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Sin
las
enzimas
los
procesos
biolgicos seran tan lentos que las clulas
no podran existir.
Las enzimas pueden actuar dentro de la
clula , fuera de sta, y en el tubo de ensayo.
E + S ESEP E + P
E
La Ea de la hidrlisis de la urea
baja de 30 a 11 kcal/mol con la
accin de las enzimas, acelerando
la reaccin 1014 x
E+S
E+P
Tiempo de la reaccin
El aumento de temperatura
necesario para producir la reaccin
no catalizada seria de 529C
Enzima - Catalizador
Tanto la enzima como el
catalizador aceleran la
velocidad
de
una reaccin qumica.
Una
enzima
puede
transformar
1000 molculas de sustrato/ segundo
Las enzimas tienen 3 propiedades que los
catalizadores NO tienen
Las
Cada
Las
Enzima
Sustrato
Sitio activo
Complementariedad geomtrica
Complementariedad
inicas
de
Modelos:
Encaje inducido
Llave cerradura.
Estado de transicin
cargas,
uniones
Clasificacin y
nomenclatura de enzimas
Clasificacin y nomenclatura
Nombre sistemtico:
Grupo transferido
Aceptor
EC 2.7.1.1
Grupo
Enzimas
Subgrupo
Clasificacin y nomenclatura
Clasificacin de enzimas por Grupos
EC 1.x Oxidorreductasas
EC 2.x Transferasas
EC 3.x Hidrolasas
EC 4.x Liasas
EC 5.x Isomerasas
EC 6.x Ligasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreduccin, en que tomos de
oxigeno hidrogeno son trasladados entre molculas:
Ared + Box
Aox + Bred
AH2 + B
A + BH2
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nombre: Dador:Aceptor oxidorreductasa
-D-Glucosa : O2 1-oxidorreductasa
Dador
EC 1.1.3.4
Aceptor
Nombre comn:
Glucosa oxidasa
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nomenclatura del subgrupo en oxidorreductasas:
EC 1.1.x EC 1.2.x EC 1.3.x EC 1.4.x EC 1.5.x EC 1.6.x etc.
Deshidrogenasas
Oxidasas
Peroxidasas
Oxigenasas
Hidroxilasas
Reductasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de tomos
grupo de tomos entre molculas:
A-X + B
A + B-X
EC 2.7.1.1
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Clasificacin de subgrupo de las transferasas:
EC 2.1.x
EC 2.2.x
EC 2.3.x
EC 2.4.x
EC 2.5.x
EC 2.6.x
EC 2.7.x
EC 2.8.x
EC 2.9.x
Grupos monocarbonados
Grupos aldehido o ceto
Aciltransferasas
Glicosiltransferasas
Alquil- o Ariltransferasas
Grupos nitrogenados
Grupos fosfato
Grupos sulfato
Grupos selenio
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis y tambin su reverso. Son
las ms comunes en el dominio de la tecnologa enzimtica:
A-B + H2O
A-OH + H-B
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Clasificacin de las hidrolasas:
3.1.-.3.2.-.3.3.-.3.4.-.3.5.-.etc.
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Caso particular Pptido hidrolasas: clasificacin comn (no
sistemtica)
I. Segn la situacin del enlace atacado:
- Exopeptidasas (extremos de la cadena) (Peptidasas)
- Endopeptidasas (interior de la cadena) (Proteinasas)
II. Segn el mecanismo cataltico:
- Serin proteinasas
- Tiol proteinasas
- Aspartil proteinasas
- Metaloproteinasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Catalizan reacciones reversibles de remocin de grupo de
tomos del sustrato (este grupo no incluye las hidrolasas):
A-B
Ejemplo
Nombre sistemtico:
Histidina amonio-liasa (EC 4.3.1.3)
Nombre comn:
Histidasa
A+B
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Clasificacin de las liasas:
4.1.x - Actan sobre enlaces C-C
4.2.x - Actan sobre enlaces C-O
4.3.x - Actan sobre enlaces C-N
4.4.x - Actan sobre enlaces C-S
4.5.x - Actan sobre enlaces C-Haluro (S-, Cl-, Br-, I- At-)
4.6.x - Actan sobre enlaces P-O
4.99.x - Otras liases
Aplicaciones: Pectato liasa Remueve los compuestos indeseables (ceras,
pectinas, protenas) en fibras en la industria textil bioscouring
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerizacin moleculares
A
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Clasificacin de las isomerasas:
5.1.x - Rasemasas y Epimerasas
5.2.x - cis-Trans-Isomerasas
5.3.x - Oxidoreductasas Intramolecular
5.4.x - Transferasas Intramoleculares (mutases)
5.5.x - Liasas Intramoleculares
5.99.x - Otras Isomerasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Catalizan la unin de dos grupos qumicos a expensas
de la hidrlisis de un nucletido trifosfato (ATP, GTP,
etc.).
A + B + ATP
A-B + ADP +
Pi
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Clasificacin de las ligasas:
6.1.x
6.2.x
6.3.x
6.4.x
6.5.x
6.6.x
Cintica Enzimtica
Cintica Enzimtica
La cintica enzimtica es el anlisis cuantitativo del efecto
de cada uno de los factores que intervienen en la actividad
enzimtica, que se evala a travs de la velocidad de la
reaccin catalizada.
Las variables ms importantes son:
Concentracin de enzima, sustratos y productos
(incluyendo inhibidores y/o activadores)
pH
Temperatura
Se
tendr:
dp
ds
v
dt
dt
Baja
concentracin
de sustrato
ALTA
concentracin
de sustrato
SATURACION
.
.
.
..
concentraci
Efecto de la
n de
substra
to
.
[s]
[ ]
d[P] , t
v = dt
s
t
E+S
k+1
k-1
ES
k+2
E+P
E+S
k+1
k-1
ES
k+2
E+P
E+S
k-1
ES
E+P
k+1
E+S
k
ucho-1
Tiene lugar m
ES
k+2
Hiptesis
de
ES
E+P
Mi
elischa Menten
Equilibrio
rpido
E
es
Km
S
e0
ES x
e0 s
x
Km
s
v k 2
x
Vmax s
v
k 2 e0 s
x s
x
Km s
k 2 e0
Vmax
Km s
dt
k1es k1e0 xs k1 k2 x
es
k k
1
2
m
k 1
v k 2
x
es
K
s
Vmax s
K s
m
Hiptesis
de
estado
estacionario
k2e Vmax
0
Vmax * s
v=
Km + s
La nica diferencia radica en el significado de Km:
Km = k-1/k+1 en mecanismo de M.M.
Km = (k-1 + k+2)/k+1 en mecanismo de E.E.
Significado de la constante Km
1. Constante de equilibrio de disociacin del complejo ES
(en condiciones de equilibrio rpido)
2. Medida inversa de la afinidad de la enzima por el substrato
(en condiciones de equilibrio rpido)
3. Mide la funcin de fijacin (en cond.de equilibrio rpido)
4. Concentracin de substrato para la que la velocidad se hace
igual a la mitad de la mxima (s0.5)
5. Se define para una pareja enzima-substrato
6. Se mide en unidades de concentracin
Vmax/2
Km
La Km es la concentracin de sustrato
donde se obtiene la mitad de la Vmax
Velocidad de la reacc
Vmax
Vmax/2
Km
Representacin directa
v 100
Vmax
80
60
40
20
s
0
0
20
Km
40
60
80
100
Representacin Lineweaver-Burke
0.04
1/v
0.03
1/Vmax
-1/Km
0.02
1 Km 1 1
v Vmx s Vmx
0.01
0.00
-0.4
-0.2
0.0
0.2
0.4
0.6
1/s
Representacin s -s/v
(Eadie - Hofstee)
Representacin Hanes
1.2
s/v
1.0
0.8
0.6
s
0.4
-Km
0.2
1
Vmx
Km
Vmx
0.0
-20
20
40
60
80
100
120
Representacin
de Eadie-Hofstee
Representacin v/s - v
(Wong - Hanes)
Vmax
100
Vmx
v
Km
s
80
60
40
20
v/s
0
0
10
12
14
16
Mto d os d e l i n e aliza c in p a ra
d e termina c in p a rm e tros
cintic o s
Mtodo
Eje Y
Eje X
Intercepto
Eje Y
Intercepto
Eje x
Pendiente
LineweaverBurke
1/v
1/s
1/V
-1/K
K/V
Hanes
s/v
K/V
-K
1/V
EadieHofstee
v/s
V/K
-K
Definicin Actividad
Enzimtica
Es el nmero de moles de sustrato
que reaccionan para formar producto, por mol
de enzima y por unidad de tiempo. Esto
supone que la
enzima
est
plenamente
saturada con sustrato y por tanto que la
reaccin se efecta con su mxima rapidez
El ndice de recambio muestra la
eficiencia
impresionante de la catlisis enzimtica
dp
a vt 0
dt
ds
dt
t 0
t 0
Clculo de Actividad
Enzimtica
Efecto del pH
1. Sobre la fijacin del substrato al centro activo:
- Grupos disociables de la enzima
- Grupos disociables del substrato
2. Sobre la transformacin cataltica del substrato
3. Sobre la estructura de la protena enzimtica
15
Desnaturacin
por calor
40
75
Temperatura
ORGANISMOS TERMFILOS
Son organismos que viven a altas t y realizan
sus reacciones enzimticas a estas altas t
Ejemplos son los que viven en las
aguas termales
Es tema de investigacin el aislamiento de
las enzimas de estos organismos para
desarrollar procesos industriales en
condiciones ms extremas
Coenzimas
Las coenzimas son pequeas molculas
orgnicas, que se unen a la enzima.
Las coenzimas colaboran en la reaccin
enzimtica recibiendo transitoriamente
algn grupo qumico: H+ , OH, CH3 .
La enzima sin la coenzima recibe el nombre
de APOENZIMA
Sustrato
oxidado
Isoenzimas o
Isozimas
Son formas moleculares diferentes de una
misma enzima
Catalizan la misma reaccin
Ejemplo: Lactato deshidrogenasa
Lactato + NAD ==== Piruvato + NADH
M4, M3H1, M2H2, M1H3 y H4
Se diferencian por su movilidad
electrofortica
Usadas en clnica: sueros normales y sueros
con alguna patologa
Inhibicin enzimtica
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimtica, a travs de
interacciones con el centro activo u otros centros especficos
(alostricos).
Esta definicin excluye todos aquellos agentes que inactivan a
la enzima a travs de desnaturalizacin de la molcula enzimtica
De esta forma, habr dos tipos de inhibidores:
I. Isostricos: ejercen su accin sobre el centro activo
II. Alostricos: ejercen su accin sobre otra parte de la
molcula, causando un cambio conformacional con
repercusin negativa en la actividad enzimtica.
Inhibicin enzimtica
isostrica
EI
ES + I
ESI
Inhibicin reversible
(a) El inhibidor se fija al centro activo de la enzima libre,
impidiendo la fijacin del substrato: Inhibicin Competitiva
(b) El inhibidor se fija a la enzima independientemente de que lo
haga o no el substrato; el inhibidor, por tanto, no impide la
fijacin del substrato a la enzima, pero s impide la accin
cataltica: Inhibicin No Competitiva
(c) El inhibidor se fija nicamente al complejo enzima-substrato
una vez formado, impidiendo la accin cataltica; este tipo
se conoce como Inhibicin Anticompetitiva
Inhibicin Competitiva
Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio
activo de la enzima
Se une solo a la enzima libre
V mx no se altera y K M cambia
Inhibicin competitiva
Al aumentar la cantidad
de
SUSTRATO
el
inhibidor competitivo es
desplazado y se forma
producto
S
E+P
E
ES I
EI
Se define una
constante de
equilibrio de
disociacin del
inhibidor:
Caractersticas:
[E]
Ki
[I
=
]
[
E
I]
(e0 x y)s
Km
x
(e0 x y)i
Ki
y
Que resuelto para x nos da
es
i
Km 1
s
Ki
De donde
Vmx s
i
Km 1
s
Ki
Sin inhibidor
Con inhibidor
El inhibidor competitivo
aumenta la Km
Km Sin Km con
inhibidor inhibidor
1/v
0.07
0.06
0.05
0.04
1/Vmax
0.03
0.02
-1/Km
1/s
0.01
0.00
-0.3
-0.2
-0.1
0.0
0.1
0.2
0.3
-1/(Km(1 + i/Ki))
0.4
0.5
0.6
Ejemplo Inhibidor
Competitivo
cido succnico + FAD == cido
fumrico + FADH2
El inhibidor competitivo es el cido
malnico
Es un anlogo estructuralmente
parecido al cido succnico
cido Flico y
Sulfanilamida
La sulfanilamida es un anlogo estructural
del cido p - aminobenzoico (PABA)
PABA es el punto de partida para la sntesis
de cido flico en las bacterias
El cido flico es una vitamina esencial para
la proliferacin (divisin) bacteriana
Sulfanilamida se usa en el tratamiento
algunas infecciones
Metotrexato y Dihidrofolato
El cido flico en sus formas de dihidro y
tetrahidrofolato es coenzima de la reaccin
catalizada por la dihidrofolato reductasa
Esta reaccin es parte del metabolismo de
los nucletidos para la sntesis de DNA
Metotrexato se usa en la terapia de
algunos
cnceres, inhibiendo la sntesis de DNA
Inhibidor
competitivo
su estructura es similar a la del
sustrato
No se forma producto
Inhibicin No Competitiva
Inhibidor No Competitivo
Se une a un lugar diferente del sitio
activo la enzima
Se une a la enzima libre y tambin al
complejo enzima-sustrato
Por accin del inhibidor disminuye la Vm
pero el valor de Km no se altera
Inhibicin NO competitiva
Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un
sitio diferente del sitio activo
S
E
ES
Inhibicin
No Competitiva
S
EI
E+P
ESI
Inhibicin
Anticompetitiva o
Incompetitiva
Inhibidor
Incompetitivo
En este tipo de inhibicin el inhibidor se enlaza al centro
activo pero solo despus de que el sustrato lo haya hecho y,
por tanto, inhibidor y sustrato no compiten. De esta manera,
aunque todo el sustrato est saturando la enzima y toda la
enzima est como complejo ES, el inhibidor puede
enlazarse produciendo un complejo inactivo ESI.
Como I solo se une a ES estimula la formacin de ES y, por
tanto, incrementa la unin del sustrato a la enzima,
disminuyendo Km . Sin embargo, el complejo ESI no
conduce a productos y Vm disminuye.
Inhibidor Incompetitivo
Se une a un lugar diferente del sitio
activo de la enzima
Se une slo al complejo enzima-sustrato
Los efectos que tiene: disminuye el valor
de Km y tambin el de Vmx
S
E
ES
ESI
E+P
Inhibicin
Anticompetitiva
Kap
Vap
Km(1+i/Ki)
Vm
Km
Vm/(1+i/Ki)
Km/(1+i/Ki)
Vm/(1+i/Ki)
Inhibicin Irreversible
- Los inhibidores irreversibles reaccionan con un grupo
qumico de la enzima, modificndola covalentemente
- Su accin no se describe por una constante de equilibrio Ki,
sino por una constante de velocidad ki:
E+I
Inhibidores Irreversibles
Producen inactivacin permanente de la
actividad enzimtica
Se interfiere con el normal desarrollo de
una reaccin o va metablica
Ejemplos:
p-cloromercuribenzoato,
yodoacetato, diisopropilfluorfosfato
Inhibicin enzimtica
alosterica
Enzimas Alostricas
Son enzimas cuya estructura proteica est formada
de varias subunidades
No se rigen por la cintica de M - M
Enzimas alostricas
Concepto de Cooperatividad
La unin de los sustratos al sitio activo de
una subunidad
produce
un
cambio
conformacional que por contacto fsico se
transmite a las subunidades vecinas,
facilitando las interacciones
Modelos de unin: secuencial y concertado
Ejemplos: unin Hb-O2, enzimas alostricas
y sus sustratos
Moduladores Alostricos
Tambin reciben el nombre de efectores
y pueden ser positivos o negativos
Se unen al sitio alostrico que puede
estar en la misma subunidad que tiene
al sitio activo o en las subunidades
regulatorias
Su
unin
produce
un
cambio
conformacional que afecta al sitio activo
Aspartato Transcarbamilasa
c L-asp + Carbamil-P === Carbamilasp + Pi . Primera reaccin en la sntesis
de pirimidinas
Efector positivo: CTP
Efector negativo: ATP
Tiene dos subunidades catalticas para
los sustratos y tres subunidades
regulatorias para los efectores
RESUMEN
Las enzimas son protenas que catalizan
las reacciones biolgicas
Presentan especificidad por su sustrato
Cada enzima presenta dos parmetros
importantes Vmax (saturacin de la
enzima) y la Km (medida de la afinidad
por el sustrato)
RESUMEN
La actividad enzimtica puede ser
inhibida, por inhibidores competitivos
(similares al sustrato) o por inhibidores
no competitivos.
La temperatura y el pH afectan a la
enzima en su actividad cataltica.
Algunas
enzimas
requieren
de
coenzimas y/o cofactores para su
actividad.