Prcticas 4 & 5

Modelizacin Molecular
Objetivo:
Procedimiento:
Esta prctica se realiza utilizando el programa HyperChem 5.02 for Windows. Al principio nos
vamos a familiarizar con el programa, con los componentes y las herramientas del mismo. Vamos a
aprender a dibujar molculas y realizar clculos, aprender a rotar y mover las molculas para
facilitar la visualizacin de esta, etc.
En esta prctica vamos a utilizar dos mtodos de clculo que son el Semi-empirical y Ab Initio.
Para dibujar una molcula, lo vamos a hacer seleccionando los tomos necesarios mediante la
opcin Default Element del menu Build. Para cada molcula vamos a seleccionar la opcin Start Log
para que se nos guarden los detalles de los clculos realizados. Al finalizar los clculos,
seleccionamos la opcin Stop Log.

Clculos y resultados
1.- Molculas diatmicas. Enlaces simples, dobles y triples:

(a) Vamos a completar la siguente tabla: primero vamos a dibujar la molcula a estudiar y a
continuacin vamos a realizar clculos mediante 2 mtodos: primero con el mtodo semiemprico
AM1 y a continuacin con el mtodo ab-initio con la base Small (3-21G).
Una vez dibujada la molcula, se optimiza mediante la opcin Geometry Optimization del menu
compute.
AM1

H2

N2

O2

F2

HF

0.677

1,106

1,248

1,427

0,826

1,171

-635,016
1,0210-8

-9550,31
7,1310-15

-14697,6
4,1610-16

-22304,5
1,210-14

-11530,2
1,736

-10311,9
0,061

Ab initio
Small (3-21G)

H2

N2

O2

F2

HF

NO

CO

Re/A

0,735

1,082

1,242

1,402

0,937

1,201

1,129

-704,668
5,510-8

-67959,9
810-6

-93302,6
-124024
-5
6,3610
1,8310-6
Datos experimentales

-62412,2
2,174

-80635,375 -70339,61
0,332
0,397

Re/A
E/kcalmol
/debyes

E/kcalmol
/debyes
Re/A
/debyes

-1

-1

0,74144
0

1,2126
0

1,21563
0

1,41193
0

NO

0,9168
1,98

CO

1,1577
0,15

1,12832
0,122

Vemos en la tabla que la energa obtenida mediante el mtodo Ab initio y el Semi-empirical difieren
bastante. Como el mtodo semiemprico utilizan un hamiltoniano ms sencillo que el verdadero, va a
cometer un error mayor al calcular la energa que el mtodo ab initio. Adems observamos que los
clculos a travs de ab initio se aproximan ms a los datos experimentales que a travs del mtoso
semiemprico. En conclusin podemos decir que con el mtodo ab initio obtenemos mejores
resultados.
Densidad de carga de:
F2:

HF:

Observamos en en una molcula diatmica homonuclear, la densidad de carga est distribuida

por igual entre los dos toms, en cambio en una molcula diatmica heteronuclear la densidad de
carga se centra en el tomo ms electronegativo, en nuestro caso en el flor.
(b)
2.- Molculas poliatmicas: CO2, H2O, C2H6

(a) Nuevamente vamos a dibujar molculas, como en el ejercicio anterior, pero esta vez molculas
poliatmicas sencillas, como el agua y CO2. Vamos a realizar clculos con el mtodo ab initio ,pero
esta vez utilizando distintas bases, y luego con el mtodo semiempirical AM1. Vamos a ir
optimizando la geometra y completaremos la siguente tabla:

CO2
Ab initio
STO-3G
3-21G
6-31G*
6-31G**
Semiemprico
AM1

R1/

R2/

H2O
/grados E/Kcalmol-1

R1/

R2/

/grados E/Kcalmol-1

1,188
1,156
1,143
1,143

1,188
1,156
1,143
1,143

180
180
180
180

-116
-117
-118
-118

0,989
0,967
0,947
0,943

0,989
0,967
0,947
0,943

100,03
107,70
105,50
105,97

-47041,8
-47430,9
-47697,5
-47705,3

1,189

1,189

180

-17735

0,961

0,961

103,53

-8038,21

Observamos que los datos obtenidos mediante el mismo mtodo (aunque con distintas bases), los
resultados son casi iguales, en cambio al comparar los datos obtenidos por distintos mtodos, se
observa mayor desviacin.
(b).