Biofisica 2

Biofsica
Aminocidos e nucleotdeos
Prof. Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
2010 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

azevedolab.net
Definies
Astrobiologia: Cincia que estuda a possibilidade

de vida em outros planetas. Usa conhecimentos da
fsica e biologia, com forte embasamento
molecular para o estudo do surgimento da vida.
Vida: Sistemas capazes de auto-replicao e que

apresentam evoluo Darwiniana.

Origem csmica dos tomos
De onde vieram os tomos para formar as molculas orgnicas?

Origem dos tomos
Na teoria mais aceita para a origem
do Universo a teoria do Big Bang-
estabelece que o Universo foi criado
aproximadamente h 15 bilhes de
anos atrs. Esse evento produziu
uma nuvem de hidrognio e hlio, os
elementos qumicos mais simples,
compostos por 1 e 2 prtons,
respectivamente. Essa nuvem Hidrognio
expandiu-se. A figura ao lado mostra Hlio

uma representao esquemtica dos

tomos de hidrognio e hlio. No
ncleo, o prton e orbitando em volta
o eltron.
Prton Eltron
Origem dos tomos
Na expanso da nuvem de gs
(hidrognio e hlio) apareceram
regies onde a concentrao de
gases era maior que em outras, essas
irregularidades propiciaram a
concentrao de matria, que atraiu
mais matria, devido ao da
gravidade. A concentrao de hlio e
hidrognio levou ao surgimento das
estrelas de primeira gerao. Essas
estrelas tinham uma aparncia

nebular. A nebulosa guia M16,
mostrada ao lado, apresenta uma
concentrao dessas estrelas.
Fonte: http://hubblesite.org/gallery/album/entire_collection/pr1995044b/
Origem dos tomos
O crescimento da massa das estrelas
propiciou que mais massa fosse
atrada. A equao abaixo ilustra essa
idia, quando maior a massa da
estrela (M) maior a fora de atrao
gravitacional (Fg), essa fora tambm m
depende da distncia entre as r
massas (r) e de uma constante
universal (G), chamada constante
universal da gravitao.

Mm
Fg G 2 M
r
Origem dos tomos
Esta equao de aplicao geral
extremamente simples. Vamos
analis-la com mais cuidado. Dois
corpos de massas M e m, quanto
mais prximos estiverem maior ser a
fora de atrao gravitacional. Vemos, m
tambm, que quanto maiores as r
massas maior a fora. Resumindo,
aumentando a massa aumentamos a
fora e aumentando a distncia
diminumos a fora, esta equao

simples e intuitiva vale tanto para
galxias como para uma pessoa M
assistindo aula de biofsica. Mm
Fg G 2
r
Origem dos tomos
O aumento da massa das estrelas
levou a um aumento da presso e da
temperatura, possibilitando a reao
de fuso nuclear. Nessa reao 4
tomos de hidrognio se fundem Energia
formando um tomo de hlio. Esse

processo libera neutrino e grandes
quantidades de energia. A estrela
brilha. Na verdade esse processo
usado por todas estrelas com massa
prxima do Sol, inclusive o nosso Sol. Neutrino

Estrelas mais massivas usam um 4H 1 He + neutrino + energia
processo chamado ciclo CNO para a
produo de energia. p + p + p + p (2p+2n) + neutrino + energia
Prton Nutron
Origem dos tomos
Essa reao de fuso chamada
cadeia prton-prton. Em estrelas
muito mais massivas que o Sol, e
com temperaturas mais altas, ocorre
ciclo CNO. As estrelas tm um ciclo Energia
de vida, onde em cada fase de sua

evoluo apresentam diferentes perfis
de reaes nucleares. Estrelas mais
velhas, que j converteram boa parte
de seu H em He, no seu ncleo,
apresentam temperaturas de 100 Neutrino

milhes de graus, onde uma reao 4H 1 He + neutrino + energia
de formao de carbono ocorre.
p + p + p + p (2p+2n) + neutrino + energia
Prton Nutron
Origem dos tomos
A queima do He, no ncleo estelar,
leva formao de C, num processo
chamado de triplo-alfa, devido
participao de 3 partculas alfa
(ncleos de He) no processo. O
diagrama esquemtico ao lado ilustra 4He
8Be
o processo de formao de carbono 4He
no ncleo das estrelas. No final do

ciclo de queima de H a estrela
colapsa, o que eleva a temperatura o
suficiente para iniciar o ciclo de 4He

queima do He. O processo triplo alfa
envolve liberao de radiao gama
().
12C
Prton Nutron
Origem dos tomos
Um tomo de 12C pode fundir-se com
uma partcula alfa (ncleo de He)
formando um tomo de oxignio,
como mostrado no diagrama ao lado.
Resumindo, os tomos presentes nos
seres vivos, como conhecemos na 4He
Terra, tiveram sua origem na fornalha 12C
nuclear de estrelas mais massivas

que o Sol. Boa parte dos tomos que
formas as protenas, C, N e O, foram
formados no ncleo de estrelas.

16O
Prton Nutron
Origem das molculas orgnicas
We are star stuff

Fonte: http://www.carlsagan.com/
A nave Voyager lanada em 1977
tornou-se um dos 4 objetos feitos
pelo Homem a deixar o sistema
solar. Esta nave leva um disco de
ouro com mensagens e
informaes sobre os humanos e
o planeta Terra. Carl Sagan liderou
o grupo que selecionou as
imagens e sons a serem
colocados no disco.

Fonte: http://www.carlsagan.com/
Origem dos tomos
Podemos especular que uma das
condies necessrias para que
ocorra vida em planetas, que os
mesmos sejam resultado da formao
de um sistema planetrio, com os
restos de uma estrela mais massiva
que o Sol. A origem do nosso sistema
solar leva em conta essa condio
para a formao de planetas
rochosos, como a Terra, Mercrio,
Vnus e Marte. Planetas rochosos,

no muitos distantes da sua estrela
central, mas no muito perto desta,
podem abrigar as condies
necessrias para o surgimento da
vida. Fonte:http://www.thunderbolts.info/tpod/2006/image06/060126solar4.jpg
Origem de molculas orgnicas
O nosso sistema solar surgiu h 5
bilhes de anos. A teoria mais aceita
descreve a origem do sistema solar
como resultado da exploso de uma
supernova, que perturbou uma nuvem
de gs e poeira (A), a onda de
presso, devido exploso da
supernova, levou concentrao de
gs e poeira da nuvem, levando esta
nuvem a colapsar (B) . A nuvem
comeou a girar, conforme colapsava,

podemos traar uma analogia com
uma danarina girando, quando ela
aproxima os braos do corpo gira
mais rpido, isto chamado
conservao do momento angular. Fonte:http://www.thunderbolts.info/tpod/2006/image06/060126solar4.jpg
Conforme a nuvem colapsava o
centro da nuvem tornou-se mais
aquecido, e o exterior relativamente
mais frio. A nuvem tomou a forma de
um disco, com o Sol no centro (B e
C). Concentraes gasosas prximas
ao centro no sobreviveram, s
concentraes rochosas,
permaneceram prximas ao centro do
disco. Esses ncleos rochosos
formaram os planetas internos do

sistema solar, Mercrio, Vnus, Terra
e Marte (D). Os ncleos gasosos
formaram os gigantes gasosos,
Jpiter, Saturno, Urano e Netuno (E).
Fonte:http://www.thunderbolts.info/tpod/2006/image06/060126solar4.jpg
Visite os seguintes links de interesse:
Solar System Formation
Formation of the solar system (video)
A Possible Sequence of Events for the Formation of the Solar

System
The Origin of the Solar System
NASAs Solar System Exploration
NASAs Solar System Simulator
Planetary Science Research

Fonte: http://www.windows.ucar.edu/tour/link=/images/best_solar_image.html
Um dos experimentos clssicos sobre
a criao de molculas biolgicas, a
partir de condies pr-biticas o
experimento de Miller-Urey. Neste
experimento as condies da Terra
primitivas so simuladas. Numa
atmosfera artificial de metano (CH4),
amnia (NH3), gs hidrognio (H2) e
vapor dgua, fascas eltricas so
disparadas, depois de diversos dias
uma substncia orgnica acumula-se.

A anlise dessa massa indica a
presena de aminocidos. Os
componentes bsicos para a vida.
Fonte: http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/40/UreyMillerExperiment.jpeg
No diagrama esquemtico temos 2 eletrodos inseridos num balo de vidro
esterilizado, que so as fontes das descargas eltricas. Amnia, metano, vapor
dgua e hidrognio esto no balo, onde so disparadas as descargas
eltricas. No experimento original, realizado em 1953, Miller e Urey deixaram o
sistema ligado por uma semana.
Fonte de voltagem(V)
Eletrodos
Para bomba de vcuo

H2O, NH3, CH4, H2 Gases da atmosfera primitiva
Condensador
Para acesso ao balo
Para acesso gua
gua
gua resfriada contendo

componentes orgnicos
Aquecimento
Ao final do experimento havia molculas orgnicas formadas a partir de
precursores inorgnicos. Este experimento um teste da hiptese de Oparin e
Haldane. Esta hiptese prope que as condies da Terra primitiva eram
favorveis que reaes qumicas, envolvendo componentes inorgnicos,
gerassem molculas orgnicas.
Fonte de voltagem(V)
Eletrodos
Para bomba de vcuo
H2O, NH3, CH4, H2 Gases da atmosfera primitiva
Para acesso ao balo

Condensador
Para acesso gua

gua
gua resfriada contendo

componentes orgnicos
Aquecimento
Em 2008 um breve artigo em Science
descreveu refinamentos no
experimento de Stanley-Miller.
Nesses refinamentos foi introduzida
uma vlvula que permitia a injeo de
um fluxo de gs. Tal sistema visa
simular as condies encontradas
prximas a erupes vulcnicas,
como mostrada na figura ao lado. Em
tal situao HCN e aldedos e
cetonas participam na sntese de

aminocidos. Esses aminocidos
podem ter acumulado em reas Fonte: Johnson, A.P. , Cleaves, H.J. , Dworkin, J.P.,
Glavin, D.P., Lazcano, A., Bada, J.L. The Miller Volcanic
sujeitas s mares e em contato com spark discharge experiment. Science, Vol. 322, 404.
sufato de carbonila, um gs comum
em erupes, sofrido polimerizao.
Nessa nova configurao foram
gerados cinco aminocidos e amina
no encontrados no experimento
original. A anlise das amostras, a
partir de modernas tcnicas de
cromatografia e espectrometria de
massas, permitiu uma preciso nos
resultados. O grfico ao lado mostra a
razo molar dos componentes
identificados no novo experimento.
Vemos que o aminocido glicina

seguido de alanina so
majoritariamente formados no
experimento
Fonte: Johnson, A.P. , Cleaves, H.J. , Dworkin, J.P.,
Glavin, D.P., Lazcano, A., Bada, J.L. The Miller Volcanic
spark discharge experiment. Science, Vol. 322, 404.
Visite os seguintes links de interesse:
Miller-Urey experiment
An interview with exobiology pioneer, Dr. Stanley Miller.
Miller-Urey experiment (CalSpace)
Miller-Urey experiment (The internet encycopedia)
Abiotic synthesis of purines and other heterocyclic compounds by the action of electrical discharges

Prebiotic Soup--Revisiting the Miller Experiment
Primordial recipe: Spark and stir (Astrobiology Magazine)

Caractersticas:
Encontrado em Murchison
(Austrlia, 1969)
Presena de molculas
orgnicas

Fonte: https://astrobiology.nasa.gov/images/94.jpg

Fonte: Gilmour, I & Sephton, M.A. An introduction to astrobiology, Cambridge University Press, UK, 2003.
Concluses da anlise do meteorito de Murchison:
Distribuio relativa de aa prxima ao experimento Miller-Urey
O sistema solar apresenta molculas orgnicas fora do planeta Terra
Presena de molculas orgnicas, leva a propor que podem formar

polmeros, presentes em seres vivos

Nucleotdeos
Timina (Somente em DNA)
Uracil (somente em RNA)

Citosina

Adenina
Guanina
Fosfolipdios


Evidncia de impactos de
meteoritos na Lua, bem como na
Terra.
Possibilidade da presena de
molculas orgnicas nesses
meteoritos

Fonte: http://neo.jpl.nasa.gov/images/meteorcrater.jpg
Fonte: De Azevedo Jr., WF. Observatrio Astronmico CDCC-USP-So Carlos, 1989.

Meteoritos que atingiram a
Terra podem ter fornecido uma
biblioteca inicial de molculas
orgnicas que favoreceram o
surgimento da vida
Meteoros e meteoritos,
viajando pela atmosfera
terrestre podem ter forado
reaes qumicas, que
levaram formao de

molculas orgnicas
Meteoritos, que atingiram a

superfcie da Terra, podem ter
vaporizados rochas, o que
levou formao de molculas
orgnicas.
Fonte: http://www.nasa.gov/centers/goddard/images/content/317844main_PNAS_new_jpg.jpg
Aminocidos encontrados em
protenas so L-aminocidos
Sntese de aminocidos (aa) no

experimento de Miller-Urey, leva
a uma mistura das duas formas
de aa
Por que aa do tipo L?

Fonte: http://astrobio.net/news/modules.php?op=modload&name=News&file=article&sid=3092&mode=thread&order=0&thold=0
Anlise dos aa encontrados em
meteoritos lanou luz sobre a
questo
H um favorecimento de aa do
tipo L nos meteoritos

Fonte: http://astrobio.net/news/modules.php?op=modload&name=News&file=article&sid=3092&mode=thread&order=0&thold=0
Aminocidos
Ao aprendermos a ler comeamos com o estudo das letras, das slabas,
palavras e unimos as palavras formando frases, pargrafos, enfim lemos.
Para aprendermos sobre estrutura de protenas usaremos uma abordagem
similar. Estudaremos os aminocidos, que formam o alfabeto das protenas,
seguiremos com dipeptdeos, tripeptdeos e assim sucessivamente e
teremos as slabas e as palavras das protenas. O entendimento das
estruturas secundrias permite a compreenso da gramtica protica,
passaremos ao estudo das relaes entre palavras e onde elas tm mais
probabilidade de ocorrer, certos tipos de aminocidos apresentam maior
probabilidade de serem encontrados na superfcie da protena, enquanto
outros apresentam tendncia a ficarem no interior da protena.

Aminocidos
Por ltimo leremos o livro protico, atravs da interpretao da estrutura
terciria e quaternria das protenas. O estudo das protenas permite o
entendimento, no nvel molecular, dos fenmenos mais bsicos da vida.
Fenmenos como diviso celular, transporte de oxignio, fotossntese,
potencial de repousa da clula, potencial de ao e sinapses, etc. Tais
fenmenos s podem ser entendidos profundamente se conhecermos as
protenas envolvidas nesses fenmenos. Vamos comear a leitura do livro
das protenas.

Aminocidos
As letras do alfabeto protico so os aminocidos. A frmula molecular do
aminocido mostrada abaixo. O aminocido tem um terminal (amino) e
outro terminal carboxlico. No centro temos um carbono tetradrico, chamado
carbono alfa, ligado covalentemente aos terminais amino (grupo amino NH2) e
carboxlico (grupo carboxila, COOH). O carbono alfa tem mais duas ligaes
covalentes, uma com hidrognio e outra com a cadeia lateral (R). A cadeia
lateral responsvel pela identidade do aminocido. H vinte tipos diferentes
de aminocidos, ou seja, temos vinte tipos possveis de cadeias laterais.

O
+
H3N C C
O-
R
Aminocidos
Quiralidade. Os aminocidos so molculas quirais, ou seja, admitem duas
formas, sendo uma a imagem espelhada da outra. Uma caracterstica
interessante sobre a quiralidade dos aminocidos, todos aminocidos
naturais so da forma L (levgiro), chamados aminocidos L. Uma
consequncia da quiralidade dos aminocidos o fato de todos os cristais
de protenas no apresentam simetria espelho ou centro de inverso, o que
reduz o nmero de grupos espaciais possveis a 64. A distribuio dos
tomos, em torno do carbono alfa nos aminocidos L, segue uma regra
mnemnica simples, chamada regra do CORN, olhe o diagrama
esquemtico da representao do aminocido L. Neste diagrama estamos
olhando para o carbono alfa ao longo da ligao covalente, com o tomo de

hidrognio. Nesta situao temos trs ligaes covalentes restantes,
seguindo a regra do CORN, o CO para a carboxila, o R para a cadeia lateral
e o N para o grupo amino.
Aminocidos
Regra do CORN. A regra do CORN indica a distribuio das ligaes
covalentes ao redor do carbono alfa. O estado de protonao, tanto do grupo
amino, quanto do grupo carboxlico, depende do pH do meio, e pode
apresentar-se protonado como desprotonado. O estado mostrado na frmula
molecular e na estrutura tridimensional o predominante nas condies
fisiolgicas.
COO R
H
O

+
H3N C C
O-
R
NH3
Aminocidos
Glicina Gly G Tirosina* Tyr Y
Alanina Ala A Metionina Met M
Serina* Ser S Triptofano* Trp W
Treonina* Thr T Asparagina* Asn N
Cisteina Cys C Glutamina* Gln Q
Valina Val V Histidina* His H
Isoleucina Ile I Aspartato* Asp D
Leucina Leu L Glutamato* Glu E

Prolina Pro P Lisina* Lys K
Fenilalanina Phe F Arginina* Arg R
* podem formar ligaes de H

Aminocidos
H
O
Aminocidos alifticos. H
O +
Entre os 20 aminocidos H3 N C C
+
naturais 6 apresentam cadeias H3 N C C
O-
CH2
laterais alifticas: glicina, Glicina O-
H
alanina, valina, leucina, CH
isoleucina, e prolina. Essas H
O H3C CH3
cadeias laterais so apolares, + Leucina
H3 N C C
e as maiores so hidrofbicas.
O- H
CH3 O
Alanina +
H3 N C C
H H

O O O-
CH CH3
HN C C +
H3 N C C
CH 2
O- O-
CH 2 CH2 CH
CH3
H3C CH3
CH2
Prolina Valina Isoleucina
Aminocidos
Aminocidos alifticos
hidroxilados. Os aminocidos
serina e treonina apresentam
H H
hidroxilas alifticas, que so O O
polares. Podemos pensar na +

H3 N C C
+
H3 N C C
serina como uma alanina
O- O-
hidroxilada e a treonina como CH2 HO CH
uma valina onde uma metila CH3

OH
foi trocada por uma hidroxila.
Serina Treonina

Aminocidos
H
Aminocidos aromticos. H O
H
3 aminocidos naturais que O +
H3 N C C
apresentam anis aromticos +
H3 N C C
O-
nas cadeias: fenilalanina, CH2
O-
tirosina e triptofano. CH2
Fenilalanina e triptofano so Fenilalanina

mais hidrofbicos, e so
normalmente encontrados no
interior das protenas. A OH
H Tirosina
tirosina uma verso O
hidroxilada da fenilalanina. +
H3 N C C

O-
CH2
Triptofano
CH
N
H
Aminocidos
Aminocidos cidos. O
aspartado e glutamato
apresentam carboxilas nas H H
O O
cadeias laterais.
+ +
H3 N C C H3 N C C
O- O-
CH2 CH2
CH CH2
O O-
CH
Aspartato
O O-

Glutamato
Aminocidos
Aminocidos polares
derivados dos aminocidos
cidos. Nas asparaginas e H H
O
nas glutaminas as hidroxilas O
+
das cadeias laterais so +
H3 N C C H3 N C C
trocadas por grupos NH2. O- O-

CH2 CH2
CH CH2
O NH2 CH
Asparagina
O NH2

Glutamina
Aminocidos
Aminocidos bsicos. Os
aminocidos lisina, arginina,
histidina apresentam cadeias
laterais bsicas. H
O
H
O
+ +
H3 N C C H3 N C C
H
O- O-
O CH2 CH2
+
H3 N C C
CH2 CH2
O-
CH2
CH2 CH2

C CH
CH2 N H
+HN NH
NH3+ C NH2+
C
H NH2
Histidina Lisina
Arginina
Aminocidos
Aminocidos com enxofre.
Dois aminocidos apresentam
enxofre na cadeia lateral, so
H
eles, cistena e metionina. A H O
cistena apresenta uma O
+
H3 N C C
sufidrila, que permite a +
H3 N C C
O-
formao de pontes O-
CH2
CH2
dissulfetos em protenas.
Essas pontes so ligaes CH2
SH
covalentes entre cistenas, Cistena S
formando uma cistina que a

ligao de duas cistenas. CH3
Metionina
Aminocidos
Alifticos
Thr
Gly Gln
Aromticos
Ser
Val Asn
Phe Trp Tyr
Ala cidos
Ile Com enxofre Asp Glu
Polares
Cys Pro Bsicos
Leu Lys

Met His
Arg
Hidrofbicos
Diagrama de Venn p/ Aminocidos

Atingindo a complexidade
Sistemas biolgicos necessitam de macromolculas para manuteno da vida
Macromolculas biolgicas so formadas a partir da polimerizao de molculas

mais simples, como aminocidos e nucleotdeos
aminocidos protenas
nucleotdeos cidos nuclicos

Na reao de polimerizao h liberao de molculas de gua
Atingindo a complexidade
Como, a partir de molculas mais simples,

formamos sistemas complexos?

Mundo de RNA
Sistemas biolgicos atuais so compostos de DNA, RNA e Protenas
A nica que molcula que pode desempenhar ambos papis o RNA

Os primeiros seres vivos foram baseados no RNA
Concluses
a time will come when we shall

have very fairly true
genealogical trees of each great
kingdom of nature.
(Charles Darwin, 1859)

Concluses
Anlise da rvore filogentica

indica que nosso ltimo ancestral
comum pode ter sido similar aos
organismos termoflicos e
hipertermoflicos.

Concluses
Archaea
Eucariotos
Bactria
Mundo de RNA, ltimo ancestral comum
DNA e protena
RNA, DNA e protenas
Mundo de RNA Primeiro organismo

Primeiro organismo Evoluo Darwiana

Sopa prebitica
Mundo pr-biotco
Formao da Terra

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expandiu-se. A figura ao lado mostra Hlio

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formando um tomo de hlio. Esse

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de vida, onde em cada fase de sua

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no ncleo das estrelas. No final do

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Terra, tiveram sua origem na fornalha 12C

nuclear de estrelas mais massivas

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Solar System Formation

Formation of the solar system (video)

A Possible Sequence of Events for the Formation of the Solar

The Origin of the Solar System

NASAs Solar System Exploration

NASAs Solar System Simulator

Planetary Science Research

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gua resfriada contendo

H2O, NH3, CH4, H2 Gases da atmosfera primitiva

Para acesso ao balo

Para acesso gua

gua resfriada contendo

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Miller-Urey experiment (CalSpace)

Miller-Urey experiment (The internet encycopedia)

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Primordial recipe: Spark and stir (Astrobiology Magazine)

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Concluses da anlise do meteorito de Murchison:

Distribuio relativa de aa prxima ao experimento Miller-Urey

O sistema solar apresenta molculas orgnicas fora do planeta Terra

Presena de molculas orgnicas, leva a propor que podem formar

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Timina (Somente em DNA)

Uracil (somente em RNA)

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2009 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

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