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Sus padres fueron Juan Cobo y Catalina de Peralta. A los 15 aos embarc para Amrica y
luego de recorrer las Antillas, y Venezuela se dirigi al Per, llegando a Lima en 1598. Ingres
al Colegio Real de San Martn en 1599, segn Rubn Vargas Ugarte, en calidad de fmulo
dado que no figura en el catlogo de alumnos regulares, posiblemente gracias a la proteccin
del padre Esteban Pez, visitador de la Compaa de Jess, al que conoci durante la
travesa desde Panam.
Ingres a la Compaa de Jess (1601) e hizo sus primeros votos (1603), para completar sus
estudios de Humanidades, cursando Filosofa y Teologa en el noviciado de la Compaa y en
el Colegio Mximo de San Pablo. Trasladado al Cuzco (1609), se orden de sacerdote en
1612 y de regreso a Lima, fue destinado al Colegio Jesuita de Juli (1616) y tuvo oportunidad
de conocer Potos, Cochabamba y La Paz. En 1619 fue nombrado Rector del Colegio Jesuita
de Arequipa, luego se traslad al Colegio Jesuita de Pisco (1622), se encontraba
en Trujillo hacia 1627 y finalmente se le nombr Rector del Colegio del Callao (1630).
En 1631 fue enviado a Mxico donde permaneci hasta 1642, ocupado en completar la obra
que se hallaba escribiendo. A su regreso al Per, residi en el Colegio de San Pablo, y
algunos aos en el Callao, hasta su fallecimiento.
En su obra Historia del Nuevo Mundo hace importantes aportes a las ciencias naturales,
especialmente a la botnica. Esta obra fue hallada en la Biblioteca de la Iglesia de San Ocacio
en Sevilla en 1893 de la cual slo se ha podido publicar el primer tomo y parte del segundo. El
tercer tomo que trata sobre Mxico no ha sido hallado. En el primer tomo es de particular
relevancia la descripcin detallada que hace del sistema de ceques del Cuzco y otros valiosos
datos sobre la civilizacin incaica proporcionados por su informante Alonso Topa Atau,
descendiente de Huayna Cpac.