INTRODUCTION GENERALE

Loutil informatique a t mis en uvre dans le domaine chimique dans le but de

modliser les structures molculaires. Depuis cette poque, laugmentation de la puissance de
calcul des ordinateurs a permis la modlisation molculaire de sappliquer des structures
de plus en plus complexes de manire de plus en plus rigoureuse et raliste. Ainsi, petit
petit, la modlisation molculaire est devenue une nouvelle technique de comprhension des
phnomnes chimiques et un outil de travail part entire dans le domaine de la chimie
structurale. Donc, si on intresse aux structures et conformations molculaires, lemploi de
cette mthode peut tre la source dun bien meilleure comprhension des gomtries
observes ou attendues 1.
La modlisation molculaire dune molcule implique gnralement
une prsentation graphique de la gomtrie ou de la configuration des
atomes de la molcule suivie de lapplication dune mthode thorique,
comme la mcanique molculaire, dynamique molculaire, mcanique
quantique

ou

semi-empirique,

permettant

de

dterminer

la

reprsentation graphique de la gomtrie ou de la conformation des

atomes dune molcule et dvaluer les proprits physico-chimiques de la
molcule tudie. La modlisation molculaire est une application des
mthodes thoriques et des

mthodes de calcul pour rsoudre des

problmes impliquant la structure molculaire et la ractivit chimique ou

lactivit biologique 2.
Lambition dun chimiste thoricien est dtre capable de prdire,
confirmer ou rinterprter lexprience laide de la modlisation
molculaire. En effet, la persvrance des chercheurs, et surtout la
puissance de leurs moyens informatiques jouent en faveur de la chimie
thorique, et son champ dapplication

3-5

Lhtrocycle constitue le squelette de base pour une grande varit

de

composs

dintrt

chimique,

biologique,

pharmacologique

et

industriel. On note que les deux-tiers des composs organiques connus

1

dans

la

littrature

sont

des

htrocycles.

De

ce

fait,

la

chimie

htrocyclique est devenue le centre dintrt dune grande communaut

de chimistes

1,6

Ltude de la ractivit des htrocycles aromatiques peut tre lie

directement ltude de leur raction de substitution, vu que ces
systmes sont trs riches en lectrons. Cette tude a fait lambition de
plusieurs chimistes exprimentateurs et thoriciens. Ltude des systmes
htrocycliques a connu un dveloppement considrable, d la mise en
vidence de leurs activits biologiques 7.
Lindole est parmi une large varit des htrocycles tudis pour
dvelopper de nouvelles molcules actives. Des molcules comme le
tryptophane, un acide amin protognique, ou la srotonine, un
neurotransmetteur, contiennent ce type dhtrocycle _ENREF_88-15.
Nous nous intressons dans ce travail une tude computationnelle sur le
noyau indole.
Dans cette thse, lapproche de modlisation molculaire a t
utilise pour ltude des proprits structurales, vibrationnelles et
lectroniques de noyau de base indole pour prsenter la conformation
molculaire la plus stable et galement dfinira la meilleure mthode ainsi
que la base ncessaire pour tudie la ractivit chimique de ce dernire.
Ltude de la ractivit de lindole lie directement ltude de leur effet
de substitution. Une tude qualitative sur

les relations structure-

proprits dune srie bioactive de lindole a t ralise.

Le manuscrit de cette thse est prsent en cinq chapitres :
Le premier chapitre de ce manuscrit sera consacr une mise au
point sur le noyau indole. Nous aborderons une gnralit sur quelques mthodes de
synthses et la ractivit de lindole. Nous prsenterons galement des activits
biologiques de quelques molcules indoliques.
2

Dans un second chapitre, nous prsentons un aperu gnral thorique sur les
diffrentes mthodes de la modlisation molculaire utilises dans notre travail (la mcanique
quantique (MQ) et la mcanique molculaire (MM)). Nous prsenterons aussi leur domaine
dapplication, ces limites et les programmes utiliss.
Le troisime chapitre comporte une tude des proprits structurales,
vibrationnelles et lectroniques de la molcule indole. Dans ce chapitre
une tude comparative avec des diffrentes mthodes et des donnes
exprimentales. Cette investigation conduira dfinir la meilleure mthode ainsi que la
base ncessaire pour ces systmes. (Ce travail a t publi dans: Research
Journal of Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences.
Volume 4 Issue 3, Page No. 1220, 2013).
Au sein du quatrime chapitre, nous prsenterons une tude de leffet
de substitution sur le noyau indole dans le but de prvoir la molcule la
plus ractive. La ractivit de lindole sinscrit dans le cadre de la thorie
des orbitales molculaires frontires (OMF).
Le cinquime chapitre est une tude qualitative de la relation
structure - proprit de drives de lindole. Un objectif important de cette
tude tait d'valuer des relations entre les structures et les proprits
physico-chimiques

associes

dune

srie

slectionne

des

drivs

dindoles rapports dans la littrature et qui ont une activit biologique.

(Ce travail a t a t publi dans: Quantum Matter, Vol. 4, No. 6,
2015).

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