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Posicionamiento del nucleosoma: Cmo se cre, y por qu es importante?

RESUMEN
Embalaje de los genomas eucariticos en la cromatina afecta a cada proceso que se produce en el ADN. El posicionamiento de los
nucleosomas sobre el ADN subyacente juega un papel clave en la regulacin de estos procesos, como el nucleosoma ocluye
secuencias de ADN subyacentes. En este artculo examinamos la literatura sobre las posiciones de nucleosomas cartografa en varios
organismos, y discutimos cmo nucleosoma se establecen posiciones, qu efecto posicionamiento nucleosoma tiene en el control de
la expresin gnica, y el tacto de las correlaciones entre los envases de la cromatina, la secuencia de evolucin, y la evolucin del gen
programas de expresin.
Introduccin
Molculas de ADN de los cromosomas eucariticos van desde
7,8 hasta 520 m de longitud para la levadura o 1.7 a 8.5 cm
para los seres humanos.Teniendo en cuenta el tamao de CLEI
nu levadura (2-6 m de dimetro) o ncleos de clulas animales
(20- 50 m de dimetro), los organismos eucariotas se enfrentan
a un problema de almacenamiento y envasado.Cualquier
persona que ha tenido que lidiar con una cuerda enredada o hilo
puede apreciar la importancia de los envases largas cadenas en
una forma manejable y accesible.ADN tiene que ser doblado en
una forma que permite el acceso a un subconjunto clave de
secuencias de ADN localizadas a lo largo de la molcula. As, en
lugar de doblar en una gran bola como hilo o cuerda, el ADN se
envuelve alrededor de miles de ncleos proteicos Bular glo y
termina parecindose a "cuentas de un collar" en micrografas
electrnicas.El "cordn" o nucleosoma es la unidad de embalaje
ms pequeo de la fibra de cromatina y consta de 147 pb de
ADN envuelto 1,65 vueltas alrededor de un octmero de histona
ncleo, que consta de dos H2A / H2B y heterodmeros H3 / H4 (
Luger et al., 1997 ) .Los nucleosomas se ensamblan ms en
diversas estructuras de orden superior que potencialmente
pueden ser desenvolvi un s necesario (para revisin ver Luger y
Hansen (2005) ).
Dcadas de estudios de un solo gen han confirmado la nocin
intuitiva de que dependiendo de si se encuentran en el
nucleosoma o en el ADN enlazador entre nucleosomas,
secuencias de ADN pueden ser ms o menos accesibles a la
transcripcin, la reparacin del ADN o maquinaria de
recombinacin de ADN ( Boeger et al ., 2008; Durrin et al., 1992;
verde y Almouzni, 2002; Kamakaka y Thomas, 1990; Roth y
Roth, 2000 ).Adems de su papel en el empaquetamiento del
ADN, la disposicin de los nucleosomas a lo largo de una
secuencia de ADN es por lo tanto tambin un mecanismo de
regulacin
que infl uencias la expresin de genes y otros procesos del ADNdepen-Dent.Desentraar las reglas y los factores que determinan
cmo se posicionan los nucleosomas y la forma en que la in fl
uencia actividad de los genes y la evolucin es una de las
cuestiones centrales de la biologa actual.Con la implementacin
de alto rendimiento escala genmica tcnicas experimentales
que ahora estamos empezando a definir los principios generales
que guan posicionamiento nucleosoma y las formas
nucleosomal organizacin afecta los procesos de ADN.
Posicionamiento nucleosoma sobre los genes a
travs de muchos organismos diferentes

Durante los ltimos cinco aos, un creciente nmero de


estudios han hecho uso de las tecnologas genmicas para
mapear los nucleosomas a travs de los genomas de organismos
que van desde la levadura en ciernes para los humanos (
Johnson et al, 2006;. Mavrich et al, 2008a, b;. Schones et al.,
2008; Valouev et al., 2008; Whitehouse et al., 2007; Yuan et al.,
2005 ).Brevemente, la cromatina reticulada se digiere a
mononucleosomes utilizando nucleasa micrococcal, que digiere
preferentemente ADN enlazador y deja nucleosomal DNA
intacto.Se aisl el ADN Protegida, y fragmentos nucleosomal se
ensayan ya sea por baldosas de microarrays o ultra alto
rendimiento de secuenciacin.
Estos estudios nos han proporcionado una imagen de la
estructura de la cromatina en muchos organismos, ms
ampliamente levadura. En primer lugar, y quizs lo ms
sorprendente que la mayora de es nucleosom
en la levadura son "bien posicionada", lo que significa que el
nucleosoma se coloca en el mismo lugar en todas las celdas de
la poblacin.Variabilidad posicional es, por supuesto, una
caracterstica cuantitativa, pero en la literatura autores menudo
se refieren a "bien localizada" nucleosomas cuando la desviacin
estndar en el posicionamiento del centro de nucleosoma es del
orden de 10-20 pb, que corresponde a la variabilidad en el
extensin de la digestin MNase
del nucleosoma
extremos.Posicionamiento nucleosoma es globalmente ms varia
ble en los organismos multicelulares, pero sin embargo, un
subconjunto de sus nucleosomas est bien posicionada, y la
ubicacin de estos nucleosomas bien posicionadas proporcionar
pistas sobre los mecanismos que determinan el posicionamiento
nucleosoma (ver ms abajo).La alta variabilidad er observada de
posicionamiento nucleosoma en los organismos multicelulares no
es slo debido a la diferencia de posicionamiento nucleosoma en
diferentes tipos de clulas, como el mismo nivel de variabilidad
se ha observado en las poblaciones de clulas relativamente
homogneos tales como clulas T CD4 +.
Estudios de todo el genoma tambin proporcionan una vista
de las posiciones de nucleosomas en un gen tpico ( Fig. 1 ).Las
regiones promotoras se agotan general de nucleosomas relativos
a transc regiones Ribed.Las llamadas "regiones-nucleosomas
libres" (NFR) se localizan justo aguas arriba del sitio de inicio de
transcripcin (TSS).Este patrn se encuentra en la levadura (
Albert et al., 2007; Kaplan et al., 2009; Mavrich et al, 2008a.;
Whitehouse et al., 2007; Yuan et al., 2005 ), gusanos ( Johnson
et al, 2006;.. Valouev et al, 2008 ), medaka ( . Sasaki et al,
2009 ), moscas ( Mavrich et al, 2008b. ) y los humanos ( Ozsolak

et al, 2007;.. Schones et al, 2008 ).La primera nucleosoma aguas


abajo de la TSS (el nucleosoma + 1) est fuertemente localizada,
y los nucleosomas en el extremo 5 'de un gen son generalmente
mejores que localiza-nucleosomas en el medio de genes.Un NFR
en el extremo 3 'de los genes con un nucleosoma localizada
inmediatamente aguas arriba de la misma ha sido tambin
identificado tanto en levaduras ( Mavrich et al, 2008a.;
Shivaswamy et al., 2008 ) y las moscas ( Mavrich et al., 2008b
).Interest-vez ms, la posicin de TH e 1 nucleosoma en relacin
con TSS parece variar en diferentes organismos y puede reflejar
diferencias en los mecanismos reguladores de la transcripcin, o
en la maquinaria de transcripcin ncleo tal como TFIIB ( Jiang y
Pugh, 2009; Li et al. , 1994 ).El centro de la levadura + 1
nucleosoma se encuentra ~ 50 -60 pb aguas abajo de la TSS, de
tal manera que la transcripcin comienza tpicamente alrededor
de 10 bases en la primera nucleosoma ( Mavrich et al, 2008a;.
Whitehouse et al., 2007; Yuan et al ., 2005 ).Por el contrario, en
Drosophila el centro de la 1 nucleosoma se encuentra 135 pb
aguas abajo de la SAT, lo que significa que la er bord aguas
arriba del nucleosoma est situado a unos 60 pb aguas abajo de
la SAT ( Mavrich et al., 2008b ).Curiosamente, el 1 nucleosoma
se desplaza 10 pb aguas abajo en los genes con pausa d ARN
polimerasa.Un fenmeno relacionado tambin se ha observado
en clulas T humanas, donde se encuentra el extremo 5 'de la 1
nucleosoma en 40 pb de la SAT en los genes con el alargamiento
de ARN Pol II y en + 10 pb en genes inactivos con estancado
ARN Pol II, lo que sugiere un papel para la ARN polimerasa en la
conformacin del paisaje de la cromatina (ver determinantes
trans de nucleosoma posicin ing ) ( Schones et al., 2008 ).
Esta estructura de la cromatina promotor cannica (-1
nucleosoma / NFR / + 1 nucleosoma) se encuentra en los genes
"limpieza", tales como aquellas protenas e ncoding gliclisis y
ribosomal, y la anchura NFR se correlaciona algo con los niveles
de transcripcin en la levadura.Por el contrario, los genes de
respuesta a estrs, cuyos promotores son enriquecido para cajas
TATA y estn regulados por el complejo SAGA ( Basehoar et al,
2004;. Huisinga y Pugh, 2004 ), son ms propensos a tener una
estructura de la cromatina promotor no cannica con un NFR
disminuida, a menudo debido a los nucleosomas deslocalizados
que cubren parcialmente el promotor ( Albert et al., 2007; Choi y
Kim, 2009; Field et al., 2008; Tirosh y Barkai, 2008b ).La
estructura romatin ch no cannica de estos promotores no es
probablemente debido a la inactividad de la transcripcin sino
que es secundaria a la falta de secuencias de nucleosoma
excluyendo tales como poli (dA / dt) (ver ms abajo), y tambin
puede estar vinculado a la distinta mecanismos de regulacin en
el trabajo E n estos genes.Curiosamente, los genes que contiene
la caja TATA-de Drosophila tambin muestran una organizacin
nucleosoma no cannica ( Mavrich et al., 2008b ), lo que sugiere
que la divisin de los genes en dos clases con estructuras de
cromatina distintas promotoras - limpieza genes y genes de
respuesta al medio ambiente - puede ser una caracterstica
conservadas evolutivamente.
determinantes cis de posicionamiento nucleosoma

La organizacin nucleosomal notablemente uniforme y


conservada de promotores de genes plantea la pregunta: qu
determina las posiciones de nucleosomas en todo el genoma?
Son posiciones nucleosoma-primar ily "codificada" en la
secuencia de ADN (factores cis) o son una consecuencia de la
actividad reguladora de remodeladores de la cromatina, los
factores de transcripcin y la maquinaria de transcripcin
(factores trans)?
Como corresponde a un factor de envases en general, la
histona octmero tiene poca preferencia uencia siguientes en el
sentido clsico de tener un motivo de unin.Sin embargo, la
restriccin de tener que envolver ADN casi dos veces alrededor
de una pequea octmero de protenas (dimetro del
nucleosoma es mucho ms corta que la longitud de ~ 50 nm
persistencia de ADN libre en solucin) significa que la energa
requerida para doblar una secuencia genmica dada hace
influencia la afinidad de unin del octmero de histona (
Thastrom et al., 1999 ).Dado que las propiedades estructurales
de ADN, tales como capacidad de flexin local depender de
secuencia de ADN, se podra esperar que la secuencia de ADN
contribuir al menos parcialmente a posicionamiento
nucleosoma. El s tructura de secuencias poli-dA / dT se
diferencia de la doble hlice cannica ( Nelson et al., 1987 ) y se
presume que ser resistente a las distorsiones necesarias para
envolver alrededor de los nucleosomas ( Iyer y Struhl, 1995;
Kunkel y Martinson, 1981; Segal y Widom, 2009; Sekinger et al.,
2005 ).A la inversa, las secuencias con dinucletidos AA / TT / TA
espaciados a 10 pb int ervals estn intrnsecamente flexible y por
lo tanto se unen el octmero con mayor afinidad que secuencia
aleatoria ( Anselmi et al., 1999; Thastrom et al., 1999; Trifonov,
1980 ).Una demostracin en yente del papel para la secuencia
en el dictado de estructura de la cromatina fue el informe del
grupo Struhl que la reconstitucin in vitro del promotor de HIS3
en la cromatina recapitula algunos aspectos de la estructura de la
cromatina in vivo de que el promotor ( Sekinger et al., 2005 ).
Higo. 1.Posicionamiento Osome Nucle en un gen
tpico.Nucleosomas gris rojo y son fuertemente y dbilmente
posicionados, respectivamente. Nucleosomas Magenta en
ocasiones se colocan por la secuencia de ADN.
Recientemente, varios grupos han abordado la cuestin de
posicionamiento
nucleosoma
secuencia
impulsada
computacionalmente al tratar de extraer-nucleosomas que
favorecen y nucleosomas excluyendo motivos de secuencias de
ADN a partir de las posiciones de nucleosomas in vivo (
Ioshikhes et al., 2006; Peckham et al., 2007; Segal et al., 2006;
Yuan y Liu, 2008 ).La estrategia general que se utiliza en estos
estudios fue identificar cias SEQU de ADN que han posicionado
fuertemente nucleosomas in vivo y luego utilizar estas
secuencias como un conjunto de entrenamiento para calcular
ADN comn patrones de secuencia de segmentos de ADN
nucleosomal.Los identi ficado nucleosomal motivos de secuencia
de ADN se utilizaron para predecir las posiciones de
nucleosomas en otras partes del genoma y las predicciones se
compararon con mapas de posicin nucleosoma disponibles.

Ioshikhes et al. (1996, 2006) utiliz un entrenamiento conjunto


de
200
secuencias
de
levadura
en
ciernes
nucleosomas.Obtuvieron una secuencia de posicionamiento
nucleosoma (NPS) de AA y TT dinucletidos que ocurre en 10
frecuencias pb, reflejando unos a otros con un gradiente desde el
5 'al extremo 3' del nucleosoma para AA y (por supuesto) de 3 'a
5 'para dinucletidos TT.Luego buscaron correlaciones a este
archivo
pro
NPS
en todo el genoma de la levadura ( Ioshikhes et al., 2006
).Distribucin de fuentes de energa nuclear en el TATA-menos
genes es bastante uniforme, que muestra la correlacin ms alta
con 1 y -1 nucleosomas y poca o ninguna correlacin ms all de
los 3 y -2 leosomes Nuc.En vivo regiones nucleosomas libres
tuvieron la anticorrelacin fuerte con NPS ocurrencia. Por otro
lado, TATA que contienen promotores agrupados en tres grupos
que se distinguen por la posicin de la NPS / antiNPS / NPS
motivo en relacin con TSS. Genes SAGA-mentarias
RELAClONADAS tienden a tener la caja TATA en un nucleosoma
previsto, lo que sugiere que el reposicionamiento nucleosoma es
probable que desempee un papel en la regulacin de estos
genes (vase ms adelante).
Segal et al. (2006) utilizaron un conjunto de entrenamiento
diferente de Ioshikhes et al., comenzando con 199 bien
posicionadas nucleosomas S. cerevisiae.Tambin en este caso,
el anlisis de la distribucin dinucletido revel una periodicidad
de 10 pb de AA / dinucletidos TT / TA, con un ce abundan de AA
/ TT / TA encontr hacia el nucleosoma bordes, lejos del eje
diada del nucleosoma.Periodicidad similar tambin se observ en
177 nucleosomas de pollo natural y en las secuencias aisladas
de nucleosomas reconsti-tuido a partir de ADN al azar sintetizado
en v i tro.Un modelo probabilstico que incorpora frecuencias de
dinucletidos fue generado, y se utiliza para escanear el genoma
de la levadura. En consonancia con las conclusiones de
Ioshikhes et al, los autores predijeron que el + 1 nucleosoma era
ms probable que otros nucleosomas se coloquen por seales
de secuencia pronucleosomal.Sin embargo, a diferencia de otros
modelos, este modelo no predijo ninguna contribucin de
secuencias de nucleosomas-excluyendo a la formacin de NFR.
Curiosamente, la frecuencia de AA / TT / TA fue la ms alta 10 y
20 pb de la dada en nucleosomas sintticos, en contraste con
los nucleosomas naturales donde la frecuencia ms alta fue en
los extremos de la nucleosoma (vase, por ejemplo Mavrich et al.
(2008a) ).La discrepancia betwe en in vitro e in vivo nucleosomas
sugiere que las histonas in vivo no "eligen" la secuencia ms
favorable, es decir, en vivo nucleosomas no siempre ocupan los
lugares ms estables.
En general, Segal et al. informaron de que sus predicciones
de itions pos de nucleosomas, que incluan nucleosomas
predecir a partir de secuencias de pronucleo Somal as como
nucleosomas posicionados por in silico embalaje genoma
restante con nucleosomas, eran una precisin de 35 pb para ~
45% de los nucleosomas en vivo.Es importante tener en cuenta,
sin embargo, que las predicciones aleatorias capturan N 30% de
nucleoprotenas algunas posiciones dentro de esta distancia.Por
lo tanto, es mucho ms exacto decir que las secuencias

"pronucleosomal" representan significativamente menos del 15%


(menos porque muchos en posiciones vivo captadas por el
modelo fueron nucleosomas posicin correcta en base a su
proximidad a un nucleosoma secuencia dirigida) de las
posiciones de nucleosomas observado in vivo.
En contraste con el anlisis de frecuencia de dinucletido de
los dos estudios anteriores, Peckham et al. (2007) busc
distribuciones k-mer (k = 1 a 6) en el ao 1000 ms goleador y
1000 ms nucleosomas de puntuacin del Yuan et al. (2005)
conjunto de datos.Ellos encontraron que AT o GC rica k-tarios
resultaron ser en la inhibicin de nucleosoma o secuencias de
nucleosomas-favoreciendo, respectivamente. Sin embargo, slo
un subconjunto de posiciones nucleosomas podra predecirse
mediante la puntuacin km distribucin er.Por los autores
estiman, slo el 22% - 25% posiciones nucleosomas se debieron
a una seal de secuencia de ADN.Por ltimo, Yuan y Liu (2008)
calculan la ocurrencia de p seales dinucletidos eriodic dentro
nucleosomal y enlazador secuencias y se utilizan los puntajes
obtenidos para predecir las posiciones de nucleosomas.Peckham
et al. y los mtodos de Yuan y de Liu para anotar secuencias
nucleosomal, aunque diferentes, tenan una tasa de prediccin
succe s s similar y estaban mejor que Segal et al. y Ioshikhes et
al, probablemente porque Peckham y Yuan incluye secuencias
de engarce en su anlisis.En consonancia con esto, un modelo
ms reciente de Segal y sus colegas ( Field et al., 2008 ) incluye
secuencias antinucleosomal, y realiza mucho mejor sobre
regiones-nucleosoma empobrecido (vase ms adelante).
A pesar de que ninguno de estos mtodos a nivel mundial
poda predecir las posiciones de nucleosomas, dos
comunicaciones sobre temas son evidentes: (1) nucleosomas
claramente tienen cierta preferencia secuencia in vitro.En vivo sin
embargo, la secuencia de ADN es probablemente el elemento de
posicionamiento dominante para slo un pequeo subconjunto
de los nucleosomas en el genoma; ms comnmente los 1 y -1
nucleosomas alrededor DST; (2) AT-ricos secuencias son buenos
predictores de regiones-nucleosoma empobrecido, que son
particu-larmente enriquecidos para carreras homopolimricas de
A o T ( Field et al, 2008;. Yuan et al., 2005 ).La mayora de los
mtodos eran mejor para predecir las regiones nucleosomas
empobrecido que en la prediccin de la localizacin de los
nucleosomas, lo que sugiere que la secuencia de ADN es ms
comnmente utilizado para excluir nucleosomas de regiones
especficas (tales como promotores) en lugar de nucleosomas de
posicin en las regiones ricas de nucleosomas.
Recientemente, la idea de que la secuencia genmica dirige in
vivo estructura de la cromatina ha sido probado de forma
explcita geno me-amplia en la levadura a travs de la
reconstitucin in vitro de ADN genmico en octmeros
histonas.Despus de recon-Constitucin de los nucleosomas en
puri ficado ADN genmico de levadura, se aislaron los
nucleosomas y caracterizados por secuenciacin de profundidad,
y este mapa nucleosomal in vitro se compar con el mapa in vivo
( Kaplan et al., 2009 ).La correlacin global entre los dos mapas
fue de 0,74, lo que indica que gran parte de la organizacin
nucleosomal en el genoma de la levadura es de hecho debido a

factores cis.En vivo e in vitro 3 'perfiles NFR son prcticamente


superponibles, pero in vivo 5' NFR muestran un mayor grado de
agotamiento nucleosoma que los in vitro, lo que sugiere un papel
ms para las protenas en el agotamiento promotor
nucleosoma.Se encontraron Motifs que diferan en su in vitro e in
vivo los niveles de ocupacin, incluyendo motivos para Abf1, Reb
1, y Rap1, que son protenas cuyas unidades de unin
nucleosoma desalojo de un subconjunto de 5 'NFR (ver
determinantes trans de posicionamiento nucleosoma ).
Mientras que la correlacin entre la in vitro e in vivo mapas es
bastante alto, la mayora de esta correspondencia parece ser
debido a la exclusin nucleosoma in vitro en 5 'y 3' de genes
causadas por poli (antinucleosomal / dt DA) secuencias - un
importante El anlisis de las contribuciones pronucleosomal sera
calcular el coeficiente de correlacin entre la in vitro e in vivo los
mapas slo sobre los cuerpos de genes, descontando el papel
dominante de poli (dA / dT) en estos mapas.De hecho, una fuerte
evidencia contra un papel dominante para pronucleosomal
secuencias com es de la observacin de que los promedios
alineados TSS de perfiles cromatina in vivo revelan una fuerte
posicionado 1 nucleosoma aguas abajo de la NFR ( Field et al,
2008;.. Kaplan et al, 2009; Mavrich et al, 2008a, b.; Yuan et al.,
2005 mientras que la media correspondiente in vitro demuestra
una NFR fuerte pero no posicionado + 1 nucleosoma (), Kaplan
et al., Fig. 4a).As, mientras que hay claramente algunos
enriquecimiento estadstico de ADN intrnsecamente flexible que
se correlaciona con in vivo posiciones nucleosomas, in vivo este
parece desempear un papel muy pequeo en el
posicionamiento de la traduccin de los nucleosomas. En lugar
de ello, tiene en ser sugerido ( Jiang y Pugh, 2009;. Mavrich et al,
2008a ) que la periodicidad dinucletido detectado en varios
estudios computacionales contribuye a la rotacin itioning pos de
nucleosomas, y que en lugar de la secuencia, los factores trans
juegan el papel ms importante en la colocacin del centro de la
nucleosoma dentro de ~ 5 pb.La direccin de curvatura intrnseca
entonces dictar el (1 pb) Posicin nucleosomal precisa y corr
ESPONDER importante exposicin hlice ranura.
Anlisis de secuencias de mapas de la cromatina de otros
organismos devuelve resultados muy similares en trminos de
firmas periodicidad dinucletido, pero sugieren que las regionesnucleosomas libres de programacin a travs de la exclusin lik
nucleosoma ely slo ocurre en un subconjunto de los
organismos.Por ejemplo, el anlisis de 4-dores agotados de
nucleosomas aislados de C. elegans revel AAAA, entre otras 4dores ( Valouev et al., 2008 ).De hecho, el anlisis in vivo de C.
elegans datos utilizando los datos de reconstitucin in vitro a
partir de ADN genmico de levadura mostr una correlacin de
0,6 entre los niveles de 5-mer nucleosoma de ocupacin en vitro
y la ocupacin nucleosoma in vivo ( Kaplan et al., 2009 ), y, como
se seal anteriormente, esta correlacin es impulsado en gran
medida por la exclusin nucleosoma polyA-dependiente.A la
inversa, una variedad de motivos de secuencia-nucleosoma
ocupada y nucleosomas empobrecido fueron descritos por Pugh
y sus colegas en D. melanogaster ( Mavrich et al., 2008b ), pero
mientras que muchos de los motivos de nucleosomas

empobrecido contena carreras de A (como el motivo jorobado),


poli per se no fue identifi cado.En los seres humanos, las
regiones de nucleosomas-agotado se producen aguas arriba de
los genes transcritos ( Ozsolak et al, 2007;.. Schones et al,
2008 ), pero son poco comunes en genes no inducidas, all en
lugar correlacionan con la presencia de la maquinaria
transcripcional en el promotor.Estos datos sugieren que
constitutiva, o "programado", regiones nucleosomas libres
pueden desempear un papel menos importante en la cromatina
de los mamferos que lo hacen en los organismos "inferiores".De
hecho, el anlisis de la presencia o ausencia de desfavorable (de
multados a partir de datos de levaduras) secuencias 5-mer tales
como AAAAA en nucleosomas secuenciado a partir de muchos
organismos indica un fuerte papel para las secuencias de
antinucleosomal en la levadura y los gusanos, pero demuestra
que estas secuencias desempean un significativamente papel
menos importante en el pollo, volar, y la cromatina humana (ver
Field et al., (2008) , la Fig. 5, columna 2).
En total, se concluye que la exclusin nucleosoma por poli (dA
/ dT) secuencias de promotores y sitios de terminacin de la
transcripcin acta como una fuerza importante la configuracin
del paisaje de la cromatina en levaduras y gusanos. Ms all de
exclusin nucleosoma, hay algo de papel en las secuencias de
intrnseca- mente flexible con 10 pb AA / AT / TT periodicidad en
nucleosomas de posicionamiento (aunque en los mamferos y
vuela GC / CG / CC / GG periodi-ciudad parece estar
correlacionada con mejor in vivo posicionamiento nucleosoma (
Kogan et al, 2006;.. Mavrich et al, 2008b )).Para el caso mejor
estudiado en la levadura, creemos que los resultados favorecen
la interpretacin-cin que las periodicidades de dinucletidos
observados operan ms en el nivel de posicionamiento rotacional
constitut ng lugar de posicionamiento de traslacin.Sin embargo,
la mayora de los nucleosomas en vivo en la levadura son bien
ubicado, planteando la cuestin de lo que posiciona a la mayora
de los nucleosomas no colocados por secuencias flexibles de
unin fuerte.
Los primeros anlisis de los nucleosomas, o "difusos"
deslocalizados, revel que stos se enriquecen en lugares
distantes de los promotores ( Yuan et al., 2005 ), y de hecho
variabilidad en incrementos de nucleosomas de posicionamiento
con aumentar la distancia desde NFR ( Mavrich et al., 2008a
).Estos hallazgos son consistentes con el modelo de barrera para
el posicionamiento de los nucleosomas estadstica, primero
propuesto por Kornberg y Stryer (1988) .Segn este modelo, las
barreras situadas a lo largo del cromosoma evitar la unin
nucleosoma, y nucleosomas se embalan entre estas barreras en
algn espaciamiento medio que varie s entre los organismos y
entre tipos de clulas ( Van Holde, 1989 ).Dado que slo hay
tantas maneras cinco nucleosomas se pueden colocar en 850
pares de bases del genoma (por ejemplo), aparecern los cinco
nucleosomas relativamente bien posicionados a pesar de no hay
fuertes preferencias de secuencia para cualquiera de los 850
pb.Otra consecuencia de esta idea es que los nucleosomas
aguas arriba y aguas abajo de la corriente de la ba rrier vuelven

menos y menos bien posicionadas la distancia ms lejos de la


barrera que reciben, que es de hecho observado in vivo.
Las barreras pueden ser secuencias de nucleosomas
excluyendo como NFR ricos AT-nucleosomas, fuertemente
secuencia ubicado, o protenas de unin al ADN (tales como
factores de transcripcin) unidos a secuencias especficas.El
modelo predice que la barrera en los genomas con distancias
cortas entre barreras, como la levadura, slo un subconjunto de
posiciones nucleosomas (o regiones de barrera) necesita ser
codificada en la secuencia de ADN, y nucleosomas que rodean
estos iones locat "ancla" aparecer bienestar localizada debido a
la posicin estadstica.De esta manera, a pesar de que la
mayora de los nucleosomas en el genoma estn bien
posicionados, slo unos pocos de esos puestos se puede
predecir a partir de anlisis de secuencias de ADN, como se ve
en la gran cantidad de estudios sobre este tema descrito
anteriormente.En consonancia con estas ideas, ~ 60% de los
nucleosomas levadura son bien posicionada. Por el contrario,
muchos menos nucleosomas estn bien posicionados en las
clulas humanas ( Schones et al., 2008 ), donde el tamao
masiva de genes resultados en mucho ms espacio entre los
posibles obstculos situados en promotores, potenciadores,
aisladores, y otra re regiones gulatorio.Al igual que en la
levadura, los nucleosomas bien posicionadas ocurren cerca de
elementos reguladores en clulas humanas ( Fu et al., 2008;
Schones et al., 2008 posicionamiento decae al aumentar la
distancia de estas barreras putativos (), y Fu et al., 2008 ).A
pesar de esta masa de c onsistent informacin experimental, en
modelos in silico que incorporan expresamente embalaje ( Field
et al, 2008;.. Segal et al, 2006 ) todava no predecir
correctamente la mayor parte de los puestos de nucleosomas (
Kaplan et al., 2009 sugiere o bien que los modelos de embalaje
deben ser refi ned, o por el contrario que los factores de
posicionamiento trans dominan-cin de posicin global),.Como
un aparte interesante, ya que la longitud de repeticin vara entre
los organismos, e incluso entre los tipos de clulas (y se ve
afectada por factores de ensamblaje de la cromatina), es fcil ver
cmo la misma secuencia de ADN puede ser empaquetado de
forma diferente en diferentes tipos de clulas en funcin de su
distancia desde una barrera y la longitud de repeticin local en el
tipo de clula en cuestin.
En resumen, es evidente que el establecimiento de regiones
nucleoso me-libres por tieso, antinucleosomal poliA se extiende
es un motor importante de la arquitectura de la cromatina en la
levadura y probablemente gusanos.Los nucleosomas
posicionados por pronucleosomal, secuencias flexibles
intrinsically- tambin ocurren en los genomas eucariotas, y jugar
algunos ro le en la colocacin de un pequeo subconjunto de los
nucleosomas. Finalmente, los estudios de mapeo de todo el
genoma son bastante consistentes con las predicciones de
posicionamiento estadstica, aunque las pruebas definitivas de
esta idea an no se han llevado a cabo.
determinantes trans de posicionamiento nucleosoma
El xito modesto de los algoritmos de posicionamiento
nucleosoma secuencia impulsada por puntos a la implicacin de

factores trans en el posicionamiento de una fraccin no puede


signifi de los nucleosomas.Un claro ejemplo de esto es la
observacin de que in vitro reconstitutio n del promotor PHO5
utilizando slo las histonas y el ADN no recapitular el vivo
posicionamiento nucleosoma en, mientras que se requiere una
actividad dependiente de ATP en el extracto de levadura para
recrear el estado de la cromatina en vivo, demostrando un papel
clave para factores celulares en el posicionamiento in vivo de los
nucleosomas en esta plantilla ( Korber y Horz, 2004 ).En
trminos generales, tres clases principales de factores trans han
sido implicados en itioning pos / ocupacin nucleosoma: (1)
factores de transcripcin ( de Shim et al., 1998; Taylor et al.,
1991; Varga-Weisz y Becker, 1995; Vettese-Dadey et al., 1994 ),
especialmente los abundantes reguladores multifuncionales
conocidos como "factores reguladores generales" (GRFS), como
Abf1 y Rap1 en S. cerevisiae; ( Yarragudi et al., 2004 , (2)
remodeladores de la cromatina (para revisin ver) Cairns (2005) )
y (3) la ARN polimerasa ( Field et al., 2008; Mavrich et al, 2008b.;
Schones et al., 2008; Yuan et al., 2005 ).
En la reconstitucin in vitro de genoma de la levadura en
nucleosomas revelaron que mientras ms sitios de unin de
factores de transcripcin estn intrnsecamente agotados de los
nucleosomas, varios motivos, incluidos los lugares para Reb1 y
Abf1 son ms nucleosoma-empobrecido en vivo que in vitro (
Kaplan et al., 2009 ).Por tanto, estos factores estn implicados
en la formacin de NFR en sus sitios de unin in vivo. De hecho,
cuando la temperatura sensibles Abf1 o Reb1 mutantes se
desplazan a las de ocupacin no permisivas aumentos
nucleosomas temperatura a los NFR de promotores con sitios
para Abf1 y Reb1 (unin Badis et al., 2008; Hartley y Madhani,
2009 ).El mecanismo de Abf1- y el agotamiento de nucleosoma
Reb1 mediada no est claro. Las protenas Abf1 acta como una
barrera que determina las posiciones de nucleosomas aguas
arriba y aguas abajo de su sitio de unin en el promotor RPS28A,
pero esto puede ocurrir en la ausencia de formacin de NFR - la
regin rica en T aguas abajo del sitio de unin Abf1 es la regin
necesaria para la formacin de la NFR en este promotor (
Lascaris et al., 2000 ).Por otro lado, Abf1 de unin puede
conducir la eliminacin de un nucleosoma bien posicionada en un
sustrato ficial arti episomal
in vitro ( Yarragudi et al., 2004 ).Desde Abf1 no tiene un dominio
ATPasa, es poco probable que se pueda quitar de forma activa o
nucleosomas diapositivas lejos de su sitio de hallazgo bi.En su
lugar, puede tomar ventaja de una cierta forma de nucleosomas
desenvolver para exponer su sitio; ya sea el volumen de
negocios ( Ahmad y Henikoff, 2002a, b; Dion et al, 2007;. Mito et
al., 2007 ) o desenrollado nucleosoma o "respiracin" ( Anderson
et al., 2002; Anderson y Widom, 2000; Anderson y Widom, 2001;
Poirier et al., 2008 ) es un candidato atractivo.El d istinction entre
Abf1 y la mayora de otros factores de transcripcin podra
entonces estar en su relativamente alta abundancia ( Choi y Kim,
2008; Newman et al., 2006 ), o tal vez una alta afi nidad por (o
una velocidad lenta fuera de) su unin sitios.Otros factores de
transcripcin abundantes que han sido implicados en la
remodelacin de la cromatina, tales como Rap1 y Reb1, pueden

utilizar un mecanismo similar para agotar promotores de


nucleosomas y facilitar as la unin de otros factores de
transcripcin necesarios para la activacin de genes ( Pal et al.,
2004; Yarragudi et al., 2004 ).Alternativamente, se demostr
recientemente que NFR donde me nucleoso de ocupacin
aumenta en mutantes condicionales de Reb1 o ABF1 son un
subconjunto de los NFR donde la ganancia nucleosoma se ve en
mutantes condicionales de la remodelador de la cromatina RSC
dependiente de ATP ( Hartley y Madhani, 2009 ), lo que sugiere
que tal vez Reb1 y actuar Abf1 para desalojar a los nucleosomas
en vivo a travs de la contratacin del complejo RSC.
A diferencia GRFs, remodeladores de cromatina tiene un
dominio ATPasa y utilizan la energa de hidrlisis de ATP para
deslizar lateralmente nucleosomas ( Fazzio y Tsukiyama, 2003;
Lomvardas y Thanos, 2001 ) o expulsarlos del ADN ( Boeger et
al., 2004; Cairns, 2005 ), entre otras actividades.Hay varias
clases de remodeladores de la cromatina, incluyendo SWI / SNF
(BAF), interruptor de imitacin (ISWI), INO80, SWR1 y Mi-2 /
CHD. En una fascinante estudio in vitro, remodeladores de la
cromatina se movieron nucleosomas a una de las cuatro
posiciones disponibles en la plantilla, pero la ubicacin especfica
elegida fue diferente para cada tipo diferente de remodelador (
Rippe et al., 2007 ).Por lo tanto, uno puede imaginar que slo un
subconjunto de secuencias potencialmente nucleosomafavoreciendo en el genoma ser ocupado por nucleosomas en un
momento dado, y los sitios o f nucleosomas ocupadas
distribucin depender de la accin local de remodeladores de la
cromatina.Cualquier promotor dado en consecuencia podra
adoptar, a travs de la accin de diferentes remodeladores de la
cromatina, varias arquitecturas nucleosomal que exponer u ocluir
factor de transcripcin t differen sitios de presagiar y afectar a la
expresin de genes de diferentes maneras.
RSC es un complejo de remodelacin de la cromatina de
levadura que pertenece a la clase SWI / SNF de remodeladores y
est implicado en la regulacin transcripcional de una amplia
variedad de genes. RSC se une a ~ 700 objetivos en el genoma
de la levadura, predominantemente sobre Pol III genes ( Damelin
et al., 2002; Ng et al., 2002 () y ms de un subconjunto de los
promotores de pol II, muchos de los que llevan un motivo de
secuencia especfica para la subunidad RSC3 Badis et al., 2008;
Damelin et al., 2002; Ng et al., 2002 ).En mutantes condicionales
de la RSC subunidad Sth1, aumenta ocupacin nucleosoma ms
de Pol III genes y la transcripcin cesa ( Parnell et al., 2008 ). En
cuanto a los genes pol II, RSC (como otros remodeladores de
cromatina) tiende a regular el subconjunto de genes de levadura
con cajas TATA, como TH e ocurrencia comn de la caja TATA en
el nucleosoma -1 requiere la regulacin por la cromatina
remodeladores para la exposicin TATA ( Basehoar et al., 2004
).Nucleosome nges cha posicionamiento sobre el agotamiento de
RSC en Pol II promotores son ms sutiles que los de Pol III
promotores, pero RSC ocuparon-promotores y NFR hacen ganar
ocupacin nucleosoma en caso de prdida de RSC ms de hacer
promotores no RSC ( Badis et al., 2008; Parnell et al., 2008 ).El
mecanismo para el aumento de la ocupacin nucleosoma parece
variar entre los promotores y consta de una combinacin de

nucleosoma deslizamiento, as como la unin por nuevos


nucleosomas.
Fundamentalmente, algunos remodeladores de cromatina
funcionan por nucleosomas de su secuencia "preferida" de
trasladarse a otra menos favorable.Isw2 es un remodelador de
cromatina levadura cuya principal funcin es reguladora como
represor.Trabajo elegante del laboratorio Tsukiyama mostr que
en el promotor POT1 funciones Isw2 para mover un nucleosoma
desde su sitio secuencia dirigida a un sitio desfavorecida hacia el
NFR ( Whitehouse y Tsukiyama, 2006 ).Este estudio de un solo
gen se extendi a todo el genoma, donde el mapeo de Isw2
mostr asociada con genes de ARNt, as como ~ 20% de los
genes de ARN Pol II ( Whitehouse et al., 2007 ).La comparacin
de los mapas de posicionamiento nucleosoma en todo el genoma
entre la naturaleza y tipo isw2 clulas mutantes revel que ~ 35%
de los objetivos con destino a Isw2 (~ 400 genes) fueron objeto
de detectar Chromat mediada Isw2 en la remodelacin. 1
nucleosomas se desplazaron hasta el 70 pb (15 pb promedio) de
la regin de NFR en las clulas mutantes, lo que sugiere que en
las clulas de tipo salvaje Isw2 inhibe la transcripcin mediante la
colocacin de los nucleosomas durante la SST y la NFR, donde
la mayora de los sitios de unin de la transcripcin fa ctor Estn
localizados.La misma tendencia se observ tambin en el
extremo 3 'de genes, con nucleosomas alejndose de la regin
intergnica hacia el extremo 3' de los genes diana en las clulas
isw2.Esto a menudo se produjo a genes en tndem orientadas
(en oposicin a convergente), lo que sugiere un papel potencial
para este reposicionamiento en el control cional trascripcin
antisentido.De hecho, surpris vez ms, reposicionamiento
mediada Isw2 de nucleosomas result para reprimir la
transcripcin antisentido no codificante posicionando
nucleosomas sobre los sitios de inicio de transcripcin crpticos
en estas regiones intergnicas.
Hemos tratado hasta ahora con factores trans que operan
aguas arriba de la transcripcin mediante la modulacin de
posicionamiento nucleosoma y la ocupacin. Sin embargo, como
se mencion anteriormente, el proceso de cinco
ry de la transcripcin por ARN polimerasas es una fuerza
importante para la conformacin de estructura de la cromatina (
Mavrich et al, 2008b.; Parnell et al., 2008; Schones et al.,
2008).En trminos generales, el ancho NFR se correlaciona con
el nivel de la transcripcin, y esto aparece en gran parte a ser el
resultado de desalojo de la -1 nucleosoma en genes transcritos
activamente-, mientras osomes nucle ms de las regiones de
codificacin son ms deslocalizada en las tasas de transcripcin
elevadas.En los pocos estudios en los nucleosomas han sido
mapeadas en un organismo antes y despus de aplicar algn
estmulo que cambia la transcripcin, se ha observado que los
cambios en la ocupacin nucleosoma predominan sobre los
cambios en las posiciones de nucleosomas ( Schones et al,
2008;. Shivaswamy et al. , 2008 ).
En los organismos multicelulares, diferentes tipos de clulas
se caracterizan por muy variables actividad transcripcional, que
se refleja en variada nucleosoma posicionamiento Profi les.Tal
vez esto se observa ms claramente en un estudio heroico de

Zhao y sus colegas, en el que nucleosoma posiciones fueron


asignadas por el Ing sequenc profunda en las clulas T CD4 +
antes y despus de la estimulacin con anticuerpos anti-CD28
anti-CD3 y ( Schones et al., 2008 ).El + 1 nucleosoma de los
genes expresados con alargando Pol II se encuentran en + 40 pb
aguas abajo de la SAT, mientras que los genes con estancado
Pol II tuvieron su + 1 nucleosoma + 10 pb aguas abajo de TSS.
Curiosamente, los genes inactivos sin Pol II no tenan
nucleosomas bien posicionados, aunque esto podra ser un
artefacto de insolubilidad, durante los procedimientos de
aislamiento de nucleosomas, de los nucleosomas asociados con
genes repr computan en los mamferos.Examina la de los cientos
de genes que cambian de expresin durante la estimulacin de
las clulas T revel que el principal cambio en la cromatina estru
magen en el mayor nivel de expresin fue, curiosamente, un
aumento de la ocupacin de la 1 nucleosoma.Esperamos
ansiosamente la reconciliacin de este resultado con la
ocupacin nucleosoma disminucin observada en los genes
altamente transcritas en levadura ( Shivaswamy et al., 2008 ).
Reorganizacin Nucleosoma en respuesta a estmulos no se
limita a las regiones promotoras. Por ejemplo, todo el locus
Drosophila Hsp70 muestra una rpida prdida de n ucleosomes a
choque trmico que es, sorprendentemente, independiente de la
transcripcin Hsp70 ( Petesch y Lis, 2008 ).La regin de
agotamiento nucleosoma se extiende por varias kilobases, y est
delimitada por scs y elementos aislantes scs '. Esta prdida
extensa nucleosoma inicial es necesaria para la activacin
completa de Hsp70 y depende de factores de transcripcin HSF
y GAF, y poli (ADP) ribosa polimerasa (PARP), que interacta
con el ADN y los nucleosomas ( Petesch y Lis, 2008 ).
Si bien hasta la fecha la mayor parte de lo que sabemos sobre
el papel del ARN polimerasa en la estructura de la cromatina in
vivo proviene de estudios en los que la transcripcional de salida
de una clula se reprograma por algn estmulo, es importante
tener en cuenta que la observacin de cambio de la cromatina
secundaria a cambio de la transcripcin no nee ssarily significar
que el ARN polimerasa en s (en oposicin a remodeladores,
etc.) es responsable de los cambios en la cromatina
estructura.Anticipamos que los futuros estudios in vivo en la
estructura de la cromatina empezarn a desentraar la
contribucin de pe polimerasa de ARN r se a partir de las
contribuciones de los muchos factores polimerasa asociada.
Posicionamiento nucleosoma y la regulacin de genes
Claramente, una serie de factores, que van desde la
secuencia de ADN a los complejos de protenas, afecta embalaje
nucleosoma en todo el genoma. Por supuesto, en r orde
para entender el papel de la cromatina en la biologa tambin
tenemos que hacer la pregunta inversa: cmo afecta el
posicionamiento nucleosoma procesos celulares como la
transcripcin?
Los nucleosomas clsicamente se han pensado para evitar el
factor de transcripcin vinculante a los motivos situados dentro
del nucleosoma, y para la mayora de los factores de
transcripcin esto parece ser cierto.In vivo, motivos de unin del

factor de transcripcin ms funcional estn en regionesnucleosoma libre ( Yuan et al., 2005 ), y los motivos que se
producen en el nucleosoma -1 parecen estar enriquecido en
lugares donde el surco mayor enfrenta lejos de la octmero (
Albert et al., 2007 ).Sin embargo, las excepciones a estos
principios generales tienden a tener consecuencias interesantes
para la regulacin de genes.
En primer lugar, como se ha descrito anteriormente, algunos
factores de transcripcin son capaces de remodelacin de
nucleosomas en la ausencia de factores adicionales.Elegante en
estudios in vitro desde el laboratorio Widom muestran que el
ADN situado cerca del punto del nucleosoma de entrada / salida
se disocia transitoriamente desde el octmero, exponiendo
cualquier ding bin
sitios subyacentes ( Anderson y Widom, 2000 ).Adems, la unin
de un factor de transcripcin a un sitio cerca del borde del
nucleosoma tambin fue demostrado para mejorar la
accesibilidad de los sitios er OTH hacia el centro del nucleosoma
( Polach y Widom, 1996; Vashee et al., 1998 ).Esto es
particularmente interesante, ya que la ocupacin nucleosoma
ms de dos motivos pueden th erefore hacer la unin de un
factor dependiente de la unin de la otra, incluso en ausencia de
cualquier interaccin directa entre los factores en ADN desnudo.
Un estudio reciente en clulas humanas osos en esta idea aqu,
un subconjunto de los promotores de NF- B-dependientes ha
demostrado ser regulada normalmente por la subunidad p65
incluso sin su dominio de activacin ( van Essen et al., 2009 ).En
lugar de activar directamente el gen, se requiere la DO principal
de unin al ADN de p65 por otros factores de transcripcin para
obtener acceso al promotor, creando as un promotor que era
NF- B-dependiente a pesar de no papel directo para el dominio
de activacin.Aunque no se muestra el mecanismo de este
involucrar desalojo nucleosoma o desenvolver, y podra, en
cualquier caso ser explicado por un complejo de remodelacin
reclutado, la cooperatividad inherente a tener dos motivos TF
dentro de la misma nucleosoma proporciona una hiptesis
atractiva para el mecanismo subyacente en este caso.
Otro caso elegante de posicionamiento nucleosoma que
afecta a la funcin de entrada para un gen proviene de promotor
de la -interfern humano.Aqu, un nucleosoma colocado sobre
la caja TATA se desliza aguas abajo tras la activacin de tres
factores de transcripcin diferentes - activacin de un solo factor
es insuficiente para activar este gen, como cada uno de los tres
desempea un papel en el reclutamiento de un factor diferente
requerida para el movimiento nucleosoma ( Lomvardas y Thanos,
2002 ).Lomvardas y Thanos (2002) cre un promotor modifi ed
con una secuencia pronucleosomal de unin fuerte en la posicin
donde el nucleosoma se desliza normalmente tras la
activacin.Este "deslizado" promotor, como un promotor
desnudo, era sensible a cualquiera de los tres factores de
entrada-cin trascripcin pertinentes.Por lo tanto, en este caso el
posicionamiento de la nucleosoma en el promotor cambia la
lgica reguladora de promotor de una puerta OR a una puerta Y
de tres factores ( Lomvardas y Thanos, 2002 ).

La idea general de que los factores de transcripcin y


nucleosomas compiten por la unin al mismo ADN tiene
implicaciones globales para la regulacin de la actividad gnica.
Como se mencion anteriormente, en la levadura y las moscas
TATA y genes no TATA se empaquetan de manera diferente, el
ingenio h promotores de TATA que contienen genes que son
generalmente ms ocupados por ncleo-somes.TATA que
contienen genes en la levadura se enriquecen de una variedad
de caractersticas relativas a los genes no TATA - 1) que son ms
propensos a ser sensibles a la mutacin de los reguladores de la
cromatina ( Choi y Kim, 2008; Tirosh y Barkai, 2008b ), 2) por lo
general son el estrs de respuesta en lugar de "limpieza" (
Basehoar et al., 2004 ), 3) Muestran aumentaron la plasticidad de
la transcripcin y sus patrones de expresin divergen ms
rpidamente durante la evolucin ( Landry et al. , 2007; Tirosh et
al., 2006 ), 4) que contienen ms factor de transcripcin motivos
de unin ( Landry et al, 2007;.. Tirosh et al, 2006 ), y 5) su
expresin es ms variable de clula a clula dentro de una
poblacin ( Newman et al ., 2006 ) debido a las rfagas de la
transcripcin en lugar de la transcripcin continua observados en
los genes de limpieza ( Bar-Incluso et al., 2006; Zenklusen et al.,
2008 ).Varias de estas caractersticas puede resultar del aumento
de la ocupacin nucleosoma observado en estos promotores.
Ms claramente, se cree que la oclusin de la caja TATA por un
nucleosoma para ser responsable de la exigencia de que muchos
de estos genes muestran para Chromat i n remodelacin de
actividad.Ms sutilmente, se propone la presencia de un
nucleosoma sobre los sitios de unin del factor de transcripcin
para dar lugar a la competencia entre los dos tipos de protenas,
con la apertura transitoria o disociacin de los nucleosomas (
Anderson y Widom, 2000; Dion et al., 2007 ) a un promotor que
permite la unin de factores de transcripcin y las rfagas de la
transcripcin ( Choi y Kim, 2009; Field et al., 2008; Tirosh y
Barkai, 2008b ).El ritmo acelerado de la mayora de los factores
de transcripcin ( Hager et al, 2006;. Voss y Hager, 2008 ) y
luego permitira n ucleosome montaje, introducir un retardo entre
rfagas de transcripcin.En consonancia con esta idea, los
estudios de variabilidad de clula a clula en el promotor PHO5
implican dinmicas nucleosomas como un importante
contribuyente a la variabilidad ( Boeger et al, 2008;. Raser y
O'Shea, 2004 ).Es importante sealar aqu, sin embargo, que las
cajas TATA NO mismos ca uso aument la ocupacin
nucleosoma promotor.Si bien es cierto que los promotores con un
nucleosoma inmediatamente aguas arriba del TSS poseen las
caractersticas de ruido descritas anteriormente, slo la mitad de
tales promotores contiene una caja TATA ( Tirosh y Barkai, 2008b
).Por lo tanto, la caja TATA y ocupacin nucleosoma promotor
aumentado fuertemente tienden a co-ocurrir, pero esto no es
absoluta, y ser interesante para comprender las limitaciones del
tha t llevado a la co-ocurrencia de la evolucin de estas dos
caractersticas.
Por supuesto, no todos oclusin nucleosoma est sujeta a la
invasin factor de transcripcin, como sitios de unin enterrados
en un nucleosoma raramente expuestas al respirar. Bajo estas
circunstancias, los sitios ding bin se encuentran en nucleosomas
slo sern expuestos a desalojo nucleosoma.Un caso muy

interesante de esto se ve en el promotor PHO5, donde se


producen varios sitios de unin para el factor de transcripcin
Pho4 en ambas ubicaciones nucleosomal y enlazador ( Venter et
al., 1994 ).Un elegante estudio de entre el grupo O'Shea mostr
que la fuerza de los sitios de unin Pho4 en la regin linker fijar el
umbral de la inanicin fosfato (y los niveles de o4 Ph) requerida
para la activacin del promotor.Por otro lado, el nmero y la
fuerza total de sitios de unin Pho4, incluidos los ocluido por
nucleosomas, contribuyeron a el nivel global de la transcripcin
PHO5 una vez que el umbral para la activacin w como
alcanzado ( Lam et al., 2008 ).En este caso, la exposicin de
sitios de unin enterradas no se cree que es una consecuencia
directa de la invasin factor de transcripcin en el Es edg
nucleosoma, sino ms bien es secundaria a la contratacin de un
factor de remodelacin dependiente de ATP para desalojar a los
nucleosomas en cuestin.Pero el punto interesante de este caso
es que los sitios de unin incluso crpticas nucleosomas ocluido
pueden contribuir, no obstante, a la regulaci el del gen aguas
abajo.
Para que no nos dejamos llevar con esa idea de que los
nucleosomas simplemente sirven para condicionalmente ocultar
factor de sitios de unin, tambin observamos que los
nucleosomas a veces se cree que activar cripcin trans,
tambin.Quizs el ms estudiado es el snRNA U6 promotor
humano ( Stnkel et al., 1997 ), donde la presencia de un
nucleosoma entre dos sitios de unin de factores de transcripcin
para OCT1 y SNAPc trae los sitios de unin en proximidad fsica
envolviendo el ADN intermedio. Este facilita una interaccin fsica
entre los dos factores de transcripcin que es necesario para la
iniciacin de la transcripcin ( Zhao et al., 2001 ).A pesar de la
observacin de que cientos de genes son downregulated en la
levadura en el agotamiento de las histonas ( Wyrick et al., 1999 ),
lo que sugiere un papel ms amplio para los nucleosomas en la
activacin de genes, la base mecanicista para la activacin de
genes por nucleosomas ha sido poco estudiados hasta la fecha.
Relacin entre el posicionamiento de nucleosomas, la
variacin de la expresin gnica, y la evolucin de la
secuencia de ADN
La diversidad fenotpica en especies relacionadas surge de
codificacin de ADN variacin de la secuencia y la divergencia de
la expresin gnica (ED). Curiosamente, la variacin de
secuencias de ADN en las regiones de codificacin de los genes
no se correlaciona con la expresin de genes divergencia (
Tirosh y Barkai, 2008a ), lo que sugiere que las propiedades
estructurales y funcionales de las protenas, y sus patrones de
iones expresas, evolucionan bajo diferentes restricciones
selectivas.La disfuncin erctil puede ser el resultado de la
secuencia promotora de divergencia (efectos cis) o variacin en
los reguladores de transcripcin (efectos trans). Segn un
estudio de anlisis de ligamiento de segregantes de un cruce
entre tw o cepas de S. cerevisiae ( Brem et al., 2002 ), secuencia
promotora divergencia cuentas de ~ 30% de la variabilidad
observada en la expresin gnica ( Choi y Kim, 2008 ).El 70%
restante se deben a los efectos del transporte, la mayora de las
cuales implican la cromatina Fiers modi

gracias a sus efectos altamente pleiotrpicos sobre la expresin


gnica ( Choi y Kim, 2008;. Lee et al, 2006 ).
Mientras que en la anterior divergencia ejemplo promotor
afecta a una minora de los cambios de expresin entre dos
cepas de la misma especie, lo contrario parece ser cierto entre
las especies ( Tirosh et al., 2009 ).Por ejemplo, el anlisis de la
respuesta transcripcional a apareamiento p heromone en S.
cerevisiae, S. paradoxus y S. mikatae revel que la mayora de la
expresin diferencial de genes se correlaciona con la prdida de
sitios de unin de factores de transcripcin en los promotores de
genes ortlogos ( Tirosh et al ., 2008 ).Sin embargo, an haba
un nmero significativo de genes que muestran la variacin de la
expresin gnica, a pesar de factor de transcripcin sitio de unin
de conservacin.Curiosamente, en estos genes, que era la
NCE secuencias y c en los sitios fl Anking factor de transcripcin
motivos que se haban separado en las tres especies de unin, y
esta secuencia divergencia correlacionados con los cambios en
la ocupacin nucleosoma predicho.En otras palabras, las
diferencias en las secuencias flanqueantes se han convertido la
regin del factor de transcripcin de unin en una secuencia
"pronucleosomal", aumentando as la probabilidad de
nucleosoma de unin y la inhibicin de la unin en estos
promotores TF ( Borneman et al., 2007 ).Gen variabilidad
expresin en general (incluyendo stoc variacin hastic en
poblaciones de clulas, la variacin en respuesta a seales
ambientales y interespecies / variacin interstrain) se
correlaciona con la presencia de secuencias "pronucleosomal" en
la regin aguas arriba de la TSS ( Choi y Kim, 2009 ).Por tanto,
parece que hay dos formas generalizadas para el promotor
variacin en la secuencia de afectar la expresin de genes
divergencia: (1) a travs de los cambios en el factor de
transcripcin vinculante motivos y (2) a travs de cambios en las
secuencias de ING-nucleosomas que favorecen y / o de
nucleosomas en excluir.Los cambios en la arquitectura Osome
nucle en promotores de genes, ya sea a travs de cambios trans
en la actividad de remodeladores de la cromatina ( Choi y Kim,
2008; Lee et al., 2006 ) o los cambios en las secuencias cisnucleosoma excluyendo / favorecen ( . tirosh et al, 2008 ) son por
lo tanto claramente un factor importante en la evolucin de los
perfiles de expresin gnica.
Los nucleosomas tambin podran afectar a la evolucin de la
secuencia de ADN, como la maquinaria de reparacin del ADN
parece tener acceso preferencial a ADN enlazador sobre ADN
nucleosomal ( de Shim et al., 2007; Suter et al., 1997 ).Ed Inde,
estudios recientes de la evolucin de secuencias en varios
organismos han descubierto un papel fascinante para
nucleosomas en la variacin de secuencias.Speci camente, el
patrn de variacin de la secuencia, cuando se superponen en el
patrn de los nucleosomas en vivo, muestra una correlacin con
el posicionamiento de nucleosomas en la levadura ( Warnecke et
al., 2008; Washietl et al., 2008 ).Las frecuencias de polimorfismos
de secuencia son ms altas cerca del eje dada, y caen
continuamente hacia los extremos de la nucleosoma, alcanzando
un mnimo en secuencia de engarce. Este efecto tambin se
observ en peces medaka ( Sasaki et al., 2009 ), y los autores de
aqu tom nota adems de que las inserciones y deleciones

cortas fueron ms comunes en el ADN enlazador. Curiosamente,


un estudio reciente de los datos de polimorfismos humanos
identifica sesgo en la utilizacin de codn para aproximadamente
80 pares de bases en cada lado de SNPs ( Hodgkinson et al.,
2009 ).Whil e los autores no sugieren la cromatina como un
contribuyente potencial a este patrn, es interesante observar
que 80 pb es aproximadamente una media nucleosoma.Mapas
de nucleosomas detalladas, tales como las determinadas en las
clulas T humanas ( Schones et al., 2008 ), tendr que ser
determinado para las clulas germinales en los humanos para
que esta hiptesis a comprobar directamente.
Cmo se explica esta secuencia de "sombra" de los
nucleosomas?Lo ms probable, el limitado acceso de
nucleosomal DNA a las protenas de reparacin del ADN es la
causa del aumento de la tasa de mutacin dentro nucleosomas
relativos a enlazadores.Otra posibilidad es que la tasa de
mutacin es la misma en el ADN nucleosomal y enlazador, pero
la depuracin de seleccin opera para m antener codones
nucleosoma-desfavoreciendo en zonas de enlazamiento.La
evidencia de la antigua es abundante, mientras que un estudio
reciente sugiere alguna evidencia de este ltimo en la levadura (
Warnecke et al., 2008 ).Desde nucleosomas pueden moverse o
cambiar de ocupacin cuando las condiciones ambientales
cambian, la sombra nucleosomal en genmico secuencia de
evolucin posiblemente podra ser modulada por crecimiento a
largo plazo en diferentes condiciones. Tal vez con el tiempo esta
idea se pondr a prueba a travs de la secuenciacin del
genoma de muchos miembros de la misma especie que ocupan
diferentes nichos ecolgicos, o poblaciones sometidas a la
evolucin de laboratorio a largo plazo en diferentes condiciones
de crecimiento.
Conclusin
El embalaje de los genomas eucariticos en nucleosomas
tiene un profundo impacto en todos los procesos basada en el
ADN estudiado.El uso reciente de tecnologas genmicas para
estudiar la cromatina ha permitido a los investigadores a explorar
ms profundamente las ideas de larga data sobre la relacin
entre secuencia, estructura de la cromatina, y la regulacin de
procesos celulares.Secuencia de ADN juega un papel importante
en el establecimiento de regiones-nucleosoma libre en la
levadura, pero los modelos de secuencia basada en tener xito
modesto en la prediccin de las posiciones de los nucleosomas
fuera de NFR. Una pltora de c tores que actan en trans fa
tambin modulan el posicionamiento y la ocupacin nucleosoma
y anlisis globales de discrepancias entre in vitro e in vivo mapas
nucleosomas estn proporcionando un medio rpido para la
identificacin de estos factores.Encuadernacin oclusin sitio por
ncleo-somes tiene una amplia gama de efectos sobre la lgica
de regulacin de los promotores, que van desde el cambio de las
funciones de entrada booleanos para los promotores, a los
efectos sobre la variabilidad de clula a clula, para el ajuste de
los umbrales de respuesta de sealizacin de diferentes
genes.Adems de la regulacin de genes, n arquitectura
chromati es un contribuyente significativa a la diversidad
fenotpica a travs de sus efectos sobre la variacin de la

expresin gentica y evolucin de la secuencia de ADN. Estudios


en muchos frentes en el campo de la cromatina continuarn

ampliar nuestra comprensin de control de la transcripcin, la


biologa de sistemas, y la evolucin.

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