El DNA-

Biolgico es:

Segn Watson y Crick

1. Doble cadena de DNA antiparalelo
2. Chargaff dice Purina + Pirimidina; No puede ser dos de la misma juntas
3. Los nucletidos estn unidos por puentes de hidrgeno
4. Tiene 20 se dimetro constante
5. 3.4 de alto por par de bases
6. 10pb por vuelta
7. 34 de alto por vuelta helicoidal
8. 10 pb por vuelta
9. EL DNA tiene carga negativa, ser atrado por la carga + en electroforesis.
10. Tiene entre las dos cadenas, 2 surcos; mayor=12 y menor= 6
11. Tiene una absorbancia de 260nm
12. Todo l
DNA A(rtificial) Se da en condiciones de laboratorio, baja humedad o alta salinidad.
DNA Z(ig-Zag) Levgiro, bases dispuestas en zigzag,
Triple hlice de Hoogsten protege de las dnaasas, abundante en regiones Poli-A
DNA H - Existe en la persistencia hereditaria de hemoglobina fetal, que esta hb no suelta el O2.
DNAi Tetraplex de DNA Presente el telmeros cuatro cadenas

SI AL DNA SE LE:
Metila Se cierran las cadenas de DNA
Acetila Se abren las histonas y el DNA
Fosforilar Se compacta
Sumoilar Se cierra la cromatina
Ribosilar Se llama a la reparadora
Ubiquitinizar Se marca para degradar la histona y se abre el DNA
Ccuando el DNA se modifica (Cromatina modificada), es cuando se dice que la clula esta diferenciada
Niveles de compactacin:
1.

DNA Feliz2nm

2. Nucleosoma (DNA+Octamero de histonas)

3. Nucleosomas + DNA linker = Collar de perlas 11 nm
4. Collares de perlas + histona H1= Solenoide o fibra 30nm
5. Asas o bucles (chinitos)300 nm
6. Roseta, rosetn, son 6 bucles, 700nm
7. Cromosoma mittico 1400 nm
Cada cromosoma tiene su regin, llamada territorio cromoscomico que cada cromosoma, tiene su
homlogo dentro del nucleo pero del lado opuesto.
LA BACERIA SOLO SUPERENROLLA NO EMPAQUETA
LAS EUCARIONTES SI SUPEREMPAQUETAN, HASTA 10,000 VECES EL DNA
HETEROCROMATINADESACTIVADA
EUCROMATINAFORMA ACTIVA (SE LEE)
NUCLEOSOMADNA+HISTONAS MENOS H1
CROMATINADNA+HISTONAS+PROTENAS (SOLO EUCARIONTS)

Mutaciones del DNA:

Mutacin silenciosa: Cuando al Codn del aminocido codificado en el DNA, se le cambia una base (Generalmente
la ltima), pero este nuevo cdigo se traduce en el mismo AA .
UAC = Tirosina

Codon de tirosina

UAU = Tirosina

Codn de tirosina

Mutacin sin sentido: Cuando se cambia una parte del codn, o todo el codn por un codn de paro. WTF!
UAC =Tirosina
UAG = STOP
Mutacin con sentido errneo: Se cambia el codn, se cambia el AA
Se dividen en 2:
1.

De carcter conservativo: Se parece qumicamente el AA

2. Carcter no conservativo: NO se parece qumicamente el AA

UAC = TIROSINA
AAC = ASPARAGINA

Clasificacion de las mutaciones:

1.

Moleculares
a. Sustitucin de bases Transicin (Conserva el tamao) Purina=Purina
.
i. Silenciosa

Transversin (Cambia el tamao)Purinapirimid.

ii. Sin sentido (nonsense) Cambio de codn a un codn de STOP
iii. Con sentido errneo (missense) Cambio de codn y por eso de AA
1.

Conservativas= Quimicamente parecidas

2. No conservativas = Quimicamente distintas

b. Cambio del Nmero de bases:
i. Delecin Menos bases
ii. Insercin Mas bases

2. Cromosmicas

a. Intercambio de cadenas
i. Segmentos largos Translocaciones, inversiones
ii. Segmentos cortos Repetidos inversos, Transposones (gen saltatorio estimulado por
stress), Virus
b. Deleciones Monosomas / Aneuploidias
c. Duplicaciones Trisomas
3. Genmicas
a. Aneuploidias + o cromosomas
b. Poliploidias + o JUEGOS COMPLETOS de cromosomas.

Transicin Cambio de una purina por purina Pirimidina, por pirimidina, se mantiene el tamao.
Transversin Purina por pirimidina o al revs, NO se mantiene el tamao

Duplicacion del DNA EN PROCARIONTES:

+++SOLO SE DUPLICA SI: HAY NUTRIENTESSINTESIS DE DNA-A, ORIC
METILADO(ABIERTO), ORIC LIBRE, SIN REPRESOR.
1.

La protena DnaA reconoce al Origen (ORIC) 245pb, que tiene 13 ameros y nonameros 9pb

2. La DnaA llama a DnaB y DnaC se pegan en nonameros y abren treceameros, y a Topo II que quita la
tensin de la doble hlice cortando las 2 cadenas, desenrollando y pegando otra vez, para liberar la tensin.
3. Llega DnaG DNAprimasa y pone primers(10-12 nucleotidos).
4. Se mantiene separada la doble hlice por SSBP(single strand binding protein), se pega a las dos cadenas,
luego solo se queda en la discontnua, se van quitando cuando pasa la DNAPOLIII copiando por las
subunidades Psy y phy
5. Llega DNA Pol III y copia en 5-3 , tiene procesividad gracias a las Pinzas
a. La cadena discontinua nececita primers cada 100-200 nucleotidos copiados para seguir su
actividad, eso miden los fragmentos de okazaki
6. Cuando se acaba esto, llega DNAPol I y Quita primers y rellena el lugar del primer
7. Ligasa llega y Une estos nuevos nucletidos con las cadenas y losfragmentos de Okasaki que se formaron
el la cadena discontinua
8. TerC (Secuencia de finalizacion) y Tus (Enzimas de terminacin) junto con Topo IV liberan a los 2
cromosomas nuevos.
**La metilacin y desmetilacin del ORIC, regulan el ritmo de duplicacin
DNApol I Quita primers, Rellena y Tiene act exonucleasa de 5-3 y 3-5
DNApol II Corrige(exonucleasa) de 3-5
DNApol III Copia (sintetizar) y tiene act exonucleasa de 3-5
La copia de DNA es:

Semiconservativa: Se copia una cadena y la otra se toma de la original

Semicontinua: Una cadena se copia de corrido y la otra hay que meterle primers cada rato

Bidireccional : Una va hacia un lado y la otra hacia otro lado, porque solo puede copiar en sentido 5-3

Lateralmente unidireccional Hace un loop y parece que las 2 DNApoliii van al mismo lado p

Duplicacin de DNA en EUCARIONTES

(Bidireccional y SEMIconservativa)
SOLO SE DUPLICA SI: PASA EL PUNTO DE RESTRICCIN CDK2+CICLINA E
1. Se tiene que reconocer una regin del DNA que se llama ARS, rica en T y A
2. Esta regin tiene a ORE (***), que llama a ORC

*** Duda

3. ORC(Origin Replication Complex) CDC G, CDT, MCMs

4. Los MCMs mantienen abierto al DNA como lo hacen las SSBP en procariontes.
5. EL ORC atrae a la DNApol- que es la que pone Primers
6. Llega DNA Pol

y copia RFC y PCNA (Factor de procesividad Asociado) le da procesividad a la

DNApol
7. Los primers se quitan por RNAasaH.
8. La telomerasa actua sobre la cadena retrasada, como los cromosomas son lineales, el el ultimo extremo se
le peg un primer, pero para poder rellenar ese espacio se nececita un prymer, no hay donde pegarlo, para
eso se llama la Telomerasa, reconoce una secuencia final rica en Gs del cromosoma, alarga la cadena
molde muchas veces, para que se le pueda pegar un primer y se copie por la DNApol d para que NO SE
PIERDA informacin.
9. La ligasa pega a los fragmentos de okazaki y a los errores corregidos

TRANSCRIPCIN PROCARIONTE:
1.

Se necesitan promotores: Cada PRIBNOW (TATAAT) en la posicin -10pb (promotor pirmario)

a. El otro promotor es TTGACA a -35

2. Se llama a subunidad Sigma de la RNApol y reconoce al segundo promotor TTGACA -35, esta orienta a
la RNApol para que esta copie mucho, la subunidad se une al DNA, la sub Sintetiza el mRNA.
a. Esta enzima se puede inhibir por la RIFAMPICINA y la ACTINOMICINA D
3. Al copiar se tienen 2 cadenas de DNA, la cadena la cual se lee, es el template, la cadena molde
a. La cadena codificante es la cadena complementaria, que es al que NO lee la RNApol, pero como se
est leyendo su complemento, el mRNA es idntico a esta cadena
5- TGT CTC -3 DNA (CADENA COMPLEMENTARIA, CODIFICANTE, NO se lee, pero es idntica al
mRNA, con la base cambiada T-U)
3-ACA GAG -5DNA (Cadena molde, se lee, origina al mRNA pero no se codifica, es idntica al tRNA)
5- UGU CUC -3 mRNA (CADENA DE RNA complementaria a la no codificante, idntica a la codificante)
3-ACA GAG -3tRNA (Anticodones idnticos a la cadena no codificante)
***Con codificante se entiende que es idntico al mRNA
4. Se elonga, este proceso es mantenido por NusA y antiterminadores pn y pN*Sepa la madre
5. Terminacin:
a. Intrnsieca Tallo ASA [En el mRNA] + cola de POLI-U (Hairpin de G-C + 6 Us al final -3)
b. ExtrnsecaProtena Rho, desacopla la RNApol (Rho, tiene actividad de helicasa con uso de
ATP, avanza 50-90 pb en posc 5 en el mRNA respecto al termiador, y avanza hacia 3 cuando
se encuentra al la RNApol la desestabiliza en el sitio del terminador y se detiene la transcripcin.
6. El tallo ASA + Cola poli U sitio [OH] deben de estar presentes, si no, llega el coco(degradosoma) y se lo
come
El mRNA generado es POLICISTRNICO, osea lleva informacin para muchas protenas.
En el proceso se utilizan NTPs(Nucleotidos trifosfato ) como cofactores y donadores de energa para
crear los nuevos enlaces

TRANSCRIPCIN EN EUCARIONTES
1.

Como en procariontes, se necesitan promotores,

a. Caja de Hognes -30pb
b. CAAGTC -75pb
c. Enhancer Potenciador de la transcipcin

2. TBP [TATA Binding Protein] Reconoce a Caja de Hognes y a CAAGTC y se une

3. Se une la RNApol II (hace mRNA eucarionte), con su CTD[Carboxyle Terminal Domain]
DESFOSFORILADO.
4. TFIIH (Transcription Factor II H)Activa:
a. Abre el complejo de transcripcin formando la burbuja de transcripcin
b. Activa a la RNApol II Fosforilando el CDT y comienza a elongar felizment.e, la RNApol II ELongar
solo si esta fosforilado el CTD
5. Se recluta a Elongina, ELL, PTEFb y SII [Factores de elongacin.]
6. Cuando se detecta la secuencia AAUAAA, se llama al complejo de poliadenilacin [Poliadenilato
polimerasa], que poliadenilar en el extremo 3 del mRNA.
a. Se desfosforila CTD de la RNApolII y se detiene el proceso, y se suelta.
7. Al mRNA nuevo se le tiene que modificar para que no se lo coma el degradosoma
a. En el 5 Se le pone una CAP (7-metil-guanosina)Guanolil transferasa
b. Poliadenilacin del extremo 3 cuando est la secuencia AAUAAA, la reconoce la Poliadenilato
polimerasa
8. La RNasa-H [RIBONUCLEASA] elimina el RNA en un duplo de DNA:RNA, que puede ser usado por virus
en usando la transcriptasa reversa para formar un cDNA y entrar al cdigo gentico y ser parte del
genoma. No se que hace aqu esto, pero ah venia lo de matus.
9. EL RISC (RNA Induced Silcencer Complex) ataca cuando un dsRNA(RNA de doble cadena) gracias a un
iRNA para silenciar la expersin gnica .
10. EL mRNA generado es monocistrnico, a menos de que sea rRNA.
En el proceso se utilizan NTPs(Nucleotidos trifosfato ) [GTP, ATP, CTP]como cofactores y donadores
de energa para crear los nuevos enlaces

Modificaciones postTRANSCRIPCIONALES, en ecuariontes.

1.

El producto al final de la transcripcin es el hnRNA(heterogneo muclear), esto es

a. Intrones+Exones SIN CAP ni PoliAA

2. Este hrRNA se capucha, es decir se le pone un CAP 7metil-guanosina, la enzima que hace este
proceso se llama guanosil transferasa. En el lado 5.
a. El enlace creado es un 5-5 trifosfato
b. Su nombre cambia a preRNAm
3. Al preRNAm con su 7metilguanosina(CAP), se poliadenila en el lado 3.
a. La enzima encargada es la Poliadenil polimerasa
b. La enzima que une hace estos enlaces es la PABP(poli adenin binding protein)
c. Se le ponen 250-500 Adeninas terminales
4. Se le remueven los intrones, por el proceso llamado splicing(corte y empalme)
a. El que hace esta cosa es el spliceosoma
b. La figura que se forma al hacer el splicing en forma de anillo se llama LARIAT
c. EL SPLICING ALTERNATIVO ES EN EL QUE NO SE TOMAN TODOS LOS INTRONES O
EXONES, DANDO LUGAR A DIFERENTES PROTENAS CON EL MISMO GEN LEDO, ESTO
FAVORECE LA EVOLUCIN Y UN EJEMPLO DE ESTOS ES EL ENSAMBLAJE DE
ANTICUERPOS
i. Ya se llama mRNA- este es el que se exporta del nucleo y se lee .

Silenciamiento con iRNA

Se lleva a cabo por la maquinaria llamada RISC (Rna Interference Silincing Complex)
1.

Se introduce iRNA u oligonucletidos y se forma dsRNA (doubl strand RNA)

2. Dicer (una ribonucleasa) se une al RNA de doble cadena y genera ribonucletidos de 20-21 nts
3. RISC llega e hidroliza los RNAs silenciados por el iRNA
Formivisen y pegaptanip Liposomas que hacen esta funcin, son antivirus.

Les ribosomes.
PROCARIOTE

EUCARIOTE

Subunidad 23s Peptidil transferasa, hace elnace

Subunidad 28s Peptidil transferasa , hace el enlace

peptdico

peptdico

5s = Que en eucariontes

5s = que en procariontes

16s Reconoce a la sec. Shine Dalgarno (anti-shine-

18s Reconoce a KozaK

dalgarno 3
En eukariontes tiene 5.8s

TRADUCCION EN PROCARIONTES
1.

Subunidades separadas(50s y 30s) por IF1 o IF3

2. Se reconoce la seal Shine-Dalgarno del lado 5por la subunidad pequea 16s del ribosoma
a. Anti Shine-Dalgarno 3 en subunidad 16s del ribosoma
3. La subunidad pequea avanza al codn AUG de inicio. En direccin 3
4. Traslado del primer tRNA con la metionina feliz, IF2 ayuda en esto.
1.

IF2 Regula la transcipcin en eucariontes, si est

fosforilado no funciona

5. Se ensambla el complejo de inicio

6. Se elonga blablabl
7. Cuando se encuentra la secuencia:
a.

UAA UAG Se llama a RF1 y se separa el complejo ribosmico

b. UAA o UGA Se llama a RF2 y se separa el complejo ribosomico

8. Los RFs llaman a IF1 e IF3 para despegar y mantener separadas las subunidades
9. Modificaciones postraduccionales felices

IF Inicio
EF Elongacin
RF Finalizacin

TRADUCCIN EN EUCARIONTES
1.

Se reconoce la CAP 5 en el mRNA de una cadena por eIF4E y el complejo de pre-inicio:

a. Compuesto por eIF2 y eIF3

2. eIF4G Se une a la cola Poli-A y se une con eIF4E(se une al CAP) para circularizar y activar al mRNA
3. Despus se llama a la subunidad pequea del ribosoma.
4. Avanza la subunidad pequea al codn de inicio AUG, concordando con la secuencia Kozak.
5. Se traslada el primer aa-tRNA(metionina) por eIF2
6. Se llama a la subunidad grande (50s)
7. Se ensambla el complejo ribosmico completo.
8. Y se comienza a elongar.
a. ELONGACION
i. Una vez ensamblado el complejo ribosomal con el codn AUG en la parte P del ribosoma,
se transloca al lugar E,
ii. Cuando est ah, se lee el segundo codn, llega el anticodn (Aminoacil tRNA) con su AA
previamente cargado en el lado 3
iii. Llega al sitio A, se transolca al P

ACC del tRNA.

iv. Cuando el Primer tRNA est en el sitio E, se realiza el enlace peptdico entre la metionina y
el segundo AA, esta unin la realiza la Peptidil Transferasa.
v. El tRNA sin aa que estaba en el sitio E, se desprende y se mueve el ribosoma, de tal
manera de que el segundo tRNA est en el sitio E y se llame a otro tRNA cargado para
realizar esto indefinidamente hasta que:
vi. Se encuentre con la secuencia UAG, UAA, UGA, se llama a un eRF y se corta el proceso y
se separan las subunidades ribosomale.

Opern de lactose
Opern Muchos genes controlados por el mismo operador.

Es una secuencia de DNA que tiene:

1.

Gen regulador, codifica al represor; No es parte en s del opern.

2. Promotor, caja Pribnow,

3. Operador regula la expresin de los genes, ah se une la protena represora.
4. Sitio de unin CAP, es reconocido por el complejo CAP+AMPc
5. Genes constitutivos para:
a. galactosidasa
b. Galactsido permeasa
c. Tiogalactsido transferasa

SI HAY LACTOSA se une al represor y se separa, y se transcribe J SOLO SI:

AMPc = Seal de hambre L NO HAY GLUCOSA Se come lactosa
El sitio de unin CAP, es importante, en altos niveles de AMPc, CAP+AMPc se unen ah y doblan el DNA,
haciendo que la RNApol llegue y transcriba.
El sitio de unin CAP y el Promotor deben de estar funcionando, sin represor para que se transcriba. Solo
funciona cuando hay lactosa y no hay glucosa.

Opern de triptfano

Es otra secuencia de DNA:

1.

Gen regulador Codifica al repressor

a. El repressor en este operon es desactivado en su forma simple, require de un CO-REPRESOR
(trp) Para que funcione y reprima .

2. Promotor se une la RNApol

3. Operador Sitio de union del repressor.
4. REgin atenuadora.

5. Genes constitutivos para hacer enzimas para sintentizar trp.

Si hay Trp, se inhibe, el Trp activa al represor y evita la sntesis de enzimas.

Retroalimentacin negativa

Si no hay Trp, no se activa el represor, por lo tanto se transcribe felizmente

Atenuacin, esto pasa mientras se traduce el mRNA, bajando an mas la velocidad de sntesis, hay 3 cadenas
en el mRNA, que son complementarias as : , 2-3 , 3-4

la secuencia complementaria 3-4 termima con la transcripcin,. Haciendo mas lento todo el proceso.

Protooncogenes
Son genes encargados der celular el ciclo celular, por lo tanto las vas proliferativas de la clula. Tamin conocidos
como genes supresores de tumores.
Rb
p53
p21
p53 es de los genes que codifican para protenas represoras de tumores de mayor importancia clnica, codifica
para una protena que degrada CDks, manteniendo control del ciclo celular.
Cuando los protooncogenes mutan, pierden su funcin regulatoria sobre el ciclo proliferativo, y as son

oncogenes.

El dao que sufren los protooncogenes se ejerce por:

1.

Sustancias qumicas carcinognocas

a. Muchas sustancias modifican qumicamente al DNA, algunos actan bombardeando de electrones
como la mostaza nitrogenada, otros son catalizados por enzimas, y los metabolitos son los que son
carcinognicos, como el benzopireno.

2. Radiacin ionizante
a. Estos rompen las cadenas, una sola o las dos, forman dmeros de pirimidina y prdida de bases,
causando mutaciones. La radiacin tambin forma ROS(Reactive Oxygen Species), estas son las
principales causantes de dao en DNA.
3. Virus
a. ACtuan de manera diversa, unos insertan oncogenes al DNA, los oncogenes insertados son
parecidos en secuencia a los genes originales en el DNA, y se diferencian nombrando a los genes :

v-one para el dna viral, y c-one para el celular Otros insertan al azar su dna, lo que hace que se
inserte en una secuencia de protooncogenes, modificando su expresin y kaput.

Virus:
Cuando est afuera se llama virin, tienen DNA(Adenovirus) o RNA(restroviros), tienen una capside que cubre al
DNA o RNA, que esta formada por lpidos o protenas
Los retrovirus que tienen una cadena de RNA, usan a la transcriptasa reversa para formar su cDNA en el cdigo
gentico
Lentivirus
Spumavirus
Reovirus
Virus con DNA Adenovirus
Ciclo viral
Lisognico Se inserta el cdigo del virus al DNA del huesped
Ltico Rompe a la celulita para liberar a sus hijitos

Southern Blot DNA+ sonda ; SE BUSCA DNA

Northern Blot RNA + SONDA ; SE BUSCA RNA(del que sea, generalmente mRNA)
Western Blot Protena + Anticuerpo
Eastern blot Busca elementos que modifican postraduccionalmente la protena, generalmente se usa para
buscar epitopes de carbohidratos.
Microarreglo cuando se usan 5 o mas sondas de localizacin
SONDA** Molcula que se adhiere a la secuencia de DNA o RNA que se busca.
Extraccin de DNA:
1.

Deagregacin En tejidos por mtodos mecnicos; Moler o machacar

2. Lisis celular Choque osmtico, termico, detergentes

3. Remocin de protenas y contaminantes Solventes, RNAsas, ProteinasaK
4. Recuperacin de DNA- precipitacin alcholica
Se corta por enzimas de restriccin que tienen por caractersticas:
Reconocen y cortan secuencias especficas
Al cortar se dejan los extremos cohsicos (sticky ends) , que se ligarn a otros extremos
cohesivos para introducirse al genoma
Los fragmentos cohesivos diferentes no se ligan
Otras enzimas de restriccin cortan de manera roma, osea sin sticky ends

Se amplifica por PCR

Permite realizar la amplificacin de muestras de DNA extraordinariamente pequeas, requiere la secuencia ser
flanqueada(rodeada por los lados) por molculas que sern reconocidas por la DNA polimerasa taq, que copiara
muchas muchas veces el cdigo, de manera exponencial.
En clnica la PCR se usa para amplificar polimorfismos, que son fragmentos nicos en nuestro genoma.
Un tip de polimorfismo son los STR(short tndem repeat), repeticiones cortas de nucletidos, se presentan de
manera particular en cada genoma, Estos patrones se llaman huella gnica.
Vectores de clonacin y sobre-expresin
Vectores de clonacin

Plasmidos Poca Info

Bacterifagos Masomenos info

BAC(Bateria artificial cromosome) Mucha info

YAC (Yeast(levadura) artificial cromosome) Muchisisima Info

o Tienen que tener una estabilidad grande en el OriC, muchos sitios de clonacin conocidos Y genes
de escrutinio(resistentes a antibiticos), que son para marcar y seleccionar las bacterias con los
genes insertados.
Vectores de Expresin Tienen promores inductibles, es decir cajas Pribnow que se pueden leerse
ms seguido de lo normal , como, no se.