09 DNA e Informacao Parte 1 2013-3

BC-0504
Natureza da Informao
DNA: Informao e
Vida
Guiou Kobayashi
guiou.kobayashi@ufabc.edu.br
3o Quadrimestre, 2013
Vida
Vida
DNA: Informao e Vida
Definio de Vida
O que Vida?
Definio de Vida
Autoreplicador
Qualquer entidade capaz de guardar e transmitir
informao para criar copias de si mesma
Elemento egoista (selfish)
O primeiro provvel: RNA (mundo do RNA)
Papel hoje desempenhado pelo DNA
Alguns vrus ainda usam RNA
Outras entidades (vrus de computador, vida
artificial, memes...)
Definio de Vida
Objetivo de um Autoreplicador
Fazer copias de si mesmo

Definio de Vida
Autoreplicador
Memes: termo cunhado em 1976 por Richard Dawkins no seu

bestseller O Gene Egosta, para a memria o anlogo do gene
na gentica, a sua unidade mnima.
considerado como uma unidade de informao que se multiplica
de crebro em crebro, ou entre locais onde a informao
armazenada (como livros) e outros locais de armazenamento ou
crebros.
No que diz respeito sua funcionalidade, o meme considerado
uma unidade de evoluo cultural que pode de alguma forma
autopropagar-se.
Os memes podem ser idias ou partes de idias, lnguas, sons,
desenhos, capacidades, valores estticos e morais, ou qualquer
outra coisa que possa ser aprendida facilmente e transmitida
enquanto unidade autnoma. O estudo dos modelos evolutivos da
transferncia de informao conhecido como memtica.
Quantidade de
bits necessria
para alguns
sistemas
autoreplicantes
Definio de Vida
Definio de Vida
HIPTESE DE OPARIN-HALDANE
Na dcada de 1920, o Bioqumico
russo Aleksandr I. Oparin e o
geneticista ingls John B. S. Haldane
procuraram entender a origem da vida
como parte da evoluo de reaes
bioqumicas, mediante a competio e
seleo darwiniana, na terra prbitica (antes do surgimento da vida).
Definio de Vida
HIPTESE DE OPARIN-HALDANE
Atravs de reaes qumicas entre
molculas simples, tais como CH4, CO,
CO2, H2, H2S, HCN, NH3, H2O, etc.,se
formariam molculas mais complexas
(aminocidos, acares, cidos nuclicos,
lipdeos, etc.)
Passados milhes de anos, tendo um
grande acumulo destas molculas, elas se
combinariam formando biopolmeros
(peptdeos, polissacardeos,
nucleotdeos,etc.) que reagiriam entre si e
formariam estruturas coacervadas
(estruturas que parecem clula).
10
Definio de Vida
EXPERIMENTO DE MILLER E
UREY (1953)
Experimento confirma hiptese de

Oparin-Haldane.
A partir de: N2 NH3 CH4 H2 CO2 +
calor + eletricidade
Obtm: aminocidos, bases
nucleotdicas (purinas e pirimidinas)
11
Definio de Vida
Em 1943, o austraco Erwin Schroedinger (um
dos pais da fsica quntica) apresentou umas
palestras no Trinity College de Londres.
Nessas palestras ele definiu a vida como:
uma delicada dana de energia,
entropia e informao
Posteriormente escreveu o artigo What is life
que serviu de inspirao a Watson e Crick
para a descoberta da estrutura do DNA.
Ilustrao: experimento do gato de Schroedinger (fonte: Wikipedia)

12
DNA
DNA
13
DNA: cido Desoxirribonucleico

O DNA um longo polmero de unidades simples
(monmeros) de nucleotdeos, cujo cerne formado por
molculas de acares e fosfato intercalados por ligaes
fosfodiester,que estabelecem as ligaes entre os
nucleotdeos,
Ligada molcula de acar est uma de quatro bases
nitrogenadas (A: Adenina, T: Timina, C: Citosina e G:
Guanina) e a seqncia dessas bases ao longo da
molcula do DNA que carrega a informao gentica,
A leitura destas seqncias feita atravs do cdigo
gentico, o qual especifica a seqncia linear dos
aminocidos das protenas.
14
DNA: cido Desoxirribonucleico

A espinha dorsal (Backbone)
do DNA formada pelo
acar 2-Desoxirribose (5
carbonos) conectado por
fosfatos no terceiro e quinto
carbonos (assimtrico)
implicando em uma direo;
O DNA formado por dois
ramos em direes opostas
(anti-paralelos).
Ilustrao: fonte Wikipedia
15
DNA: Pareamento Base

Os quatro nucleotdeos
compem pares atravs de
ligaes ou pontes de
hidrognio, formando os
pares-base AT (2 pontes) e
GC (3 pontes);
Como o par GC possui mais
ligaes, a densidade do
par GC no DNA um dos
fatores que aumenta a
estabilidade do conjunto
16
DNA: Estrutura duplo-helix
17
DNA: Estabilidade
% GC: porcentagem
do par GC no DNA
Outros fatores para a

estabilidade do DNA:
Comprimento: quanto maior,
mais estvel;
Sequncia de empilhamento
dos pares GC e AT
2 pontes de Hidrognio
3 pontes de Hidrognio
18
Funes
Funes do
do DNA
DNA
19
DNA e a Memria Gentica

Capacidade
de
armazenar
uma
quantidade indefinida de dados: o maior
cromossomo humano o nmero 1, que
contm aproximadamente 220 milhes
de pares base, medindo 85mm;
Capacidade do DNA de preservar
informao de centenas de milhes de
anos. (Science, 2004).
5000 seqncias gnicas 100% iguais
em humanos, camundongos e outros
mamferos.
Pergunta: O seres vivos so veculos
para assegurar a sobrevivncia da
informao neles contidos?
20
DNA e as funes Biolgicas

HIPTESE DO GENE EGOISTA
Formulada por Richard Dawkins
(1976): o DNA realiza uma nica
tarefa: se duplicar, passar a sua
informao para frente mesmo em
prejuzo do prprio organismo.
Segundo esta teoria os organismos
somente so teis enquanto servirem
para esta finalidade.
Exemplo das colnias de formigas.
Somente a rainha se reproduz.
21

Relembrando:
Dogma Central da Biologia ....
Replicao
Transcrio
Traduo
Protena
22
DNA Replicao
23
Transcrio e mRNA
A traduo feita por um RNA

Mensageiro, que copia parte da
cadeia do DNA por um processo
chamado transcrio e
posteriormente a informao contida
neste "traduzida" em protenas
pela traduo,
24
RNA
O acar do RNA diferente do DNA,
substituindo o 2-Desoxirribose pelo
Ribose;
No RNA a Timina substituda por
Uracila (A,C,G,U);
Um RNA transcrito a partir de um
gene, obtendo-se uma sequncia de
bases complementares (o que era A vira
U, o que era T vira A, o que era G vira C
e o que era C vira G).
25
RNA
Os RNAs mensageiros so transportados
do ncleo para o citoplasma, onde sero
traduzidos nos ribossomos, gerando uma
uma cadeia de aminocidos.
As protenas so constitudas por essas
cadeias de aminocidos
As protenas atuam em praticamente todos
os processos celulares, desde a regulao
da transcrio at vias metablicas
Ver:
http://www.youtube.com/watch?v=NJxobgk
PEAo
26

Protenas
Vias metablicas
Ncleo
Traduo
DNA
mRNA
Transcrio
Transporte
Clula
27

Cada aminocido uma palavra de trs letras.
Seria possvel escrever 4x4x4=64 palavras de trs letras, ou
seja poderia haver 64 aminocidos. Cada uma dessas 64
palavras so denominadas cdons
Contudo existem vrios sinnimos (cdons) para cada
aminocido. Por exemplo, a arginina (ARG) pode ser
codificada como: CGA,CGC, CGG, CGU, AGA, AGG
Portanto existe muita redundncia no cdigo gentico
Os aminocidos mais frequentes onde podem acontecer mais
erros tm maior redundncia
O aminocido STOP tem muita redundncia (escreve-se como
UAA, UAG, UCA) porque embora seja escasso muito
importante
28
29
Cromossomo
Cromossomo
30
DNA
Molcula que guarda
informao para autoreplicao
Replicao
Localizao
Procariontes no citoplasma
Eucariontes no ncleo e
mitocndrias e cloroplastos
Estruturas de organizao
Cromossomos
Plasmdeos
Replicadores exogenos Vrus e
agentes subvirais (DNA & RNA)
Transcrio
Traduo
Protena
31
Cromossomo
Antes da diviso celular os cromossomos so duplicados atravs de
um processo chamado replicao;
Os Eucariontes como animais, plantas e fungos tm o seu DNA dentro
do ncleo, enquanto que Procariontes (bactrias) o tm disperso no
citoplasma;
Um cromossomo uma longa sequncia de DNA que contm vrios
genes, e outras sequncias de nucleotideos com funes especficas
nas clulas dos seres vivos;
Dentro dos cromossomos , as protenas da cromatina como as
histonas compactam e organizam o DNA. Estas estruturas compactas
guiam as interaes entre o DNA e outras protenas, ajudando a
controlar que partes do DNA que so transcritas,
O DNA responsvel pela transmisso das caractersticas
hereditrias de cada espcie de ser vivo - > o responsvel pela
TRANSMISSO DA INFORMAO
32
Cromossomo
Tipos de Estrutura:
DNA Linear: Eucariontes (nuclear) inclui todos os seres
vivos com clulas eucariticas, ou seja, com um ncleo
celular rodeado por uma membrana
DNA Circular: material gentico de bactrias, organizado
sob a forma de uma molcula de DNA circular, encontrado em:
Archaeas (seres unicelulares que conseguem viver em
condies extremas, no toleradas por qualquer
outro organismo) e
Bacterias
Mitocondrias*
Cloroplastos*
* estruturas derivadas de eventos de simbiose antigas com bactrias
33
Cromossomo
Mitocondria
Eucariontes:
DNA dentro do ncleo
Ncleo
34
Cromossomo
Eucariontes
Os telmeros ou telmeros so estruturas constitudas por fileiras
repetitivas de protena e DNA no codificantes (DNA que no contm
instrues para fazer proteinas (ou outros produtos celulares tais como o
RNA no-codificante). Nos Eucariontes, uma grande porcentagem do
tamanho total do genoma de muitos organismos composto por DNA
no-codificante) que formam as extremidades dos cromossomos. Sua
principal funo manter a estabilidade estrutural do cromossomo;
Os centrmeros so a regio mais condensada do cromossomo.
35
Cromossomo
Procariontes:
DNA no Citoplasma
Cromossomo bacteriano
Plasmdeos
Citoplasma
Bacteria
36
Cromossomo
Mapa de um
cromossomo
bacteriano
circular
37
Cromossomo
Pequena Regio
do DNA dupla hlice
Empacotamento
do DNA
Cromatina
Fibra de Cromatina
de 30 nm
Seo do
Cromossomo em
forma estendida
Seo condensada
do Cromossomo
Cromossomo
mittico inteiro
38
Cromossomo
Quando os cromossomos so
lineares as clulas podem se dividir
por um nmero limitado de vezes
O tamanho dos telmeros define
quantas vezes a clula se divide
Porm a telomerase pode manter o
telmero grande: a clula poderia
se dividir quantas vezes quisesse e
ficaria imortal
Porm tambm pode se tornar
cancergena, pois h uma
correlao forte entre atividade de
telomerase e envelhecimento; e
telomerase e cncer
39
Cromossomo
PLOIDIA
o nmero de copias de cromossomos homlogos (similares),
Cada espcie possui um nmero caracterstico de cromossomos.
Nos seres humanos esse conjunto esta representado em dose dupla (diplide),
Mas existem algumas espcies nas quais o conjunto bsico de cromossomos
est em mltiplas cpias (poliplides),
Porm, quando se considera a ploidia, um conjunto bsico de cromossomos
chamado monoploide ou haplide, pois inclui apenas um cromossomo de cada
tipo.
(diplide)
(triplide)
(tetraplide)
Cromossomos
Homlogos
40
Diviso dos Organismos

Com nmero de cromossomos n: haplide (maioria dos
microorganismos).
Com nmero de cromossomos 2n: diplide (animais em
sua grande maioria so diplides).
Plantas como trigo tm espcies diplides, tetraplides e
hexaplides.
Para ter ciclo sexual o nmero de cromossomos
precisa ter Xn sendo X sempre par; se for impar, no
h pareamento correto para gametognese:
Bananeira triplide por isso no consegue reproduzir de
forma sexual,
Cana de acar um poliplide aneuploide (numero varivel
de cromossomos)
41
Cromossomo
Humanos 2n = 46
22 pares + XY (homens)
22 pares +XX (mulheres)
Cromossomos Humanos
Humanos -- DIPLODE
DIPLODE
Cromossomos
42
Cromossomo
O DNA fica nessa forma condensada ou mittica para
permitir que ocorra a diviso celular e iguais nmeros e
pares de cromossomos sejam transferidos
43
Cromossomo
Mas para expressar os genes de forma correta o DNA precisa ficar
numa forma mais frouxa
Cromossomo 1 de galinha
Forma mitotica
(condensada )
Forma
lampbrush
(frouxa)
44
Cromossomo
Hierarquia da Informao
bp: pares de bases

nt: nucleotdeos
Cromossomo
(1 a 2x103 genes)
Arranjo de genes
(~ 20 genes)
Gene
Transcrio Primria
mRNA
45
Cromossomo
Genoma Mitocondrial
Nos seres humanos, e clulas eucariticas em geral, o DNA
encontrado em duas localidades na clula: no ncleo (nDNA) e dentro
das mitocndrias.
O DNA mitocondrial (mtDNA) localizado dentro da mitocndria;
existem em mltiplas cpias e isso tambm fortemente associado
com o nmero de protenas para formar um complexo conhecido como
nucleide.
46
Gene
Gene
47
O que um Gene
Segmento de um cromossomo ao
qual corresponde um cdigo
distinto
uma informao para produzir
uma determinada protena ou
para controlar uma
caracterstica (fentipo), por
exemplo, a cor dos olhos.
48
Classes de Genes
Os Organismos tm Muitas Classes de Genes Diferentes
(bactria comum)
Um cromossomo circular
Tamanho do genoma: 4.64 milhes bp
Nmero de genes: 4289
Contedo GC: 51%
Genes com funo desconhecida!!
49
Classes de Genes
(levedura)
16 pares de cromossomos lineares

Tamanho do genoma: 12.1 milhes bp
Contedo GC: 38%
50
Classes de Genes

Tamanho do genoma: 167 milhes bp
Contedo GC: 47%
51
Classes de Genes
(humanos)

Tamanho do genoma: 3.4 bilhes bp
Nmero de genes: ~ 32000
Contedo GC: 41%
Genes com funo desconhecida!!

52
Funo dos Genes

Alguns desses genes so necessrios
todo o tempo, pois codificam elementos
fundamentais para o metabolismo e
manuteno da clula...
A no codificao desses elementos (ou a
reduo da sua produo) poderia
comprometer a sobrevivncia do
organismo...
53
Funo dos Genes

Outros desses genes somente so
necessrios em momentos
especficos da vida do organismo
Portanto seria um desperdcio e as
vezes at inconveniente que eles
fossem produzidos todo o tempo ou
no momento errado.
Genes com funo desconhecida:
- inibidos durante a evoluo
- base para novos genes
54
Funo dos Genes

Exemplos de genes reguladores esto
envolvidos em diferentes processos
Processamento de fontes
alternativas de alimento e energia,
Produo de molculas necessrias
para condies de estresse como :
o seca
o Temperatura elevadas,
o Temperaturas baixas,
o condies qumicas adversas,
o compostos txicos,etc...
55
Funo dos Genes

Protenas Regulatrias do Ciclo Celular
Protenas envolvidas em diferenciao
celular,
Protenas envolvidas em interao com
outros organismos como
o Reproduo
o Cooperao,
o Simbiose
o Patognese,
Todos esses genes podem ser transcritos
em resposta a algum evento ou em
determinada etapa do ciclo de vida do
organismo.
56
Funo dos Genes

1
Esses genes podem ser regulados

em vrios nveis:
1) compactao do DNA (alterao

de estrutura)
3a
2) regulao na transcrio
3b
3) regulao ps-transcricional
4) traducional
5) ps-traducional
5
57
Expresso dos Genes

Transcrio: DNA -> RNA
Os genes so expressos atravs da transcrio...
Quem sintetiza o RNA a RNA polimerase, tendo como molde o DNA

58
Expresso dos Genes
Os genes a e c so
transcritos
a partir da fita positiva (+) ...
... e b transcrito
a partir da fita negativa ()
59
Expresso dos Genes
Promotor
Fita modelo
Sequncia de
consenso
Sequncia de
consenso
Incio da
Transcrio
Transcrio do RNA
60
Expresso dos Genes

Descobrir se um determinado
gene transcrito em resposta a
determinado evento nos diz muito
a respeito da provvel funo que
ele deve desempenhar.
Evolutivamente, se um gene
produzido em resposta a estresse
por frio, bem provvel que ele
esteja relacionado adaptao do
organismo ao frio.
61
Expresso dos Genes

s vezes as coisas so um pouco mais
complicadas, pois um gene pode ter sua
transcrio ativadas por eventos
diferentes sem nenhuma relao
aparente.
Por exemplo um gene pode ser ativado
por um hormnio de crescimento, por
excesso de sal, e por patgenos,
indicando mltiplas funes para o gene
Existe por traz disso uma lgica que em
princpio no nos muito clara...
62
Expresso dos Genes

Mas ao se estudar em larga
escala a expresso de genes
podemos traar uma espcie de
perfil de induo, ou seja,
identificamos em que condies
um gene tem sua expresso
aumentada ou diminuda.
Genes que tm perfil de
expresso parecida tendem a ter
funes relacionadas...
Maior quantidade
Menor
quantidade
63
Plasmdeos
Plasmdeos
64
Plasmdeos
Cromossomo bacteriano
Plasmdeos
Citoplasma
Bacteria
65
Plasmdeos
Replicam de forma independente da clulas
Tem tamanho e numero de copias por clula diferente
(pequenos tem mltiplas copias por clula, grandes tem menos copias)
Geralmente levam genes de produo e resistncia a antibitico
So elementos do tipo egoista no se importam com o hospedeiro
Tendem a passar para outras clulas inclusive de outras espcies
(problema serio na medicina, bactrias com resistncia mltiplos
antibiticos)
Muito usados em engenharia gentica para transferir genes de interesse
para outras espcies (muito eficiente para bacterias, fungos, plantas)
(Pouco eficiente para animais , a no ser em tecidos musculares)
66
Plasmdeos
Muito plasmdeos tambm carregam genes que permitem sua
transferncia para outras clulas
Fenmeno de conjugao bacteriana
67
Plasmdeos
68
Plasmdeos
Exemplo de plasmdeo
comercial para
expresso de protenas
em bacterias
69
Plasmdeo
Usado para criao de plantas transgnicas
Normalmente o uso de plasmdeos
e em engenharia gentica
requer licena e restries de uso:
direitos autorais, etc...
como nos softwares
Particularidade:
Os plasmdeos pCAMBIA
Open Source
(como o software livre ex: GNU/linux)
70
Referncias Bibliogrficas
Pierce, B., "Genetics: A Conceptual Approach", 2nd

Ed., W. H. Freeman, 2002.
T. Schmidt, D. Frishman, Assignment of isochores
for all completely sequenced vertebrate genomes
using a consensus, Genome Biology , 2008.
71

09 DNA e Informacao Parte 1 2013-3

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DNA: Informao e Vida

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Memes: termo cunhado em 1976 por Richard Dawkins no seu

DNA: Informao e Vida

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Experimento confirma hiptese de

Ilustrao: experimento do gato de Schroedinger (fonte: Wikipedia)

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DNA: cido Desoxirribonucleico

DNA: cido Desoxirribonucleico

DNA: Pareamento Base

DNA: Estrutura duplo-helix

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Outros fatores para a

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DNA e a Memria Gentica

DNA e as funes Biolgicas

DNA e as funes Biolgicas

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A traduo feita por um RNA

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DNA e as funes Biolgicas

DNA e as funes Biolgicas

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Diviso dos Organismos

DNA: Informao e Vida

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bp: pares de bases

DNA: Informao e Vida

DNA: Informao e Vida

DNA: Informao e Vida

Genes com funo desconhecida!!

16 pares de cromossomos lineares

5 pares de cromossomos lineares

24 pares de cromossomos lineares

Genes com funo desconhecida!!

Funo dos Genes

DNA: Informao e Vida

Funo dos Genes

DNA: Informao e Vida

Funo dos Genes

Funo dos Genes

Funo dos Genes

Esses genes podem ser regulados

1) compactao do DNA (alterao

Expresso dos Genes

Quem sintetiza o RNA a RNA polimerase, tendo como molde o DNA

Expresso dos Genes

DNA: Informao e Vida

Expresso dos Genes

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