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res cogitans, ovvero la sostanza pensante: immateriale, inestesa, consapevole e libera, e la sua esistenza dimostrata dal dubbio;
res extensa, ovvero la sostanza estesa: spaziale, inconsapevole e meccanicamente determinata (segue determinate leggi), che non altro che il mondo fisico dei corpi.
A questo punto a Cartesio si presenta il problema di come unire le due sostanze, ovvero di spiegarne il rapporto biunivoco, e, per quanto riguarda l'uomo, di riuscire spiegare la relazione tra anima e corpo. Cartesio pensa di risolvere tale
questione con la teoria della ghiandola pineale (l'epifisi). Questa, infatti, era considerata l'unica parte del cervello che, non essendo doppia, poteva unificare le sensazioni che vengono dagli organi di senso.