Los enzimas son los catalizadores de las reacciones en los sistemas
biolgicos: los enzimas, las protenas ms extraordinarias y de mayor especializacin. Los enzimas tienen un gran poder cataltico, a menudo muy superior al de los catalizadores sintticos o inorgnicos. Poseen un elevado grado de especificidad respecto a sus sustratos, aceleran espectacularmente las reacciones qumicas especficas y funcionan en soluciones acuosas en condiciones muy suaves de temperatura y pH. Hay pocos catalizadores no biolgicos que tengan todas estas propiedades. Los enzimas estn en el centro de todos los procesos bioqumicos. Actuando en secuencias organizadas catalizan cientos de reacciones consecutivas en las que se degradan molculas de nutrientes, se conserva y transforma la energa qumica y se fabrican las macromolculas biolgicas a partir de precursores sencillos. La mayora de enzimas son protenas Con la excepcin de un pequeo grupo de molculas de RNA cataltico, todos los enzimas son protenas. Su actividad cataltica depende de la integridad de su conformacin proteica nativa. Si se desnaturaliza o disocia un enzima en sus subunidades, se suele perder la actividad cataltica. Si se descompone una enzima en sus aminocidos constituyentes, siempre se destruye su actividad cataltica. As, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de las protenas enzimticas son esenciales para su actividad cataltica. Algunos enzimas no requieren para su actividad ms grupos qumicos que sus residuos aminocidos. Otros requieren un componente qumico adicional llamado cofactor. El cofactor puede ser uno o varios iones inorgnicos o una molcula orgnica o metaloorgnica compleja denominada coenzima. Algunos enzimas requieren tanto un coenzima como uno o ms iones metlicos para su actividad. Un coenzima o ion metlico unido covalentemente o de manera muy fuerte a la protena enzimtica se denomina grupo prosttico. Un enzima completo catalticamente activo junto con su coenzima y/o iones metlicos se denomina holoenzima. La parte proteica de tal enzima se denomina apoenzima o apoprotena. La mayora de ellos son derivados de las vitaminas. Finalmente, algunos enzimas son modificados covalentemente por fosforilacin, glucosilacin y otros procesos. Gran parte de estas alteraciones intervienen en la regulacin de la actividad enzimtica. Los enzimas se clasifican segn las reacciones que catalizan Muchos enzimas se han bautizado aadiendo el sufijo asa al nombre de su sustrato o a una palabra o frase que describe su actividad. Otros enzimas recibieron nombres muy generales, antes de que se conociera cul era su reaccin especfica. Otros recibieron el nombre en virtud de su origen o el modo como se obtuvieron. A veces el mismo enzima tiene dos o ms
nombres, o dos enzimas diferentes tienen el mismo nombre. Debido a tales
ambigedades y al nmero constantemente creciente de enzimas descubiertos, se ha adoptado por acuerdo internacional un sistema de nomenclatura y clasificacin de los enzimas. Este sistema distribuye los enzimas en seis clases principales, cada una de ellas con diferentes subclases, segn el tipo de reaccin catalizada. A cada enzima se le asigna un nmero clasificatorio de cuatro apartados y un nombre sistemtico que identifica la accin catalizada. La vida depende de la existencia de catalizadores poderosos y especficos: los enzimas. Prcticamente todas las reacciones bioqumicas son catalizadas por un enzima. Con la excepcin de unas pocas molculas de RNA cataltico, todos los enzimas conocidos son protenas. Muchos necesitan coenzimas no proteicos para desempear su accin cataltica. Las enzimas se clasifican de acuerdo con el tipo de reaccin que catalizan. Todos los enzimas tienen nmeros y nombres formales del sistema E. C. y la mayora tienen tambin nombres sencillos. Cmo funcionan los enzimas? La catlisis enzimtica de las reacciones es esencial para los sistemas vivos. En condiciones biolgicas, las reacciones no catalizadas tienden a ser lentas. La mayora de molculas biolgicas son muy estables al pH neutro, la temperatura sueva y el ambiente acuoso presente en el interior de las clulas. Adems, muchas reacciones bioqumicas comunes implican procesos qumicos que son desfavorables o poco probables en el ambiente celular, tales como la formacin transitoria de intermediarios cargados inestables o la colisin de dos o ms molculas con la orientacin precisa requerida para la reaccin. Las reacciones necesarias para digerir los alimentos, enviar seales nerviosas o contraer el msculo no se dan a una velocidad til sin catlisis. Un enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente especfico dentro del cual una reaccin determinada puede transcurrir a mayor velocidad. El rasgo distintivo de una reaccin catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de los confines de una bolsa del enzima denominada sitio activo. La molcula fijada el sitio activo y sobre la que acta el enzima se denomina sustrato. La superficie del sitio activo del enzima est revestida con residuos aa cuyos grupos sustituyentes se unen al sustrato y catalizan la transformacin qumica. A menudo, el sitio activo cubre al sustrato y lo secuestra completamente de la solucin. El complejo enzima-sustrato es de importancia central en la accin de los enzimas. Los enzimas alteran las velocidades de reaccin pero no los equilibrios Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como:
Donde E, S y P representan el enzima, el sustrato y el producto,
respectivamente. ES y EP son complejos transitorios del enzima con el sustrato y con el producto, respectivamente. La funcin de un catalizador es aumentar la velocidad de una reaccin. Los catalizadores no modifican los equilibrios de reaccin. Cualquier reaccin, por ejemplo S P, se puede describir mediante un diagrama de la coordenada de reaccin, una descripcin de los cambios energticos durante la reaccin. En el diagrama de la coordenada, se representa la energa libre del sistema frente al progreso de la reaccin (coordenada de la reaccin). El punto de partida tanto para la reaccin hacia la derecha como hacia la izquierda se denomina estado basal, que es la contribucin a la energa libre del sistema de una molcula promedio (S o P) bajo un conjunto de condiciones dadas. Para describir las variaciones de energa libre de las reacciones, los qumicos definen un conjunto estndar de condiciones y expresan la variacin de la energa libre de este sistema reaccionante como AG, la variacin de energa libre estndar. Dado que en los sistemas bioqumicos participa normalmente el H+ en concentraciones muy lejanas de 1M, los bioqumicos definen la variacin de la energa libre estndar bioqumica, AG, como la variacin de la energa libre estndar a pH 7,0 El equilibrio entre S y P refleja la diferencia en energa libre de sus estados basales. En el ejemplo que se muestra en la grfica, la energa libre del estado basal de P es inferior a la de S, por lo que la AG de la reaccin es negativa y el equilibrio favorece a P. La posicin y la direccin de este equilibrio no se ven afectadas por ningn catalizador. Un equilibrio favorable no indica que la conversin S P sea rpida. La velocidad de la reaccin es dependiente de un parmetro totalmente diferente. Existe una barrera energtica entre S y P que representa la energa requerida para el alineamiento de los grupos reactivos, la formacin de cargas inestables transitorias, los reordenamientos de enlaces y otras transformaciones que se requieren para que la reaccin tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones. Esto viene representado por la colina energtica de las graficas. Para que haya reaccin las molculas han de superar esta barrera, por lo que se deben llevar a un nivel energtico superior. En la cumbre de la colina energtica existe un pinto en el que la cada hacia el estado P o S es igualmente probable. Es lo que se denomina estado de transicin. El estado de transicin no es una especie qumica con estabilidad significativa, por lo que no se ha de confundir con un intermediario de reaccin. Es, simplemente, un momento molecular fugaz. La diferencia entre los niveles de energa del estado basal y del estado de transicin se denomina energa de activacin AG . La velocidad de una reaccin refleja esta energa de activacin: a una energa de activacin ms elevada corresponde una reaccin ms lenta. Es posible disminuir la energa de activacin aadiendo un catalizador. La catlisis aumenta las velocidades de reaccin disminuyendo las energas de activacin. En la grafica vemos el
diagrama de la coordenada de reaccin donde se comparan las reacciones,
catalizada por enzima y sin catalizar. Los enzimas no constituyen una excepcin a la regla de que los catalizadores no modifican el equilibrio de reaccin. Su nica misin es acelerar la interconversin de S y P No se gasta enzima en el proceso el punto de equilibrio no queda afectado. No obstante, la reaccin alcanza el equilibrio de una manera mucho ms rpida cuando se halla presente el enzima adecuado ya que se incrementa la velocidad de la reaccin. Cualquier reaccin puede consistir en varias etapas que suponen la formacin y desintegracin de especies qumicas transitorias denominadas intermediarios de reaccin. Un intermediario de reaccin es cualquier especie producida en el transcurso de la reaccin que tenga un tiempo de vida qumico finito. Cuando la reaccin S P est catalizada por un enzima, los complejos ES y EP pueden ser considerados intermediarios a pesar de que S y P sean especies qumicas estables. Cuando en una reaccin existen varios pasos, la velocidad global viene determinada por el paso (o pasos) cuya energa de activacin es la ms elevada, este paso se denomina limitante de velocidad. En un caso sencillo, el paso limitante de velocidad es el punto de energa ms elevado en el diagrama de interconversin de S y P. Las velocidades de reaccin y los equilibrios tienen definiciones termodinmicas precisas Los equilibrios de reaccin estn asociados inextricablemente a la variacin de energa libre estndar de la reaccin, mientras que las velocidades de reaccin estn asociadas a la energa de activacin. Un equilibrio tal como S P viene descrito por una constante de equilibrio, Keq, o K: De la termodinmica, puede describirse la relacin entre K eq y AG mediante la expresin: La velocidad de una reaccin cualquiera viene determinada por la concentracin de reactivo (o reactivos) y por una constante de velocidad. Unos pocos principios explican el poder cataltico y la especificidad de los enzimas Los enzimas son catalizadores extraordinarios. Los aumentos de velocidad conseguidos por los enzimas son de 5 a 17 rdenes de magnitud. Los enzimas son tambin muy especficos, discriminando fcilmente entre sustratos con estructuras muy similares. Las interacciones dbiles ente enzima y sustrato son ptimas en el estado de transicin Estudios sobre la especificidad enzimtica llevados a cabo por Fischer le condujeron a proponer en 1894, que los enzimas eran estructuralmente
complementarios a sus sustratos, de forma que se acoplaban del mismo
modo que una llave y una cerradura. No obstante, la hiptesis de la llave y la cerradura puede ser engaosa cuando se aplica a la catlisis enzimtica. Un enzima totalmente complementario a su sustrato sera un enzima muy deficiente, como podemos demostrar. Consideremos una reaccin imaginaria, la rotura de una vara metlica magntica. La reaccin no catalizada se muestra en la primera figura. Examinaremos ahora dos enzimas imaginarios que pudieran catalizar esta reaccin. Disearemos en primer lugar un enzima perfectamente complementario al sustrato. Para que se d la reaccin, la vara debe alcanzar el estado de transicin de la reaccin, pero se fija de una forma tan fuerte al sitio activo que no puede doblarse, ya que la curvatura de la vara eliminara algunas de las interacciones magnticas entre la vara y el enzima. Un enzima as impide la reaccin ya que estabiliza el sustrato. En un diagrama de la coordenada de la reaccin, este tipo de complejo ES correspondera a un pozo energtico del que le sera muy difcil salir al sustrato. Tal enzima no sera til. La nocin moderna de la catlisis enzimtica dice: para que un enzima catalice una reaccin ha de ser completamente complementario al estado de transicin de la reaccin. Ello significa que las interacciones ptimas entre sustrato y enzima solo pueden tener lugar en el estado de transicin. La figura demuestra de qu modo puede actuar un enzima de este tipo. La vara de metal se fija a la enzima, pero solo se usan unas cuantas interacciones para formar el complejo ES. El sustrato ligado aun ha de experimentar el aumento de energa libre necesario para alcanzar el estado de transicin. Los enzimas reales funcionan segn un principio anlogo. En el complejo ES se forman algunas interacciones dbiles, pero el complemento total de las interacciones dbiles posibles entre sustrato y enzima solo se forma cuando el sustrato alcanza el estado de transicin. La energa libre liberada por la formacin de esas interacciones equilibra parcialmente la energa requerida para llegar a la cima de la colina energtica. La suma de la energa de activacin desfavorable AG y la energa de fijacin AG B favorable da como resultado una energa de activacin menor. El estado de transicin tampoco es una especie estable en el enzima, sino que representa un punto breve en el tiempo que pasa un sustrato en la cima de la colina energtica. Sin embargo, la reaccin catalizada por el enzima es mucho ms rpida que el proceso sin catalizar, porque la colina es mucho ms baja. Los enzimas utilizan la energa de fijacin para proporcionar especificidad de reaccin y catlisis La especificidad se refiere a la capacidad de un enzima de discriminar entre un sustrato y una molcula competitiva.
El propio enzima puede sufrir un cambio conformacional cuando se fija el
sustrato, el cual tambin se encuentra inducido por mltiples interacciones dbiles con el sustrato. Esta situacin se conoce como encaje inducido, mecanismo postulado por Daniel Koshland en 1958. El encaje inducido puede servir para disponer grupos especficos funcionales del enzima en la orientacin adecuada para catalizar la reaccin. El cambio conformacional tambin permite la formacin de interacciones dbiles adicionales en el estado de transicin. Grupos catalticos especficos contribuyen a la catlisis En la mayora de los enzimas, la energa de fijacin usada para formar el complejo ES es tan solo una de las diversas contribuciones al mecanismo cataltico general. Una vez unido el sustrato al enzima, grupos funcionales catalticos situados adecuadamente colaboran en la rotura o formacin de enlaces mediante una variedad de mecanismos. Catlisis cido-base general Muchas reacciones bioqumicas suponen la formacin de intermediarios cargados inestables que tienden a descomponerse rpidamente en sus especies reactivas constituyentes no pudiendo, de este modo, reaccionar. Lo intermediarios cargados a menudo se pueden estabilizar transfiriendo protones a o desde el sustrato o intermediario para formar una especie que se descompone en productos ms fcilmente que en reactivos. Varias cadenas laterales de aa pueden actuar de modo similar como dadores y aceptores de protones en el sitio activo del enzima. Estos grupos se suelen posicionar de forma precisa en el sitio activo de un enzima para permitir la transferencia de protones, generando incrementos de velocidad del orden de 102 a 105. Este tipo de catlisis tiene lugar en la mayora e enzimas. Catlisis covalente En la catlisis covalente se forma un enlace covalente transitorio entre el enzima y el sustrato. Esto altera la ruta de la reaccin y solo se produce catlisis si la nueva ruta tiene una energa de activacin inferior a la de la ruta no catalizada. Diversas cadenas laterales de aa, as como los grupos funcionales de algunos cofactores enzimticos, sirven como nuclefilos en algunos enzimas para la formacin de enlaces covalentes con los sustratos. Catlisis por iones metlicos