: Acides nucliques, contrle 2012 -- Acides nucliques, contrle 2008 -

Contrle 1 du module 'Biochimie structurale, partie acides

nucliques, 2012, Filre 'sciences de la vie', Facult des Sciences,
Universit Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, dure 30 minutes) ---Rponses brves

Un fragment de restriction 'X' est obtenu aprs hydrolyse complte

d'un gnome viral par endonuclase de restriction EcoRI. La taille
de ce fragment a t estime par lectrophorse 210 paires de
bases (pb). Dans le but de l'tudier, le fragment 'X' a t isol et
purifi du reste du gnome viral. Par la suite, ce fragment a t
soumis son tour deux types d'hydrolyse par une nouvelle
endonuclase de restriction appele BamHI:
- Une hydrolyse complte (les conditions sont telles que tous les
sites de restriction BamHI sont coups).
- Une hydrolyse partielle (les conditions sont telles que le nombre
de sites coups par BamHI varie entre zro plusieurs coupures
par molcules).
Le diagramme ci contre reprsente
les rsultats obtenus aprs analyse
lectrophortique de:
- (a): L'ADN 'X' natif (non coup par
BamHI.
- (b): L'ADN 'X' aprs hydrolyse
complte parBamHI.
- (c): L'ADN 'X' aprs hydrolyse
partielle parBamHI.
Les chiffres de 30 210 indiquent la
taille en pb correspondant aux
diffrentes bandes observes.

Pour l'ADN 'X', reprsenter la carte

de restriction en prcisant
l'emplacement des sites de
coupures par EcoRI et BamHI.

D'aprs la carte tablie, quelle est la caractristique particulire de

l'ADN 'X'? (c'est dire: comment est-il organis?)

Si les produits de l'hydrolyse complte par BamHI (fragments de

30 pb de longueur) sont analyss par la mthode de squenage
Sanger, combien de squences primaires diffrentes peut-ton
trouver? Justifier votre rponse.

L'analyse de la composition de l'ADN 'X' montre un rapport

(A+T)/(G+C) = 2.
a) En dduire les pourcentages en A, T, C et G de cet ADN.
b) Quelle sera sa Tm, sachant que: Tm en C = 69,3 + 0,41 % (G +
C).
c) Reprsenter la courbe de dnaturation thermique de l'ADN 'X' en
partant d'une solution d'ADN natif 50 g/ml. La courbe doit tre
correctement lgende.
d) Compte tenu de son organisation particulire, quoi doit-on
s'attendre si l'ADN 'X' est lentement renatur?.

Avertissement: Les lments d'information ci joints ne peuvent

constituer les rponses compltes aux questions poses,
considrant d'ventuels manques de prcisions que le
responsable de l'preuve pourrait fournir suite la demande des
tudiants.
En attente

Un fragment de DNA X a t squenc par la mthode de Sanger.

Le rsultat obtenu est reprsent par la figure ci dessous. Le sens

de la migration lectrophortique est signal par la flche oriente

vers le bas

: Que reprsentent les

bandes visibles sur
l'autoradiogramme ?
: O se situe la diffrence
entre le ddATP et le dATP ?
: Dans la raction
contenant du ddATP, quels sont les
points communs (identiques) entre
les diffrents produits de la raction
?
: Mise part la
complmentarit avec le brin
matrice, quels sont les points
communs entre l'ensemble des
produits obtenus au niveau des
quatre ractions ?
: Dduire partir de cette
figure la squence nuclotidique du
brin matrice correspondant au DNA
X.
Question 6: Quel est le pourcentage
en G + C du DNA X ?
Le DNA X analys ci dessus,
provient d'un organisme eucaryote.
Il reprsente une seule unit de
rptition en srie formant un DNA
nettement plus long: c'est le DNA L
(ou 'Ladder'). Le DNA L est un DNA
hautement rpt o les units de
DNA X se retrouvent rptes
plusieurs milliers de fois.
Le DNA L a t isol par ultracentrifugation isopycnique. L'tude

de la variation de l'absorbance 260 nm est mene en fonction de

la temprature (entre 20C et 100C). Cette tude fait apparatre
une augmentation brutale de l'absorbance suivie d'une
stabilisation.

: Que reprsente l'augmentation de l'absorbance ?.

Cette augmentation rvle-t-elle une modification structurale du
DNA ? Laquelle ?
: Connaissant la Tm du poly-dAT (63,3C) et du polydGC (110C), pouvez- vous prdire (dterminer) la Tm du DNA L ?.
Justifier votre rponse.
: Que reprsente la valeur Tm du DNA L au niveau
structural ?
: A partir des rsultats obtenus, serait-il possible de
dterminer la densit en g/cm3 du DNA L ?. Justifier votre rponse.
: Le DNA X et le DNA L sont dnaturs sparment et
renaturs par chauffage puis refroidissement lent. Lequel des deux
DNA reformera le plus souvent la molcule d'origine ?. Justifiez
votre rponse.

Rponses brves -- Revenir au contrle 2008

Avertissement: Les lments d'information ci joints ne peuvent

constituer les rponses compltes aux questions poses,
considrant d'ventuels manques de prcisions que le responsable
de l'preuve pourrait fournir suite la demande des tudiants.
: Les bandes visibles sur l'autoradiogramme
reprsentent l'emplacement des fragments d'ADN complmentaires
l'ADN matrice et synthtiss par la DNA polymrase en prsence
de quatre dsoxyribonuclotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
auxquels sont ajouts de faibles concentrations de l'un des quatre
didsoxyribonuclotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP). Le
marquage radioactif (32P) porte sur le phosphore de l'amorce
Le principe du squenage de l'ADN par la mthode de Sanger,
consiste initier la polymrisation de lADN l'aide d'un petit
oligonuclotide (amorce) complmentaire une partie du fragment
dADN squence (matrice)r. Llongation de lamorce est ralise

par le fragment de Klenow (une ADN polymrase I dpourvue

dactivit exonuclase 5->3) ou une ADN polymrase
thermostable utilise pour la PCR. Les quatre
dsoxyribonuclotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) sont ajouts,
ainsi quune faible concentration de l'un des quatre
didsoxyribonuclotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP)
: La diffrence entre le ddATP et le dATP se situe au
niveau d'un manque de OH sur le carbone 3' du dsoxyribose du
ddATP ('faux nuclotide' non reconnu par la DNA polymrase, la
polymrisation s'arrte ds qh'elle bute contre le
didsoxyribonuclotide).
: Dans la raction contenant du ddATP, les points
communs (identiques) entre les diffrents produits de la raction
sont le port d'une extrmit ddATP non reconnu par la DNA
polymrase.
: Les points communs entre l'ensemble des produits
obtenus au niveau des quatre ractions, mise part la
complmentarit avec le brin matrice, sont: 1/ la terminaison des
fragments d'ADN synthtis par l'un des quatre
didsoxyribonuclotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP), 2/
Tous les produitd sont prteurs de la radioactivit 32P.
: La squence nuclotidique du brin matrice
correspondant au DNA X est:
- Squence nosynthtis: lecture du bas du gel (extrmit 5')
vers le haut (extrmit 3'):
5'TAGCGATGCTTCAATGCTATCCGTCAGCC3'
- Squence
recherche: 3'ATCGCTACGAAGTTACGATAGGCAGTCGG5'
soit: 5' GGCTGACGGATAGCATTGAAGCATCGCTA3'
: Pourcentage en G + C du DNA X: 51,7%
Question 7: L'augmentation de l'absorbance 260 nm en prsence
du chaffage reprsente l'effet hyperchrome ou hyperchromicit et
correspond la dnaturation de l'ADN par altration de la structure
secondaire (les liaisons hydrogne entre les bases sont coupes,
...). La temprature correspondante l'augmentation de la densit
optique 260 nm est la temprature de fusion (Tm) de l'ADN
: Connaissant la Tm du poly-dAT (63,3C) et du polydGC (110C), pouvez- Prdiction de la Tm du DNA L: environ 87,5C
: La valeur Tm du DNA L reprsente au niveau structural
la richesse en CG. Plus un ADN est riche en CG, plus sa Tm est

leve. En effet, il y'a 3 liaisons hydrogne en C et G et uniquement

2 liaisons hydrogne entre A et T.