Metodologia PCR Usar!!!!Tese de Mestrado

UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ
PR-REITORIA DE PESQUISA E PS-GRADUAO

PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM GENTICA E BIOLOGIA MOLECULAR
Anlise da biodiversidade metagenmica bacteriana de um solo de

Mata Atlntica da Bahia e isolamento de DNA de alto peso
molecular visando aplicaes biotecnolgicas
Tharcilla Nascimento da Silva
ILHUS BAHIA BRASIL

Abril de 2007
THARCILLA NASCIMENTO DA SILVA

Mata Atlntica da Bahia e isolamento de DNA de alto peso
molecular visando aplicaes biotecnolgicas
Dissertao apresentada Universidade Estadual de Santa Cruz, como

parte das exigncias para obteno do ttulo de Mestre em Gentica e Biologia
Molecular.
ILHUS BAHIA BRASIL

Abril de 2007
THARCILLA NASCIMENTO DA SILVA

Mata Atlntica da Bahia e isolamento de DNA de alto peso molecular
visando aplicaes biotecnolgicas.
Dissertao apresentada Universidade Estadual de Santa Cruz, como parte

das exigncias para obteno do ttulo de Mestre em Gentica e Biologia Molecular.
APROVADA:
Dra. Ana Paula Trovatti
Dr. Eduardo Gross
Dr. Martin Brendel
(UESC)
(UESC)
Uetanabaro
(UEFS)
Dr. Jlio Czar de Mattos Cascardo

(UESC Orientador)
"No confunda jamais conhecimento

com sabedoria. Um o ajuda a ganhar
a vida; o outro a construir uma vida."
(Sandra Carey)
A Deus por ter me capacitado e me

concedido mais uma vitria, sabendo que
muito mais ainda est porvir. A Ele todo
louvor e glria!
DEDICO
Aos meus pais, Juracy e Ftima, por todo

sacrifcio, carinho, apoio, confiana, pelas
palavras proferidas nos momentos de tanta
dificuldade. Agradeo a eles por tudo que
tenho e sou.
s minhas irms, Cntia, Thirza e Vvian por
todo incentivo e amor.
Ao meu esposo Wagner Macena por tanto
amor, compreenso, pacincia e incentivo
nos momentos mais precisos, at mesmo
quando estava distante fisicamente.
Com mor
OFEREO
ii
AGRADECIMENTOS
A Deus, que me deu fora e serenidade para persistir diante das dificuldades
e para cumprir esta jornada.
Ao meu querido orientador, Dr. Jlio Cezar de Mattos Cascardo, pela
orientao, confiana neste nosso desafio, e constante disponibilidade, presteza e
boa vontade.
A Dra Rachel Passos Rezende pela co-orientao, confiana e incentivo.
Ao Prof Dr. Joo Carlos Teixeira Dias pela importante contribuio no
desenvolvimento
deste
trabalho,
assim
tambm
pelo
estmulo
pelos
conhecimentos trocados.
Ao Mestrado em Gentica Biologia Molecular da Universidade Estadual de
Santa Cruz e Fundao de Amparo Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB),
pela oportunidade de realizao do curso e pela bolsa concedida.
Aos professores do Mestrado em Gentica e Biologia Molecular da UESC,
pelos ensinamentos.
Ao professor Carlos Priminho Pirovani pela amizade, apoio, incentivo,
disposio, mesmo em atividades extra-acadmicas, conselhos, enfim... Se
algum que desejo deixar bem clara minha gratido e satisfao pela amizade, a
voc Priminho.
Aos colegas Ramon Vidal e Cristiano Villela pela grande colaborao nos
trabalhos de bioinformtica.
Aos amigos do laboratrio de Gentica, Monitoramento Ambiental, Cultura de
Tecidos e Marcadores Moleculares pelos auxlios direto ou indireto, e pelos
momentos compartilhados.
s amigas e colegas de mestrado, em especial Carol, Lvia, Brena e Jamilly
pelo apoio, incentivo e sincera amizade.
Ao Gileno Jr. e ao Jaime Henrique pela unio e parceria, todos em busca de
um mesmo ideal, a obteno de muito resultados e o progresso da metagenmica
na UESC.
Ao Robson pelo Seqenciamento das placas de 16S e Fosmdeos.
iii
Tambm ao Antnio Carlos, o Pel! Pessoa muito prestativa, que sempre me

deu apoio e ajuda nos momentos em que precisei, naqueles de muita atividade
laboratorial.
Ao meu amorzinho, que por tanto tempo, ficou me acompanhando durante a
semana, inclusive sbados, domingos e feriados, onde saamos da UESC altas
horas, muitas vezes, tinha at que me ajudar, para que ns no ficssemos at
mesmo nas madrugadas nos laboratrios.Os experimentos pareciam que nunca iam
acabar, foi muito suor e dedicao minha, e muita pacincia e compreenso sua
meu amor.
A todos que direta ou indiretamente colaboraram na conduo deste trabalho.
iv
NDICE
EXTRATO ................................................................................................................................vii
ABSTRACT ...............................................................................................................................ix
LISTA DE FIGURAS..................................................................................................................xi
LISTA DE TABELAS................................................................................................................xiv
1. INTRODUO.......................................................................................................................1
2. REVISO BIBLIOGRFICA...................................................................................................3
2.1. Mata Atlntica................................................................................................................3
2.2. Os microrganismos e o solo ........................................................................................4
2.3. Organismos vivos e sua diversidade.................................................................7

2.4. A diversidade microbiana e os mtodos moleculares aplicados na sua deteco
.......................................................................................................................................9
2.5. Marcadores Moleculares no estudo da diversidade .......................................12
2.6. A metagenmica e a biotecnologia ................................................................14
3.METODOLOGIA.......................................................................................................18
3.1. Coleta das amostras de solo da Mata Atlntica..............................................18
3.2. Mtodos de extrao ex situ de DNA utilizados..............................................18
3.3. Clonagem do DNA para estudo da biodiversidade do solo em estudo...........20
3.3.1. Amplificao do gene 16S rDNA ............................................................20
3.3.2. Ligao do 16S rDNA ao vetor ...............................................................20
3.3.3. Transformao bacteriana .................................................................... .20
3.3.4. Coleta dos clones transformantes ..........................................................21
3.3.5. Extrao do DNA plasmidial dos clones para sequenciamento .............21
3.4. Anlise de Bioinformtica das seqncias obtidas pelo sequenciamento......21
3.4.1. Preparo das seqncias para filtrao das seqncias 16S rDNA........21
3.4.2. Diagnstico filogentico .........................................................................22
3.5. Anlise Restrio de DNA Ribossomal Amplificado (ARDRA) ......................23
3.5.1 A anlise de filogenia a partir de ARDRA ................................................24
3.6. Clonagem do DNA para estudo funcional .....................................................24
3.6.1. Identificao dos clones..........................................................................27

3.6.2. Coleta dos clones ...................................................................................27
3.6.3. Induo dos clones fosmdeos a um alto nmero de cpia ...................27
3.6.4. Extrao do DNA plasmidial dos clones para sequenciamento .............28
3.6.5. Digesto dos clones para confirmar insero dos fragmentos ..............28
3.6.6. Anlise de Bioinformtica das seqncias .............................................28
4. RESULTADOS.........................................................................................................29
4.1. Anlise fsico-qumica do solo de Mata Atlntica..................................................29
4.2 Extrao de DNA.............................................................................................29
4.3. Anlise da Biodiversidade ....................................................................................32
4.3.1 Construo da biblioteca de 16S rDNA ...................................................32
4.3.2. Sequenciamento dos clones contendo o inserto de 16S rDNA ..............33
4.3.3 Anlise de Bioinformtica das seqncias obtidas pelo sequenciamento .........33
4.4. Anlise dos dados obtidos pela anlise de ARDRA ............................................43
4.5. Confeco da biblioteca de fosmdeo com solo de Mata Atlntica ......................49
5. DISCUSSO............................................................................................................53
5.1. Microrganismos e o solo de Mata Atlntica ...............................................55
5.2. Biodiversidade bacteriana do solo de Mata Atlntica.................................55
5.3 Confeco de biblioteca fosmdeos.............................................................61
6. CONCLUSES........................................................................................................62
7. REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS........................................................................63
8. APNDICES ...........................................................................................................80
vi
EXTRATO
SILVA, Tharcilla Nascimento. Universidade Estadual de Santa Cruz, Ilhus, abril de

2007. Anlise da biodiversidade metagenmica bacteriana de um solo de Mata
Atlntica da Bahia e isolamento de DNA de alto peso molecular visando
aplicaes biotecnolgicas. Orientador: Jlio Czar de Mattos Cascardo. Coorientadora: Rachel Passos Rezende. Conselheiro: Joo Carlos Teixeira Dias.
A Mata Atlntica a segunda maior floresta tropical mida do Brasil, possui

uma importncia social e ambiental enorme. Encontra-se hoje extremamente
reduzida, sendo uma das florestas tropicais mais ameaadas do globo. Apesar de
reduzida a poucos fragmentos, a biodiversidade de seu ecossistema uma das
maiores do planeta. Muito se conhece sobre a diversidade de sua fauna e flora, mas
pouco se conhece acerca da sua diversidade bacteriana. Esse trabalho revela as
primeiras descries da diversidade bacteriana do solo de Mata Atlntica atravs de
mtodos moleculares independentes de cultivo. O DNA total dessas amostras foi
extrado e usado tanto para anlise de filogenia como para identificao de
possveis genes com aplicaes biotecnolgicas. As amostras de solo, foram
coletadas da Fazenda Caimbi, distrito de Olivena -Ilhus/BA. Para o primeiro
objetivo, usou-se o DNA total como molde em uma reao de PCR com iniciadores
universais para o gene 16S rDNA de Bacteria. O produto de PCR amplificado foi
clonado no vetor pTZ57R/T e a seqncia do gene 16S rDNA foi determinada
atravs do sequenciamento. Alm do estudo baseado em sequenciamento das
amostras, o perfil molecular da comunidade microbiana foi determinado tambm por
ARDRA, utilizando-se as enzimas AluI,HhaI e MspI, para ratificar os dados obtidos e
a eficcia de ambas as tcnicas. ARDRA se revelou um marcador promissor para
vii
comparar a comunidade microbiana presente neste solo. Com fim biotecnolgico, o

DNA total foi fisicamente fragmentado por seringa ficando entre 25-40kb e clonado
em vetores fosmdeos, conforme as instrues do fabricante do CopyControl
Fosmid Library Production Kit (Epicentre Biotechnologies) as seqncias dos clones
foram determinadas atravs de sequenciamento e comparadas em banco de dados
para anlise de similaridades com outras seqncias j descrita A comparao das
seqncias de 634 clones com o banco de dados de 16S rRNA do RDP II indicou
que o filo com maior predominncia foi o de Proteobacteria nas amostras de solo
com 59,9% das seqncias. O segundo filo com maior predominncia foi o de
Firmicutes com 29,4% das seqncias. Tambm foram encontrados representantes
do filo Planctomycetes. Alm disso, aproximadamente 5% das seqncias no
apresentaram similaridade com seqncias de 16S rDNA de bactrias conhecidas e
no foram classificadas. Quanto a identificao de genes com aplicao
biotecnolgica, foram identificadas duas enzimas de interesse nesta era.
Palavras-chave: Fosmdeos, metagenmica, biotecnologia, diversidade bacteriana,

16S rDNA.
viii
ABSTRACT
SILVA, Tharcilla Nascimento. Universidade Estadual de Santa Cruz, Ilhus, 30 de

abril de 2007. Metagenomic bacterial biodiversity of an Atlantic Forest soil and
high molecular weight DNA isolation aiming biotechnological aplications.
Advisor: Jlio Czar de Mattos Cascardo. Co-advisors: Rachel Passos Rezende.
and Joo Carlos Teixeira Dias.
The Atlantic Forest is the second largest tropical humid Brazilian forest,
possessing a high social and environmental role. It is currently reduced and is
considered one of the most threatened tropical forests of the globe. Despite being
reduced to few fragments, its biodiversity is one of the largest of the world. A lot is
known about its fauna and flora, but few is known about its soil bacterial diversity.
This work reveals one of the first descriptions of Atlantic Forest bacterial soil
diversity, independent of cultivation. Total DNA from soil samples was extracted and
used for phylogenetic studies and to search for new genes with biotechnological
application. Soil samples were collected at Caimbi Farm, district of Olivena, Ilhus,
Bahia. Initially the DNA was used as a template in a PCR, using 16S rDNA universal
bacterial primers. The PCR product was cloned in a vector (pTZ57R/T) and the
isolated clones were sequenced. In parallel to the high throughput sequencing, the
16S molecular profile of the microbial diversity was accessed by ARDRA in order to
ratify the obtained data and confirm the efficacy of both techniques. ARDRA
revealed to be an promising marker to compare the microbial community present in
this soil. For biotechnological purposes, soil DNA was physically fragmented to a
size ranging from 25-40 Kbp, and cloned in fosmids (CopyControl Fosmid Library
Production Kit (Epicentre Biotechnologies). The sequences of the obtained clones
ix
were determined by fosmid end-sequencing and compared by BlastX with Gen

Bank. The comparison of the 634 valid sequences against the 16S rRNA from RDP
II indicate that the predominant phylum was that of the Proteobacteria with 59.9 % of
the sequences. The second largest phylum was that of the Firmicute, with 29.4% of
the sequences. It was also found representatives belong to the phylum
Planctomycetes. Furthermore, approximately 5% of the sequences didnt show any
similarity with known 16S rDNA bacterial sequences and, or were not classified.
Despite the difficulties to sequence the fosmid ends, two genes with possible
biotechnological applications were already identified.
Key words: Fosmids, metagenomics, biotechnology, bacterial diversity, 16S rDNA.
LISTA DE FIGURAS
Figura 1. Diviso dos 5 reinos segundo a taxonomia Lineana..................................8
Figura 2. Representao filogentica da diversidade de organismos vivos,

evidenciando a abrangncia dos principais grupos de microrganismos ...................9
Figura 3. Modelo da estrutura secundria do 16S E 18S rRNA..............................14
Figura 4. Diagrama da estratgia de busca e descoberta de produtos microbianos

atravs da clonagem e expresso do DNA extrado diretamente da amostra
ambiental.................................................................................................................17
Figura 5. Descrio esquemtica do processo utilizado na anlise das distncias

filogenticas das seqncias 16S ..........................................................................24
Fig. 6. Mapa do vetor pCC1FOS............................................................................27

Figura. 7. Viso geral da construo de biblioteca de fosmdeo utilizando o sistema
CopyControl, e subseqente induo dos clones um alto nmero de cpia
..................................................................................................................................28
Figura 8. Mtodos de extrao de DNA de solo de Mata Atlntica. Tubo esquerdo:

mtodo A; Tubo direito mtodo B .......................................................................32
Figura 9. Eletroforese em gel de agarose 0,8%. Da esquerda para direita:

marcador de Alto Peso Molecular (8-48 kb); DNA extrado pelo mtodo A; DNA
extrado pelo mtodo B ...........................................................................................32
xi
Figura 10. Produto de PCR do 16S rDNA obtidos pelo mtodo B e pelas
purificaes 1 e 2 ....................................................................................................33
Figura 11. Eletroforese em gel de agarose 0,8%, mostrando DNA total e DNA total
digerido.....................................................................................................................34
Figura 12. Eletroforese em gel de agarose 1,0 %, mostrando extrao de DNA

plasmidial (miniprep) de alguns clones da biblioteca de 16S.rDNA.........................35
Figura 13. Classificao dos filos identificados no domnio Bactria.......................36
Figura 14. Distribuio das classes do filo Gammaproteobacteria..........................37
Figura 15. Distribuio dos gneros encontrados...................................................38
Figura 16. Dendograma mostrando a distribuio e as distncias filogenticas dos

microrganismos, os clones esto identificados como PxxNxx, onde Pxx a
identificao da placa e Nxx o identificador do clone na placa ...............................44
Figura 17. PCR 16S rDNA da placa 04 (PL04). Mostrando o fragmento de

aproximadamente 1500pb........................................................................................45
Figura 18. Eletroforese em gel de agarose 2,0%. Produtos de ARDRA da

comunidade bacteriana do solo de Mata Atlntica amplificados com os iniciadores
27F e 1525R, e digeridos com: Enzima de restrio AluI - poro baixa do gel,
digesto com a enzima HhaI poro intermediria e MspI poro inferior. Nas
extremidades ladder de 100 1000pb.....................................................................46
extremidades ladder de 100 1000pb.....................................................................47
xii

extremidades ladder de 100 1000pb......................................................................47
Figura
21.
Dendograma
gerado
pelo
NTSYS,
segundo
dados
obtidos
por
ARDRA...................................................................................................................................50
Figura 22. Dendograma gerado pelo DNAMLK, segundo dados obtidos pelo
sequeciamento..........................................................................................................50
Figura 23. Eletroforese em gel de agarose de 0,8%, mostrando o DNA de alto peso
molecular obtido pela metodologia desenvolvida. M marcador, 1-3 extraes
independentes de DNA de solo de Mata Atlntica ...................................................51
Figura 24. Eletroforese em gel de agarose 1% a 33% por 16h, obtido a partir da
fragmentao do DNA de alto peso molecular para posterior clonagem no vetor
pCC1FOSTM (Epicentre Biotechnologies) ..............................................................52
Figura 25. Eletroforese em gel de agarose 1% a 50V por 12h. Digesto de alguns
clones de fosmdeo com as enzimas de restrio EcoRI e HindIII. Essas enzimas
liberam o clone inteiro (aproximadamente 8kb) e, caso ele tenha algum stio interno
para essas enzimas, outros fragmentos conforme mostrado nas canaletas 2, 3, 13 e
14. A seta vermelha indica a liberao do vetor pCC1FOSTM (Epicentre
Biotechnologies)........................................................................................................52
Figura 26. Resultados de BLAST-X de seqncias de pontas de fosmdeos,

indicando que efetivamente foram clonados fragmentos de DNA metagenmico de
solo de Mata Atlntica...............................................................................................54
xiii
LISTA DE TABELAS
Tabela 1. Nmeros de clulas microbianas associadas a diferentes tipos de solos

....................................................................................................................................7
Tabela 2. Genes funcionais e enzimas derivados de metagenoma recentemente

descobertos, com potencial em aplicaes industrial e farmacutica ......................18
Tabela 3. Composio qumica e fsica do solo de Mata Atlntica ..........................31
xiv
1. INTRODUO
A Mata Atlntica considerada uma das grandes prioridades para a

conservao de biodiversidade em todo o continente americano, contudo sua
cobertura florestal atual encontra-se reduzida a cerca de 7,6% da rea original, que
ocupava uma extenso de aproximadamente 1.306.421 km2. Sendo um dos 25
centros de biodiversidade reconhecidos no mundo, j perdeu mais de 70% de sua
cobertura vegetal original, contudo estes centros de biodiversidade juntos, abrigam
mais de 60% de todas as espcies terrestres do planeta (MYERS et al., 2000). Este
rico complexo bitico de natureza florestal encontra-se distribudo por mais de 17
estados brasileiros. Apesar da devastao acentuada, este Bioma ainda contm uma
parcela significativa da diversidade biolgica do Brasil, com altssimos nveis de
endemismo (MARTINI et al., 2007) A poro do Nordeste brasileiro, entre os rios
Jequitinhonha e Contas, concentra a parcela mais significativa da diversidade deste
Bioma, sendo considerada por alguns ambientalistas como um dos principais centros
de endemismo da Mata Atlntica. Seus remanescentes regulam o fluxo dos
mananciais hdricos, asseguram a fertilidade do solo, controlam o clima, protegem
escarpas e encostas das serras, alm de preservar um patrimnio histrico e cultural
imenso.
Os microrganismos podem existir em uma grande variedade de habitats,
incluindo ambientes quentes, abissais, bastante frios e reas quimicamente
contaminadas (WHITMAN et al., 1998).
O solo por ser um ambiente muito complexo, considerado o principal
reservatrio da diversidade microbiana (BERTRAND et al., 2005). Cerca de um
grama de solo deve conter cerca de 10 bilhes de microrganismos individuais,
representando milhares de espcies (ROSSEL-MORA; AMANN, 2001). A maior
parte da diversidade bacteriana na natureza desconhecida. Estima-se que menos
de 10% dos microrganismos existentes no planeta tenham sido caracterizados e

descritos (STALEY, 1998). Estimativas atuais mostram que o nmero de espcies de
procariotos incultivveis em um grama de solo muito mais significativo que o
nmero de espcies de procariotos cultivveis (TORSVIK et al., 2002), e estes
microrganismos incultivveis, eram at pouco tempo atrs inacessveis aos
pesquisadores.
Em meados de 1980, a anlise direta de seqncias de gene rRNA mostrou
que a maioria dos microrganismos no-cultivveis presentes em um ambiente no
so capturados por mtodos tradicionais de cultivo (HANDELSMAN, 2004). J em
1990, com o advento das tcnicas de biologia molecular, mais especificamente da
PCR (Reao em Cadeia da Polimerase), tornou-se possvel o estudo de organismos
procariotos de um determinado ambiente que ainda no so possveis de serem
cultivados e, o nmero de espcies descrito na literatura vem crescendo nos ltimos
anos.
Esta nova metodologia baseada na anlise direta do DNA da amostra
ambiental, no s fornece informaes em nvel de filogenia da comunidade
microbiana, como oferece a oportunidade de capturar operons ou genes que
participam de ciclos que podem dirigir a sntese de molculas complexas, como
antibiticos, e genes responsveis pelas mais diversas funes, como por exemplo,
genes envolvidos em novas vias metablicas, enzimas, genes com atividades
antimicrobianas, dentre outros (ESCALANTE-LOZADA et al., 2006).
Diante desta situao, este trabalho objetivou clonar DNA diretamente de
amostra ambiental, para fazer um estudo inicial da biodiversidade bacteriana presente
em um solo da Mata Atlntica, atravs da construo de bibliotecas de rDNA 16S,
assim como tambm, com DNA de alto peso molecular, identificar novos
genes/enzimas, envolvidos na rota de produo de antibiticos e outros compostos,
oriundos de microrganismos que habitam este solo, atravs da construo de
bibliotecas genmicas utilizando vetores fosmdeos.
2. REVISO BIBLIOGRFICA
2.1 Mata Atlntica

Na poca do descobrimento do Brasil, a Mata Atlntica brasileira ocupava
praticamente toda a costa brasileira, formando um manto de cobertura florestal desde
o Rio Grande do Sul at o Rio Grande do Norte, distribudo por mais de 17 estados
brasileiros, com amplas extenses para o interior do pas, cobrindo cerca de 1,3
milho de quilmetros quadrados. Considerada um dos 25 centros de biodiversidade
reconhecidos no mundo. Sendo estes centros, reas que perderam pelo menos 70%
de sua cobertura vegetal original, mas que, juntas, abrigam mais de 60% de todas as
espcies terrestres do planeta (MYERS et al., 2000), considerado o bioma mais rico
em biodiversidade do planeta e declarada pela UNESCO como Reserva da Biosfera,
um verdadeiro Patrimnio da Humanidade. O valor da biodiversidade da Mata
Atlntica incalculvel pelo potencial que esse manancial possui para o benefcio do
homem, do meio ambiente e do uso sustentvel da agricultura e pecuria nas regies
tropicais.
Atualmente restam apenas cerca de 7% da cobertura original da floresta, tendo
sido inclusive identificada como a quinta rea mais ameaada e rica em espcies
endmicas do mundo (GALINDO-LEAL; CMARA, 2005), e considerada a mais velha
floresta do planeta (www.cepf.net/xp/cepf/static/pdfs/Final.AtlanticForest.EP.pdf). A
poro do Nordeste brasileiro que concentra a parcela mais significativa deste Bioma
encontra-se entre os rios Jequitinhonha e Contas, sendo esta regio considerada por
alguns ambientalistas como um dos principais centros de endemismo da Mata
Atlntica, bastante rica em biodiversidade, sendo uma das mais importantes para a
conservao da biodiversidade global. Alm das inmeras espcies de plantas, a
Mata Atlntica abriga diversas espcies de microrganismos, animais, peixes, insetos,

aracndeos e crustceos, dentre outros, de significativa importncia para o
ecossistema, para a cincia e para a vida humana.
As bactrias e archaeas representam dois teros da vida no planeta e, no
entanto, menos de 1% das espcies so conhecidas. Grande parte desta diversidade
est nas comunidades microbianas do solo que at pouco tempo atrs eram
inacessveis aos pesquisadores.
Conservados adequadamente e explorados de maneira sustentvel, esses
recursos
biolgicos
podero
servir
como
fonte
inesgotvel
de
alimentos,
medicamentos, fitoterpicos, celulose, polmeros diversos, enzimas, genes e produtos

gnicos.
Atravs das ferramentas modernas da biotecnologia, essa biodiversidade pode
ser explorada e utilizada no isolamento e caracterizao bioqumica de novos
compostos com propriedades fsicas, qumicas e, ou biolgicas, de interesse
econmico, como na produo de antibiticos, bioinseticidas, enzimas, cidos graxos
termoestveis e produtos biotecnolgicos diversos.
2.2 Os microrganismos e o solo

A biosfera dominada por microrganismos (WHITMAN et al., 1998; RONDON
et al., 2000), muitos deles ainda no estudados (RONDON et al., 2000). A diversidade
de microrganismos to vasta quanto desconhecida. Os microrganismos vm
evoluindo a aproximadamente 4 bilhes de anos, e at 2 bilhes de anos atrs eram
a nica forma de vida na Terra (WARD, 1998b). A diversidade bacteriana
inigualvel dentro do mundo biolgico.
Os estudos com microrganismos tiveram incio em 1673, com Van
Leeuwenhoek, contudo s ganharam impulso em 1857, com os estudos de Louis
Pasteur em 1870. Suas descobertas forneceram ferramentas para o desenvolvimento
da taxonomia e gentica bacterianas (KELLER; ZENGLER, 2004). Avanos
significativos, no entanto, podem ser notados a partir da segunda metade do sculo
XIX (TORTORA et al., 2000).
O solo um ambiente muito complexo, considerado o principal reservatrio da
diversidade microbiana (BERTRAND et al., 2005). O solo um ambiente
heterogneo, composto por fases slida, lquida e gasosa (SMILES, 1988). A fase
slida formada por substncias inorgnicas (areia, silte e argila) e materiais

orgnicos (cidos hmicos, ligninas, hemicelulose, celulose, amido, pectina, lignina,
lipdeos, etc.). A fase lquida compreende a poro do solo, onde se encontram em
suspenso elementos qumicos e molculas solveis. A fase gasosa, representada
pelos gases que circulam entre as partculas do solo, originria de processos
bioqumicos, como a respirao.
Um grama de solo pode conter 10 bilhes de microrganismos, representando
milhares de espcies (ROSSEL-MORA; AMANN, 2001). Segundo CURTIS et al.
(2002), a maior parte da diversidade de bactrias na natureza desconhecida, mas
atravs de comparao, os oceanos foram estimados em apresentar at 2 milhes de
espcies, considerando que uma tonelada de solo deve conter 4 milhes de espcies.
Estimativas atuais de espcies de procariotos incultivveis em um grama de solo
variam de cem a quase nove ordens de magnitude maior que estimativas baseadas
em procariotos cultivveis (TORSVIK et al., 2002). Com base nesta estimativa,
DYKHUYZEN (1998) especulou que devem existir 10 bilhes de espcies de
bactrias na Terra. Representando esta, uma proporo significativa de toda a
diversidade evolutiva (WOESE, 1987; WOESE et al., 1990).
Os solos executam uma gama de funes que, direta ou indiretamente,
sustentam a populao humana do mundo. Eles possuem uma importncia vital na
produo de alimentos e como reservatrios de gua. No aspecto global os solos
atuam, por exemplo, estocando grande parte do carbono do planeta (duas vezes mais
o que existe na atmosfera), tamponando e filtrando grande parte dos poluentes e
tambm como os principais mediadores dos ciclos biogeoqumicos (ODONNELL;
GRRES, 1999).
As partculas do solo so organizadas estruturalmente de forma que produz um
habitat espacialmente heterogneo para os microrganismos caracterizados por
diferentes substratos, nutrientes, concentrao de oxignio, contedo de gua e
valores de pH (LADD et al., 1996). O solo se distingue de outras formaes
geolgicas justamente por apresentar sua atividade biolgica, principalmente devido
diversidade de microrganismos que nele existem (VARGAS; HUNGRIA, 1997). Os
microrganismos constituem uma interface biolgica com os ambientes fsicos e
qumicos da Terra, seja atuando diretamente em processos como a mineralizao da
matria orgnica ou indiretamente, atravs de simbioses como na fixao de
nitrognio (ODONNELL; GRRES, 1999).
5
A composio de comunidade microbiana tem demonstrado variar conforme o

uso do solo (BORNEMAN; TRIPLETT, 1997; NUSSLEIN; TIEDJE, 1999), espcies de
planta (MARSCHNER et al., 2001; KUSKE et al., 2002), prtica de crescimento
agrcola (MCCAIG et al., 1999; BUCKLEY; SCHMIDT, 2001), temperatura (WARD et
al., 1998), quantidade de nutrientes (BROUGHTON; GROSS, 2000), salinidade
(NUBEL et al., 2000), contaminao com poluente (MULLER et al., 2001), predao
(JURGENS; MATZ, 2002) e outras variveis ambientais (Tabela 1).
A reduo da diversidade microbiana no solo pode ser um importante indicador
da perda de equilbrio e, por conseqncia, da qualidade do solo. A abundncia de
algumas espcies de microrganismos parece no ser to importante quanto a
manuteno da diversidade, uma vez que a abundncia reflete de forma mais
imediata a flutuao microbiana de curto prazo e a diversidade revela o equilbrio
entre os diversos organismos e os domnios funcionais no solo (KENNEDY, 1999;
LAVELLE, 2000).
Novas atividades microbianas no solo tm sido descobertas gerando novos
conceitos nos ciclos do carbono, nitrognio, ferro, mangans e permitindo especular a
existncia de novos ciclos biogeoqumicos como o ciclo do fosfato, por exemplo
(KELLER; ZENGLER, 2004).
Tabela 1 - Nmeros de clulas microbianas associadas a diferentes tipos de solos
Nmero de clulas microbianas por cm em diferentes ambientes. Os dados apresentados so

extrapolaes de resultados obtidos por microscopia de fluorescncia (adaptado de TORSVIK, 2002)
2.3 Organismos vivos e sua diversidade

O sistema de classificao tradicional conhecido como taxonomia Lineana,
que inclui conceitos como a estruturao em nveis e a nomenclatura binomial. Ela
baseada em dados morfolgicos e fisiolgicos, e todas as formas de vida na Terra
podem ser classificadas em 5 reinos: Animalia, Plantae, Fungi, Protista e Monera (
Figura 1). Sendo a vida tambm dividida em dois tipos fundamentais: aqueles que
possuem uma membrana nuclear (eucariotos) e aqueles que no a possuem
(procariotos), de modo que a maior diversidade da vida na terra era devida aos
Eucariotos.
WOESE et al. (1990) propuseram que a classificao dos seres vivos fosse
substituda por um esquema baseado em trs reinos ou domnios (Bacteria, Archaea
e Eukarya) (Figura 2), sendo os dois primeiros exclusivamente microbianos e
compostos por clulas procariticas. O terceiro domnio (Eukarya) engloba todos os
organismos eucariotos, incluindo os fungos, as microalgas e os protozorios. Para
esta classificao WOESE et al. (1990) utilizaram as comparaes de seqncias de
16S e 18S rRNA propondo assim uma nova classificao universal para a grande
diversidade de vida na Terra. Os procariotos eram considerados simples, primitivos e
relativamente uniformes em suas caractersticas (HUGENHOLTZ; PACE, 1996). Pela
primeira vez uma proposta completa de classificao foi feita baseada em dados
moleculares e no morfolgicos.
A partir de ento muitos pesquisadores vm descobrindo que o domnino
Bacteria possui muito mais filos do que Woese descreveu, em sua proposta inicial
(WOESE, 1987) e muitos representantes destes filos, sendo incultivveis (DELONG;
PACE, 2001). Contudo, mais recentemente, RAPP; GIOVANNONI (2003), tambm
utilizando seqncias 16S rDNA amplificados de DNA total de diversos ambientes,
aumentaram esse nmero para 52 filos.
Estima-se que menos de 10% dos microrganismos existentes no planeta
tenham sido caracterizados e descritos (STALEY, 1998). Embora sejam menos
estudados, muitos grupos de microrganismos so essenciais para a sobrevivncia
das formas de vida na Terra (HAMOND, 1995). O nmero de espcies microbianas
cresce a cada ano, sendo descritos mais de 47.000 fungos, 30.000 protozorios,
26.000 algas, 5.000 bactrias e 1.000 vrus (WILSON, 1998; ROSSELL-MORA;
AMMAN, 2001) . As bactrias e arqueas representam dois teros da vida no planeta

e, no entanto, menos de 1% das espcies so conhecidas. Grande parte desta
diversidade est nas comunidades microbianas do solo que at pouco tempo atrs
eram inacessveis aos pesquisadores.
Figura 1- Diviso dos 5 reinos seguindo a taxonomia Lineana (Whittaker, 1969)
Figura 2 - Representao filogentica da diversidade de organismos vivos, evidenciando a

abrangncia dos principais grupos de microrganismos.
Os microrganismos podem existir em uma grande variedade de habitats,

incluindo ambientes quentes, abissais, bastante frios e reas quimicamente
contaminadas (WHITMAN et al., 1998).
A diversidade microbiana um componente crucial para o funcionamento dos
ecossistemas naturais porque existe a necessidade da manuteno de processos
ecolgicos como a decomposio da matria orgnica, alterando a disponibilidade de
nutrientes para as plantas, controle de patgenos, alm de influenciar as
propriedades fsicas do solo, como a estabilidade dos agregados (KENNEDY, 1999).
Em virtude de sua longa histria evolutiva e da necessidade de adaptao aos
ambientes mais distintos, os microrganismos acumularam uma impressionante
diversidade gentica, que excede, em muito, a diversidade dos organismos
eucariotos (HUGENHOLTZ et al., 1998a).
Os microrganismos que vivem no solo e em plantas promovem transformaes
que exercem efeitos diretos e indiretos na produtividade e na qualidade dos produtos
agrcolas. O conhecimento desses processos e seus efeitos so essenciais para o
manejo apropriado do meio ambiente, como fonte para o crescimento e para o uso
racional dos recursos naturais.
2.4 A diversidade microbiana e os mtodos moleculares aplicados na sua

deteco.
Em termos moleculares, a diversidade caracterizada pelo nmero de

diferentes tipos de seqncias de DNA encontradas no ambiente (LIESACK et al.,
1997).
Estudos filogenticos baseados em seqncias do 16S rDNA mostram, por
exemplo, que a distncia filogentica entre dois grupos de bactrias haloflicas e
espiroquetas 2,5 vezes maior que a distncia entre os animais e as plantas, que
so classificados em reinos diferentes (WOESE et al., 1990; HUGENHOLTZ et al.,
1998b7y). Sendo assim, os microrganismos representam o repertrio mais rico em
diversidade qumica e molecular na natureza, constituindo a base de processos
ecolgicos, alm de manterem relaes vitais entre si e com os organismos
superiores (HUNTER-CEVERA, 1998).
Em funo do paradigma cientfico que exigia que os organismos fossem

estudados in vitro (LAVELLE, 2000; BULL et al., 2000) at h pouco tempo, a
deteco e identificao de microrganismos em amostras ambientais eram realizadas
atravs de seu isolamento em meios de cultura (TORSVIK; OVREAS, 2002). Esta
tcnica identificava poucos indivduos porque o meio de cultura , em maior ou menor
grau, seletivo para um ou outro grupo de microrganismo. Por outro lado, as contagens
de clulas por microscopia refletem apenas uma avaliao quantitativa da populao
microbiana, sendo pouco informativas sobre a diversidade dos organismos em uma
amostra (ZAK et al., 1994; ROSADO, 2000).
Em 1980, Torsvik publicou o primeiro protocolo de extrao de DNA de
amostra de solo. Resultados de estudos moleculares de solos, ambientes marinhos e
comunidades de ambientes extremos, tm demonstrado que populaes de
microrganismos isoladas em cultivo a partir de amostras destes habitats no
representam necessariamente os organismos dominantes nos ambientes naturais
(HUNGENHOLTZ et al., 1998a). Uma das razes para esta discrepncia o fato de
que os mtodos de cultivo tradicionalmente utilizados em laboratrio, no
representam as condies encontradas em ambientes naturais e tendem a selecionar
microrganismos de crescimento rpido, adaptados ao meio de cultivo utilizado.
A maioria dos microrganismos em amostras ambientais no pode ser
detectada atravs da microscopia convencional, pois eles aderem s partculas de
solo tornando-se invisveis. Atualmente os especialistas reconhecem que apenas
uma pequena frao dos microrganismos que ocorre na natureza foi at agora
isolada e caracterizada (TORVISK et al., 1990). At o presente momento dependendo
do hbitat estudado, menos de 0,1% e no mximo 10% das espcies microbianas
tm sido estudadas (ROSSELMORA; AMMAN, 2001). Uma provvel explicao
que at pouco tempo atrs, os microrganismos tinham que ser cultivados para serem
estudados (PACE, 1985) e, alm disso, o seu tamanho microscpico e a freqncia
de ocorrncia das populaes, a sazonalidade, e em muitos casos, a dependncia de
hospedeiros e/ou substratos especficos para sua sobrevivncia e multiplicao eram
tambm limitaes importantes (TORSVIK; OVREAS, 2002).
Associado a descoberta de que a maioria dos microrganismos presentes no
ambiente no so capturados por mtodos tradicionais de cultivo (HANDELSMAN,
2004), melhorias nos mtodos de isolamento e sequenciamento de DNA ambiental,
conduziram a um crescimento no estudo da gentica de populaes microbiana, e ao
10
surgimento do termo metagenmica (HANDELSMAN et al., 1998). O qual se refere a

anlise direta de amostra ambiental, sem cultivo prvio.
A revoluo genmica, em 1990, tinha como alvo estudo de genomas
individuais de microrganismos, plantas e animais. Enquanto que atualmente, realizase a anlise de misturas complexas de microrganismos, incluindo a compreenso da
extenso e do papel da diversidade microbiana, sendo o contedo de taxonomia de
uma determinada amostra normalmente calculado atravs da comparao com
bancos de dados que apresentam sequncias conhecidas (HUSON et al., 2007).
Com o advento das tcnicas de reao em cadeia da polimerase (PCR) (SAIKI
et al., 1988) e seqenciamento de DNA (SANGER et al., 1977), os mtodos
moleculares, especialmente aqueles baseados no estudo da seqncia do 16S rDNA,
tm sido muito teis na descoberta de novos microrganismos. Tornou-se possvel o
estudo de organismos procariotos de um determinado ambiente que ainda no so
possveis de serem cultivados, e que representam mais do que 99% dos organismos
em alguns ambientes (AMANN et al., 1995). Esse acesso edificou-se em avanos
recentes da genmica microbiana, na reao em cadeia da polimerase (PCR), e na
clonagem de genes conservados, como 16S rRNA, nif, recA, diretamente a partir de
amostras ambientais (PACE et al., 1985).
Para obteno da anlise estrutural e da diversidade microbiana, o
fingerprinting desta comunidade baseado no mtodo de extrao de cidos
nuclicos diretamente de amostras ambientais, seguido de amplificao por PCR dos
genes 16S rDNA, em bactrias, e 18S rDNA, para fungos (GOMES, 2003;
DUINEVELD et al., 1998; LIU et al., 1997; LEE et al., 1996; MUYZER et al., 1993) e
posteriormente caracterizado atravs da clonagem e seqenciamento ou ento
analisado por eletroforese, por meio das tcnicas de Anlise de Restrio de DNA
Ribossomal Amplificado (ARDRA), Polimorfismo do Tamanho do Fragmento de
Restrio Terminal (T-RFLP), RAPD (Amplificao Aleatria de DNA Polimrfico),
Anlise do Espao Ribossomal Intergnico (RISA), Eletroforese em Gel com
Gradiente Desnaturante (DGGE), Eletroforese em Gel de Gradiente de Temperatura
(TGGE) e Polimorfismo Conformacional de Fita Simples (SSCP) (RANJARD et al.,
2000; KOZDRJ; ELSAS, 2001).
11
2.5 Marcadores Moleculares no estudo da diversidade

Atualmente, anlises comparativas da estrutura primria dos genes de rRNA
transformaram a taxonomia microbiana de um simples sistema de identificao para
um sistema estruturado de sistemtica, baseado na histria evolutiva dos organismos
(OLSEN et al., 1994). Estudos da evoluo e ecologia dos microrganismos so
centralizados nas seqncias de genes rRNAs.
Os primeiros autores a sugerirem o uso do gene 16S rDNA como um marcador
molecular para o estudo de populaes microbianas em amostras ambientais,
independente do seu cultivo foram PACE et al. (1986).
A anlise de restrio do DNA ribossomal amplificado (ARDRA) tem sido muito
utilizada para estudar as comunidades microbianas em diferentes tipos de solo e
tambm quando se deseja acessar de maneira rpida alteraes genotpicas atravs
do tempo ou entre locais diferentes, refletindo diferentes condies ambientais. O
mtodo se baseia no princpio de que os stios de restries, existentes no operon de
rRNA, so relativamente conservados e refletem padres filogenticos avaliando,
diferenas entre grupos filogenticos dominantes presentes na comunidade, assim
so feitas investigaes de parte da seqncia do DNA, notadamente o gene 16S
rDNA, em bactrias, e 18S rDNA, para fungos, que amplificado por PCR e
posteriormente caracterizado atravs de anlise de subseqentes digestes com
enzimas de restrio, obtendo-se assim, um perfil da comunidade microbiana
(NSSLEIN; TIEDJE, 1999; PETERS et al., 2000).
Os RNAs ribossmicos e outros genes centrais envolvidos na transferncia de
informaes, aparentemente no sofreram uma extensa transferncia lateral,
produzindo a mais coerente base para entender e inter-relacionar os principais ramos
evolutivos da rvore da vida (OCHMAN et al., 2000).
A escolha do 16S rDNA decorreu do fato dele apresentar todas as
caractersticas necessrias a um marcador molecular ideal: possui uma distribuio
universal, estrutura e funo conservadas entre os taxa e um tamanho suficiente que
permita o aparecimento de divergncias na seqncia. Alm disso, sua estrutura
primria possui uma alternncia entre regies mais e menos conservadas permitindo
a investigao de um amplo espectro de distncias filogenticas (LUDWIG;
SCHLEIFER, 1994).
12
O gene 16S rRNA uma das molculas que compe, juntamente com outras
21 protenas, a subunidade menor do ribossomo nos domnios Bactria e Archaea. O
16S rRNA possui tambm 9 regies variveis, alternadas com regies conservadas,
denominadas de V1 a V9 (Figura 3). Estas regies podem, juntamente com as
regies das hlices, serem utilizadas para determinao de filogenia (WOESE et al.,
1983; DAMS et al.,1988). Pesquisas demonstraram que os stios nucleotdicos mais
variveis possuem uma taxa de substituio at sete mil vezes maior do que aqueles
com a menor taxa de substituio e tambm que existem bases em certas posies
que so absolutamente conservadas entre diferentes filos bacterianos (VAN DER
PEER et al.,1996).
Figura 3. Modelo da estrutura secundria do 16S e 18S rRNA:

As hlices so numeradas de acordo com a ocorrncia a partir da extremidade 5 (seta preta).
- Hlices caracterizadas apenas por nmeros so caractersticas de procariotos e eucariotos.
- Hlices cujo nmero precedido por P so exclusivas de procariotos.
- Hlices que apresentam nmeros hifenados representam bifurcaes de uma hlice principal. - As
linhas mais escuras representam regies mais conservadas e as linhas mais finas representam regies
variveis (V1 a V9).
- A seqncia do 16S rRNA domnio Archaea segue o mesmo padro geral de Bacteria com exceo
da hlice 35 que no ramificada.
- Procariotos no possuem V4.
- Hlices em linha pontilhada so consideradas raras. (Modelo reproduzido a partir de DAMS et al.,
1988).
13
2.6 A metagenmica e a biotecnologia

O dilema da incapacidade para cultivar a vasta maioria dos microrganismos
presentes na maioria dos nichos microbianos (AMANN, et al., 1995) forou cientistas
a desenvolverem mtodos para explorar os genomas destas bactrias por
biotecnologia sem cultivo prvio (WOLFGANG, et al., 2004). As novas tcnicas
evidenciaram a enorme diversidade gentica de bactrias presentes em apenas 1
(um) grama de solo. Este novo e excitante campo da pesquisa coletivamente
denominado Metagenmica e a chave da tecnologia tem sido resumida na publicao
de SCHMIDT et al.(1991).
Enquanto as amplificaes por PCR requerem um conhecimento prvio da
seqncia do gene para o desenho dos primers para a amplificao, a extrao direta
e clonagem de DNA podem teoricamente acessar genes com qualquer seqncia ou
funo. A clonagem direta oferece a oportunidade de capturar operons ou genes que
participam de ciclos que podem dirigir a sntese de molculas complexas, como
antibiticos.
Esta nova metodologia no s fornece informaes em nvel de filogenia da
comunidade microbiana, que importante para o seu entendimento ecolgico, mas
tambm possibilita o isolamento de novos genes responsveis pelas mais diversas
funes, como por exemplo, genes envolvidos em novas vias metablicas, enzimas,
genes com atividades antimicrobianas, elementos de regulao gnica, genes
responsveis por patogenicidade e resistncia a antibiticos provenientes em sua
maioria de microrganismos no cultivveis (ESCALANTE-LOZADA et al., 2006).
A importncia da metagenmica para a biotecnologia torna-se bvia se
considerar que em 1 g de solo pode conter mais de 10.000 diferentes espcies
(TORSVIK et al., 2002). Todavia, 98,0 99,0% dos microrganismos presentes neste
nicho microbiano no podem ser cultivados com tecnologias disponveis atualmente
(ELLIS et al., 2003). Recentemente esto listadas no National Center for
Biotechnology Information (NCBI) 152 sequenciamentos completos de genomas de
procariotos (WOLFGAN, 2004). Se um gene coberto consiste de 103 pbs, 1 g de solo
deve conter mais de 6,1 x 1010 pbs, representando cerca de 6,1 x 107 genes. Este
nmero excede, por no mnimo, duas ordens de magnitude o nmero total de genes
seqenciados de genomas bacterianos cerca de 10 anos atrs. Tal clculo simples
14
pode fornecer uma impresso do nmero total de genes que resta para ser
descoberto pela metagenmica.
Duas metodologias tm sido utilizadas para obter informaes a partir de
bibliotecas metagenmicas: uma baseada na funo induzida, na qual bibliotecas
metagenmicas so inicialmente classificadas avaliando-se uma caracterstica
fornecida, e uma outra baseada na seqncia induzida, na qual bibliotecas so
classificadas por uma seqncia particular de DNA.
Nas ltimas dcadas crescente o nmero de bactrias patognicas tanto
para humanos como para outros animais que apresentam multi-resistncia a drogas
sendo que, em alguns casos, foi constatada a existncia de bactrias resistentes a
todas as drogas antimicrobianas hoje disponveis para o tratamento. Dentro deste
grupo
de
bactrias
multi-resistentes
pode-se
citar
Staphylococcus
aureus,
Enterococcus sp, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter

cloacae, Mycobacterium tuberculosis, Salmonella entrica, Shigella spp. entre outros.
A aplicao da metagenmica nestes casos se faz bastante til, j que tem grande
possibilidade de encontrar novas protenas com potencial antimicrobiano. As
aplicaes da metagenmica so teis nos mais diversos campos da indstria (Figura
4).
H uma evoluo continuada de resistncia aos antibiticos em nveis nacional
e internacional. Alm de tentar limitar a expanso de resistncia, existem consensos
crescentes que a exigncia base o desenvolvimento de novos antibiticos para
ajudar a reparar o dano contra os antibiticos disponveis. (CHRISTOPHER et al.,
2004). Existe, portanto a necessidade urgente da busca de novas drogas
antimicrobianas.
Antibiticos e enzimas esto entre as recentes descobertas da metagenmica
(PATRICK; JO, 2003). Atualmente o refinamento de novos mtodos que enriquecem
o conhecimento de genes acelera a descoberta de molculas teis (UCHIYAMA et al.,
2005).
O isolamento dos antibiticos turbomicina A e B, a partir de biblioteca
metagenmica, construda de DNA oriundo de microrganismos do solo foi
demonstrado por GILLESPIE e colaboradores (2002). Os resultados demonstraram o
sucesso da expresso heterloga de DNA extrado diretamente a partir do solo, como
um meio de acessar previamente pequenos compostos orgnicos no caracterizados,
15
servindo como exemplo de um caminho para a gerao/identificao de novas

estruturas qumicas.
Os microrganismos de solo tm sido uma grande fonte de produtos naturais,
estabelecendo industrialmente, antibiticos importantes bem como esto sendo
utilizados como substncias biocatalticas (ROLF, 2004).
Em recentes estudos, muitas procuras em metagenmica focalizaram
principalmente no isolamento de um grupo bastante pequeno de genes que codificam
para biocatalizadores e enzimas envolvidas na produo de antibiticos e de
vitaminas. As lipases e esterases esto entre o grupo amplamente usado de
biocatalizadores qumicos orgnicos, e no requerem co-fatores (JAEGER; EGGERT,
2002). Ento, vrios estudos tm focalizado no isolamento desta classe de
hidrolases. Similarmente, enzimas com polissacardeos modificados so de interesse
considervel indstria de alimento, por exemplo, a, 1,4-amilases e a glucoamilases
(Tabela 2).
As oxidoredutases representam outro exemplo de biocatalizadores sendo
excelentes enantimeros. Eles so usados para a sntese de compostos carbonil,
hidroxicidos, aminocidos e lcoois quirais que so frequentemente difceis de
preparar quimicamente (DAVIS, BOYER, 2001). Em particular, na produo da lcool
redutase NAD(P)-dependente, na produo de hidroxiacetona e como ferramentas
para anlise enzimtica de lipdeo srico (HUMMEL, 1999).
Figura 4. Diagrama da estratgia de busca e descoberta de produtos microbianos atravs da clonagem

e expresso do DNA extrado diretamente da amostra ambiental (metagenoma) (adaptado de
BRUGGEMAN, 1998).
16
Tabela 2. Genes funcionais e enzimas derivados de metagenoma recentemente descobertos, com

potencial em aplicaes industrial e farmacutica.
Lipases/esterases
Enzimas modificadoras de polissacardeos
-Amilases
Enzimas de ramificao de - 1,4 glicano
-agarases
Quitinases
Celulases
Oxidoredutases/desidrogenases
Oxidoredutases de lcoois
Redutases de di-ceto-d-cido glicnico
Desidrogenases de 4-hidroxibutirato
Outras enzimas
Proteases
Nitilases
Biosnteses de vitaminas
Biosnteses de biotina
Produo em massa de produtos qumicos
Biosnteses de 1,3-Propanodiol
3. METODOLOGIA
Biosnteses de drogas e antibiticos
Turbomicina A,B
Policetdeo sintases
Violacena
N-aciltirosinas de cadeia longa
Indirubina
Terraginas
17
3. METODOLOGIA
3.1 Coleta das amostras de solo da Mata Atlntica

As amostras do solo foram coletadas na Fazenda Caimbi, Ilhus - Bahia,
Brasil e foi classificado como um solo argilo arenoso. Foram coletadas 10, ao longo
das estaes do ano, amostras de solo da camada de superfcie da terra at uma
profundidade de 10 cm, utilizou-se esptulas estreis. As amostras foram transferidas
para vasos de vidro tambm estries. A ltima coleta do solo foi realizada em pontos
traados em um raio de 3 metros, aproximadamente. Porm, estes pontos foram bem
distantes em relao s amostras coletadas anteriormente, durante um ano de coleta.
As coordenadas geogrficas das amostras foram determinadas com um
aparelho GPS, sendo a mdia dos dados: Latitude (S) 14 48', Longitude (O) 39 03',
altitude 20 metros. Esta regio apresenta mdia histrica de precipitao
pluviomtrica de 1988 mm/ano, temperatura mdia de 23,4 +/-1,5C, umidade relativa
mdia 85,4 +/- 4,0%.
A anlise fsico-qumica das amostras de solo coletadas foi executada no
Laboratrio de Solos e Nutrio de plantas da EMBRAPA/CNMF, Cruz das Almas,
Bahia.
3.2 Mtodos de extrao ex situ de DNA
Mtodo A para extrao ex situ de DNA de solo de Mata Atlntica (Maciel, BM, 2004)
Em Erlenmeyer de 250 mL, adicionou-se 4 g de solo a 50 mL de tampo
fosfato de sdio (NaH2 PO4 .H2O + Na2HPO4 .7 H2O) pH 7,4 + Tween 80 a 0,1%, por
180 r.p.m em mesa agitadora por toda a noite. Distribuiu-se o sobrenadante em tubos
de centrfuga com fundos cnicos. Centrifugou-se a 5000 r.p.m. (rotaes por minuto)
18
por 10 minutos e descartou-se o sobrenadante. Fez-se quatro lavagens em Tampo

TE 50/50 mM (Tris-HCl + EDTA), pH 8,1, seguindo de centrifugao de trs minutos a
5000 r.p.m para cada lavagem, tendo sido descartado o sobrenadante. A lise das
clulas foi feita por macerao do precipitado aps congelamento com nitrognio
lquido. Ressuspendeu-se o macerado em 1 mL de TE 50/50 e adicionou-se 1 mL de
fenol/clorofrmio/ lcool isoamlico (25:24:1, pH 7,3). Coletou-se a fase superior e
precipitou-se com isopropanol absoluto e acetato de sdio 3 M. Lavou-se duas vezes
o precipitado em lcool 70%. Ressuspendeu-se em 100 L de gua ultra pura estril.
Purificou-se em coluna de Sephadex G-200 (Amersham).
Mtodo B para extrao ex situ de DNA de solo de Mata Atlntica (mtodo utilizando
glass beads)
Em Erlenmeyer de 250 mL, adicionou-se 4g de solo em 50 mL de tampo

fosfato de sdio + Tween 80 a 0,1% em mesa agitadora por toda a noite. Distribuiu-se
o sobrenadante em tubos de centrfuga com fundos cnicos. Centrifugou-se a 5000
r.p.m. por 10 minutos e descartou-se o sobrenadante. Adicionou-se glass beads
(prolas de vidro) ao precipitado para aumentar o nmero de clulas disponveis na
fase de lise e assim, aumentar o rendimento de DNA recuperado. Lavou-se quatro
vezes em tampo PBS (Phosphate Buffer Solution) 1X, pH 7,4, com centrifugao de
3 minutos a 5000 r.p.m. cada lavagem. Lavou-se em tampo TE 50/50 mM (Tris-HCl
+ EDTA), pH 8,1 por quatro vezes, tambm com centrifugao de trs minutos a 5000
r.p.m cada lavagem, descartou-se o sobrenadante e ressuspendeu-se o pellet em 3
mL desse tampo. Incubou-se a temperatura ambiente por 20 minutos. Adicionou-se
200 L de SDS a 20%. A lise das clulas foi feita por choque trmico do pellet
alternando nitrognio lquido (1 min) e gua em fervura (4 min) em 3 ciclos.
Adicionou-se fenol/clorofrmio/ lcool isoamlico (25:24:1, pH 7,3) na proporo de
1:1 v/v. Coletou-se a fase superior e precipitou-se com isopropanol absoluto e acetato
de sdio 3 M. Lavou-se o precipitado por duas vezes em lcool 70%. Ressuspendeuse em 100 L de gua ultra-pura (estril). Purificou-se em coluna de Sephadex G200. Purificou-se por 1, 2 e 3 vezes passando na coluna de Sefhadex G-200.
19
3.3
3.3.1
Clonagem do DNA para estudo da biodiversidade do solo em estudo.
Amplificao do gene 16S rDNA
Para estudo da biodiversidade bacteriana presente neste solo, o gene 16S

rDNA foi amplificado por PCR (Reao em cadeia da ploimerase) utilizando o
conjunto de iniciadores 27F/1525R para o domnio Bactria. Permitindo a
amplificao de um fragmento de DNA de aproximadamente 1500 pares de bases.
A PCR foi realizada em termociclador MJC Research PTC200 (Eppendorf). Na
reao foram utilizadas as seguintes condies de tempo e temperatura: 1 ciclo 94C
por 5 minutos; 34 ciclos de 94C por 1 minuto, 59C por 1 minuto e 72C por 2
minutos, finalizando com 1 ciclo de 72C por 10 min utos.
A PCR foi amplificada contendo as seguintes propores de reagentes: 2,5 L
de tampo 10X da reao para a Taq DNA polimerase (100 mM Tris-HCl, pH 8,8 a
25C, 500 mM KCl, 0,8%) concentrao final de 1X; 3 ,7 mM de cloreto de magnsio,
0,4 pmol/L de deoxinucleotdeos (dATP, dTTP, dCTP e dGTP), 0,4 pmol/L de cada
iniciador, 0,4 mM de BSA (Albumina Soro Bovina), 3 unidades de enzima Taq DNA
polimerase (Fermentas),e gua ultra pura estril para um volume de final de 25 L.
Como molde para a reao foram utilizadas alquotas de 150 ng do DNA total das
amostras de solo diludas na proporo 1:1000.
3.3.2 Ligao do 16S rDNA ao vetor
A ligao dos produtos de PCR dos genes 16S rDNA amplificados das
amostras de solo com o vetor pTZ57R/T foi realizada utilizando-se o kit comercial
InsTAclone PCR Cloning Kit (Fermentas), e seguindo as informaes do fabricante,
sendo a proporo vetor/inserto e 1:3. A reao de ligao foi incubada de um dia
para o outro a -4C.
3.3.3 Transformao bacteriana
A transformao se deu via eletroporao, onde foram utilizados 20 L das

clulas E. coli DH10 eletro competentes (Invitrogen) e 4 L da reao de ligao. A
amostra foi submetida a um choque eltrico de 2,5 kV/4,9 segundos, no eletroporador
GenePulser II (BioRad). s clulas de E. coli foi adicionado 1 mL de meio SOC e
20
incubadas por 1 hora sob agitao a 37C. Aps este tempo, a amostra foi plaqueada
em meio slido LB contento o antibitico ampicilina na concentrao de 100 g/mL, e
tambm IPTG (Isopropyl -D-1-thiogalactopyranoside) e X-gal (5-bromo-4-cloro-3indolil--Dgalactopiranosideo) como substrato para a enzima -galactosidase nas
concentraes de 200 g/mL e 20 g/mL, respectivamente. Em seguida as placas
foram incubadas na estufa a 37C por 16 horas.
3.3.4 Coleta dos clones transformantes
Os clones transformantes (colnias brancas) foram coletados com o auxlio de

dois catadores e organizados em placas de Petri contendo meio slido LB e
ampicilina a 100 g.mL-1. As placas foram inoculadas a 37C em estufa por 14 h, e
depois foram colocadas a 4C. Dois dias depois, as bactrias foram inoculadas em
placas de polietileno de 96 poos preenchidas com 70 L de meio lquido LB
contendo ampicilina a 100 g.mL-1, utilizOu-se mais antibitico para a bactria no
expulsar o plasmdeo e incubadas sob agitao por 14h a 37C. No dia seguinte
foram adicionados 70 L de glicerol estril a 16% s culturas. As placas foram ento
seladas com adesivos estreis e armazenadas em freezer a -80C, at a data de uso.
3.3.5 Extrao do DNA plasmidial dos clones e sequenciamento

A extrao do DNA plasmidial dos clones que continham os insertos de
interesse foi realizada segundo a mesma metodologia utilizada para o Programa
Genoma do Crinipellis perniciosa, assim tambm a reao de sequenciamento no
seqenciador MegaBACE 1000 (Amersham Bioscience), contudo utilizou-se o
iniciador M13F. Foram seqenciadas nove placas contendo 96 clones de cada.
3.4 Anlise de Bioinformtica das seqncias obtidas pelo sequenciamento

3.4.1 Preparo das seqncias para filtrao das seqncias 16S rDNA
Antes de submeter as seqncias para a anlise filogentica foi preciso

remover as regies das seqncias de baixa qualidade. Tambm foram eliminados
clones que no possuem nenhum 16S rDNA, assim como as regies que no fazem
21
parte da sua regio informativa (possveis vetores ou adaptatores) utilizando o BLAST

contra o banco de dados de seqncias ribossomais: Ribossomal Database Project
release 9.43 (RDP) (COLE, 2005).
Para o clculo das distncias filogenticas utilizando alinhamento mltiplo,
todas as seqncias foram editadas (recortadas) para representarem a mesma parte
da regio informativa do 16S rDNA, por exemplo: se uma seqncia vai da posio
20 at a posio 500 do 16S rDNA e uma outra seqncia vai da posio 100 at a
posio 600, ento somente a interseco das duas seqncias ser utilizada.
Recorta-se a primeira seqncia na posio 100 e a segunda at a posio 500. Isso
deve ser feito tanto nos clones seqenciados como nas seqncias do banco de
dados que so utilizados em conjunto.
3.4.2 Diagnstico filogentico
Todos os clones foram analisados utilizando o classificador Bayesiano de

seqncias 16S rDNA de bactrias (http://rdp.cme.msu.edu). Este mtodo trabalha
bem com seqncias parciais, aproximadamente 500 bases em mdia, e tem uma
eficincia maior que 99,2% no diagnstico do filo, 98,4% na classe, 96,6% na ordem,
93,0% na famlia e 87,7% no gnero usando um limiar de 80%. As informaes
geradas por esse classificador foram tratadas com scripts perl para identificao
dessas informaes no estudo de distncias filogenticas. As seqncias com
classificao possvel foram, ento, rotuladas com essas informaes sobre sua
taxonomia hierrquica.
Foi realizado, em seguida, o alinhamento mltiplo global de todas as
seqncias, clones e seqncias similares, editados para estarem na mesma regio
do 16S rDNA, utilizando o CLUSTALW (verso 1.83) (THOMPSON, 1994). A partir do
alinhamento mltiplo a anlise filogentica foi feita com o pacote PHYLIP (verso
3.66) (FELSENSTEIN, 1989) pois os programas so mais adequados para a
abordagem da filogenia da biodiversidade.
Para estimar a filogenia foi utilizado o DNAMLK que baseado no mtodo da
mxima verossimilhana, esse modelo permite diferentes freqncias previstas para
os quatro nucleotdeos (A, T, C ou G), taxas desiguais de transies e transverses,
ou seja, a substituio de uma pirimidina por uma purina tem um peso diferente da
substituio de uma purina por uma outra purina e tambm foi usado o modelo Oculto
22
de Markov de penalidades, com o programa inferindo as penalidades de cada posio

da seqncia.
A consistncia estatstica dos ramos foi avaliada por bootstrap usando
SEQBOOT que produz mltiplos conjuntos de dados (100 rplicas nesse caso
especfico) a partir do alinhamento mltiplo inicial. O DNAMLK capaz de tratar um
arquivo mltiplo gerado pelo SEQBOOT e gerar mltiplos dendogramas que so
avaliados pelo programa CONSENSE que mede a consistncia estatstica de cada
ramo existente, o CONSENSE tambm pode gerar um dendograma consenso.
Figura 5. Descrio esquemtica do processo utilizado na anlise das distncias filogenticas das
seqncias 16S rDNA.
3.5 Anlise Restrio de DNA Ribossomal Amplificado (ARDRA)
Com o intuito de ratificar os dados obtidos via seqenciamento e testar a

eficincia da tcnica de ARDRA, fez-se uma diluio de 1/100 de 96 minipreps de
clones (placa 04). Desta diluio utilizou-se 1 L da diluio para realizar uma PCR
nas mesmas condies do item 3.1, para um volume de final de 50 L.
Aps eletroforese e confirmao da amplificao, fez-se uma coleta aleatria de
48 amostras amplificadas e, utilizando-se 10 L de cada, fez-se trs reaes de
digesto com enzimas de corte freqente (4 pb).
Na reao contendo a enzima de restrio AluI, adicionou-se: 10 L da amostra,
3 L do tampo Tango 10X, 1 unidade da enzima AluI, completou-se o volume para
30L com gua ultra pura.
23
reao contendo a enzima de restrio HhaI adicionou-se: 10 L da amostra,

3L do tampo Tango 10X, 1 unidade da enzima HhaI, completou-se o volume para
30L com gua ultra pura estril.
reao contendo a enzima de restrio MspI, adicionou-se: 10 L da amostra,
3 L do tampo Tango 10X, 1 unidade da enzima MspI, completou-se o volume para
30 L com gua ultra pura.
As reaes foram incubadas em banho maria a 37C por 16h e posteriormente
inativadas a 65C AluI e MspI e a 80C HhaI, todas por 20 minutos.
Foi realizada eletroforese em gel de agarose de 2,0 % a 120V por 1h, corado
com Brometo de Etdio e os fragmentos visualizados em luz UV.
3.5.1 A anlise de filogenia a partir de ARDRA
Critrios utilizados pra anlise de similaridade entre os indivduos
O padro de bandas obtido com ARDRA para cada indivduo foi analisado com
intuito de se obter um coeficiente de similaridade entre os mesmos. Foram
consideradas apenas as bandas mais evidentes que foram mensuradas com auxlio
do software da KODAK o EDAS 900, com o resultado das mensuraes foi possvel
confeccionar uma matriz binria para o padro de bandas dos indivduos, sendo
presena de uma determinada banda assinalada com (1) e ausncia (0). Foram
considerados idnticos os padres de bandas que apresentaram o mesmo nmero de
fragmentos de idnticos pesos moleculares. O agrupamento das amostras, de acordo
com a similaridade nos padres de bandas, foi realizado empregando-se o mtodo de
UPGMA (Unweighted pair-group method with arithmetical averages) e utilizou-se o
coeficiente de Jacar. Este coeficiente de similaridade simples obtido por meio do
programa NTSYS (Numerical taxonomy system of multivariate programs), foi utilizado
para
se
obter
um
dendrograma
partir
dos
dados
de
similaridade.
3.6 Clonagem do DNA para estudo funcional
Aps extrao do DNA pelo mtodo B, acima citado, a construo da biblioteca

se deu utilizando-se fragmentos entre 25 e 40 Kb, uma vez que o vetor utilizado foi o
fosmdeo pCC1FOS (figura 6) e este recebe com estabilidade fragmentos de DNA
24
dessa faixa de tamanho. Para isto, o DNA foi fragmentado por seringa e fez-se
eletroforese em gel de agarose 1% para avaliar se o DNA estava com o tamanho
desejado, aps esta etapa, fez-se o reparo das pontas do DNA utilizando-se a enzima
de
reparo
do
CopyControl
Fosmid
Library
Production
Kit
(Epicentre
Biotechnologies), seguindo recomendaes do fabricante. Aps isto, aplicou-se todo

o DNA (~ 0,5 g) em gel de agarose 1% a 31 V por toda a noite. O DNA do tamanho
de interesse foi excisado do gel e fez-se a solubilizao da agarose com a enzima
gelase tambm do Kit acima citado. Seguindo-se da inativao da enzima por 70C
por 10 minutos. Aps este passo o DNA foi purificado com 10% de acetato de sdio 3
M, pH 7,0 e etanol absoluto 2,5 vezes o volume. Aps a purificao, o DNA foi
precipitado e ressuspenso em 40 L de TE pH 8,0. Fez-se a ligao do DNA ao vetor
fosmdeo (pCC1FOS) (Figura 6). Todos os constituintes da reao, exceto a gua e o
DNA, foram fornecidos no kit acima citado. Incubou-se temperatura ambiente por 2
horas, seguindo da inativao da enzima, em banho-maria a 72C por 10 minutos.
O empacotamento dos clones foi realizado utilizando-se extratos de fagos
lambda e E.coli (EPI300-T1R) fornecidos pelo kit. A princpio, inoculou-se 2 L da
EPI300-T1R em 10 mL de meio lquido LB + 10 mM de MgSO4 , incubou-se em mesa
agitadora a 180 r.p.m. a 37C por toda a noite. Transferiu-se 5 mL desta cultura para
um Erlenmeyer de 250 mL, contendo 50 mL de LB lquido + 10 mM de MgSO4,
incubou-se a 180 r.p.m. em mesa agitadora a 37 C, at obter OD600 = 1,0. Colocouse ento 10 L da reao de ligao em um tubo eppendorf contendo 25 L do
extrato de empacotamento lambda. Incubou-se a 30C por 90 minutos, em seguida
adicionou-se mais 25 L do extrato de empacotamento, e foi feita incubao por mais
90 minutos a 30C. Aps a segunda incubao por 90 minutos, adicionou-se Phage
Diluition Buffer completando o volume para 1 mL. A este adicionou-se 25 L de
clorofrmio. Misturou-se e estocou-se na geladeira. Para posterior infeco das
clulas.
25
Figura 6. Mapa do vetor pCC1FOS
Figura. 7. Viso geral da construo de biblioteca de fosmdeo utilizando o sistema CopyControl

(Epicentre
Biotechnologies), e subseqente induo dos clones um alto nmero de cpia.
26
3.6.1 Identificao dos clones
Todas as amostras foram plaqueadas em placas contendo meio slido LB e o

antibitico cloranfenicol na concentrao de 12,5 g/mL. Em seguida, as placas foram
incubadas em estufa a 37C por toda a noite.
0s clones transformantes foram coletados com o auxlio de dois catadores e
organizados em placas de Petri contendo meio slido LB e cloranfenicol a 12,5
g/mL. As bactrias foram incubadas em estufa por 14h a 37C, e depois foram
colocadas na geladeira. As bactrias foram inoculadas em placas de 96 poos
contendo 70 L de meio lquido LB contendo cloranfenicol a 12,5 g/mL, e incubadas
sob agitao por 14h a 37 C. No dia seguinte foram adicionados 70 L de glicerol
estril a 16% s culturas. As placas foram ento seladas com adesivos e
armazenadas em freezer a -80C.
3.6.2 Coleta dos clones

Os clones transformantes (colnias brancas) foram coletados com o auxlio de
dois catadores e organizados em placas de Petri contendo meio slido LB e
cloranfenicol a 12,5 g/mL. As culturas ficaram em estufa por 14h a 37C, e depois
foram colocadas na geladeira. Dois dias depois, as bactrias foram inoculadas em
placas do tipo ELISA de 96 poos preenchidas com 70 L de meio lquido LB
contendo cloranfenicol 12,5 g/mL, e incubadas sob agitao por 14h a 37C. No d ia
seguinte foram adicionados 70 L de glicerol 16% estril s culturas. As placas foram
ento seladas com adesivos e armazenadas em freezer a -80C.
3.6.3 Induo dos clones fosmdeos a um alto nmero de cpia
Adicionou-se em placa de 96 poos, 1 mL de meio LB contendo 12,5 g/mL de

cloranfenicol por poo, e tocou-se com replicador automtico na placa de 96 poos
contendo o estoque dos clones fosmdeos em glicerol. Colocou-se o adesivo para
tampar a placa e perfurou o mesmo para aerar o ambiente. Fez-se incubao por
37C por 16h a 260 r.p.m. Passado este perodo, transferiu-se 200 L das clulas
crescidas, para outra placa de 96 poos contendo 800 L de LB com 12,5 g/mL de
27
cloranfenicol e 1 L da induction solution (consta no kit), deixando por 37C por 5h a

260 r.p.m.
3.6.4 Extrao do DNA plasmidial dos clones para sequenciamento

Aps a induo de um alto nmero de cpia por clula, foi feita a extrao do
DNA plasmidial dos clones, segundo a mesma metodologia de rotina, utilizada no
laboratrio de Genmica e Expresso Gnica da UESC/BA, como tambm a reao
de sequenciamento, contudo utilizou-se os iniciadores pCC1 / pEpiFOS Forward
e o pCC1 / pEpiFOS Reverse. Foi seqenciada uma placa contendo 96 clones.
Seqncia dos inciadores utilizados:
5' - GGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGG - 3' Forward
5' - CTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGC - 3' Reverse
3.6.5 Digesto dos clones para confirmar insero dos fragmentos
Utilizou-se cerca de 20 clones para fazer a digesto utilizando enzimas de

corte nico no vetor, so elas: EcoRI e HindIII. Utilizou-se cerca de 15 L do DNA
plasmidial e 1 unidade (1L) de cada enzima, 3 L de tampo Red 10X, o volume foi
completado para 30 L com gua ultra pura estril, e a reao foi incubada a 37C
por toda a noite. Fez-se uma eletroforese em gel de agarose 1% e os fragmentos
foram corados com Brometo de Etdio e visualizados em luz ultravioleta (UV).
3.6.6 Anlise de Bioinformtica das seqncias
As seqncias obtidas atravs do sequeciamento foram analisadas por

bioinformtica utilizando-se o programa Basic Local Alignment Search Tool (BLAST),
disponvel
no
National
Center
for
Biotechnology
Information
(NCBI,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) para comparar a similaridade das seqncias

submetidas com as disponveis no banco de dados.
28
4. RESULTADOS
4.1 Anlise fsico-qumica do solo de Mata Atlntica

As caractersticas fsico-qumicas das amostras de solo tambm foram
determinadas (Tabela 3). As amostras apresentaram pH pouco cido, em torno de
6,0.
Tabela 3. Composio qumica e fsica do solo de Mata Atlntica.
4.2 Extrao de DNA
As extraes de DNA das amostras de solo foram feitas utilizando-se o mtodo

A e B anteriormente descritos. A extrao obtida pelo mtodo B apresentou-se
melhor, quanto a pureza do DNA, uma vez que precisa-se de um DNA o mais isento
possvel de constituintes, como cido hmico, para que no afete a atividade das
enzimas empregadas na biologia molecular (Figuras 8 e 9).
29
Figura. 8. Mtodos de extrao de DNA de solo de Mata Atlntica. Tubo esquerdo: mtodo A; Tubo
direito: mtodo B.
Figura. 9. Eletroforese em gel de agarose 0,8%, 80V por 45min. Da esquerda para direita: marcador de
Alto Peso Molecular (8-48 kb); DNA extrado pelo mtodo A; DNA extrado pelo mtodo B.
Inicialmente os DNAs extrados por ambos os mtodos, foram utilizados como

molde para a amplificao em PCR. Uma reao teste com DNA controle proveniente
da Salmonella ssp. foi realizada para verificar se estava ocorrendo inibio da enzima
Taq DNA polimerase por constituintes presentes na soluo de DNA do solo. O teste
foi feito adicionando-se 10ng do DNA do solo, obtido por cada metodologia, e a cada
tubo de 200 L para PCR. Adicionando-se tambm em um outro tubo a mesma
quantidade de DNA controle e verificou-se que houve amplificao do gene 16S rDNA
nos tubos contendo DNA controle e no tubo contendo DNA extrado pelo mtodo B.
S no amplificando o DNA obtido pelo mtodo A. Mesmo a amostra de DNA
ambiental estando ainda com um teor considerado de constituintes que pudessem
inibir a ao da Taq DNA polimerase (o que bem menos que a quantidade no
mtodo A). Ainda assim, os DNAs extrados do solo foram diludos em gua ultra pura
30
estril na proporo de 1:200 visando diluir tambm os inibidores existentes nas

amostras.
Nenhuma amplificao foi obtida pelo mtodo A. Por outro lado, dos trs tipos
de purificao do mtodo B, apenas 1 e 2 mostraram-se amplificveis por PCR (dado
no mostrado), embora seus resultados de leitura em espectrofotmetro nas razes
260/230 nm e 260/280 nm tenham mostrado nvel aceitvel de contaminao para
eDNA (environmental DNA). A forma 3, por apresentar grande perda de DNA durante
o processo, no se mostrou amplificvel, nem confivel para estudo de
biodiversidade. A metodologia B funcionou muito bem para vrios solos.
1500pb
Figura 10. Produto de PCR do 16S rDNA obtidos pelo mtodo B e pelas purificaes 1 e 2. Canaleta 1marcador 200- 3000 pb; Canaleta 2 e 3 Raso da Catarina (Cerrado); 4 e 5 Mangue, 6 e 7 Mata
Atlntica. Controle negativo (C-); e amostra de DNA de Salmonella ssp.,controle positivo (C+).
Com o mtodo B, obteve-se um rendimento de, em mdia, 596 ng/L,

enquanto com o mtodo A, obteve-se rendimento de, em mdia, 310 ng/L. O
resultado dessas leituras em espectrofotmetro mostram que o mtodo B tem um
rendimento quase duas vezes maior que o do mtodo A. Essa diferena de
rendimento tambm foi observada visualmente pela anlise de bandas aps
eletroforese dos DNAs extrados pelos mtodos A e B (Figura 11). As principais
diferenas entre os dois mtodos de extrao esto na adio de Glass Beads no
mtodo B, enquanto no mtodo A isso no acontece, e na etapa de lise, na qual no
mtodo B, utiliza-se choque trmico e no mtodo A, macerao. Estas duas
diferenas podem ser as principais explicaes para o maior rendimento de DNA pelo
mtodo B.
31
Figura 11. Eletroforese em gel de agarose 0,8%, mostrando DNA total e DNA total depois de digesto:
Canaleta 1- marcador de alto peso molecular 8-48 kb. 2- DNA extrado pelo mtodo B, purificado 1 vez
e sem digesto. 3- DNA extrado pelo mtodo B purificado 1 vez e digerido por EcoRI. 4- DNA extrado
pelo mtodo B purificado 2 vezes e digerido por BamHI. 5- DNA extrado pelo mtodo B purificado 2
vezes e sem digesto. 6- DNA extrado pelo mtodo B purificado 2 vezes e digerido por EcoRI. 7- DNA
extrado pelo mtodo B purificado 2 vezes e digerido por BamHI. 8- DNA extrado pelo mtodo A sem
digesto. 9- DNA extrado pelo mtodo A parcialmente digerido por EcoRI. 10- DNA extrado pelo
mtodo A parcialmente digerido por BamHI.
4.3 Anlise da Biodiversidade

4.3.1 Construo da biblioteca de 16S rDNA
Os produtos de PCR foram utilizados para construir bibliotecas de genes 16S
rDNA,
utilizando-se
os
inciadores
27F/1525R.
Foram
obtidos
864
clones
transformantes que foram divididos em 9 placas de ELISA contendo 96 clones cada.

A organizao da biblioteca gnica nas placas se deu da seguinte maneira:
Identificao da placa por incio da monagem (ex: PL 01 PL09). Seguido do nome
do solo e regio de interesse. (ex. PL01 Mata Atlntica 16S). A nomenclatura dos 96
clones em cada placa foi feita identificando as linhas de A a H e as colunas de 1 a 12.
A extrao do DNA plasmidial que contm o inserto correspondente ao gene
16S rDNA foi feita utilizando-se o suporte tecnolgico de rotina do laboratrio de
Genmica e Expresso Gnica da UESC/BA (Figura 12).
32
Figura 12. Eletroforese em gel de agarose 1,0 %, mostrando extrao de DNA plasmidial (miniprep) de
alguns clones da biblioteca de 16S.rDNA.
A construo da biblioteca com os iniciadores 27F e 1525R, foi escolhida, por

que estes so considerados universais, ou seja, anelam no 16S rDNA de bactrias de
praticamente todos os filos conhecidos. Estes iniciadores tm sido amplamente
utilizados na anlise de comunidades bacterianas de diversos ambientes.
4.3.2 Sequenciamento dos clones contendo o inserto de 16S rDNA

Assim como a extrao do DNA plasmidial, a reao de seqenciamento dos
864 clones foi realizada tambm, utilizando-se o suporte tecnolgico de rotina do
laboratrio de Genmica e Expresso Gnica da UESC/BA. O seqenciamento dos
clones foi feito com os iniciadores M13 F.
4.3.3 Anlise de Bioinformtica das seqncias obtidas pelo sequenciamento

Para estudo dos dados de bionformtica alcanados via seqenciamento,
foram analisadas no total 659 seqncias com tamanho superior a 200 bp, o
suficiente para realizar predies de hierarquia taxonmica com alta confiana, as
33
demais seqncias foram descartadas, por no apresentarem tamanho suficiente

para este tipo de anise.
Desse total, 631 seqncias foram classificadas como bactria e 28
seqncias no tiveram classificao de domnio. Dos filos do domnio bactria, 374
so Proteobacterias, 191 so Firmicutes, cinco Planctomycetes e apenas uma
Acidobacteria. Assim, 60 seqncias classificadas no domnio Bactria tm filo
desconhecido (Figura 13).
Bacteria - Filos
Acidobacteria
Firmicutes
Planctomycetes
Proteobacteria
Desconhecidas
Figura 13. Classificao dos filos identificados no domnio Bacteria
Dos 191 organismos do filo Firmicutes, 184 seqncias foram classificadas

como Bacilli e uma nica seqncia faz parte da classe Clostridia. Todas as trs
seqncias do filo Planctomycetes pertencem a classe Planctomycetacia. O clone de
Acidobacteria pertence a classe Acidobacteria.
Dos 374 organismos do filo Proteobacteria, a classe Alphaproteobacteria tem

trs seqncias representantes, Betaproteobacteria tem 3 seqncias representantes
e a maioria, 359, pertencem a classe Gammaproteobacteria. Das classes
identificadas, a Gammaproteobacteria a que tem maior diversidade de ordens,
sendo que 50 seqncias so Xanthominadales, 105 so Pseudomonadales e 192
so Enterobacteriales (Figura 14).
34
Um total de 245 seqncias obteve qualidade e tamanho suficientes para

deteco do gnero, que o mais especfico que a ferramenta de deteco pode
chegar. Os resultados mostram uma grande diversidade de gnero, contudo uma
maior quantidade de Caryophanon, Bacillus, Flavimonas, Stenotrophomonas e
Acinetobacter (Figura 15).
Gammaproteobacteria
Enterobacteriales
Pseudomonadales
Xanthomonadales
Figura 14. Distribuio das classes do filo Gammaproteobacteria
Gneros
Acidobacterium
Acinetobacter
Afipia
Bacillus
Burkholderia
Caryophanon
Citrobacter
Enterobacter
Flavimonas
Hafnia
Isosphaera
Paenibacillus
Phenylobacterium
Pseudomonas
Figura 15. Distribuio dos gneros encontrados.
35
Para a anlise de distncia filogentica foram utilizadas, do total, 380

seqncias que estavam todas na regio inicial da seqncia ribossomal entre os
nucleotdeos 1 500; seqncias que no compartilharam essa mesma regio foram
descartadas, isso necessrio para realizar o alinhamento global.
O dendograma se mostrou coerente com os dados de predio de hierarquia
taxonmica, agrupando corretamente as classes (Figura 16).
36
37
38
39
40
41
Figura 16. Dendograma mostrando a distribuio e as distncias filogenticas dos microrganismos, os

clones esto identificados como PxxNxx, onde Pxx a identificao da placa e Nxx o identificador do
clone na placa.
42
4.4 Anlise dos dados obtidos pela anlise de ARDRA
Este passo foi realizado a fim de confirmar a validade dos dados alcanados
pelo sequenciamento, e tambm de corroborar a eficincia de ambas as tcnicas,
uma vez que por si s, os resultados obtidos via sequenciamento dos clones, seriam
suficientes o bastante para gerar dados informativos da diversidade microbiana
presente no solo em estudo.
Assim, o DNA plasmidial de 48 clones transformantes da placa 04 (placa
escolhida aleatoriamente,foi extrado e amplificado com os iniciadores 27F/1525R
para confirmar se os clones possuam ou no o inserto correspondente ao gene 16S
rDNA (Figura 17). As enzimas AluI, HhaI e MspI foram utilizadas na anlise de
restrio do rDNA amplificado (ARDRA) para avaliar o perfil de restrio dos clones
selecionados (Figura 18, 19 e 20). O mtodo para analisar este perfil gerado aps
eletroforese em gel de agarose 2,0% a 120V por 2 horas, foi o NTSYS (Figura 21).
Figura 17. PCR 16S rDNA da placa 04 (PL04). Mostrando o fragmento de

aproximadamente 1500pb.
43
A1
B1
C1
D1
E1
F1
G1
H1
A2
B2
C2
D2
E2
F2
G2
H2
A3
B3
Figura 18. Eletroforese em gel de agarose 2,0%. Produtos de ARDRA da comunidade

bacteriana do solo de Mata Atlntica amplificados com os iniciadores 27F e 1525R, e
digeridos com: Enzima de restrio AluI - poro acima do gel, digesto com a
enzima HhaI poro intermediria e MspI poro inferior. Nas extremidades
ladder de 100 1000pb.
44
C3
D3
F3 G3
H3
A4
B4 C4
D4
E4
D7
E7
F7
G7
H7
E8
F8
G8

45
G8
H8
D9
E9
F9
G9
H9
D10
E10 F10 G10
H10 M

46
O padro de bandas obtido com ARDRA para cada indivduo foi analisado
considerando-se apenas as bandas mais evidentes que foram mensuradas, com o
resultado das mensuraes foi possvel confeccionar uma matriz binria para o
padro de bandas dos indivduos (Apndice 2).
Fez-se o agrupamento das amostras, de acordo com a similaridade nos
padres de bandas, foi realizado empregando-se o mtodo de UPGMA (Unweighted
pair-group method with arithmetical averages).
O coeficiente de similaridade simples obtido por meio do programa NTSYS
(Numerical taxonomy system of multivariate programs), foi utilizado para se obter um
dendrograma a partir dos dados de similaridade (Figura 21).
Como nem todas as seqncias (obtidas pela tcnica de sequenciamento) que
foram escolhidas da placa 04, apresentaram tamanho suficiente para os clculos de
filogenia, algumas seqncias tiveram que ser excludas. Assim, fez-se a anlise da
mesma forma do item 3.4 da metodologia. Contudo, utilizando-se somente 34 clones
(Figura 22). J para a tcnica de ARDRA fez-se 2 dendogramas, onde um contm as
48 seqncias (Apndice 1) e outro as mesmas 34 seqncias obtidas pelos dados
de sequenciamento, para comparar com os dendogramas obtidos. As amostras de
ambas as tcnicas se agruparam, o que mostra o potencial da tcnica de ARDRA.
Alm disto para anlise dos dados obtidos pelo sequenciamento necessrio um
nmero mnimo de pares de bases, caso contrrio esta anlise no possvel, foi o
que aconteceu com as 14 seqncias excludas.
47
Figura 21. Dendograma gerado pelo NTSYS, segundo dados obtidos por ARDRA
Figura 22. Dendograma gerado pelo DNAMLK, segundo dados obtidos pelo
sequeciamento.
48
4.5 Confeco da biblioteca de fosmdeo com solo de Mata Atlntica
O kit utilizado permite a introduo e manuteno de uma nica cpia de DNA,

o que evita recombinaes. Outra vantagem desse kit que a fragmentao do DNA
se d por processo fsico de quebra do DNA. Isso evita a introduo de erros (bias)
decorrentes da digesto por enzimas de restrio. A fragmentao por passagem do
DNA em seringas mostrou-se eficaz, pois permitiu um controle preciso dos tamanhos
dos fragmentos gerados (Figura 23).
Figura 23. Eletroforese em gel de agarose de 0,8%, mostrando o DNA de alto peso molecular obtido
pela metodologia B desenvolvida. M marcador de alto peso molecular, 1-3 extraes independentes de
DNA de solo de Mata Atlntica.
49
Figura 24. Eletroforese em gel de agarose 1% a 33V pr 16h, obtido a partir da fragmentao do DNA
TM
de Mata Atlntica de alto peso molecular para posterior clonagem no vetor pCC1FOS
(Epicentre
Biotechnologies). O retngulo amarelo indica a faixa de DNA que foi recuperada do Gel via digesto
com gelase para clonagem (entre 40 e 25 kbp).
Figura 25. Eletroforese em gel de agarose 1% a 50V por 12h. Digesto de alguns clones de fosmdeo
com as enzimas de restrio EcoRI e HindIII. Essas enzimas liberam o clone inteiro (aproximadamente
8kb) e, caso ele tenha algum stio interno para essas enzimas, outros fragmentos conforme mostrado
TM
nas canaletas 2, 3, 13 e 14. A seta vermelha indica a liberao do vetor pCC1FOS

Biotechnologies).
50
(Epicentre
A partir dos primeiros clones de fosmdeos obtidos partiu-se para o

sequenciamento das extremidades dos mesmos. Essa etapa foi um pouco trabalhosa
em virtude de se obter DNA em quantidade para o sequenciamento, mas o maior
problema foi a metodologia de sequenciamento que apresenta-se totalmente diferente
da utilizada na rotina do laboratrio de Genmica e Expresso Gnica da UESC.
Mesmo assim, j obtive-se alguns resultados como os mostrados a seguir (Figura 26).
Ainda assim, os resultados so promissores, pois se pode observar a presena de
dois genes bacterianos que codificam para uma hidrolase dependente de metal e
uma cardiolipina, o que confirma a potencialidade da tcnica.
51
Figura 26. Resultados de BLAST-X de seqncias das extremidades de fosmdeos, indicando que
efetivamente foram clonados fragmentos de DNA metagenmico de solo de Mata Atlntica.
52
5. DISCUSSO
5.1 Microrganismos e o solo de Mata Atlntica
A Mata Atlntica, bioma com grande diversidade biolgica, tem um enorme

potencial
como
fonte
de
novas
biomolculas,
sobretudo
com
atividade
antimicrobianas, uma vez que a competio por espao e nutrientes neste ambiente
severa, forando os microrganismos a produzirem substncias inibidoras de
crescimento de seus competidores (COSTA; SIQUEIRA, 2004). Via de regra, ela
possui um solo rico em matria orgnica, com componentes que interferem nas
reaes necessrias explorao de seu potencial biotecnolgico, especialmente o
cido hmico, composto por materiais (elementos) de alto peso molecular, contendo
nitrognio em formas cclicas e anis aromticos formados por poli-condensao
durante a decomposio da matria orgnica no solo (PAUL; CLARK, 1989). A
interferncia que muitos constituintes provocam nas molculas de DNA, inviabilizam
reaes enzimticas que so determinantes na construo de uma biblioteca
metagenmica, tais como digesto, amplificao e ligao. O cido hmico desnatura
o DNA pela ligao de seus grupos fenlicos a amidas ou por serem oxidados e
formarem quinonas que se ligam covalentemente ao DNA (ROBE et al., 2003).
A Taq polimerase especialmente sensvel ao cido hmico e outros
inibidores em potencial encontrados no solo. A inibio desta enzima pode inviabilizar
amplificaes via PCR, uma das principais tcnicas aplicadas ao DNA extrado do
solo em estudos de filogenia (WHITEHOUSE; HOTTEL, 2007).
Em estudos com fins biotecnolgicos, como identificao de novas substncias
com aplicaes mdicas e industriais, alm da necessidade de um DNA livre de
constituintes interferentes, o mtodo de extrao deve proporcionar uma quantidade
de DNA suficiente para as reaes. Nestas situaes, quanto maior a quantidade de
53
DNA, maior a representatividade da amostra, apresentando uma amostra mais

fidedigna
elevando
possibilidade
de
se
encontrar
um
novo
gene
consequentemente, um novo produto gnico (LAMMLE et al., 2007). Desta forma,

conseguir extrair DNA em quantidade e qualidade adequada construo de uma
biblioteca metagenmica de solo de Mata Atlntica tornou-se uma necessidade.
A amplificao via PCR uma boa estratgia de avaliao do nvel de pureza
do DNA, uma vez que envolve sucessivas reaes enzimticas (SIGLENTON et al.,
2003). A acoplagem das DNA polimerases molcula de DNA exige stios livres de
contaminao (ROH et al., 2006). Sendo assim, eDNA no amplificvel em condies
timas de reao provavelmente tem sua amplificao inibida por contaminantes,
como os cidos hmicos, que impedem a ao da Taq - DNA polimerase (ROBE et
al., 2003; KOZDROJ;VAN ELSAS, 2001; ROH et al., 2006).
As prolas de vidro (Glass Beads) foram adicionadas no intuito de aumentar o
nmero de clulas bacterianas disponveis, liberadas das partculas de solo pelos
choques que estas sofreriam com as prolas de vidro, desfazendo a adeso das
clulas a estas partculas do solo. As bactrias dispem de mecanismos de adeso
as partculas de solo (ROBE et al, 2003). No liber-las significaria perder DNA
durante os processos de lavagem iniciais, que consistem em eliminar os interferentes,
incluindo as partculas de solo.
A lise por choque trmico tambm contribuiu para um maior rendimento uma
vez que, estando o material exposto a diferenas bruscas de temperatura, todas as
clulas presentes sofrero esta presso, aumentando a eficincia de lise. J a
macerao, pode no expor tantas clulas sua presso de lise quanto o choque
trmico, especialmente quando se leva em conta a habilidade manual no
procedimento (DUBEY et al., 2006). Alm disso, o resultado de leitura na razo
260/230 nm para DNA extrado com o mtodo B, foi, em mdia, 1,9. Para DNA
extrado com o mtodo A, foi em mdia, 1,25. Isso mostra que o mtodo B tambm
rende um DNA mais livre de cidos hmicos que o do mtodo A, visto que admite-se
resultado igual ou maior que 2 na razo 260/230 nm para DNA livre de contaminao
por cidos hmicos (ROH et al., 2006). O resultado de leitura na razo 260/280 nm
para DNA extrado com o mtodo B foi, em mdia, 0,35 e 0,5 para DNA extrado com
o mtodo A. Isso mostra que ambos os DNAs esto livres de contaminao por
protena, tomando com referncia o limite mximo de 1,7 (ROH et al., 2006). Essa
diferena no nvel de pureza entre os DNAs acabou por interferir na digesto com as
54
enzimas EcoRI e BamHI, onde o DNA extrado com o mtodo B em sesu dois tipos
de purificao foi perfeitamente digerido tanto por EcoRI quanto por BamHI. J o DNA
extrado com o mtodo A foi apenas parcialmente digerido, como mostrado
anteriormente (Figura 12).
5.2 Biodiversidade bacteriana do solo de Mata Atlntica

Neste estudo, foi detectada uma grande diversidade de bactrias no solo de
Mata Atlntica, tanto pelo mtodo de sequenciamento, quanto pelo de ARDRA.
Bactrias so organismos relativamente simples, microscpicos, cujo material
gentico no est envolvido por um envelope nuclear (clulas procariticas).
Possuem importncia indiscutvel na sustentabilidade da biosfera e tm um papel
preponderante nos ciclos biogeoqumicos. As espcies bacterianas so definidas
filogeneticamente, empregando-se para tal a relao evolutiva entre seqncias de
genes conservados, notadamente rRNA 16S, e o grau de similaridade entre os
genomas dos organismos.
As bactrias apresentam uma diversidade de vias metablicas muito grande,
reunindo
organismos
(heterotrficos
especializados
organotrficos)
na
ou
utilizao
inorgnicos
de
compostos
como
fonte
de
orgnicos
energia
(quimiorganotrficos e litotrficos), ainda aqueles capazes de utilizar luz como fonte

de energia no metabolismo (fototrficos). Esta incrvel versatilidade metablica das
bactrias justifica a sua ocorrncia em diferentes ambientes e condies de
sobrevivncia. Os estudos de seqncias de rRNA de organismos ambientais
identificam os organismos que provavelmente so mais abundantes no ambiente
estudado e, por conseqncia, aqueles que participam ativamente na manuteno da
comunidade (HUGENHOLTZ et al., 1998b).
Resultados de alguns estudos baseados em anlise direta da diversidade
bacteriana em amostras ambientais por meio de mtodos moleculares indicam que
alguns grupos do Domnio Bacteria apresentam distribuio cosmopolita, ao passo
que outros parecem estar restritos a ambiente particulares (SCHLEGEL; JANNASCH,
1992). Alguns dos grupos filogenticos de distribuio cosmopolita so bem
conhecidos a partir de estudos de isolamento e cultivo, ao passo que outros so
ainda pouco conhecidos/estudados ou no foram ainda detectados atravs de cultivo.
55
Segundo Hugenholtz et al. (1998a, b), o Domnio Bacteria compreende pelo

menos 36 divises, incluindo, alm das 12 divises descritas por Woese (1987),
baseadas principalmente em seqncias de rRNA 16S de organismos cultivados, 12
novas divises putativas, descritas em estudo recente envolvendo a anlise de
seqncias de rDNA 16S isoladas diretamente do meio ambiente (HUGENHOLTZ et
al., 1998a), e 12 linhas de descendncia descritas em outros estudos (MAIDAK et al.,
1997).
O termo diviso/filo definido como um grupo filogentico contendo duas ou
mais seqncias de rDNA 16S reprodutivelmente monofilticas e no afiliadas com os
outros grupos filogenticos que integram o Domnio Bacteria (HUGENHOLTZ et al.,
1998a). Nos quatro volumes do Bergey`s Manual of Systematic Bacteriology
(KRIEG;HOLT, 1984; SNEATH; HOLT, 1986; STALEY; HOLT, 1989; WILLIAMS et al.,
1989), so descritos 33 agrupamentos ou sees de microrganismos que
compreendem os representantes dos Domnios Bacteria e Archaea. Nos manuais de
Bergey so descritos um total de 384 gneros de bactrias. Dados de 1998, afirmam
que as bactrias e archaeas compreendem um total de 4.167 espcies com descrio
taxonmica
vlida,
distribudas
em
791
gneros
(http://www.dsmz.de/bactnom/bactname.htm). J em 2007 esta mesma fonte

informou que existem 1.563 gneros de bactrias.
A intensificao dos estudos voltados para a ecologia microbiana tem
contribudo significativamente para tal avano na taxomia microbiana. Neste trabalho
foi possvel identificar cerca de 230 gneros distintos de bactrias, j que nem todas
as seqncias apresentaram qualidade e tamanho suficiente para deteco do
gnero, o mximo que a ferramenta alcanava detectar. Se as demais 406
sequncias tivessem apresentado tamanho suficiente para identificao, muito
provavelmente este nmero tivesse sido bem maior.
A classificao hierrquica dos txons no Domnio Bacteria pode ser encontrada no
site do NCBI Taxonomy Homepage (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html).
A abundncia de algumas espcies de microrganismos parece no ser to
importante quanto a manuteno da diversidade, isso porque a abundncia reflete de
forma mais imediata a flutuao microbiana de curto prazo e a diversidade revela o
equilbrio entre os diversos organismos e os domnios funcionais no solo (KENNEDY,
1999; LAVELLE, 2000). E, de certa forma, a identificao desta biodiversidade, reflete
a importncia do solo de Mata Atlntica para este ecossistema como um todo.
56
Das 634 seqncias vlidas utilizadas neste trabalho, as 606 que so do

domnio bactria, possuem uma diversidade bastante grande, apresentando mais de
228 gneros distintos. Os dados mostraram ainda 28 seqncias que no tinham filo
conhecido, o que pode significar bactrias no-cultivveis ainda no identificadas por
qualquer metodologia direta ou indireta, e por isto a falta de classificao ainda.
Dentre os trs filos conhecidos que apresentaram indivduos, o filo
Planctomycetes, foi o que apresentou menor nmero de indivduos. Originalmente
classificado como fungos, estas bactrias voltaram a se classificar como bactria pela
homologia de suas seqncias do 16S rRNA comparadas a outras bactrias. Os
Planctomycetes so bactrias aerbias e embora tenham sido observados
originalmente em hbitats aquticos, um dos resultados de estudos de ecologia
molecular foi avaliao da ocorrncia deles em solo e tambm foram identificados em
animais invertebrados (WANG et al., 2002).
Os Planctomycetes so alocados nos gneros Pirella e Planctomyces. Estes
organismos no apresentam peptidioglicano na parede celular. As clulas encontramse, muitas vezes, aderidas superfcie de substratos pelo auxlio de estruturas
celulares
externas
caractersticas,
tais
como
hastes,
hifas
ou
apndices
citoplasmticos. Alguns organismos podem apresentar reproduo por brotamento. A

maioria dos microrganismos deste filo quimiorganotrfico.
O filo Firmicutes apresentou cerca de 178 indivduos, sendo em sua maior
parte pertencente a classe Bacilli. O Firmicutes um filo de bactrias onde a maioria
Gram-positiva. Muitos Firmicutes produzem endosporos que so resistentes, e pode
sobreviver em condies extremas. Eles so encontrados em vrios ambientes, e
alguns so patognicos. Ley et al. (2005) acharam em humanos e ratos obesos uma
menor porcentagem de uma famlia de bactrias chamada Bacteroidetes e uma maior
taxa de Firmicutes, contudo eles no esto seguros se Firmicutes causam obesidade
ou se as pessoas que esto obesas cultivam mais daquele tipo de bactrias.
A classe Bacilli composta de organismos aerbios obrigatrios ou
facultativos, j a classe Clostridia composta de organismos anaerbios. O termo
Bacilli, singular bacillus, usado para referir-se a qualquer bactria em forma de
bastonete. Nesta classe incluem vrias bactrias gram-positivas. As relaes entre
eles ainda so um pouco incertas, e eles parecem ser parafilticos. Eles podem
formar dois grupos separados, formas de bacilo que produz endosporos e formas que
57
no produzem, como a ordem Lactobacillales. Doenas freqentemente causadas por

bacilos incluem antraz, botulismo e ttano.
Algumas espcies de Bacillus so consideradas significantes na medicina,
dentre elas: B. anthracis que causa antraz e B. cereus que causa uma doena
atravs de alimentos contaminados. A espcie B.subtilis uma bactria Grampositiva, encontrada em solo (RYAN; RAY, 2004). O B. subtilis tem a habilidade para
formar endosporos, o que permite o organismo tolerar condies ambientais
extremas. O B. subtilis foi classificado historicamente como organismo aerbico
obrigatrio, contudo pesquisa recente demonstrou que isto no est estritamente
correto (NAKANO; ZUBER, 1998). B. subtilis produz uma enzima proteoltica, a qual
tem sido relacionada com doena pulmonar (FLIND, 1969).
O Bacillus mycoides um organismo tpico de solo, de organizao em cadeia,
imvel, e bem semelhante ao B. cereus. Fermenta alguns carboidratos cidos
produzindo glicose, podem hidrolisar amido e produzem lectinase.
B. cereus sobrevive bem em solo e plantas. Tradicionalmente, foi considerado
que B. cereus no pode crescer a menos de 10C, porm li nhagens parecem ter se
adaptado e mostra crescimento a temperaturas de refrigerao (4-6 C). Intoxicao
gastrointestinal ocasionada por ingesto de alguns alimentos como arroz, macarro,
temperos e derivados do leite, contaminados por endosporos ou toxinas do B. cereus
so os veculos mais comuns que foram associados ao B. cereus. Estes organismos
podem ser identificados com base em reaes bioqumicas, produzindo catalase,
hidrolisando amido e casena, e produzindo lectinase.
Membros do filo Proteobacteria foram os mais numerosos no solo analisado.
As Proteobacterias compem o maior e mais diverso grupo de bactrias cultivveis.
Ele inclue diversos gneros patognicos, tais como Escherichia, Salmonella, Vibrio,
Helicobacter, e muitos outros. Dentre alguns dos papis desempenhados por esse
grupo de bactria est a participao ativa no ciclo do nitrognio, o que
provavelmente justifica a presena do grande nmero desses indivduos no solo de
floresta. A dominncia de Proteobacteria ocorre geralmente em solos de cultivo
(NSSLEIN; TIEDJE, 1999). Estudos envolvendo amplificao, clonagem e
seqenciamento de rRNA 16S, realizados em amostras de
solos amaznicos,
revelaram a ocorrncia de microrganismos pouco comuns em amostras ambientais e

demonstraram tambm o impacto do desmatamento sobre a diversidade microbiana.
Os resultados demonstraram o predomnio do nmero de organismos do Domnio
58
Bacteria (98) em relao a Archaea (2), sendo que algumas seqncias sugerem a
existncia de um novo grupo de Proteobacteria (BORNEMAN;TRIPLETT, 1997).
O filo das Proteobacterias apresenta 5 subdivises/classes: alfa (), beta (),
gama (), delta () e epsilon (). Os organismos alocados nesses grupos apresentam
colorao Gram-negativa e uma enorme diversidade morfolgica e metablica,
mesmo dentro de uma mesma radiao filogentica.
O grupo alfa compreende a maioria das bactrias prpura no-sulfurosas e
organismos no-fotossintticos com metabolismo diverso. As radiaes dentro da
subdiviso alfa so geralmente correlacionadas com propriedades fenotpicas,
destacando-se os grupos das nitrificantes (Nitrobacter spp.) e denitrificantes
(Rhodopseudomonas spp.), organismos com capacidade de fixao de nitrognio
(gneros Bradyrhizobium, Rhizobium e outros), parasitas intracelulares de clulas
eucariticas (gneros Bartonella e Rochalimaea) (CANHOS; MANFIO). A classe de proteobacteria consiste em vrios grupos de bactrias aerbias ou facultativas que
so altamente versteis nas capacidades de degradao, mas tambm contm
gneros de quimiolitotrfico (por exemplo o o gnero Nitrosomonas que so
oxidadores de amnia) e alguns fototrficos (gneros Rhodocyclus e Rubrivivax).
Muitos deles so encontrados em amostras ambientais, como gua ou solo. Espcies
patognicas dentro desta classe so a Neisseriaceae (gonorria e meningoencefalite)
e espcies do gnero Burkholderia.
No grupo beta esto tambm alocadas as espcies Spirillum, Thiobacillus e
Zymomonas, entre outros 12 gneros definidos. O grupo gama compreende os
gneros Chromatium, Escherichia e outras bactrias entricas, alm de Legionella,
Vibrio e outros 9 gneros. As proteobactrias apresentam grande diversidade
fisiolgica e de morfologia celular. As estratgias para obteno de energia so
vrias, incluindo organismos com metabolismo quimiolitotrfico, quimiorganotrficos e
fototrfico, alm de outras vias metablicas especializadas em organismos adaptados
a nichos ecolgicos diversos.
Em alguns estudos, as tentativas de se associar a diversidade de
microrganismos do solo com a qualidade do mesmo foram realizadas. Smit e
colaboradores (2001) compararam seus resultados com dados de seqncia do 16S
rDNA da literatura entre cinco filos bacterianos (Acidobacterium, Proteobacteria,
Nitrospira, cianobactria e bactrias verdes sulforosas), para avaliar a relao entre a
abundncia dos grupos microbianos e as condies de fertilidade do solo. Os
59
resultados mostraram que nos solos com alto teor de nutrientes disponveis h uma
seleo positiva de bactrias das divises de e -proteobacteria, isto , seleo de
bactrias com altas taxas de crescimento, o que aconteceu com o solo de Mata
Atlntica. Essa tendncia tambm foi observada em um estudo recente feito em solos
de Cerrado Brasileiro (QUIRINO et al., 2007). Por sua vez, nos solos com baixo teor
de nutrientes disponveis, ou alto teor de substratos recalcitrantes, a percentagem de
Acidobacterium foi mais alta, sendo uma seleo de bactrias com baixo potencial de
crescimento, mas com alta capacidade de competir por substratos. A partir desses
dados, Smit et al. (2001) sugeriram que a razo entre o nmero de Proteobacteria e
Acidobacterium serve como indicativo da condio nutricional do solo. Os menores
valores para essa razo seriam observados em solos oligotrficos; as intermedirias,
em solos agrcolas com baixo aporte de matria orgnica; os altos, em solos
agrcolas com alto aporte de matria orgnica. Outro motivo que tambm pode ter
levado a ausncia do grupo Acidobacterium, no caso do solo de Mata Atlntica, pode
ter sido por que os organismos deste grupo habitam ambientes bastante cidos.
De acordo a anlise dos dendogramas gerados tanto pela tcnica de ARDRA,
como pelo sequenciamento, a distribuio dos grupos bacterianos se assemelhou,
contudo, na anlise no ARDRA, conseguiu-se analisar todos os 48 indivduos
(Apndice 1) em estudo. Uma vez que a anlise feita com base no tamanho do
fragmento gerado por digestes com enzimas de restrio de cortes freqentes; j
para anlise de sequenciamento, necessrio, um mnimo nmero de pares de
bases gerados, caso contrrio, no possvel fazer anlise de similaridade entre os
organismos. A comparao entre diferentes mtodos de avaliao da biodiversidade
de microrganismos de solo mostrou que ambas as tecnologias so eficientes, porm
apresentam diferenas. Isso tambm foi mostrado num recente trabalho de Smalla et
al. (2007) onde vrios mtodos foram comparados, e diferenas tambm foram
observadas. A tcnica de ARDRA tem se mostrado interessante com relao a
custos, praticidade e rapidez na anlise, alm de alcanar dados que muitas vezes
superaram a anlise por sequenciamento, como foi o caso neste trabalho, onde 14
seqncias foram descartadas por no apresentarem tamanho suficiente para
anlise.
60
5.3 Confeco de biblioteca fosmdeos
Uma primeira biblioteca de fosmdeos foi confeccionada com o solo de Mata

Atlntica, porm a quantidade de DNA (at 1 mg) estava um pouco aqum do
recomendado pelo kit utilizado. Assim, obteve-se um nmero menor de clones
metagenmicos. Contudo, j foi suficiente para identificar via sequenciamento, dois
genes bacterianos. Uma seqncia parcial do gene codificador de cardiolipina e outra
de uma hidrolase dependente de metal. As cardiolipinas so muito encontradas em
Bacillus, o que pode explicar seu aparecimento logo no incio do sequenciamento
(KAWAI, et al., 2006; NISHIBORI, et al., 2005; VON WALLBRUNN, et al., 2002;
GUO;TROPP, 1998).
Atualmente, uma nova biblioteca est sendo montada, e as extremidades de
pelo menos 5000 clones da biblioteca (10000 pontas no total de primers Forward e
Reverse) sero seqenciadas e estes sero testados para diversos bioensaios em
busca de protenas com potencial biotecnolgico.
61
6. CONCLUSES
Foi possvel aperfeioar o protocolo de extrao de DNA do solo de Mata

Atlntica, uma vez que o solo contm muita matria orgnica o que dificulta a sua
anlise por tcnicas moleculares. Tornou-se possvel a obteno de DNA de boa
qualidade, com uma quantidade mnima de cidos hmicos, no suficiente para
atrapalhar anlises. Quanto quantidade, tambm muito significativa se comparada
com outros protocolos de extrao de DNA disponveis na literatura.
O sequenciamento da regio 16S rDNA foi eficaz para anlise da diversidade
da comunidade bacteriana, contudo a tcnica de ARDRA revelou-se tambm
promissora para comparar a comunidade bacteriana presente nestes solos.
Foi observada uma grande diversidade de gneros bacteriano no solo de Mata
Atlntica analisado, o que favorecer a descoberta de novos genes.
Como perspectiva futura pretende-se construir bibliotecas metagenmicas, j
que so ferramentas muito importantes para a obteno de novas biomolculas, ela
acessa comunidades de microrganismos cultivveis ou no-cultivveis, gerando
probabilidade muito maior de identificar genes e seus produtos com aplicaes
biotecnolgicas.
62
7. REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS
AMANN, R.I.; LUDWIG, W.; SCHLEIFER, KH - Phylogenetic edentification and in situ

detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiology and Molecular
Biology Reviews, v. 59, p. 143-169, 1995.
BERTRAND, H.; POLY, F.; VAN, V.T.; LOMBARD, N.; NALIN, R.; Vogel, T.M.;
SIMONET, P. High molecular weight DNA recovery from soils prerequisite for
biotechnological metagenomic library construction. Journal of Microbiological
Methods, v. 62, p. 1-11, 2005.
BORNEMAN, J.; TRIPLETT, E.W. Molecular microbial diversity in soils from eastern
Amazonia: evidence for unusual microorganisms and microbial population shifts
associated with deforestation. Applied and Environmental Microbiology, v. 63, p.
26472653, 1997.
BROUGHTON, L.C.; GROSS, K.L. Patterns of diversity in plant and soil microbial
communities along a productivity gradient in a Michigan oil-field. Oecologia. v. 125, p.
420427, 2000.
BRUGGEMAN, T.J. Innovations in drug discovery and development. BioPharm, v. 11,

p. 7, 1998.
BUCKLEY, D.; SCHMIDT, T. The structure of microbial communities in soil and the
lasting impact of cultivation. Microbial Ecology, v.42, p. 1121, 2001.
BULL, A.T.; WARD, A.C.; GOODFELLOW, M. Search and discovery strategies for
biotechnology: the paradigm shift. Microbiology and Molecular Biology Reviews, n.
3, v. 64, p.573-606, 2000.
CANHOS; MANFIO. Recursos Microbiolgicos para Biotecnologia.
63
COLE J.R.; CHAI B.; FARRIS R.J.; WANG Q.; KULAM S.A.; MCGARRELL D.M.;
GARRITY G.M.; TIEDJE J.M. The Ribosomal Database Project (RDP-II): sequences
and tools for high-throughput rRNA analysis. Nucleic Acids Research, v.33, P. 294296, 2005.
COSTA, R.; GOMES, C.M.N.; MILLING, A.; SMALLA, K. An optimized protocol for
simultaneous extraction of DNA and from soils. Brazilian Journal of Microbiology, v.
35, p. 230-234, 2004.
COSTA, J.L.; SIQUEIRA, E.R. Anlise de DNA dos solos e atividade enzimtica como
bioindicadores de diversidade microbiana em sistemas de restaurao florestal da
Mata Atlntica. II Seminrio de Pesquisa FAP-SE, Embrapa, SE. 2004.
CURTIS, T.P.; SLOAN, W.T.; SCANNELL, J.W. Estimating prokaryotic diversity and
its limits Proceedings of the National Academy of Sciences of the
United States of America, v. 99, p. 10494-10499, 2002.
DAMS, E.; HENDRIKS, L.; VAN DE PEER, Y.; NEEFS, J-M.; SMITS, GEERT.;
VANDENBEMPT, I.; WACHTER, R. Compilation of small ribosomal subunit RNA
sequences. Nucleic Acids Research, v. 16, p. 87-173, 1988.
DAVIS, B.G.; BOYER, V. Biocatalysis and enzymes in organic synthesis. Natural

Product Reports, v. 18, p. 618-640, 2001.
DE LONG, E.F.; PACE, N.A. Enviromental diversity of bacteria and archaea.

Systematic Biology, v. 50, n. 4, p. 470-478, 2001.
DUBEY, S.K.; TRIPATHI A.K.;, UPADHYAY S.N. Exploration of soil bacterial

communities for their potential as bioresource. Bioresourse Technology, v. 97, p.
22172224, 2006.
DUINEVELD, B.; ROSADO, A.S.; ELSAS, J.D.V.; VEEN, J.A.V. Analysis of the
dynamics of bacterial communities in the rhizosphere of the chrysanthemum via
64
denaturing gradient gel electrophoresis and substrate utilization patterns. Applied and
Environmental Microbiology, v. 64, p. 4950-4957, 1998.
DYKHUIZEN, D. E; ROSALIA, S. revisited: why are there so many species of

bacteria? Antonie van Leeuwenhoek, v. 73, p. 2533, 1998.
Ecosystem Profile Atlantic Forest Biodiversity Hotspot, Conservation International

Critical
ecosystem
Partnership
Fund.
2001
(www.cepf.net/xp/cepf/static/pdfs/Final.AtlanticForest.EP.pdf)
ELLIS, R.J.; MORGAN, P. ; WEIGHTMAN, A.J.; FRY J.C.; Cultivation-Dependent and

-Independent Approaches for Determining Bacterial Diversity in Heavy-MetalContaminated Soil. Applied Environmental Microbiology, v. 69, n. 6, p. 32233230,
2003.
ESCALANTE-LOZADA, A.; GOSSET-LAGARDA, G.; MARTNEZ-JIMNEZ, A.;

BOLVAR-ZAPATA, B. SOIL BACTERIAL DIVERSITY: MICROBIAL CULTUREINDEPENDENT
METHODS
OF
STUDY
AND
BIOTECHNOLOGICAL
IMPLICATIONS. Departamento de Ingeniera Celular y Biocatlisis. Instituto de

Biotecnologia, 2006.
FELSENSTEIN, J. PHYLIP - Phylogeny Inference Package. Cladistics, v. 5, p. 164166, 1989.
FLINDT, M. Pulmonary disease due to inhalation of derivatives of Bacillus subtilis

containing proteolytic enzyme, Lancet, v. 1, n. 7607, p. 1177-1181, 1969.
FUERST, J.A.; GWILLIAM, H.G.; LINDSAY, M.; LICHANSKA, A.; BELCHER, C.;
VICKERS, J.E.; HUGENHOLTZ, P. Isolation and molecular identification of
planctomycete bacteria from postlarvae of the giant tiger prawn, Penaeus monodon.
Applied and Environmental Microbiology, v. 63, p. 254-262, 1997.
65
FUERST, J.A.; WEBB, R.I. Membrane-bounded nucleoid in the eubacterium

Gemmata obscuriglobus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the
United States of Amrica v.88, p. 8184-8188, 1991.
FUERST,J.A. Planctomycetes a phylum of emerging interest for microbial evolution

and ecology. Department of Microbiology and Parasitology, University of Queensland,
Brisbane, Queensland, Australia.
GALINDO-LEAL, C.; CMARA, I. Breve histria da conservao da Mata Atlntica. In:

Mata Atlntica: biodiversidade, ameaas e perspectivas. So Paulo: Fundao SOS
Mata Atlntica - Belo Horizonte: Conservao Internacional, 427p, 2005.
GILLESPIE, D.; BRADY, S.; BETTERMANN, A.; CIANCIOTTO, N.; LILES, M.;
RONDON, M.; CLARDY, J.; GOODMAN, R.; HANDELSMAN, J. Isolation of
turbomycin A and B from metagenomic library soil microbial DNA. Applied
Environmental Microbiology, v. 68, p. 4301-4306, 2002.
GOMES, N.C.M.; FAGBOLA, O.; COSTA, R.S.; RUMJANEK, N.G.; BUCHNER, A.;
MENDONA-HAGLER, L.C.S.; SMALLA, K. Dynamics of fungal communities in bulk
and maize rhizosphere soil in the tropics. Applied and Environmental Microbiology,
v. 69, p. 3758-3766, 2003.
GUO, D., TROPP, B.E. Cloning of the Bacillus firmus OF4 cls gene and
characterization of its gene product. Biochimica et Biophysica Acta, n.1, v. 1389,
p.34-42,1998.
HAMOND. The current magnitude of biodiversity. In: Global Biodiversity

Assessement, 1995
HANDELSMAN,
J.
Metagenomics:
application
of
genomics
to
uncultured
microorganisms. Microbiology Molecular Biology Review, v. 68, p. 669 685,

2004.
66
HANDELSMAN, J.; RONDON, M.R.; BRADY, S.F.; CLARDY, J.; GOODMAN, R.M.
Molecular biological access to the chemistry of unknown soil microbes: a new frontier
for natural products. Chemistry & Biology, v. 5, p. 245249, 1998.
HEUER, H.; WIELAND, G.; SCHONFELD, J.; SCHNWALDER, A.; GOMES, N.C.M.;
SMALLA, K. Bacterial community profiling using DGGE or TGGE analysis.
Environmental Molecular Microbiology: Protocols and Applications (ed. P.A.
Rochelle), Horizon Scientific Press.
HORNER-DEVINE, M.C.; CARNEY, K.M.; BOHNNAN, B.J.M. An ecological

perspective on bacterial biodiversity. Proceedings the Royal Society of London,
v.271, p. 113-122, 2004.
HUGENHOLTZ, P.; PACE, N.R. Identifying microbial diversity in the natural

environment: a molecular phylogenetic approach. Trends in Biotechnology, v. 180,
n. 14: p. 190-197, 1996.
HUGENHOLTZ, P.; GOEBEL, B.M.; PACE, N.R. Impact of culture-independent

studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. Journal of
Bacteriology, v. 180, n. 18, p. 4765-4774, 1998a.
HUGENHOLTZ, P.; PITULLE, K.L.; PACE, N.R. Novel division level bacterial diversity
in a Yellowstone hot spring. Journal of Bacteriology, v. 180, p. 366-376, 1998b.
HUMMEL, W. Large-scale applications of NAD(P)-dependent oxidoreductases: recent

developments. Trends in Biotechnogy, v.17, p. 487-492, 1999
HUNTER-CEVERA.
The
value
of
microbial
diversity.
Current
Opinion
in
Microbiology, v. 1: p. 278-285. 1998.
HUSON, D.H.; AUCH, A.F.; QI, J.; SCHUSTER, S.C. Megan analysis of metagenomic
data. Genome Research, v.17, p. 377-386, 2007.
67
JAEGER K.E.; EGGERT, T. Lipases for biotechnology. Current Opinion in

Biotechnology, n. 4, v. 13, p. 390-397, 2002.
JAEGER K.E, REETZ M.T: Microbial lipases form versatile tools for biotechnology.
Trends Biotechnogy, v.16, p. 396-403, 1998.
JURGENS, K.; MATZ, C. Predation as a shaping force for the phenotypic and
genotypic composition of planktonic bacteria. Antonie van Leeuwenhoek, v.81, p.
413 - 434. 2002.
KAWAI F.; HARA H.; TAKAMATSU H.; WATABE K.; MATSUMOTO K. Cardiolipin
enrichment in spore membranes and its involvement in germination of Bacillus
subtilisMarburg.
Genes
&
Genetic
Systems.
n.2,
v.81,
p.69-76.
2006.
KELLER, M.; ZENGLER, K. Tapping into microbial diversity. Nature Reviews, v. 2, p.

141-150, 2004.
KENNEDY, A.C. Bacterial diversity in agroecosystems. Agriculture, Ecosystems

and Environment, n. 1, v. 74, p. 65-76, 1999.
KOZDROJ, J.; VAN ELSAS, J.D. Structural diversity of microbial communities in

arable soils of a heavily industrialised area determined by PCR-DGGE fingerprinting
and FAME profiling. Applied Soil Ecology, v. 17, p. 3142, 2001.
KRIEG, N.R. & HOLT, J.G. (eds) Bergey.s manual of systematic bacteriology. Volume
1: Gram-negatives of general, medical, or industrial importance. Baltimore: Williams
& Wilkins, Co. 1984.
KUSKE, C.R. ; TICKNOR, L.O.;
MILLER, M. E.; DUNBAR,
J.M.;
DAVIS, J.A.;
BARNS, S.M.; BELNAP, J. Comparison of soil bacterial communities in rhizospheres

of three plant species and the interspaces in an arid grassland. Applied and
Environmental Microbiology, v. 68, p.18541863, 2002.
68
LADD, J.N.; FOSTER, R.C.; NANNIPIERI, P.; OADES, J.D. Soil structure and
biological activity. Soil Biology and Biochemistry, v. 9, p. 23-78, 1996.
LAMMLE, K.; ZIPPER, H.; BREUER, M.; HAUER, B.; BUTA, C.; BRUNNER, H.;
RUPP, S. Identification of novel enzymes with different hydrolytic activities by
metagenome expression cloning. Journal of Biotechnology, v. 127, p. 575592,
2007.
LAVELLE, P. Ecological challenges for soil science. Soil Science, n. 1, v. 165, p. 7386, 2000.
LEE, D.H.; ZO, Y.G.; KIM, S.J. Nonradioactive Method To Study Genetic Profiles of
Natural Bacterial Communities by PCRSingle-Strand-Conformation Polymorphism.
Applied and Environmental Microbiology, n. 9, v. 62, p. 31123120, 1996.
LEY, R. E.; BACKHED, F.; TURNBAUGH, P.; LOZUPONE, C. A.; KNIGHT, R. D.;
GORDON, J.I. Obesity alters gut microbial ecology. Proceedings of the National
Academy of Sciences of the United States of America, n.31, v.102, p.1107011075, 2005.
LIESACK, W.; JANSSEN, H. P.; RAINEY, F. A.; WARD-RAINEY, N. L.;

STACKEBRANDT, E. Microbial diversity in soil: the need for a combined approach
using molecular and cultivation techniques. In: Modern Soil Microbiology. VAN
ELSAS, J.D.; TREVORS, J.T.; WELLINGTON, E.M.H. Marcel Dekker, Inc. New York,
p. 712, 1997.
LIU, W.T.; MARSH, T.L.; CHENG, H.; FORNEY, L.J. Characterization of Microbial
Diversity by Determining Terminal Restriction Fragment Length Polymorphisms of
Genes Encoding 16S rRNA. Applied and Environmental Microbiology, n. 11, v. 63,
p. 45164522, 1997.
LUDWIG, W.; SCHLEIFER, K. H. Bacterial phylogeny based on 16S and 23S rRNA
sequence analysis. FEMS Microbiology Reviews, v. 15, p. 155-173, 1994.
69
MAIDAK, B.L.; OLSEN, G.J.; LARSEN, N.; OVERBEEK, R.; MCCAUGHEY, M.J. &
WOESE, C.R. The RDP (Ribosomal Database Project). Nucleic Acids Research., v.
25, p. 109-110, 1997.
MACIEL, B.M. Estudos Prospectivos de Microrganismos de Solo de Landfarm com

Potenciais Aplicaes em Estratgias de Biorremediao de reas Contaminadas por
Petrleo. Tese de mestrado, 2004.
MARSCHNER, P. YANG C.-H. ; LIEBEREI R.; CROWLEY D. E. Soil and plant specific
effects on the bacterial community composition in the rhizosphere. Soil Biology and
Biochemistry, v. 33, p. 1437-1445, 2001.
MARTINI, A.M.Z.; FIASCHI, P.; AMORIM, A.M.; PAIXO, J.L. A hot-point within a hotspot: a high diversity site in Brazil's Atlantic Forest. Biodiversity and Conservation.
2007.
MCCAIG, A.E.; GLOVER, L.A.; PROSSER, J.I. Molecular analysis of bacterial

community structure and diversity in unimproved and improved upland grass pastures.
Applied and Environmental Microbiology, v. 65, p. 17211730, 1999.
MULLER, A.K. ; WESTERGAARD, K..; CHRISTENSEN, S.; SORENSEN, S.J. The

effect of long-term mercury pollution on the soil microbial community. FEMS
Microbiology Ecology, v. 36, p. 11 -19, 2001.
MUYZER, G.; WAAL, E.C.; UITIERLINDEN, A.G. Profiling of Complex Microbial

Populations by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Analysis of Polymerase
Chain Reaction-Amplified Genes Coding for 16S rRNA. Applied and Environmental
Microbiology , n. 3, v. 59, p. 695-700, 1993.
MYERS. Environmental services of biodiversity. Proceedings of the National

Academy of Sciences of United States of America, v. 93, n. 7, p. 2764-2769, 1996.
70
MYERS, N.; MITTERMEIER, R.A.; MITTERMEIER, C.G.; DA FONSECA, G.A.B.;

KENT; J. Biodiversity hotspots for conservation priorities. Nature, v. 403, p. 853-858,
2000.
NAKANO, M. M.; ZUBER, P. ANAEROBIC GROWTH OF A "STRICT AEROBE"

(BACILLUS SUBTILIS). Annual Review of Microbiology, v. 52, p. 165-190, 1998.
NEEF, A.; AMANN, R.; SCHLESNER, H.; SCHLEIFER, K.H. Monitoring a widespread
bacterial group: in situ detection of planctomycetes with 16S rRNA-targeted probes.
Microbiology-Uk, v.144, p. 3257-3266, 1998.
NISHIBORI
A.;
KUSAKA
J.;
HARA
H.;
UMEDA
M.;
MATSUMOTO
K.
Phosphatidylethanolamine domains and localization of phospholipid synthases in

Bacillus subtilis membranes. Journal of Bacteriology. n. 6, v.187, p.2163-2174,2005.
NUBEL, U.; GARCIA-PICHEL, F.; CLAVERO, E.; MUYZER, G. Matching molecular

diversity and ecophysiology of benthic cyanobacteria and diatoms in communities
along a salinity gradient. Environmental Microbiology. v. 2, p. 217226, 2000.
NSSLEIN, K.; TIEDJE, J.M. Soil bacterial community shift correlated with change
from forest to pasture vegetation in a tropical soil. Applied
and Environmental
Microbiology, n. 8, v. 65, p. 3622-3626, 1999.
OCHMAN, H.; LAWRENCE, J.G.; GROISMAN, E.A. Lateral gene transfer and the
nature of bacterial innovation. Nature, v. 405, p. 299-304, 2000.
ODONNELL, A.G.; GRES, H.E. 16S rDNA methods in soil microbiology. Current
Opinion Biotechnology, v. 10, p. 225-229, 1999.
OLSEN, G.J.; WOESE, C.R.; OVERBEEK, R.; The winds of (evolutionary) change:
breathing new life into microbiology. Journal of Bacteriol. V. 176, p. 1-6, 1994.
71
PACE, N.R.; STAHL, D.A.; OLSEN, G.J.; LANE, D.J. Analyzing natural microbial
populations by rRNA sequences. American Society for Microbiology News 51: p.
412, 1985.
PACE, N.R.; STAHL, D.A.; LANE, D.J.; OLSEN, G.J. The analysis of natural microbial
populations by ribosomal RNA sequences. Advances in Microbial Ecology, v. 9, n.
1, p. 1-55, 1986.
PATRICK, D.S.; JO, H. Biotechnological prospects from metagenomics. Current

opinion, p. 303-308, 2003.
PAUL, E.A.; CLARK, F.E. Soil Microbiology and Biochemistry. New York: Academic
Press, 1989.
PETERS, S.; KOSCHINSKY, S.; SCHWIEGER, F.; TEBBE, C.C. Secession of

microbial communities during hot composting as detected by PCR Single- StrandConformation Polymorphism-based genetics profiles of small-subunit rRNA genes.
Applied and Environmental Microbiology, v. 66, p. 930-936, 2000.
QUIRINO, B. F.; PAPPAS, G.J.; TAGLIAFERRO, A.C.; COLLEVATTI, R.G.; NETO,

E.D.; SILVA, M.R.S.S.; BUSTAMANTE, M. M. C.;
KRGER, R.H. Molecular
phylogenetic diversity of bacteria associated with soil of the savanna-like Cerrado

vegetation. Microbiological Research, In Press, 2007.
RANJARD, L.; POLY, F.; NAZARET, S. Monitoring complex bacterial communities

using culture-independent molecular techniques: application to soil environment.
Research in Microbiology, n. 3, v. 51, p. 167177, 2000.
RAPP, M.S.; GIOVANONNI, S.J. The uncultured microbial majority. Annu. Rev.
Microbiol, v. 67, p. 369-394, 2003.
ROBE, P.; NALIN R.; CAPELLANO C.; VOGEL T.M.; SIMONET P. Extraction of DNA
from soil. European Journal of Soil Biology, v. 39, p. 183-190, 2003.
72
ROH, C.; VILLATTE, F.; KIM, B.G.; SCHMID, R.D. Comparative study of methods for
extraction and purification of
enviromental DNA from soil and sludge samples. Applied Biochemistry and
Biotechnology, v. 134, p. 97-112, 2006.
ROLF, D. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel natural
products. Current opinion, v. 15: p.199-204, 2004.
RONDON M.R, AUGUST, P.R.; BETTERMANN, A.D.; BRADY, S.F.; GROSSMAN,

T.H.;
LILES, M.;
LOIACONO, K.A.;
TIONG, C.L.; GILMAN,M.;
LYNCH, B.A.; MACNEIL, I.A.; MINOR, C.;
OSBURNE,M.S.; CLARDY, J.; HANDELSMAN,J.;
GOODMAN, R.M. Cloning the soil metagenome: a strategy for accessing the genetic
and functional diversity of uncultured microorganisms. Applied and Environmental
Microbiology, v. 66, p. 2541-2547, 2000.
ROSADO, A. S. Diversidade e ecologia de microrganismos do solo. In: Reunio

Brasileira de Fertilidade e Nutrio de Plantas, 23 Reunio Brasileira sobre
Micorrizas, 7 Simpsio Brasileiro de Microbiologia do Solo, 5 Reunio Brasileira de
Biologia do Solo, 2, 2000, Santa Maria. Anais. Santa Maria: UFSM, 2000. CD-ROM.
ROSSEL-MORA, R.; AMANN, R. The species concept for prokaryotes. FEMS

Microbiology Review, n. 1, v. 25, p. 39-67, 2001.
RUTH E. L., FREDRIK, B., PETER, T., CATHERINE, A. L., ROBIN D. K., JEFFREY I.
G. Obesity alters gut microbial ecology. Proceedings of the National Academy of
Sciences of United States of America, n. 31, v.102, p.11070-11075, 2005.
RYAN K.J.; RAY C.G., Sherris Medical Microbiology, 4th ed., McGraw Hill. ISBN 08385-8529-92004
SANGER, F.; NICKLEN, S.; COULSON, A. R. DNA sequencing with chain terminating
inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences of United States of
America, v. 74, p. 5463-5467, 1977.
73
SAIKI, R.K.; GELFAND, D.H.; STOFFEL, S.; SHARF, S.J.; HIGUCHI, R.; HORN,
G.T.; MULLIS, K.B.; ERLICH, H. A. primer-directed enzymatic amplification of DNA
with a thermostable DNA polymerase. Science, v. 239, p. 487, 1988.
SCHIMEL. Ecosystem consequences of microbial diversity and community structure.

Ecolog. Study, v. 113, p. 239-254, 1995.
SCHLEGEL, H.G.; JANNASCH, H.W. Prokaryotes and their habitats. In: Ballows, A.,
Truper, H.G.; Dworkin, M.; Harder, W. & Schleifer, K.-H. (eds.). The prokaryotes. Vol.
I. New York: Springer Verlag. p. 75-125, 1992.
SCHLESNER, H. The development of media suitable for the microorganisms

morphologically
resembling
Planctomyces
spp,
Pirellula
spp,
and
other
Planctomycetales from various aquatic habitats using dilute media. Systematic and
Applied Microbiology v.17, 135-145, 1994.
SCHMIDT, T.M.; DELONG, E.F.; PACEEE, N.R.; Analysis of a marine picoplankton

community by 16S rRNA gene cloning and sequencing. Journal of Bacteriology, v.
173, p. 4371-4378, 1991.
SMALLA, K.; OROS-SICHLER, M.; MILLING, A.; HEUER, H.; BAUMGARTE, S.;
BECKER, R.; NEUBER, G.; KROPF, S.; ULRICH A.;. TEBBE, C. C. Bacterial diversity
of soils assessed by DGGE, T-RFLP and SSCP fingerprints of PCR-amplified 16S
rRNA gene fragments: Do the different methods provide similar results? Journal of
Microbiological Methods, doi:10.1016/j.mimet.2007.02.014, 2007.
SMILES, D.E. Aspects of the physical environment of soil organisms. Biology and
Fertility of Soils, n. 3, v. 6, p.204-215, 1988.
SMIT, E.; LEEFLANG, P.; GOMMANS, S.; VAN DEN BROEK, J.; VAN, M.S.;
WERNARS, K. Diversity and seasonal fluctuations of the dominant members of the
bacterial soil community in a wheat field as determined by cultivation and molecular
methods. Applied and Environmental Microbiology, v. 67, 2284-2291, 2001.
74
SNEATH, P.H.A.; HOLT, J.G. (eds.). Bergey`s manual of systematic bacteriology.

Volume 2: Gram positives other than Actinomycetes. Baltimore: Williams & Wilkins,
Co. 1986.
STALEY, J.T.;HOLT, J.G. (eds.). Bergey`s manual of systematic bacteriology. Volume

3: Archaeobacteria, Cyanobacteria, and the remaining Gram-negatives. Baltimore:
Williams & Wilkins, Co. 1989.
STALEY, J. Microbial Diversity and the Biospher, 1998.

http://www.bdt.fat.org.br/oea/sib/staley.
THOMPSON, J.D. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple

sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and
weight matrix choice. Nucleic Acids Research, v. 22, p. 4673-80, 1994.
THOMSON, C.J.; POWER. E.; RUEBSAMEN-WAIGMANN, H.; LABISCHINSKI. H.

Antibacterial research and development in the 21st Century an industry perspective
of the challenges. Current Opinion in Microbiology, v. 7, p. 445450, 2004.
TORSVIK, V.; GOKS0YR, J.; DAAE, F.L. High Diversity in DNA of Soil Bacteria.
Applied And Environmental Microbiology, v. 56, n. 3, p. 782-787, 1990.
TORSVIK, V.L. Isolation of bacterial DNA from soil. Soil Biology & Biochemistry, v.
12, p. 15-21, 1980.
TORSVIK, V.; OVREAS, L. Microbial diversity and function in soil: from genes to
ecosystems. Current Opinion in Microbiology, n. 3, v. 5, p. 240245, 2002.
TORSVIK, V.; OVREAS, L.; THINGSTAD, T.F. Prokaryotic diversity: magnitude,

dynamics, and controlling factors. Science, v. 296, p.10641066. 2002.
TORTORA, G.J.; FUNKE, B.R.; CASE, C.L. Livro de Microbiologia. 6. ed. Porto
Alegre: Artemed, p. 827, 2000.
75
TURNBULL P.C.B. Bacillus. In: Barron's Medical Microbiology (Barron S et al, eds.),
4th ed., Univ of Texas Medical Branch. (via NCBI Bookshelf) ISBN 0-9631172-1-1.
(1996).
UCHIYAMA, T. ; et al. Substrate-induced gene-expression screening of environmental

metagenome libraries for isolation of catabolic genes. Nature Biotechnology, v. 23,
n. 1, p. 88-93, 2005.
VAN DE PEER, Y.; CHAPELLE, S.; DE WACHTER, R. A quantitative map of

nucleotide substituion rates in bacterial rRNA. Nucleic Acids Research, v. 24, n 17,
p. 3381-3391, 1996.
VARGAS, M. A. T.; HUNGRIA., E.D.; VARGAS, M. A. T.; Biologia dos solos dos
Cerrados. Planaltina: EMBRAPA-CPAC, p. 34, 1997. -CPAC, p. 34, 1997.
VON WALLBRUNN, A.; HEIPIEPER, H.J.; MEINHARDT, F. Cis/trans isomerisation of

unsaturated fatty acids in a cardiolipin synthase knock-out mutant of Pseudomonas
putida. Applied Microbiology and Biotechnology. n.1-2, v.60, p.179-185, 2002.
YEATS, C. et al. Methods for microbial DNA extraction from soil for PCR amplification.
Biological procedures online. v. 1, n. 1, 1998.
WANG, J.; JENKINS, C.; WEBB, R.I.; FUERST, J.A. Isolation of Gemmata-like and
Isosphaera-like planctomycete bacteria from soil and freshwater. Applied and
Environmental Microbiology, v.68, p. 417-422, 2002.
WARD, D.M. ; FERRIS, M,J.; NOLD, S.N.; BATESON, M.M. A natural view of
microbial biodiversity within hot spring cyanobacterial mat communities. Microbiology
and Molecular Biology Reviews, v. 62, p. 13531370. 1998b.
WARD, D.M. A natural species concept for prokaryotes. Current Opinion in

Microbiology, n. 3, v. 1, p. 271-277, 1998.
76
WILLIAMS, S.T.; SHARPE, M.E. & HOLT, J.G. (eds.). 1989. Bergey.s manual of
systematic bacteriology. Volume 4: Actinomycetes. Baltimore: Williams & Wilkins, Co.
WILSON, E.O. The current state of biology diversity. Biodiversity. National

Academy Press, p. 3-18, 1988.
WHITMAN, W.B.; COLEMAN, D.C.; WIEBE, W.J. Prokaryotes: the unseen majority.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of
America, v. 95, p. 65786583, 1998.
WHITEHOUSE, C.A.; HOTTEL, H.E. Comparison of five commercial DNA extraction

kits for the recovery of Francisella tularensis DNA from spiked soil samples.
Molecular and Cellular Probes, v. 21, p.9296, 2007.
WOESE C.R.; FOX, G.E. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The
primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the
United States of America, v. 74, p. 5088-5090, 1977.
WOESE, C.R.; GUTELL, R.; GUPTA, R.; NOLLER, H.F. Detailed Analysis of the
Higher-Order Structure of 16S-Like Ribosomal Ribonucleic Acids. Microbiological
Reviews, v. 47, n. 4, p. 621-669, 1983.
WOESE, C.R.; KANDLER, O.; WHEELIS, M.L. Towards a natural system of

organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucarya. Proceedings of
the National Academy of Sciences of the United States of Amrica, v. 87, p.
45764579, 1990.
WOESE, C. R. Bacterial evolution. Microbiological Reviews, n. 2, v. 51, p. 221271,

1987.
WOLFGANG, R.S.; ROLF, D.; KARL-ERICH, J. Prospecting for biocatalysts and

drugs in the geneomes of non-cultured microorganisms. Current opinion. v. 15, p.
285-290, 2004.
77
WILSON, E.O. The current state of biology diversity. In: WILSON, E.O. (Org.).
Biodiversity. Washington: National Academy Press, p. 3-18, 1998.
ZAK, J.C.; WILLIG, M.R.; MOORHEAD, D.L.; WILDMAN, H.G. Functional diversity of
microbial communities: a quantitative approach. Soil Biology and Biochemistry, n.
9, v. 26, p. 1101-1108, 1994.
78
8. APNDICES
1. Dendograma feito a partir de resultados obtidos pela tcnica de ARDRA.
79
2. Matriz binria das 34 amostras
A lu I 1
A lu I 2
A lu I 3
A lu I 4
A lu I 5
A lu I 6
A lu I 7
A lu I 8
A lu I 9
A lu I 1 0
H haI 1
H haI 2
H haI 3
H haI 4
H haI 5
H haI 6
H haI 7
H haI 8
H haI 9
H haI 10
H haI 11
M spI 1
M spI 2
M spI 3
M spI 4
M spI 5
M spI 6
M spI 7
M spI 8
M spI 9
M spI 10
M spI 11
M spI 12
M spI 13
M spI 14
M spI 15
M spI 16
M spI 17
M spI 18
M spI 19
M spI 20
M spI 21
M spI 22
M spI 23
M spI 24
M spI 25
A1 B1 C 1 D1 E1 F1 G 1 H 1 A2 B2 C 2 E2 G 2 H 2 B3 C3 F3 H 3 C4 E4 F7 G 7 H 7 F8 G 8 H 8 F9 G 9 H 9 D 10 E10 F10 G 10 H 10
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0
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0
0
0
0
0
1
0
0
0
80
3. Matriz gerada pelos dados de sequenciamento da biblioteca 16S do solo de Mata Atlntica
A (%) antes do nome indica os resultados obtidos usando o primer reverso da seqncia consultada. Para o domnio bactria e Archaea, obteve-se sempre homologia de 100%, por isto foi excluso da tabela.
O nvel de ideal confiana considerado foi maior ou igual a 80%
Lineage: Root(774)
Details:
P01/A01
Bactria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
97,00%
Pseudomonadales
88,00%
Moraxellaceae
84,00%
Acinetobacter
P01/A02
Bactria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
74,00%
P01/A03
Bactria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
84,00%
P01/A04
Bactria
85,00%
Firmicutes
44,00%
Bacilli
19,00%
Bacillales
16,00%
Bacillaceae
13,00%
Filobacillus
P01/A09
Bactria
91,00%
Firmicutes
35,00%
Bacilli
22,00%
Bacillales
20,00%
Planococcaceae
11,00%
Filibacter
11,00%
P01/A10
Bactria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
94,00%
Enterobacteriaceae
94,00%
Leclercia
43,00%
P01/A11
Archaea
18,00%
Euryarchaeota
8,00%
P01/A12
Bactria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
P01/B02
Bacteria
98,00%
Firmicutes
74,00%
P01/B03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
P01/B10
Bacteria
96,00%
Firmicutes
P01/B11
Bacteria
78,00%
P01/B12
Bacteria
96,00%
P01/C01
Bacteria
88,00%
P01/C03
Archaea
65,00%
P01/C04
Bacteria
P01/C05
P01/C10
Methanopyri
3,00%
Methanopyrales
3,00%
Methanopyraceae
3,00%
Methanopyrus
80,00%
6,00%
3,00%
98,00%
Enterobacteriales
96,00%
Enterobacteriaceae
96,00%
Trabulsiella
Bacilli
68,00%
Bacillales
67,00%
Planococcaceae
34,00%
Filibacter
34,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
91,00%
Bacillaceae
85,00%
Bacillus
52,00%
48,00%
Bacilli
33,00%
Bacillales
30,00%
Bacillaceae
10,00%
Jeotgalibacillus
Proteobacteria
47,00%
Gammaproteobacteria
38,00%
Enterobacteriales
26,00%
Enterobacteriaceae
26,00%
Trabulsiella
5,00%
Firmicutes
68,00%
Bacilli
55,00%
Bacillales
28,00%
Bacillaceae
24,00%
Jeotgalibacillus
3,00%
Proteobacteria
30,00%
Alphaproteobacteria
19,00%
Rhodobacterales
16,00%
Rhodobacteraceae
16,00%
Rubrimonas
16,00%
Euryarchaeota
56,00%
Thermococci
14,00%
Thermococcales
14,00%
Thermococcaceae
14,00%
Palaeococcus
14,00%
100,00%
Acidobacteria
83,00%
Acidobacteria
83,00%
Acidobacteriales
83,00%
Acidobacteriaceae
83,00%
Gp2
83,00%
Archaea
28,00%
Crenarchaeota
18,00%
Thermoprotei
18,00%
Desulfurococcales
13,00%
Desulfurococcaceae
12,00%
Sulfophobococcus
11,00%
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
94,00%
Gammaproteobacteria
67,00%
Pseudomonadales
31,00%
Moraxellaceae
25,00%
Alkanindiges
25,00%
P01/C11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P01/C12
Bacteria
94,00%
Proteobacteria
79,00%
Gammaproteobacteria
74,00%
Enterobacteriales
73,00%
Enterobacteriaceae
73,00%
Leclercia
46,00%
P01/D01
Bacteria
99,00%
Firmicutes
93,00%
Bacilli
85,00%
Bacillales
60,00%
Bacillaceae
48,00%
Jeotgalibacillus
33,00%
P01/D02
Bacteria
90,00%
Proteobacteria
56,00%
Gammaproteobacteria
27,00%
Methylococcales
3,00%
Methylococcaceae
3,00%
Methylosphaera
3,00%
P01/D03
Archaea
39,00%
Crenarchaeota
14,00%
Thermoprotei
14,00%
Thermoproteales
11,00%
Thermoproteaceae
10,00%
Thermoproteus
10,00%
P01/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
92,00%
Gammaproteobacteria
74,00%
Alteromonadales
13,00%
Incertae sedis 7
8,00%
P01/D05
Bacteria
90,00%
Cyanobacteria
3,00%
Cyanobacteria
Microcystis
1,00%
P01/D11
Archaea
58,00%
Crenarchaeota
45,00%
Thermoprotei
45,00%
Desulfurococcales
29,00%
Pyrodictiaceae
11,00%
Pyrolobus
P01/D12
Bacteria
87,00%
Firmicutes
26,00%
Clostridia
21,00%
Clostridiales
19,00%
Clostridiaceae
13,00%
Soehngenia
P01/E01
Bacteria
95,00%
Firmicutes
50,00%
Bacilli
37,00%
Bacillales
35,00%
Bacillaceae
22,00%
Jeotgalibacillus
12,00%
P01/E02
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
97,00%
Gammaproteobacteria
96,00%
Enterobacteriales
93,00%
Enterobacteriaceae
93,00%
Leclercia
20,00%
P01/E04
Archaea
43,00%
Euryarchaeota
33,00%
Thermoplasmata
14,00%
Thermoplasmatales
14,00%
Picrophilaceae
11,00%
Picrophilus
11,00%
3,00%
81
Family 1.1
3,00%
Alishewanella
87,00%
5,00%
8,00%
10,00%
5,00%
P01/E05
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
98,00%
Planctomycetacia
98,00%
Planctomycetales
98,00%
Planctomycetaceae
98,00%
Isosphaera
98,00%
P01/E06
Archaea
24,00%
Crenarchaeota
24,00%
Thermoprotei
24,00%
Desulfurococcales
24,00%
Desulfurococcaceae
24,00%
Acidilobus
24,00%
P01/E08
Bacteria
97,00%
Bacteroidetes
10,00%
Flavobacteria
9,00%
P01/E09
Bacteria
81,00%
Proteobacteria
51,00%
Gammaproteobacteria
P01/E10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P01/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P01/E12
Bacteria
92,00%
Proteobacteria
85,00%
Gammaproteobacteria
70,00%
Pseudomonadales
41,00%
P01/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P01/F02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P01/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
97,00%
Bacillaceae
67,00%
P01/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
98,00%
Enterobacteriaceae
98,00%
Trabulsiella
57,00%
P01/F06
Archaea
43,00%
Crenarchaeota
22,00%
Thermoprotei
22,00%
Thermoproteales
12,00%
Thermoproteaceae
10,00%
Thermoproteus
10,00%
P01/F10
Bacteria
60,00%
Planctomycetes
12,00%
Planctomycetacia
12,00%
Planctomycetales
12,00%
Planctomycetaceae
12,00%
Isosphaera
11,00%
P01/F11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
26,00%
Flavobacteriales
Pseudomonadales
9,00%
Flavobacteriaceae
7,00%
Pseudomonadaceae
89,00%
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
Moraxellaceae
6,00%
Epilithonimonas
7,00%
Flavimonas
89,00%
Bacillus
2,00%
6,00%
63,00%
100,00%
Trabulsiella
90,00%
21,00%
Alkanindiges
19,00%
100,00%
Leclercia
53,00%
100,00%
Citrobacter
26,00%
Paucisalibacillus
13,00%
P01/F12
Bacteria
92,00%
Proteobacteria
73,00%
Gammaproteobacteria
60,00%
Xanthomonadales
48,00%
Xanthomonadaceae
48,00%
Luteimonas
35,00%
P01/G02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
98,00%
Enterobacteriaceae
98,00%
Leclercia
55,00%
P01/G03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
Bacilli
96,00%
Bacillales
95,00%
Caryophanaceae
46,00%
Caryophanon
46,00%
P01/G04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Leclercia
38,00%
P01/G09
Archaea
36,00%
Euryarchaeota
23,00%
Archaeoglobi
P01/G10
Bacteria
85,00%
Firmicutes
58,00%
Bacilli
49,00%
Bacillales
P01/G11
Archaea
15,00%
Crenarchaeota
10,00%
Thermoprotei
10,00%
Desulfurococcales
6,00%
P01/H01
Bacteria
96,00%
Bacteroidetes
17,00%
Sphingobacteria
15,00%
Sphingobacteriales
15,00%
P01/H03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
P01/H09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
P01/H10
Archaea
12,00%
Crenarchaeota
10,00%
Thermoprotei
10,00%
Desulfurococcales
P01/H11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
78,00%
Bacilli
67,00%
Bacillales
44,00%
Bacillaceae
97,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
8,00%
Enterobacteriales
Archaeoglobales
100,00%
8,00%
35,00%
8,00%
Enterobacteriaceae
Archaeoglobaceae
Planococcaceae
Desulfurococcaceae
Crenotrichaceae
Pyrodictiaceae
100,00%
8,00%
16,00%
Ferroglobus
Filibacter
7,00%
16,00%
6,00%
Thermodiscus
5,00%
12,00%
Rhodothermus
11,00%
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
100,00%
Stenotrophomonas
98,00%
7,00%
Pyrolobus
34,00%
Paraliobacillus
2,00%
11,00%
P01/H12
Bacteria
98,00%
Firmicutes
46,00%
Bacilli
32,00%
Bacillales
31,00%
Planococcaceae
12,00%
Filibacter
2,00%
P02/A03
Archaea
29,00%
Crenarchaeota
14,00%
Thermoprotei
14,00%
Desulfurococcales
10,00%
Desulfurococcaceae
10,00%
Acidilobus
4,00%
P02/A04
Bacteria
91,00%
Thermodesulfobacteria
P02/A05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
97,00%
Caryophanaceae
39,00%
Caryophanon
39,00%
P02/A06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
94,00%
Bacillaceae
90,00%
Bacillus
73,00%
P02/A07
Archaea
59,00%
Crenarchaeota
28,00%
Thermoproteus
P02/A09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P02/A11
Bacteria
99,00%
Firmicutes
82,00%
Bacilli
76,00%
Bacillales
68,00%
Bacillaceae
34,00%
Ornithinibacillus
14,00%
P02/B02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
89,00%
Planococcaceae
37,00%
Filibacter
33,00%
P02/B03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
78,00%
Bacilli
72,00%
Bacillales
71,00%
Bacillaceae
57,00%
Jeotgalibacillus
42,00%
P02/B04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
9,00%
100,00%
Thermoprotei
Gammaproteobacteria
Gammaproteobacteria
9,00%
Thermodesulfobacteriales
9,00%
Thermodesulfobacteriaceae
9,00%
28,00%
Thermoproteales
17,00%
Thermoproteaceae
17,00%
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
100,00%
82
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Thermodesulfatator
Stenotrophomonas
Acinetobacter
9,00%
6,00%
95,00%
100,00%
P02/B05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
85,00%
Bacillaceae
84,00%
Jeotgalibacillus
31,00%
P02/B06
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
83,00%
Gammaproteobacteria
46,00%
Pseudomonadales
16,00%
Moraxellaceae
13,00%
Alkanindiges
12,00%
P02/B09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Shigella
32,00%
P02/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
70,00%
P02/B11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P02/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
P02/C02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
98,00%
Enterobacteriaceae
98,00%
Salmonella
40,00%
P02/C03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Shigella
49,00%
P02/C04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Shigella
43,00%
P02/C05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Caryophanon
52,00%
P02/C09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
25,00%
P02/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
97,00%
Enterobacteriaceae
97,00%
Leclercia
35,00%
P02/C11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
39,00%
P02/C12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Caryophanon
91,00%
P02/D01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
Flavimonas
95,00%
P02/D02
Bacteria
63,00%
Firmicutes
28,00%
Bacilli
18,00%
Bacillales
18,00%
Bacillaceae
13,00%
Halolactibacillus
P02/D03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
42,00%
Caryophanon
P02/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
Gammaproteobacteria
94,00%
Xanthomonadales
80,00%
Xanthomonadaceae
80,00%
Stenotrophomonas
35,00%
P02/D10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
74,00%
Bacillaceae
67,00%
Jeotgalibacillus
26,00%
98,00%
99,00%
Bacillales
98,00%
Caryophanaceae
50,00%
Caryophanon
50,00%
100,00%
Acinetobacter
100,00%
52,00%
91,00%
100,00%
3,00%
42,00%
P02/D12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
75,00%
Caryophanon
75,00%
P02/E03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P02/E04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Kluyvera
42,00%
P02/E09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
99,00%
P02/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
99,00%
P02/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
90,00%
Gammaproteobacteria
69,00%
Pseudomonadales
49,00%
Moraxellaceae
49,00%
Alkanindiges
45,00%
P02/F02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
98,00%
Bacilli
93,00%
Bacillales
91,00%
Planococcaceae
25,00%
Filibacter
23,00%
P02/F03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P02/F04
Bacteria
93,00%
P02/F05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
P02/F06
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
60,00%
Gammaproteobacteria
39,00%
Enterobacteriales
21,00%
Enterobacteriaceae
P02/F09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
90,00%
Bacillaceae
P02/F11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
P02/G02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
P02/G03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
61,00%
Caryophanon
61,00%
P02/G04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
Gammaproteobacteria
97,00%
Enterobacteriales
96,00%
Enterobacteriaceae
96,00%
Leclercia
66,00%
P02/G05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Bacillaceae
62,00%
Jeotgalibacillus
38,00%
P02/G06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
90,00%
Bacillaceae
84,00%
Paraliobacillus
22,00%
Firmicutes
100,00%
21,00%
97,00%
Gammaproteobacteria
Mollicutes
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
8,00%
Anaeroplasmatales
8,00%
83
Moraxellaceae
Anaeroplasmataceae
100,00%
8,00%
Acinetobacter
Asteroleplasma
100,00%
8,00%
Citrobacter
24,00%
21,00%
Sodalis
11,00%
89,00%
Paucisalibacillus
24,00%
100,00%
66,00%
P02/G07
Bacteria
91,00%
Proteobacteria
66,00%
Gammaproteobacteria
57,00%
Pseudomonadales
49,00%
Pseudomonadaceae
49,00%
P02/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
P02/G10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
P02/G11
Archaea
57,00%
Methanopyrales
P02/H03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P02/H04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P02/H06
Archaea
26,00%
Crenarchaeota
18,00%
Thermoprotei
18,00%
Thermoproteales
8,00%
Thermofilaceae
6,00%
Thermofilum
6,00%
P02/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
96,00%
Pseudomonadales
84,00%
Moraxellaceae
82,00%
Acinetobacter
69,00%
Thermoprotei
12,00%
Thermoproteales
11,00%
Thermoproteaceae
11,00%
Thermoproteus
Euryarchaeota
28,00%
Methanopyri
P02/H09
Archaea
28,00%
Crenarchaeota
12,00%
P03/A01
Bacteria
100,00%
100,00%
P03/A02
Bacteria
90,00%
Proteobacteria
DeinococcusThermus
P03/A03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
80,00%
Gammaproteobacteria
P03/A04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P03/A05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
P03/A06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P03/A07
Bacteria
100,00%
P03/A09
Bacteria
100,00%
P03/A10
Bacteria
P03/A11
P03/A12
9,00%
Gammaproteobacteria
Deinococci
99,00%
16,00%
100,00%
9,00%
Bacillales
Pseudomonadales
Thermales
68,00%
Xanthomonadales
Gammaproteobacteria
100,00%
Bacilli
100,00%
100,00%
Bacilli
Firmicutes
100,00%
Proteobacteria
100,00%
100,00%
Proteobacteria
Bacteria
100,00%
Bacteria
100,00%
P03/B01
Bacteria
P03/B02
Bacteria
P03/B03
P03/B04
75,00%
Flavimonas
49,00%
Stenotrophomonas
97,00%
Paucisalibacillus
11,00%
Bacillaceae
74,00%
16,00%
Methanopyraceae
16,00%
Methanopyrus
16,00%
96,00%
Planococcaceae
46,00%
Filibacter
46,00%
100,00%
Leclercia
39,00%
100,00%
9,00%
Enterobacteriaceae
Moraxellaceae
Thermaceae
100,00%
9,00%
Acinetobacter
Vulcanithermus
7,00%
100,00%
9,00%
51,00%
Xanthomonadaceae
51,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
71,00%
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Bacilli
100,00%
Bacillales
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
62,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
97,00%
Gammaproteobacteria
96,00%
Pseudomonadales
84,00%
P03/B05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P03/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
90,00%
Pseudomonadales
68,00%
P03/B07
Bacteria
84,00%
Proteobacteria
38,00%
Gammaproteobacteria
22,00%
Xanthomonadales
14,00%
P03/B09
Archaea
24,00%
Euryarchaeota
20,00%
Methanobacteria
P03/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
P03/B11
Bacteria
98,00%
Cyanobacteria
14,00%
Cyanobacteria
14,00%
Family 3.1
P03/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P03/C01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
83,00%
P03/C02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P03/C03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P03/C04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P03/C05
Bacteria
100,00%
P03/C07
Bacteria
100,00%
5,00%
99,00%
99,00%
Bacillaceae
Caryophanaceae
22,00%
Leclercia
41,00%
Caryophanon
71,00%
78,00%
Caryophanon
78,00%
99,00%
Bacillus
90,00%
Caryophanon
68,00%
100,00%
68,00%
Raoultella
33,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
39,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
97,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
Enterobacteriales
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
62,00%
Caryophanon
62,00%
Moraxellaceae
84,00%
Acinetobacter
81,00%
100,00%
Enterobacter
31,00%
Moraxellaceae
66,00%
Acinetobacter
51,00%
Xanthomonadaceae
14,00%
Xylella
4,00%
Methanothermobacter
5,00%
Methanobacteriales
5,00%
96,00%
8,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
Methanobacteriaceae
Enterobacteriaceae
Halospirulina
100,00%
Xanthomonadales
Gammaproteobacteria
71,00%
Pseudomonadales
50,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
84
Xylella
99,00%
Xanthomonadaceae
Moraxellaceae
5,00%
96,00%
Leclercia
50,00%
8,00%
100,00%
100,00%
Acinetobacter
46,00%
100,00%
Citrobacter
46,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
68,00%
Bacillus
83,00%
Bacillaceae
46,00%
Stenotrophomonas
98,00%
30,00%
P03/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P03/C09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
P03/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P03/C11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P03/C12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
96,00%
Gammaproteobacteria
95,00%
Pseudomonadales
93,00%
Moraxellaceae
93,00%
Acinetobacter
93,00%
P03/D01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
Caryophanaceae
74,00%
Caryophanon
74,00%
P03/D03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
98,00%
Xanthomonadaceae
98,00%
Stenotrophomonas
78,00%
P03/D04
Bacteria
98,00%
Firmicutes
80,00%
Bacilli
77,00%
Bacillales
69,00%
Bacillaceae
36,00%
Jeotgalibacillus
20,00%
P03/D05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
91,00%
Bacillaceae
88,00%
Bacillus
49,00%
P03/D06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
96,00%
Bacilli
91,00%
Bacillales
82,00%
Bacillaceae
73,00%
Jeotgalibacillus
P03/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P03/D08
Bacteria
99,00%
Bacteroidetes
24,00%
P03/D09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Alphaproteobacteria
100,00%
P03/D11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
Sphingobacteria
100,00%
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
17,00%
Sphingobacteriales
17,00%
Flexibacteraceae
Caulobacterales
96,00%
Caulobacteraceae
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Xanthomonadales
100,00%
71,00%
8,00%
Flavimonas
95,00%
16,00%
Emticicia
10,00%
96,00%
Phenylobacterium
69,00%
47,00%
Caryophanon
47,00%
P03/D12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
Stenotrophomonas
99,00%
P03/E01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
97,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
70,00%
Bacillaceae
60,00%
Jeotgalibacillus
15,00%
P03/E02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
99,00%
Bacillus
94,00%
P03/E03
Bacteria
84,00%
Firmicutes
26,00%
Bacilli
12,00%
Bacillales
7,00%
Bacillaceae
4,00%
P03/E04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
86,00%
Gammaproteobacteria
80,00%
Pseudomonadales
54,00%
Pseudomonadaceae
P03/E05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P03/E06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P03/E07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P03/E09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Betaproteobacteria
100,00%
Burkholderiales
100,00%
P03/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
P03/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
P03/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P03/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
P03/F02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P03/F03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P03/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P03/F05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P03/F06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
61,00%
Caryophanon
61,00%
P03/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
98,00%
Bacillaceae
74,00%
Jeotgalibacillus
47,00%
P03/F08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Betaproteobacteria
100,00%
Burkholderiales
100,00%
Comamonadaceae
100,00%
P03/F09
Bacteria
81,00%
Proteobacteria
31,00%
Alphaproteobacteria
23,00%
Rhodospirillales
17,00%
Acetobacteraceae
17,00%
Paracraurococcus
P03/F10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
53,00%
Caryophanon
P03/F11
Bacteria
96,00%
Firmicutes
74,00%
Bacilli
36,00%
Bacillales
34,00%
Bacillaceae
26,00%
Paucisalibacillus
85
Xanthomonadaceae
100,00%
61,00%
100,00%
100,00%
Paucisalibacillus
2,00%
54,00%
Flavimonas
30,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
95,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
78,00%
51,00%
Caryophanon
51,00%
Burkholderiaceae
100,00%
Burkholderia
99,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
85,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
97,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
54,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
24,00%
Pseudomonadales
98,00%
Acinetobacter
93,00%
Leclercia
43,00%
Moraxellaceae
96,00%
100,00%
Variovorax
98,00%
100,00%
100,00%
6,00%
53,00%
7,00%
P03/F12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
56,00%
P03/G01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
63,00%
P03/G02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
98,00%
P03/G04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
53,00%
P03/G05
Archaea
47,00%
P03/G06
Bacteria
P03/G07
P03/G09
Caryophanaceae
53,00%
Caryophanon
Crenarchaeota
27,00%
Thermoprotei
27,00%
Thermoproteales
11,00%
Thermoproteaceae
11,00%
Thermoproteus
7,00%
100,00%
Firmicutes
97,00%
Bacilli
95,00%
Bacillales
84,00%
Bacillaceae
75,00%
Jeotgalibacillus
33,00%
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P03/G10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P03/G11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P03/H01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
74,00%
Gammaproteobacteria
P03/H02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P03/H03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P03/H04
Bacteria
96,00%
Bacteroidetes
37,00%
P03/H05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P03/H06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
P03/H07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P03/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P03/H09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P03/H10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Pseudomonadales
99,00%
P03/H11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
62,00%
Caryophanon
62,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
69,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
92,00%
74,00%
Pseudomonadales
72,00%
Pseudomonadaceae
72,00%
Flavimonas
67,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
25,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Buttiauxella
33,00%
30,00%
Flavobacteriales
30,00%
Flavobacteriaceae
30,00%
Kordia
15,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
98,00%
Enterobacteriaceae
98,00%
Leclercia
49,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
99,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
64,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
53,00%
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
56,00%
Caryophanon
56,00%
Moraxellaceae
98,00%
Acinetobacter
98,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Flavobacteria
P03/H12
Bacteria
97,00%
Firmicutes
51,00%
Bacilli
39,00%
Lactobacillales
23,00%
Carnobacteriaceae
20,00%
Isobaculum
P04/A01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
95,00%
Bacillales
86,00%
Bacillaceae
81,00%
Paraliobacillus
20,00%
P04/A02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P04/A03
Bacteria
96,00%
Proteobacteria
32,00%
Gammaproteobacteria
16,00%
Enterobacteriales
P04/A04
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
60,00%
Gammaproteobacteria
40,00%
Pasteurellales
P04/A05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P04/A06
Bacteria
75,00%
P04/A07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P04/A08
Bacteria
95,00%
Proteobacteria
37,00%
Gammaproteobacteria
17,00%
Enterobacteriales
13,00%
P04/A09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P04/A10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P04/A11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P04/A12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
P04/B01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
P04/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Alphaproteobacteria
93,00%
Hyphomicrobiaceae
P04/B03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
Chloroflexi
4,00%
Chloroflexi
4,00%
97,00%
100,00%
86
Enterobacteriales
Chloroflexales
Rhizobiales
Pseudomonadales
100,00%
9,00%
19,00%
100,00%
4,00%
99,00%
100,00%
Moraxellaceae
Enterobacteriaceae
Pragia
6,00%
19,00%
Nicoletella
8,00%
100,00%
Citrobacter
37,00%
4,00%
Roseiflexus
3,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
68,00%
Enterobacteriaceae
13,00%
Buchnera
13,00%
Pasteurellaceae
Enterobacteriaceae
Chloroflexaceae
Moraxellaceae
9,00%
18,00%
100,00%
Acinetobacter
95,00%
Paenibacillus
95,00%
100,00%
Citrobacter
61,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
63,00%
Paenibacillaceae
Moraxellaceae
50,00%
100,00%
Prosthecomicrobium
Acinetobacter
100,00%
45,00%
100,00%
P04/B04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Buttiauxella
47,00%
P04/B05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
92,00%
P04/B06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
41,00%
Caryophanon
41,00%
P04/B07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonas
81,00%
P04/B08
Bacteria
98,00%
Firmicutes
28,00%
Jeotgalibacillus
17,00%
11,00%
Bifidobacteriaceae
41,00%
Bacilli
Actinobacteria
36,00%
Bacillales
17,00%
Actinobacteridae
82,00%
100,00%
Caryophanaceae
Pseudomonadaceae
32,00%
Bacillaceae
15,00%
Bifidobacteriales
P04/B09
Bacteria
95,00%
Actinobacteria
17,00%
P04/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P04/B12
Bacteria
92,00%
P04/C01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
P04/C02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
P04/C03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
80,00%
Bacilli
59,00%
Bacillales
51,00%
P04/C04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P04/C06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P04/C07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P04/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P04/C09
Bacteria
97,00%
P04/C10
Bacteria
100,00%
P04/C11
Bacteria
93,00%
P04/D01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P04/D02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P04/D03
Bacteria
95,00%
Proteobacteria
41,00%
Deltaproteobacteria
12,00%
Bdellovibrionales
P04/D04
Archaea
11,00%
Euryarchaeota
11,00%
Thermoplasmata
11,00%
Thermoplasmatales
P04/D05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
98,00%
Bacillales
P04/D06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P04/D07
Bacteria
84,00%
Proteobacteria
34,00%
Gammaproteobacteria
P04/D08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
42,00%
Alphaproteobacteria
P04/D09
Bacteria
81,00%
Proteobacteria
37,00%
Deltaproteobacteria
P04/D10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
Firmicutes
Firmicutes
Proteobacteria
Firmicutes
32,00%
71,00%
100,00%
38,00%
Alphaproteobacteria
Bacilli
Bacilli
Gammaproteobacteria
Bacilli
100,00%
21,00%
50,00%
100,00%
27,00%
100,00%
7,00%
28,00%
8,00%
Rhizobiales
Bacillales
100,00%
20,00%
Bradyrhizobiaceae
Planococcaceae
100,00%
8,00%
Afipia
Filibacter
44,00%
Paraliobacillus
18,00%
100,00%
Caryophanaceae
62,00%
Caryophanon
62,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
41,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
97,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
67,00%
Bacillales
Enterobacteriales
Bacillales
Enterobacteriales
25,00%
100,00%
24,00%
100,00%
98,00%
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
Bacillaceae
17,00%
100,00%
16,00%
Jeotgalibacillus
Salmonella
Saccharococcus
47,00%
98,00%
Bacillus
58,00%
7,00%
Bacteriovoracaceae
7,00%
Peredibacter
7,00%
11,00%
Ferroplasmataceae
11,00%
Ferroplasma
11,00%
83,00%
Bacillaceae
83,00%
Jeotgalibacillus
20,00%
Leclercia
68,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Chromatiales
5,00%
Ectothiorhodospiraceae
4,00%
Arhodomonas
3,00%
Rhodobacterales
8,00%
Rhodobacteraceae
8,00%
Methylarcula
5,00%
6,00%
Sorangineae
4,00%
Polyangiaceae
Myxococcales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
P04/E02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P04/E03
Bacteria
86,00%
P04/E04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P04/E05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
P04/E06
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
94,00%
Gammaproteobacteria
91,00%
Enterobacteriales
86,00%
Enterobacteriaceae
86,00%
Leclercia
P04/E09
Archaea
39,00%
Crenarchaeota
35,00%
Thermoprotei
35,00%
Desulfurococcales
30,00%
Desulfurococcaceae
30,00%
Desulfurococcus
P04/E10
Bacteria
100,00%
Caryophanaceae
77,00%
Caryophanon
Firmicutes
100,00%
Bacilli
27,00%
100,00%
87
8,00%
Shigella
Bacteria
Gammaproteobacteria
9,00%
47,00%
100,00%
P04/E01
39,00%
7,00%
Bacillaceae
P04/D12
Proteobacteria
9,00%
83,00%
Enterobacteriales
Bacillales
99,00%
11,00%
100,00%
Bacillaceae
98,00%
Bacillus
4,00%
20,00%
89,00%
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Caryophanaceae
73,00%
Caryophanon
73,00%
Enterobacteriaceae
11,00%
Leclercia
10,00%
63,00%
Caryophanon
63,00%
100,00%
Acinetobacter
100,00%
59,00%
4,00%
77,00%
P04/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P04/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
P04/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P04/F02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
72,00%
P04/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
81,00%
Bacillus
46,00%
P04/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Stenotrophomonas
87,00%
P04/F05
Archaea
17,00%
Euryarchaeota
14,00%
Halobacteria
P04/F06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
P04/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P04/F08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P04/F09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
P04/F10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
72,00%
Caryophanon
P04/F11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
60,00%
Caryophanon
60,00%
P04/F12
Archaea
74,00%
Crenarchaeota
47,00%
Desulfurococcaceae
39,00%
Sulfophobococcus
22,00%
100,00%
Citrobacter
63,00%
100,00%
25,00%
66,00%
Bacilli
Deltaproteobacteria
Thermoprotei
7,00%
99,00%
100,00%
21,00%
Xanthomonadales
Halobacteriales
Xanthomonadales
Bacillales
Desulfuromonales
66,00%
Desulfurococcales
96,00%
100,00%
7,00%
99,00%
100,00%
14,00%
Bacillaceae
Xanthomonadaceae
Halobacteriaceae
100,00%
7,00%
Haloterrigena
70,00%
100,00%
43,00%
3,00%
Xanthomonadaceae
99,00%
Stenotrophomonas
59,00%
Caryophanaceae
68,00%
Caryophanon
68,00%
7,00%
Malonomonas
Desulfuromonaceae
100,00%
Bacillus
7,00%
100,00%
72,00%
P04/G01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P04/G02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
74,00%
Caryophanon
74,00%
P04/G04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
94,00%
Vulcanibacillus
38,00%
P04/G05
Bacteria
97,00%
P04/G06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
P04/G07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
50,00%
P04/G08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
48,00%
P04/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
P04/G10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
97,00%
Pseudomonadales
60,00%
Moraxellaceae
58,00%
Acinetobacter
54,00%
P04/G11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P04/G12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Bacillus
P04/H01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Shigella
49,00%
P04/H02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
86,00%
P04/H03
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
91,00%
91,00%
Planctomycetales
91,00%
Planctomycetaceae
91,00%
Gemmata
60,00%
P04/H04
Bacteria
86,00%
Thermomicrobia
4,00%
P04/H05
Archaea
25,00%
Crenarchaeota
P04/H06
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
P04/H07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
P04/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
P04/H09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
73,00%
Caryophanon
73,00%
P04/H10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
90,00%
Bacillaceae
89,00%
Bacillus
39,00%
P04/H11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
64,00%
Caryophanon
64,00%
P04/H12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
Klebsiella
32,00%
Chlamydiae
8,00%
Chlamydiae
Planctomycetacia
Thermomicrobia
21,00%
Thermoprotei
99,00%
Planctomycetacia
8,00%
Chlamydiales
8,00%
99,00%
Waddliaceae
Bacillaceae
7,00%
4,00%
Thermomicrobiales
4,00%
Thermomicrobiaceae
4,00%
21,00%
Desulfurococcales
19,00%
Desulfurococcaceae
99,00%
Planctomycetales
99,00%
Bacillales
93,00%
100,00%
88
Waddlia
7,00%
100,00%
100,00%
98,00%
Thermomicrobium
4,00%
19,00%
Desulfurococcus
9,00%
Planctomycetaceae
99,00%
Isosphaera
94,00%
Bacillaceae
93,00%
Bacillus
63,00%
Stenotrophomonas
99,00%
100,00%
100,00%
pl05/A03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
96,00%
Enterobacteriaceae
96,00%
Salmonella
52,00%
pl05/A09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
76,00%
Bacilli
74,00%
Bacillales
73,00%
Bacillaceae
38,00%
Jeotgalibacillus
29,00%
pl05/A10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
Salmonella
35,00%
pl05/B01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
98,00%
Bacilli
98,00%
Bacillales
98,00%
Caryophanaceae
35,00%
Caryophanon
35,00%
pl05/B03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
45,00%
Caryophanon
45,00%
pl05/B06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
88,00%
Bacillaceae
83,00%
Bacillus
52,00%
pl05/B10
Bacteria
98,00%
Firmicutes
89,00%
Bacilli
88,00%
Bacillales
74,00%
Bacillaceae
43,00%
Jeotgalibacillus
42,00%
pl05/B11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
Raoultella
38,00%
pl05/B12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Caryophanon
77,00%
pl05/C02
Bacteria
96,00%
pl05/C03
Bacteria
100,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Proteobacteria
56,00%
Gammaproteobacteria
43,00%
Oceanospirillales
6,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
98,00%
Bacillales
98,00%
Enterobacteriaceae
Oceanospirillaceae
Planococcaceae
100,00%
100,00%
77,00%
4,00%
Oleispira
4,00%
44,00%
Filibacter
44,00%
pl05/C06
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
51,00%
Gammaproteobacteria
34,00%
Xanthomonadales
13,00%
Xanthomonadaceae
13,00%
Fulvimonas
12,00%
pl05/C07
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
95,00%
Gammaproteobacteria
79,00%
Chromatiales
33,00%
Chromatiaceae
26,00%
Thiococcus
16,00%
pl05/C09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
84,00%
Bacillaceae
84,00%
Jeotgalibacillus
20,00%
pl05/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
47,00%
pl05/C12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
99,00%
pl05/D03
Bacteria
96,00%
Firmicutes
61,00%
Bacilli
52,00%
Bacillales
35,00%
Bacillaceae
22,00%
Halolactibacillus
11,00%
pl05/D04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
92,00%
Bacilli
80,00%
Bacillales
59,00%
Bacillaceae
45,00%
Jeotgalibacillus
3,00%
pl05/D06
Bacteria
85,00%
Aquificae
9,00%
Aquifex
9,00%
pl05/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
pl05/D08
Bacteria
92,00%
Proteobacteria
70,00%
Gammaproteobacteria
47,00%
Pseudomonadales
13,00%
pl05/D09
Bacteria
91,00%
Firmicutes
25,00%
Clostridia
19,00%
Thermoanaerobacteriales
pl05/D10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
90,00%
Caryophanaceae
pl05/D11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
99,00%
pl05/D12
Bacteria
97,00%
Firmicutes
65,00%
Clostridia
58,00%
Clostridiales
50,00%
pl05/E02
Bacteria
100,00%
100,00%
pl05/E03
Bacteria
96,00%
Firmicutes
31,00%
Bacilli
18,00%
Bacillales
14,00%
Bacillaceae
12,00%
Vulcanibacillus
1,00%
pl05/E04
Bacteria
90,00%
Aquificae
10,00%
Aquificae
10,00%
Aquificales
10,00%
Incertae sedis 2
10,00%
Desulfurobacterium
9,00%
pl05/E05
Bacteria
93,00%
Bacteroidetes
18,00%
Flavobacteria
11,00%
Flavobacteriales
11,00%
Flavobacteriaceae
11,00%
Empedobacter
4,00%
pl05/E07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
88,00%
Bacilli
85,00%
Bacillales
80,00%
Bacillaceae
34,00%
Jeotgalibacillus
21,00%
pl05/E08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
Flavimonas
86,00%
pl05/E09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Jeotgalibacillus
23,00%
pl05/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
69,00%
pl05/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
96,00%
pl05/E12
Bacteria
91,00%
Planctomycetes
43,00%
Planctomycetacia
43,00%
Planctomycetales
43,00%
Planctomycetaceae
43,00%
Isosphaera
21,00%
pl05/F01
Bacteria
96,00%
Proteobacteria
72,00%
Gammaproteobacteria
55,00%
Pseudomonadales
39,00%
Moraxellaceae
35,00%
Acinetobacter
34,00%
pl05/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
96,00%
Bacilli
94,00%
Bacillales
94,00%
Bacillaceae
53,00%
Jeotgalibacillus
44,00%
Proteobacteria
100,00%
Aquificae
Gammaproteobacteria
9,00%
100,00%
100,00%
98,00%
89
Aquificales
Pseudomonadales
Pseudomonadales
Bacillales
9,00%
9,00%
100,00%
84,00%
Aquificaceae
Enterobacteriaceae
Moraxellaceae
Thermoanaerobacteriaceae
9,00%
100,00%
10,00%
9,00%
Raoultella
41,00%
Alkanindiges
10,00%
Thermovenabulum
9,00%
26,00%
Caryophanon
Caryophanaceae
70,00%
Caryophanon
70,00%
Acidaminococcaceae
35,00%
Thermosinus
15,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
88,00%
Pseudomonadaceae
Bacillaceae
100,00%
74,00%
26,00%
pl05/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
90,00%
Gammaproteobacteria
89,00%
Enterobacteriales
66,00%
Enterobacteriaceae
pl05/F05
Bacteria
94,00%
Firmicutes
52,00%
Bacilli
36,00%
Bacillales
19,00%
Planococcaceae
6,00%
pl05/F06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
53,00%
Caryophanon
pl05/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
pl05/F08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
pl05/F10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
pl05/G02
Bacteria
93,00%
Bacteroidetes
26,00%
Bacteroidetes
pl05/G04
Bacteria
90,00%
Proteobacteria
36,00%
Deltaproteobacteria
pl05/G05
Archaea
12,00%
Euryarchaeota
11,00%
Thermoplasmata
pl05/G06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
86,00%
Alphaproteobacteria
pl05/G08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
pl05/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
pl05/G10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
pl05/G11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
pl05/H03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
pl05/H05
Archaea
7,00%
Euryarchaeota
6,00%
pl05/H06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
67,00%
Alphaproteobacteria
27,00%
Rhodospirillales
20,00%
Acetobacteraceae
20,00%
Belnapia
18,00%
pl05/H10
Bacteria
99,00%
Firmicutes
72,00%
Bacilli
59,00%
Bacillales
59,00%
Bacillaceae
41,00%
Jeotgalibacillus
27,00%
P06/A01
Archaea
28,00%
Euryarchaeota
P06/A02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P06/A03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/A04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/A06
Archaea
37,00%
P06/A08
Bacteria
83,00%
P06/A09
Bacteria
P06/A10
P06/A11
95,00%
100,00%
97,00%
24,00%
Gammaproteobacteria
Bacilli
Bacilli
Methanobacteria
95,00%
100,00%
5,00%
17,00%
9,00%
70,00%
97,00%
1,00%
66,00%
Hafnia
Filibacter
37,00%
6,00%
53,00%
Bacillaceae
89,00%
Paraliobacillus
27,00%
Pseudomonadales
95,00%
Pseudomonadaceae
95,00%
Flavimonas
85,00%
Bacillales
98,00%
Bacillaceae
93,00%
Bacillus
90,00%
Bacteroidales
Bdellovibrionales
Thermoplasmatales
Rhizobiales
Bacillales
Methanobacteriales
5,00%
11,00%
9,00%
43,00%
99,00%
100,00%
96,00%
1,00%
Rikenellaceae
Bdellovibrionaceae
Picrophilaceae
Phyllobacteriaceae
Caryophanaceae
Enterobacteriaceae
Caryophanaceae
Methanobacteriaceae
5,00%
Marinilabilia
5,00%
11,00%
Bdellovibrio
11,00%
9,00%
Picrophilus
18,00%
Pseudaminobacter
9,00%
15,00%
57,00%
Caryophanon
57,00%
100,00%
Acinetobacter
100,00%
63,00%
Caryophanon
63,00%
Cedecea
44,00%
Caryophanon
48,00%
100,00%
48,00%
1,00%
Methanothermobacter
1,00%
Methanococci
14,00%
Methanococcales
14,00%
Methanococcaceae
14,00%
Methanothermococcus
14,00%
Bacilli
96,00%
Bacillales
71,00%
Bacillaceae
69,00%
Ornithinibacillus
32,00%
98,00%
Gammaproteobacteria
95,00%
Enterobacteriales
91,00%
Enterobacteriaceae
91,00%
Leclercia
45,00%
91,00%
Gammaproteobacteria
82,00%
Oceanospirillales
27,00%
Halomonadaceae
12,00%
Cobetia
11,00%
Crenarchaeota
31,00%
Thermoprotei
31,00%
Sulfolobales
13,00%
Sulfolobaceae
13,00%
Stygiolobus
10,00%
Bacteroidetes
27,00%
Bacteroidetes
8,00%
8,00%
Rikenellaceae
5,00%
Rikenella
5,00%
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Leclercia
62,00%
Bacteria
81,00%
Proteobacteria
20,00%
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P06/A12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/B01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/B02
Bacteria
100,00%
P06/B03
Archaea
P06/B04
P06/B05
100,00%
Bacteroidales
100,00%
Enterobacteriales
Gammaproteobacteria
10,00%
Oceanospirillales
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
95,00%
Pseudomonadales
70,00%
Moraxellaceae
40,00%
Alkanindiges
40,00%
63,00%
Euryarchaeota
33,00%
Methanopyri
11,00%
Methanopyrales
11,00%
Methanopyraceae
11,00%
Methanopyrus
11,00%
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Escherichia
43,00%
Archaea
64,00%
Crenarchaeota
49,00%
P06/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/B07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P06/B08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P06/B09
Archaea
63,00%
Euryarchaeota
37,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
5,00%
Enterobacteriaceae
Halomonadaceae
5,00%
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
49,00%
Thermoproteales
21,00%
Thermoproteaceae
18,00%
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
Betaproteobacteria
100,00%
Burkholderiales
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
99,00%
21,00%
Methanobacteriales
21,00%
Thermoprotei
Methanobacteria
90
Salicola
5,00%
66,00%
Caldivirga
10,00%
100,00%
Hafnia
44,00%
Alcaligenaceae
100,00%
Pusillimonas
24,00%
Moraxellaceae
99,00%
Acinetobacter
95,00%
Methanobacteriaceae
21,00%
Methanothermobacter
19,00%
P06/B10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
98,00%
Caryophanaceae
50,00%
Caryophanon
P06/B11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
42,00%
Caryophanon
42,00%
P06/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
Citrobacter
53,00%
P06/C01
Bacteria
81,00%
Lentisphaerae
P06/C02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Bacillaceae
P06/C03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
P06/C04
Archaea
26,00%
Crenarchaeota
16,00%
Sulfolobales
12,00%
P06/C06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P06/C07
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
99,00%
P06/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P06/C09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/C10
Bacteria
94,00%
P06/C11
Archaea
51,00%
P06/C12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
P06/D01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/D02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/D03
Bacteria
80,00%
Aquificae
20,00%
Aquificae
P06/D04
Bacteria
88,00%
Proteobacteria
27,00%
Betaproteobacteria
P06/D05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
P06/D06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P06/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P06/D08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P06/D09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P06/D10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/D11
Bacteria
84,00%
Proteobacteria
31,00%
Gammaproteobacteria
P06/D12
Archaea
60,00%
Crenarchaeota
50,00%
Thermoprotei
P06/E01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/E02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
P06/E03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P06/E04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P06/E05
Bacteria
100,00%
P06/E06
Bacteria
100,00%
P06/E08
Bacteria
87,00%
P06/E09
Bacteria
87,00%
P06/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P06/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
8,00%
Lentisphaerae
Thermoprotei
8,00%
16,00%
Lentisphaerales
100,00%
8,00%
Enterobacteriaceae
Lentisphaeraceae
100,00%
8,00%
Lentisphaera
50,00%
8,00%
42,00%
Jeotgalibacillus
38,00%
Caryophanaceae
57,00%
Caryophanon
57,00%
Sulfolobaceae
12,00%
Sulfurisphaera
12,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
100,00%
Pseudomonadales
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
97,00%
Enterobacteriaceae
97,00%
Leclercia
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
45,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
89,00%
Proteobacteria
33,00%
Gammaproteobacteria
13,00%
Oceanospirillales
11,00%
Halomonadaceae
11,00%
Salicola
11,00%
Euryarchaeota
36,00%
Methanopyri
12,00%
Methanopyrales
12,00%
Methanopyraceae
12,00%
Methanopyrus
12,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
47,00%
Caryophanon
47,00%
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
36,00%
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
51,00%
Desulfurobacterium
11,00%
20,00%
9,00%
Aquificales
Burkholderiales
20,00%
5,00%
Incertae sedis 2
Oxalobacteraceae
17,00%
3,00%
75,00%
Naxibacter
3,00%
100,00%
Flavimonas
93,00%
100,00%
Pseudomonadaceae
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Klebsiella
41,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
97,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
56,00%
Bacillales
96,00%
Planococcaceae
40,00%
Filibacter
40,00%
Pseudomonadales
90,00%
Moraxellaceae
89,00%
Acinetobacter
75,00%
22,00%
Thiotrichales
13,00%
Piscirickettsiaceae
13,00%
Hydrogenovibrio
13,00%
50,00%
Desulfurococcales
17,00%
Desulfurococcaceae
16,00%
Thermosphaera
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
Bacilli
100,00%
Bacillales
39,00%
Filibacter
39,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
89,00%
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Hafnia
34,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Hafnia
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
Proteobacteria
67,00%
Gammaproteobacteria
58,00%
Pseudomonadales
34,00%
Pseudomonadaceae
34,00%
Flavimonas
32,00%
Firmicutes
38,00%
Bacilli
1,00%
Turicibacter
1,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
37,00%
99,00%
Bacilli
99,00%
100,00%
5,00%
Bacillales
97,00%
5,00%
Planococcaceae
Turicibacteraceae
8,00%
66,00%
31,00%
Enterobacteriales
100,00%
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
81,00%
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
43,00%
91
P06/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P06/F02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
P06/F03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P06/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P06/F05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P06/F06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
47,00%
Caryophanon
47,00%
P06/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
98,00%
Bacilli
90,00%
Bacillales
55,00%
Bacillaceae
55,00%
Paucisalibacillus
15,00%
P06/F08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
90,00%
Planococcaceae
64,00%
Filibacter
64,00%
P06/F09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
99,00%
Acinetobacter
97,00%
P06/F10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
35,00%
P06/F11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
95,00%
P06/F12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
55,00%
P06/G01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
98,00%
P06/G02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
P06/G03
Archaea
33,00%
Crenarchaeota
20,00%
20,00%
Desulfurococcales
13,00%
Desulfurococcaceae
9,00%
Acidilobus
3,00%
P06/G04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
99,00%
Enterobacteriaceae
99,00%
Trabulsiella
38,00%
P06/G06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
31,00%
P06/G07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
98,00%
Moraxellaceae
98,00%
Acinetobacter
73,00%
P06/G08
Bacteria
98,00%
Bacillales
55,00%
Planococcaceae
20,00%
Filibacter
20,00%
P06/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
93,00%
P06/G10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
35,00%
P06/G11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Hafnia
59,00%
P06/G12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
49,00%
P06/H01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
94,00%
Caryophanaceae
66,00%
Caryophanon
66,00%
P06/H02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Planococcaceae
55,00%
Filibacter
55,00%
P06/H03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P06/H04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Pseudomonadales
86,00%
Moraxellaceae
P06/H05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Bacillales
76,00%
Bacillaceae
P06/H06
Bacteria
68,00%
Firmicutes
15,00%
Clostridia
10,00%
Clostridiales
10,00%
Eubacteriaceae
P06/H07
Bacteria
95,00%
Proteobacteria
72,00%
Gammaproteobacteria
64,00%
Pseudomonadales
18,00%
P06/H09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
P06/H10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P06/H11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
P06/H12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
28,00%
P07/A01
Bacteria
87,00%
Bacteroidetes
7,00%
Cardinium
7,00%
P07/A03
Bacteria
88,00%
Bacteroidetes
26,00%
P07/A06
Archaea
30,00%
Crenarchaeota
23,00%
Firmicutes
76,00%
Thermoprotei
Bacilli
Sphingobacteria
100,00%
99,00%
57,00%
100,00%
Pseudomonadales
Bacillales
100,00%
79,00%
84,00%
Pseudomonadaceae
Bacillaceae
100,00%
Pseudomonas
56,00%
Paucisalibacillus
42,00%
100,00%
Escherichia
18,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
58,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
39,00%
Moraxellaceae
78,00%
97,00%
100,00%
100,00%
Acinetobacter
Flavimonas
90,00%
100,00%
Erwinia
48,00%
77,00%
Alkanindiges
68,00%
71,00%
Paraliobacillus
19,00%
3,00%
Anaerofustis
3,00%
Pseudomonadaceae
18,00%
Flavimonas
14,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Bacillaceae
84,00%
Stenotrophomonas
87,00%
Jeotgalibacillus
31,00%
7,00%
Sphingobacteriales
7,00%
Flexibacteraceae
7,00%
Bacteroidetes
7,00%
Bacteroidales
7,00%
Prevotellaceae
6,00%
Xylanibacter
6,00%
Thermoprotei
23,00%
Caldisphaerales
7,00%
Caldisphaeraceae
7,00%
Caldisphaera
7,00%
92
P07/A07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P07/A09
Archaea
34,00%
Euryarchaeota
21,00%
Methanopyri
P07/A10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
97,00%
Bacilli
P07/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P07/B03
Archaea
52,00%
Crenarchaeota
31,00%
P07/B04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P07/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P07/B07
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
99,00%
P07/B08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P07/B11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P07/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
66,00%
P07/C01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P07/C03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P07/C04
Bacteria
96,00%
P07/C05
Archaea
9,00%
Crenarchaeota
5,00%
Thermoprotei
5,00%
Caldisphaerales
2,00%
Caldisphaeraceae
2,00%
P07/C06
Bacteria
100,00%
Cyanobacteria
9,00%
Cyanobacteria
9,00%
Family 1.1
8,00%
Microcystis
8,00%
P07/C07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P07/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
P07/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
Enterobacteriaceae
Firmicutes
47,00%
Gammaproteobacteria
Gammaproteobacteria
100,00%
6,00%
91,00%
Pseudomonadales
Methanopyrales
Bacillales
100,00%
6,00%
61,00%
Methanopyraceae
Bacillaceae
100,00%
Flavimonas
83,00%
6,00%
Methanopyrus
6,00%
57,00%
Paraliobacillus
23,00%
Pseudomonas
75,00%
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
31,00%
Desulfurococcales
12,00%
Desulfurococcaceae
12,00%
Sulfophobococcus
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
99,00%
Acinetobacter
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
99,00%
Planctomycetales
99,00%
Planctomycetaceae
99,00%
Gemmata
93,00%
95,00%
Thermoprotei
Planctomycetacia
Bacilli
36,00%
Bacillales
32,00%
P07/C12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
94,00%
P07/D02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P07/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
P07/D05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P07/D06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
P07/D08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P07/D09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P08/A03
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
71,00%
P08/A04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
P08/A05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P08/A07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P08/A08
Bacteria
99,00%
Firmicutes
P08/A10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P08/A11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
95,00%
P08/A12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P08/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P08/B03
Archaea
33,00%
Crenarchaeota
15,00%
P08/B06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
97,00%
100,00%
Pseudomonadaceae
8,00%
99,00%
Caryophanon
95,00%
100,00%
Citrobacter
48,00%
Pseudomonadaceae
66,00%
Flavimonas
60,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
88,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
39,00%
Jeotgalibacillus
24,00%
Bacillaceae
27,00%
94,00%
Caldisphaera
Leclercia
2,00%
50,00%
51,00%
100,00%
47,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
57,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
Gammaproteobacteria
59,00%
Enterobacteriales
27,00%
Enterobacteriaceae
27,00%
Leclercia
Bacilli
98,00%
Bacillales
98,00%
Caryophanaceae
52,00%
Caryophanon
Gammaproteobacteria
96,00%
Bacilli
72,00%
Bacilli
100,00%
Enterobacteriales
89,00%
Bacillales
53,00%
Bacillales
99,00%
Xanthomonadales
Thermoprotei
15,00%
Thermoproteales
Bacilli
95,00%
Bacillales
93
100,00%
Enterobacteriaceae
81,00%
Bacillaceae
48,00%
Bacillaceae
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
100,00%
100,00%
72,00%
100,00%
6,00%
52,00%
Trabulsiella
71,00%
65,00%
Jeotgalibacillus
18,00%
31,00%
Oceanobacillus
17,00%
Escherichia
28,00%
32,00%
100,00%
Bacillaceae
95,00%
Paucisalibacillus
Caryophanaceae
71,00%
Caryophanon
71,00%
96,00%
Xanthomonadaceae
96,00%
Pseudoxanthomonas
55,00%
3,00%
Thermoproteaceae
83,00%
Bacillaceae
3,00%
79,00%
Thermoproteus
Bacillus
2,00%
52,00%
P08/B07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
55,00%
P08/B09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Pseudoxanthomonas
71,00%
P08/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
49,00%
P08/B11
Bacteria
71,00%
P08/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P08/C01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P08/C02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P08/C03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Spirochaetes
9,00%
9,00%
Spirochaetales
100,00%
Enterobacteriales
Gammaproteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
9,00%
Leptospiraceae
9,00%
Turneriella
9,00%
100,00%
Salmonella
30,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
Enterobacteriales
95,00%
Enterobacteriaceae
95,00%
Leclercia
38,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
35,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
55,00%
P08/C04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
Bacilli
94,00%
Bacillales
82,00%
Bacillaceae
60,00%
Jeotgalibacillus
21,00%
P08/C06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
93,00%
Pseudomonadales
79,00%
Moraxellaceae
65,00%
Acinetobacter
61,00%
P08/C07
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
47,00%
Gammaproteobacteria
28,00%
Pseudomonadales
7,00%
P08/C08
Bacteria
99,00%
Firmicutes
72,00%
Bacilli
68,00%
Bacillales
65,00%
Planococcaceae
40,00%
Filibacter
39,00%
P08/C10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
95,00%
Bacillaceae
95,00%
Bacillus
39,00%
P08/C11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Bacillaceae
99,00%
Bacillus
96,00%
P08/C12
Bacteria
83,00%
Bacteroidetes
10,00%
P08/D03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P08/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P08/D05
Bacteria
97,00%
Firmicutes
82,00%
Bacilli
70,00%
Bacillales
55,00%
Bacillaceae
27,00%
P08/D06
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
76,00%
Gammaproteobacteria
49,00%
Pasteurellales
10,00%
Pasteurellaceae
10,00%
P08/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
P08/D08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
58,00%
P08/D09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
38,00%
P08/D10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
81,00%
P08/D11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
36,00%
Isobaculum
32,00%
P08/D12
Archaea
17,00%
Euryarchaeota
P08/E01
Bacteria
89,00%
16,00%
16,00%
Thermodesulfobacteriales
16,00%
Thermodesulfobacteriaceae
16,00%
Thermodesulfatator
P08/E02
Bacteria
97,00%
Firmicutes
60,00%
Bacilli
47,00%
Bacillales
44,00%
Bacillaceae
23,00%
Jeotgalibacillus
19,00%
P08/E04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
99,00%
P08/E05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
90,00%
P08/E06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
96,00%
Gammaproteobacteria
94,00%
Xanthomonadales
91,00%
Xanthomonadaceae
91,00%
Stenotrophomonas
55,00%
P08/E07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
99,00%
Enterobacteriaceae
99,00%
Escherichia
27,00%
P08/E08
Bacteria
87,00%
11,00%
Lachnospiraceae
P08/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P08/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P08/F02
Bacteria
99,00%
Firmicutes
79,00%
Bacilli
71,00%
Bacillales
70,00%
Bacillaceae
58,00%
P08/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
97,00%
Bacilli
97,00%
Bacillales
96,00%
Planococcaceae
P08/F04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
96,00%
Bacilli
96,00%
Bacillales
88,00%
Bacillaceae
Firmicutes
98,00%
Spirochaetes
99,00%
5,00%
18,00%
Bacteroidetes
Bacilli
Methanobacteria
Clostridia
5,00%
99,00%
2,00%
13,00%
94
Bacteroidales
5,00%
Enterobacteriales
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Lactobacillales
Methanobacteriales
Clostridiales
40,00%
2,00%
Enterobacteriales
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
Bacteroidaceae
7,00%
4,00%
Flavimonas
Pontibacter
7,00%
4,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
Saccharococcus
10,00%
Phocoenobacter
7,00%
Carnobacteriaceae
Methanobacteriaceae
1,00%
8,00%
Methanosphaera
Anaerostipes
51,00%
100,00%
1,00%
16,00%
8,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
57,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
Bacillus
51,00%
68,00%
Filibacter
68,00%
82,00%
Jeotgalibacillus
33,00%
P08/F05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
28,00%
P08/F06
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
81,00%
Gammaproteobacteria
64,00%
Pseudomonadales
46,00%
Pseudomonadaceae
45,00%
Flavimonas
43,00%
P08/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P08/F08
Bacteria
100,00%
P08/F10
Bacteria
100,00%
P08/F11
Bacteria
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
Proteobacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
97,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Bacilli
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Pectobacterium
38,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
P08/F12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
97,00%
P08/G01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P08/G02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
77,00%
Bacilli
74,00%
Bacillales
71,00%
P08/G03
Bacteria
86,00%
Firmicutes
27,00%
Clostridia
22,00%
Clostridiales
22,00%
P08/G04
Bacteria
89,00%
Firmicutes
50,00%
Bacilli
29,00%
Bacillales
18,00%
P08/G05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P08/G07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P08/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P08/G10
Bacteria
100,00%
P08/G11
Bacteria
100,00%
P08/G12
Bacteria
P08/H01
100,00%
32,00%
Gammaproteobacteria
Bacilli
100,00%
31,00%
Bacillales
31,00%
66,00%
100,00%
Bacillaceae
96,00%
Bacillus
92,00%
Caryophanaceae
42,00%
Caryophanon
42,00%
Bacillaceae
47,00%
Jeotgalibacillus
30,00%
Clostridiaceae
10,00%
Gracilibacter
4,00%
Bacillaceae
17,00%
Paucisalibacillus
6,00%
Enterobacteriaceae
Turicibacteraceae
100,00%
Escherichia
31,00%
Turicibacter
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P08/H05
Bacteria
97,00%
Actinobacteria
19,00%
Actinobacteria
19,00%
Actinobacteridae
17,00%
Actinomycetales
P08/H06
Bacteria
91,00%
Firmicutes
21,00%
Clostridia
15,00%
Clostridiales
14,00%
Eubacteriaceae
P08/H07
Bacteria
99,00%
Firmicutes
89,00%
Bacilli
86,00%
Bacillales
86,00%
Bacillaceae
P08/H09
Archaea
45,00%
Euryarchaeota
23,00%
P08/H11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P09/A01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P09/A03
Bacteria
91,00%
P09/A04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P09/A07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P09/A08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P09/A11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
97,00%
P09/A12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P09/B01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P09/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
61,00%
P09/B03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P09/B04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P09/B05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
71,00%
Pseudomonadales
27,00%
Moraxellaceae
16,00%
Alkanindiges
14,00%
P09/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
100,00%
Flavimonas
96,00%
P09/B07
Bacteria
89,00%
Actinobacteria
51,00%
Micrococcineae
34,00%
Proteobacteria
98,00%
Bacilli
53,00%
Gammaproteobacteria
Actinobacteria
Methanopyrales
Enterobacteriales
92,00%
Bacillales
14,00%
Enterobacteriales
51,00%
95
Actinobacteridae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
100,00%
Caryophanaceae
31,00%
Firmicutes
6,00%
Moraxellaceae
33,00%
Proteobacteria
100,00%
100,00%
Flavimonas
Gammaproteobacteria
Methanopyri
Pseudomonadales
100,00%
100,00%
Caryophanon
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
66,00%
6,00%
100,00%
63,00%
5,00%
99,00%
44,00%
100,00%
Stenotrophomonas
97,00%
69,00%
Caryophanon
69,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
73,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
38,00%
Micrococcineae
11,00%
Methanopyraceae
Enterobacteriaceae
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
17,00%
7,00%
30,00%
6,00%
100,00%
61,00%
5,00%
Jeotgalibacillus
Methanopyrus
7,00%
21,00%
6,00%
Citrobacter
40,00%
Paraliobacillus
23,00%
Sodalis
2,00%
Caryophanon
53,00%
100,00%
Citrobacter
40,00%
100,00%
Salmonella
44,00%
Enterobacteriaceae
97,00%
Salmonella
74,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
25,00%
Bacillus
80,00%
Bacillaceae
Pseudomonadaceae
Actinomycetales
53,00%
Pseudoramibacter
96,00%
41,00%
P09/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Pseudomonas
P09/B11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
66,00%
35,00%
P09/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
100,00%
P09/C01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Bacillales
86,00%
Bacillaceae
85,00%
Jeotgalibacillus
P09/C03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Pseudomonadales
97,00%
Moraxellaceae
97,00%
Acinetobacter
97,00%
P09/C04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
42,00%
P09/C05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
46,00%
P09/C07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
95,00%
Pseudomonadales
69,00%
Pseudomonadaceae
24,00%
Flavimonas
23,00%
P09/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
52,00%
P09/C09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Pseudomonas
95,00%
P09/C10
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
80,00%
Gammaproteobacteria
66,00%
Pseudomonadales
59,00%
Pseudomonadaceae
59,00%
Chryseomonas
15,00%
P09/C11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
P09/D01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
P09/D04
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
48,00%
P09/D05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
Xanthomonadaceae
80,00%
Stenotrophomonas
P09/D06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
77,00%
Caryophanon
77,00%
P09/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
Stenotrophomonas
99,00%
P09/D08
Archaea
39,00%
Euryarchaeota
P09/D09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P09/D10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P09/D12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P09/E02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P09/E03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P09/E04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
64,00%
Caryophanon
P09/E05
Bacteria
87,00%
Firmicutes
32,00%
Clostridia
27,00%
Clostridiales
25,00%
Acidaminococcaceae
10,00%
Anaeromusa
8,00%
P09/E06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
92,00%
Gammaproteobacteria
86,00%
Pseudomonadales
56,00%
Moraxellaceae
42,00%
Alkanindiges
31,00%
P09/E07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
99,00%
Enterobacteriaceae
99,00%
Escherichia
31,00%
P09/E08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
91,00%
P09/E09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
78,00%
P09/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
97,00%
Gammaproteobacteria
93,00%
Pseudomonadales
78,00%
Pseudomonadaceae
78,00%
Flavimonas
44,00%
P09/E11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
P09/E12
Bacteria
97,00%
Firmicutes
64,00%
Bacilli
50,00%
Bacillales
46,00%
P09/F02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
P09/F03
Bacteria
96,00%
Proteobacteria
64,00%
Gammaproteobacteria
49,00%
Xanthomonadales
30,00%
P09/F04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
P09/F05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
95,00%
P09/F06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
95,00%
21,00%
Alphaproteobacteria
Methanococci
20,00%
96,00%
11,00%
96
Rhodobacterales
Xanthomonadales
Methanococcales
5,00%
80,00%
11,00%
Rhodobacteraceae
5,00%
100,00%
Hirschia
28,00%
45,00%
100,00%
2,00%
37,00%
Methanocaldococcaceae
11,00%
Methanotorris
9,00%
Caryophanaceae
74,00%
Caryophanon
74,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Kluyvera
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
52,00%
33,00%
100,00%
64,00%
Serratia
64,00%
Bacillaceae
30,00%
Saccharococcus
10,00%
Caryophanaceae
77,00%
Caryophanon
77,00%
Xanthomonadaceae
30,00%
Luteimonas
30,00%
100,00%
P09/F07
Archaea
48,00%
Crenarchaeota
28,00%
28,00%
Thermoproteales
10,00%
Thermoproteaceae
7,00%
P09/F08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
P09/F09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
97,00%
Enterobacteriaceae
97,00%
P09/F10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
P09/F11
Bacteria
99,00%
P09/F12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P09/G01
Bacteria
100,00%
P09/G02
Bacteria
100,00%
P09/G03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P09/G04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
P09/G05
Bacteria
93,00%
Proteobacteria
52,00%
Gammaproteobacteria
P09/G06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
95,00%
P09/G07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P09/G08
Bacteria
88,00%
Bacteroidetes
28,00%
P09/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P09/G10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P09/G11
Bacteria
96,00%
Proteobacteria
P09/G12
Bacteria
100,00%
P09/H01
Bacteria
P09/H02
P09/H03
Firmicutes
75,00%
Thermoprotei
Bacilli
100,00%
Gammaproteobacteria
Proteobacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
29,00%
Bacilli
58,00%
Bacillales
100,00%
Bacilli
100,00%
15,00%
Kluyvera
60,00%
Stenotrophomonas
99,00%
Ornithinibacillus
9,00%
100,00%
Stenotrophomonas
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
45,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
87,00%
Caryophanon
87,00%
Bacillales
15,00%
Turicibacteraceae
13,00%
Turicibacter
13,00%
Xanthomonadales
96,00%
Xanthomonadaceae
96,00%
Stenotrophomonas
63,00%
39,00%
Oceanospirillales
23,00%
Oceanospirillaceae
22,00%
Oleispira
21,00%
Gammaproteobacteria
92,00%
Enterobacteriales
91,00%
Enterobacteriaceae
91,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
26,00%
Sphingobacteriales
26,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
65,00%
Gammaproteobacteria
53,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Pseudomonadales
Bacteria
100,00%
Firmicutes
97,00%
Bacilli
94,00%
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
P09/H04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
P09/H05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
81,00%
Gammaproteobacteria
64,00%
Pseudomonadales
40,00%
P09/H06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P09/H07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P09/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
P09/H09
Archaea
39,00%
Crenarchaeota
P09/H10
Bacteria
100,00%
12,00%
Gammaproteobacteria
28,00%
25,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Xanthomonadales
Bacillaceae
4,00%
Salmonella
100,00%
Firmicutes
100,00%
49,00%
Thermocladium
Sphingobacteria
Thermoprotei
Bacilli
12,00%
100,00%
Pasteurellales
Leclercia
34,00%
100,00%
Acinetobacter
92,00%
25,00%
Leadbetterella
19,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
Moraxellaceae
Flexibacteraceae
Gallibacterium
7,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
86,00%
Moraxellaceae
86,00%
Acinetobacter
54,00%
Bacillales
87,00%
Bacillaceae
85,00%
Bacillus
80,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
81,00%
Caryophanon
81,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
82,00%
Caryophanon
82,00%
Moraxellaceae
30,00%
Alkanindiges
28,00%
Pseudomonas
59,00%
Bacillales
97,00%
100,00%
6,00%
100,00%
Pasteurellaceae
84,00%
8,00%
Thermoproteales
8,00%
100,00%
Pseudomonadaceae
Bacillaceae
Moraxellaceae
Thermofilaceae
Caryophanaceae
100,00%
97,00%
100,00%
Bacillus
Acinetobacter
86,00%
100,00%
3,00%
Thermofilum
3,00%
68,00%
Caryophanon
68,00%
P09/H11
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
30,00%
Gammaproteobacteria
13,00%
Enterobacteriales
8,00%
Enterobacteriaceae
8,00%
Buchnera
8,00%
P10/A02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Leclercia
70,00%
P10/A04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
54,00%
Caryophanon
54,00%
P10/A07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
98,00%
Xanthomonadaceae
98,00%
Stenotrophomonas
89,00%
P10/A08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
44,00%
P10/A09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
36,00%
P10/A10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
75,00%
Caryophanon
75,00%
P10/B01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
41,00%
Caryophanon
41,00%
P10/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Acinetobacter
100,00%
97
100,00%
Moraxellaceae
P10/B04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Caryophanon
50,00%
P10/B05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
99,00%
P10/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
100,00%
P10/B07
Bacteria
99,00%
P10/B08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
69,00%
P10/B09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P10/B11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
62,00%
Gammaproteobacteria
61,00%
Pseudomonadales
56,00%
56,00%
Alkanindiges
55,00%
P10/B12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
Raoultella
25,00%
P10/C02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
81,00%
Caryophanon
81,00%
P10/C03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
67,00%
Caryophanon
67,00%
P10/C05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Buttiauxella
41,00%
P10/C06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
63,00%
P10/C09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
Bacillus
93,00%
P10/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
Citrobacter
37,00%
P10/C11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
80,00%
Bacillaceae
Paucisalibacillus
19,00%
P10/D01
Bacteria
84,00%
Actinobacteria
24,00%
Actinobacteria
24,00%
Actinobacteridae
24,00%
Bifidobacteriales
P10/D02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
P10/D03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
P10/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
P10/D05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
97,00%
Enterobacteriales
96,00%
Enterobacteriaceae
P10/D06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
92,00%
Gammaproteobacteria
75,00%
Enterobacteriales
14,00%
Enterobacteriaceae
P10/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P10/D08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
P10/D09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
Firmicutes
91,00%
Bacilli
84,00%
Bacillales
70,00%
99,00%
100,00%
Bacillaceae
Moraxellaceae
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
50,00%
62,00%
100,00%
99,00%
100,00%
80,00%
7,00%
100,00%
Paraliobacillus
Bifidobacteriaceae
13,00%
7,00%
Escherichia
61,00%
Acinetobacter
99,00%
Stenotrophomonas
96,00%
96,00%
Salmonella
71,00%
14,00%
Sodalis
6,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
70,00%
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Kluyvera
78,00%
99,00%
100,00%
P10/D11
Bacteria
88,00%
Bacteroidetes
34,00%
Flavobacteria
12,00%
Flavobacteriales
12,00%
Flavobacteriaceae
12,00%
Mesonia
12,00%
P10/E01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
92,00%
Xanthomonadales
88,00%
Xanthomonadaceae
88,00%
Xylella
29,00%
P10/E03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
99,00%
Enterobacteriaceae
99,00%
Erwinia
14,00%
P10/E04
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
66,00%
Gammaproteobacteria
50,00%
Enterobacteriales
18,00%
Enterobacteriaceae
18,00%
Sodalis
P10/E05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
87,00%
Bacilli
86,00%
Bacillales
80,00%
Planococcaceae
28,00%
Filibacter
22,00%
P10/E07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
Stenotrophomonas
87,00%
P10/E08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P10/E09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
P10/E10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
P10/E11
Bacteria
99,00%
Firmicutes
54,00%
Bacilli
41,00%
Bacillales
26,00%
P10/E12
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
P10/F02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P10/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
98
100,00%
99,00%
Xanthomonadaceae
Caryophanaceae
100,00%
63,00%
7,00%
Caryophanon
63,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Kluyvera
51,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
Bacillaceae
19,00%
Saccharococcus
100,00%
Caryophanaceae
72,00%
Caryophanon
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
51,00%
Bacillus
91,00%
97,00%
Bacillaceae
97,00%
7,00%
72,00%
P10/F04
Bacteria
100,00%
100,00%
Enterobacter
90,00%
P10/F05
Bacteria
94,00%
Proteobacteria
Firmicutes
66,00%
Bacilli
44,00%
Bacillales
39,00%
Bacillaceae
37,00%
Cerasibacillus
15,00%
P10/F07
Bacteria
100,00%
Firmicutes
94,00%
Bacilli
76,00%
Bacillales
52,00%
Turicibacteraceae
25,00%
Turicibacter
25,00%
P10/F08
Bacteria
82,00%
P10/F09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
44,00%
P10/F10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
48,00%
P10/F11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
99,00%
P10/G02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
P10/G03
Archaea
22,00%
Euryarchaeota
15,00%
P10/G05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P10/G06
Bacteria
91,00%
Proteobacteria
P10/G07
Bacteria
100,00%
P10/G08
Bacteria
97,00%
P10/G10
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P10/G11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P10/H02
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
P10/H03
Bacteria
100,00%
P10/H04
Bacteria
100,00%
P10/H05
Bacteria
99,00%
P10/H06
Bacteria
100,00%
P10/H07
Bacteria
100,00%
P10/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
P10/H09
Bacteria
91,00%
Proteobacteria
48,00%
Gammaproteobacteria
14,00%
Enterobacteriales
3,00%
Enterobacteriaceae
3,00%
P10/H10
Bacteria
100,00%
Thermomicrobia
Firmicutes
Actinobacteria
100,00%
8,00%
68,00%
100,00%
14,00%
Gammaproteobacteria
Thermomicrobia
Archaeoglobi
Gammaproteobacteria
Betaproteobacteria
Bacilli
Actinobacteria
100,00%
Bacilli
98,00%
Bacilli
100,00%
Planctomycetacia
Proteobacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Firmicutes
100,00%
8,00%
6,00%
100,00%
30,00%
100,00%
14,00%
Enterobacteriales
Thermomicrobiales
Archaeoglobales
Enterobacteriales
Burkholderiales
Bacillales
Rubrobacteridae
100,00%
Bacillales
97,00%
Bacillales
100,00%
Planctomycetales
Gammaproteobacteria
100,00%
Bacilli
100,00%
98,00%
Bacilli
Proteobacteria
88,00%
Firmicutes
93,00%
Firmicutes
100,00%
100,00%
8,00%
100,00%
6,00%
Enterobacteriaceae
Thermomicrobiaceae
8,00%
Thermomicrobium
8,00%
Caryophanaceae
69,00%
Caryophanon
69,00%
Moraxellaceae
99,00%
Acinetobacter
76,00%
Archaeoglobaceae
100,00%
Enterobacteriaceae
25,00%
6,00%
100,00%
Geoglobus
Leclercia
5,00%
87,00%
Comamonadaceae
18,00%
Alicycliphilus
7,00%
100,00%
Caryophanaceae
72,00%
Caryophanon
72,00%
8,00%
Rubrobacterales
8,00%
100,00%
Caryophanaceae
74,00%
Caryophanon
89,00%
Bacillus
96,00%
Bacillaceae
Rubrobacterineae
8,00%
74,00%
75,00%
100,00%
Planctomycetaceae
100,00%
Isosphaera
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
23,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
82,00%
Caryophanon
82,00%
98,00%
Bacillales
98,00%
Caryophanaceae
39,00%
Caryophanon
39,00%
Gammaproteobacteria
77,00%
Pseudomonadales
45,00%
Moraxellaceae
44,00%
Acinetobacter
44,00%
Bacilli
93,00%
Bacillales
93,00%
Caryophanaceae
38,00%
Caryophanon
38,00%
Erwinia
64,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
97,00%
Bacillaceae
96,00%
Ewingella
Bacillus
100,00%
3,00%
69,00%
P10/H12
Archaea
12,00%
P11/A01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P11/A02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
P11/A03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
98,00%
P11/A05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
P11/A06
Bacteria
100,00%
Planctomycetes
100,00%
Planctomycetacia
100,00%
Planctomycetales
100,00%
Planctomycetaceae
100,00%
Isosphaera
P11/A07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
94,00%
P11/A08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
88,00%
Gammaproteobacteria
72,00%
Pseudomonadales
41,00%
Pseudomonadaceae
17,00%
Chryseomonas
15,00%
P11/A09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
Bacillaceae
99,00%
Bacillus
78,00%
P11/A10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
87,00%
Gammaproteobacteria
81,00%
Enterobacteriales
72,00%
Enterobacteriaceae
72,00%
Hafnia
53,00%
P11/A11
Bacteria
98,00%
Proteobacteria
81,00%
Gammaproteobacteria
70,00%
Pseudomonadales
57,00%
Pseudomonadaceae
51,00%
Flavimonas
48,00%
P11/A12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Xanthomonadales
100,00%
Xanthomonadaceae
100,00%
Stenotrophomonas
98,00%
P11/B01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
30,00%
Crenarchaeota
9,00%
98,00%
100,00%
Thermoprotei
Bacilli
Bacilli
9,00%
96,00%
100,00%
99
Sulfolobales
Bacillales
Bacillales
6,00%
96,00%
100,00%
100,00%
Sulfolobaceae
Caryophanaceae
Enterobacteriaceae
Bacillaceae
6,00%
42,00%
100,00%
Stygiolobus
Caryophanon
6,00%
42,00%
Salmonella
35,00%
93,00%
Bacillus
82,00%
77,00%
Caryophanon
77,00%
100,00%
P11/B02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
79,00%
P11/B03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
32,00%
P11/B04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Caryophanon
48,00%
P11/B05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
22,00%
P11/B06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Serratia
41,00%
P11/B07
Bacteria
99,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Enterobacteriales
98,00%
Enterobacteriaceae
98,00%
Leclercia
71,00%
P11/B08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
40,00%
P11/B09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Caryophanon
75,00%
P11/B10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
P11/B12
Bacteria
97,00%
Proteobacteria
81,00%
Gammaproteobacteria
56,00%
Oceanospirillales
17,00%
Oceanospirillaceae
16,00%
P11/C01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
70,00%
P11/C02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
38,00%
P11/C03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
67,00%
Caryophanon
67,00%
P11/C04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P11/C05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
100,00%
P11/C06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
99,00%
Bacilli
99,00%
Bacillales
83,00%
Bacillaceae
74,00%
Jeotgalibacillus
P11/C07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
99,00%
Moraxellaceae
99,00%
Acinetobacter
98,00%
P11/C08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
Citrobacter
45,00%
P11/C09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
78,00%
Caryophanon
78,00%
P11/C10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P11/C11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P11/C12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
80,00%
P11/D01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
98,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Xanthomonadales
90,00%
Xanthomonadaceae
90,00%
Stenotrophomonas
56,00%
P11/D02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Pseudomonas
85,00%
P11/D03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
98,00%
Pseudomonadales
97,00%
Moraxellaceae
84,00%
Acinetobacter
81,00%
P11/D04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
55,00%
Gammaproteobacteria
46,00%
Aeromonadales
39,00%
Succinivibrionaceae
39,00%
Ruminobacter
39,00%
P11/D05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
76,00%
Caryophanon
76,00%
P11/D06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
99,00%
P11/D07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
84,00%
P11/D08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
Caryophanon
68,00%
P11/D09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
41,00%
P11/D10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
100,00%
Flavimonas
84,00%
P11/D11
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
100,00%
Bacillus
P11/D12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Salmonella
25,00%
P11/E02
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
20,00%
P11/E03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
37,00%
P11/E04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
98,00%
99,00%
100
Bacillales
99,00%
Caryophanaceae
48,00%
75,00%
100,00%
68,00%
Salmonella
35,00%
Oleispira
13,00%
26,00%
100,00%
P11/E05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
P11/E06
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
P11/E07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
P11/E08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
P11/E09
Archaea
29,00%
Euryarchaeota
18,00%
P11/E11
Bacteria
92,00%
Deferribacteres
4,00%
P11/E12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P11/F01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
P11/F02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P11/F03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
P11/F04
Bacteria
100,00%
P11/F05
Bacteria
100,00%
P11/F06
Bacteria
P11/F07
99,00%
Gammaproteobacteria
Bacilli
100,00%
99,00%
100,00%
Bacillales
Enterobacteriales
99,00%
100,00%
Enterobacteriaceae
Caryophanaceae
Enterobacteriaceae
100,00%
49,00%
100,00%
Raoultella
47,00%
Caryophanon
49,00%
Leclercia
45,00%
42,00%
98,00%
Caryophanaceae
42,00%
Caryophanon
8,00%
Methanopyrales
8,00%
Methanopyraceae
8,00%
Methanopyrus
8,00%
Deferribacteres
4,00%
Deferribacterales
4,00%
Incertae sedis 3
4,00%
Caldithrix
4,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
94,00%
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
97,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Erwinia
62,00%
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
84,00%
Caryophanon
84,00%
P11/F08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Enterobacter
41,00%
P11/F09
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Bacillaceae
Paraliobacillus
15,00%
P11/F10
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Escherichia
27,00%
P11/F11
Bacteria
95,00%
Proteobacteria
55,00%
30,00%
Bradyrhizobiaceae
18,00%
Oligotropha
14,00%
P11/G01
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
52,00%
Caryophanon
52,00%
P11/G02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
64,00%
Caryophanon
64,00%
P11/G03
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Pseudomonadaceae
Flavimonas
92,00%
P11/G04
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
P11/G05
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P11/G06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Pseudomonadales
100,00%
Moraxellaceae
100,00%
Acinetobacter
100,00%
P11/G07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
38,00%
P11/G08
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
Bacillus
74,00%
P11/G09
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
41,00%
P11/G11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Raoultella
51,00%
P11/G12
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
53,00%
P11/H01
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
Enterobacteriaceae
100,00%
Citrobacter
74,00%
P11/H02
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
100,00%
Bacillales
100,00%
Caryophanaceae
87,00%
Caryophanon
87,00%
P11/H03
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
98,00%
Bacillales
94,00%
Bacillaceae
86,00%
Bacillus
48,00%
P11/H04
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Pseudomonadales
98,00%
Moraxellaceae
91,00%
Acinetobacter
91,00%
P11/H05
Bacteria
100,00%
Firmicutes
100,00%
Bacilli
Bacillales
92,00%
Bacillaceae
90,00%
Bacillus
75,00%
P11/H06
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
85,00%
Pseudomonadales
79,00%
Moraxellaceae
45,00%
Acinetobacter
33,00%
P11/H07
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
100,00%
Gammaproteobacteria
100,00%
Enterobacteriales
100,00%
100,00%
Escherichia
27,00%
P11/H08
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
99,00%
Gammaproteobacteria
88,00%
Pseudomonadales
62,00%
56,00%
Alkanindiges
36,00%
99,00%
Gammaproteobacteria
39,00%
99,00%
100,00%
101
Bacillales
100,00%
Methanopyri
Alphaproteobacteria
99,00%
Enterobacteriales
Rhizobiales
Bacillales
88,00%
95,00%
Enterobacteriaceae
Buttiauxella
33,00%
72,00%
Acinetobacter
55,00%
Caryophanaceae
89,00%
Caryophanon
89,00%
Bacillaceae
97,00%
Bacillus
82,00%
100,00%
Flavimonas
98,00%
100,00%
Enterobacter
58,00%
Moraxellaceae
Bacillaceae
Bacillaceae
Enterobacteriaceae
Moraxellaceae
100,00%
92,00%
100,00%
85,00%
94,00%
Bacillus
56,00%
P11/H11
Bacteria
100,00%
Proteobacteria
74,00%
Gammaproteobacteria
67,00%
Enterobacteriales
49,00%
Enterobacteriaceae
49,00%
Tatumella
14,00%
P11/H12
Bacteria
83,00%
Proteobacteria
47,00%
Gammaproteobacteria
25,00%
Aeromonadales
16,00%
Succinivibrionaceae
16,00%
Succinimonas
14,00%
102

Metodologia PCR Usar!!!!Tese de Mestrado

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UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ

PR-REITORIA DE PESQUISA E PS-GRADUAO

Anlise da biodiversidade metagenmica bacteriana de um solo de

Tharcilla Nascimento da Silva

ILHUS BAHIA BRASIL

THARCILLA NASCIMENTO DA SILVA

Anlise da biodiversidade metagenmica bacteriana de um solo de

Dissertao apresentada Universidade Estadual de Santa Cruz, como

ILHUS BAHIA BRASIL

THARCILLA NASCIMENTO DA SILVA

Anlise da biodiversidade metagenmica bacteriana de um solo de

Dissertao apresentada Universidade Estadual de Santa Cruz, como parte

Dra. Ana Paula Trovatti

Dr. Eduardo Gross

Dr. Martin Brendel

Dr. Jlio Czar de Mattos Cascardo

"No confunda jamais conhecimento

A Deus por ter me capacitado e me

Aos meus pais, Juracy e Ftima, por todo

Tambm ao Antnio Carlos, o Pel! Pessoa muito prestativa, que sempre me

2.3. Organismos vivos e sua diversidade.................................................................7

3.6.1. Identificao dos clones..........................................................................27

SILVA, Tharcilla Nascimento. Universidade Estadual de Santa Cruz, Ilhus, abril de

A Mata Atlntica a segunda maior floresta tropical mida do Brasil, possui

comparar a comunidade microbiana presente neste solo. Com fim biotecnolgico, o

Palavras-chave: Fosmdeos, metagenmica, biotecnologia, diversidade bacteriana,

SILVA, Tharcilla Nascimento. Universidade Estadual de Santa Cruz, Ilhus, 30 de

were determined by fosmid end-sequencing and compared by BlastX with Gen

Key words: Fosmids, metagenomics, biotechnology, bacterial diversity, 16S rDNA.

Figura 1. Diviso dos 5 reinos segundo a taxonomia Lineana..................................8

Figura 2. Representao filogentica da diversidade de organismos vivos,

Figura 3. Modelo da estrutura secundria do 16S E 18S rRNA..............................14

Figura 4. Diagrama da estratgia de busca e descoberta de produtos microbianos

Figura 5. Descrio esquemtica do processo utilizado na anlise das distncias

Fig. 6. Mapa do vetor pCC1FOS............................................................................27

Figura 8. Mtodos de extrao de DNA de solo de Mata Atlntica. Tubo esquerdo:

Figura 9. Eletroforese em gel de agarose 0,8%. Da esquerda para direita:

Figura 12. Eletroforese em gel de agarose 1,0 %, mostrando extrao de DNA

Figura 13. Classificao dos filos identificados no domnio Bactria.......................36

Figura 14. Distribuio das classes do filo Gammaproteobacteria..........................37

Figura 15. Distribuio dos gneros encontrados...................................................38

Figura 16. Dendograma mostrando a distribuio e as distncias filogenticas dos

Figura 17. PCR 16S rDNA da placa 04 (PL04). Mostrando o fragmento de

Figura 18. Eletroforese em gel de agarose 2,0%. Produtos de ARDRA da

Figura 20. Eletroforese em gel de agarose 2,0%. Produtos de ARDRA da

Figura 26. Resultados de BLAST-X de seqncias de pontas de fosmdeos,

Tabela 1. Nmeros de clulas microbianas associadas a diferentes tipos de solos

Tabela 2. Genes funcionais e enzimas derivados de metagenoma recentemente

Tabela 3. Composio qumica e fsica do solo de Mata Atlntica ..........................31

A Mata Atlntica considerada uma das grandes prioridades para a

de 10% dos microrganismos existentes no planeta tenham sido caracterizados e

2.1 Mata Atlntica

Mata Atlntica abriga diversas espcies de microrganismos, animais, peixes, insetos,

medicamentos, fitoterpicos, celulose, polmeros diversos, enzimas, genes e produtos

2.2 Os microrganismos e o solo

slida formada por substncias inorgnicas (areia, silte e argila) e materiais

A composio de comunidade microbiana tem demonstrado variar conforme o

Tabela 1 - Nmeros de clulas microbianas associadas a diferentes tipos de solos

Nmero de clulas microbianas por cm em diferentes ambientes. Os dados apresentados so

2.3 Organismos vivos e sua diversidade

AMMAN, 2001) . As bactrias e arqueas representam dois teros da vida no planeta

Figura 1- Diviso dos 5 reinos seguindo a taxonomia Lineana (Whittaker, 1969)

Figura 2 - Representao filogentica da diversidade de organismos vivos, evidenciando a