Abstracto

Se presenta una clasificacin de consenso de la vida para abrazar los ms de

1,6 millones de especies que ya estn proporcionados por ms de 3,000
opiniones de los expertos taxonomistas en un sistema unificado y coherente,
jerrquicamente clasificados conocido como el Catlogo de la Vida (COL). La
intencin de este esfuerzo de colaboracin es proporcionar una clasificacin
jerrquica que sirve no slo las necesidades de los proveedores de bases de
datos de la Col, sino tambin a la comunidad de usuarios en el dominio pblico
diverso, la mayora de los cuales estn familiarizados con el sistema
conceptual de Linneo de ordenar las relaciones de taxones. Esta clasificacin
no es ni filogentico ni evolutiva, sino que representa una visin de consenso
que acomoda opciones taxonmicos y compromisos prcticos entre las
diversas opiniones de los expertos, usos pblicos, y pruebas contradictorias
acerca de los lmites entre los taxones y las filas de los principales taxones,
incluyendo reinos. Ciertas cuestiones clave, algunos no totalmente resuelto, se
abordan en particular. Ms all de su uso inmediato como una herramienta de
gestin para el CoL y SIIT (Sistema Integrado de Informacin Taxonmica), es
valioso inmediatamente como una referencia para la investigacin taxonmica
y la biodiversidad, como una herramienta para la comunicacin social, y como
una "columna vertebral" de clasificacin para las bases de datos de
biodiversidad , colecciones de museos, bibliotecas y libros de texto. Tal
jerarqua completa moderna no ha existido previamente en este nivel de
especificidad.

Introduccin

La clasificacin biolgica (taxonoma) tiene como objetivo simplificar y ordenar

la inmensa diversidad de la vida en unidades coherentes llamados taxones que
tienen nombres de aceptacin general y cuyos miembros comparten
propiedades importantes. Se sintetiza la informacin relativa a una gran
variedad de caracteres (por ejemplo, morfolgicos, moleculares: genes,
metagenoma y metaboloma; eto-ecolgica). Actualmente no existe consenso
entre los taxonomistas del mundo respecto a los cuales esquema de
clasificacin que se utilizar para la jerarqua de vida en general, en parte
debido a la confusin resultante de la Hennig [1] redefinicin de la terminologa
previa de clasificacin, que no ha sido aceptada universalmente; los objetivos
separados de cadificacin y clasificacin [2]; y la evidencia contradictoria o sin
resolver para las relaciones filogenticas. Los continuos avances en el uso de
herramientas analticas especializadas de muchos campos diferentes y sus

resultados y conclusiones resultantes requieren actualizaciones peridicas que

se realizan avances en el conocimiento.

La clasificacin biolgica puede integrar diversos datos, basados en caracteres

en un marco filogentico, lo que permite una amplia comunidad de usuarios
para utilizar el conocimiento dispar de las propiedades biolgicas de los
taxones compartidos. Filogenia es, por lo tanto, la base de estas clasificaciones
biolgicas, pero todava hay un fuerte debate sobre su contabilidad para la
divergencia evolutiva o de contenido de informacin que no sea el patrn de
ramificacin [3]. Por consiguiente, las clasificaciones a menudo han sido
etiquetados filogentica o evolutiva, dependiendo principalmente de si son o
no rechazan grupos parafilticos [3, 4].

Aunque el tipo de clasificacin que se utiliza para apoyar la exploracin y

anlisis de cualquier situacin biolgica puede ser importante, no es el tema de
este documento. La clasificacin propuesta no aborda cuestiones filogenticas
y detalladas, mientras jerrquica y reflexiva de la filogenia, no es en s un rbol
filogentico. El objetivo de esta clasificacin es ser un medio pragmtico de la
gestin de la cada vez mayor conocimiento de la diversidad de la vida, sus
relaciones, sus caractersticas y propiedades. De hecho, las ltimas dos
dcadas han sido testigo de una explosin en la investigacin y la informtica
de la biodiversidad, haciendo hincapi en la necesidad de una lista de calidad
de los nombres cientficos aceptados de los ms de 1,9 millones de especies
vivas descritas [5] y de un mayor consenso sobre la manera de clasificarlos en
mayor categora taxonmica. Desde 2001, Species 2000 y el Sistema Integrado
de Informacin Taxonmica (SIIT) han trabajado con sus respectivos
colaboradores para completar una lista de especies en riesgo, llamado el
Catlogo de la Vida (COL). La Lista de Verificacin Anual CoL
(http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2014/) ya contiene ms de 1,6
millones de nombres de especies vlidas o aceptados proporcionados por ms
de 140 bases de datos taxonmicos que participaron ms de 3.000
taxonomistas [6]. Ms del 82% de las bases de datos mundiales de especies se
proporcionan en el rango de clase o por debajo (incluye 1.3 millones de
especies), y ms del 63% se proporcionan en el rango de orden o por debajo
(incluye 1.0 millones de especies). Debido a la heterogeneidad en la ms alta
clasificacin de nivel entre las bases de datos aportados, los gerentes Col
buscaron una clasificacin jerrquica prctica y coherente que podra servir
como marco para la integracin de datos. A continuacin se explica la razn de
ser del consenso de clasificacin de nivel superior que proponemos para su uso
COL.

Nuestro objetivo, por lo tanto, es proporcionar una clasificacin jerrquica para

el CoL y sus colaboradores que se clasific para abarcar taxones de nivel
ordinal para facilitar una importacin sin fisuras de contribuir bases de datos
(a); (B) atiende las necesidades de la comunidad de usuarios en el dominio
pblico diverso, la mayora de los cuales estn familiarizados con el sistema
conceptual de Linneo de ordenar las relaciones de taxones; y (c) es probable
que sea ms o menos estable durante los prximos cinco aos. Tal jerarqua
completa moderna no exista con anterioridad a este nivel de especificidad. En
este sentido, se resumen los aspectos generales del rbol de la vida, incluidos
los grupos monofilticos tanto parafilticos y, siendo ambos importantes para
facilitar la comunicacin significativa entre los cientficos y entre la comunidad
cientfica y la sociedad.

La clasificacin ms reciente de alto nivel para este nivel se public hace ms

de 30 aos, antes del advenimiento del anlisis molecular moderna [7]. Ms
all del uso inmediato de la legalidad como, la jerarqua es valioso como
referencia para la investigacin taxonmica y la biodiversidad, como una
herramienta para la comunicacin social, y como una "columna vertebral" de
clasificacin estable para las bases de datos de biodiversidad, colecciones de
museos, bibliotecas y libros de texto, para nombrar unos algunas aplicaciones.

Enfoque
Cuando Linneo present su novela "sistema de la naturaleza" en la mitad del
siglo 18, que reconoci tres reinos de la naturaleza: Regnum Vegetabile
(plantas), Regnum Animale (animales), y el Regnum Lapideum (minerales) que
ha sido desde hace tiempo abandonadas. Sin embargo, como es evidente por
el ttulo de su trabajo, se introdujo categoras taxonmicas de nivel inferior
(clase llamada, orden, gnero y especie), cada uno anidado sucesivamente
dentro de las categoras de mayor puntuacin. sistema de Linneo ha
demostrado ser robusta desde hace ms de 250 aos (vase el anlisis integral
y sugerencias para hacer frente a posibles conflictos en Vences et al. [8]). En
las clasificaciones de hoy en da, el punto de partida para los nombres
botnicos es Especie de Linneo [9] Plantarum y para los nombres zoolgicos es
la dcima edicin del Systema Naturae [10]. Desde Linnaeus, la expansin del
conocimiento y el aumento en el nmero de especies descritas ha requerido
una expansin del nmero de niveles jerrquicos (rangos) dentro del sistema.
Las categoras de la familia y phylum (o divisin) se introdujeron a principios
del siglo 19, y muchas categoras intermedias se han aadido desde entonces.
Actualmente hay poco acuerdo acerca de los nombres generales para las

categoras anteriores se desprende que del reino; aqu usamos superreino en

lugar de imperio o dominio. Adems, hay tres cdigos separados que rigen la
asignacin y utilizacin de los nombres cientficos, cada uno con diferentes
requisitos y terminologa y las consecuencias de sus clasificaciones. Para algas,
hongos y plantas (ICN: Cdigo Internacional de Nomenclatura Botnica), el
principio de prioridad no se aplica por encima de rango de la familia; para los
animales (CINZ: Cdigo Internacional de Nomenclatura Zoolgica), la prioridad
no se aplica por encima del grupo familiar ocupa; y para los procariotas
distintas de cianobacterias (ICNB: Cdigo Internacional de Nomenclatura de
Bacterias), slo las categoras clasificados como de clase y por debajo estn
cubiertos por el cdigo. Un artculo reciente de la Comisin Internacional sobre
Bionomenclature compara la terminologa entre los seis cdigos de
nomenclatura actual y hace recomendaciones para su uso en la mejora de la
comunicacin [11].

En 2005, en nombre de la Sociedad Internacional de Protistologists, Adl et al.

[12] present una cadificacin eucariota slo anidada que utiliza los nombres
de seis supergrupos-Amoebozoa, Opisthokonta, Rhizaria, Excavata,
chromalveolata, y Archaeplastida (= Plantae) [13-17] -como los grupos de ms
alto rango eucariotas. Su esquema se actualiz en 2012 [18], con Rhizaria y
Chromalveolata reemplazados por SAR ms cuatro pequeos grupos hacrobian.
A pesar de estos taxones estn anidados, y calificados por un sistema de
"vietas", Adl et al. evitado el uso de los nombres de Linneo categora superior
(filo, clase, orden, familia) que tendran rango ms denotado til. La medida en
que los grupos anidados comprenden una mezcla de nombres de taxones
dependiendo de la prioridad (es decir, de acuerdo con el ao de introduccin
del nombre), muchos gneros individuales, as como los nombres de taxones
tradicionales (familia a travs de la clase) llegar a tener el mismo rango en el
Adl et al. jerarqua, mientras que al mismo tiempo que tienen diferentes sufijos
o ninguno en absoluto. Las filas asignadas en ellos a menudo parecen reflejar
nuestra ignorancia actual parcial de las relaciones ms de una cuidadosa
evaluacin de la disparidad fenotpica relativa que en la taxonoma de Linneo.
Esto es muy confuso cuando se utilizan estos "nombres de grupo" (gnero al
reino) de manera aislada sin tener en cuenta la relatividad filogentico. Dos de
los grandes beneficios de las categoras del ranking de Linneo y sus sufijos son
estandarizados que relativizan al instante taxones que son de otro modo
desconocido para los no especialistas y tambin indican el grado relativo de
carcter distintivo fenotpica entre los grupos. La clasificacin general mayor
nivel utilizado por el CoL, por lo tanto, utiliza las categoras formales estndar,
ya que se pretende que sea a la vez pragmtica e informativo tanto de
parentesco evolutivo y subordinacin filogentico relativa. Una clasificacin
debe ser biolgicamente bien fundamentada y ampliamente til. En su
simplicidad, proporciona menos detalles acerca de las relaciones que una

filogenia completa, pero todava es congruente con ella [19]. Nuestra

clasificacin no pretende competir con un cadificacin como Adl et al.'s-ambos
son formas vlidas de ordenar el mundo viviente, pero podramos argumentar
que de ellos es menos comprensible para muchos en las comunidades de
usuarios de dominio pblico.

Estas complejidades reales de la historia filogentica hacen hincapi en que la

clasificacin es una empresa humana prctica, donde se deben hacer
compromisos [20]. Por ello, hemos llamado nicos grupos considerados
generalmente haber tenido un origen monofiltico, aunque algunos de ellos
pueden ser parafiltico (es decir, no incluyen todos los descendientes de su
ltimo ancestro comn) y otros, por ejemplo, Euglenozoa, Rhizaria, Cercozoa,
incluir subgrupos (como Euglenophyceae, Chlorarachnea, y Paulinella) que se
desarroll por la fusin symbiogenetic de dos linajes fundamentalmente
diferentes [21], mientras que otros han tenido infusiones de genes de otras
partes [22] y por lo tanto no se ajustan a ninguna definicin puramente formal
de monofilia. No hemos adoptado la opinin de que uno nunca debe aceptar
grupos parafilticos en una clasificacin sino que hemos evaluado cada caso de
parafilia en su viabilidad y su uso. En algunos casos (por ejemplo, briofitas
clsico) que aceptaron la divisin de los taxones Paraphyletic en grupos
(grupos holophyletic con un origen monofiltico, que tambin incluyen todos
los descendientes de su ltimo ancestro comn, es decir, clados). En otros
casos hemos mantenido taxones (parafiltico) ancestral cuando pareca
beneficioso hacerlo (por ejemplo, Prokaryota, protozoos, crustceos,
Sarcopterygii, Reptilia). A efectos prcticos tratamos proteobacterias y
cianobacterias como filos holophyletic a pesar de que tanto excluyen a sus
descendientes la mitocondria y los cloroplastos, ninguno de los cuales es ahora
una bacteria, sino un orgnulo celular evolutivamente quimrico. Hemos
conservado de forma conservadora varios grupos donde la evidencia de
parafilia o holophyly es contradictorio, como arqueas (arqueobacterias).

Un panel de expertos que representan a las principales disciplinas taxonmicos

se reuni para examinar, revisar y actualizar la jerarqua de la legalidad como
incompleta existente. Estos autores consultados ms de 200 fuentes (vase el
Apndice S1), la mayora de los cuales eran de publicaciones taxonmicas
recientes y sitios web. El producto es una clasificacin actual y prctico que
cumpla con la meta establecida por el Grupo Especial. En el logro de un
consenso, se requiere el panel para hacer algunos compromisos que pueden
requerir revisin a medida que se resuelvan los problemas relacionados.
Mientras que todos estos individuos hicieron contribuciones a la jerarqua,
endosar no todos necesariamente todos los aspectos de la misma. La

clasificacin de la legalidad como se someter a examen y revisin a intervalos

de cinco aos para tener en cuenta los cambios necesarios.

Resultados y discusin

Estamos proponiendo dos superreino (Prokaryota y eucariota), la clasificacin

de siete reino que es una extensin prctica del esquema de seis reino de
Cavalier-Smith [19]; este ltimo se ha utilizado, por ejemplo, en la lista de
verificacin compendio de la biota marina de los mares de China [23] y en el
primer inventario nacional exhaustivo de la biodiversidad para Nueva Zelanda
[24-26]. Para cada uno de estos reinos tuvimos que ejercer nuestro juicio
taxonmica y llegar a un compromiso prctico entre las diversas opiniones y
los usos y las pruebas contradictorias acerca de ciertas cuestiones filogenticas
importantes para la definicin de los lmites entre las filas y de las principales
taxones, incluyendo reinos. Nuestro esquema incluye: los reinos Archaea
procariota (arqueobacterias) y bacterias (Eubacteria), y los reinos eucariotas
Protozoa, Chromista, Fungi, Plantae y Animalia. Hemos conservado 14 filas de
superreino a la orden (Tabla 1). Varios problemas taxonmicos clave, algunos
no totalmente resuelto, se discuten a continuacin.
Prokaryota

La clasificacin ms alta de los procariotas es todava algo inestable. Woese y

Fox [27] tratado arqueobacterias (Archaea) y Eubacteria (bacterias) como
reinos separados. Margulis y Schwartz [28] reconocieron la superreino
Prokarya, que contiene bacterias reino uno que inclua un subkingdom arqueas;
Cavalier-Smith tambin trat arqueobacterias y eubacterias como subreinos
procariotas [19, 29]. fuentes de uso comn de nombres procariotas, tales como
la Lista de procariotas Los nombres con que se coloca en nomenclatura (LPSN)
[30] y el esquema taxonmico de bacterias y arqueas (TOBA) [31] tratan
bacterias y arqueas como dominios separados, pero no dicen nada acerca de la
categora de reino. Si bien estas fuentes enumeran los nombres de los filos de
uso comn como un servicio para el usuario, que no se publiquen vlidamente
bajo el ICNB. No hemos puesto nombres filo entre comillas, ya que tienen pero
hemos designado algunos nombres procariotas en rangos inferiores que son de
uso comn, pero no (o no todava) vlida. Como no hay nombres procariotas
por encima de las filas de la clase estn amparados por una normativa ICNB,
no hay mayor clasificacin oficial de los procariotas [32] y cualquier intento de
este tipo es necesariamente difcil. Hemos elegido adoptar la clasificacin
actualmente en uso por el Catlogo de la Vida. Se deriva de la Toba y reconoce

bacterias y arqueas como equivalente en rango a los reinos eucariotas. Los

tratamos como reinos de facto hasta que haya una mejor resolucin de su
estado. El nmero de "filos" negibacterial reconocido en la actualidad [30] es
probablemente excesivo en comparacin con los eucariotas y sobre todo refleja
la incertidumbre acerca de las verdaderas relaciones de muchos pequeos
filos, probablemente exagerar la importancia de su disparidad biolgica. El
mayor uso de rboles de mltiples genes en lugar de sobre la dependencia de
los rboles de genes rRNA solo puede llegar a permitir una mayor
simplificacin, agrupndolos en menos filos, posiblemente, slo alrededor de la
mitad del nmero actual [28].

Protozoos y Cromista

eucariotas unicelulares, generalmente llamados protistas, comprenden un

grupo polifiltico de los eucariotas que no se someten a la formacin de tejido
a travs del proceso de estratificacin embriolgico. Incluyen eucariotas
unicelulares ancestralmente directamente descendientes de bacterias por el
origen del ncleo, endomembrane, citoesqueleto, y las mitocondrias.
Asignndolos a reinos separados ha sido histricamente difcil cuando slo se
microscopa de luz disponible, pero ahora se facilita considerablemente debido
a los avances en microscopa electrnica y la secuenciacin de genes.
Anteriormente, el grupo ameboide unicelulares Myxozoa con esporas
multicelulares se incluy en protozoos pero estos protistas son ahora
firmemente dentro del reino animal, habiendo sido demostrado ser simplificado
enormemente animales parsitos. Las levaduras son hongos unicelulares que
evolucionaron a partir de ancestros polyphyletically filamentosas multicelulares
y se asignan a uno de los tres mayores hongos phyla. Los microsporidios son
muy reducidos parsitos intracelulares tradicionalmente considerados
protozoos, pero se conocen desde hace dos dcadas para estar relacionados
con los hongos. En un momento se pens microsporidios haban evolucionado a
partir de hongos y por lo tanto fueron colocados en ese reino [19, 33]. Desde
hace varios aos los rboles de mltiples genes fueron contradictorios acerca
de si microsporidios ramificado dentro o divergen de los hongos. La evidencia
ms reciente es que estn ms estrechamente relacionados con rozellids [34],
que tambin han sido tratados ya sea como hongos o protozoos. Si este
reciente filogenia [34] es correcto, ambos deben estar en el mismo reino. Aqu
somos de la opinin de que la mejor demarcacin entre protozoos y hongos se
encuentra inmediatamente antes de que el origen de la pared de quitina
alrededor de las clulas fngicas vegetativas y la prdida asociada de
bacterivora [33]. Por lo tanto, incluimos microsporidios y rozellids en protozoos

(vegetativamente sin paredes, por lo general phagotrophs) no Hongos

(vegetativamente osmotrophs amuralladas).

Durante dcadas, los taxonomistas han debatido sobre el lmite entre

protozoos y Plantae. Aceptamos la opinin de que se debe colocar justo antes
del origen evolutivo de los cloroplastos y que Plantae debe comprender todos
los eucariotas con plastidios descendiendo directamente de la cianobacteria
inicialmente esclavizado, es decir, Viridiplantae (plantas verdes), Rhodophyta
(algas rojas), y Glaucophyta (algas glaucophyta), pero excluye aquellos
chromistas como que consiguieron sus cloroplastos de las plantas
secundariamente por las transferencias posteriores a eukaryote eucariota
laterales. Por lo tanto, todas las algas verdes estn incluidos en Viridiplantae y
Plantae y estn excluidos de protozoos. La nica protozoos fotosinttica son
Euglenophyceae, que obtiene sus cloroplastos, posteriormente, a partir de un
alga verde esclavizado [21].

El lmite entre los protozoos y Cromista ha sido ms controvertida. Chromista

fue establecido para incluir todas las algas cromofita (aquellos con clorofila c,
no b) considera que han evolucionado por esclavizacin symbiogenetic de otro
eucariota (un alga roja), as como todos los protistas hetertrofos descendido
de ellos por la prdida de la fotosntesis o plastidios enteras [35 ]. Con los
avances filogenticos se ha vuelto ms claro que antes se consideraban
alveolates (protozoos) estn relacionados con las algas chromistan
heterokontophyta (y heterokonts hetertrofos relacionados) y ms distante con
Rhizaria, los tres juntos formando el grupo principal HAROSA (equivalente a
SAR). En consecuencia, Cromista se ha ampliado considerablemente para
incluir a todos HAROSA, as como otros ex protozoos que resultaron estar
relacionados con haptophytes o criptofitas. Chromista ahora incluye muchos
grupos, una vez tratadas como Protozoa [19], una expansin ha seguido hasta
aqu. En los rboles de mltiples genes, esta expansin es la parte ms difcil
de todo el rbol eucariota para resolver. Ellos muestran a veces una o ambas
de las Plantas y Cromista como un clado, pero a menudo sus principales
subgrupos se entremezclan de forma contradictoria [36, 37]. Esto puede ser
una consecuencia de la eucariota-eucariota historia quimrico de chromistas
que adquirieron algunos genes de las algas rojas o de la radiacin basal muy
rpida de la robusta clade corticate (es decir, Plantae ms Chromista). Debido
a esto, algunos se preguntan si Cromista representa un clado, sin embargo, los
rboles estn todava demasiado mal resuelto para eliminar la probabilidad de
consideraciones de clulas evolutivo que Chromista y Plantae son
genuinamente hermana clados distintos. La evidencia de que HAROSA es un

clado es muy fuerte. La evidencia de que Haptista ms Cryptista son un clado

Hacrobia es fuerte en algunos rboles, pero cuestionado por otros [37].

Protozoos, como Prokaryota, es sin duda un taxn parafiltico [38]; Animalia,

hongos, Plantae y Cromista todo se desarroll de la misma. En nuestra
jerarqua protozoos comprende siete filos, de los cuales cuatro son
probablemente clados y tres Paraphyletic. Nosotros no consideramos que sea
til en una clasificacin general para subdividir los filos Paraphyletic en
numerosas otras ms pequeas, a menudo con slo un puado de especies
que la mayora nunca ha odo hablar, a pesar de que unos pocos especialistas
podran favorecer que a pesar de sus subgrupos constituyentes que no se
aparta radicalmente de estructura celular. Por tanto protozoos y Cromista
hemos favorecido grupos grandes con diseos corporales compartidos, anloga
a muy diversos filos animales como Chordata y artrpodos. La mayor
proporcin de los filos ancestral (parafiltico) en protozoos en comparacin con
los grupos terminales como los animales y las plantas no es sorprendente, ya
que fueron los primeros eucariotas y que divergen desde el principio, pero con
muchos menos cambios importantes asociados en el plan corporal que se
produjo durante la cantidad de radiacin despus de animales bilaterales.
Distintos primeros clados protozoarios divergentes pueden ser notablemente
similares morfolgicamente y biolgicamente [39].

hongos

Como se dijo anteriormente, somos de la opinin de que la mejor demarcacin

entre protozoos y hongos se encuentra inmediatamente antes de que el origen
de la pared de quitina alrededor de las clulas fngicas vegetativas y la
prdida asociada de bacterivora. Nosotros usamos una versin actualizada de
la ms alta clasificacin presentada en la 10 edicin del Diccionario de Hongos
[40]. Los oomicetos evolutivamente convergentes tales como el grave plaga
Phytophthora, tratados anteriormente como hongos, pertenecen en su lugar
phylum pseudohongos del heterokontophyta Cromista.

Plantae

Al igual que con los otros reinos, Plantae se clasifica en una variedad de
maneras. Margulis y Schwartz [28] Plantae restringidos a las plantas

(embryophytes o plantas superiores) Terrenos y populariz el uso del reino

protoctistas para incluir las plantas inferiores (verde, rojo, y las algas
glaucophyta) y los hongos inferiores, as como chromistas con protozoos
clsica. Muchos consideran ahora como un reino demasiado amplia y
heterognea y la separacin asociada de las plantas inferiores y superiores en
diferentes reinos para ser indeseable. Ahora taxonomistas casi universalmente
clasifican las plantas inferiores y superiores juntos en el nico reino Plantae y
hongos inferiores y superiores dentro de la nica reino fungi. Hemos adoptado
esta delimitacin de Plantae aqu [19, 35] (para el que Archaeplastida [12, 18]
es un sinnimo reciente menos familiar). La estructura de los genomas de
plstidos y la derivada de soporte maquinaria productora de protenas de
importacin de cloroplastos un nico origen de glaucophyta, algas rojas, algas
verdes, y embryophytes (plantas terrestres). El embryophyte ancestral se cree
que se origin a partir de los familiares de los charales (stoneworts) o
Coleochaetales (Charophyta). Jeffrey [41] carofitas y embryophytes primera
agrupados como un clado Streptophyta, que ms tarde fue validado como
superphylum [42] y se reduce a phylum por Bremer [43].

Chase y Reveal [44] publicaron una clasificacin filogentica de las plantas

terrestres, razonando que "Si los principales clados de algas verdes son
reconocidos como clases, entonces todas las plantas terrestres, los
embryophytes, se debe incluir en una sola clase, aqu reconocidos como
Equisetopsida. "Este argumento, sin embargo, hace demasiado hincapi en el
nivel cladstico en comparacin con disparidad fenotpica, y es contraria a la
asignacin tradicional de filo (o divisin) de estado a la briofitas principal,"
pteridofitas "y subgrupos de semillas de plantas. Este ltimo tratamiento se
ejemplifica en la Lista de Verificacin Anual de la Col, que aparece tres filos de
briofitas, cuatro filos pteridofitas, y cinco filos de semillas de plantas de 2008,
lo que refleja la disposicin que se encuentra en muchos libros de texto
universitarios de finales del siglo 20 y en Margulis y Schwartz de Cinco reinos
[28]. En este trabajo reconocemos cuatro filos embryophyte de tres de los
brifitos (hepticas, hornworts, y musgos) y un solo filo Tracheophyta para las
plantas-con todas las especies que se caracterizan por tener una fase diploide
xilema y floema vasculares. especialistas de briofitas tienden a tratar a cada
uno de los tres principales grupos de brifitos como filos-Marchantiophyta,
Anthocerotophyta, Bryophyta [45, 46]. Hemos elegido un enfoque conservador
a la ms alta clasificacin de las plantas, en gran medida con Mabberley [47]
para la embryophyte sita por encima de la clase, mientras que el uso de
Chase y Reveal [44] y Stevens [48] para los rangos inferiores.

Animalia (Metazoa)

El nmero de filos y clases con las especies existentes en el reino Animalia

difieren de acuerdo a la particin molecular y morfolgica en las filogenias [4959], as como los tratamientos preferidos de especialistas de especial filos
tradicional y dnde "trazar la lnea" entre taxones relacionados y cmo
clasificar ellos-el ranking de phylum frente subfilo es a veces bastante
subjetiva. Sobre la base de las contribuciones de los expertos en taxonoma a
un esquema de clasificacin superior y el reconocimiento de la riqueza
taxonmica [60, 61], tantos como 39 filos animales nivel podra ser reconocido
(ms, si Porifera fueron abandonados como un filo y clados principales
constituyentes darse mayor rango [62]). A continuacin se discuten algunos
problemas encontrados en sus fallos para nuestra clasificacin propuesta, que
acepta 34 filos animales.

(1) Porifera y un filo o tres?

Nielsen [62] argument que 'Los tres grupos de esponja aparentemente

monofiltico Silicea, Calcarea, y homoscleromorpha no constituyen un grupo
monofiltico, y el "filo Porifera" por lo tanto tiene que ser abandonado.'
Estudios ms recientes, alternativamente apoyan parafilia [63] o holophyly [58,
64] de esponjas. Hasta que se resuelva el problema, vamos a seguir la
comunidad Porifera [65-67] en la retencin de un solo filo Porifera con cuatro
clases.

(2) Estado de Myxozoa.

Un trabajo reciente en el vermiforme myxozoan Buddenbrockia ha demostrado

de manera concluyente que myxozoans estn muy simplificadas Cnidaria,
posiblemente Medusozoa [68, 69]. Clasificamos Myxozoa como un suborden de
Filo Cnidaria.

(3) Los gusanos planos monofiltico o no?

En 1995, Nielsen [70] escribi "La delimitacin del filo [platelmintos] no hay
mucho de que se trate", pero los anlisis moleculares recientes, combinadas

con una cuidadosa reconsideracin de la morfologa y anatoma, han

confundido la clasificacin de los platelmintos, afectando particularmente
Acelos, Xenoturbella y nemertodermatida. Egger et al. [71] revisaron la
evidencia, sealando el contraste entre los datos morfolgicos y filogenmicos.
Considerando que el sistema de clulas madre y el modo de reemplazar las
clulas epidrmicas se unen tanto Acelos y Rhabditophora y no se encuentran
en ningn otro linaje bilaterian, los datos apoyan filogenmicos una separacin
de estos dos grupos, una conclusin alcanzada por Philippe et al. [72] basado
en los genes mitocondriales, un conjunto de datos phylogenomic de 38,330
posiciones de aminocidos, y complementa miARN. Seguimos Philippe et al.
[72] y Tyler Schilling y [73] en la unin de Acelos, Xenoturbella y
nemertodermatida como el phylum Deuterostomia Xenacoelomorpha. La
clasificacin interna restante de platelmintos tambin es algo problemtico. Se
propone una clasificacin que se basa en parte en Riutort et al. [74] y Tyler
[75].

(4) Filo Gnathifera o filos Acanthocephala, Gnathostomulida, Micrognathozoa, y

rotferos?

Hasta hace poco, los cuatro de estos grupos fueron tratados comnmente
como filos separada [28, 61, 76-80]. Sin embargo, numerosos reciente
molecular y morfolgica anlisis nido Acanthocephala dentro de rotferos [8186]. Una epidermis sincitial enlaces rotferos, Seison y Acanthocephala; Ahlrichs
[87, 88] propuso Syndermata para este clado. Segn lo revelado por
microscopa electrnica de transmisin [89] y la microscopa electrnica de
barrido [90], el aparato de la mandbula gnathostomulids y rotferos es
notablemente similar. La de Seison es menos evidente homloga [91] y el
Seisonidea pueden haber divergido de rotferos en una etapa temprana de su
evolucin. Por otro lado, Seison tiene esperma similar a acantocfalos y la
epidermis de los dos grupos contiene haces de filamentos. Micrognathozoa
maerski, lo que representa una nueva categora de organismo
(Micrognathozoa) a partir de las aguas dulces fros en Groenlandia y las islas
Crozet [92, 93], tiene un aparato de mandbula notable (el ms complicado
conocido entre los invertebrados) con homologas claras, tanto en los
elementos de mordaza y la musculatura, con los trophi en rotferos y las
mordazas en Gnathostomulida. El aparato de la mandbula y de la musculatura,
as como los anlisis moleculares, se unen estos taxones como un clado
conocido como Gnathifera (ver [86, 92]). En el anlisis por Giribet et al. [94], el
problema sigue sin resolverse, como Micrognathozoa apareci independiente
de Gnathostomulida y rotferos, con la afiliacin claro. Edgecombe et al. [59] y
Nielsen [95] conservar el estado de phylum Gnathostomulida, Micrognathozoa,

y rotferos pero no Acanthocephala. Tratamos a cada uno de los principales

grupos gnathiferan como un filo, incluyendo Acanthocephala, a raz de los
monjes y Richardson [79], aunque algunos de nosotros pensamos que el
nmero de filos gnathiferan debera reducirse sustancialmente cuando su
filogenia, incluyendo las relaciones del grupo interno de rotferos sensu lato ,
est ms firmemente establecida.

(5) El phyla scalidophoran.

Adrianov y Malakhov [96] phylum erigido Cephalorhyncha para Kinorhyncha,

loricferos, Priapula, y Nematomorpha. Los tres primeros de estos filos tienen
en comn un hocico eversible (introvertido) con espinas scalid y msculos
retractores interior y exterior, un filtro excretor similar (protonephridium), y
rganos de los sentidos similares, proporcionando una fuerte justificacin para
unirlos en un solo clado, la scalidophora [97]. Tambin hay soporte molecular,
aunque no por unanimidad, para un clado de Kinorhyncha, loricferos, y
Priapula, conocido como scalidophora. Por otro lado, Kinorhyncha tiene
segmentacin cuerpo interna y externa carece de los otros grupos. Neuhaus y
Higgins [98] observaron que las pruebas contradictorias existe para cada una
de las posibles relaciones hermana-grupo entre estos filos y prefieren
mantenerlos separados en un superphylum scalidophora (que se prefiere sobre
Cephalorhyncha, este ltimo nombre originalmente incluido el Nematomorpha).
Recomendamos filos scalidophoran separada, aunque el nmero podra
reducirse en gran medida cuando la filogenia se hace ms clara.

(6) El cordado subphyla Cephalochordata y Urochordata.

Algunos anlisis de secuencias han cuestionado la monofilia de Chordata [99,

100]. Nielsen [95] mantiene Urochordata (o Tunicata) y Cephalochordata como
filos separados, mientras que el grupo Urochordata est ms cerca de los
vertebrados (craniates), en un Olfactores clado, que Cephalochordata. Nos
reservamos todos los tres grupos como subphyla cordado tradicional.

Muchos usuarios de las clasificaciones preferiran un sistema estable,

inmutable. Sin embargo, las clasificaciones son las sntesis de los
conocimientos biolgicos, la comprensin filogentica sobre todo
contempornea de los taxones, que debe ser actualizada peridicamente de

acuerdo con los nuevos descubrimientos cientficos. Por lo tanto, la taxonoma

debe navegar entre los dos peligros de ignorar los avances importantes y hacer
cambios prematuros o innecesarios. Buscamos la estabilidad en la
nomenclatura a nivel de especie, pero a niveles ms altos de los conceptos y
las composiciones de los taxones, y por lo tanto el alcance de nombres
conocidos, hay que cambiar inevitablemente a medida que nuevos organismos
que se descubren y afinidades evolutivas se entienden mejor. El hecho de que
hayamos sido capaces de ponerse de acuerdo sobre una clasificacin unificada
prctica muestra que los taxonomistas pueden ponerse de acuerdo en lneas
generales, a pesar de las diversas experiencias, puntos de vista, y en cierta
medida, diferentes filosofas de clasificacin representados en nuestro panel.
La clasificacin actual (como, de hecho, todas las clasificaciones) deberan
considerarse como provisional, y se modificar inevitablemente en ciertos
aspectos, algunos insinuado anteriormente. Sin embargo, se sospecha que el
reciente torrente de radicales reevaluaciones (lo que resulta especialmente de
la aplicacin de la secuenciacin del ADN y otras tcnicas nuevas) puede
disminuir a medida que pasa el tiempo. Esperamos que esta clasificacin
inusualmente amplio ser ampliamente til y proporcionar una base slida
para seguir mejorando. Una clasificacin propuesta completa de superreino a la
orden se proporciona en la Tabla 2 y se encuentra disponible para su descarga
en <http://www.catalogueoflife.org/col/>. Por debajo del rango de
infrakingdom, hemos seguido la convencin usada en el Catlogo de la Vida y
que figuran los nombres de los taxones en orden alfabtico. Esto permite que
facilita la bsqueda por aquellos que no estn familiarizados con las filogenias
de los muchos grupos taxonmicos en el mismo y prev ms fcil importacin
y manipulacin de los datos por los sistemas de informacin.