Estructura de protenas I

Estructura primaria: Anlisis de composicin y

secuencias
Degradacin de Edman
Determinacin del n de cadenas
Estudios de alineamiento

Estrategias para el anlisis de la

secuencia
Composicin de aminocidos
Obtencin de fragmentos
Mtodos de secuenciacin

Estructura primaria: secuencia de

aminocidos
Posibilidades de estructura primaria
Variaciones con repeticin de 20 elementos
tomados de n en n (n= n de aminocidos de
la protena); VR20,n= 20n:
Una protena media contiene unos 160
aminocidos; las posibilidades son de 10 208

Fragmantacin de protenas
Mtodos enzimticos y mtodos
qumicos.

Determinacin de los aminocidos

amino y carboxilo terminales y
determinacin de secuencias
Degradacin de Edman

Determinacin del aminocido N-terminal

Determinacin del aminocido N-terminal

Determinacin del aminocido N-terminal

Determinacin del aminocido C- terminal

Determinacin del aminocido C-terminal

Degradacin de Edman

(derivado feniltiohidantona)

Determinacin del n de cadenas

Ruptura y bloqueo de puentes
disulfuro

Reduccin de puentes disulfuro por cido perfrmico

Reduccin de puentes disulfuro por -mercaptoetanol

Bloqueo de los grupos sulfhidrilos

Alineamiento de secuencias
Evolucin molecular
Taxonoma
investigacin

Homologa: consiste en una similitud

significativa en la secuencia de nucletidos o
aminocidos
La homologa se detecta mediante el
anlisis estadstico del alineamiento de
secuencias.
Se pueden comparar secuencias de
nucletidos o de aminocidos. Las de
aminocidos suelen dar ms informacin
estructural y funcional (comparaciones de 20
elementos vs 4).
La semejanza de secuencia sugiere la
existencia de un mismo origen evolutivo y en
muchas ocasiones semejanzas en la estructura
tridimensional de la protena.

Parlogos: Homlogos presentes en la misma especie, generalmente con

diferencias en su funcin.
Ortlogos: Homlogos presentes en especies diferentes, generalmente con
funciones muy similares.

Comparacin de secuencias: Alineamientos

El anlisis de homologa se realiza
yuxtaponiendo las secuencias de todas las
maneras posibles. Esto se puede lograr
simplemente por desplazamiento de una
sobre otra.
En ocasiones la insercin de huecos
(que reflejaran inserciones o deleciones
de nucletidos) en una secuencia permite
aumentar la homologa. Esto aumenta la
complejidad del anlisis pero la
informtica ha ayudado a resolver estos
problemas.

rbol evolutivo de las globinas

La hemoglobina tiene 141 aminocidos y la mioglobina 153. La comparacin se

realiza por comparacin de todas las yuxtaposiciones posibles.
La mioglobina fue la primera protena de la que se obtuvo su estructura tridimensional
Por difraccin de rayos X en 1950 ( John Kendrew)

ALINEAMIENTO CON LA INSERCIN DE UN HUECO

AHORA HAY 38 RESIDUOS EMPAREJADOS, UN 25,9 % DE LOS 147

PARA EVITAR EL EXCESIVO USO DE HUECOS Y OPTIMIZAR LOS RESULTADOS EXISTEN

SISTEMAS DE CALIFICACIN QUE PUNTUAN POSITIVAMENTE LAS COINCIDENCIAS Y
NEGATIVAMENTE LA INTRODUCCIN DE HUECOS (+10 Y -25 RESPECTIVAMENTE)

Calificacin: 38X10-1X25=355

SIGNIFICADO DE LOS ANLISIS DE LOS

ESTUDIOS DE ALINEAMIENTO
Para valorar la probabilidad de que
las coincidencias se den por azar, las
secuencias se reordenan de todas las
formas posibles y se vuelven a
alinear. Cuando se representa la
calificacin de cada una de estas
secuencias
con
el
n
de
alineamientos
se
aprecia
el
significado del alineamiento.

(barajado)

La calificacin de alineamiento para Mb y Hb

es mucho ms elevada lo que sugiere que la
similitud entre ambas es significativa

Representamos el n de secuencias aleatorias que obtienen una determinada puntuacin

Refinamientos en el anlisis de
los estudios de alineacin
Matrices de sustitucin
Sustituciones conservadoras
Sustituciones no conservadoras
Consideraciones sobre la estructura
tridimensional y la funcin de la
protena.

Estudio de alineamiento teniendo en cuenta cambios conservadores

Matriz de sustitucin Blosum -62: Esquema calificador analizando las sustituciones

que se dan en bloques de secuencias entre protenas con homologa.

En rojo aa cargados
En verde aa polares
En azul grandes e hidrofbicos
En negro el resto
En sombreado sustituciones que requieren
el cambio de un solo nucletido

Estudio de alineamiento teniendo en cuenta cambios conservadores

Bancos de datos para el anlisis

de secuencias
www.ncbi.nih.gov (pgina web del
Centro Nacional de Informacin en
Biotecnologa).

BLAST (Basic local Alignment Search Tool)

Capitulos 6 del Strayer y 7 del Voet

Cada punto de ramificacin

indicara la existencia de un
ancestro comn

Las distancias evolutivas se pueden expresar como el n de diferencias de

aminocidos por cada 100 residuos (unidades PAM)

Tambin se puede rastrear la evolucin de familias de protenas y como divergen

para dar lugar a nuevas protenas incluso con funciones distintas.

METODOLOGAS UTILIZADAS PARA EL ESTUDIO DE

PROTEINAS

ESPECTROSCOPIA
FLUORESCENCIA
DICROISMO CIRCULAR
RMN
R-X
ESPECTOMETRIA DE MASAS
(CAPITULOS 5 Y 6 DEL MATHEWS VAN HOLDE)