David L. Nelson and Michael M.

Cox

Lehninger Principles of
Biochemistry
Fourth Edition
Captulo 3:
Amino Acidos, Pptidos, y Protenas

Copyright 2004 by W. H. Freeman & Company

Estereoqumica de Aminocidos
Todos excepto glicina son quirales
L aminocidos predominan en la
naturaleza
Nomenclatura D,L est basada en D- y Lgliceraldehido

Grupos R alifticos, no polares

Grupos R polares, sin carga

Grupos R polares, cargados positivamente

Grupos R cargados negativamente

Grupos R aromticos

Aminocidos poco comunes

Hidroxilisina, hidroxiprolina - colgeno
Carboxiglutamato protenas de coagulacin
sangunea
Piroglutamato - bacteriorodopsina
Aminocidos Fosforilados herramienta de
sealizacin

COOH

H3N+CH

CH2

CH2

CH2

CH2

NH3+
LISINA

COOH

H3N+CH

CH2

CH2

CHOH

CH2

NH3+

COOH

H3N+CH

CH2

CH2

CHOH

CH2

NH3+
5-HIDROXILISINA

CH3

CH2 CH2 CH2 NH3+

NH
HISTAMINA

CH2 CH2 C COO

NH
NH3+
HISTIDINA

-N-METILISINA

-OOCCH

2CH2CH2H3N

-AMINOBUTIRICO (GABA)
H

-OOCCH CH CCOO2
2

H 3N +
GLUTAMATO

COOH

-OOCCHCH CCOO2

H 3N +
-CARBOXIGLUTAMATO

COOH

H2N+CH2

CH3
SARCOCINA
(N-Metilglicina)

COOH

H3N+CH2
GLICINA

A PARTIR DE QUE AMINOACIDOS SE HACE LA DESMOSINA???

Parte del metabolismo

Propiedades de los Aminocidos

Aminocido Abreviatura PM % prot
R polar sin carga
Serina
Ser
Prolina
Pro
Treonina
Thr
Cisteina
Cys
Asparagina
Asn
Glutamina
Gln

Aminocido

S
P
T
C
N
Q

105
115
119
121
132
146

6.8
5.2
5.9
1.9
4.3
4.2

Abreviatura PM % prot

pK1

pK2

2.21
1.99
2.11
1.96
2.06
2.17

9.15
10.96
9.62
10.28
8.80
9.13

pKR

8.33

pI
5.68
6.48
5.87
5.07
5.41
5.65

pK1

pK2

pKR

pI
9.74
7.59
10.76

R carga positiva
Lisina
Lys
Histidina
His
Arginina
Arg

K
H
R

146
155
174

5.9
2.3
5.1

2.18
1.82
2.17

8.95
9.17
9.04

10.53
6.00
12.48

R carga negativa
Aspartato
Asp
Glutamato
Glu

D
E

133
147

5.3
6.3

1.88
2.19

9.60
9.67

3.65
4.25

2.77
3.22

Propiedades de los Aminocidos

Aminocido

Abreviatura

Grupo R No polar
Glicina
Gly
Alanina
Ala
Valina
Val
Leucina
Leu
Isoleucina
Ile
Metionina
Met

Aminocido
R aromtico
Fenilalanina
Tirosina
Triptofano

G
A
V
L
I
M

PM

% prot

pK1

75
89
117
131
131
149

7.2
7.8
6.6
9.1
5.3
2.3

2.34
2.34
2.32
2.36
2.36
2.38

Abreviatura PM % prot
Phe
Tyr
Trp

F
Y
W

165
181
204

3.9
3.2
1.4

pK2

pI

9.60
9.69
9.62
9.60
9.68
9.21

5.97
6.01
5.97
5.98
6.02
5.74

pK1

pK2

1.83
2.20
2.38

9.13
9.11
9.39

pKR
10.13
5.66
5.89

pI
5.48


c
i
d
o
(donador)

COOH3N+

C H

H3N+ C
H+

C H

+ H+

COO-

C H
R

H2N

COOH2N

COO-

b
a
s
e
(aceptor)

COOH
H3N+

COO-

C H

H3N+

COOH3N+

COOH
H3N+ C

C H
R

+ H+

C H

H+

c
i
d
o
(donador)

b
a
s
e
(aceptor)

Valores de pKa de los Aminocidos

Recordar qu significan
Grupo alfa carboxilo- pKa = 2
Grupo alfa amino- pKa = 9
Nmeros son aproximados.

Valores de pKa de los Aminocidos

Arginina, Arg, R: pKa (grupo guanidino)
= 12.5
Acido Asprtico, Asp, D: pKa = 3.9
Cisteina, Cys, C: pKa = 8.3
Acido Glutmico, Glu, E: pKa = 4.3
Histidina, His, H: pKa = 6.0

Valores de pKa de los Aminocidos

Lisina, Lys, K: pKa = 10.5

Serina, Ser, S: pKa = 13
Treonina, Thr, T: pKa = 13
TIrosina, Tyr, Y: pKa = 10.1

Qumica Acido-Base
Los Aminocidos son cidos poliprticos
dbiles
H2A+ + H2O HA0 + H3O+
Ka1 = [ HA0 ] [ H3O+ ]
__________________________

[H2A+ ]

Qumica Acido-Base
La segunda disociacin (el grupo amino en el
caso de la glicina):
HA0 + H2O A + H3O+
Ka2 = [ A ] [ H3O+ ]
_______________________

[ HA0 ]

Titulacin de Glicina

Titulacin del Acido Glutmico

Clculo Sencillo
Cul esl el pH de una solucin de cido
glutmico si del carboxilo alfa est
disociado?
pH = 2 + log10 [1]

[3]

pH = 2 + (-0.477)
pH = 1.523

Un clculo de ejemplo
Cul es el pH de una solucin de cido
glutmico si el carboxilo alfa est
disociado
pH = 2 + log10 [1]

[3]

pH = 2 + (-0.477)
pH = 1.523

Titulacin de Lisina

Otro Clculo de ejemplo

Cul es el pH de una solucin de lisina si el
grupo amino de la cadena lateral est 3/4
disociado?

pH = 10.5 + log10 [3]

pH = 10.5 + (0.477)
pH = 10.977 = 11.0

[1]

R1
|
H3N+CH CO||

H R2
| |
H NCHCOOH
|
H

H2O
R1

H R2

H3N CH C N CH COOO
dipptido

Amino terminal
H3C CH3
\/
SH
COONH3+
CH

CH3
H H
H CH2
H CH2
H (CH2)4 H
CH2

+H N C C N C C N C C N C C N C C N C COH
3






H O
H O
H O
H O
H O
H O

Ala Gly Cys Asp Lys Leu

Carboxilo terminal

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

Oxgeno de carbonilo tiene carga parcial

negativa
Nitrgeno de amida tiene carga parcial
positiva

Casi todos los enlaces ocurren en trans

Enlace peptdico: simple ?
Naturaleza parcial de enlace doble (40%)
C-N = 1.32 A
C-O = 1.24 A

C-N = 1.46 A
C-O = 1.20 A

psi
phi

 = phi
N-C
= psi
C-C
Cualquier valor entre -180 y = 180, PERO

Consecuencias del Plano Amida

Dos grados de libertad por residuo para la cadena
peptdica
Angulo alrededor de enlace C-N es llamado phi:
Angulo alrededor de enlace C-C es llamado psi:
Algunos valores de phi and psi son ms probables
que otros.

Impedimentos Estricos de phi

& psi
Algunas combinaciones de phi y psi no se dan
phi = 0, psi = 180 es desfavorable
phi = 180, psi = 0 es desfavorable
phi = 0, psi = 0 es desfavorable