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RESUMEN
Embalaje de los genomas eucariticos en la cromatina afecta a cada proceso que se produce en el ADN. El posicionamiento de los
nucleosomas sobre el ADN subyacente juega un papel clave en la regulacin de estos procesos, como el nucleosoma ocluye
secuencias de ADN subyacentes. En este artculo examinamos la literatura sobre las posiciones de nucleosomas cartografa en varios
organismos, y discutimos cmo nucleosoma se establecen posiciones, qu efecto posicionamiento nucleosoma tiene en el control de
la expresin gnica, y el tacto de las correlaciones entre los envases de la cromatina, la secuencia de evolucin, y la evolucin del gen
programas de expresin.
Introduccin
Molculas de ADN de los cromosomas eucariticos van desde
7,8 hasta 520 m de longitud para la levadura o 1.7 a 8.5 cm
para los seres humanos.Teniendo en cuenta el tamao de CLEI
nu levadura (2-6 m de dimetro) o ncleos de clulas animales
(20- 50 m de dimetro), los organismos eucariotas se enfrentan
a un problema de almacenamiento y envasado.Cualquier
persona que ha tenido que lidiar con una cuerda enredada o hilo
puede apreciar la importancia de los envases largas cadenas en
una forma manejable y accesible.ADN tiene que ser doblado en
una forma que permite el acceso a un subconjunto clave de
secuencias de ADN localizadas a lo largo de la molcula. As, en
lugar de doblar en una gran bola como hilo o cuerda, el ADN se
envuelve alrededor de miles de ncleos proteicos Bular glo y
termina parecindose a "cuentas de un collar" en micrografas
electrnicas.El "cordn" o nucleosoma es la unidad de embalaje
ms pequeo de la fibra de cromatina y consta de 147 pb de
ADN envuelto 1,65 vueltas alrededor de un octmero de histona
ncleo, que consta de dos H2A / H2B y heterodmeros H3 / H4 (
Luger et al., 1997 ) .Los nucleosomas se ensamblan ms en
diversas estructuras de orden superior que potencialmente
pueden ser desenvolvi un s necesario (para revisin ver Luger y
Hansen (2005) ).
Dcadas de estudios de un solo gen han confirmado la nocin
intuitiva de que dependiendo de si se encuentran en el
nucleosoma o en el ADN enlazador entre nucleosomas,
secuencias de ADN pueden ser ms o menos accesibles a la
transcripcin, la reparacin del ADN o maquinaria de
recombinacin de ADN ( Boeger et al ., 2008; Durrin et al., 1992;
verde y Almouzni, 2002; Kamakaka y Thomas, 1990; Roth y
Roth, 2000 ).Adems de su papel en el empaquetamiento del
ADN, la disposicin de los nucleosomas a lo largo de una
secuencia de ADN es por lo tanto tambin un mecanismo de
regulacin
que infl uencias la expresin de genes y otros procesos del ADNdepen-Dent.Desentraar las reglas y los factores que determinan
cmo se posicionan los nucleosomas y la forma en que la in fl
uencia actividad de los genes y la evolucin es una de las
cuestiones centrales de la biologa actual.Con la implementacin
de alto rendimiento escala genmica tcnicas experimentales
que ahora estamos empezando a definir los principios generales
que guan posicionamiento nucleosoma y las formas
nucleosomal organizacin afecta los procesos de ADN.
Posicionamiento nucleosoma sobre los genes a
travs de muchos organismos diferentes
factor de transcripcin ms funcional estn en regionesnucleosoma libre ( Yuan et al., 2005 ), y los motivos que se
producen en el nucleosoma -1 parecen estar enriquecido en
lugares donde el surco mayor enfrenta lejos de la octmero (
Albert et al., 2007 ).Sin embargo, las excepciones a estos
principios generales tienden a tener consecuencias interesantes
para la regulacin de genes.
En primer lugar, como se ha descrito anteriormente, algunos
factores de transcripcin son capaces de remodelacin de
nucleosomas en la ausencia de factores adicionales.Elegante en
estudios in vitro desde el laboratorio Widom muestran que el
ADN situado cerca del punto del nucleosoma de entrada / salida
se disocia transitoriamente desde el octmero, exponiendo
cualquier ding bin
sitios subyacentes ( Anderson y Widom, 2000 ).Adems, la unin
de un factor de transcripcin a un sitio cerca del borde del
nucleosoma tambin fue demostrado para mejorar la
accesibilidad de los sitios er OTH hacia el centro del nucleosoma
( Polach y Widom, 1996; Vashee et al., 1998 ).Esto es
particularmente interesante, ya que la ocupacin nucleosoma
ms de dos motivos pueden th erefore hacer la unin de un
factor dependiente de la unin de la otra, incluso en ausencia de
cualquier interaccin directa entre los factores en ADN desnudo.
Un estudio reciente en clulas humanas osos en esta idea aqu,
un subconjunto de los promotores de NF- B-dependientes ha
demostrado ser regulada normalmente por la subunidad p65
incluso sin su dominio de activacin ( van Essen et al., 2009 ).En
lugar de activar directamente el gen, se requiere la DO principal
de unin al ADN de p65 por otros factores de transcripcin para
obtener acceso al promotor, creando as un promotor que era
NF- B-dependiente a pesar de no papel directo para el dominio
de activacin.Aunque no se muestra el mecanismo de este
involucrar desalojo nucleosoma o desenvolver, y podra, en
cualquier caso ser explicado por un complejo de remodelacin
reclutado, la cooperatividad inherente a tener dos motivos TF
dentro de la misma nucleosoma proporciona una hiptesis
atractiva para el mecanismo subyacente en este caso.
Otro caso elegante de posicionamiento nucleosoma que
afecta a la funcin de entrada para un gen proviene de promotor
de la -interfern humano.Aqu, un nucleosoma colocado sobre
la caja TATA se desliza aguas abajo tras la activacin de tres
factores de transcripcin diferentes - activacin de un solo factor
es insuficiente para activar este gen, como cada uno de los tres
desempea un papel en el reclutamiento de un factor diferente
requerida para el movimiento nucleosoma ( Lomvardas y Thanos,
2002 ).Lomvardas y Thanos (2002) cre un promotor modifi ed
con una secuencia pronucleosomal de unin fuerte en la posicin
donde el nucleosoma se desliza normalmente tras la
activacin.Este "deslizado" promotor, como un promotor
desnudo, era sensible a cualquiera de los tres factores de
entrada-cin trascripcin pertinentes.Por lo tanto, en este caso el
posicionamiento de la nucleosoma en el promotor cambia la
lgica reguladora de promotor de una puerta OR a una puerta Y
de tres factores ( Lomvardas y Thanos, 2002 ).