Jurnal Natur Indonesia 5(1): 1-8 (2002)

ISSN 1410-9379

DAYA SILANG UBI JALAR BERDAGING UMBI JINGGA

DENGAN Ipomoea trifida DIPLOID DAN HUBUNGAN
GENETIKNYA BERDASARKAN RAPD

Ninik Nihayatul Wahibah

Jurusan Biologi, FMIPA, Universitas Riau

Diterima 14-7-2002 Disetujui 07-9-2002

ABSTRACT

Orange-flesh sweetpotato is one of important food crops and -carotene

sources. Despite its global importance, genetic information needed for
cultivar improvement is limited because of cross-incompatibility and
polyploidy. Therefore these studies were needed. Thirteen orange-flesh
sweet potato clones, i.e. B063, B088, Ciceh 32, G22, Joang, Prambanan,
S138, T1, T2, T3, T4, T5, and T7, as female parents, and the tuberous
diploid Ipomoea trifida as male parent were used to produce tetraploids by
artificial hybridization. Seven female parent clones were cross compatible
to male with cross-ability range of 0.71-7.69%, four of them produced
seedlings and 10 tuberous tetraploid progenies with range of yield were
0.28-570 g/tuber. Genetic similarity phenogram based on Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis used 4 primers showed that
progenies grouped to their female parent. However, Ipomoea trifida
separate from the others. Genotypes grouping based on Dice coefficient
similar to grouping by Principal Component Analysis (PCA).

Keyword : cross-ability, Ipomoea trifida, orange-flesh, RAPD, sweet potato

PENDAHULUAN muliaan ubi jalar. Tanaman Ipomoea

Ipomoea trifida dan Ipomoea
tabascana merupakan spesies liar ubi
jalar yang terdekat (Jarret et al, 1992).
Ipomoea trifida telah dimanfaatkan
sebagai sumber gen untuk menghasil-
kan kultivar baru ubi jalar di Jepang.
Kerabat liar juga dapat digunakan un-
tuk memperluas variabilitas genetik
yang bermanfaat untuk program pe-
trifida diploid di Indonesia ditemukan
di daerah Citatah, Jawa Barat se-
dangkan spesimen Ipomoea trifida
tertua di Indonesia dikoleksi dari Ma-
lang, Jawa Timur (Hambali 1988).
Hasil penelitian mengungkapkan bah-
wa Ipomoea trifida sangat berpotensi
sebagai sumber gen dalam pemuliaan
ubi jalar untuk memperbaiki karakter
2 Jurnal Natur Indonesia 5(1): 1-8 (2002)
daya hasil, kadar bahan kering, pati,
ketahanan terhadap hama, dan pe-
nyakit tertentu, serta meningkatkan
kadar protein (Kobayashi & Miyazaki
1976).
Indonesia merupakan pusat ke-
anekaragaman ubi jalar kedua setelah
Amerika Latin. Ubi jalar berdaging
umbi jingga adalah salah satu sumber
-Karoten atau provitamin A. Meski-
pun potensinya cukup besar, tetapi
studi genetika sebagai dasar pengem-
Tiga belas
bangan kultivar masih terbatas. Salah
satu penyebabnya karena ubi jalar
(Ipomoea batatas) merupakan tanam-
an heksaploid (2n=6x=90) serta mem-
punyai sistem ketidakserasian sendiri
(self-incompatibility) dan ketidaksera-
sian silang (cross- incompatibility).
Hubungan genetik antar geno-
tipe dapat dianalisis dengan menggu-
nakan penanda molekul Random Am-
plified Polymorphic DNA (RAPD).
Dibandingkan dengan penanda mole-
kul lain, RAPD relatif lebih murah
dan mudah dikerjakan (Tingey et al,
1992). Penanda RAPD telah diguna-
kan untuk menganalisis variabilitas
genetik antar klon ubi jalar di Ame-
rika (Villordon & La Bonte 1995), di
Chili (Sagredo et al, 1998), di
Malaysia (Ramisah et al, 2000), dan
untuk mendeteksi keterpautan penan-
da RAPD dengan gen resisten ubi
jalar terhadap nematoda (Ukoskit et
al, 1997). Sedangkan penggunaan
metode RAPD pada ubi jalar di
Indonesia sampai saat ini belum
pernah dilaporkan. Oleh karena itu
penelitian ini bertujuan untuk menguji
daya silang beberapa klon ubi jalar
berdaging umbi jingga dengan
Ipomoea trifida diploid dan meng-
analisis hubungan genetik antara tetua
dan zuriat yang dihasilkan dengan
menggunakan RAPD.
BAHAN DAN METODE
Tiga belas klon ubi jalar berda
ging umbi jingga (B063, B088, Ci-
ceh32, G22, Joang, Prambanan, S138,
T1, T2, T3, T4, T5, dan T7) diguna-
kan sebagai tetua betina dan Ipomoea
trifida diploid (It-2) berdaging umbi
putih sebagai tetua jantan. Kandung-
an -karoten umbi ditentukan dengan
menggunakan metode HPLC. Anali-
sis RAPD dilakukan terhadap tetua
betina yang menghasilkan zuriat,
Ipomoea trifida, dan zuriat tetraploid.
Isolasi DNA genom total tanaman
dari daun muda yang masih
menguncup dengan panjang 10-20
mm menggunakan prosedur ekstraksi
DNA-CTAB. Reaksi PCR mengikuti
hasil optimasi Lengkong et al, (2001).
Primer yang digunakan 10-mer acak
Operon nomor 4, 7, 10, dan 13 Kit A
(Promega) dari 10 primer yang di-
seleksi. Hubungan genetik antar zu-
riat dan tetuanya dianalisis dengan
fenogram kemiripan genetik yang di-
 Daya Silang Ubi Jalar Umbi Jingga 3

turunkan dari matriks data biner
RAPD berdasarkan koefisien Dice
menggunakan metode Unweighted
Pair-Group Method with Arithmetic
(UPGMA). Analisis ini mengguna-
kan program Numerical Taxonomy
and Multivariate System (NTSYS)
versi 1.80. Analisis Komponen Utama
(AKU) dikerjakan menggunakan
program Minitab versi 13.2.
kungan. Dari 13 klon ubi jalar heksa-
ploid berdaging umbi jingga yang
digunakan sebagai tetua betina, 7 klon
(B063, Ciceh 32, G22, Joang, Pram-
banan, S138, dan T5) serasi disilang-
kan dengan Ipomoea trifida diploid
(Tabel 2). Keserasian silang ini ditan-
dai dengan terbentuknya kapsul dari
persilangan yang dibuat dan secara
keseluruhan diperoleh 67 buah kapsul

Tabel 1. Jumlah bunga tetua ubi jalar betina yang disilangkan per bulan.
No. Klon Mei Juni Juli Agst Sept Okt Total
1 B063 1 2 8 2 0 0 13
2 B088 2 2 83 4 0 0 91
3 Ciceh32 15 49 75 17 0 0 156
4 G22 9 10 47 18 2 0 86
5 Joang 47 149 365 197 105 2 865
6 Prambanan 42 113 190 11 20 1 377
7 S138 29 96 462 348 140 10 1085
8 T1 38 42 122 19 8 0 229
9 T2 39 40 20 45 98 11 253
10 T3 56 56 54 44 11 5 226
11 T4 129 228 480 173 81 2 1093
12 T5 232 265 365 177 204 20 1263
13 T7 35 23 36 6 15 4 119
Total 674 1075 2307 1061 684 55 5856

HASIL DAN PEMBAHASAN dengan daya silang berkisar antara

Jumlah bunga bervariasi antara
13 (klon B063) hingga 1263 (klon
T5) bunga (Tabel 1) dan mencapai
puncaknya pada bulan Juli yaitu pada
saat tanaman berumur 18-22 minggu
setelah tanam. Setelah itu jumlah
bunga menurun dengan bertambahnya
umur tanaman. Hasil ini menun-
jukkan bahwa jumlah bunga dipenga-
ruhi oleh faktor genetik dan ling-
0.71-7.69%. Klon S138 menghasilkan
kapsul terbanyak (38 kapsul) dan
daya silang yang relatif lebih tinggi
(3.5%). Diduga hal ini dipengaruhi
oleh faktor genetik dan lingkungan
tempat tumbuh. Daya silang ini men-
cerminkan kemampuan terbentuknya
kapsul masak dari persilangan yang
dibuat dan tidak dilakukan peng-
amatan terhadap kapsul yang gugur.
4 Jurnal Natur Indonesia 5(1): 1-8 (2002)

Tabel 2. Daya silang klon ubi jalar yang serasi disilangkan dengan Ipomoea trifida diploid.
No. Tetua % daya biji biji/ biji ber- zuriat
Betina silangan kapsul silang kapsul kecambah hidup
1 B063 13 1 7.69 1 1 0 0
2 Ciceh32 156 2 1.28 2 1 0 0
3 G22 86 1 1.16 1 1 1 0
4 Joang 865 12 1.39 13 1-2 7 1
5 Prambanan 377 4 1.06 4 1 0 0
6 S138 1085 38 3.50 47 1-3 21 8
7 T5 1263 9 0.71 15 1-2 5 1
Total 3845 67 83 34 10

Pada klon ubi jalar yang berbeda
(Renwarin et al, 1994) dapat meng-
hasilkan daya silang yang lebih besar
yaitu 4.7-14.5% dan tingkat kegugur-
an kapsul mencapai 28-30%.
Dari seluruh kapsul diperoleh 83
biji dengan kisaran 1-3 biji per kap-
sul. Bunga ubi jalar yang fertil me-
ngandung 4 ovari per ovul, dan akan
memungkinkan membentuk 4 biji per
kapsul. Ketidakserasian silang me-
nyebabkan gagalnya fertilisasi, aborsi
pada embrio, maupun endosperm
yang tidak berkembang dengan baik
sehingga mengakibatkan terhambat-
nya perkembangan biji dan rendahnya
mutu biji yang dihasilkan. Faktor-
faktor ini diduga mempengaruhi ren-
dahnya jumlah biji per kapsul yang
diperoleh. Selain itu persilangan in-
terspesifik antara ubi jalar dan kerabat
liarnya cenderung menghasilkan jum-
lah biji semakin sedikit apabila taraf
ploidinya berbeda jauh (Kobayashi &
Miyazaki 1976).
Dari 7 klon yang menghasilkan
biji, 4 klon diantaranya (G22, Joang,
S138, T5) berkecambah dengan jum-
lah keseluruhan 34 kecambah.
Sebagian besar dari kecambah
tersebut mati yang diduga dipenga-
ruhi oleh mutu biji yang kurang baik.
Hanya 10 zuriat mampu bertahan
hidup yang berasal dari 3 tetua betina
(S138, Joang, dan T5). Setelah 3 bu-
lan ditanam di lapang, zuriat yang
berumbi yaitu nomor 51, 36, 42, 43,
52, dan 53, sedangkan zuriat nomor
37, 46, 47, dan 50 hanya menghasil-
kan perakaran yang tebal (Tabel 3).
Akar yang menebal diharapkan
berpotensi membentuk umbi, karena
pigmentasi pada akar yang menebal
merupakan gejala awal inisiasi umbi
(Wilson 1982) dan umbi akan ter-
bentuk apabila diikuti oleh proses
pembesaran secara lateral. Oleh kare-
na tetap dilakukan analisis RAPD ter-
hadap zuriat yang tidak berumbi.
Daging umbi zuriat semuanya
berwarna kuning tua disertai dengan
bintik-bintik warna jingga berbentuk
lingkaran, sedangkan tetua betinanya
berdaging umbi jingga dan tetua jan-
tan berdaging umbi putih. Kandung-
an -karoten zuriat ubi jalar tetraploid
juga relatif rendah dibandingkan de-
ngan tetua betinanya (Tabel 4).
 Daya Silang Ubi Jalar Umbi Jingga 5

Tabel 3. Kandungan -karoten tetua betina, tetua jantan, zuriat ubi jalar tetraploid dan
perumbian zuriat.
Tetua Kandungan - Kode Kandungan - Bobot D. umbi
karoten Zuriat karoten umbi zuriat
(mg/100g BB) (mg/100g BB) Zuriat (g) (mm)
Joang 0.6 51 0.1 3.5 6
S138 0.7 36 0.1 5.2-57.0 3-7
37 - - -
42 0.1 4.8 4
43 0.1 6.5-8.2 6-7
46 - - -
47 - - -
50 - - -
52 0.1 2.2-7.1 1-12
T5 11.9 53 0.1 3.5 1-3
It-2 0.0
BB: bobot basah umbi, D: diameter, -: tidak berumbi.

Tabel 4. Dua komponen utama pertama dengan nilai mutlak lebih dari 0.2 pada 10 zuriat
ubi jalar tetraploid, tetua betina, dan tetua jantan.
No. Primer Pita ke- Komponen Utama I Komponen Utama II
1 OPA-04 1 -0.195 -0.242
2 3 0.087 0.239
3 OPA-07 1 -0.284 -0.024
4 2 -0.284 0.116
5 7 -0.014 0.257
6 10 0.049 0.239
7 12 0.097 0.230
8 OPA-10 1 -0.253 0.227
9 2 -0.088 0.301
10 4 0.224 0.126
11 6 0.097 0.230
12 OPA-13 2 -0.115 0.336
13 3 0.294 0.024
14 5 -0.284 0.116
15 6 0.260 0.040
16 7 0.123 0.213
17 8 -0.253 0.227
18 9 0.222 -0.155
19 11 0.256 0.097
20 12 -0.133 -0.260
21 13 0.019 0.228
Akar ciri 7.2 5.5
Proporsi keragaman (%) 23.9 18.4

Warna umbi putih cenderung kuning tua. Walaupun warna jingga

bersifat dominan parsial (Renwarin tidak sepenuhnya tampak pada daging
1990), sehingga warna jingga menjadi umbi zuriat tetraploid, akan tetapi
6 Jurnal Natur Indonesia 5(1): 1-8 (2002)
bintik jingga yang membentuk ling-
karan menunjukkan -karoten dari
tetua betina telah terwariskan. Zuriat
tetraploid ini diharapkan dapat bergu-
na untuk menelusuri pewarisan ka-
rakter -karoten dan menambah kera-
gaman plasma nutfah yang dapat
dimanfaatkan lebih lanjut misalnya
sebagai sumber gen untuk mengem-
bangkan kultivar baru.
Berdasarkan pita RAPD dibuat
fenogram kemiripan genetik yang
diturunkan dari matriks kemiripan
genetik menggunakan koefisien Dice
antara 3 tetua betina yang menghasil-
kan zuriat (Joang, S138, T5),
Ipomoea trifida, dan 10 zuriat ubi ja
lar tetraploid (Gambar 1). Pada feno-
gram tersebut terlihat bahwa zuriat
ubi jalar tetraploid yang berasal dari
tetua yang sama cenderung menge-
lompok. Hubungan genetiknya berki-
sar 35-87%. Zuriat ubi jalar tetraploid
cenderung mempunyai jarak genetik
Kemiripan genetik
66%
62%
56%
48%
63%
Gambar 1. Fenogram kemiripan genetik antara 10 zuriat tetraploid, tetua betina dan tetua
jantan berdasarkan koefisien Dice.
yang lebih dekat dengan tetua
betinanya daripada tetua jantan.
Seluruh zuriat ubi jalar tetraploid
mengelompok pada tingkat kemiripan
56%, yang menunjukkan secara
genetik zuriat ubi jalar tetraploid
cukup bervariasi meskipun secara
morfologi sulit dibedakan. Varia-
bilitas genetik zuriat ubi jalar tetra-
ploid ini dipengaruhi oleh konstitusi
genetik tetuanya yang terwariskan.
Artinya variabilitas genetik zuriat
yang dapat mencerminkan derajat
heterozigositas genotipe tetuanya.
Sedangkan hubungan genetik Ipo-
moea trifida baik dengan tetua betina
maupun zuriat ubi jalar tetraploid
relatif jauh yang disebabkan oleh
perbedaan latar belakang genetik an-
tara Ipomoea trifida yang merupakan
spesies kerabat liar ubi jalar dengan
ubi jalar budidaya. Pola hubungan
genetik tersebut juga tampak pada
pemetaan dua dimensi hasil Analisis
74%
 Daya Silang Ubi Jalar Umbi Jingga 7

Komponen Utama yang dibuat ber- peran mendekatkan hubungan genetik

dasarkan pita RAPD (Gambar 2). klon S138 dan zuriatnya. Kedekatan
Klon S138 dan zuriatnya (36, 37, 42, klon T5 dan zuriatnya (53) dipenga-
43, 46, 47, 50, dan 52) cenderung me- ruhi oleh pita hasil amplifikasi meng-

Gambar 2. Pemetaan dua dimensi 10 zuriat ubi jalar tetraploid, tetua betina, dan tetua
jantan berdasarkan Analisis Komponen Utama.

ngelompok, juga klon Joang dan T5
dengan masing-masing zuriatnya (51
dan 53). Sebagaimana pengelompkan
berdasarkan koefisien Dice, Ipomoea
trifida juga terpisah dari tetua betina
maupun zuriat tetraploid.
Hasil AKU menggunakan mat-
riks korelasi menunjukkan bahwa KU
I dan KU II menerangkan 23.9% dan
18.4% dari keragaman total yang
berturut-turut mempunyai akar ciri
7.2 dan 5.5 (Tabel 4). Pada KU I dan
KU II, berturut-turut, terpilih 10 dan
11 pita RAPD yang mempunyai nilai
mutlak relatif besar (lebih dari 0.2).
Diantara pita-pita tersebut, pita hasil
amplifikasi menggunakan primer
OPA-13 pita ke-3 dan pita ke-11 yang
berturut-turut mempunyai nilai mut-
lak 0.294 dan 0.256 pada KU I ber-
gunakan primer OPA-13 pita ke-5 dan
OPA-07 pita ke-2 (keduanya mem-
punyai nilai mutlak 0.284 pada KU
I). Sedangkan hasil amplifikasi meng-
gunakan primer OPA-13 pita ke-12
mempunyai nilai mutlak 0.260 pada
KU II, hanya dijumpai pada Ipomoea
trifida.
KESIMPULAN
Daya silang antar klon-klon ubi
jalar heksaploid terhadap Ipomoea
trifida diploid bervariasi. Diantara 13
klon yang digunakan sebagai tetua
betina, klon S138 mempunyai daya
silang terbesar. Klon ubi jalar tetua
betina yang menghasilkan zuriat ada-
lah Joang, S138, dan T5. Hubungan
genetik zuriat ubi jalar tetraploid
cenderung lebih dekat dengan tetua
8 Jurnal Natur Indonesia 5(1): 1-8 (2002)
betina daripada tetua jantan sedang-
kan Ipomoea trifida cenderung mem-
punyai hubungan yang jauh. Pola
hubungan genetik ini tampak pada
fenogram yang diturunkan berdasar-
kan koefisien Dice maupun pemetaan
dua dimensi hasil AKU. Berdasar-
kan Komponen I dan II dapat dike-
tahui pita-pita yang berperan menen-
tukan kedekatan hubungan genetik.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih
kepada Bapak Dr Alex Hartana yang
telah membantu dana penelitian ini
dan memberi kemudahan untuk
menggunakan fasilitas Laboratorium
Biologi Tumbuhan, Pusat Studi Ilmu
Hayati, Institut Pertanian Bogor.
DAFTAR PUSTAKA
Hambali, G.G. 1988. Tuberization in
diploid Ipomoea trifida from Citatah,
West Java, Indonesia. Di dalam
Howeler, R.H. (ed). Proc. of 8th
Symp. Int. Soc. Trop. Root Crop.
Thailand: AVRDC.
Jarret, R.L., Gawel, N. & Whittemore,
A. 1992. Phylogenetic relationships
of the sweetpotato (Ipomoea batatas
(L.) Lam). J. Amer. Soc. Hort. Sci.
117: 633-637.
Kobayashi, M. & Miyazaki, T. 1976.
Sweetpotato breeding using wild
related species. Proc. IV Symp. Int.
Soc. Trop. Root Crop. Taiwan:
AVRDC.
Lengkong, E.F., Suharsono, Runtunu-
wu S.D. & Hartana, A. 2001. Peng-
optimuman reaksi berantai polime-
rase DNA tanaman kelapa. Hayati.
8: 121-123.
Ramisah, M.S., Saad, M.S., Yunus,
A.G. & Aini, A.S.N. 2000. Genetic
relationship in sweetpotato (Ipomoea
batatas L.) germplasm from Ma-
laysia and Indonesia using RAPD
markers. Di dalam Saad et al, (eds).
Genetic Manipulation: Challenges
and Advances. Proceedings of the 4th
National Congress on Genetics.
Genting Highlands. 26-28 Sept 2000.
Malaysia: PGM.
Renwarin, Y. 1990. Keragaman genetik
F1 silangan Ipomoea batatas dan
Ipomoea trifida. Tesis Program Pas-
ca Sarjana. Bogor: IPB.
Renwarin, Y., Hartana, A., Hambali,
G.G. & Rumawas, F. 1994. Ubi
jalar tetraploid dan prospeknya seba-
gai sumber genetik dalam program
pemuliaan ubi jalar pentaploid.
Zuriat. 5: 8-15.
Sagredo, B., Hinrichsen, P., Lopez, L.,
Cubillos, A. & Munoz, C. 1998.
Genetic variation of sweet potato
(Ipomoea batatas L.) cultivated in
Chile determined by RAPDs.
Euphytica. 101: 193-198.
Tingey, S.V., Rafalski, J.A. & Wil-
liams, J.G.K. 1992. Genetic analysis
with RAPD markers. Application
RAPD Technology to Plant Bree-
ding. Joint Plant Breeding Symposia
Series. Minneapolis, 1 Nov 1992.
Ukoskit, K., Thompson P.G., Watson
JrC.E. & Lawrence, G.W. 1997.
Identifying a randomly amplified
polymorphic DNA (RAPD) marker
linked to a gene for root-knot
nematode resistance in sweetpotato.
J. Amer. Soc. Hort. Sci. 122: 818-
821.
Villordon, A.Q. & LaBonte, D.R. 1995.
Variation in randomly amplified
polymorphic DNA markers and
storage root yield in Jewel sweet-
potato clones. J. Amer. Soc. Hort.
Sci. 120: 734-740.
Wilson, L.A. 1982. Tuberization in sweet
potato (Ipomoea batatas (L) Lam).
Didalam Villareal R.L., Griggs, T.D.
(eds). Sweet Potato. Proceedings of
The First International Symposium.
Taiwan: AVRDC.
Daya Silang Ubi Jalar Umbi Jingga 9