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Tema 1
Etimologa
Sentido biolgico
Archaebacteria
Archaea
vs
vs
Eubacteria 80s
Bacteria 90s
http://www.bacterialphylogeny.com/
Tema 1
Bacteria = Procariota ?
Semntica
Taxonoma
http://www.bacterio.cict.fr/
LPSN
List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/
http://www.arb-silva.de/projects/living-tree/
Tema 1
Archaea
Euryarchaeota
Halobacteria
Halobacteriales
Halobacteriaceae
Halobacterium
Halobacterium salinarum
Bacteria
Actinobacteria
Actinobacteria
Actinobacteridae
Actinomycetales
Micrococcineae
Microbacteriaceae
Clavibacter
Clavibacter michiganensis
sepedonicus
In contrast to prokaryotic nomenclature, there is no such thing as an official classification of prokaryotes because
taxonomy remains a matter of scientific judgment and general agreement.
The closest approximation to an "official" classification of prokaryotes would be one that is widely accepted by the community
of microbiologists.
The most widely accepted classification is the "Taxonomic Outline of the Prokaryotes" initiated in the early 1990s in the
editorial office of Bergey's Manual Trust as a preliminary step in organizing the content of the second edition of Bergey's
Manual of Systematic Bacteriology.
The latest "Taxonomic Outline", now known as "Taxonomic Outline of the Bacteria and Archaea" (TOBA) and older archive
versions of the document are available online.
Tema 1
La especie procariota
La definicin en plantas y animales (aislamiento reproductivo) no sirve para procariotas
Definicin actual: Conjunto de cepas con un valor de hibridacin de DNA genmico igual o mayor a 70%
Empricamente se ha constatado que cuando entre dos cepas existe ms de un 3% de diferencia entre las secuencias de
sus 16S rDNA el porcentaje de hibridacin DNA-DNA de sus genomas es inferior a 70% y por tanto pertenecen a especies
distintas (Amann et al., 1992; Collins et al., 1991; Fox et al., 1992; Martnez-Murcia & Collins, 1990; Martnez-Murcia et al.,
1992, Stackebrandt & Goebel, 1994; Stackebrandt & Ebers, 2006)
Sin embargo, a la inversa no es posible hacer ninguna afirmacin
Tema 1
Diversidad procariota
La gran anomala del recuento en placa
Slo una pequeo porcentaje de las clulas que se observan al microscopio dan lugar a colonias en placa (agua de mar
0,001-0,1%, agua dulce 0,25%, suelo 0,3%, fangos activados 1-15%)
Este fenmeno se justificaba asumiendo que la mayora de las clulas vistas al microscopio estn muertas o en estado
VNC (viable no-cultivable)
La realidad es que an hay muchos taxones bacterianos que nunca han sido cultivados en el laboratorio
Tema 1
Identificar = casar las propiedades de un cultivo puro con las de una especie vlida (aceptada) y bien
caracterizada
En su sentido ms aplicado persigue economizar tiempo y dinero pero sin renunciar a la precisin
Ecologa
Fisiologa
Bioqumica
Gentica
Otros
Datos
Descripcin
Identificacin
Taxonoma
Tema 1
Correspondencia
Clasificacin
No
Nueva descripcin
Nomenclatura
10
VP
Tema 1
11
Taxonoma polifsica
Caracteres microscpicos
Forma celular
Tamao (dimetro)
Movilidad / flagelacin
Esporas
Inclusiones celulares (S0, vacuolas de gas, volutina,
cuerpo paracristalino, ...)
Cubiertas celulares
Orgnulos (clorosomas, ficobilisomas, carboxisomas,
)
Caracteres macroscpicos
Morfologa colonial/suspensin: color, tamao, forma,
mucosidad, olor, deslizamiento, ...)
Composicin qumica
Tipo de murena
Fisiologa y Metabolismo
Lmites fisiolgicos de crecimiento
Tipo de metabolismo (rutas)
Requerimientos especiales
Actividad enzimtica
Ecologa
Lpidos polares
cidos grasos
Tipo de quinona
Contenido G+C del DNA (5% intraespecie, 10%
intragnero)
Bacterioclorofila
Lipopolisacridos
Filogenia molecular
Secuencia 16S rDNA
House-keeping genes
Tema 1
12
Thiomargarita namibiensis
Tema 1
13
Lactobacillus gasseri
Streptococcus lactis
Simonsiella
Prosthecomicrobium
Stomatococcus mucilaginosus
Caulobacter
Cylindrospermum
Bacteria cuadrada
Sphaerotilus natans
Streptomyces sp.
Rhodomicrobium
Asticcacaulis
Thiopedia rosea
Tema 1
Sarcina maxima
Amoebobacter pedioformis
14
Cubiertas celulares
a) Cpsulas
Matriz de glicocliz (biopelculas, agregados):
Polipptidos (Bacillus)
Polisacridos (gram-positivos y gram-negativos)
b) Pared celular
Capa de peptidoglicano con cido murmico (gruesa en gram-positivos, fina en gram-negativos)
Sin pared celular: Mycoplasma
Con pared celular de protenas: Chlamydia y Planctomycetes
Capa S de protenas: Muchas arqueas (y en la parte ms externa de algunas bacterias)
Capa S recubierta de polisacridos: Methanosarcina y Halococcus
Pseudomurena: Methanobacteriales y Methanothermales
Movilidad
por flagelos (swimming motility): polar(es), bipolares, peritricos, laterales, en penacho, envainados (espiroquetas)
por arrastre en masa (swarming motility): especies de Proteus, Vibrio, ...
por pulsos (twitching motility): algunos cocos y cocobacilos gram-negativos (Neisseria). Se debe a pili tipo IV.
por deslizamiento (gliding motility)
Tema 1
15
Divisin celular
Fisin binaria transversal
Gemacin
Extensin y fragmentacin del micelio (actinomicetos)
Fisin mltiple (Dermocarpa y otras cianobacterias)
Divisin asimtrica (Caulobacter)
mixobacterias
Ciclos de vida
Caulobacter presenta clulas nadadoras y clulas ancladas
Mixobacterias, mixosporas (cuerpo fructfero) y clulas mviles
Endospora / clula vegetativa (Bacillus, Clostridium, ...)
Conidiosporas
Esporangiosporas, ...
Exosporas, azotocistos, ...
Clamidias
Tema 1
16
Diversidad metablica
Fermentacin anaerbica (utilizacin de compuestos orgnicos en ausencia de aceptores de electrones externos)
Anaerobios estrictos
Anaerobios obligados aerotolerantes
Anaerobios facultativos
Respiracin anaerbica (utilizacin de compuestos orgnicos en presencia de aceptores de electrones externos diferentes
al oxgeno)
Ej.: Nitrato y nitrito, Fe(III), compuestos oxidados de S y S0, CO2, ...
Metabolismo aerobio
Litotrofa (utilizacin de compuestos inorgnicos como donador de electrones externos para la obtencin de energa)
Metanotrofa (utilizacin de metano como donador de electrones externos para la obtencin de energa)
Fototrofa (utilizacin de luz como fuente de energa)
Fijacin autotrfica de CO2
ciclo de Calvin
ciclo de los cidos tricarboxlicos reverso
acetognesis
ruta del hidroxipropionato
Fijacin de nitrgeno
Tema 1
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