Morgan naci en 1818 en Aurora, un pueblo del Estado de Nueva York. Estudi derecho en el Union College, en Albany. En 1844 se estableci en Rochester, donde ejerci como abogado para la compaa del ferrocarril y la minera del hierro de Michigan. En 1851 fund, junto con unos amigos, un club social inspirado en la mitologa griega, llamado La orden del nudo gordiano. Un ao despus transformaron dicha sociedad en otra basada en las costumbres de los iroqueses, a la que dieron el nombre de La gran orden o nueva confederacin de los iroqueses. Morgan estudi a fondo la Liga iroquesa, una confederacin que agrupaba a las cinco naciones de dicha estirpe: mohawk, oneida, ononfaga, cayuga y seneca. La sociedad no slo se interes por las costumbres de los iroqueses, sino que tambin dio apoyo econmico y legal a los indios seneca de la reserva Tonawanda, cercana a Rochester, en su litigio con una compaa especuladora, la Odgen Land Company, que quera desplazarlos al oeste. En esa poca Morgan se hizo amigo de Ely S. Parker, hijo de un jefe seneca que haba recibido formacin en la escuela misionera y trabaja como intrprete. Parker colabor con Morgan en sus estudios sobre los iroqueses. Tambin sirvi como teniente coronel al servicio del general Grant durante la Guerra Civil Americana y ms tarde fue nombrado Comisionado para los Asuntos Indgenas.