SEQUENCE VIEWER EXTENSION

Permite ver la secuencia de aminocidos y su clasificacin, adems de

visualizar al aminocido de eleccin
Dealing= se trata
Useful= til
Quickly= rpidamente

Extensions Analysis Sequence Viewer

Propiedade

a. Cuando se hace clic sobre un aminocido de la lista, se logra observar la

localizacin fsica de este aminocido seleccionado.

En la segunda columna de propiedades se puede saber ciertas caractersticas

de determinadas regiones, se puede pulsar la barrita desplazadora de zoom
para analizar esta misma situacin en protenas.
Pick = recoger
Pick = buscar
Hold= sostener, mantener
3. Para poder visualizar varios aminocidos en la protena, apretas: Shift + clic
en los aa preseleccionados

SHIFT +
CLIC EN

Informacin de
residuos por
B-value:

Secondary

Factor

Estructuras secundarias:
Ordenados por su frecuencia de aparicin:
1. Canonical Hlice : Tendencia
constantemente. Es la ms estable.
2.

Turn:

de

plegarse

desplegarse

Canonical 3-10 helix: Less common, more narrow and more long than
alfa hlix

Cada aminocido corresponde a un giro de 120, lo que significa que cada giro
est conformado por 3 aminocidos.

Nice = bonito, lindo, bueno

Nice view =
Thumbnails = miniaturas

CLASIFICACIN POR DSSP (hydrogen bond estimation algorithm)

G = 3-turn helix (310 helix). Min length 3 residues.

H = 4-turn helix ( helix). Min length 4 residues.

I = 5-turn helix ( helix). Min length 5 residues.

T = hydrogen bonded turn (3, 4 or 5 turn)

E = extended strand in parallel and/or anti-parallel -sheet conformation.

Min length 2 residues.

B = residue in isolated -bridge (single pair -sheet hydrogen bond

formation)

S = bend (the only non-hydrogen-bond based assignment).

C = coil (residues which are not in any of the above conformations).

1. 6. THE BASICS OF VMD FIGURE RENDERING

Lo esencial de Representacin de figura VMD
Strength = fuerza, fortaleza, resistencia
Setting = ajuste, configuracin
Background = fondo, antecedentes, historial, ambiente
1.6.1 Setting of display background
Antes de procesar una figura, asegurese de CONFIGURAR EL FONDO DE
OpenGL de la manera que desee.

Nearly = casi, de cerca

Casi todos los aspectos del Open GL Display son ajustables por el usuario,
incluyendo en fondo de pantalla.
Cambiar el fondo de pantalla
Graphics Colors

2. TRAYECTORIES AND MOVIE MAKING

Time evolving coordinates of a system are called trajectories. These are
commonly obtained in simultations of molecular systems.

2.1.

Loading trajectories

Trajectory files are normally binary files that contain several sets of coordinates
for the system. Each set of coordinates corresponds to one frame in time. An
example of a trajectory file is a DCD file. Trajectory files do not contain
information of the system contained in the protein structure files (PSF).

Therefore we first need to load the structure file, and then add the trajectory
data to this file

Binary file: It is a informatic file codified in binary code, that is not a text file.

Los archivos de trayectoria comnmente son archivos binarios. Ejemplo: DCD

file.
Archivo binario: Es un archivo informtico que contiene informacin de
cualquier tipo en cdigo binario para que se almacene y/o procese en
ordenadores.
File New molecule Browse (Search the file of interest) Load -

Browse equilibration.dcd

Note the options available in the Molecule File Browser window: one can load
trajectories starting

and finishing at chosen frames, and adjust the stride between the loaded
frames.
Stride: paso
Frames: marco, estructura, bastidor
Chosen: elegido

Deje la configuracin predeterminada para que se cargue toda la trayectoria

(Leave the default settings so that the whole trajectory is loaded)

Load

After the trajectory finishes loading, you will be looking at the last frame of
your trajectory.

To go to the beginning, use the animation tools at the lower part of the VMD
Main menu (see Fig. 17).

La trayectoria que acaba de cargar es una simulacin de un experimento de

AFM (Atomic Force Microscopy) tirando de una sola molcula de ubiquitina,
Mtodo de Dinmica Molecular Directa (SMD).
Browse Ubiquitin.psf

Browse pulling.dcd

2.2.

Main Menu Animation Tools

To crate another graphic of molecule putt in create Rep

Esto muestra las gotas de agua presentes en la simulacin para imitar el

ambiente natural de la protena. La forma global de las gotas de agua cambia a
lo largo de la simulacin, porque las molculas de agua siguen a la protena a
medida que se despliega, esto es por las interacciones con la superficie de la
protena.
Cuando se reproducen animaciones, t puedes elegir entre tres estilos de
bucle:
Once, loop and Rock:

ONCE: Solo un paso

LOOP: Ida, reda
ROCK: Ida y Vuelta

2.3.

Trajectory Visualization

Lets know tricks:

TRICKS = Trucos

Basic visualization tricks usefull for working with trajectories.

2.3.1 Smoothing Trajectories:

Smooth: Alisar

Con doble clic en una imgane opcin de la lista de selected molecule est se
desactiva, se confirma por su color rojo.
OBSERVACIN:

Cuando reproducimos la animacin, los movimientos proteicos no son muy

lisos debido a las fluctuaciones trmicas.
Como la SIMULACIN es realizada bajo las condiciones que imitan un bao
termal.

VMD puede suavizar la animacin promediando un cierto nmero de marcos.

Trajectory - Trajectory Smoothing Window Size set:

A medida que su animacin se reproduce,

ajuste.

aumente

este

Observe que el movimiento se vuelve ms suave y suave a medida que sube el

ajuste.
OJO: Asegurate de que la modificacin de la Trayectory Smoothing Windows
Size pertenece a la ANIMACIN ELEGIDA.
CUAL ES LA DIFERENCIA ENTRE EL USO DE LA

BARRA SPEED Y Trayectory Smoothing Windows

Size.

Speed Te aumenta o reduce la velocidad de visualizacin, pero por etapas

casi de forma DISCRETA

Trajectory Smoothing Windows Size: Reduce la velocidad de visualizacin,

pero a etapas casi como de forma CONTINUA.
2.3.2. Displaying multiple frames
Para reproducir muchos MARCOS de la misma trayectoria en SIMULTANEO.
Se puede crear una animacin idntica a las existentes: mediante el clic sobre
la animacin elegida y luego en Create Rep. NOTA: Los parmetros se
PREDETERMINAN (VuelveN a 0)
|

Highlight = descartar
Trajetory tab Draw Multiple Frames CONTROL
Establece el MARCO ACTUAL
0:10:99 Que selecciona cada dcimo marco desde el rango de 0 a 99.

Regresar a Draw Styles Coloring method

TimeStep
TimeStep:
Trayectoria:

Inicio: Rojo
Medio: Blanco
Final: Azul

Tambin podemos utilizar Smoothing para hacer ms grande el

movimiento a gran escala de la protena.
Trjectory Smoothing Window 20

2.3.3. Updating selections (Actualizacin de selecciones)

Cmo hacer que VMD ACTUALICE la seleccin de cada marco.