TRABAJO INVESTIGATIVO

TTULO
Evaluacin del Mecanismo de Acoplamiento Molecular ProtenaLigando
Utilizando tcnicas de la Qumica computacional

5. DESCRIPCIN DEL PROYECTO

5.1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA DE INVESTIGACIN (Incluye

elementos de descripcin y formulacin del problema y la justificacin
del estudio y debe contener hasta 1200 palabras).

Se conocen dos isoformas de la ciclooxigenasa: la COX-1 y la COX-2,

enzimas con alrededor de 600 aminocidos cada una. Se sabe que la
COX-1 y la COX-2 difieren en un solo aminocido aunque los sitios
activos de las enzimas son idnticos. La Ciclooxigenasa- 1 (COX-1) es
constitutiva de todos los tejidos especialmente el rin y el tubo
gastrointestinal. Participa en la produccin de prostaglandinas que
intervienen en procesos fisiolgicos tales como: proteccin del epitelio
gstrico, mantenimiento del flujo renal, la agregacin plaquetaria, etc.
La Ciclooxigenasa -2 (COX-2) tiene como funcin mediar en los procesos
de inflamacin y en la sealizacin por prostanoides. Las dos enzimas
presentan una masa molecular muy similar (sobre los 70 kDa). Aunque
las dos isoformas catalizan idnticas reacciones y muestran las mismas
constantes cinticas para la conversin del cido Araquidnico (AA) en
prostanoides, el centro activo de la COX-1 es ms pequeo que el de la
COX-2, lo cual puede permitir a la COX-2 una mayor selectividad de
sustratos diferentes al AA.

Cada cadena polipeptdica de la COX est organizada en cuatro dominios

estructurales: tras el pptido seal que marcara al polipptido para ser
translocado a la membrana, en la zona amino-terminal, existen dominios
con posibilidad de formar puentes disulfuro, que constituyen el dominio
de dimerizacin. Luego se encuentra un dominio formado por hlices
alfa de carcter anfiptico. Finalmente, el dominio de mayor tamao
posee una estructura globular donde se sita el dominio cataltico,
formado por una estructura de hlices alfa. Este dominio forma dos
lbulos en la cara interna, en los cuales se localiza el grupo hemo
necesario para la actividad peroxidasa. El dmero se forma por la
interaccin de dos dominios de dimerizacin de cada monmero, de
forma que queda un canal hidrofbico de acceso a los dominios
catalticos. A este canal no solo tiene acceso los sustratos lipdicos, sino
tambin los antiinflamatorios no esteroidales (AINEs). En el canal de
acceso de la COX-1 se encuentran algunos residuos implicados en la
actividad enzimtica, como la tirosina 385 (Tyr 371 en COX-2) implicada
en la actividad ciclooxigenasa, la serina 530, que es el residuo acetilado
por aspirina, o la arginina 120 (Arg 104 en la COX-2) que junto con el
glutamato 524 son los dos nicos residuos inicos del canal (Lpez,
2001).
Para contrarrestar los procesos inflamatorios, hoy da en la prctica
clnica es muy frecuente el uso de los AINEs. Estos son frmacos que
aportan muchos beneficios, pero de alguna u otra manera pueden
causar efectos secundarios sobre la salud de las personas. Esto ha sido
comprobado y existen muchas evidencias cientficas en donde unos de
dichos efectos han sido problemas cardiovasculares, cutneos, a nivel de
aparato respiratorio, en el sistema nervioso y alteraciones sanguneas,
razn por la cual ciertos medicamentos antiinflamatorios han sido
retirados del mercado. (())

Por otro lado, en muchos pases el popular uso de productos naturales

est impulsado por la preocupacin sobre los efectos adversos de los
frmacos de sntesis qumica (OMS, 2002). Es por ello que a travs de
ensayos con los extractos de muchas plantas han demostrado que
dichas sustancias tienen una variedad de efectos farmacolgicos, entre
los que se incluyen efectos antiinflamatorios, vasodilatadores,
antimicrobiales, anticonvulsionantes, sedantes, entre otros.

La utilizacin de tcnicas de simulacin atomstica est basada en el

uso de modelos explcitos de interaccin intra e intermolecular.
Normalmente las interacciones intermoleculares estn dadas por
trminos no enlazantes de dispersin y repulsin de corto alcance, o
interacciones de Van der Waals. Este tipo de interacciones suelen ser
modelados usando potenciales sencillos, de tipo Lennard- Jones, con
parmetros de energa y tamao calculados a partir de las conocidas
reglas de mezcla de Lorenz-Berthelot. Sin embargo, el reto definitivo
para la utilizacin exitosa de las tcnicas basadas en principios mecanoestadsticos est en la implementacin de modelos interatmicos, que
describan correctamente la fsica de las interacciones intramoleculares.
El caso de los hidrocarburos de cadena corta, ligandos, no representa un
problema mayor, ya que existen modelos con una larga trayectoria de
uso exitoso en aplicaciones computacionales. Por el contrario, la
existencia de una gran variedad de modelos para representar las
interacciones intramoleculares en estructuras protenicas exige un
proceso de seleccin cuidadosa.
El punto inicial que se plantea es el de generar un protocolo para la
seleccin de los modelo ms adecuado que representen tanto las
interacciones intramoleculares como intermoleculares en los sistemas
Ligando/Protena. Con este fin en mente, se elaborar el anlisis riguroso
de una serie de potenciales atomsticos desarrollados para la
modelizacin de estructuras, modelos que discrepan en cuanto a
complejidad en la forma funcional, en la forma de parametrizacin de
dichas formas funcionales y que se evalan en cuanto a su
transferabilidad y a su habilidad para predecir valores experimentales.
Una vez identificado el modelo, o modelos a utilizar en la
representacin de las interacciones inter e intramoleculares, se har uso
de los resultados obtenidos utilizando las tcnicas de Docking Molecular,
Mecnica Molecular y Dinmica Molecular, con el objeto de observar y
describir los mecanismos atomsticos de interaccin protena-ligando
responsables de la actividad enzimtica en procesos de inters, en la
inactivacin de la ciclooxigenasa por medio de estructuras provenientes
de productos naturales de plantas (metabolitos secundarios) como son
la flavonas y flavonoles.
Por ende, conociendo los efectos secundarios que pueden causar los
frmacos antiinflamatorios no esteroideos (AINEs), hoy da existe un
gran inters por el uso de productos naturales con la misma actividad
antiinflamatoria. A estos se les ha dado una gran importancia por ser
productos ms saludables para las personas. Es el caso de los
flavonoides, los cuales son metabolitos secundarios extrados de
plantas y segn investigaciones han reportado su actividad como

antiinflamatorios. Con este tipo de estudio se contribuye al conocimiento

de nuevos compuestos activos que podran ser una alternativa para la
creacin de nuevos frmacos antiinflamatorios y con esto disminuir el
uso de frmacos que hoy da afectan a muchos pacientes por sus
efectos colaterales.
Completar

5.2. OBJETIVOS (Hasta 300 palabras)

GENERAL:

Utilizar herramientas de la qumica computacional para describir la

relacin estructura- actividad en procesos que involucran la accin
de metabolitos secundarios sobre especies proteicas activas.

ESPECFICOS:

Llevar a cabo la categorizacin de estructuras qumicas con

actividad biolgica a travs de parmetros de interaccin
energtica provenientes de estudios de anclaje molecular.

Describir los parmetros que intervienen en el proceso de

inactivacin/activacin de sitios activos en protenas por medio de
estructuras qumicas idneas.

Describir los mecanismos de interaccin en sistemas protenaligando y cuantificar dichos mecanismos en trminos de
parmetros energticos, energas libres, entalpas y entropas.

5.3 MARCO (MARCO DE ANTECEDENTES Y MARCO TERICO

CONCEPTUAL). (Hasta 1500 palabras).

La computacin es un rea muy extensa y se encuentra en constante

interaccin con otros campos de la ciencia, es este caso en particular el
inters se centra en el papel que juega la computacin en la qumica,
ms especficamente en el campo del Acopamiento Molecular (Docking),
dicho campo ha venido creciendo mucho en los ltimos aos, entre
algunas de las principales aportaciones se encuentran las de David S.
Goodsell, quien fue el creador del programa llamado AutoDock, cuyo
objetivo es el estudio de compatibilidad de molculas pequeas
llamadas ligandos con molculas grandes llamadas receptores como
candidatas a la formacin de frmacos, tambin est el Kuntz Group
creador del programa llamado DOCK, y recientemente Mark Thompson
creador del software ArgusLab (Seplveda. 2010)
El acelerado desarrollo de software ha producido una gran variedad de
programas de qumica computacional, de visualizacin de molculas, de
modelado y simulacin molecular, etc, los cuales han permitido avanzar
notoriamente en la comprensin de muchos sistemas qumicos y
biolgicos. Actualmente, mediante estos mtodos computacionales se
pueden generar y disponer de algunos modelos y esquemas que pueden
permitir el descubrimiento de potenciales dianas teraputicas para
tratar determinadas patologas con nuevas opciones de tratamiento
clnico (Daz et al. 2012).

En los ltimos aos se han dado una serie de grandes avances en los
clculos tericos, lo cual ha elevado el uso y la popularidad de los
estudios in silico (computacionales) para el anlisis de molculas de
inters biolgico, convirtindose esto en parte fundamental para el
diseo y descubrimiento de frmacos de gran inters. Tanto es, que el
Premio Nobel de Qumica 2013 fue otorgado a tres qumicos: Martin
Karplus (Universidad de Strasbourg y Universidad de Harvard), Michael
Levitt (Escuela de Medicina de la Universidad de Stanford) y Arieh
Warshel (Universidad del Sur de California). Los tres galardonados
contribuyeron en la combinacin de las dos metodologas, mecnica
cuntica y mecnica molecular para tratar sistemas complejos: usaron
mecnica clsica para describir un sistema con muchos tomos que

sera imposible abordar con pura qumica cuntica y mecnica cuntica

para estudiar la regin del sistema que lleva a cabo una reaccin
qumica (Domnguez y Amador. 2014).
Los mtodos computacionales desarrollados para la descripcin del
comportamiento de la materia a nivel molecular pueden dividirse en dos
grandes tipos: mtodos ab initio y mtodos atomsticos. Las tcnicas
ab initio describen la estructura electrnica y la reactividad de sistemas
moleculares a partir de postulados mecano-cunticos, mientras que los
mtodos atomsticos utilizan los principio de la mecnica clsica para
simular sistemas a nivel atmico, pudiendo determinarse de esta
manera propiedades macroscpicas a partir de postulados de la fsica
estadstica. Los mtodos solo requieren como entrada inicial las
coordenadas nucleares del sistema, mientras que los mtodos clsicos
requieren de un conjunto de condiciones iniciales y de la descripcin
detallada de las interacciones interatmicas.
En lo que respecta a la Mecnica Molecular, los campos de fuerza juegan
un papel fundamental, estos son el conjunto que forman las ecuaciones
para calcular las contribuciones a la energa y los valores de los
parmetros ajustables al equilibrio. Cada Campo de Fuerza define una
ecuacin de energa potencial, de manera que la energa de una
molcula en una conformacin determinada se calcula a partir de la que
tendran idealmente las partes que la constituyen. La energa es relativa
a un estado de referencia y se calcula como la suma de los diferentes
trminos que indican la penalizacin por el alejamiento de la idealidad
de las distancias de enlace, ngulos, ngulos diedros, torsiones.

Sin duda, lo mencionado anteriormente ha contribuido en gran manera

al desarrollo del modelamiento molecular, lo cual ha contribuido a
interpretar un gran nmero de procesos biolgicos de gran inters
principalmente en el campo de la farmacutica, con el fin de buscar
soluciones a un gran nmero de enfermedades que nos afectan hoy da;
ejemplo de esto es el uso de compuesto como algunos oxicanes que
han sido utilizados como ligandos en el modelado molecular con la
enzima ciclooxigenasa-2 (COX-2) con el fin de visualizar las interacciones
de dichos compuestos y as predecir su actividad como antiinflamatorios
(Gris et al. 2009). De igual manera se han utilizado otros compuestos
sintetizados como el ster cido N- sustituido indol-2-carboxilico (Olgen

et al. 2001); el celecoxib y refecoxib (Habeeb et al. 2001), entre otros

compuestos utilizados con el fin de inhibir la (COX-2) responsable de
inducir los procesos de inflamacin.

Lo anterior muestra el gran avance que dichos mtodos

computacionales ha jugado en el campo de la farmacutica, dndole un
gran apoyo al diseo de frmacos asistido por computadora (Franco et
al. 2006).
Sin embargo, a pesar del gran nmero de frmacos sintticos utilizados
para el tratamiento de muchas enfermedades, hoy da en muchos pases
ha incrementado el popular uso de productos naturales, debido a la
preocupacin sobre los efectos adversos que producen los frmacos
qumicos hechos por el hombre, entre los cuales se encuentran
problemas cardiovasculares, cutneos, a nivel de aparato respiratorio,
en el sistema nervioso, alteraciones sanguneas, entre otros (OMS.
2002).
Ensayos realizados con los extractos de muchas plantas han demostrado
que dichas sustancias tienen una variedad de efectos farmacolgicos,
entre los que se incluyen efectos antiinflamatorios, vasodilatadores,
antimicrobiales, anticonvulsionantes, sedantes, entre otros. Entre los
compuestos derivados de productos naturales encontramos los
flavonoides, los cuales son metabolitos secundarios que se caracterizan
por poseer efectos antiinflamatorio, antialrgico, antitrombtico, entre
otras actividades.
Hoy da el uso de productos naturales en el modelamiento molecular
est despertando el inters en la investigacin de nuevos frmacos
fundamentales para el tratamiento de enfermedades, lo cual se debe a
que dichos compuestos no producen efectos secundarios en la salud de
los pacientes. Entre estos trabajos encontramos el uso de
fitocompuestos extrados de plantas como el mangle, con el fin de
conocer efectos potenciales para inhibir la enzima COX-2 a travs del
acoplamiento molecular, en donde se encontr que metabolitos como la
quercetina (flavonoide) presentaron actividad inhibitoria contra la
ciclooxigenasa (Manigandan and Ramanathan. 2014). Tambin se han
extrado compuestos de la planta Erytrina varietaga para conocer
potenciales analgsicos (Nasir et al. 2014)

Retomando nuevamente el uso de las tcnicas de acoplamiento

molecular, sta es un rea que ha tomado mucho auge en los pases
latinoamericanos contribuyendo as al desarrollo de muchas reas, en
especial al descubrimiento de compuestos qumicos utilizados como
ligandos con un alto potencial biolgico. Ejemplo de esto es que en
pases como Mxico han trabajado en la investigacin de compuestos
que posean un alto potencial en la inhibicin de enzimas involucradas
en el cncer, con esto se podran conocer nuevos medicamentos contra
dicha enfermedad (Kuck et al. 2010). En Chile se han hecho estudios
como el de vas de sealizacin que involucran la interaccin protenaprotena con el fin de disear nuevos tratamientos para contrarrestar
ciertas enfermedades caracterizadas por respuestas inflamatorias
anmalas, entre las cuales se encuentran la sepsis, artritis, reumatoide,
entre otras. (Rossel. 2012). En varios pases latinos se hecho mucho
nfasis en el rea de las ciencias biomdicas encaminadas al
descubrimiento de nuevos frmacos para combatir enfermedades
tropicales, en especial las causadas por parsitos, entre las cuales
encontramos la leishmaniasis, la tripanosomiasis africana y la
enfermedad de Chagas que afectan en gran parte a las poblaciones
vulnerables (Monasterios et al. 2011).

Por el caso de Colombia, tambin han sido reportados estudios de

Docking molecular encaminados a contrarrestar enfermedades
tropicales; como el descubrimiento de frmacos con una potencial
accin leishmanicida (Ochoa et al. 2011). Adems, teniendo en cuenta
que hoy da se le ha dado una gran importancia a los medicamentos
derivados de productos naturales, se han hecho trabajos enfocados al
conocimiento de metabolitos secundarios que presenten actividad
biolgica como los antiinflamatorios (Lizalda). Este es un aspecto de
gran importancia, porque como ya hemos mencionado, hoy da muchos
medicamentos sintticos causan efectos secundarios perjudiciales para
la salud.
Ahora bien,
para poder descubrir metabolitos secundarios con la
actividad biolgica que se espera tener, son indispensables los trabajos
fitoqumicos, los cuales nos ayudan al descubrimiento y elucidacin de
las estructuras qumicas de los metabolitos para su posterior uso en el
Acoplamiento Molecular. Es por ello que en muchas universidades como

la Universidad de Sucre (UNISUCRE) se han llevado y an se estn

llevando a cabo trabajos encaminados a la bsqueda de metabolitos
secundarios con cierta actividad biolgica. Es el caso del grupo de
investigacin de fitoqumica que entre uno de sus trabajos realizados
est la evaluacin qumica y biolgica del extracto total etanlico de las
hojas frescas de Muntingia calabura (Elaeocarpaceae), teniendo entre
uno de sus propsitos el de realizar actividad insecticida. (Martnez et al.
2008). A partir de este trabajo se elucidaron las estructuras qumicas de
ciertos metabolitos secundarios, entre los cuales se encontraron unos
flavonoides
(3,5,7,4-tetrahidroxi-3-metoxiflavonol;
8-metoxiflavona;
3,5,7-trihidroxiflavanonol y el 5,7,8-trihidroxiflavanona) que los
utilizaremos en nuestro proyecto junto con otros para descubrir una
posible actividad antiinflamatoria a travs del estudio de acoplamiento
molecular. Por lo tanto, conociendo los reportes planteados por muchas
investigaciones, planteamos que a travs de este proyecto la mayora de
los flavonoides utilizados tendrn un alto potencial antiinflamatorio.

6. METODOLOGA (Hasta 1500 palabras)

El impresionante desarrollo en la capacidad computacional de las
ltimas dcadas ha abierto las puertas a una nueva rama de las
ciencias, a la que se refiere a menudo como la tercera forma de hacer
ciencia, y que se basa en la experimentacin computacional, o
experimentacin In Silico. En general, la forma de llevar a cabo un
experimento computacional inicia por el modelamiento de un sistema
real, a partir de principios fsicos tericos y la posterior simulacin
computacional de su comportamiento utilizando algoritmos matemticos
de clculo. Por supuesto, tanto el modelo como el mtodo de solucin
dependen del propsito de la simulacin.

Para el estudio de Acoplamiento Molecular (Docking) se utilizar el

programa AutoDock. La estructura tridimensional de la enzima
Ciclooxigenasa-2 (COX-2) ser obtenida del Protein Data Banck
(http://www.rcsb.org/pdb). Para el caso de las flavonas y flavonoles
(Apigenina, Crisina, Luteolina, Quercetina, Morina, Galangina, Baicaleina,
Caemferol y 7,8 Dihidroxiflavona, 3,5,7,4-tetrahidroxi-3-metoxiflavonol,
8-metoxiflavona, 3,5,7-trihidroxiflavanonol y el 5,7,8-trihidroxiflavanona),
las estructuras de estos ligandos sern minimizadas con dinmica
molecular. A partir del conocimiento previo del sitio activo de la

estructura proteica se identificarn los aminocidos que lo conforman

para la posterior adicin de los hidrgenos. Luego cada uno de los
ligandos
se pondr a interactuar con la enzima a travs del
acercamiento directo

10. BIBLIOGRAFA
1. Lpez, M. Efectos Renales de los Inhibidores Selectivos de la
Ciclooxigenasa-2 (COX-2) en la Cirrosis. Estudio In Vivo en Ratas
Inducidas a Cirrosis y Estudios In Vitro en Clulas Mesangiales.
(tesis doctoral), Departamento de Medicina, Facultad de Medicina,
Universidad de Barcelona, 2001.
2. Organizacin Mundial de la Salud Ginebra, Estrategia de la OMS
sobre medicina tradicional 2002-2005.
3. Seplveda, D. Diseo de una Aplicacin Para la Simulacin del
Acoplamiento Molecular "Protena-Ligando" Mediante Herramientas
Basadas en Java. (Tesis de maestra), Universidad de las Amricas
Puebla (UDLAP), Mxico, 2010.
4. Daz, A., Martnez, E., Vivas, R., Puerta, L., Mndez, D., Cabrales, R
y Padilla, A. Modelacin por homologa de la protena Luxs de
Porphyromonas gingivalis cepa W83. Revista Clin. Periodoncia
Implantol. Rehabil.Oral. 5 (3): 105-113. 2012.
5. Domnguez, L y Amador, C. El Premio Nobel de Qumica 2013 para
Qumicos Computacionales. Educ. qum, 25(1), 82-85, Universidad
Nacional Autnoma de Mxico, 2014.
6. Gris, J., Dragonetti, M., Fernndez, B., y Moglioni, A. Modelado
Molecular
e
Interaccin
Enzima-Ligando
(Docking)
de
Antiinflamatorios Derivados de 4-Hidroxi 1,2-Benzotiazinas-3Carboxamidas, 1,1-Dixido. Informacin Tecnolgica Vol. 20 N4,
51-61, 2009.

7. Olgen, S., Akaho, E., Nebioglu, D. Synthesis and receptor docking

studies of N substituted indole-2-carboxylic acid esters as a search
for COX-2 selective enzyme inhibitors. Eur. J. Med. Chem. 36. 747
770, 2001.
8.

Habeeb, A., Rao, P and Knaus, E. Design and Synthesis of 4,5Diphenyl-4-isoxazolines: Novel Inhibitors of Cyclooxygenase-2 with
Analgesic and Antiinflammatory Activity. Journal of Medicinal
Chemistry, Vol. 44, No. 18. 3039-3042, 2001.

9. Franco, L., Vallejo, F y Castillo R. Diseo de Frmacos Asistido por

Computadora. Departamento de Farmacia, Facultad de Qumica,
Universidad Nacional Autnoma de Mxico, Ciudad Universitaria,
Mxico, D.F., Mxico. Trabajos de revisin en un campo de frontera,
de manera que sea utilizable para la docencia, 2006.
10.
Manigandan, V and Ramanathan, T. In silico Screening of
Cyclooxygenase Inhibitory Molecules from Margroves. Trends in
Bioinformatics 7 (1): 13-18, 2014.
11.
Nasir Uddin, M., Emran2, T., Rashid Mahib, M & Dash, R.
Molecular docking and analgesic studies of Erythrina variegatas
derived phytochemicals with
COX enzymes. Biomedical
Informatics, volumen 10(10): 630-636, 2014.
12.
Kuck, D., Singh, N., Lyko, F and Franco, J. Novel and
selective DNA methyltransferase inhibitors: Docking-based virtual
screening and experimental evaluation. Bioorganic & Medicinal
Chemistry, Volume 18, Pages 822829, 2010.
13.
Rossel Salas, E. Modelamiento de sitios de acoplamiento e
interacciones protena -protena en receptores tipo toll. (Tesis de
grado), facultad de ciencias fsicas y matemticas departamento
de ingeniera qumica y biotecnologa Universidad de Chile, 2012.
14.
Monasterios, M., Amesty, A y Avendao, M. Estudio de
Acoplamiento Molecular (docking) de una serie de derivados
sintticos del 5-nitrofurano en el sitio de unin de la tripanotin

reductasa del Trypanosoma cruzy, Revista Facultad de Farmacia,

Vol. 74 N 2, 2011.
15.
Ochoa, R., Flrez, A y Muskus, C. Deteccin in silico de
segundos usos de medicamentos con potencial accin
leishmanicida. Revista Ingeniera Biomdica, Volumen 5, nmero
10, 10-16, 2011.
16.
Lizalda, C. Modelado molecular de la interaccin enzimaligando (docking) entre la ciclooxigenasa 2 y flavonas y flavonoles
de swinglea glutinosa (tesis de grado). Facultad de tecnologa
escuela de qumica Pereira, Universidad tecnolgica de Pereira
(ao))
17.
Martnez, A., Parejo, M y Vanegas, A. Evaluacin qumica y
biolgica del extracto total etanlico de las hojas frescas de
muntingia calabura (elaeocarpaceae). (Tesis de grado), Facultad de
Educacin y Ciencias, Departamento de Biologa, Universidad de
Sucre, 2008.