Primera Practica de Bioinformática.

Vision General y familiarización.

El objetivo de la presente práctica es familiarizar a los alumnos con algunas definiciones

informáticas así como desarrollar destrezas de computación que serán útiles en la
utilización y desarrollo de aplicaciones bioinformáticas.

Hardware

Dispositivo electrónico apto para interpretar y ejecutar comandos programados para

operaciones de entrada, salida, cálculo y lógica.
Todo sistema de cómputo tiene componentes de hardware dedicados a estas
funciones:
1. Dispositivos de entrada
2. Dispositivos de salida
3. Unidad central de procesamiento.
4. Memoria y dispositivos de almacenamiento.

Software

Es una estructura de programas que la máquina es capaz de leer y son programas que
dirigen las actividades del sistema de computación
Tipos de software: Software de traducción, Software de uso general, Software de
aplicación, Software del sistema, Software multiuso, Software vertical, Software a
medida.

Algoritmo

En matemáticas, ciencias de la computación, y disciplinas relacionadas, un algoritmo (del

latín, dixit algorithmus y éste a su vez del matemático persa al-Jwarizmi) es una lista bien
definida, ordenada y finita de operaciones que permite hallar la solución a un problema.
Dado un estado inicial y una entrada, a través de pasos sucesivos y bien definidos se llega
a un estado final, obteniendo una solución.
Su importancia radica en mostrar la manera de llevar a cabo procesos y resolver
mecánicamente problemas matemáticos o de otro tipo. Al igual que las funciones
matemáticas, los algoritmos reciben una entrada y la transforman en una salida. Sin
embargo, para que un algoritmo pueda ser considerado como tal, debe ser determinista,
tener un número finito de instrucciones y debe acabar. Por determinista se entiende que,
si se sigue el mismo proceso más de una vez, se llega siempre al mismo resultado.

El concepto de algoritmo, aunque similar y obviamente relacionado, no debe confundirse

con el concepto de programa. Mientras el primero es la especificación de un conjunto de
pasos (operaciones, instrucciones, órdenes,...) orientados a la resolución de un problema,
el segundo es ese conjunto de operaciones especificadas en un determinado lenguaje de
programación y para un computador concreto, susceptible de ser ejecutado (o compilado
o interpretado). Un algoritmo, estrictamente hablando, no puede ejecutarse hasta que se
implementa, ya sea en un lenguaje de programación, en un circuito eléctrico, en un
aparato mecánico, usando papel y lápiz, o en algún otro modelo de computación.

Código

(Del lat. *codĭcus, der. regres. de codicŭlus, codicilo).

1. m. Conjunto de normas legales sistemáticas que regulan unitariamente una

materia determinada.

2. m. Recopilación sistemática de diversas leyes.

3. m. Cifra para formular y comprender mensajes secretos.

4. m. Libro que la contiene.

5. m. Combinación de signos que tiene un determinado valor dentro de un sistema

establecido. El código de una tarjeta de crédito.

6. m. Sistema de signos y de reglas que permite formular y comprender un mensaje.

7. m. Conjunto de reglas o preceptos sobre cualquier materia.

8. m. ant. códice (‖ manuscrito de cierta antigüedad).

Programa

Es simplemente un conjunto de instrucciones para una computadora Las computadoras

necesitan de los programas para funcionar, y un programa no hace nada a menos que sus
instrucciones sean ejecutadas por el procesador.[2] Un programa se puede referir tanto a
un programa ejecutable como a su código fuente, el cual es transformado en un ejecutable
cuando es compilado.
Generalmente el código fuente de los programas es escrito por profesionales conocidos
como programadores. El código fuente es escrito en un lenguaje de programación que
sigue uno de los siguientes dos paradigmas: imperativo o declarativo. El código fuente
puede ser convertido en una imagen ejecutable por un compilador. Cuando se pide que el
programa sea ejecutado, el procesador ejecuta el programa instrucción por instrucción,
hasta que el programa termina.

Base de datos

Una base de datos o banco de datos es un conjunto de datos pertenecientes al un mismo

contexto y almacenados sistemáticamente para su posterior uso. En este sentido, una
biblioteca puede considerarse una base de datos compuesta en su mayoría por
documentos y textos impresos en papel e indexados para su consulta. En la actualidad, y
debido al desarrollo tecnológico de campos como la informática y la electrónica, la
mayoría de las bases de datos están en formato digital (electrónico), que ofrece un amplio
rango de soluciones al problema de almacenar datos.

Campo

Unidad básica de una base de datos. Un campo puede ser, por ejemplo, el nombre de una
persona. Los nombres de los campos, no pueden empezar con espacios en blanco y
caracteres especiales. No pueden llevar puntos, ni signos de exclamación o corchetes. Si
pueden tener espacios en blanco en el medio. La descripción de un campo, permite
aclarar información referida a los nombres del campo. El tipo de campo, permite
especificar el tipo de información que cargaramos en dicho campo, esta puede ser:

• Texto: para introducir cadenas de caracteres hasta un máximo de 255

• Memo: para introducir un texto extenso. Hasta 65.535 caracteres
• Numérico: para introducir números
• Fecha/Hora: para introducir datos en formato fecha u hora
• Moneda: para introducir datos en formato número y con el signo monetario
• Autonumérico: en este tipo de campo, Access numera automáticamente el
contenido
• Sí/No: campo lógico. Este tipo de campo es sólo si queremos un contenido del
tipo Sí/No, Verdadero/Falso, etc.
• Objeto OLE: para introducir una foto, gráfico, hoja de cálculo, sonido, etc.
• Hipervínculo: podemos definir un enlace a una página Web
• Asistente para búsquedas: crea un campo que permite elegir un valor de otra tabla
o de una lista de valores mediante un cuadro de lista o un cuadro combinado.

Registro
 Es el conjunto de información referida a una misma persona u objeto. Un registro
vendría a ser algo así como una ficha.

Campo clave: campo que permite identificar y localizar un registro de manera ágil y
organizada.

Archivo

Un archivo informático es un conjunto de información que se almacena en algún medio

de escritura que permita ser leído o accedido por una computadora. Un archivo es
identificado por un nombre y la descripción de la carpeta o directorio que lo contiene.
Los archivos informáticos se llaman así porque son los equivalentes digitales de los
archivos en tarjetas, papel o fichas del entorno de oficina tradicional. Los archivos
informáticos facilitan una manera de organizar los recursos usados para almacenar
permanentemente información dentro de un computador.

Directorio

En informática, un directorio es una agrupación de archivos de datos, atendiendo a su

contenido, a su propósito o a cualquier criterio que decida el usuario. Técnicamente el
directorio almacena información acerca de los archivos que contiene: como los atributos
de los archivos o dónde se encuentran físicamente en el dispositivo de almacenamiento.

En el entorno gráfico de los sistemas operativos modernos, el directorio se denomina

metafóricamente carpeta y de hecho se representa con un icono con esta figura. Esta
imagen se asocia con el ambiente administrativo de cualquier oficina, donde la carpeta de
cartón encierra las hojas de papel (representando a los archivos de datos) de un
expediente.

En DOS y sus sucesores Windows y OS/2, la sintaxis de una ruta (o path en inglés),
indica una jerarquía de directorios, donde el primer elemento puede ser bien la letra
indicativa de cualquier Unidad Lógica (disco) en el sistema, o la barra invertida o
backslash (\), designando al "directorio raíz" de la unidad lógica actual. Si la ruta
comienza directamente en el nombre de un directorio es una ruta relativa desde el
directorio de trabajo actual Por ejemplo, en la ruta "C:\AB\AGENDA", "C:" es la unidad
lógica (el disco), "AB" un directorio y "AGENDA" un subdirectorio o un archivo.
"AB\AGENDA" podría designar el mismo elemento si el directorio actual es "C:\".

Extensión De Archivo

En informática, una extensión de archivo o extensión de fichero, es una cadena de

caracteres anexada al nombre de un archivo, usualmente antecedida por un punto. Su
función principal es diferenciar el contenido del archivo de modo que el sistema
operativo disponga el procedimiento necesario para ejecutarlo o interpretarlo, sin
embargo, la extensión es solamente parte del nombre del archivo y no representa ningún
tipo de obligación respecto al contenido del mismo.

Algunos sistemas operativos, especialmente los herederos de DOS como Windows,

utilizan las extensiones de archivo para reconocer su formato, incluyendo el de archivos
ejecutables. Otros sistemas operativos, como los basados en Unix, utilizan las extensiones
de archivo por simple convención, no necesariamente utilizándolas para determinar su
tipo.

Como ver las Extensión de archivo

• Ir a Inicio -> Configuración -> Panel de Control.

• Ejecutar "Opciones..." dentro del menú Ver.
• Dentro de la pestaña "Ver", activar "Mostrar todos los archivos", y desactivar la
opción "Ocultar extensiones de archivos conocidos".

Comandos

Un comando (calco del inglés command, «orden, instrucción») es una instrucción o

mandato que el usuario proporciona a un sistema informático, desde la línea de comandos
o desde una llamada de programación.

Suele admitir parámetros (argumentos) de entrada, lo que permite modificar el

comportamiento predeterminado del comando. Suelen indicarse tras una barra "/" (en
sistemas operativos DOS).

Lenguaje HTML

HTML, sigla de HyperText Markup Language (Lenguaje de Etiquetas de Hipertexto), es

el lenguaje de marcado predominante para la construcción de páginas web. Es usado para
describir la estructura y el contenido en forma de texto, así como para complementar el
texto con objetos tales como imágenes. HTML se escribe en forma de "etiquetas",
rodeadas por corchetes angulares (<,>). HTML también puede describir, hasta un cierto
punto, la apariencia de un documento, y puede incluir un script (por ejemplo Javascript),
el cual puede afectar el comportamiento de navegadores web y otros procesadores de
HTML.
 <html>

<head>

<body>

<p>Bienvenidos a la clase de Bioinformatica.</p>

<p><img src="imagen.jpg" width="638" height="877"></p>

</body>

</html>

VB Script (Visual Basic Script)

BASIC es una familia de lenguajes de programación. Fue originalmente ideado como una
herramienta de enseñanza; se diseminó entre las microcomputadores caseras a partir de la
década de 1980, y sigue siendo muy popular hoy en día, en muchos dialectos bastante
distintos del original.

BASIC es el acrónimo de Beginners All-purpose Symbolic Instruction Code; por

correspondencia con Thomas E. Kurtz. (traducido al español: "código de instrucciones
simbólicas de propósito general para principiantes") y está ligado al nombre de un trabajo
sin publicar del coinventor del lenguaje, Thomas Kurtz (el nombre no está relacionado
con la serie de C. K. Ogden, Basic English).

<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Prueba básica de condicional</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<SCRIPT LANGUAGE = "VBScript">
edad = INPUTBOX ("¿Cuál es su edad?",,"0")
IF (edad > 18 AND edad < 65) THEN
MSGBOX ("Usted es un adulto en edad laboral")
ELSE
MSGBOX ("Usted no está en edad laboral")
END IF
</SCRIPT>
</BODY>
</HTML>
Macro

Una macro o macroinstrucción es una serie de instrucciones que se almacenan para que
se puedan ejecutar de forma secuencial mediante una sola llamada u orden de ejecución.
Son importantes para nosotros porque permiten automizar algunas tareas que serian
monótonas o trabajosas en programas populares como el office de Microsoft.

Trabajo Practico:

1. Usar el Block de notas para crear un archivo de texto con formato *.txt y
cambiarlo por el formato *.html

2. Utilizar los ejemplos de HTML y VBScript para crear paginas web.

3. Enumere 5 extenciones de archivo que usted conozca, intente no repetir las dichas
por sus compañeros, y haga referencia al uso de esa extencion de archivo o el
programa asociado.

4. Hacer una macro que detecte la secuencia AGU la cambie de color y la convierta
en mayusculas.

5. Hacer una macro que convierta una columna de palabras en una secuencia
separada por comas. (Cada palabra en minuscula)

6. Hacer una macro que convierta una oración de palabras separadas por comas en
una columna. (Cada palabra con mayúscula en la primera letra)

7. Hacer un macro que prediga los tripletes de DNA que transcriban a Alanina

GCU Alanina
GCC Alanina
GCA Alanina
GCG Alanina

8. Ir al “Editor de Visual Basic” e interpretar las instrucciones y procesos implicados

en las macros desarrolladas previamente.