Podstawy genetyki populacji

Genetyka mendlowska i ewolucja

Syntetyczna teoria ewolucji

Pierwsza synteza: poczenie teorii ewolucji Darwina z genetyk

mendlowsk na poziomie populacji

W naturalnych populacjach wystpuj rne allele genw

Czsto cech fenotypowych w populacji zaley od czstoci alleli i

genotypw

Ewolucja jako zmiana czstoci alleli w populacji z pokolenia na

pokolenie

Populacja

Grupa krzyujcych si ze sob

osobnikw oraz ich potomstwo
!

Zbir wszystkich alleli populacji

pula genowa

Najprostszy model

Populacja N organizmw diploidalnych

Rozwaany jeden A gen o dwch allelach A1 i A2

Czstoci alleli, odpowiednio p i q

!

p+q=1

Populacja w stanie rwnowagi

Liczebno populacji bardzo dua (N ~ )

Cakowicie losowe krzyowanie (panmiksja)

Sukces reprodukcyjny nie zaley od genotypu genu A

Brak migracji

Nie zachodz mutacje zmieniajce A1 w A2 i vice versa

Rwnowaga Hardyego-Weinberga
Jeeli czstoci alleli A1 i A2 to odpowiednio p i q
to czstoci genotypw
!

A1A1

2
p

A1A2

pq + qp = 2pq

A2A2

2
q

Rwnowaga Hardyego-Weinberga

W populacji bdcej w rwnowadze H-W czstoci alleli nie

zmieniaj si

Nie przebiega ewolucja

Mechanizmy zaburzajce rwnowag H-W mog by

mechanizmami ewolucji

Mechanizmy zmieniajce czsto

alleli

Mutacje

Dobr

Migracje

Dryf

Dobr
Dostosowanie (w) prawdopodobiestwo odniesienia sukcesu
reprodukcyjnego przez osobnika o danym genotypie
A1A1 : w11
A1A2 : w12
A2A2 : w22
w=1s
gdzie s to wspczynnik selekcji
Nie ma znaczenia, czy chodzi o prawdopodobiestwo przeycia, czy o liczb
wyprodukowanych gamet, czy o kondycj potomstwa itp.
walka o byt uproszczona i niekiedy mylca metafora

Dobr zmienia czsto alleli

Dobr model oglny

Dostosowanie (w)
A1A1 : w11
A1A2 : w12
A2A2 : w22
rednie dostosowanie populacji:
Nowe czstoci genotypw
A1A1
A1A2
A2A2
2

p w11
w

2 pqw12
w

q w22
w

w = p w11 + 2 pqw12 + q w22

2

Silna i saba selekcja - symulacje

Przykad empiryczny

CCR5 i AIDS u czowieka

CCR5 koduje receptor cytokin

Jest wykorzystywany jako

koreceptor przez wirusa HIV

Allel CCR5-32

Rzadko spotykany

Homozygoty 32/32 s oporne

na infekcj HIV

Allel najczciej wystpuje w

Europie, w Afryce jest rzadki

Allel CCR5-32

Epidemia AIDS trwa zbyt krtko, by wpyn na czstoci allelu (u

czowieka 1 pokolenie to ~25 lat)

Moliwe przyczyny takiego rozmieszczenia

Nadaje czciow opornona inny patogen (np. duma)

Dryf genetyczny allel pojawi si w Skandynawii i rozprzestrzenia po

Europie podczas najazdw Wikingw (VIII-X w.)

Homozygoty 32/32 s bardziej podatne na infekcj wirusem

gorczki Zachodniego Nilu kontrselekcja w Afryce

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy wzrost czstoci

allelu 32 u czowieka?

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy

wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wysoka czstopocztkowa i silny dobr

p = 0,2 (najwysza notowana warto)

25% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat

potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,75
A2A2: w22 = 0,75

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy

wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wartoci te nie s realistyczne

p = 0,2 tylko w niektrych

populacjach w Europie
(Aszkenazyjczycy)

25% miertelno tylko w

niektrych rejonach Afryki
(Botswana, Namibia, Zmimbabwe)

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy

wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wysoka czstopocztkowa i saby dobr

p = 0,2 (najwysza notowana warto)

0,5% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat

potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,995
A2A2: w22 = 0,995

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy wzrost czstoci allelu 32

u czowieka?

p = 0,2 (najwysza notowana

warto)

0,5% osobnikw +/+ i +/32

umiera na AIDS nie wydawszy na
wiat potomstwa

Wartoci te s realistyczne dla

Europy

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy

wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Niska czstopocztkowa i silny dobr

p = 0,01

25% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat

potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,75
A2A2: w22 = 0,75

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy

wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

p = 0,01

25% osobnikw +/+ i +/32

umiera na AIDS nie wydawszy na
wiat potomstwa

Wartoci te s realistyczne dla

niektrych czci Afryki

Dobr i dominacja allelu

Selekcja przeciwko allelowi

recesywnemu

Dostosowanie (w)
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1
A2A2: w22 = 1 - s

p = 0,01
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1
A2A2: w22 = 0,4

Dobr i dominacja allelu

Selekcja przeciwko allelowi

dominujcemu

Dostosowanie (w)
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1 - s
A2A2: w22 = 1 - s

p = 0,01
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,4
A2A2: w22 = 0,4

Dobr i dominacja allelu

Tempo zmian zaley od czstoci genotypu podlegajcego selekcji

w populacji

Tempo selekcji przeciwko allelowi recesywnemu spada wraz ze

spadkiem jego czstoci

Liczba homozygot spada z kwadratem czstoci allelu

Wikszo puli rzadkiego allelu jest w heterozygotach

Konsekwencje dla czowieka

Czy mona wyeliminowa rzadkie

cechy recesywne?

Eugenika

program poprawy puli genowej

populacji
XIX do poowy XX w.
Przymusowe sterylizacje

64 000 osb w USA (1907-1963)

>60 000 osb w Szwecji

(1934-1975)

Eugenika

Pomijajc kwestie etyczne czy

to ma sens?

Przymusowe sterylizacje w USA

opnienie umysowe, ~1%
populacji, q = 0,1

Po 10 pokoleniach
q = 0,05
!

Po 40 pokoleniach
q = 0,02

Dobr heterozygot

Przewaga heterozygot nad

obiema homozygotami
naddominacja

Przykad: recesywny allel l u

Drosophila, homozygoty ll
letalne

Mimo to, allel utrzymuje si w

populacji z p = 0,79, niezalenie
od pocztkowych wartoci p i q

Dobr heterozygot

A1A1: w11 = 0,735

A1A2: w12 = 1,0
A2A2: w22 = 0

Rwnowaga

Przy naddominacji (przewaga

selekcyjna heterozygot) ustala si
rwnowaga, dobr stabilizuje
obecno obu alleli w populacji.

Przykady u czowieka

Anemia sierpowata (w obszarach

wystpowania malarii)

Mukowiscydoza (dla
najczstszego allelu F508)

Dobr heterozygot

Jeeli dobr jest skierowany

przeciwko heterozygotom, to
doprowadzi to utrwalenia jednego
z dwch alleli

Dobr zaleny od czstoci

Kwiaty Dactylorhiza sambucina to
tzw. faszywy sygna nie
zawieraj nektaru
Owady po pierwszym kontakcie
szukaj kwiatu odmiennego koloru
Sukces reprodukcyjny odwrotnie
proporcjonalny do czstoci allelu

Dobr zaleny od czstoci apostatyczny

Wstyk (Cepea nemoralis)

Bardzo dua zmienno wzorw i

barw skorupki

Selekcja przez drapieniki ptaki

Ucz si najszybciej
rozpoznawa osobniki typowe, co
faworyzuje te nietypowe

Mutacje

W modelu typu H-W (o bardzo

duej liczebnoci populacji)
same mutacje w niewielkim
stopniu zmieniaj czstoci alleli

Czsto mutacji -

p = p p
'

q = q + p
'

p = p p = p
po n pokoleniach
'

pn = p0 e

=10-5

Mutacje i dobr

Mutacje staj si istotn si w

ewolucji gdy:

dziaa dobr naturalny

dziaa dryf genetyczny (populacje

o skoczonym N)

Rwnowaga mutacje-selekcja

Wikszo mutacji obnia dostosowanie, dobr je eliminuje

Wytwarza si rwnowaga, utrzymujca w populacji pul allelu o

szkodliwym dziaaniu
!

Dla allelu recesywnego q =

s
!

Dla dominujcego allelu letalnego

q =

Migracje

Przepyw alleli z innej populacji,

w ktrej czstoci alleli s
odmienne

np. na skutek odmiennego

dziaania doboru, dryfu itp.

Prosty model

Dopyw alleli z kontynentu do

populacji wyspowej

Przy braku doboru doprowadzi

do wyrwnania czstoci alleli
obu populacji

Rwnowaga migracja - dobr

Ubarwienie u wy Nerodia sipedon

forma jednolita: homozygota recesywna

forma prkowana: allel dominujcy

Na wyspach dominuje forma jednolita

presja drapienikw prkowane lepiej

widoczne na skaach

na ldzie dominuje forma prkowana

Migracja powoduje dopyw allelu

dominujcego do populacji wysp

Parametry symulacji
Pocztkowe czstoci alleli
wyspy p=0; q=1
ld
p=1; q=0
!

Tempo migracji: 2% na pokolenie z ldu na wyspy

Dostosowanie na wyspach:
!

A1A1: w11 = 0,9

A1A2: w12 = 0,9
A2A2: w22 = 1

Wsobno

Czstsze krzyowanie
osobnikw spokrewnionych

Jedna z form krzyowania

asortatywnego preferencji
wobec osobnikw o zblionym
genotypie

Forma skrajna samozapodnienie

Wsobno
Krzyowanie wsobne nie zmienia czstoci alleli, ale wpywa na czsto
genotypw.
!
!
!
!
!
!

Populacja wsobna niedobr heterozygot, nadmiar homozygot.

Wspczynnik wsobnoci

F prawdopodobiestwo, e oba allele u osobnika s identyczne przez wsplne

pochodzenie

Przy samozapodnieniu (1 pokolenie) F =

Przy krzyowaniu rodzestwa F=1/4

Oglnie czstoci genotypw

!

A1A1

A1A2

A2A2

p2(1-F)+pF

2pq(1-F)

q2(1-F)+qF

Odchylenie liczby heterozygot od przewidywanej pozwala oszacowa wsobno

Depresja wsobna

Rzadkie allele recesywne

ujawniaj si w fenotypach w
populacji

Dryf genetyczny a ewolucja

Dobr naturalny nie jest jedynym mechanizmem ksztatujcym

zmiany ewolucyjne

Losowe procesy w populacjach o skoczonej liczebnoci dryf

genetyczny

Dryf genetyczny

W populacjach o skoczonej liczebnoci moe dochodzi do zmian

czstoci alleli nawet jeeli nie dziaa na nie dobr

Nowy allel (mutacja) moe si utrwali w populacji nawet bez

selekcji

czciowo (polimorfizm)

cakowicie

Model dryfu

Populacja reprezentowana przez kulki w worku

50 brzowych i 50 zielonych (allele)

Losujemy 10 kulek

Uzupeniamy liczb kulek znowu do 100

w takiej samej proporcji, jak wylosowane 10 (model losowego sukcesu reprodukcyjnego)

Efekt:

Dziaanie dryfu

Zmiana czstoci alleli w populacji, moe zredukowa zrnicowanie populacji.

moe utrwali allel w populacji

Dziaa szybciej w maych populacjach.

Moe przyczyni si do specjacji

Wskie gardo populacji

Wskie gardo (bottleneck)

Epizod znacznego zmniejszenia

liczebnoci populacji

Znaczenie dla gatunku

Wskie gardo znacznie zmniejsza

rnorodno genetyczn populacji przez
dryf

Ogranicza to moliwoci adaptacji do

rodowiska i stwarza zagroenie dla populacji

choroby i pasoyty

zmiany rodowiskowe

konkurencja

So morski
pnocny

Gdy liczebno populacji spadnie poniej

wartoci krytycznej, gatunku nie da si
utrzyma

Gepard

So morski pnocny

Polowania w XVIII-XIX wieku

zmniejszyy liczebno do <100
sztuk

Na pocztku XX wieku jedna

kolonia u wybrzey Meksyku

W XX wieku pod ochron

Obecnie >100 000 sztuk

Mae zrnicowanie genetyczne

Inne przykady

Gepard

Zrnicowanie na tyle mae, e

przeszczepy od
niespokrewnionych osobnikw nie
s odrzucane

Pierwsze wskie gardo w epoce

zlodowace

Inne przykady

ubr

Obecnie ok. 3000 osobnikw, potomstwo

12 sztuk

Dua wraliwo na choroby (np.

pryszczyca)

Wiele zwierzt domowych i

hodowlanych

Chomik syryjski wszystkie hodowlane

osobniki wywodz si z jednego miotu
znalezionego w Syrii ok. 1930 r.

W naturze gatunek rzadki i zagroony

Czowiek

Zmienno genetyczna czowieka

Zmienno genetyczna Homo

sapiens jest stosunkowo niedua

Analiza nDNA
Analiza mtDNA

Efekt zaoyciela

Nowa populacja powstajca z

niewielkiej liczby osobnikw moe
znaczco rni si czstociami alleli
od populacji wyjciowej

U czowieka niektore rzadkie choroby

genetyczne wystpuj czciej w
pewnych grupach etnicznych

Utrata rnorodnoci genetycznej

czowieka seria efektw
zaoycielskich

Im dalej od Afryki, tym mniejsza

rnorodno

Wyspa niewidzcych kolorw

W 1775 wysp Pingelap spustoszy tajfun,

zgino 90% ludnoci, ocalao ~20 osb

Wrd ocalaych by wadca Nahnmwarki

Mwanenised, ktry by nosicielem rzadkiej
recesywnej mutacji powodujcej
achromatopsj

Obecnie 10% ludnoci wyspy nie widzi

barw, a 30% to nosiciele

Dla porwnania, w USA choroba

wystpuje z czstoci 1:33 000 osb

Achromatopsja to nie to samo, co

daltonizm!

Dryf genetyczny
Dla p=0,6; N = 10

Dryf genetyczny jest bdem

prby przy losowaniu skoczonej
liczby gamet z populacji

Dryf a wielko populacji

Efekty dryfu genetycznego s wyraniejsze w populacjach o

mniejszej wielkoci

Z czasem dryf doprowadzi do utraty jednego z alleli i utrwalenia

drugiego utrata heterozygotycznoci

Utrata heterozygotycznoci

Przy braku dziaania doboru dryf

doprowadzi do utraty jednego
allelu i utrwalenia (fiksacji)
drugiego
!

Moe powodowa powstanie

populacji odmiennych
genetycznie, bez udziau doboru

Utrata
heterozygotycznoci
"
%
t

1
H t = H 0 $1
'
2N &
S. Wright,# 1931

czas ptrwania heterozygotycznnoci

1
1
H t = H 0 dla t = 2N ln( ) 1, 39N
2
2

Efektywna wielko populacji

We wszystkich modelach zakadalimy panmiksj jednakowe

prawdopodobiestwo wydania potomstwa przez kadego osobnika

Rzeczywiste populacje nie speniaj tego warunku

nierwnomierne stosunki pci (haremy)

zrnicowanie sukcesu reprodukcyjnego

Efektywna wielko populacji

Efektywna wielko populacji Ne jest to liczebno idealnej

populacji panmiktycznej, w ktrej tempo dryfu byoby takie same,
jak w badanej populacji o rzeczywistej liczebnoci N
!

We wszystkich dotychczasowych rozwaaniach podajc N tak

naprawd mielimy na myli Ne

Efektywna wielko populacji

Ne mona zbada analizujc neutralne polimorfizmy w populacji i

porwna z N (zliczeniem osobnikw)

Przykady Ne/N

kot domowy: 0,4

traszka grzebieniasta: 0,16

grizzly: 0,27

Przykad eksperymentalny

N = 10, ale spadek heterozygotycznoci jak dla N = 9

Utrwalenie allelu
Prawdopodobiestwo utrwalenia konkretnego allelu

W populacji N osobnikw diploidalnych jest 2N alleli

Utrwalenie oznacza, e wszystkie allele obecne w populacji

pochodz od jednego

Prawdopodobiestwo tego jest 1/2N

Jeeli czsto allelu jest p, to wyjciowo jest 2Np kopii

Czyli prawdopodobiestwo utrwalenia wynosi:

2Np1/2N = p

Dryf i mutacje

Mutacja powoduje powstanie

nowego allelu

Przy zaoeniu braku doboru

(neutralno)

Prawdopodobiestwo, e nowy
allel si utrwali wynosi 1/2N

Utrwalanie si kolejnych mutacji

powoduje ewolucj populacji
ewolucja neutralna

Tempo ewolucji neutralnej

Prawdopodobiestwo utrwalenia mutacji neutralnej: 1/2N
!

Prawdopodobiestwo powstania zmutowanego allelu: 2N

( - tempo mutacji)
!

1
2N
=
2N

Prawdopodobiestwo powstania i utrwalenia si zmutowanego allelu

(tempo ewolucji neutralnej):

Czas i czsto utrwalania alleli

neutralnych

Tempo ewolucji neutralnej

odpowiada czstoci mutacji

Czas od powstania do utrwalenia

mutacji rednio 4N (2N u
haploidw)

Ewolucja neutralna

Dryf zmniejsza rnorodno

alleli (prowadzi do utrwalania
jednego z alleli)

Mutacje powoduj powstawanie

nowych alleli

Dziki temu rnorodno

zostanie zachowana, ale skad
konkretnych alleli si bdzie
zmienia

Dryf i dobr

Dryf moe doprowadzi do utraty allelu korzystnego, albo do utrwalenia

allelu niekorzystnego
!

Rwnowaga midzy dryfem a doborem zaley od wielkoci populacji i siy

(wspczynnika) selekcji
!

Prosty model (kodominacja)

A1A2

A1A2

A2A2

w 1

1+s

1+2s

Dryf i dobr
Prosty model (kodominacja)
A1A2

A1A2

A2A2

w 1

1+s

1+2s

Model nie jest trywialny do wyprowadzenia (Kimura 1962)

Rezultat:

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr

Gdy s 0 to P q (prawdopodobiestwo utrwalenia allelu

neutralnego jest rwne jego czstoci)

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr allele nieznacznie korzystne

Jeeli s > 0 i N jest due to P 2s

98% mutacji o s = 0,01 si nie utrwali

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr - przykad

Prawdopodobiestwa utrwalenia mutacji

Wielko
populacji

Mutacja
neutralna

1000

0,05%

10000

0,005%

Mutacja
Mutacja
korzystna (s niekorzystna
= 0,01)
(s = -0,001)
2%
0,004%
2%

~10-20

Dryf i dobr

Tempo utrwalania mutacji neutralnych

1
2N
=
2N

Tempo utrwalania mutacji korzystnych

2N 2s = 4Ns

Dryf i dobr - dynamika

Dryf i dobr - podsumowanie

Wikszo mutacji (korzystnych, neutralnych i niekorzystnych) nie

utrwali si w populacji

Gdy dobr przeciwko allelowi niekorzystnemu jest nieznaczny

mutacja szkodliwa jest efektywnie neutralna zostanie utrwalona z
prawdopodobiestwem takim, jak neutralna

Dobr jest nieznaczny gdy:

1
s
4N e

Dryf i dobr podsumowanie

Gdy Ne jest due, mutacje szkodliwe s skutecznie usuwane

Nawet gdy Ne jest due, wiele mutacji korzystnych jest traconych,

jeeli s nie jest bardzo due