Ewolucja 7.

FILOGENETYKA
Jerzy Dzik
Instytut Paleobiologii PAN
Instytut Zoologii UW
2015

termocykler do PCR

PCR

amplifikacja

Kary B. Mullis(1944)
1984 udoskonali PCR

polimeraza bakterii termofilnych

do naprzemiennego rozplatania nici
DNA i przyczania
syntetycznych odcinkw DNA
(primers) do kracw sekwencji
polimeraza DNA dobudowuje wtedy
dodane do roztworu trifosforany
deoksyATP, dCTP, dGTP i dTTP
podwyszenie temperatury nie niszczy polimerazy

DNA

sekwenator DNA

sekwencjonowanie

1976 reakcja Sangera: podstawienie

do syntezy DNA dideoksyrybozy (bez OHna kocu 3) blokuje dalszy wzrost nici

kolejno
odcinkw
DNA na elu z
elektroforezy

jeli do ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP

doczy maoczsteczkowe zwizki
fluoryzujce, mona rwnoczenie
rozpoznawa cztery nukleotydy w UV
procedura jest zautomatyzowana
automatyczne oznaczenia spektrofotometryczne

HOMOLOGIA
sekwencji

geny operonw biaek rybosomalnych

(sequence alignement)

homologia molekularna identyfikowana

na podstawie zgodnoci sekwencji
Barloy-Hubler et al. (2001)

ortologia midzy genomami

paralogia midzy wspwystpujcymi
genami rezultat duplikacji genowej
nie cakiem jest to zgodne z waciwym rozumieniem homologii

FENETYKA

analiza zgodnoci cech

Robert R. Sokal (19262012)

sumowana jest liczba identycznych nukleotydw w

homologicznych pozycjach midzy kad par gatunkw
uzyskuje si drzewo, w ktrym do kadego wza
doczana jest para odgazie (neighbour joining)
dodatkowe kryterium optymalizacji to najmniejsza moliwa
sumaryczna dugo gazi drzewa (minimum evolution)

podobiestwo niekoniecznie cile koresponduje z ewolucj

PHYLIP

KLADYSTYKA

analiza rozprzestrzenienia cech

PAUP
MacClade
Hennig86
MrBayes

sumowana jest liczba zmian nukleotydw w kadym

z moliwych ukadw gatunkw na kladogramie
wybiera si drzewo o moliwie najmniejszej liczbie
substytucji nukleotydw (maximum parsimony)
dy si do drzewa odzwierciedlajcego ewolucj
rna intensywno substytucji w gaziach deformuje drzewo
(long branch attraction)

ANALIZA
kladystyczna

analizowane sekwencje:

I
II
III
IV

G
G
G
G

A
G
G
A

T
T
T
T

C
C
C
A

C
A
A
C

jednostkowa analiza pokrewiestw:

niezbdne 2 zmiany
w sumie
pokrewiestwo takie wymaga
12 zmian w caej sekwencji:

T
C
T
C

A
A
A
A

G
T
T
G

G
G
C
C

C
T
T
A

A(IV) (I)A
\____/
/
\
G(III)(II)G

0 2 0 1 2 1 0 2 2 2

wybr najprostszej drogi przemian czyli metoda parsymonii

(PAUP phylogeny analysis using parsimony)
ale prawdopodobiestwo substytucji jest rne
pewna cz zgodnoci jest skutkiem rewersji

mona to uwzgldni przy konstruowaniu drzewa

OCENA

prawdopodobiestwa drzewa

Joseph Felsenstein (1942-)

inna czsto wymiany puryny na puryn ni pirymidyn;

pewne kolejnoci mutacji s rzadsze od innych
mona na tej podstawie oszacowa prawdopodobiestwo
wygenerowanego drzewa (metoda maximum likelihood)

technika czasochonna przy dugich sekwencjach

SZYBSZE

podejcie bayesowskie

Thomas Bayes (1702-1761)

punktem wyjcia drzewo z jednakowym (lub

arbitralnym) prawdopodobiestwem substytucji
szacowane jest prawdopodobiestwo a posteriori
przynalenoci nowych danych do drzewa
uwzgldnia zmiany tempa substytucji w gaziach

drzewo zyskuje wewntrzn spjno przez waenie danych

OCENA

wiarygodnoci drzewa

technika bootstrap: wielokrotne generowanie drzew

z losowo wybranych wycinkw sekwencji ze zmianami
rezultaty porwnywane z pierwotn wersj drzewa
zgodno rozgazie oceniana w procentach
oporno na zmiany sekwencji (wiarygodne od 70%)

pomaga oceni, czy dodatkowe dane mogyby zmieni ksztat drzewa

ZEGAR

molekularny
Emile Zuckerkandl (1922-2013)

1962 Emile Zuckerkandl & Linus Pauling: zaoenie

staego tempa zmian w okrelonym typie czsteczki
niezalenie od organizmu
tylko substytucja prowadzca do zmiany aminokwasu
moe by przejawem ewolucji pod wpywem doboru
naturalnego
koncepcja rwnomiernie tykajcego zegara do takich
sytuacji nie przystaje
kladogram jest deformowany przez rne tempo zmian

owady

wije

zegara molekularnego

pajczaki

KALIBROWANIE

tempo substytucji w homologicznych genach

(biakach) bywa dramatycznie odmienne
nieuwzgldnienie tego prowadzi do dogbnej
deformacji drzewa (long branch attraction)
czasem porwnanie tempa przemian rnych
genw w tych samych liniach umoliwia
wyeliminowanie tego znieksztacenia

Peterson & Butterfield (2005)

tempo mutowania jest generalnie wiksze w skrajnych warunkach

MICROSPORIDIA

rRNA

a grzyby

bez mitochondriw

skrajne beztlenowe warunki ycia

zwikszaj generalne tempo substytucji
w rezultacie "przeciganie linii"
ale biaka istotne funkcjonalnie
zmieniaj si wolniej
-tubulina

pokrewiestwa pasoytw trudne do badania

Keeling et al. (2000)

ORGANIZMY

pasoytnicze
eugleny

bez mitochondriw
Giardia
Diplomonadida
Trichomonas

mitochondria utraciy jednokomrkowce

pasoytniczy
grzyb
yjce w beztlenowym rodowisku, gdzie
Fibrillanosema
nie mona pozyskiwa energii z oddychania
Microsporidia
geny mitochondialne pozostay w ich jdrach

to przykady ewolucji rwnolegej

ameba ze szcztkow wici
Pelomyxa

ARCHEOBAKTERIE
a long branch attraction

rRNA

Eukaryota
mikrosporidia

Prokaryota

Carl R. Woese (1928-2013)

1977 krlestwo Archaea

Archaea

cakowicie odrbny klad na drzewie rodowym rRNA

yj w warunkach przypominajcych te w erze archaiku

relikty ycia sprzed miliardw lat czy long branch attraction?

BAKTERIE

skrajnych rodowisk

Patrick Forterre (1949-)

1996 wtrno Archaea

Forterre (1996)

wtrno odwrotnej gyrazy

zabezpieczenia przed mutagennymi warunkami:

enzymy dodatkowo zwijajce chromosom

wizania eterowe w bonie trwalsze od estrowych

ryboza w RNA bez grupy OH (metylacja)
odwrotna gyraza Thermotoga

dzisiejsze organizmy o nadzwyczajnej odpornoci nie s pierwotne

Methanothermus

POCHODZENIE
archeobakterii

pili

Methanococcus

budowa komrki nie jest pierwotna

pseudomureina metanobakterii
cakiem pna ewolucyjnie
powstay w wyniku adaptacji do
hipertermofilnoci lub halofilnoci

Cavalier-Smith (2012)

archeobakterie nieistotne dla zrozumienia pocztkw ewolucji

Medina et al. (2001)

POCHODZENIE

grzyby

zwierzt

gbki
bona podstawna u larw
bona podstawna u dorosych

dane molekularne przeamay

kryzys zoologii ewolucyjnej

ebropawy

jamochony

zwierzta okazay si krewniakami

grzybw (Opisthocontae)
a w ich ewolucji morfologicznej
duo jest wtrnych uproszcze
obie podjednostki rRNA

wikszo drzew molekularnych jest jednak niespjna logicznie

OGRANICZENIA

filogeneza 28s rRNA, dopasowanie z

uwzgldnieniem struktury drugorzdowej

w homologizacji moleku

wnioskowania molekularne nie przeami

zaniku sygnau filogenetycznego

alignement utrudniony wtedy nawet przy

uwzgldnieniu struktury drugorzdowej

ewolucja wymazaa wikszo pierwotnej informacji genetycznej

Mallatt et al. (2009)

PROBLEM

filogeneza 28s rRNA, dopasowanie z

uwzgldnieniem struktury drugorzdowej

filogenetycznego bezsensu

drzewa molekularne czsto pokazuj

pokrewiestwa ewidentnie faszywe
oczekuje si zgodnoci wynikw
z rnych zestaww danych
ale s nierozstrzygalne sprzecznoci
midzy anatomi a molekuami

gazie
w niewaciwym pooeniu

efekt rewersji i homoplazji podobny na poziomie morfologii i moleku

Mallatt et al. (2009)

homologiczne gazie D
drugorzdowej struktury
28S rRNA

PRZYCZYNY
sprzecznoci

wieloszczet

uproszczenia zamazuj
obraz filogenezy
wieloszczet
pasoytniczy
wirek
bezjelitowy

Mallatt et al. (2009)

arbitrem jest paleontologia

FILOGENEZA

molekularna zwierzt
embrion
ebropawa

Armstrong (2002)

pazice
miczaki
piercienice
czukowce

Ecdysozoa liniejce

Spiralia planktonowa larwa,

spiralne bruzdkowanie

stawonogi
pratchawce
niesporczaki szkarupnie
pstrunowce
oblece
strunowce

Deuterostomia prawdziwa celoma i

odbyt w miejsce pragby to plezjomorfie!

gbki
parzydekowce
ebropawy

Dunn et al. (2008)

interpretacja sprzeczna z tradycyjn ale zgodna z paleontologi

Xenusion kambr 540 mln lat

OGNIWO WICE
Ecdysozoa

Dzik & Krumbiegel (1989)

Lobopodia

Nemathelminthes

od pocztku kambru wylinki

zwierzt o pokroju pratchawca ale morskich
terminalny otwr gbowy jak u Tardigrada

Dzik (2003)

anatomicznie porednie midzy niesporczakami a oblecami

PRZEJCIA
midzy typami

w kambrze liczne stadia porednie

midzy Xenusia i stawonogami

Dzik (2011)

PIERWSZE

kambryjskie stawonogi

Anomalocaris jako stawong:

zesklerytyzowane czony co najmniej
pierwszej pary odny, oczy zoone,
zagita do tyu gardziel

odna
chwytne
radialny
aparat
gbowy

stawong
Anomalocaris
Burgess
520 Ma

dziedzictwem po oblecach
radialny aparat gbowy i ryjek

przedmiotem sporw jest wci budowa odny pozagbowych

ZASTANAWIAJCA
konfiguracja pokrewiestw

Spartobranchus
kambr 530 Ma
Caron et al. (2013)

Pani et al. (2012)

regulacja rozwoju centralnego ukadu

nerwowego krgowcw taka jak jelitodysznych
lancetnik i osonice s uwstecznione
pod tym wzgldem

ekspresja homologw
genw regulujcych rozwj mzgu

w kambrze jelitodyszne filtratorami

budujcymi organiczne rurki
jak wic wyglda wsplny przodek wtroustych?

Branchiostoma dzi

YUNNANOZOON
najstarszy strunowiec

struna grzbietowa

oczy?

bruzdkowanie
radialne
enterocoel

miomery?
gardziel

aorta brzuszna

embriogeneza
jeowca

uki skrzelowe

gonady

miomery?

stoma
aorta brzuszna

anus

grzbietowe pooenie blokw miniowych

Yunnanozoon (=Haikouella)
kambr 530 Ma
Dzik (1995)

zgodne z rozwojem zarodkowym lancetnika

deuterostomia i enterocelia to plezjomorfie
plezjomorfie cechy pierwotne
(syn)apomorfie swoiste cechy zaawansowania

skamieniaoci sugeruj to samo co embriologia

uchyki
jelita

PRAPRZODEK
Bilateria

Bjerring (1984)

jelito

Dickinsonia wend 555 Ma

szczeliny
skrzelowe

grzbietowe
miomery

grzbietowe
komory
miniowe
Long (2000)

uchyki
jelita

uchyki
jelita

seryjne wypustki jelita, gonady midzy nimi,

i grzbietowe komory miniowe
mog by plezjomorfiami dla Dipleurozoa
i wszystkich dwubocznych zwierzt
oraz ebropaww?
niezalene interpretacje wiod do jednego rezultatu

Dzik (2004)

Thomas et al. (2012)

TAJEMNICA

pochodzenia Spiralia
limakPelagiella
chaetae
kambr 510 Ma

chiton? Acaenoplax nie ma podeszwy

sylur 430 Ma
mucro

limakAldanella
kambr 540 Ma
Sutton et al. (2001) Dzik & Mazurek (2013)

kambryjskie limaki miay szczecinki

lady pezania miczakw od pnego kambru
pierwsze miczaki podobne do wieloszczetw
prawdziwy limak Holopea
ordowik 450 Ma

nie ma spjnej teorii wyjaniajcej genez miczakw

rozkad
miertelnoci

KONGRUENCJA

moleku i skamieniaoci
coraz mniej sprzecznoci

SPIRALIA
(Lophotrochozoa)
DEUTEROSTOMIA

ECDYSOZOA