Rponses : les protines

Ces rponses ne sont pas des corrigs types : elles sont des indications pour formuler des
rponses correctes.
Enonc 1
- Donnez la dfinition d'un acide -amin et un exemple.
Les aminoacides sont des molcules bifonctionnelles portant un groupement amine
(primaire) sur le carbone porteur du groupement carboxyle, dit carbone . La fonction amine
est une base et la fonction carboxyle est un acide (fonctions ionisables).
acide -amin
NH 2
R

C
H

Exemple : Alanine
R est un groupement mthyle

O
C

NH 2
OH

CH 3

C COOH
H

R : chane latrale
Le rsidu R est un rsidu variable qu'on appelle la chane latrale. On distingue les R
aliphatiques et les R cycliques.
Parmi les vingt aminoacides composant les protines, seule la proline, qui a une amine
secondaire (acide -imin), n'est pas un acide -amin.

Enonc 2
- L'acide amin tryptophane a un coefficient d'extinction 280 nm pour un chemin optique
de 1 cm et une concentration de 100g/litre gal : 1%
280, 1 = 28. Calculez la densit optique
(D.O) d'un solution de concentration de 1mg/ml pour un chemin optique de 2 cm.
- L'acide amin tyrosine a un coefficient d'extinction molaire 280 nm pour un chemin
3
optique de 1 cm et pH 7,4, gal M
280, 1 = 1,1 10 . Calculez la concentration de la
tyrosine en solution pH 7,4 et qui a une D.O de 0,55 pour un chemin optique de 1 cm.
D.O de la solution de tryptophane : D.O = c l = 28 x 0,01 x 2 = 0,56
D.O.
0,55
Concentration de la solution de tyrosine : [Tyr] =
=
= 0,5 10-3 M puisque le
3
x l 1,1 10
coefficient d'extinction donn est le coefficient molaire (mole/litre).
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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 1 -

Enonc 3
- Explicitez la raction d'-dcarboxylation d'un aminoacide
- Citez un produit de dcarboxylation d'un aminoacide ayant des proprits biologiques.
Cette raction conduit la perte de la fonction acide de l'acide -amin :
COOH
R CH
NH 2

R CH2 NH 2
amine

CO2

L'histamine, qui est un vasodilatateur intervenant dans les ractions d'allergie ou

d'inflammation, est un produit de dcarboxylation de l'histidine.

Enonc 4
L'aminoacide glutamique est mis en solution aqueuse la concentration de 10-2 M .
- Calculez le pH de la solution.
- Calculez le pH du point isolectrique (pI)
- Pourcentage des diffrentes formes un pH de 7.
On donne : pK -COOH = 2,2 pK R-COOH = 4,3 et pK
= 9,7
-NH 3+

Les valeurs des pK des deux fonctions acides sont assez loignes pour considrer que les
constantes successives sont gales aux constantes individuelles. Les quilibres successifs
s'crivent :

COOH COOH
R

K1

COOH COO
R

C
NH3

pK-COOH

[A + ]

C
NH3

[A +- ]

K2

COO

COO

R C
pKR-COOH NH +
3
[A +2 - ]

K3 COO COO
R C
+
pK-NH3
NH 2

[A 2 - ]

Calcul du pH de la solution
Le systme d'quations s'crit :

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- 2 -

(a1) K1 =

[A -+ ][H + ]
[A + ]

- carboxylique

[A +2- ][H + ]
(a2) K 2 =
[A -+ ]

R - carboxylique

[A 2- ][H + ]
(a3) K3 =
[A +2- ]

- amine

(b) [A + ] + [A -+ ] + [A +2- ] + [A 2- ] = [A T ] concentration totale de l acide glutamique

(c) [OH- ] + [A +2- ] + 2[A 2- ] = [H + ] + [A + ]
(d) [OH- ] [H + ] = 10-14

Les quilibres successifs de dissociation en fonction du pH nous indiquent que si la forme

A 2- est prpondrante, alors la forme A + et l'ion H + seront en concentration trs faible et
l'quation d'lectroneutralit (c) ne pourra tre satisfaite. Le troisime quilibre peut tre
nglig et le systme peut tre approxim par :

(a1) K1 =

[A -+ ][H + ]
[A + ]

[A +2- ][H + ]
(a2) K 2 =
[A -+ ]

- carboxylique
R - carboxylique

(b) [A + ] + [A -+ ] + [A +2- ] = [A T ] concentration totale de l acide glutamique

(c) [OH- ] + [A +2- ] = [H + ] + [A + ]
(d) [OH- ] [H + ] = 10-14

En considrant que dans le membre de gauche de l'quation (c), le terme [OH- ] est
ngligeable devant le terme [A +2- ], en exprimant [A +2- ] et [A + ] l'aide des quations (a1),
(a2) et b et en les remplaant dan l'quation (c), on obtient l'quation approxime suivante :
[H + ]3 + [A T ][H + ]2 + K1[H + ]2 + K1K 2 [H + ] - K1K 2 [A T ] = 0
Sachant que la valeur de [A T ] (10-2 M) est grande devant les valeurs de K1 et K 2 , cette
quation se rduit :
[A T ][H + ]2 = K1K 2 [A T ] d'o pH =

pK1 + pK 2
2,2 + 4,3
=
= 3,25
2
2

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 3 -

Calcul du pI
pH isolectrique : dfini par [A + ] - [A +2- ] - 2[A 2- ] = 0
Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :

K1 =

[A -+ ][H + ]
[A + ]

- carboxylique

[A +2- ][H + ]
K2 =
[A -+ ]

R - carboxylique

[A 2- ][H + ]
K3 =
[A +2- ]

- amine

d'o

[H + ]3 - K1K 2 [H + ] - 2K1K 2 K 3 = 0

[A + ] - [A +2- ] - 2[A 2- ] = 0

Les quilibres successifs de dissociation en fonction du pH nous indiquent que si la forme

A 2- est prpondrante, alors la forme A + sera en concentration trs faible et l'quation de
contrainte du pH isolectrique ne pourra tre satisfaite : ncessairement la valeur du pH sera
infrieure la valeur de pK 3 ( [H + ] >> K 3 ). L'quation du troisime degr en H peut donc
tre approxime :
[H + ]2 = K1K 2

d'o

pI =

pK1 + pK 2
2,2 + 4,3
=
= 3,25
2
2

Pourcentage des formes pH 7

A pH 7, seuls les deuxime et troisime quilibres sont concerns et nous aurons uniquement
les formes A-+ , A +2- et A 2- , le systme d'quations s'crit :

[A+2- ][H +]

K2 =
K3 =

[A-+]
2+

[A ][H ]

[A-+] +

[A+2- ]
[A+2- ] +
-7

[H +] = 10

= 5 10-5 M (R - carboxylique)
= 2 10-10 M

( - amine)

[A2- ] = [AT ]

K2
K K
+ 2+ 23 ) = [AT ]
[A-+] (1 +
+
[H ]
[H ]

[H +]
K3
+

[A2- ] (1 +
+
) = [AT ] : d'o partir de chaque rapport [ forme]
d'o :
+
[ AT ]
K2

[H ]

[H +]2
[H +]

2[A
]
(
1
+
+
) = [AT ]

K 2K 3
K3

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 4 -

on en dduit que : A +2- reprsente 99,6 % et A-+ , A 2- reprsentent chacune 0,2 %

Enonc 5
- Calculez le pH du point isolectrique (pI) de la lysine
- Tracez la charge moyenne nette de la molcule en fonction du pH
On donne : pK -COOH = 2,2 pK
= 8,95 pK
= 10,5
-NH 3+
R-NH 3+
Les quilibres successifs en fonction du pH s'crivent :
+
NH 3
R

COOH

K1

+
NH 3
R

NH3
[A 2 + ]

pK-COOH

COO
C
NH3

K2

+
NH 3

pK-NH3+

[A 2-+ ]

COO
C
NH 2

[A +- ]

K3 NH 2 COO
R C
pKR-NH3+
NH 2
[A - ]

pH isolectrique : dfini par 2[A 2+ ] + [A 2+

- ] - [A ] = 0

Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :

K1 =

+
[A 2+
- ][H ]
[A 2+ ]

- carboxylique

K2 =

[A -+ ][H + ]
[A 2+
- ]

- amine

K3 =

[A - ][H + ]
[A -+ ]

R - amine

d'o

2[H + ]3 + K1[H + ]2 - K1K 2 K 3 = 0

2[A 2+ ] + [A 2+
- ] - [A ] = 0

Les quilibres successifs de dissociation en fonction du pH nous indiquent que si la forme

A 2+ est prpondrante, alors la forme A - sera en concentration trs faible et l'quation de
contrainte du pH isolectrique ne pourra tre satisfaite : ncessairement la valeur du pH sera
suprieure la valeur de pK1 ( [H + ] << K1 ). L'quation du troisime degr en H peut donc
tre approxime :
K1[H + ]2 = K1K 2 K 3 d'o

pI =

pK 2 + pK 3
2

d'o pI de la lysine : 9,725

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 5 -

Charge moyenne nette en fonction du pH

Le systme d'quations s'crit :

[A 2+
][H + ]
K1 =
[A 2+ ]

- carboxylique

K2 =

[A -+ ][H + ]
[A 2+
- ]

- amine

K3 =

[A - ][H + ]
[A -+ ]

R - amine

+
[A 2+ ] + [A 2+
- ] + [A - ] + [A ] = [A T ]

o [A T ] est la concentration totale de l'amioacide lysine.

Soit : = [H + ]3 + K1[H + ]2 + K1K 2 [H + ] + K1K 2 K 3 , calculons chacune des formes en
fonction de [A T ], K1, K 2 , K 3 et [H + ] , nous obtenons :
[A 2+ ] =

[A T ]
[A T ]
[A ]
[H + ]3 , [A 2+
K1[H + ]2 et [A- ] = T K1K 2 K 3
- ]=

La charge nette moyenne de la lysine est gale (la forme A-+ a une charge nulle) :
<z> = 2

[A 2+ ]
[A 2+
- ] - [A ]
+
[A T ]
[A T ]
[A T ]

d'o < z > =

2(10-pH )3 + K1(10-pH )2 - K1K 2 K 3

(10-pH )3 + K1(10-pH )2 + K1K 2 10-pH + K1K 2 K 3

Le trac de la courbe a l'allure suivante..

Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour la lysine : la forme portant une charge nette nulle est au
centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions amines et leurs pK ont des
valeurs trop proches.

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 6 -

Charge totale nette moyenne

Lysine
pK-COOH = 2,2

pK-NH3+ = 8,95
pKR-NH
11

+
3

= 10,5

pH
pI = 9,725

-1

Enonc 6
- Quelles sont les contraintes gomtriques de la liaison peptidique.
La liaison peptidique est de type amide substitue : limination d'eau entre les groupes COOH et - NH 2 de deux aminoacides. Cette liaison amide lie les deux carbones C des
deux aminoacides.
Les lectrons du groupe carbonyle et le doublet lectronique libre de l'azote sont trs
proches. La rsonance de ces lectrons donne au groupe peptidique des structures
intermdiaires entre deux formes msomres.
Cette liaison est intermdiaire entre une simple et une double liaison qui implique les
proprits suivantes :
- la structure du groupe peptidique est rigide : les 6 atomes sont coplanaires. Les angles des
liaisons pour le carbone et pour l'azote avec leurs substituants sont de 120.
- les 2 carbones C se placent de part et d'autre du pont C-N dans la configuration trans la
plus favorable thermodynamiquement
- de part et d'autre de cette structure rigide, les rotations des groupes des liaisons C-N et
C-C sont libres et seulement limites par l'encombrement strique.

Enonc 7
Le peptide Ala-Glu-Glu-Met-Glu -Ile (AEEMEI) est mis en solution aqueuse la
concentration de 10-2 M .
- Calculez le pH du point isolectrique (pI)
- Pourcentage des diffrentes formes un pH de 8.
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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 7 -

On donne :
Ile -COOH : pK = 2,6
Glu R-COOH : pK = 4,3
Ala -NH3+ : pK = 9,8
Comptabilisons les fonctions ionisables :
pK1 = 2,6
- Ile -COOH
- 3 Glu R-COOH
- Ala -NH3+

K1 = 2,5 10-3 M

pK = 4,3

K = 5 10-5 M

pK5 = 9,8

K 5 = 1,6 10-10 M

Pour crire les quilibres successifs, il faut expliciter les constantes successives de
dissociation des 3 groupes COOH des chanes latrales des rsidus acide glutamique. Pour
n - j +1
K (ici n=3), d'o :
des fonctions ionisables indpendantes et identiques, K j =
j
Ks2 = 3K = 1,5 10-4 M
pKs2 = 3,82
Ks3 = K = 5 10-5 M
pKs3 = 4,3
1
Ks4 = K = 1,66 10-5 M
pKs4 = 4,78
3

K1
pK1

P-

s
K2
s
pK 2

+
P 2-

s
K3
pK s3

+
P 3-

s
K4
pK s4

P 4-

K5
pK5

P4pH

pH isolectrique
L'quation de contrainte s'crit :
+
+
[P +] - [P +2- ] - 2[P3] - 3[P4] - 4[P4- ] = 0 (CI)

Au lieu d'crire le systme complet dcrivant ce phnomne d'quilibres, comme

prcdemment, simplifions le systme d'quations en sachant que la valeur du pI sera
ncessairement dans une zone de pH particulire.
L'quation de contrainte du pH isolectrique (CI) nous indique :
- la valeur du pI sera comprise entre pK1 et pKs2 : les quilibres concerns sont ceux qui
entourent la forme de charge nette nulle.
- les diffrences de valeur du pI avec les valeurs des pKs4 et pK5 nous indiquent que seuls
les trois premiers quilibres seront concerns.
Le systme approxim d'quations s'crit :

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 8 -

K1 =

[P-+ ][H + ]
[P + ]

Ks2

+
[P2][H + ]
=
[P-+ ]

Ks3

+
[P3][H + ]
=
+
[P2]

d'o [H + ]3 - K1Ks2 [H + ] - 2K1Ks2 Ks3 = 0

+
+
[P + ] - [P2] - 2[P3] = 0

L'quation prcdente se simplifie en :

+ 3

[H ] -

K1Ks2 [H + ]

pK1 + pKs2
2,6 + 3,82
= 0 d'o pI =
=
= 3,21
2
2

Pourcentage des formes pH 8

A pH 8, le seul quilibre concern est le dernier, le systme d'quations s'crit :
+

K 5 = [P4- ][H ] = 1,6 10-10 M

+

[P4]

+
[P4] + [P4- ] = [PT ]

[H +] = 10-8 M

( - amine)

[P + ] (1 + K 5 ) = [P ]
T
4[H + ]

: ou encore
d'o :
+
[H
]
[P ] (1 +
) = [PT ]
4K5

[P + ] = 0,984 10-2 M
4 [P4- ] = 1,6 10-5 M

+
P4reprsente 98,4 % et P4- 1,6 %

Enonc 8
Un mlange de trois peptides est soumis une lectrophorse sur papier un pH de 6,5.
- Indiquez la position des 3 peptides la fin de l'exprience.
- Dterminez un pH pour optimiser cette sparation.
Les trois peptides sont :
1:
His-Gly-Pro-Lys
2:
Glu-Leu-Cys-Asp
3:
Ala-Gly-Ile-Ser
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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 9 -

On donne :
His -NH3+ : pK = 9,2 His R-amine : pK = 6 Lys -COOH : pK = 2,2 Lys R-amine pK=10,5
Glu -NH3+ : pK= 9,7 Glu R-COOH : pK = 4,3 Asp -COOH : pK=2,1 Asp R-COOH pK = 3,9
Ala -NH3+ :pK = 9,8 Ser -COOH : pK = 2,2

Ecrivons les quilibres successifs pour les diffrents peptides et examinons la charge de
chacun pH 6,5 :
Peptide 1 :
Une fonction -amine, une fonction -COOH et deux fonctions amines de chanes latrales

3+

3+

P1

2+

P1 -

2,2

P1 -

P1 -

P1 10,5

9,2

pH

6,5
A pH 6,5, le peptide P1 (pI d'environ 9,85) sera charg positivement : approximativement
+1,5 charge par excs. Il migrera vers la cathode (lectrode -)

Peptide 2 :
Une fonction -amine, une fonction -COOH et deux fonctions COOH de chanes latrales

P2

P2 2,1

P2 23,9

P2 3-

P2 39,7

4,3

pH

6,5
A pH 6,5, le peptide P2 (pI d'environ 3), sera charg ngativement : approximativement -2
charge par excs. Il migrera vers l'anode (lectrode +)
Peptide 3 :
Une fonction -amine, une fonction -COOH

P3

P3 -+
2,2

P3 9,8

pH

6,5
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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 10 -

A pH 6,5, le peptide P3 (pI gal 6) aura une charge trs lgrement ngative (voir
paragraphe 2.4.3 : zone isolectrique). Il migrera un tout petit peu vers l'anode (lectrode +)

P1

P3

cathode

P2
anode

+
dpt de l'chantillon

pH optimum
Un tampon de pH 6 sera plus optimum pour cette exprience, on aurait l'chantillon P3 qui
resterait l'endroit du dpt.

Enonc 9
L'tude d'un pentapeptide donne les rsultats suivants :
- Une hydrolyse acide (HCl 6N, 110 C, 48h) donne la composition suivante :
Ala, Arg, Cys, Lys, Ser
- L'action de la trypsine donne un tripeptide et un dipeptide
- L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser
Parmi les squences primaires suivantes, laquelle ou lesquelles sont compatibles avec les
squences ci-dessous :
a)
Lys-Ala-Arg-Cys-Ser
b)
Ala-Arg-Cys-Ser-Lys
c)
Ala-Arg-Cys-Lys-Ser
d)
Ser-Ala-Arg-Cys-Lys
e)
Ser-Lys-Ala-Arg-Cys
f)
Ser-Arg-Ala-Cys-Lys
La trypsine donne 2 peptides (1 de 3 aa et 1 de 2 aa) : elle coupe aprs les aminoacides
basiques Arg et Lys : les seules squences possibles sont celles ayant Arg ou Lys en position
2 ou 3 avec obligatoirement l'autre aminoacide en C-terminal : squences b, d et f.
L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser : c'est l'aminoacide N-terminal du
tripeptide : parmi les squences b, d et f, seules les squences d et f satisfont cette
exprience.
Les squences compatibles avec les expriences sont les squences d et f.

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Biochimie structurale : Les protines : rponses
- 11 -

Enonc 10
- Quelle est la mthode de squenage la plus utilise pour les peptides ?
C'est l'utilisation de la dgradation rcurrente d'Edman.
Le phnylisothiocyanate (PTC), un pH basique de 9 ragit avec l'aminoacide N-terminal
avec formation d'un PTC-peptide. Par un changement de pH (lgrement acide), il y a
cyclisation et libration d'un driv PTH-aminoacide caractrisable et d'un peptide amput de
son aminoacide N-terminal.
En rptant ces cycles :
- action du PTC pH 9 pour donner un PTC-peptide
- puis libration du PTH-aminoacide identifiable, par passage un pH acide, et du peptide
(n-1) amput du ct N-terminal,
on a, chaque cycle, la libration du PTH-aminoacide suivant dans la squence du peptide
original.
Des appareils (squenceur) sont capables d'effecteur ces cycles automatiquement. Toutefois
l'analyse est techniquement limite de squences dont le nombre d'aminoacides est infrieur
200.
Avec cette technique, il faudra rsoudre le problme d'aminoacides qui sont cycliss sur
l'aminoacide N-terminal.

Enonc 11
- Citez un peptide d'intrt biologique et ses proprits physicochimiques.
Les peptides interviennent comme mdiateurs dans les grandes de fonctions de
communication dans le systme endocrine, la transmission et la modulation nerveuses, la
motricit des vaisseaux sanguins, les ractions inflammatoires.
Les neuropeptides forment deux familles de molcules, ligands de rcepteurs crbraux : la
famille des enkphalines et la famille des endorphines. Ces molcules participent au
contrle de la douleur. Elles contiennent le mme ttra peptide N-terminal (Tyr-Gly-GlyPhe).
Enonc 12
- Quelles sont les interactions qui stabilisent une structure secondaire en feuillet -pliss ?
Les liaisons hydrogne potentielles que peuvent avoir les atomes d'oxygne (C=0) et
d'hydrogne (N-H) d'une liaison peptidique et l'impact de la gomtrie de la liaison
peptidique sur la structure locale sont trs importants.
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- 12 -

Dans une structure plat, tire et tale, le feuillet pliss, les liaisons hydrogne des
atomes d'oxygne (C=0) et d'hydrogne (N-H) d'une liaison peptidique se rptent entre des
segments diffrents qui peuvent appartenir la mme chane ou des chanes diffrentes. Ce
sont elles qui assurent la stabilit de cette structure particulire.
Le sens peptidique des deux brins adjacents peut tre identique ou contraire, les feuillets sont
respectivement dits parallles ou anti-parallles. Ces derniers sont plus stables, les liaisons
H subissant de plus faibles distorsions.
Les chanes latrales des rsidus se distribuent alternativement de part et d'autre du plan
moyen. Cette disposition limine toute gne strique pouvant perturber cette structure
secondaire.
Les feuillets parallles et anti-parallles ont des caractristiques trs similaires :
- parallle
- translation : 0,32 nm
- angles didre : = - 119 et = 113
- anti-parallle
- translation : 0,34 nm
- angles didre : = - 139 et = 135

H
N

H
N

N
H

N
O

Structure en
feuillet pliss
antiparallle

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- 13 -