LAPORAN PRAKTIKUM PENGANTAR KIMIA MEDISINAL

SEMESTER GANJIL 2015 2016

HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR DAN AKTIVITAS (QSAR)

Hari / Jam Praktikum

: Selasa / Pukul 13.00 16.00 WIB

Tanggal Praktikum

: 3 November 2015

Kelompok

:-

Asisten

: 1. Sheila Pratiwi
2. Theresia Ratnadewi

Anasya Ridha Nurhanifah

260110150024

LABORATORIUM KIMIA MEDISINAL

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2015

HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR DAN AKTIVITAS (QSAR)

I.

TUJUAN
I.1 Untuk membuat persamaan QSAR yang diperoleh dari data
percobaan yang sudah ada

II.

PRINSIP
II.1QSAR
Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas
(HKSA) merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk
menggambarkan hubungan struktur senyawa dan aktivitas secara
kuantitatif. (Panggarjito, 2007).
II.2Model Free-Wilson
Metode analisis

Free-Wilson

adalah

metode

yang

didasarkan pada asumsi bahwa sumbangan variasi substitusi

gugus-gugus dalam struktur senyawa induk memberikan kontribusi
secara linier terhadap aktivitas biologis. (Free-Wilson, 1964).
II.3Model Hansch
Hubungan struktur kimia dengan aktivitas bilogis (log 1/C) suatu
turunan senyawa dapat dinyatakan secara kuantitatif melalui
parameter-parameter sifat kimia fisika dari substituen yaitu
parameter hidrofobisitas molekul (log P), hidrofobisitas substituen
(), elektronik, dan sterik (Es/MR). (Patrick, 2005).

III.

TEORI DASAR
Analisis Hubungan

Kuantitatif

Struktur-Aktivitas

(HKSA)

merupakan salah satu aplikasi dari kimia komputasi dan juga bagian
yang dipelajari dalam bidang kimia medisinal. Dengan metoda analisis

HKSA, senyawa yang akan disintesis dapat didesain terlebih dahulu

berdasarkan hubungan antara sifat-sifat kimia serta fisik molekul
dengan aktivitas biologisnya, dengan menggunakan hubungan tersebut,
aktivitas teoritik suatu senyawa baru dapat diprediksi, dan dengan
demikian fokus riset dapat dipersempit, biaya dan waktu pun dapat
dihemat. Saat ini telah dikenal tiga metoda analisis HKSA yakni
metoda HKSA Free-Wilson, metoda Hansch dan metoda HKSA tiga
dimensi (Kubinyi, 1993).
Metode analisis Free-Wilson merupakan prosedur alternatif dari
analisis-analisis Hansch (Free and Wilson, 1964). Metode analisis yang
juga disebut teori kontribusi gugus atau metode de novo ini didasarkan
pada asumsi bahwa sumbangan variasi substitusi gugus-gugus dalam
struktur senyawa induk memberikan kontribusi secara linier terhadap
aktivitas biologis. Namun, substituen-substituen yang menempati
posisi berbeda pada senyawa induk tidak saling mempengaruhi. Model
matematis yang dikemukakan dalam metode ini memperkirakan bahwa
aktivitas biologis sama dengan sumbangan substituen ditambah
aktivitas biologis senyawa induknya:
log 1/C = a(i) x(i) +
dimana log 1/C = logaritma aktivitas biologis
a(i) = kontribusi gugus dari substituen ke (i)
x(i) = keberadaan (x=1) atau ketiadaan ( x = 0 ) substituen tertentu
pada posisi ke j
= aktivitas biologis senyawa tak tersubstitusi
dalam suatu seri senyawa termodifikasi pada lebih satu posisi,
substituen tertentu yang terletak pada satu sisi tak mempengaruhi
substituen pada posisi yang berbeda (Free-Wilson, 1964).

Keuntungan penggunaan model Free-Wilson dibanding model

Hansch dalam studi HKSA antara lain adalah pengerjaannya yang
cepat, sederhana dan murah; tidak memerlukan informasi tentang
tetapan substituen seperti , dan Es; lebih efektif terutama jika uji
biologis lebih lambat dibanding sintesis senyawa turunan, dan jika
tidak terdapat tetapan substituen. Kelemahan dari metoda ini adalah
tak dapat digunakan untuk memperkirakan aktivitas yang di luar
substituen yang digunakan dalam seperangkat data dengan cara
ekstrapolasi persamaan regresi (Seydel,1990).
QSAR (Quantitative Structure and Activity Relationship) adalah
model regresi dan klasifikasi yang digunakan dalam teknik dan ilmu
kimia dan biologi. Seperti model regresi yang lain, QSAR regresi
berhubungan dengan perangkat penduga variabel (X) dengan potensi
respon variabel (Y), selagi klasifikasi model QSAR yang berhubungan
dengan variabel penduga dengan nilai kategori dari variabel respon.
Dalam model QSAR, penduga terdiri dari sifat fisika-kimia atau teori
deskripsi molekul dari senyawa kimia. Respon-variabel QSAR dapat
berupa aktivitas biologi dari senyawa kimia. Model QSAR meringkas
sebuah hubungan perkiraan antara struktur kimia dan aktivitas biologi
dalam

serangkaian

data

senyawa

kimia.

Model

QSAR

memprediksikan aktivitas dari senyawa kimia baru. Syarat terkait

termasuk struktur kuantitatif-hubungan sifat (QSPR) ketika sifat
senyawa kimia dimodelkan sebagai variabel respon. Misalnya,
aktivitas biologi dapat diekspresikan secara kuantitatif sebagai
konsentrasi senyawa yang dibutuhkan untuk memberikan respon
biologi tertentu.
IV.

ALAT DAN BAHAN

IV.1
Alat
IV.1.1 Seperangkat alat komputer
IV.2
Bahan
IV.2.1 Microsoft Excel
IV.3
Gambar Alat

IV.3.1

V.

PROSEDUR
Hal yang pertama dilakukan adalah dipersiapkan alat dan bahan
yang digunakan. Selanjutnya setelah dimasukinya laboratorium
komputer, komputer diaktifkan . Setelah komputer diaktifkan, aplikasi
microsoft excel dibuka. Setelah aplikasi microsoft excel telah dibuka,
maka selanjutnya tabel dengan format senyawa, senyawa X,
EC50(M), , dan MR dibuat. Setelah itu, dibuat persamaan QSAR
yang menghubungkan aktivitas dengan hidrofobisitas substituen (),
dan dibuat grafiknya, setelah dibuat grafiknya maka perhitungan f(x)
dan R2 akan muncul secara otomatis. Selanjutnya dibuat tabel dengan
persamaan QSAR antara aktivitas dengan refraksivisitas molar (MR),
dan dibuat grafiknya dengan langkah yang sama dengan tabel
sebelumnya. Setelah itu, dibuat tabel persamaan QSAR yang
menghubungkan aktivitas dengan parameter hidrofobisitas substituen
() dan refraksivisitas molar (MR) dan dibuat grafiknya juga. Setelah
dibuat grafik, secara otomatis R2 akan muncul. Setelah R2 diketahui ,
maka bandingkan ketiga R2(koefisien determinasi) untuk didapatkan
persamaan yang terbaik. Setelah mengetahui nilai R 2 yang terbaik,
maka dibuat hubungan antara aktivitas hasil eksperimen dengan
aktivitas hasil prediksi, kemudian dihitung koefisien korelasinya.

VI.

DATA PENGAMATAN DAN PERHITUNGAN

NO
1

Perlakuan
Dibuat persaman
yang
aktivitas

Hasil
QSAR Log (1/EC50) = 0,8169669338x-

menghubungkan 0,7664422406
dengan R2 = 0,8878845437

hidrofobisitas substituen

2.

Dibuat

persaman

yang

QSAR Log(1/EC50) = 0,0683437595x-

menghubungkan 1,1404210104
dengan R2 = 0,5276185648

aktivitas
3

refraksivisitas molar
Dibuat persaman QSAR LOG(1/EC50)=0,818316974yang

menghubungkan 0,00089841MR-0,76499369

aktivitas dengan parameter R2 = 0,88788619

hidrofobisitas
4

substituen,

dan refraksivisitas molar

Dipilih persamaan yang Persaman QSAR yang
terbaik
dengan menghubungkan aktivitas dengan
parameter hidrofobisitas
membandingkan koefisien
substituen, dan refraksivisitas
determinasi (R kuadrat) dari molar merupakan yang terbaik.
masing-masing persamaan
Dibuat
grafik
yang Koefisien Korelasi = 0,94227713
menghubungkan

antara

aktivitas hasil eksperimen

dengan
prediksi

aktivitas
dan

hasil
dihitung

koefisien korelasinya

Senyawa

EC50(M

MR

(1/EC50)

Log (1/EC50)

)
11,8

1,03

0,0847457

-1,07188201
-0,09342169

1,24

0,71

6,03

6
0,8064516

4,58

-0,28

7,36

1
0,2183406

-0,66086548

26,5

-0,57

6,33

1
0,0377358

-1,42324587

25,36

5
4,1666666

0,61978876

0,24

1,96

6
7

4,39

0,18

0,35

1,12

15,55

0,2277904

-0,64246452

13,94

3
2,8571428

0,45593196

VI.1

Tabel 1
Senyawa
1
2
3
4
5
6
7

Log(1/Ec)
-1,071882007
-0,093421685
-0,660865478
-1,423245874
0,619788758
-0,64246452
0,455931956

phi
0
0,71
-0,28
-0,57
1,96
0,18
1,12

phi
1
f(x) = 0.82x - 0.77
0
R = 0.89
log -1
0
1
2
-1

phi
3

-2
phi

VI.2

Tabel 2
Senyawa
1
2
3
4
5
6
7

Log(1/Ec)
-1,071882007
-0,093421685
-0,660865478
-1,423245874
0,619788758
-0,64246452
0,455931956

mr
1,03
6,03
7,36
6,33
25,36
15,55
13,94

Linear (phi)

VI.3

VI.4

MR
-0,00018984
0,02476972
0,88788619
15,8390156

PHI
0,81831697
0,2282488
0,31284316
4

KOEFISIEN
-0,76499369
0,232139387
#N/A
#N/A

Tabel 3

Tabel 4

Aktivitas eksperimen LOG (1/EC

Log(1/Ec)50)
phi
-1,07188201 -1,071882007
0
-0,09342169 -0,093421685
0,71
-0,66086548 -0,660865478
-0,28
-1,423245874
-1,42324587
-0,57
0,619788758
0,61978876
1,96
-0,64246452
-0,64246452 0,455931956
0,18

0,45593196

1,12

Aktivitas Prediksi LOG (1/EC

mr
50)
1,03
-0,765189226
-0,18513338
6,03
-0,995519672
7,36
-1,232636059
6,33
0,834093211
25,36
-0,620648662
15,55
0,148874937

13,94

Aktivitas Prediksi LOG (1/EC 50)

1
f(x)
0.5 = 1x + 0
R 0= 0.89
Eksperimen -2

-1-0.5 0
-1
-1.5
-2
Prediksi

Aktivitas Prediksi
LOG (1/EC 50)
Linear (Aktivitas
Prediksi LOG
(1/EC 50))

VII.

PEMBAHASAN
Dalam percobaan yang berjudul hubungan kuantitatif struktur dan
aktivitas (QSAR) diperlukan seperangkat alat komputer dan bahan nya
berupa aplikasi microsoft excel. Tujuan dari praktikum ini untuk
membuat persamaan-persamaan QSAR dengan metode komputasi agar
mengetahui persamaan QSAR mana yang terbaik.
QSAR atau hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas merupakan
suatu metode yang fungsinya untuk membentuk hubungan struktur dan
aktivitas

dari

berbagai

deskriptornya.

Deskriptor

merupakan

pendeskripsian struktur molekul. Hubungan antaraksi antara senyawa

obat dan sistem biologik sangat ditentukan oleh sifat kimia dan fisika.
(fisikokimia) molekul obat.
Kebanyakan pada umumnya obat-obatan dalam larutan bersifat
asam lemah, basa lemah maupun keduanya. Untuk mengetahui
senyawa obat tersebut bersifat asam atau basa tidak bisa ditentukan
dari nilai pKa atau pKb. Keduanya hanya merupakan pemberi
informasi mengenai kekuatan asam atau basa. Hanya ada satu cara
untuk mengetahui sifat obat tersebut asam atau basa yaitu dengan
mempelajari gugus-gugus fungsi. Gugus-gugus fungsi yang terlibat
biasanya adalah asam karboksilat, fenol, wartafin, fenil butazon,
indometasin, barbiturat, fenition dan sulfonamida.
Gugus-gugus umum yang paling umum memberikan keasaman
pada molekul obat adalah gugus karboksil yang mengion, gugus fenol
atau hidroksi benzen keduanya berfungsi karena adanya efek
resonanasi yang mendistribusikan muatan negatif disekitar aniondan
tidak mengonsentrasikannya pada atom oksigen. Gugus asam yang lai
adalah warfarin yang biasa digunakan oleh orang yang berusia lanjut.
Sifat kebasaan suatu obat hanya bergantung pada atom nitrogen
yang memiliki pasangan elektron menyendiri yang tersedia untuk
bereaksi dengan proton.

Selain sifat keasaman atau kebasaan, sifat fisikokimia yang lain

adalah hidrofobisitas, lifopilisitas, topologi, elektronik dan sterik.
Hidrofobisitas merupakan salah satu sifat tidak menyukai atau
menolak hidrogen sedangkan lifopilisitas merupaka salah satu sifat
tidak menyukai atau menolak lemak. Topologi merupakan sifat yang
menjelaskan hubungan geometris antara unsur-unsur dasar penyusun
jaringan, yaitu node, link, dan station. Topologi jaringan dapat dibagi
menjadi 5 kategori utama yaitu, bus, bintang, cinci, mesh, pohon dan
linear.
Dalam pendekatannya, QSAR biasanya dibagi dalam dua model,
yaitu free wilson dan hansch. Dalam model freewilson, pendekatannya
dapat disebut dengan model de novo atau model matematik freewilson. Yang berisi bahwa respon biologis merupakan sumbangan
aktivitas dari gugus-gugus substituen terhadap aktivitas biologis
senyawa induk. Sedangkan dalam metode Hansch beranggapan bahwa
QSAR berhubungan dengan aktivitas biologis .
Dalam pelaksanaanya, sesuai tabel senyawa-senyawa yang
digunakan adalah H, Cl, NO2, CN, C6H5, N(CH3)2 dan I. Grup sandoz
terbagi dalam tiga kategori. Yang pertama adalah daerah A yang berisi
cincin aromatis, daerah B yang mendefinisikan ikatan amida, dan
daerah C yang terisi oleh rantai samping hidrofibik.
Sesuai dengan prosedur, dibuat berbagai persamaan agar
mengetahui

nilai

koefisien

determinasi

(R

kuadrat)

dengan

membandingkannya dan persamaan aktivitasnya. Pembandingannya

dilakukan dengan membandingkan nilai koefisien determinasi (R
kuadrat) yang paling mendekati nilai satu. Semakin mendekati nilai
satu, maka perhitungannya yang dilakukan merupakan hal yang tepat.
Perbedaan nilai-nilai koefisien determinasi (R kuadrat) mungkin
disebabkan karena perbedaan pembanding. Bila diurutkan pembanding
dengan nilai refraksivisitas molar (MR) memiliki nilai koefisien
determinasi (R kuadrat) yang terkecil, disusul dengan pembanding
hidrofobisitas substituen (phi) walaupun nilai koefisien determinasinya

sangat

dekat

dengan

pembanding

campuran

(hidrofobisitas

substituen(phi) dan refraksivisitas molar (MR)) nilai koefisien

determinasi (R kuadrat) yang dimiliki oleh persamaan aktivitas dengan
parameter

hidrofobisitas

substituen

dan

refraksvisitas

molar

merupakan yang terbaik. Karena paling besar diantara yang lainnya,

yang artinya yang paling mendekati nilai satu koefisien determinasi (R
kuadrat) nya.
Untuk membantu dalam perhitungan nilai-nilai maka digunakan
aplikasi

hitungan

yaitu

microsoft

excel.

Diantaranya

adalah

menggunakan rumus =Linest(...) dan =Correl (...). Keduanya memiliki

fungsi nya masing-masing dalam perhitungan. Misalnya saja
=Correl(..) untuk mengetahui nilai koefisien korelasinya.
Sebelum menghitung nilai koefisien korelasinya, langkah yang
dilakukan adalah membuat grafik hubungan antara aktivitas hasil
eksperimen dengan aktivitas hasil prediksi.
VIII.

SIMPULAN
Persamaan QSAR yang diperoleh dari data percobaan yang sudah
ada adalah Log (1/EC50) = 0,8169669338x-0,7664422406 dengan R2 =
0,8878845437, Log(1/EC50) = 0,0683437595x-1,1404210104 dengan
R2 = 0,5276185648 dan LOG(1/EC50)=0,818316974-0,00089841MR0,76499369 dengan R2 = 0,88788619.

DAFTAR PUSTAKA

Kubunyi,H.1993. QSAR : Hansch Analysis and Related Approach.

Weinheim:VCH Verlaggessellschaft
Free,S.M. dan Wilson, J.W.1964. A Mathematical Contribution to
Structure -Activity Studies, J.Med.Chem., 7, 395-399.
Seydel, J.K.1990. Summary Lecture Course QSAR, Mid Career
Training in Pharmacochemistry. Yogyakarta: UGM Press.
Istyastono, E.P., Supardjan, A.M., dan Pranowo,H.D.2003.
Majalah Farmasi Indonesia, 14 (3),In Press.
Panggarjito, D. 2007. HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR
MOLEKUL DAN AKTIVITAS MODULATOR RESEPTOR
ASETILKOLIN
PEMODELAN
SEMIPEMPIRIK

NIKOTINIK

42

MOLEKUL BERBASIS
MNDO.

Tersedia

PENGARUH

PERHITUNGAN
online

di

http://iqmal.staff.ugm.ac.id/wp-content/semuksw-2007-iqmaldonopanggarjito.pdf [Diakses pada tanggal 4 November 2015].

Patrick, G.L.2005. An Introduction to Medicinal Chemistry, Third
Edition. Inggris: Oxford University Press.
Khusnul. 2014. Development of Linear, Ensemble, and Nonlinear
Models for the Prediction and Interpretation of the Biological
Activity of a Set of PDGFR Inhibitors. Tersedia Online di
http://khusnul.student.unej.ac.id/?p=9 [Diakses pada tanggal 7
November 2015 Pukul 15.41]