1 Introduccion Bioinformática

13/03/2015
1. Introduccin a la
bioinformtica
1.1 Concepto y consideraciones
generales
Dr. Carlos Fernando Prada Q.
Bioinformtica..
El trmino se acuo por
primera vez en 1988 por la

Dra. Hwa Lim
La definicin original era:
a collective term for data

compilation, organisation,
analysis and
dissemination
Que es
Subdisciplinas importantes
convergente
de
la
biologa,
computacin e informacin tecnolgica en una
misma disciplina.
Meta Posibilitar el descubrimiento de nuevas
ideas biolgicas, as como crear una perspectiva
global de la que puedan ser discernidos principios
unificadores de la biologa.
Desarrollo de nuevos algoritmos y estadsticos que
Campo
www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html
aseguren relaciones entre miembros de grandes

bases de datos.
Anlisis e interpretacin de varios tipos de datos
(nucletidos, secuencias de aa, dominios de

protenas, estructuras proteicas).
Desarrollo e implementacin de herramientas que
capaciten el acceso eficiente y manejo de

diferentes tipos de informacin.
13/03/2015
El crecimiento explosivo de datos
Presentacin
Hace ...
El fin del siglo XX ha visto una

Nucletidos
explosin de informacin
proveniente de los seres vivos,
especialmente en biologa
molecular
Secuenciacin de genomas
26 aos (1982)
Antes
680338 pb
(GenBank)
Ahora
> Miles de
millones
Protenas
26 aos
1500
300.000
DNA continuo
16 aos
73 kb
> 270 Mbases
SNPs
16 aos
centenares
11 millones
Genomas
11 aos
0
organismos
Secuencia y estructura de
1282
Organismos
(mediados 2010)
protenas
Expresin
Estudios sobre la expresin
10 aos
Limitado pocos
genes
simultnea de muchos genes bajo

muchas condiciones diferentes.
Miles de
estudios con
miles de genes
Crecimiento de datos
moleculares
Genomas secuenciados
(1982-2000)
Introduccin a la Bioinformtica
13/03/2015
La informacin biolgica
La informacin biolgica se encuentra
codificada en los genes y
se expresa a partir / mediante los genes
Esta idea se refleja en el Dogma Central de la
Biologia Molecular
10
Bioinformtica
Informacin biolgica y
bioinformtica
El Santo Grial de la Bioinformtica
La biologa se enfrenta con el problema de la
decodificacin del lenguaje biolgico

Como se codifica la informacin en los genes?
Como (cuando, ...) se traduce esta informacin?
Ej. Splicing alternativo
Qu determina la estructura de las protenas?
Como se determina la funcin de las protenas
La bioinformtica sirve para estudiar como se
procesa toda esta informacin biolgica
12
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Paradigma central de la
bioinformtica
Genmica, Bioinformtica y
Medicina
Genmica
Bioinformtica
Informacin
Gentica
Estructura
Molecular
Funcin
Bioqumica
Sntomas
(Fenotipo)
Identificacin de blancos
Diagnostico Molecular
Epidemiologa Molecular
Entender la informacin
gentica
Diseo de frmacos
Terapia Gnica
La primera perspectiva del campo de

la bioinformtica es la clula
La informacin gentica es redundante

La informacin estructural es redundante
Un gen, muchas funciones
Informacin gentica Unidimensional, Funcin
Estructura tridimensional
El reemplazo de 40% de los residuos de una
protena no afectan la funcin
13/03/2015
La primera perspectiva del campo de

la bioinformtica es la clula
La segunda perspectiva de la
bioinformtica es el organismo
Como se aborda????
La segunda perspectiva de la
bioinformtica es el organismo
La tercera perspectiva del campo de la

bioinformtica es representado por el
rbol de la vida
Como se aborda????
13/03/2015
La tercera perspectiva del campo de la

bioinformtica es representado por el
rbol de la vida
Los
cidos nucleicos (AN) contienen

informacin para generar los organismos:
Como se aborda????
la
DNA RNA PROTEINAS Funcin

Las protenas se forman con aminocidos (AA)
unidos en secuencias lineales

Las instrucciones para definir la secuencia de AA
estn codificadas en los AN por grupos de tres

nucletidos, en un cdigo gentico redundante
22
Codificacin de informacin
biolgica
El cdigo gentico
Las secuencias biolgicas se organizan en grupos
con un significado, en general desconocido para

nosotros
Podemos distinguir una jerarqua (niveles de
organizacin) que podemos comparar con

Frases (las protenas)
Palabras (motivos o configuraciones)
Letras (Los AA o los nucletidos)
23
24
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Descifrado de la informacin
biolgica
Qu es la Bioinformtica?
La bioinformtica es el campo de la
ciencia en donde la biologa, la ciencia
de la computacin, y la tecnologa de
informacin se funden en una disciplina.
Las secuencias, establecidas
experimentalmente se representan como

cadenas de un alfabeto y se comparan
El objetivo principal es el descubrimiento

de nuevos indicios biolgicos, como
tambin crear una perspectiva global de
la cual poder unificar principios de la
biologa.
Regiones comunes asocian las palabras a
propiedades comunes de las molculas

Regiones diferentes revelan palabras con un
sentido asociado a propiedades que
diferencian a las molculas
Muchas regiones no contienen informacin
(NCBI Education)
25
Bioinformtica
Herramientas Informtica que pueden

sugerir soluciones a los problemas
biolgicos
La Bioinformtica
Nace de forma conjunta:
desarrollo de nuevas tecnologas y de
su aplicacin para la generacin de grandes cantidades
de datos.
La disciplina cientfica que engloba todos los
aspectos de la adquisicin, procesamiento,

distribucin, anlisis, interpretacin e integracin
de la informacin biolgica
28
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Subdisciplinas
Desarrollo de nuevos algoritmos que
permitan determinar relaciones en muestras

de gran tamao.
Anlisis e interpretacin de varios tipos de
datos, incluyendo secuencias de nucletidos y
aminocidos, dominio de protenas, y
estructuras de protenas.
Desarrollo e implementacin de herramientas
para permitir un acceso eficiente a la
informacin.
Bioinformtica e
interdisciplinariedad
Bioinformtica, Biologa y
Biologa Computacional
Chemistry
Biology
Molecular
biology
Mathematics
Statistics
Bioinformatics
Computer
Science
Informatics
Medicine
Physics
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31
13/03/2015
32
13/03/2015
Biologa Computacional
o Bioinformtica
Herramientas.
Biologa Computacional se aplica a las
Problema Biolgico
Secuenciacin.
Captura de genes.
Localizacin
subcelular de
protenas.
Comparacin de
protenas.
diferentes tcnicas de la informtica, las

matemticas aplicadas y la estadstica para hacer
frente a problemas biolgicos.
La Bioinformtica es la aplicacin de tecnologa
de la informacin en el campo de la biologa

molecular.
Solucin
Computacional
Base de datos.
Planillas de clculo.
Alineamiento.
Reconocimiento de
patrones.
Datamining.
Especializadas.
33
Los mbitos de la
Bioinformtica
Genmica y Bioinformtica
Organizacin de la informacin
Bases y bancos de datos
Algoritmos y herramientas de explotacin
Anlisis e interpretacin de resultados
experimentales
Secuenciacin y anlisis de genomas
Genmica Comparatva
Transcriptmica y expresin gnica
The future of genomics rests on the foundation of the Human Genome Project
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35
Protemica, redes de interaccin PPI
Modelos de Sistemas Biolgicos

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36
13/03/2015
Anlisis e interpretacin
Organizacin de la informacin
AGAGTTCTGCTCG
AG G GTTAT G C G C G
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13/03/2015
38
37
Modelizacion de sistemas
biologicos
Bioinformtica Integrativa
40
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39
13/03/2015
40
10
13/03/2015
En resumen
Datos
Recursos y
herramientas
bioinformticos
Conocimiento
Como quiera que se defina, desde donde quiera que se mire, el
papel de la Bioinformtica ha sido, es y ser crucial para el

avance de la Biologa y la Medicina del siglo XXI
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41
11

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Dr. Carlos Fernando Prada Q.

primera vez en 1988 por la

a collective term for data

Desarrollo de nuevos algoritmos y estadsticos que

aseguren relaciones entre miembros de grandes

(nucletidos, secuencias de aa, dominios de

capaciten el acceso eficiente y manejo de

El crecimiento explosivo de datos

El fin del siglo XX ha visto una

> 270 Mbases

Estudios sobre la expresin

simultnea de muchos genes bajo

El Santo Grial de la Bioinformtica

La biologa se enfrenta con el problema de la

decodificacin del lenguaje biolgico

La bioinformtica sirve para estudiar como se

procesa toda esta informacin biolgica

La primera perspectiva del campo de

La informacin gentica es redundante

El reemplazo de 40% de los residuos de una

protena no afectan la funcin

La primera perspectiva del campo de

La tercera perspectiva del campo de la

La tercera perspectiva del campo de la

cidos nucleicos (AN) contienen

DNA RNA PROTEINAS Funcin

unidos en secuencias lineales

estn codificadas en los AN por grupos de tres

Las secuencias biolgicas se organizan en grupos

con un significado, en general desconocido para

organizacin) que podemos comparar con

Las secuencias, establecidas

experimentalmente se representan como

El objetivo principal es el descubrimiento

Regiones comunes asocian las palabras a

propiedades comunes de las molculas

Herramientas Informtica que pueden

aspectos de la adquisicin, procesamiento,

permitan determinar relaciones en muestras

Biologa Computacional se aplica a las

diferentes tcnicas de la informtica, las

de la informacin en el campo de la biologa

Protemica, redes de interaccin PPI

Modelos de Sistemas Biolgicos

Como quiera que se defina, desde donde quiera que se mire, el

papel de la Bioinformtica ha sido, es y ser crucial para el

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