Professional Documents
Culture Documents
2.-Ejercicio de MapViewer.
a) Seleccionar en la ventana de la izquierda el organismo y lo que se quiere buscar (usar
nombre del gen, o genes implicados en una funcin (cncer related genes, diabetes related
genes, hypertension related genes, obesity, Alzheimer, sex, inteligence, oncogenes y tumor
supresor genes, etc).
a) Seleccione dos tema cualesquiera y haga una tabla que contenga: Cuntos genes estn
relacionados a la obesidad /diabetes, y su localizacin cromosmica.
Pan troglodytes (chimpanzee) genome view
Enfermedad
Alzheimer (APP)
No. de genes
1498
No. de Cromosomas
11, 17 ,21 , X
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9598&query=APP
Canis lupus familiaris (dog) genome view
Enfermedad
No. de genes
Fibrosis Qustica (CFTR)
15 hits
No. de Cromosomas
14
COMENTARIO:
Este programa permite detectar los genes presentes en algn organismo seleccionado , la
estructura y organizacin que maneja hace que su manipulacin sea fcil y rpida , de
hecho da pie a que sigas buscando genes en ms especies.La nica desventaja que
encontr (quiz porque no busqu lo suficiente) fue el hecho de que debes conocer la
abreviatura del gen de inters y el nombre cientfico del organismo, infiero que esto no es
problema para las personas que continuamente consultan esta base de datos , no obstante
sugiero que exista un programa adicional que apoye en este tipo de inconveniente.
3. Ejercicio de Genomes. Uso de GENOME-NCBI
En la seccin de GENOMES del sitio NCBI seleccione la liga Browse genomes y haga una
tabla que contenga 3 genomas de cada uno de los siguientes organismos:
Nombre
Virus
bacterias
Protozoarios
Plantas
Mamferos (no
humanos)
Tamao
No. de
genoma
cromosomas
(Mb)
Abelson murine leukemia virus 0.005894
1
Acholeplasma phage L2
0.011965
1
Abalone herpesvirus
0.211518
1
Victoria/AUS/2009
Escherichia coli O157:H7 str.
5.59448
Sakai
Abiotrophia defectiva
2.04
-Chrysanthemum coronarium' 0.74
phytoplasma
Babesia bovis
8.17971
4
Cryptosporidium
9.50978
Leishmania mexicana
32.1087
34
Beta vulgaris
568.609
9
Fragaria vesca
214.373
14
Micromonas
21.1093
17
Bos taurus
2983.31
31
Chinchilla lanigera
2390.87
31
Mus musculus (house mouse)
2800.06
21
No. de genes
1
14
118
5,360
2,010
928
Chr 2- 785
6
Chr1-83
Chr 1- 1,755
LG7-- 3,110
Chr 1-- 754
334
CAMBIAR
11510
25
21
24
25
-
Chr 1- 3,145
Chr1 -- 3,629
Chr 1-2,916
Chr1 -- 3,958
37
36
COMENTARIO:
Por medio de este programa se puede obtener de manera general datos como tamao de
genoma, cromosomas y nmero de genes de un organismo. Es importante mencionar que
la pgina se encuentra totalmente organizada de manera que se pueda hacer tanto una
bsqueda general utilizando todas las clasificaciones con las que cuenta la pgina. Para el
caso de del nmero de genomas no se aprecia en todos los organismos la cantidad total,
por lo que slo se seleccion un cromosoma y de ste se report el nmero de genes.
9.-GEN asignado: Se les mandar una lista de genes (uno para cada alumno) y
reportarn la siguiente informacin:
a) Nombre oficial del gen y alias
Nonmbre oficial : MBP ID Entrez Gene :4155 ID Ensembl : ENSG00000197971
Aliases
Myelin Basic Protein1
Myelin A1 Protein2
18q23
Cromosoma 18
De qu cadena se transcribe
Cadena -
Cules son sus genes vecinos: Algunos de los genes vecinos se encuentran en la siguiente
captura de pantalla esto se consiguio al entrar en GenCards --> Genomic Views y
seleccionar GeneLoc location for GC18M074690: view genomic region.
Se pueden apreciar algunos genes vecino , la mayora de ellos se encuentran en la cadena
negativa , entre ellos destaca GALRI exon structure el cual es receptor 1 de Galina.
63..708 /gene="MBP"
CDS
92..685 /gene="MBP"
Exon
269..346 /gene="MBP
77 pb
Exon
347..451 /gene="MBP"
104 pb
Exon
452..487 /gene="MBP"
35 pb
Exon
488..520 /gene="MBP
32 pb
Exon
521..640 /gene="MBP"
119 pb
Exon
641..2279 /gene="MBP"
1638 pb
STS
717..1596 /gene="MBP"
STS
750..1084 /gene="MBP"
STS
1833..2135
/gene="MBP"
STS
1877..2051
/gene="MBP"
STS
1882..2048
/gene="MBP"
STS
2031..2233
/gene="MBP"
STS
2031..2126
/gene="MBP"
STS
2132..2255
/gene="MBP"
2254..2259
/gene="MBP
regulatory
2262..2267
/gene="MBP"
polyA_site
2279 /gene="MBP"
La nica CDS , empieza en 92 y termina en 685 , por lo que el codn de inicio para la
traduccin se encuentra 92 pb despus del primer exn , y el codn de termino se
encuentra 1594 pb antes que termine el ltimo exn que es 2279 , en este sitio est la
cola de pol- que hace referencia a modificaciones transcripciones en el extremo 3que
refieren a un mRNA maduro.
OTRAS ISOFORMAS SON:
NM_001025100.1 Isoforma 2 ,Tambin conocido como: Golli-MBP2, HOG5
NM_001025090.1 Isoforma 3 , conocida como : MBP1, 21.5 kDa
NM_001025092.1 Isoforma 4 , conocida como : MBP2, 20.2 kDa
NM_001025101.1 Isoforma 5 , conocida como MBP3, 18.5 kDa
NM_002385.2 Isoforma 6 , MBP4, 17.2 kDa
f) Secuencia de la protena codificada por el gen asignado, con su ID. Caractersticas
generales de la protena (tamao en aa, PM, PI, etc).
Isoforma 1 , Protena : NP_001020252.1 : Golli-Mbp1, HOG7
NP_001020271.1 Isoforma 2, Tambin conocido como: Golli-MBP2, HOG5
NP_001020261.1 Isoforma 3 , conocida como : MBP1, 21.5 kDa
NP_001020263.1 Isoforma 4 , conocida como : MBP2, 20.2 kDa
NP_001020272.1 Isoforma 5 , conocida como MBP3, 18.5 kDa
NP_002376.1
CARACTERISTICAS:
La mielina protena bsica MBP.
Tamao: 304 aminocidos; 33117 DaSubunit Homodmero.
Isoforma 3 existe como una etapa comienza abruptamente en 14-16 semanas de edad
fetos. Incluso isoformas ms pequeos parecen producirse durante la embriognesis;
Algunos de estos persistir en el adulto. Isoforma 4 expresin es ms evidente a los 16
semanas y su proporcin relativa disminuye posteriormente.
PRI 19-APR-2014
ORIGIN
1 masqkrpsqr hgskylatas tmdharhgfl prhrdtgild sigrffggdr gapkrgsgkv
61 pwlkpgrspl psharsqpgl cnmykdshhp artahygslp qkshgrtqde npvvhffkni
121 vtprtpppsq gkgrglslsr fswgaegqrp gfgyggrasd yksahkgfkg vdaqgtlski
181 fklggrdsrs gspmarr
En el grfico se alcanzan a apreciar 15 sitios de fosforilacin y uno de metilacin.
METILACIN:
La metilacin post-translacional de las protenas ocurre en los Nitrgenos y en los Oxgenos,
el donador de grupos metilos activado es la S-adenosilmetionina (SAM). Las mutilaciones
ms comunes estn en la -amina de los residuos de lisina, metilaciones de nitrgeno
adicionales se encuentran en el anillo imidaslico de la histidina, en el grupo guanino de la
arginina y en los grupos R del glutamato y del asparato.
FOSFORILACIN:
La fosforilacin post-translacional es una de las modificaciones ms comunes de las
protenas que ocurre en las clulas animales. La extensa mayora de fosforilaciones ocurren
como un mecanismo para regular la actividad biolgica de una protena y por tanto son
transitorias. En otras palabras un fosfato (o ms de uno en muchos casos) es aadido y
luego es removido. En las clulas animales la serina, la treonina y la tirosina son los
aminocidos sujetos de fosforilacin. El grupo ms grande de cinazas son aquellas que
fosforilan las serinas o las treoninas y como tal se denominan serina/treonina cinazas. El
cociente de fosforilacin de los tres diferentes aminocidos es aproximadamente
1000/100/1 para serina/ treonina/tirosina.
Modificaciones postraduccionales:
Varios ismeros de carga de MBP1 (el ms catinico, menos modificado, y la forma ms
abundante), C2, C3, C4, C5, C6,C7, C8 y C8-A-B (la forma menos catinico); se producen
como resultado de la PTM opcional, tales como fosforilacin,desamidacin de glutamina o
asparagina, arginina y citrullination metilacin. C8-A y C8-B contienen cada dos isoformas
de masas denominado C8-A (H), C8-A (L), C8-B (H) y C8-B (L), (H) de pie para una mayor y
(L) para la parte inferior molecular de peso. C3, C4 y C5 son fosforiladas.
La alanina N-terminal est acetilado (isoforma 3, isoforma 4, 5 y isoforma isoforma 6) 1
Arg-241 se encontr que era 6% monometilado y 60% simtricamente dimethylated1
h) Reportar al menos una STS que nos permita identificar el gen. Reporte el ID de la STS, su
localizacin, los primers y el tamao y secuencia del fragmento amplificado.
LOCUS NM_001025081 2300 bp mRNA linear PRI 19-APR-2014
DEFINITION Homo sapiens myelin basic protein (MBP), transcript variant 1, mRNA.
ACCESSION NM_001025081
KEYWORDS RefSeq. SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
En la isoforma 1 se encuentra un STS a 63 ...708 , con un tamao de 645pb
ID: STS probe UniSTS: 483755
Sequences
>Probe|31813198|PRIMERF Forward PCR primer (outermost) (20b)
GTGCAGCCACCTCCGAGAGC
>Probe|31813198|PRIMERR Reverse PCR primer (outermost) (20b)
Las STSs son secuencias genmicas nicas son tiles localizar secuencias genmicas
(aproximadamente 500 pb) .Proporcionan informacin acerca de la localizacin de mapas
genticos y Homologa putativa a travs de otras entradas a travs de BLAST. Es decir que
son sitios de etiquetado, y que gracias a ellos podemos localizar un gen especfico.
La homologa entre dos secuencias es, usualmente, una indicacin de una relacin
evolutiva.
Este rbol filogentico , est basado en comparacin de secuencia de aa y bases , para ver
la identidad relacionada a la homologa. De acuerdo a la figura antes presentada, somos
ms parecidos al Gorilla con respecto a la protena MBP isoforma 1.Se pueden observar
varios nodos de especiacin , los cuales indican la especiacin o la formacin de nuevas
especies, se puede considerar como el proceso evolutivo por el que algunas poblaciones de
una especie se diferencian estableciendo barreras de flujo gentico consecuencia del
desarrollo de mecanismos de aislamiento reproductivo.
j) Identificar los tipos de motivos y dominios reportados en la protena, use CDART. Anexe
figura
Score
32.6
MBP, IFNB1
optic neuritis
32.0
MBP, IFNB1
neuromyelitis optica
32.0
IFNB1, MBP
REFERENCIAS:
http://www.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=MBP;site=ensembl Consultado el
27/02/2015 a las 3:00pm
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara_Tree?
g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683 Consultado el 27/02/2015 a las 3:30 pm
http://www.malacards.org/card/multiple_sclerosis?search=MBP Consultado el 27/02/2015 a
las 5:05pm
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Variation_Gene/Table?
collapse=none;db=core;g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683 Consultado el
27/02/2015 a las 5:30 pm
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?
gene=MBP&search=83152927692cdd03d2f5aabc1971646c#pathways_source Consultado
el 28/02/2015 a las 3:00pm
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000197971-MBP/subcellular Consultado el 2/02/2015 a
las 5:30pm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexington.cgi Consultado el 28/02/2015 a
las 8:00pm
http://www.omim.org/search?index=entry&sort=score+desc
%2C+prefix_sort+desc&start=1&limit=10&search=MBP Consultado el 28/02/2015 a las
9:00pm
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?
collapse=none;db=core;g=ENSG00000197971;r=18:76978827-77133683 Consultado el
1/03/2015 a las 3:00pm
http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?
chr_nr=18&range_type=gc_id&gc_id=GC18M074690&contig= Consultado el 1/03/2015 a
las 3:10pm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=4155
Consultado el 1/03/2015 a las 3:30pm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9606&query=MBP
Consultado el 1/03/2015 a las 3:55 pm
http://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_id=HGNC:6925 Consultado el
1/03/2015 a las 4:00pm
http://www.informatics.jax.org/homology/1788 Consultado el 1/03/2015 a las 4:10pm