Professional Documents
Culture Documents
During melting or evaporation, the entropy of the aqueous system increases as more highly
ordered arrays of water molecules relax into the less orderly hydrogen-bonded arrays in liquid
water or into the wholly disor-dered gaseous state. At room temperature, both the melting of ice
and the evaporation of water occur spon-taneously; the tendency of the water molecules to associate through hydrogen bonds is outweighed by the energetic push toward randomness. Recall
that the free-energy change (G) must have a negative value for a process to occur spontaneously:
G H T S, where G represents the driving force, H the enthalpychange from making and breaking
bonds, and S the change in randomness. Because H is positive for melt-ing and evaporation, it is
clearly the increase in entropy (S) that makes G negative and drives these changes.
Nonpolar Compounds Force Energetically Unfavorable Changes in the Structure of Water
When water is mixed with benzene or hexane, two phases form; neither liquid is soluble in the
other. Non-polar compounds such as benzene and hexane are hydrophobicthey are unable to
undergo energetically favorable interactions with water molecules, and they interfere with the
hydrogen bonding among water molecules. All molecules or ions in aqueous solution in-terfere
with the hydrogen bonding of some water mole-cules in their immediate vicinity, but polar or
charged solutes (such as NaCl) compensate for lost water-water hydrogen bonds by forming new
solute-water interac-tions. The net change in enthalpy (H) for dissolving these solutes is
generally small. Hydrophobic solutes, however, offer no such compensation, and their addition to
water may therefore result in a small gain of enthalpy; the breaking of hydrogen bonds between
water mole-cules takes up energy from the system, requiring the input of energy from the
surroundings. In addition to requiring this input of energy, dissolving hydrophobic compounds in
water produces a measurable decrease in entropy. Water molecules in the immediate vicinity of a
nonpolar solute are constrained in their possible orien-tations as they form a highly ordered
cagelike shell around each solute molecule. These water molecules are not as highly oriented as
those in clathrates, crys-talline compounds of nonpolar solutes and water, but the effect is the
same in both cases: the ordering of water molecules reduces entropy. The number of ordered
water molecules, and therefore the magnitude of the en-tropy decrease, is proportional to the
surface area of the hydrophobic solute enclosed within the cage of water molecules. The freeenergy change for dissolving a non-polar solute in water is thus unfavorable: G H T S, where H
has a positive value, S has a negative value, and G is positive.
Untuk protein intraseluler pada kebanyakan organisme, interaksi lemah secara khusus penting
dalam pelipatan rantai polipeptida menjadi struktur sekunder dan tersiernya. Asosiasi banyak
polipeptida untuk membentuk struktur kuartener juga bergantung pada interaksi lemah mereka.
Sekitar 200 hingga 560kJ/mol dibutuhkan untuk memutuskan ikatan kovalen tunggal, dimana
interaksi lemah dapat diputuskan hanya dengan 4 hingga 30kJ/mol. Ikatan kovalen individual,
seperti ikatan disulfida yang menghubungkan bagian yang terpisah dari rantai polipeptida
tunggal, secara jelas jauh lebih kuat daripada interaksi lemah individual. Namun, karena interaksi
ini sangatlah banyak, interaksi lemah inilah yang mendominasi sebagai gaya penstabil dalam
struktur protein. Umumnya, konformasi protein dengan energi bebas terendah (yaitu, konformasi
yang paling stabil) adalah yang memiliki jumlah interaksi lemah paling banyak.
Stabilitas protein tidaklah secara sederhana jumlah energi bebas pembentukan dari banyak
interaksi lemah di dalamnya. Untuk setiap ikatan hidrogen yang terbentuk dalam protein saat
pelipatan protein, suatu ikatan hidrogen (dengan kekuatan yang sama) antara gugus yang sama
dengan air diputuskan. Stabilitas bersih (net) yang dikontribusikan oleh ikatan hidrogen yang
diberikan, atau perbedaan energi bebas keadaan folded dan unfolded, dapat mendekati nol.
Interaksi ionik bisa jadi menstabilkan atau mendestabilkan. Oleh karena itu kita harus mencari
tempat lain untuk memahami mengapa konformasi native tertentu disukai.
Dalam menentukan secara hati-hati kontribusi interaksi lemah terhadap stabilitas protein, kita
menemukan bahwa interaksi hidrofobik yang mendominasi. Air murni memiliki suatu jaringan
ikatan hidrogen molekul H2O. Tidak ada molekul lain yang memiliki potensial ikatan-hidrogen
air, dan adanya molekul lain dalam larutan berair mengganggu ikatan hidrogen air. Saat air
mengelilingi molekul hidrofobik, penataan optimal ikatan hidrogen menghasilkan suatu kulit
yang terstuktur baik, atau lapisan solvasi, dari molekul ait di sekeliling molekul. Peningkatan
order molekul air pada lapisan solvasi berkorelasi dengan penurunan entropi air (unfavorable).
Bagaimanapun, saat gugus nonpolar bergerombol/berhimpun/berkumpul bersama, tingkat lapisan
solvasi berkurang karena gugus/group tidak lagi terdapat pada keseluruhan permukaan terhadap
larutan. Hasilnya adalah peningkatan entropi (favorable). Sebagaimana dijelaskan di chapter 2,
peningkatan entropi ini adalah gaya pendorong untuk asosiasi gugus hidrofobik dalam larutan
berair. Asam amino hidrofobik karenanya cenderung berkumpul pada interior protein, jauh dari
air. Dalam kondisi fisiologis, pembentukan ikatan hidrogen dalam protein didorong sebagian
besar oleh efek entropi yang sama ini. Gugus polar dapat secara umum membentuk ikatan
hidrogen dengan air dan karenanya larut dalam air. Bagaimanapun, jumlah ikatan hidrogen per
unit massa umumnya lebih besar untuk air murni dibandingkan likuid atau larutan lain, dan ada
batas untuk solubilitas bahkan untuk molekul paling polar karena kehadiran mereka
menyebabkan pengurangan net dalam ikatan hidrogen per unit massa. Oleh karena itu, suatu
lapisan solvasi juga terbentuk pada batasan tertentu disekeliling molekul polar. Meskipun energi
pembentukan ikatan hidrogen intramolekuler antara dua gugus polar dalam suatu makromolekul
sebagian besar dicancel dengan eliminasi interaksi seperti pada gugus polar dan air, pelepasan air
terstruktur (structured water) karena interaksi intermolekuler menyediakan gaya pendorong
entropik untuk pelipatan. Kebanyakan perubahan bersih (net) dalam energi bebas karena
interaksi lemah yang terbentuk dalam protein oleh karenanya diturunkan dari peningkatan
entropi di sekeliling larutan berair yang dihasilkan dari pemendaman permukaan hidrofobik. Ini
lebih dari imbangan kehilangan yang besar entropi yang disebabkan karena polipeptida yang
dipaksa ke bentuk folded.
Hydrophobic interactions are clearly important in stabilizing conformation; the interior of a
protein is gen-erally a densely packed core of hydrophobic amino acid side chains. It is also
important that any polar or charged groups in the protein interior have suitable partners for
hydrogen bonding or ionic interactions. One hydrogen bond seems to contribute little to the stability of a native structure, but the presence of hydrogen-bonding groups without partners in the
hydrophobiccore of a protein can be so destabilizing that confor-mations containing these groups
are often thermody-namically untenable. The favorable free-energy change resulting from the
combination of several such groups with partners in the surrounding solution can be greater than
the free-energy difference between the folded and unfolded states. In addition, hydrogen bonds
between groups in a protein form cooperatively (formation of one makes the next one more
likely) in repeating secondary structures that optimize hydrogen bonding, as described below. In
this way, hydrogen bonds often have an important role in guiding the protein-folding process.