Prcticas 4 & 5

Modelizacin Molecular
Objetivo:
Procedimiento:
Esta prctica se realiza utilizando el programa HyperChem 5.02 for Windows. Al principio nos
vamos a familiarizar con el programa, con los componentes y las herramientas del mismo. Vamos a
aprender a dibujar molculas y realizar clculos, aprender a rotar y mover las molculas para
facilitar la visualizacin de esta, etc.
En esta prctica vamos a utilizar dos mtodos de clculo que son el Semi-empirical y Ab Initio.
Para dibujar una molcula, lo vamos a hacer seleccionando los tomos necesarios mediante la
opcin Default Element del menu Build. Para cada molcula vamos a seleccionar la opcin Start Log
para que se nos guarden los detalles de los clculos realizados. Al finalizar los clculos,
seleccionamos la opcin Stop Log.

Clculos y resultados
Construccin y vizualizado de molculas:
1.- Molculas diatmicas. Enlaces simples, dobles y triples:

(a) Vamos a completar la siguente tabla: primero vamos a dibujar la molcula a estudiar y a
continuacin vamos a realizar clculos mediante 2 mtodos: primero con el mtodo semiemprico
AM1 y a continuacin con el mtodo ab-initio con la base Small (3-21G).
Una vez dibujada la molcula, se optimiza mediante la opcin Geometry Optimization del menu
compute.
AM1
Re/A
E/kcalmol
/debyes

-1

H2

N2

O2

F2

HF

0.677

1,106

1,248

1,427

0,826

NO

1,171

-635,016 -9550,31 -14697,6 -22304,5 -11530,2

1,0210-8 7,1310-15 4,1610-16 1,210-14 1,736

Ab initio
Small (321G)

H2

N2

O2

F2

HF

Re/A

0,735

1,082

1,242

1,402

0,937

E/kcalmol-1 -704,668 -67959,9 -93302,6 -124024

/debyes
5,510-8
810-6
6,3610-5 1,8310-6

CO
-10311,9
0,061

NO

1,201
80635,37
-62412,2 5
2,174
0,332

CO

1,129
70339,61
0,397

Datos
experimentales
Re/A
/debyes

0,74144
0

1,2126
0

1,21563
0

1,41193
0

0,9168
1,98

1,1577
0,15

1,12832
0,122

Vemos en la tabla que la energa obtenida mediante el mtodo Ab initio y el Semi-empirical difieren
bastante. Como el mtodo semiemprico utilizan un hamiltoniano ms sencillo que el verdadero, va a
cometer un error mayor al calcular la energa que el mtodo ab initio. Adems observamos que los
clculos a travs de ab initio se aproximan ms a los datos experimentales que a travs del mtoso
semiemprico. En conclusin podemos decir que con el mtodo ab initio obtenemos mejores
resultados.
Densidad de carga de:
F2:

HF:

Observamos en en una molcula diatmica homonuclear, la densidad de carga est distribuida

por igual entre los dos toms, en cambio en una molcula diatmica heteronuclear la densidad de
carga se centra en el tomo ms electronegativo, en nuestro caso en el flor.
(b)
2.- Molculas poliatmicas: CO2, H2O, C2H6

(a) Nuevamente vamos a dibujar molculas, como en el ejercicio anterior, pero esta vez molculas
poliatmicas sencillas, como el agua y CO2. Vamos a realizar clculos con el mtodo ab initio ,pero

esta vez utilizando distintas bases, y luego con el mtodo semiempirical AM1. Vamos a ir
optimizando la geometra y completaremos la siguente tabla:

Ab initio

R1/ A

CO2
R2/

H 2O
/grad E/Kcalm
os
ol-1

STO-3G

1,188

1,188

180

-116

3-21G

1,156

1,156

180

-117

6-31G*

1,143

1,143

180

-118

6-31G**

1,143

1,143

180

-118

Semiempr
ico
AM1

1,189

1,189

180

-17735

R1/

R2/

/grad E/Kcalm
os
ol-1

0,989

0,989

0,967

0,967

0,947

0,947

0,943

0,943

100,03

107,70

105,50

105,97

0,961

0,961

103,53

-47041,8
-47430,9
-47697,5
-47705,3

-8038,21

Observamos que los datos obtenidos mediante el mismo mtodo (aunque con distintas bases), los
resultados son casi iguales, en cambio al comparar los datos obtenidos por distintos mtodos, se
observa mayor desviacin.
(b). En este apartado se nos dice que dibujemos la molcula de C2H6 (etano) y ver mediante distintas
formas de visualizacin la molcula, como por ejemplo: Sticks, Balls (la primera de las figuras) y
Balls and Cylindres (la segunda).

Y por ltimo nos dice que dibujemos los ejes de Inercia :

Molcula de H2:
Vamos a dibujar la molcula de H2, obtimizarla por los dos mtodos estudiados y calcular la energa
de la molcula:
Ab initio
AM1
STO-3G
3-21G
6-31G*
6-31G**
Datos
experimentales

Re/A
0,677
0,724
0,741
0,738
0,734

E/kcalm
ol-1
-635,02
-701,246
-715,521
-717,959
-726,443

EMP2corr/kcalmol De/kcalm
-1
ol-1
-----8,009
-10,872
-10,890
-16,522

0,741

109,54

A continuacin vamos a obtener la curva de la energa potencial, y para eso vamos a coger el mtodo
Ab initio, 6-31G**, vamos al menu Compute y seleccionamos la opcin Potencial poniendo los
siguientes parmetros:

La curva de la energa potencial que se calcul es la siguiente:

Orbitales moleculares y enlace. Diagramas OM.

Vamos a estudiar en enlace de la molcula C2H2 . Para ello, como siempre, dibujamos la molcula,
abrimos un fichero log, seleccionamos el mtodo (semi-empirical AM1), optimizamos. A
continuacin nos vamos al menu Compute y seleccionamos la opcin Orbitals. Nos va a aparecer
una ventana que nos dar informacin sobre los orbitales moleculares. Adems marcando la opcin
Label ,se van a colocar los electrones en los oritales, y la energa de estos en eV. Tenemos en total 10
orbitales, 5 enlazantes ( de ms baja energa) y 5 antienlazantes (de ms alta energa). Se han
combinado 10 orbitales atmicos entre s para dar lugar a 10 orbitales moleculares. Se combinan los
orbitales s del hidrgeno con los sp del carbono. El orbital LUMO (orbital no ocupado de ms baja
energa) corresponde al orbital cuya energa es 2,053 eV. Para este valor de energa tenemos dos
orbitales degenerados. El orbital HOMO (el orbital ocupado de ms alta energa) corresponde al
nivel cuya energa es -11,5 eV, y en este caso tambin tenemos degeneracin.

En nuestro fichero log que hayamos creado nos va a aparecer una serie de clculos que nos realiza el
programa. Vamos a necesitar las simetras de cada uno de los 10 orbitales moleculares, sus energas y
los coeficientes para calcular la funcin de onda para cada uno de estos. Los datos necesarios
(copiados del fichero log) son los siguientes:

A partir de estos datos vamos a completar la siguiente tabla y vamos a escribir la funcin de onda
para cada uno de los orbitales:
Funcin de onda, i
1= 0,64733[C2s(1)]+0,22501[C2pz(1)]+0,64733[C2s(2)]0,22501[C2py(2)]+ 0,17417[H1s(3)]+ 0,17417[H1s(4)]
2=0,45320 [C2s(1)]-0,35310 [C2py(1)]-0,45321 [C2s(2)]-0,35310
[C2py(2)]+0,41222 [H1s(3)]-0,41222 [H1s(4)]
3=-0,07410 [C2s(1)]+0,55120 [C2pz(1)]-0,07410 [C2s(2)]-0,55120
[C2py(2)]-0,43668 [H1s(3)]- 0,43668 [H1s(4)]
4=0.70530 [C2px(1)]+0,05057 [C2pz(1)]-0,70530 [C2px(2)]+0,05057
[C2pz(2)]
5=0.05057 [C2px(1)]+0,70530 [C2pz(1)]+0.05057 [C2px(2)]+0,70530
[C2pz(2)]
6= -0,11935 [C2px(1)]+0,69696 [C2pz(1)]+0,11935 [C2px(2)]-0,69696
[C2pz2)]
7= 0,69696 [C2px(1)]+0,11935 [C2pz(1)]-0,69696 [C2px(2)]-0,11935
[C2pz(2)]
8=0,44931 [C2s(1)]-0.05772 [C2py(1)]-0.44931 [C2s(2)]-0,05722
[C2py(2)]-0,54300 [H1s(3)]+0,54300 [H1s(4)]
9= -0,27473 [C2s(1)]+0,38151 [C2py(1)]-0,27473 [C2s(2)]-0,38151
[C2py(2)]+0,52818 [H1s(3)]+ 0,52818 [H1s(4)]
10= -0.30451 [C2s(1)]-60995 [C2py(1)]+0,30451 [C2s(2)]-0,60995
[C2py(1)]- 0,18770 [H1s(4)]+ 0,18770 [H1s(4)]

Energa/eV
-33,033

Simetra
1
SIg

-20,647

-15,451

-11,500

-11,500

2,053

2,053

3,596

5,128

6,738

SIu
SIg
PIu
PIu
PIg
PIg
SIu
SIg
SIu

La suma de los cuadrados de los coeficientes de cada funcin de onda debe ser igual a 1, ya que las
funciones estn normalizadas. Lo he comprobado en cada una de ellas si estn normalizadas.

Por ltimo lo que nos pide el guin es calcular la densidad de carga sobre cada uno de los orbitales
moleculares (la suma de los cuadrados de los coeficientes de este orbital).
Densidad de carga para el C(1)
Orbital 1: 0.647332+0.225012 +0.647332+ (-0.22501)2 = 0.174172 + 0.174172
Orbital 2: 0.45320 -0.35310
Orbital 3