo a los residuos de algn aminocido




3. Mixtos
Se fija a un sitio distinto al que se fija el sustrato en el sitio activo y tambin al
centro activo. Se une al complejo ES y a E.






Inhibidores Irreversibles

Se combinan o destruyen un grupo de la enzima mediante enlace covalente. A
continuacion podemos observar una manera en la que actuan los inhibidores
irreversibles:



Importancia de la inhibicin reversible:
Para el diseo racional de frmacos
INACTIVADORES SUICIDAS O BASADOS EN EL MECANISMO
Son pocos reactivos hasta que se unen al centro activo
Pasa los primeros pasos de la reaccin enzimtica normal
Despus se convierte en un compuesto muy reactivo que se
combina con la enzima
Se disea un inhibidor suicida para una enzima en especfico
ste se vuelve reactivo hasta que est en el centro activo
Frmaco muy efectivo y con pocos efectos secundarios


Un ejemplo comn de la inhibicion
reversible se observa en la siguiente
reaccin:

Reaccin de quimotripsina con DIFP
inhibe la enzima irreversiblemente,
sta reaccin condujo al
descubrimiento de que la Ser195 es la
serina clave del centro activo
Enzimas Reguladoras

Siempre hay una o mas enzimas que tienen un mayor efecto sobre la velocidad
global de la secuencia de reacciones, es decir, presentan caractersticas que le
confieren papeles reguladores en el metabolismo.

Enzimas alostricas
Enzima cuya actividad est regulada mediante un centro alostrico (regin que
sirve para regular su actividad), al que se une un regulador (modulador alostrico),
de manera reversible y no covalente (inhiben o activan enzimas). Las enzimas
alostricas, siguen normalmente la siguiente forma de activarse:

Unin del
modulador
Cambio de
estructura
tridimension
al de la
enzima
Cambian la
configuracin
del sitio
activo
Aumenta o
disminuye su
actividad
Las enzimas alostricas pueden tener dos repercusiones, stas se detallan en el
siguiente esquema:


NOTA:
No confundir moduladores alostricos con inhibidores acompetitivos y mixtos, ya
que stos no provocan cambios conformacionales entre las formas activa e
inactiva, por lo que los efectos cinticos son de ndole distintas.

En la siguiente imgen podemos observar como son las interacciones entre
subunidades en una enzima alostrica e interacciones con inhibidores y
activadores.








Conformacin
de las Enzimas
R (relajada)
Moduladores
positivos
favorecen R
Estimuladores
Alostricos
Favorece la
unin del
sustrato
T (tensa)
Moduladores
negativos
Inhibidores
alostricos
Impide la
unin del
sustrato






Algunas de las propiedades de las enzimas alostricas son:
Estructura diferente
Sitios activos y alostricos
Sitio activo para su sustrato, sitio alostrico para su modulador
Varios moduladores, varios sitios de fijacin
Son mayores y mas complejas

Enzimas reguladoras que experimentan modificaciones covalentes
reversibles

Grupos modificadores se unen y se eliminan de la enzima regulador por la accin
de otra enzima. Algunos de los grupos ms comunes, se mencionan a
continuacin:
Fosforilo (mas frecuente)
Adenililo
Uridililo
Metilo
Adenosina difosfato ribosilo

Especificidad Enzimtica

Como introduccin a esta seccin, convendria recordar algunas de las
caacterstas que hacen de las enzimas, unos catalizadores superiores a
catalizadores inorgnicos:

Ms especificas.
Catalizan una reaccin qumica
Atacan a cierto tipo de configuracin o de enlace
Su accin se limita a cierto tipo de sustancias.
Reduce la posibilidad de sustratos sobre los que una enzima puede actuar
Recordado lo anterior, podemos mencionar dos grandes clasificaciones en cuanto
a la especificidad de las ezimas, esto no quiere decir que solamente sean
especficas en estos campos, si no que son stas, las ms representativas.




Catlisis y regulacin de la actividad enzimtica

Catalizador puede ser definido como una sustancia que acelera una reaccin
qumica (aumenta la velocidad de reaccin), pero que no es consumida en el
proceso.
Especificidad
Especificidad
ptica
algunas enzimas actan, por
ejemplo, sobre ismeros de la serie
L (enzimas relacionadas con el
catabolismo de aminocidos)
Otros actan sobre los de la serie
D (los involucrados en el
metabolismo de los carbohidratos)
Especificidad
del grupo
Algunas enzimas actan sobre un
grupo determinado de molculas,
por ejemplo, las enzimas que
digieren las protenas
Las enzimas, entonces, aceleran el proceso para la obtencin del equilibrio de una
reaccin reversible. ES y EP intermediarios. Si tomamos en cuenta una reaccin
de primer orden, en donde S me produce P, podemos decir que la reaccn se
llevar a cabo como se muestra en la siguiente grfica.








Energa del estado basal de P, es negativa, por lo que el equilibrio favorece a P,
Este equilibrio no se ve afectado por ningn catalizador.
Ahora, si analizaremos la misma reaccin, pero en la presencia de un catalizador.









En el diagrama anterior, podemos ver que la barrera de energa disminuye en la
presencia de un catalizador, esto hace que en el estado de transicin, se
favoresca la formacin de un producto P.

Como conclusin podemos decir que la catlisis aumenta las velocidades de
reaccin disminuyendo las energas de activacin, y que no se gasta enzima en el
proceso, es decir, se recupera totalmente.


Mecanismos de catlisis enzimtica

Orientacin del sustrato: Los sustratos unidos en la superficia de la
enzima se aproximan mucho en la orientacin correcto, lo que hace que se
produzca la reaccin.

Cambio de la reactividad: El sustrato unido a la enzima, cambia la
distribucin de los electrones, lo que hace que aumente la reactividad del
sustrato.

Induccion de tensin en el sustrato: La conformacion cambia de tal
forma que mejora el ajuste complementario entre la enzima y los reactivos,
lo que hace que los grupos estn siempre en el sitio apropiado.


La velocidad de reaccin depende de la concentracin de reactivo y de la
constante de velocidad, se usan las siguientes frmulas para calcular la energia de
activacion:


Con la relacion termodinmica tenemos:

Con T abosulta y R como las constantes de los gases. De esto podemos concluir
que:
Un valor Negativo de G^, refleja un equilibrio favorable.

Principios que explican el poder cataltico y la especificidad de las enzimas.

Principio nmero 1)
K^ eq=[P]/[S]
G^=-RTlnK^ eq
Reordenamiento de enlaces covalentes
Grupos funcionales forman enlaces transitorios con un sustrato
Lo activa para la reaccin

Principio nmero 2)
Enlaces no covalentes, E-S
Liberacin de energa de ES, llamada energa de fijacin
Principal fuente de energa para disminuir la Ea

Energa de fijacin


Para disminuir la Ea, ha de adquirir una cantidad equivalente a la cantidad en que
disminuye DG, y gran parte proviene de la energa de fijacin. sta energia de
fijacin es conseguida en la formacin de interacciones no covalentes entre
sustrato y enzima en el estado de trancisin.









Factores fisicos y termodinmicos que influyen en la barrera energtica



Disminucin en los movimientos relativos de
los sustratos que han de reaccionar
Reduccin de la Entropa
Formacin de enlaces dbiles entre enzimas y
sustrato
Desolvatacin
Energa de interaccin dbiles compensa
cualquier distorsin
Distorsin de los sustratos
Encaje inducido (cambio de conformacin
cuando se fija el sustrato)
Alineamiento de grupos
funcionales