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Bioinform)ca
Tecnologa
Mdica,
Universidad
Santo
Toms
Profesor
Alejandro
Cuevas
Villegas
T.M.
PhD(c)
Paso
4:
Dibujar
el
rbol
logen)co
con
los
datos
generados
con
los
programas
anteriormente
mencionados.
Puede
u)lizar
visores
como
TreeDyn,
Drawgram,
Drawtree
o
cualquier
otro
diseado
para
realizar
diseo
de
rboles
logen)cos.
PASO 1
Ejemplo:
Para
estudiar
como
han
evolucionado
dis)ntos
organismos
se
podra
usar
el
mRNA
del
gen
de
la
Lactato
deshidrogenasa
(DNA
es
demasiado
extenso.
Podra
u)lizarse
tambin
la
secuencia
de
aminocidos)
,
comn
entre
organismos
eucariontes
y
procariontes.
Gen
comn
entre
muchas
especies
PASO 1
1.-
Abra
un
registro
y
visualcelo
en
formato
FASTA
Paso
4:
Dibujar
el
rbol
logen)co
con
los
datos
generados
con
los
programas
anteriormente
mencionados.
Puede
u)lizar
visores
como
TreeDyn,
Drawgram,
Drawtree
o
cualquier
otro
diseado
para
realizar
diseo
de
rboles
logen)cos.
Ingrese a www.phylogeny.fr
Si)o donde podr construir un rbol logen)co, slo u)lizando herramientas online.
PASO 2
2.-
Abrir
ClustalW
PASO 2
2.-
Saltarse
un
espacio
y
pegar
la
siguiente
secuencia
inmediatamente
despus.
3.-
Repe(r
procedimiento
para
todas
las
secuencias
PASO 2
En
la
misma
ventana,
mas
abajo,
ver
este
men.
Paso
4:
Dibujar
el
rbol
logen)co
con
los
datos
generados
con
los
programas
anteriormente
mencionados.
Puede
u)lizar
visores
como
TreeDyn,
Drawgram,
Drawtree
o
cualquier
otro
diseado
para
realizar
diseo
de
rboles
logen)cos.
PASO 3
2.-
abrir:
PhyML,
para
analizar
segn
el
mtodo
de
Mxima
Verosimilitud
(Maximun
likelihood).
BioNJ,
para
analizar
segn
el
mtodo
de
unin
de
vecinos
(Neighbor-Joining)
MrBayes,
para
usar
un
mtodo
bayesiano.
Independiente
del
mtodo
a
elegir,
debe
usar
el
archivo
descargado
en
el
paso
2.
Si usa PhyML
PASO 3
Si usa BioNJ
PASO 3
PASO 3
Paso
4:
Dibujar
el
rbol
logen)co
con
los
datos
generados
con
los
programas
anteriormente
mencionados.
Puede
u)lizar
visores
como
TreeDyn,
Drawgram,
Drawtree
o
cualquier
otro
diseado
para
realizar
diseo
de
rboles
logen)cos.
PASO 4
PASO 4
PASO 4
Filograma
BioNJ
Filograma
PhyML
PASO 4
Y
nalmente
Filograma
a
par(r
de
anlisis
BioNJ
humanos
y
primates
Caballo
comparte
ancestro
con
primates
y
mamferos
acu)cos,
pero
no
forma
un
clado
con
ninguna
otra
especie.
PASO 4
Mamferos
acu)cos
Ratn
comparte
un
ancestro
comn
mas
lejano
con
otros
mamferos.
Aves
Peces
anbios
Note
que
mamferos
fueron
bien
agrupados,
incluso
formando
clados
de
acuerdo
a
sus
caracters)cas.
Por
otro
lado,
se
observa
que
aves,
peces
y
anbios
)enen
un
ancestro
en
comn
que
los
diferencia
de
los
mamferos,
estando
los
peces
mas
cercanos
a
los
anbios
que
a
las
aves.
Finalmente,
las
bacterias
estn
totalmente
apartadas
del
resto
y,
evolu)vamente
hablando,
con
una
distancia
considerablemente
mayor.
PASO 4
Observe
que
el
lograma
realizado
por
el
mtodo
de
mxima
verosimilitud
(ML)
muestra
algunas
diferencias
notables
respecto
al
lograma
anterior.
Con
mayor
claridad
lo
podremos
observar
en
un
CLADOGRAMA
(ver
diaposi)va
siguiente)
PASO 4
El
cladograma
muestra
la
misma
agrupacin
que
el
lograma,
pero
no
considera
representar
en
el
largo
de
los
brazos
la
distancia
entre
las
especies
evaluadas,
lo
que
nos
ayuda
a
visualizar
de
forma
mas
ordenada
las
agrupaciones.
Aqu
podemos
obsevar
que
la
Orca
(Orcinus
orca)
y
el
delfn
(Tursiops
truntatus)
estn
mas
distanciados
evolu)vamente
del
resto
de
los
mamferos
que
la
bacteria
Bacillus
thuringiensis
(lo
que
a
priori
no
)ene
sen)do
alguno).
Adems,
el
mamfero
acu)co
manai
(Trichechus
manatus)
no
fue
agrupado
en
el
mismo
clado
del
resto
de
los
mamferos
acu)cos
y
junto
con
el
ratn
(Mus
musculus)
fueron
evolu)vamente
mas
cercanos
a
aves,
peces
y
anbios
que
a
otros
mamferos.
PASO 4
PASO 4
Recuerde
que
lo
que
representa
este
ejemplo
es
la
evolucin
del
gen
de
la
LDH,
el
que
se
us
como
algo
representa)vo
de
la
evolucin
de
las
especies.
La
seleccin
de
la
secuencia
que
vamos
a
u)lizar
es
clave
para
poder
hacer
una
inferencia
correcta
y
debe
depender
de
los
obje)vos
que
se
persiguen.
Siempre
los
anlisis
estn
sujetos
a
errores.
Se
pudo
observar
que
para
el
mismo
set
de
datos,
se
encontr
mas
de
una
forma
de
agrupar
las
especies.
Hay
que
seleccionar
el
anlisis
mas
apropiado
para
el
)po
de
hiptesis
que
tenemos.
Ahora le toca a UD