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Figura 1
Figura 2
Figura 3
Figura 4
P2.
La replicacin del fago SFC-KK pasa por dos fases, una temprana en la que se generan
circulos y otra tarda en la que se producen molculas lineales largas. Se han aislado una serie de
mutantes termosensibles de replicacin (fre1 y fre2) y un mutante defectuoso en transcripcin
tarda (ltr1). Los resultados de incorporacin de timidina radiactiva a los 0 y 20 min de poner las
bacterias recin infectadas a alta temperatura son los que se dan en la tabla. (Nota: la
incorporacin de T radiactiva mide replicacin)
Mutacin
silvestre
fre1
fre2
ltr1
fre2 ltr1
0 min
100
0
0
100
0
20 min
100
0
100
100
0
P3. Algunos plsmidos contienen genes anlogos a los genes cromosmicos de replicacin, de
forma que pueden complementar mutaciones cromosmicas. Adems, algunos episomas pueden
"prestar" su origen de replicacin al cromosoma bacteriano cuando se hallan integrados
(supresin integrativa). En la tabla se resume la bsqueda, en varios plsmidos de
enterobacterias, de funciones anlogas a las que rigen los genes cromosmicos dnaA, dnaB,
dnaC y dnaG. Los experimentos se realizan de la forma siguiente: cada plsmido se introduce en
una serie de mutantes, cada uno de los cuales tiene mutado un solo gen de replicacin. La
mutacin hace termosensible a la estirpe. Para averiguar si el plsmido contiene algn gen
anlogo funcional de los mutados en el hospedador, los mutantes en los que se ha introducido un
plsmido se incuban a 42 C. La supresin de la termosensibilidad se interpreta como una
complementacin.
Genotipo cromosmico
.
.
Plsmido
dnaA
dnaB
dnaC
dnaG .
Sin plsmido (control)
F
+
F integrado
+
+
+
ColV557
ColV557 integrado
+
.
(+: crecimiento a 42 C; -: ausencia de crecimiento a 42 C)
P4.
+ - + - + - + - + -
3 .5
3 .0
2 .5
2 .0
1 .0
0 .5
P5. Tom
Kunkel consigui una cepa mutante de levaduras en el gen de la Polimerasa X (polXM644G) cuyo anlisis in vitro revela que introduce G en frente de T con una frecuencia 28 veces
superior a la que mete C en frente de A, o sea cuando un par TA muta a CG lo hace con mas
frecuencia cometiendo el error sobre la T. Igualmente elimina T con una frecuencia 11 veces
superior que A, o sea es mas frecuente que dicha polimerasa mutante produzca deleciones () de
un par TA saltndose la lectura de la T mas que de la A. Despus mete el gen URA3 pegado justo
a un lado del origen de replicacin ARS306 mirando hacia fuera del origen en una levadura que
lleva la mutacin polX-M644G (ver Figura izquierda). Obtiene mutantes en el gen URA3 y los
secuencia y encuentra mutaciones en dos pares TA (recuadrados en la Figura). Se encuentra que
la mayora de los cambios TACG en uno de los pares se dan con una frecuencia (58 x 10-7) 28
veces superior a la silvestre. La delecin del otro par TA sin embargo ocurre a baja frecuencia (3 x
10-7), similar a la de la cepa silvestre (Figura izquierda). Despus hace el mismo experimento en
una cepa en la que ha invertido el gen URA3, de forma que ahora mira hacia donde est el origen
(Figura derecha). Al analizar las mutaciones observa las frecuencias de los recuadros. [Ojo con la
polaridad de las cadenas].
(Los valores en los recuadros son las frecuencias de las mutaciones indicadas por la flecha justo al lado)
P6. Para
7-metil-G
40
3-metil-A
%
rad
%
rad
restante
6-metil-G
50
20
2.5 ng
5.0 ng
10.0 ng
0
0
distancia
10 cm
Tiempo (min)
P7. Las enzimas de restriccin DpnI y Sau3A reconocen la misma diana GATC, pero mientras la
primera solo la corta cuando no est metilada la segunda la corta siempre, independientemente de
que est o no metilada. Un fago cuyo genoma no es cortado por Sau3A siempre que infecta a E.
coli sufre una tasa de mutacin de 1,8 x 10-7 por nucletido, mientras que la tasa de mutacin del
genoma de la bacteria es de 1x 10-9. Si la bacteria es un mutante dnaQ- la frecuencia de mutacin
de su genoma es de 1x 10-7 y la del fago de 1,8 x 10-5. Sin embargo, si la bacteria es adems
mutS- la tasa de mutacin pasa a ser de 1 x 10-5 para los dos genomas.
P7A Usa el fago su propia polimerasa para replicarse o usa la polimerasa bacteriana?
P7B Cmo explicas las diferencias en las tasas de mutacin del genoma del fago y del genoma
de la bacteria?
P7C Qu mutacin podras introducir en el fago para que la tasa de mutacin de su genoma
fuese similar a la del genoma bacteriano en todas las cepas bacterianas usadas como
hospedadoras?
P7D Qu prueba molecular (que no sea la de secuenciacin) usaras para confirmar que el
mutante de fago que has construdo es el que habas previsto o diseado en tu experimento?
P8. En B. subtilis
Silv.
red1
red2
red3
30
Glucosa
15
min
+ endo V -
30
T
NT
T
NT
T
NT
T
NT
P9.
Una bacteria mutante tiene la proteina RecA alterada de modo que no tiene actividad
proteoltica aunque s recombinadora. A partir de ella obtenemos otro mutante cuya particularidad
es producir espontneamente con cierta frecuencia colonias sectoreadas en un medio con X-gal
(medio indicador en el que las colonias Lac+ son azules y las Lac-, blancas).
Indica en P9A el gen (o los genes si puede haber ms de uno) en el cual una mutacin podra
explicar este fenotipo.
Indica en P9B si en vez de incubar las cajas en una estufa convencional oscura las iluminramos
con fluorescentes de luz blanca disminuira la frecuencia de colonias sectoreadas?
P10.
[DNA]/clula
N de clulas
WT + ALPHA
N de clulas
P10A
[DNA]/clula
[DNA]/clula
P10D. Sabras indicar un gen o protena cuya mutacin produjera el mismo perfil de distribucin
de la estirpe WT con feromona ALPHA? Explica por qu dicha mutacin producira dicho perfil.
P11.
A.L. Hop y T. Jumper han estudiado las condiciones en las que salta el transposn Tn5 en
E. coli. Para ello disponen de la estirpe TTl Lac- Pro- srl::Tn5 (KanR) / F' Lac+ Pro+ (srl = gen
implicado en degradacin de sorbitol), a la que se cultiva durante muchas generaciones en medios
que contiene todos los aminocidos y, alternativamente, con o sin IPTG. A continuacin se
realizan mltiples conjugaciones de esta estirpe por una F- Lac- Pro- StrR (resistente a
estreptomicina). Los transconjugantes capaces de crecer en un medio con todos los aminocidos,
estreptomicina y kanamicina aparecen con una frecuencia de 10-7 por cada bacteria donadora y
son de dos tipos: Lac+ o Lac-. La Tabla indica la frecuencia con la que aparece cada uno en cada
experimento.
Medio de cultivo
del donante
N de conjugaciones
estudiadas
N de colonias transconjugantes
Lac+
Lac-
135
141
32484
56221
28561
7753
Propn una hiptesis en P11A con no mas de 30 palabras acerca del salto de Tn5 que explique la
diferencia encontrada entre los dos experimentos.
Tn5 tiene 5.4 kb. Se realizan Southerns utilizando como sonda radiactiva un fragmento de
3.2 kb que contiene los genes lacZ y lacI, obtenido mediante digestin total de DNA genmico de
E. coli con la restrictasa IncI. Como sustrato de la hibridacin se utiliz DNA total de distintas
cepas y cortado con la misma restrictasa y sometido a electroforesis. Dibuja en P11B los carriles
de electroforesis los resultados esperados indicando el tamao en kb del DNA de cada banda:
carril 1, estirpe donadora; carril 2, estirpe receptora; carril 3, transconjugante Lac+ exp. 1; carril 4,
transconjugante Lac- exp. 1; carril 5, transconjugante Lac+ exp. 2; carril 6, transconjugante Lacexp. 2. Supn que Tn5 no tiene ninguna diana para IncI.
por conjugacin con otras cepas de su misma especie, que el factor F est integrado entre el
opern ilv y el gen cya que transfiere el cromosoma comenzando por ilv en el sentido
ilv - rrnC - rbs - ........ - polA - rrnA - metE - cya
Las bacterias E. coli y S. typhimurium son prximas filogenticamente (80% de homologa entre
sus genomios), conjugan pero, por distintas razones, recombinan muy poco. Conjugamos durante
20 min la cepa SA722 de S. typhimurium con la cepa DU650 (F- Ilv- Met- Cya-) de E. coli a la que
hemos hecho adems deficiente en restriccin y modificacin para que degrade lo menos posible
al DNA exgeno. Seleccionamos transconjugantes que sean Ilv+ y estudiamos sus caractersticas.
Obtenemos los siguientes resultados: Todos los transconjugantes DU650 obtenidos son sensibles
a un fago especfico de bacterias que tengan pelo sexual. Todos ellos son capaces de transferir el
carcter Ilv+ a otras cepas de E. coli con alta frecuencia y son Cya+ y Met+, adems de Ilv+ (los
dems marcadores no varan). La tabla muestra las frecuencias de transconjugantes Ilv+/104 cel.
donadoras, de una serie de conjugaciones que se hacen para intentar esclarecer los resultados
obtenidos cuando cepas SA722 RecA+ cepas SA722 RecA- se usan como donadoras.
______________Receptor_____
____
S. typhimurium S. typhimurium
E. coli
Donador
F- RecA+
F- RecADU650
SA722 RecA+
250
97
40
SA722 RecA130
0
0
P12A Dibuja como surgen los transconjugantes de DU650, haciendo hincapie en los eventos que
suceden enl la cepa donadora.
P12B Propn en pocas palabras una hiptesis que explique todos los resultados obtenidos.
P13. F434 es un fago de E. coli estructuralmente parecido a y a P22. Cmo ellos, determina un
represor dimrico cuya actuacin determina la entrada en el ciclo ltico o en el lisognico. Este
represor es capaz de unirse a varios operadores (OR1, OR2 y OL) cuya secuencia comn es
5' ACAAXXXXXXTTGT 3'
3' TGTTXXXXXXAACA 5
La secuencia XXXXXX es palindrmica pero variable. Por experimentos de asociacin in vitro de
estas secuencias con el represor, digestin con una endonucleasa y electroforesis, se sabe que
cada subunidad del represor interacciona slo con una de las secuencias comunes ACAA
TGTT
(una con la de la derecha y la otra con la de la izquierda).
G. Koudelka y M. Ptashne (PNAS 85:4633, 1988) han sintetizado in vitro un operador de este
tipo con la secuencia
5'...ACAAGATATCTTGT... 3'
3'...TGTTCTATAGAACA... 5
Estos autores han estudiado adems el efecto de ciertos cambios de bases en la secuencia
central, en la afinidad del represor por el operador. En la tabla se muestran los resultados (la
afinidad se expresa en relacin a la de la secuencia original; slo se muestra la cadena superior,
la inferior sera la complementaria; en los sealados con * no hubo ningn cambio de base, sino
que se indujo un corte de slo una de las cadenas en el lugar sealado con '.
secuencia
5'ACAAGATATCTTGT 3'
5'ACAAGAGCTCTTGT 3'
5'ACAAGAAATCTTGT 3'
5'ACAAGGCGCCTTGT 3'
5'ACAAGAT ' ATCTTGT 3' *
5'ACA ' AGATATCTTGT 3' *
5'ACAAGAG ' CTCTTGT 3'
afinidad
1
0.02
3.3
0.01
5
1
5
Indica en P13A cual puede ser el papel de la secuencia central en la unin represor-operador.
P14.
Aunque los datos disponibles no sean concluyentes, dibuja en P14A un mapa probable de la regin
NCAM del cromosoma 9 de ratn, indicando cuntos genes hay, cuntos promotores, cuntos
intrones, cuntos exones y cuntos sitios de poliadenilacin.
P15.
En el maz, el gen P determina la coloracin del pericarpio del grano. El pericarpio est
formado por clulas somticas procedente de las mismas que, por meiosis, dieron lugar a las
clulas germinales.
El alelo silvestre Prr confiere color rojo (R); el alelo nulo y estable Pwr hace incoloro al
pericarpio; el alelo Pvv, generado por insercin de un elemento Ac, hace que el pericarpio presente
rayas rojas sobre un fondo blanco (fenotipo signal). La intensidad del fenotipo signal depende del
n de Ac presentes. As, un heterocigoto Pwr/Pvv, cuyo Ac sea el nico de la clula, da lugar a un
fenotipo signal extra (SE). La presencia en un Pwr/Pvv de otro Ac confiere, independientemente
de su localizacin, fenotipo signal suave (SS).
A veces en granos de plantas Pwr/Pvv se encuentran, en un fondo SE, manchas contiguas
R-SS que se clasifican en 2 tipos segn que las clulas de la mancha R tengan (tipo I) o n (tipo II)
actividad Ac. Esquematiza en P15A cmo se generan las manchas R-SS de tipo I. Haz lo mismo
con las de tipo II en P15B.
P16. Propn brevemente una solucin o explicacin a cada una de la siguientes paradojas:
P16A Se calcula que aproximadamente el 10% de los genes de E. coli rigen funciones biosintticas.
El transposn Tn5 tiene dianas prcticamente en todos los genes. Sin embargo, cuando se hace
mutagnesis con Tn5, slo el 1-2% de los clones KanR son auxtrofos.
P16B Dos pseudogenes de ratn proceden del mismo gen parental. La homologa entre los dos
pseudogenes es mayor que entre cada uno de ellos y el gen parental.
P16C De media, los genes de E. coli y Salmonella typhimurium tienen una divergencia del 60% en
las terceras posiciones de los codones y del 20% en las posiciones I y II. En cambio, en el opern
de la cobalamina (cob), la divergencia es slo del 24% en las terceras posiciones y del 9% en las
posiciones I y II. El opern cob slo existe en el 5% de las estirpes naturales de E. coli.
P16D Se obtiene una coleccin de deleciones en el gen lacZ. Todas eliminan una regin interna del
gen, sin extenderse a los genes vecinos. Todos los mutantes son nulos (carecen por completo de
actividad beta-galactosidasa). Tras cultivarlos en presencia de IPTG, los mutantes son sometidos a
ensayos para medir la cantidad de permeasa (LacY). Aproximadamente 2/3 de los mutantes
contienen cantidades reducidas de permeasa, mientras que el tercio restante contiene cantidades
normales de LacY.
P17.
La ferritina es una protena que sirve para almacenar hierro. El gen humano de la ferritina
tiene regulacin traduccional. En el extremo 5 del mRNA, antes del inicio de la secuencia
codificadora, hay una secuencia llamada IRE (iron responsive element o elemento de respuesta al
hierro). Cuando la clula sufre escasez de hierro, una protena citoslica llamada IRP se une al IRE
e impide la traduccin del mRNA. En presencia de hierro, la IRP se suelta del IRE y el mRNA de la
ferritina es traducido. Existen enfermedades debidas a sntesis anmala de ferritina.
A continuacin se indican los sntomas de una serie de individuos. Indica en P17A la causa
ms probable de cada anomala, proponiendo una base molecular para cada defecto:
a) Carencia grave de ferritina. La enfermedad es familiar y presenta herencia autosmica recesiva
b) Carencia leve de ferritina. La enfermedad es familiar y presenta herencia autosmica dominante.
c) Exceso de hierro en sangre, por hiperproduccin de ferritina. La enfermedad es familiar y
presencia herencia autosmica recesiva.
d) Exceso de hierro en sangre, por hiperproduccin de ferritina. La enfermedad es familiar y
presencia herencia autosmica dominante.
P18. Un gen de levadura tiene 3 intrones. Se aislan cuatro mutantes cuyos fenotipos sugieren la
existencia de defectos en dicho gen. Los mutantes se caracterizan a nivel molecular mediante dos
tipos de experimentos:
(A) Hibridaciones Northern usando preparaciones de RNA nuclear (N) y RNA citoplsmico
(C). La sonda es DNA de un exn marcado radiactivamente. La figura indica las bandas que se
observan tras autorradiografa de la membrana de hibridacin.
(B) Inmunodetecciones (Western) usando extractos citoplsmicos de la estirpe silvestre y de
cada uno de los mutantes y un anticuerpo policlonal obtenido contra la protena silvestre en un
conejo. La presencia o ausencia de mancha indica presencia o ausencia de la protena. El color de
la mancha indica la intensidad de la reaccin antgeno-anticuerpo.
P18A Dibuja lo que es cada banda en la hibridacin Northern de RNA nuclear y citoplsmico de la
estirpe silvestre.
P18B Usando los indicios proporcionados por la hibridacin Northern y por la inmunodeteccin del
producto del gen, haz una hiptesis sobre el defecto gentico de cada mutante.
P19. Un mutante de E. coli, cuya nica diferencia con la cepa silvestre es un cambio de una base
en el el gen lacZ (que mide 3,6 kb) del opern de la lactosa (que mide 5,5 kb), tiene un fenotipo
Lac-. Si se transforma con un plsmido que lleva los 3,6 kb del gen lacZ bajo el control de un
promotor constitutivo que expresa el mRNA de lacZ correctamente, no hay complementacin, es
decir las clulas transformadas siguen siendo Lac-.Indica en P19A cmo se explica el resultado y
en P19B qu experimento haras para comprobar tu hiptesis?
P20. En una bacteria se ha estudiado una actividad enzimtica que slo se detecta cuando no hay
prolina en el medio de cultivo. Un ensayo de actividad enzimtica permite detectar mutantes. Tras
experimentos de mutagnesis, se han identificado mutantes que se clasifican en tres tipos, cuyas
frecuencias y fenotipos se muestran en la tabla. Las mutaciones portadas por los mutantes 1 y 2
mapean en genes distintos.
Actividad enzimtica
Estirpe
Frecuencia de mutacin
silvestre
Mutante tipo 1
Mutante tipo 2
1 x 10-5
1 x 10-7
1 x 10-5
Mutante tipo 3
Presencia de prolina
Ausencia de prolina
P20A De acuerdo con los datos de la tabla, qu tipo de regulacin tiene el gen que determina la
actividad enzimtica?
P20B En qu gen est afectado cada mutante y en qu consiste el defecto?
P20C Rellena la tabla indicando si esperas ausencia o presencia de actividad en merodiploides que
contienen las mutaciones indicadas.
Merodiploide
Actividad enzimtica
Con prolina
Sin prolina
1+2
1+3
2+3
P21.
Mutante
Tipo de mutacin
(dominante/recesiva)
P22. La hemofilia debida a carencia del factor de coagulacin VIII es una enfermedad hereditaria
ligada a X. Los alelos de carencia de factor VIII son recesivos. Niveles de factor VIII por debajo del
40% del silvestre producen hemofilia. Los niveles de factor VIII en una pareja y sus cuatro hijas:
Madre
Violeta
Ana
100
70
85
Padre
Gloria
Cecilia
15
70
35
P22A Indica el genotipo de cada miembro de la familia. Usa preferiblemente los smbolos Xs
(silvestre) y Xm (mutante).
P22B. Explica brevemente por qu cada una de las hijas tiene un nivel diferente de factor VIII, e
indica si alguna de ellas es hemoflica.
P22C. Indica cul es la probabilidad de que Ana pueda transmitir la hemofilia a un hijo suyo varn, y
cul es la probabilidad de que pueda transmitirla a una hija suya. Supn que el nmero de clulas
fundadoras del hgado es 20.
P22D. Calcula las mismas probabilidades para el caso de que Cecilia sea la madre.
P23.
El esquema representa una parte del opern de la lactosa, y las posiciones de tres
mutaciones. Las mutaciones 1 y 3 son sustituciones de nucletidos. La mutacin 2 es una delecin.
Los efectos de estas mutaciones sobre los niveles de permeasa LacY se indican en la tabla. Para
medir los niveles de permeasa, las estirpes se cultivaron en presencia del inductor gratuito IPTG.
P23A. Indica los niveles de LacY que esperaas en los dobles mutantes D, E y F? Usa 100, 70 5
como posibilidades y explica brevemente el motivo de cada eleccin.
10
P1
+
+
+
d
+
R
n
f
+
+
S
Plsmido
P2
+
+
d
+
+
O
+
+
+
+
d
E1
m
n
+
m
+
E2
+
+
m
+
d
P1
+
+
+
+
d
R
+
d
+
f
+
P2
+
+
+
+
+
O
d
+
d
+
+
E1
+
+
m
+
+
E2
Sin
Con
inductor inductor
E1 E2 E1 E2
n
m
+
n
+
P25. Se aslan 4 mutantes letales condicionales del fago T4 y se ensaya su capacidad para lisar
una serie de estirpes de E. coli que llevan supresores de terminacin prematura. En la tabla, un
signo (+) indica que el fago forma placas lticas sobre ese hospedador; un signo (0) indica ausencia
de placas lticas.
Estirpe
hospedadora
1
2
3
4
5
6
supresor
ninguno
UAG
UAG
UAG
UAA
UAA
Aminocido
insertado
ninguno
serina
tirosina
glutamina
tirosina
glutamina
A
0
+
+
+
+
+
B
0
0
0
0
+
+
11
.
D (42)
0
+
+
0
+
0
,P
,P ,P
Indica claramente nmero y letra (ej. P2A) para la solucin de cada apartado. Separa cada solucin por lneas. No se
admite ms que UNA sola pgina como sta por da de entrega y no se contabilizar lo que se escriba detrs de ella
12