15.

1 Introduccin
Vamos a considerar cualquier tipo de red de nuestra vida
cotidiana , desde , el transporte, las redes de ordenadores
elctricos y de energa para el telfono y la propia Internet. En
todos estos casos , una cierta cantidad de los caractersticos
movimientos variables procedentes de un nodo a otro en las
trayectorias particulares que tienen que cumplir con (a ) la
estructura de la red subyacente , ( b ) las capacidades de ruta
de acceso y , ( c) la disponibilidad de los recursos
pertinentes . En la teora de flujo de red [ 1 ] , el flujo ( o
caudal ) en un camino particular de la red se define por el
nmero de la caracterstica
unidades de variables que se mueven desde el inicio hasta el
nodo final de la ruta de acceso por unidad de tiempo [ 2 ] . En
este sentido, es la integral sobre el rea de la seccin ( o
superficie ) de la definicin de fenmenos de transporte del
trmino flujo [ 3 ] . En consecuencia , en ( bio) redes de
reaccin qumica , flujo se define " la velocidad a la cual el
material se procesa a travs de una va de " [4,5 ] . En base a
esta definicin , el flujo de un ( bio) qumica en particular
reaccin es igual a su tasa , y el flujo en estado estacionario
de una va metablica lineal es igual a la tasa de estado
estacionario de cualquier reaccin implicada [ 4 ] . De manera
similar al mapa de flujo de cualquier tipo de red , siendo capaz
de medir la distribucin de flujo metablico de un sistema
biolgico en un conjunto particular de condiciones es de gran
importancia . Se proporciona una huella dactilar metablica in
vivo de estado fisiolgico del sistema , lo que constituye un
determinante fundamental de la fisiologa celular [ 4-7 ] .
Teniendo en cuenta el papel del metabolismo en
el contexto de la funcin celular en general , es fcilmente
comprensible que la cuantificacin de un mapa de flujo
metablico completo y preciso , tambin denominado anlisis
de flujo metablico ( MFA), es uno de los principales objetivos

de la ingeniera metablica va , la biologa de sistemas

cuantitativos y anlisis de la interaccin de mltiples escalas
integrada a travs de mltiples niveles de la funcin celular .
Cabe sealar que el estado metablico celular y en
consecuencia el mapa de flujo metablico no pueden
extrapolarse directamente desde ni el genotipo , ni el mapa la
expresin de genes del genoma completo , ni el - proteoma
completo mapa concentracin de protenas de forma
individual o en combinacin . Tal enfoque no tiene en cuenta
el hecho de que la relacin entre la expresin gnica , la
concentracin de protena , y la velocidad de reaccin
metablica no es ni lineal , ni unidireccional [ 8,9 ] . El
metabolismo es regulado por los mecanismos de control local
[ 4 ] . en
Adems , constituye un marco molecular a travs de la cual la
clula interacta con su entorno ; As, el estado metablico en
s podra afectar a la transcripcin y / o traduccin y no slo
ser determinada por ellos [ 4,10 ] . Si la informacin extensa y
confiable en vivo cintica de las reacciones metablicas haba
sido disponibles , MFA habra sido una tarea sencilla. Sin esta
informacin , el parmetro AMF problema de estimacin se
basa en la ley de conservacin de la masa . Especficamente ,
la reaccin intracelular fundentes,
que no se puede medir directamente, se expresan como
funciones de cantidades mensurables (por ejemplo ,
metablicas de salida , mediciones de la distribucin del
trazador isotpico ) a travs de metabolito y ecuaciones de
balance de trazador isotpico basado en un modelo
estequiomtrico [ 7 ] . El objetivo de la AM es invertir con
precisin el sistema de equilibrios
y determinar el mapa de flujo metablico que conduce a la
medicin observada . Debido a que la disposicin
Se espera que las medidas para estar sujetos a errores
experimentales aleatorias y la variabilidad del proceso, su

No se espera que los valores para satisfacer estrictamente las

ecuaciones de equilibrio, lo que conduce a las singularidades
matemticas que no corresponden a la realidad fsica . Por lo
tanto , en lugar de resolver un sistema de contrapesos, flux
estimacin se define como un problema de conciliacin de
datos [ 7,11 ] . En estos mnimos cuadrados ponderados con
restricciones problemas de minimizacin, las variables
medidas se adaptan de manera ptima , de modo que sus
valores ajustados satisfacen
las ecuaciones de equilibrio [ 11 ] . En la siguiente seccin se
describen los detalles de la metablica utilizada actualmente
fundente mtodos de cuantificacin . Sus ventajas y
debilidades, este ltimo que requiere la introduccin de
nuevos mtodos , tambin se discutir en un esfuerzo por
presentar una metodologa sistemtica para flujo
cuantificacin . La ltima seccin describe las nuevas
direcciones de la AMF hacia transitoria y de alto rendimiento
anlisis, ya que estos estn determinados por las necesidades
de la era post- genmica
15.2 flujo metablico mtodos de cuantificacin
Reconstruccin 15.2.1 metablico Red
La primera tarea en la AM es la reconstruccin de la red ms
extensa reaccin metablica potencialmente activa del
organismo en cuestin. Este ser el modelo estequiomtrico
basado en que se formular la masa y saldos de trazadores
isotpicos que conectan los flujos intracelulares desconocidos
con las cantidades mensurables . Antes de la revolucin de
secuenciacin del ADN , la reconstruccin de la red
metablica de un organismo se basa principalmente en el
conocimiento existente acerca de la estructura de la red
metablica
sistemas celulares de similares , junto con cualquier dato
disponible sobre in vitro / in vivo la actividad enzimtica y las

mediciones de salida metablicos en virtud de diversos

antecedentes genticos o condiciones ambientales [ vase,
por ejemplo , 12 ] . En la era postgenmica , los recursos
disponibles son aumentadas an ms por el constante
aumento de los conocimientos acerca de la anotacin de
genes sobre la base de secuenciacin de alto rendimiento [por
ejemplo , 13-15 ] y la expresin gnica anlisis [ 16 ] . Si bien
la disponibilidad de la informacin genmica proporciona un
avance significativo en el proceso de reconstruccin de la red
metablica , esto todava sigue siendo una tarea no trivial que
requiere la participacin directa del juicio de un experto para
decidir sobre las veces mltiples respuestas posibles a las
preguntas que surgen durante el proceso [ 17 ] . Desde la
secuenciacin del genoma y / o procesos de anotacin an no
han terminado de cualquier organismo, la incertidumbre con
respecto a la bioqumica intracelular estn obligados a existir
en cualquier AMF, en un grado mayor o menor dependiendo
del organismo . Cualquier incertidumbre sobre el modelo
estequiomtrico considera puede afectar a la fiabilidad de las
estimaciones de flujo como verdaderas medidas de los flujos
reales en vivo [5,7 ] . Esta es la razn por la conciliacin de
datos , y la redundancia de este modo la medicin , es una
parte integral de la AM [ 18-20 ] , como se discutir con ms
detalle en la Seccin 15.3 . Bloqueo de llamadas sesgos de
medicin , las inconsistencias entre los valores medidos y
estimados de los datos redundantes indican la necesidad de
realizar modificaciones en la estructura de los inicialmente
estimados de la red va metablica , lo que lleva a nuevos
descubrimientos en relacin con la bioqumica intracelular de
un organismo en particular [ 21-26 ] .
Despus de su reconstruccin , la red metablica considerado
comprende metabolitos M y N, reacciones intracelulares. En el
contexto de la teora de grafos , una red metablica est
representada por un grfico con los nodos de los metabolitos

de la red ( vase la figura 15.1 ) . Un metabolito A est

conectado a travs de un borde dirigido con un metabolito B ,
slo si A y B son reactivo (producto ) y el producto
( reactivo ) , respectivamente , de la reaccin de una red
particular ; la direccin del borde indica la direccin de la
reaccin . Obviamente , si una reaccin es potencialmente
reversible , el grfico incluye bordes de ambas direcciones .
Dos bordes originarios
15.2.2 Metabolic Flux Vector
La actividad in vivo de una reaccin metablica i es descrito
por un mximo de dos flujos: los flujos negativos de sus
direcciones hacia adelante y hacia atrs (reversa), que, en el
texto y las figuras, se representan como vf iy vbi,
respectivamente
(vase la Figura 15.1); este ltimo flujo es igual a cero en el
caso de reacciones irreversibles. De manera equivalente, la
actividad de una reaccin metablica podra ser representado
por su red y el intercambio de flujo [21], que se representa
como VI red y Exch VI, respectivamente. Especficamente,
para cualquier reaccin de i de la red (i = 1, ..., N), los flujos
netos y de cambio se definen como funcin del avance y
retroceso flujos de la siguiente manera: