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unin
de
varios
aminocidos
da
lugar
cadenas
llamadas polipptidos o
simplemente pptidos, que se denominan protenas cuando la cadena polipeptdica supera los 50
aminocidos o la masa molecular total supera las 5.000 uma.
Estructura general de un aminocido
La estructura general de un aminocido se establece por la presencia de un carbono central alfa
unido a: un grupo carboxilo (rojo en la figura), un grupo amino (verde), un hidrgeno (en negro) y
la cadena lateral (azul):
"R" representa la cadena lateral, especfica para cada aminocido. Tcnicamente hablando, se los
denomina alfa-aminocidos, debido a que el grupo amino (NH 2) se encuentra a un tomo de
distancia del grupo carboxilo (COOH). Como dichos grupos funcionales poseen H en sus
estructuras qumicas, son grupos susceptibles a los cambios de pH; por eso, al pH de la clula
prcticamente ningn aminocido se encuentra de esa forma, sino que se encuentra ionizado.
Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser, S), Treonina (Thr, T), Cistena
(Cys, C), Asparagina (Asn, N), Glutamina (Gln, Q) y Tirosina (Tyr, Y).
Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Glicina (Gly, G), Alanina (Ala, A),
Valina (Val, V), Leucina (Leu, L), Isoleucina (Ile, I), Metionina (Met, M), Prolina
(Pro, P), Fenilalanina (Phe, F) y Triptfano (Trp, W).
Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp, D) y cido glutmico (Glu, E).
Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys, K), Arginina (Arg, R) e Histidina (His,
H).
Segn su obtencin
A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo para obtenerlos se los
llama esenciales; la carencia de estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo,
ya que no es posible reponer las clulas de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el
caso del crecimiento. Para el ser humano, los aminocidos esenciales son:
Valina (Val)
Leucina (Leu)
Treonina (Thr)
Lisina (Lys)
Triptfano (Trp)
Histidina (His)
Fenilalanina (Phe)
Isoleucina (Ile)
Arginina (Arg)
Metionina (Met)
A los aminocidos que pueden ser sintetizados por el cuerpo se los conoce como no esenciales y
son:
Alanina (Ala)
Prolina (Pro)
Glicina (Gly)
Serina (Ser)
Cistena (Cys)
Asparagina (Asn)
Glutamina (Gln)
Tirosina (Tyr)
Estas clasificaciones varan segn la especie. Se han aislado cepas de bacterias con
requerimientos diferenciales de cada tipo de aminocido.
Los datos actuales en cuanto a nmero de aminocidos y de enzimas ARNt sintetasas se
contradicen hasta el momento, puesto que se ha comprobado que existen 22 aminocidos
distintos que intervienen en la composicin de las cadenas polipeptdicas y que las enzimas ARNt
sintetasas no son siempre exclusivas para cada aminocido. El aminocido nmero 21 es
la Selenocistena que aparece en eucariotas y procariotas y el nmero 22 la Pirrolisina, que
aparece slo en arqueas (o arqueobacterias).
Aminocidos codificados en el genoma
Los aminocidos proteicos, cannicos o naturales son aquellos que estn codificados en el
genoma;
para
la
mayora
de
los
seres
vivos
son
20: alanina, arginina, asparagina, aspartato, cistena, fenilalanina, glicina, glutamato, glutamina, hi
stidina, isoleucina, leucina, lisina, metionina,prolina, serina, tirosina, treonina, triptfano y valina.
Sin embargo, hay unas pocas excepciones: en algunos seres vivos el cdigo gentico tiene
pequeas
modificaciones
puede
codificar
otros
aminocidos.
Por
Aminocidos modificados
Las modificaciones postraduccin de los 20 aminocidos codificados genticamente conducen a
la formacin de 100 o ms derivados de los aminocidos. Las modificaciones de los aminocidos
juegan con frecuencia un papel de gran importancia en la correcta funcionalidad de la protena.
Son numerosos los ejemplo de modificacin postraduccin de aminocidos. La formacin
postraduccin de puentes disulfuro, bsicos en la estabilizacin de la estructura terciaria de las
protenas est catalizada por una disulfuro isomerasa. En las histonas tiene lugar la metilacinde
las lisinas. En el colgeno abunda el aminocido 4-hidroxiprolina, que es el resultado de
la hidroxilacin de la prolina. La traduccin comienza con en codn "AUG" que es adems de
seal de inicio significa el aminocido metionina, que casi siempre es eliminada por protelisis.4
Algunos aminocidos no proteicos actan como neurotransmisores, vitaminas, etc. Por ejemplo, la
beta-alanina, el cido gamma-aminobutrico (GABA) o la biotina.
Propiedades
cido-bsicas.
pticas.
Todos los aminocidos excepto la glicina tienen el carbono alfa asimtrico, lo que les confiere
actividad ptica; esto es, sus disoluciones desvan el plano de polarizacin cuando un rayo de luz
polarizada las atraviesa. Si el desvo del plano de polarizacin es hacia la derecha (en sentido
horario), el compuesto se denomina dextrgiro, mientras que si se desva a la izquierda (sentido
antihorario) se denominalevgiro. Un aminocido puede en principio existir en sus dos
formas enantiomricas (una dextrgira y otra levgira), pero en la naturaleza lo habitual es
encontrar slo una de ellas.
Estructuralmente, las dos posibles formas enantiomricas de cada aminocido se denominan
configuracin D o L dependiendo de la orientacin relativa en el espacio de los 4 grupos distintos
unidos al carbono alfa. El hecho de que sea dextrgiro no quiere decir que tenga configuracin D.
Qumicas.
protenas de los eucariotas (animales, plantas, hongos...) los aminocidos estn presentes
nicamente en la forma estructural levgira (L), en las bacterias podemos encontrar Daminocidos.
Son sustancias cristalinas, casi siempre de sabor dulce; tienen carcter cido como
propiedad bsica y actividad ptica; qumicamente son cidos carbnicos con, por lo
menos, un grupo amino por molcula, 20 aminocidos diferentes son los componentes
esenciales de las protenas.
Aparte de stos, se conocen otros que son componentes de las paredes celulares. Las plantas
pueden sintetizar todos los aminocidos, nuestro cuerpo solo sintetiza 16, aminocidos, stos,
que el cuerpo sintetiza reciclando las clulas muertas a partir del conducto intestinal y
catabolizando las protenas dentro del propio cuerpo.
Los aminocidos son las unidades elementales constitutivas de las molculas denominadas
Protenas. Son pues, y en un muy elemental smil, los "ladrillos" con los cuales el organismo
reconstituye permanentemente sus protenas especficas consumidas por la sola accin de vivir.
Protenas que son los compuestos nitrogenados ms abundantes del organismo, a la vez que
fundamento mismo de la vida. En efecto, debido a la gran variedad de protenas existentes y
como consecuencia de su estructura, las protenas cumplen funciones sumamente diversas,
participando en todos los procesos biolgicos y constituyendo estructuras fundamentales en los
seres vivos. De este modo, actan acelerando reacciones qumicas que de otro modo no podran
producirse en los tiempos necesarios para la vida (enzimas), transportando sustancias (como la
hemoglobina de la sangre, que transporta oxgeno a los tejidos), cumpliendo funciones
estructurales (como la queratina del pelo), sirviendo como reserva (albmina de huevo), etc.
Los alimentos que ingerimos nos proveen protenas. Pero tales protenas no se absorben
normalmente en tal constitucin sino que, luego de su desdoblamiento ("hidrlisis" o rotura),
causado por el proceso de digestin, atraviesan la pared intestinal en forma de aminocidos y
cadenas cortas de pptidos, segn lo que se denomina " circulacin entero heptica".
Esas sustancias se incorporan inicialmente al torrente sanguneo y, desde all, son distribudas
hacia los tejidos que las necesitan para formar las protenas, consumidas durante el ciclo vital.
Se sabe que de los 20 aminocidos proteicos conocidos, 8 resultan indispensables (o esenciales)
para la vida humana y 2 resultan "semi indispensables". Son estos 10 aminocidos los que
requieren ser incorporados al organismo en su cotidiana alimentacin y, con ms razn, en los
momentos en que el organismo ms los necesita: en la disfuncin o enfermedad. Los
aminocidos esenciales ms problemticos son el triptfano, la lisina y la metionina. Es tpica su
carencia en poblaciones en las que los cereales o los tubrculos constituyen la base de la
alimentacin. Los dficit de aminocidos esenciales afectan mucho ms a los nios que a los
adultos.
Hay que destacar que, si falta uno solo de ellos (Aminocido esenciales) no ser posible sintetizar
ninguna de las protenas en la que sea requerido dicho aminocido. Esto puede dar lugar a
diferentes tipos de desnutricin, segn cual sea el aminocido limitante.
Lista de Aminocidos (Esenciales y no esenciales) y funcin de cada una de ellos:
determina el
Fenilalanina:
Funcin:
Interviene
en
la
produccin
del
Colgeno,
Debemos recordar que, debido a la crtica relacin entre los diversos aminocidos y los
aminocidos limitantes presentes en cualquier alimento. Solo una proporcin relativamente
pequea de aminocidos de cada alimento pasa a formar parte de las protenas del organismo. El
resto se usa como fuente de energa o se convierte en grasa si no debe de usarse
inmediatamente.
Clasificacin de los aminocidos
Hay 22 aminocidos conocidos que se clasifican del siguiente modo.
Por ltimo tenemos a la Carnitina que muchos autores tambin incluyen como
aminocido aunque es una sustancia sintetizada en nuestro cuerpo a partir de
otros aminocidos.
Los aminocidos son sustancias compuestas por carbono, oxgeno, hidrgeno y nitrgeno. Son
compuestos cristalinos que contienen un grupo cido dbil, carboxilo (-COOH) y un grupo bsico
dbil, amina (-NH2), unido al carbono a (el carbono a de un cido orgnico es aquel inmediato al
carboxilo). Se les denomina, por tanto, a-aminocidos y se considera que son neutros.
Estas son las caractersticas generales, naturalmente aparecen excepciones como el que en la
molcula existe algn tipo de cidos ms, que da lugar a los denominados aminocidos cidos, o
que prestan algn grupo amino ms, los denominados aminocidos bsicos, o que incluso
incorporan en la estructura molecular otros elementos, como el azufre (S) y que se denominan
aminocidos azufrados, o que en lugar de tener una estructura molecular lineal tenga una
configuracin cclica en la que se sitan los aminocidos aromticos y los denominados
aminocidos de cadena, as como tambin, que la posicin del grupo no sea en a. Finalmente la
prolina, que en realidad no es un a-aminocido, pues el carbono adyacente al de la funcin
carboxilo posee un grupo imino (=NH); por tanto, la prolina es un iminocido.
Las estructuras de los aminocidos son pticamente activas, es decir, que pueden rotar el plano
de luz polarizada en diferente direccin dependiendo del estereoismero que se trate. Entre ellos
hay que distinguir entre los que rotan el plano hacia la izquierda, levorrotatorios, levgiros o L, y
los que lo hacen hacia la derecha, dextrorrotatorios, dextrgiros o D. En la naturaleza
encontramos una mezcla de ambos que se denomina racmica, pero los aminocidos que forman
las protenas son, la gran mayora, L.
Los aminocidos son los precursores de otras molculas de gran importancia biolgica que son
las protenas. La unin de aminocidos da lugar a la formacin de pptidos que se denominan
dipptidos, tripptidos, tetrapptidos, pentapptidos, octapptidos o polipptidos, si en su
n general, todos los nombres de aminocidos tienen la terminacin -ina lo que indica una relacin
con el grupo amina. Algunos aminocidos conocidos, como por ejemplo, la fenilalanina, forman
parte esencial de los neurotransmisores, tanto en el cerebro como fuera de l. La metionina y el
triptofano son componentes esenciales del hgado. La tirosina y la glutamina, son segregadas por
la glndula tiroides.
Biosntesis de los aminocidos
Cada organismo vivo sintetiza sus propias protenas a partir de los aminocidos. Las plantas
superiores sintetizan a su vez todos los aminocidos necesarios. Hay que destacar que los
animales carecen de esa capacidad. Cada especie animal puede sintetizar slo algunos
aminocidos que necesita y, por lo tanto, depende de la dieta para incorporar aquellos
aminocidos que debe sintetizar para formar protenas. Esos aminocidos se los considera
esenciales y no porque sean los nicos necesarios para la vida de la especie, sino porque deben
estar incluidos en la dieta. Cada especie, tiene su grupo de aminocidos esenciales propios.
La mayora de los aminocidos que ingerimos se encuentran en forma de protenas, sin embargo
slo los aminocidos pueden incorporarse a las diferentes rutas metablicas. Para ello, las
protenas y pptidos ingeridos sufren un proceso de hidrolizacin por medio de enzimas
proteolticas (secretadas por el estmago, pncreas e intestino delgado) en el tracto
gastrointestinal. Despus de la accin de las enzimas los aminocidos quedan libres y son
absorbidos y transportados a la corriente sangunea por medio de la que llegan al hgado donde
ocurre su metabolismo y distribucin.
Las protenas endgenas tambin se degradan despus de un tiempo y adquieren unas seales
que van a indicar a las enzimas de degradacin cuando deben comenzar su proceso.
Los aminocidos libres que provienen de este proceso de digestin de las protenas son
absorbidos por las paredes del intestino y conducidos por medio del sistema porta-heptico. Una
vez que llegan al hgado, a travs de la corriente sangunea, son distribuidos por las clulas para
su posterior utilizacin.
Implicaciones funcionales de los aminocidos
En los perodos en que el organismo atraviesa crisis funcionales (desnutricin aguda o crnica,
traumatismos o trastornos articulares y/o musculares, alteraciones en el tracto gastrointestinal,
hepatitis, afecciones renales, deficiencias cerebrales o nerviosas, etc.) o demandas extras por
razones mecnicas (atletas, etc.) o cerebrales (estrs, exmenes, etc.) se produce aumento en el
consumo de los aminocidos, por lo que muchas veces conviene completar la dieta habitual por
medio de la administracin exogna de los mismos.
Por las mismas razones, la ingesta de alimentos que contienen aminocidos significa adems un
extraordinario recurso preventivo, por cuanto incorpora al organismo mecanismos de
fortalecimiento ante previsibles compromisos extra, sean stos derivados de circunstancias
especiales o de inevitables decadencias de las funciones orgnicas derivadas de la edad.
Tambin existe otros aminocidos pero son poco frecuentes, son derivados de los aminocidos
corrientes. Entre ellos encontramos a la 4-hidroxiprlina e hidroxilisina presentes en el colgeno y
de la desmosina e isodesmosina presentes en la protena fibrosa elastina.
Por otro lado tambin estn los aminocidos no proteicos que son un grupo formado por 150
aminocidos. Se presentan en diferentes clulas y tejidos en forma libre o combinada, pero nunca
en las protenas y actan como precursores en el metabolismo. Por ejemplo, la b-alanina,
precursor de la vitamina cido pantotnico, la homocisteina y homoserina, intermediarios en el
metabolismo de los aminocidos. La citrulina, ornitina, cido-g-aminobutrico, D-alanina, D-serina.
En hongos y plantas superiores abundan la canavanina y la b-cianolanina.
Por otro lado, los aminocidos se pueden clasificar siguiendo varios criterios en funcin de sus
propiedades qumicas y fsicas.
Podemos seguir aadiendo aminocidos al pptido, pero siempre en el extremo COOH terminal.
Para nombrar el pptido se empieza por el NH 2 terminal por acuerdo. Si el primer aminocido de
nuestro pptido fuera alanina y el segundo serina tendramos el pptido alanil-serina.
Un tripptido.
Podramos pensar que una protena puede adoptar miles de conformaciones debidas al giro libre
en torno a los enlaces sencillos. Sin embargo, en su estado natural slo adoptan una nica
conformacin tridimensional que llamamos conformacin nativa; que es directamente responsable
de la actividad de la protena.
Esto hizo pensar que no poda haber giro libre en todos los enlaces; y efectivamente, mediante
difraccin de Rayos X se vio que el enlace peptdico era ms corto que un enlace sencillo normal,
porque tiene un cierto carcter (60%) de enlace doble, ya que se estabiliza por resonancia.
Por esa razn no hay giro libre en torno a este enlace. Esta estabilizacin obliga a que los 4
tomos que forman en enlace peptdico ms los dos carbonos que se encuentran en posicin a
(marcado con a en la ilustracin) con respecto a dicho enlace, se encuentren en un plano paralelo
a ello:
Enlace peptdico.
Esta ordenacin planar rgida es el resultado de la estabilizacin por resonancia del enlace
peptdico. Por ello, el armazn est constituido por la serie de planos sucesivos separados por
grupos metileno sustituidos. Esto impone restricciones importantes al nmero posible de
conformaciones que puede adoptar una protena.
El O carbonlico y el hidrgeno amdico se encuentran en posicin trans (uno a cada lado del
plano); sin embargo, el resto de los enlaces (N-C y C-C) son enlaces sencillos verdaderos, con lo
que podra haber giro. Pero no todos los giros son posibles.
Si denominamos "" al valor del ngulo que puede adoptar el enlace N-C, y "" al del enlace CC, slo existirn unos valores permitidos para y ; y depender en gran medida del tamao del
grupo R.
Se producen nuevamente restricciones al giro libre, debido a las caractersticas de los grupos R
sucesivos.
En las protenas, los aminocidos estn unidos uno seguido de otro, sin ramificaciones, por medio
del enlace peptdico, que es un enlaceamido entre el grupo -carboxilo de un aminocido y el grupo amino del siguiente. Este enlace se forma por la deshidratacin de los aminocidos en cuestin. Esta
reaccin es tambin una reaccin de condensacin, que es muy comn en los sistemas vivientes:
Tres aminocidos pueden ser unidos por dos enlaces peptdicos para formar un tripptido,
de manera similar se forman lostetrapptidos, pentapptidos y dems.
Los enlaces peptdicos no se rompen con condiciones que afectan la estructura tridimensional de
las protenas como la variacin en la temperatura, la presin, el pH o elevadas concentraciones
de molculas como el SDS (dodecil sulfato de sodio, un detergente), la urea o las sales
de guanidinio. Los enlaces peptdicos pueden romperse de manera no enzimtica, al someter
simultneamente a la protena a elevadas temperaturas y condiciones cidas extremas.
Cmo se nombra a los polipptidos?
Caractersticas del enlace peptdico.
El enlace peptdico es plano y por tanto no existe rotacin alrededor del enlace.
El enlace peptdico posee un carcter de doble enlace, lo que significa que es mas corto que un
enlace sencillo y, por tanto, es rgido y plano
Esta
caracterstica
previene
la
libre
rotacin
alrededor
del
enlace
entre
el
carbono carbonlico y el Nitrgeno del enlace peptdico. Aun as, los enlaces entre los
carbonos y los aminos y carboxilo, pueden rotar libremente; su nica limitacin est dada
por el tamao del grupo R. Es precisamente esta capacidad de rotacin la que le permite a las
protenas adoptar una inmensa gama de configuraciones.
Configuracin trans.
Los enlaces peptdicos generalmente se encuentran en posicin trans en lugar de cis y
esto se debe en gran parte a la interferenciaestrica (de tamao) de los grupos R cuando se
encuentran en posicin cis.
EL ENLACE PEPTDICO
El enlace peptdico (-CO-NH-) se representa normalmente como un enlace sencillo. Sin embargo, posee una
electronegativo que el oxgeno, el enlace C-O tiene un 60% de carcter de doble enlace mientras que el
enlace C-N tiene un 40%. Por tanto, los enlaces C-O y N-C del enlace peptdico tienen caractersticas
intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble. De hecho, las distancias interatmicas medidas en los
enlaces C-O y C-N son intermedias entre las del enlace sencillo y el doble enlace. Esta disposicin atmica
dipolar
del
enlace
Otra consecuencia importante de la resonancia es que incrementa la polaridad del enlace peptdico y se
establece un momento dipolar (Figura derecha de la tabla superior). Por este motivo, cada enlace peptdico
puede participar en dos puentes de hidrgeno. En uno de ellos, el grupo -NH- acta como donador de
hidrgeno y en el otro, el grupo -CO- acta como receptor de hidrgeno. Esta propiedad contribuye
El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin del enlace que une los tomos de C y N en el enlace
peptdico (Figuras central e izquierda de la tabla inferior). Esta rigidez del doble enlace limita las
posibilidades conformacionales de los pptidos. Existen dos configuraciones posibles (Figura derecha de la
tabla inferior):
Configuracin cis: los dos C se sitan del mismo lado del doble enlace
Configuracin trans: los dos C se sitan a distinto lado del doble enlace
Normalmente, la configuracin trans est favorecida. Slo en el caso de que el segundo AA del enlace peptdico
de
los
dos
enlaces
peptdicos
contiguos:
los
se
representan