Clase XXII (3-junio-2009)

Traduccin
Inicio de la traduccin

Se realiza en el citoplasma de las clulas eucariontes y en el nico compartimento de las

clulas bacterianas.

El RNA mensajero en las clulas eucariontes ha sido madurado, en un proceso que

ocurre dentro del ncleo y han sido exportados al citosol.

Al llegar al citosol, es reconocido por factores de inicio de la traduccin (recordar que el

mensajero eucarionte lleva una cola poli-A y un CAP.). Los factores de inicio en
eucariontes son ms y si son los mismos que en procariontes generalmente tienen
nomenclatura distinta.

El complejo de inicio de la traduccin est compuesto por la sub-unidad pequea del

ribosoma, a la cual se le une el RNA de transferencia
de la metionina y factores de inicio de la traduccin.
Estos factores participan primero que nada en la
etapa de reconocimiento del mensajero que tiene que
ver con que el mensajero est completo. Esto lo
hacen a travs de protenas que son capaces de
reconocer dentro de la estructura del mensajero las
modificaciones que sufre en sus extremos: la adicin
de poli-A en el extremo 3 y la caperuza en el 5.

Una vez que estn adicionados estos factores de

inicio a la sub-unidad pequea del ribosoma unida
con su t-RNA de la metionina, parte la lectura del
mensajero desde el extremo 5 al 3.

La etapa de inicio sigue con el reconocimiento del

codn de inicio en el mensajero, este condn es el
complementario al anti-codn del RNA de
transferencia que est formando parte del complejo de inicio. El condn de inicio de la
metionina es el AUG.

La subunidad pequea recorre el RNA mensajero desde el 5 al 3 hasta encontrar el

primer AUG. Este movimiento requiere ATP, especficamente en la etapa de rompimiento
de puentes de hidrgeno si es que los hubiese en la estructura del mensajero, por lo tanto
habra una actividad helicasa implicada, ayudando a que el ribosoma pueda recorrer el
mensajero.

Una vez que se produce el reconocimiento del AUG, el correcto apareamiento entre el
anti-codn y el codn de inicio gatilla la hidrlisis de GTP de los factores de inicio
asociados a este complejo lo que induce la disociacin de estos complejos.
Al salir estos complejos de la sub-unidad menor llega la sub-unidad mayor del ribosoma.
En esta etapa tenemos al ribosoma con sus 2 sub-unidades y el RNA de transferencia de
la metionina que vena unido a la sub-unidad menor, queda en la posicin P del ribosoma.

Etapa de elongacin o sntesis de la protena

Llega un segundo RNA transferencia con su anti-

codn complementario al codn que ocupa el sitio A
del ribosoma. El aminoacil t-RNA que se queda y
forma un apareamiento correcto es el que tenga el
anti-codn que sea complementario al codn que
ocupa el sitio A del ribosoma.

Una vez unido el aminoacil t-RNA el ribosoma rompe

a travs de una actividad cataltica, que es la
peptidiltransferasa, el enlace de alta energa que
tena unido el aminocido al RNA de transferencia
que est ocupando el sitio P. Esta energa es utilizada
para formar un enlace covalente peptdico entre al
aminocido 1 y 2 (en la imagen entre 3 y 4). Esto
hace que cambie la estructura del ribosoma y la sub-
unidad mayor del ribosoma avanza, lo que produce a
su vez que los RNA de transferencia cambien de sitio. El t-RNA que ya no tiene un
aminocido unido pasa a ocupar el sitio E y el t-RNA que estaba en el sitio A, al cual se le
encuentra unido un pptido que se sintetiza, pasa a ocupar el sitio P.

Una vez que se produce el arribo de t-RNA sin aminocido unido al sitio E, ste abandona
el ribosoma y la sub-unidad menor avanza y nuevamente volvemos a la situacin en
donde tenemos el t-RNA en el sitio P y el sitio A disponible para la llegada de un t-RNA
que su anti-codn sea complementario al codn que se encuentra en el sitio A del
ribosoma.
Esta etapa se repite y es altamente regulada.

El correcto apareamiento entre el anti-codn y el codn en el sitio A, gatilla la hidrlisis de

otros factores de elongacin que acompaan al t-RNA, que son protenas de unin a GTP
y slo con el correcto apareamiento entre el anti-codn y el codn en el sitio A se produce
la hidrlisis de GTP y sale el factor de elongacin y esto permite que se ubique
correctamente el t-RNA en el sitio A, se gatilla la peptidil transferasa y luego hay otro
factor de elongacin que es el que ayudara a la sub-unidad mayor se desplace para
inducir el cambio de sitio de los t-RNA.

El P (morado) pasa al E y el que estaba en el sitio A pasa a ocupar el sitio P y se vuelve a

la situacin anterior. Sale el t-RNA desde el sitio E y la sub-unidad pequea avanza.

Es decir que en esta etapa tambin hay factores que ayudan. Hay factores de inicio de
elongacin que regulan y aseguran que el t-RNA que entrega el aminocido para formar el
enlace peptdico sea el correcto, ya que hay muchos t-RNA que entran al sitio A, pero el
nico que gatilla la hidrlisis de GTP de su factor de elongacin que lo acompaa es
aqul en que se produzca un correcto apareamiento de anti-codn condn.

En esta imagen se muestra que hay un cambio en la estructura del sitio A, se ve que el m-
ARN est un poco doblado hacia abajo porque solo cuando se produce la hidrlisis y la
salida del factor de elongacin que viene acompaando al t-RNA el ribosoma adopta la
posicin adecuada para activar la peptidil transferasa y producir el enlace peptdico y el
avance del ribosoma.
El reconocimiento del sitio A debe ser anti-paralelo, si leemos 5 a 3 los codones, el anti-
codn debe ir de 3 a 5, pero por convencin los poli-nucletidos se escriben de 5 a 3.
Por lo tanto en el sitio A la complementariedad de bases tiene que estar entre la base
nitrogenada 1 del codn con la base nitrogenada 3 del anti-codn.

Ejemplo: el codn de la metionina es AUG, este est escrito de 5 a 3, por lo tanto su

anticodn es UAC ( que est de 3a 5), pero si lo escribimos bien tendra que ser CAU.

El apareamiento en el sitio A del ribosoma se produce reconocimiento de bases no

estndar, es decir no necesariamente se cumple la regla de Watson y Crick de timina-
adenina y citosina-guanina, sino que hay una cierta libertad de reconocimiento, en donde
la primera base del condn puede aceptar a varios anti-codones. (Se puede encontrar en
el inositol). Entonces el reconocimiento de la tercera posicin del mensajero con el
nucletido 1 del anti-codn se sale de la regla estricta de complementariedad de bases.

Esto es importante ya que el codn debe reconocer sus anti-codones y en el cdigo

gentico generalmente los codones para un mismo aminocido la nica diferencia que
tienen es en la tercera posicin, esto hace que en el proceso de transcripcin como la
RNA polimerasa es una enzima que no tiene una actividad auto-correctora, los errores
que pudiesen haber, afectan a la tercera base del codn y esto no tendra mayor
influencia en el proceso de traduccin debido a esta libertad de reconocimiento.

Esto es que sea degenerado, ya que varios codones codifican para un mismo aminocido.

Etapa de trmino de la traduccin.

En el sitio A del ribosoma hay

uno de los 3 codones de
trmino de la traduccin, que
son codones que no existe un
t-RNA que tenga un anti-
codn complementario a
ste, por lo tanto en el cdigo
gentico no hay un
aminocido para ninguno de
ellos.

Al ocupar el sitio A del

ribosoma llega una protena
que se denomina factor de
trmino de la traduccin o de
liberacin, su estructura
bidimensional es parecida a
la estructura del t-RNA, sta entra al sitio A y engaa al ribosoma y sigue con el proceso
normal: activa la peptidil-transferasa.
Esta protena tiene grupos qumicos y cargas que activan al ribosoma, ste creyendo que
es un t-RNA en el sitio A rompe el enlace de alta energa, echa a andar su maquinaria
enzimtica, su peptidil transferasa, pero se encuentra que ste extremo del aminocido
que acabamos de romper, el extremo carboxi que mantenamos unido al extremo 3 del t-
RNA queda con un grupo CO y no hay otro aminocido con su grupo amino para poder
formar el enlace peptdico, por lo que le agrega a este grupo carboxi un grupo OH que lo
saca de una molcula de agua y se produce la liberacin del extremo carboxi-terminal del
polipptido que se sintetizaba.

Se produce el cambio de posicin producto de la actividad, la sub-unidad mayor avanza,

el factor de liberacin cambia del sitio A al P y se produce la desestabilizacin del
complejo, el ribosoma se desensambla, se libera el mensajero y termina la traduccin.

RNA mensajero procarionte

Se caracterizan por ser policistrnicos, es decir, dentro de su estructura llevan la

informacin para la sntesis de ms de una protena y tienen distintos lugares de unin a
ribosomas. En este ejemplo, estos 3 genes tienen un sitio promotor, que es el que produjo
que la RNA polimerasa los transcribiera en una misma molcula de RNA.

Para el proceso de traduccin, cada unos de los genes tiene su lugar de unin a ribosoma
(estas secuencias se denominan secuencias de Shine-Dalgarno), su propio codn de
inicio (AUG) y de trmino de la traduccin, por lo tanto se unirn 3 ribosomas, cada cual
sintetizando una protena diferente.

Esto es porque los procariontes organizan su DNA en operones (se va ms detallado en

la hoja 12), es decir, un conjunto de genes que tengan que ver con una funcin especfica
tendrn UNA secuencia promotora de transcripcin y se transcribe UN m-RNA que abarca
3 genes distintos, cada uno de los cuales tendr su propio sitio de unin a ribosoma y es
ah donde se originan estos mensajeros policistrnicos.

En los eucariontes no existe esta organizacin de operones, sino que cada gen tiene su
propia secuencia de inicio de la transcripcin, su propia caja TATA y sus propias regiones
reguladoras.
Traduccin en procariontes

El proceso de traduccin del mensajero comienza incluso antes de que se haya

terminando de sintetizar el mensajero (transcripcin y traduccin en forma simultnea).
Esto sucede porque como el mensajero se sintetiza de 5a 3 de inmediato est disponible
el 5 para que empiece la traduccin.

El m-RNA que acaba de ser traducido tiene 2 opciones:

a) Seguir siendo traducido. Lo que normalmente ocurre es que es traducido bajo el

sistema de polirribosomas, que existe tanto en eucarionte como en procariontes.

Es una molcula de m-RNA que

est siendo traducido
secuencialmente por muchos
ribosomas. Cuando el ribosoma
parte la traduccin libera el extremo
5 y va avanzando, detrs de l
comienza otra sub-unidad menor
con todos sus factores de inicio,
toma y reconoce el extremo 5 y
traduce, cuando libera el extremo 5
empieza otra sub-unidad menor, y
as uno detrs de otro sintetizando muchas protenas de un mismo mensajero.

b) Si el mensajero es de vida media corta se degrada por nucleasas del citoplasma, para
evitar que siga siendo traducido.

Proteosoma

Es un complejo de
enzimas proteolticas.
Est ubicado en el
citoplasma de la clula
eucarionte y digiere
protenas endgenas, es
decir, que estn en el
citosol y que se han alterado (aminocidos alterados), estn mal plegadas o son de vida
media corta (ej: protenas del ciclo celular llamadas ciclinas, que aparecen y desaparecen
rpidamente en una etapa especfica del ciclo).

El proteosoma detecta estas protenas porque anteriormente unas enzimas reconocieron

stas protenas y las marcaron covalentemente con un pequeo pptido llamado
ubiquitina, el proteosoma reconoce la ubiquitina y las degrada a pptidos, stos pueden
ser reciclados, llevados a membrana (reconocer clula infectada o para identificarse que
es una clula de un organismo especfico) o degradados por enzimas proteolticas del
citosol.

Ejemplo: Protenas virales (importantes a nivel de sistema inmunolgico): Virus infecta

una clula, utiliza la maquinaria de la clula para sintetizar protenas que ensamblan ms
partculas virales. Parte de estas protenas son reconocidas por el proteosoma y son
degradadas a pptidos, stos son llevados a la membrana de las clulas para ser
expresados por una maquinaria especfica. Esto hace que el sistema inmune pueda
reconocer a sta clula como infectada y la ataque.

Cuadro resumen de traduccin sistema eucarionte

Proceso de maduracin del m-

RNA.

Transcrito primario: se le llama a

la molcula de m-RNA que lleva
intrones y exones.
Es modificado en sus extremos y
luego se le sacan los intrones en
un proceso de maduracin.
En el citosol el mensajero es
traducido por polirribosomas (se
necesita en altas cantidades ej:
actina) o por ribosomas (se
necesita poca cantidad, son ms
especficas ej: factor de
transcripcin), esto est
determinado por caracterstica del
mensajero como el largo de la
cola poli-A.
Luego el mensajero despus de
ser traducido puede ser
degradado ya que tienen una vida
media (no duran para siempre en
el citosol).
Del mensajero se sintetiz una
protena, si sta queda mal
plegada o es de vida media corta es degradada por el proteosoma.
 Cromosomas

Son hebras de DNA, que los podemos encontrar en diferentes estructuras a lo largo
del ciclo celular:
a) Durante la mitosis (fase M) alcanzan su mayor grado de compactacin.
b) Antes de la fase S estn constituidos por 1 cromtida y despus de la fase S por 2
cromtidas hermanas.

Cariotipo

- Conjunto de cromosomas homlogos en estado

metafsico de una especie especfica (cada uno est
formado por 2 cromtidas hermanas).
- Para realizarlo se frena la mitosis en metafase.
- Se realiza para estudios cromosmicos (para ver
alteraciones en stos. ej: trisomia, monosomia, prdida de
una parte de cromosoma).
- En el humano son 23 pares de cromosomas, 22 son
homlogos y un par es de cromosomas sexuales.

*Aclaracin: Las cromtidas hermanas es el producto de la

replicacin y los cromosomas homlogos son los que
heredamos del padre (cromosomas del espermatozoide) y de la madre (cromosomas del
vulo).

Lo que obtengo no son los cromosomas ordenados, sino que todo lo contrario.
Antiguamente se recortaban y se ordenaban a mano; hoy se realiza en un computador,
ste toma los cromosomas y construye el cariotipo.
Reconocimiento de cromosomas

Se hace a travs de una tincin de bandas. Hoy se obtiene la tincin en colores, antes
solo era en blanco y negro. Se utilizan colorantes especficos que se unen en forma
distinta a regiones del DNA, ya sea ricas en timina-adenina o guanina-citosina. Esto hace
que cada cromosoma se coloree de una forma especfica.

Primero los reconozco por tamao, por estructura general del cromosoma y luego por las
bandas.

Se definio en un principio cual es el par 1, el 2, etc.

Tipos de cromosomas

Metacntrico: centrmero est en la mitad y tiene los brazos

parecidos.
Sub-metacntrico.
Acrocntrico: casi no hay par de brazos.

Si son muy parecidos se realiza el bandeo.

Hibridacin con sondas fluorescentes

Realizo un bandeo especfico para identificar un gen

especfico. La nica diferencia con la tincin anterior es que
ste es con fluorescencia y en el otro veo colores. Luego
reconozco y constituyo el cariotipo.

Estado de condensacin de los cromosomas

El mayor estado se alcanza en la fase M, en metafase.

Durante la interfase estn ms extendidos.

El concepto general es que cuando la cromatina est condensada se relaciona con

inactividad y descondensada con actividad. Sin embargo se ha visto que en etapas como
en la profase de la meiosis, se producen unos loops, en donde a pesar del alto grado de
condensacin, se produce transcripcin.
Secuencias importantes dentro del cromosoma (condensado o descondensado).

Estas secuencias sirven para que se produzca la replicacin completa del DNA y para la
correcta reparticin de las cromtidas hermanas durante la divisin.

Para la replicacin: 1) Telmero: en los extremos del cromosoma, garantizan que en la

replicacin no haya prdida de informacin codificante, especficamente en la hebra de
sntesis discontinua.

2) Origen de replicacin: secuencias de DNA que reconocen la

maquinaria replicativa (en eucariontes hay mltiples orgenes de replicacin).

Para la divisin celular: 3) Centrmero: secuencia especfica reconocida por protenas del
cinetocoro y que montan el punto de anclaje del huso mittico en cada uno de los
cromosomas durante el proceso de reparticin de las cromtidas hermanas o
cromosomas homlogos (dependiendo si es mitosis o meiosis). Si no hay centrmero, no
hay cinetocoro y sin ste los microtbulos no son capaces de tomar los cromosomas.

Regulacin de la transcripcin gnica

Conceptos generales de regulacin de un gen

Todas las clulas de un organismo tienen toda la informacin en el DNA, esto les
permite ser las clulas que son y realizar su funcin.
La diferenciacin celular permite que haya distintos tipos de clulas en un mismo
organismo, esto tiene que ver con el proceso de regulacin de expresin gnica,
ya que todas las clulas tienen el mismo material gentico, pero lo utilizan distinto,
es decir, cada clula expresa de forma distinta los genes (expresa un conjunto de
genes), por lo tanto clulas de un mismo tipo van a tener una coleccin de
protenas que otras no tendrn.

Hay genes que en un tipo celular se van a expresar siempre y van a ser parte
importante de su funcin, por ejemplo en algunas clulas del pncreas se expresa
siempre el gen de la insulina, mientras que una neurona nunca.

Para poder regular la expresin de los genes la informacin debe estar altamente
organizada y en el ncleo se organiza con altos niveles de condensacin de la
cromatina.
 Al extender los cromosomas el DNA mide 2 metros, los cuales debo compactarla
en el ncleo que tiene de dimetro de 5 a 8 micrmetros (clula humana
promedio).

*Nuclolo: mejor ejemplo de la organizacin del DNA dentro del ncleo.

Se encuentra la informacin para los genes del RNA ribosomal, a pesar de que estos
genes vengan de cromosomas distintos.

Experimento Regulacin gnica

Se extrajo un ncleo de
clulas especializadas de la
piel de una rana adulta, ste
se inocul en un huevo no
fecundado de rana, al cual se
le destroz el ncleo por
irradiacin UV.
Es un huevo no fecundado
porque el citoplasma de la
clula aportar todos los
factores necesarios para
gatillar el desarrollo
embrionario. El ncleo de la clula especializada aporta la informacin.
Se quiere demostrar que a pesar de que en el ncleo la informacin no est siendo
utilizada, est presente.
Resultado: se puede desarrollar normalmente hasta el estado de renacuajo avanzado.
Conclusin: la diferenciacin es producto de la regulacin de los genes y no hay prdida
de informacin gentica.

Regulacin gnica

Para regular la expresin de los

genes existen protenas
reguladoras, que se unen al
DNA en secuencias reguladoras,
stas se encuentran en el
nucletido -10, -35. sta
secuencia en procariontes est
generalmente dentro o muy cercana al sitio promotor (sitio que reconoce la RNA-
polimerasa para partir con la transcripcin).
La protena reguladora puede activar o suprimir la transcripcin de un gen interactuando
directamente con el DNA, forman enlaces de tipo no covalente con el DNA (puentes de
hidrgeno, enlaces inicos, interacciones hidrofbicas).
Normalmente las protenas
acceden a esta secuencia
reguladora a travs del surco
mayor. (Recordar: En la doble
hlice de DNA hay 2 surcos, el
menor y el mayor. ste ltimo se
produce por la formacin de la
hlice).

Ejemplo: se forman puentes de

hidrogeno entre residuo de
asparragina (parte del
aminocido de esta protena reguladora)
con grupos qumicos de la adenina (parte
de la secuencia del DNA).

Motivos de unin

Las protenas reguladoras tienen en

comn los motivos o dominios de unin a
DNA. Recordar: Los dominios de las
protenas son estructuras terciarias o
cuaternarias relacionadas con una funcin
especfica.

Son 3 los motivos ms encontrados en

protenas de unin a DNA
a) Homeodominio: 3 alfa-hlice, a travs
de la cual se accede a travs del surco
mayor.
b) Dedos de zinc: un alfa-hlice y una
beta-plegada que se estabilizan entre s a
travs de un tomo de zinc, que permite
interaccionar con la molcula de DNA a
travs del surco mayor.
c) Cremallera de leucina (hay aminocidos de leucina implicados): estructura cuaternaria
porque son 2 cadenas polipeptdicas diferentes que dimerizan y que forman una pinza
que pellizca la doble hlice a travs del surco mayor e interactan con el DNA.

Regulacin gnica en procariontes

Operones:
Tipo de organizacin gnica de los procariontes
 Constituido por un grupo de genes, cuya transcripcin es regulada por un sitio
promotor, es decir, cuando este promotor es reconocido por la sub-unidad sigma
de la RNA-polimerasa se sintetiza un m-RNA que lleva la informacin para un
grupo de genes y ah se origina estos m-RNA policistrnicos.
La transcripcin tiene su sitio promotor, un nucletido +1 que es el primero en ser
transcrito y una secuencia de trmino de la transcripcin (despus de los genes).
Cada gen tiene su sitio de unin a ribosoma.

Opern triptfano

Contiene la informacin para 5 enzimas que estn involucradas en la cadena

metablica de biosntesis del triptfano.

El triptfano es un aminocido esencial, por lo tanto la bacteria lo va a necesitar

para sintetizar sus protenas.

Generalmente es influenciado por seales externas. Lo que gatilla que se active o

no es la disponibilidad de triptfano.

Tiene un represor, que es una protena reguladora que se une a una secuencia
especfica del DNA, que impide la activacin del opern. Impide la transcripcin
porque su secuencia operadora est en el promotor y eso dificulta que la RNA-
polimerasa lo reconozca.

Este opern es de tipo represible, ya que son habitualmente expresados pero

cuando no son necesarios son reprimidos.

Ausencia de triptfano: La bacteria

debe sintetizar su propio triptfano
(opern activo).
Estos operones tiene un represor que
es de expresin constitutiva, es decir,
que est siempre presente y activo.

En este caso donde no hay triptfano

necesito que el opern este activo, por
lo que el represor est presente en su
forma inactiva y en esta conformacin
no es capaz de reconocer la secuencia
reguladora y no se une, por lo tanto el
opern se mantiene activo.
Las protenas represoras tienen una secuencia reguladora denominada operador, que
generalmente estn dentro de la secuencia promotora, porque cuando el represor
reconozca al operador tambin impide que la RNA-polimerasa reconozca al promotor (por
eso es una protena represora).
Por lo tanto cuando no hay triptfano el represor est es su forma inactiva y no reconoce
al operador dentro del promotor y el opern
est activo. Luego hay transcripcin de RNA y
traduccin, hay sntesis de las enzimas y la
bacteria puede sintetizar su triptfano.

Presencia de triptfano: La clula se

abastece de tritofano del medio ambiente que
la rodea a travs de transporte acoplado de
protones.
Dentro de la clula el triptfano acta como co-
represor, ste se une al represor inactivo y lo
activa, ste unido al triptfano es capaz de
reconoce su secuencia operadora y la unin
del represor al operador impide que la RNA-
polimerasa pueda unirse a su promotor y el
opern est inactivo.

Opern Lactosa

Es un opern de tipo inducible, es

decir, es expresado solo cuando los
genes que contienen son necesarios.
Se activa cuando hay lactosa, porque
las enzimas permiten aprovecharla.
El represor tambin es de tipo
constitutivo pero est activo y solo
cuando lo necesito lo indusco.
Las enzimas codificadas son las que
estn relacionadas con la
metabolizacin de la lactosa. La
lactosa es un disacrido y de su
metabolizacin se obtiene glucosa,
por lo tanto la lactosa es una fuente de energa para la bacteria.
La lactosa solo puede ser utilizada cuando estn las enzimas
 - lactosa permeasa: permite que la lactosa entre a la clula.
- 2 enzimas que son parte de la va metablica (la rompen).

Ausencia de lactosa: el opern lactosa est inactivo, porque no hay lactosa para ser
aprovechada.
En condiciones normales cuando represor activo est reprimido.
El represor est en su forma activa, reconoce la secuencia operadora y el opern est
inactivo.

Presencia de lactosa
Necesito las enzimas para entrar la lactosa y utilizarla.
La lactosa se une al represor activo y lo inactiva, por lo tanto ya no puede unirse al
operador, por lo tanto el opern est activo.

Por lo tanto cuando hay lactosa el opern est activo y tendremos las enzimas necesarias
para que entre a la bacteria y sea metabolizada.

Este opern no se regula solo por los niveles de lactosa, sino que tambin por los de
glucosa.
Si hay lactosa, pero necesito energa de ella? No siempre por los niveles de glucosa.
(prxima clase).

FIN Daaaaai ! =)