Benoit-Chabot V 2014-05-30 1 de 2

LES FACTEURS DE SLECTION DES BIO-INDICATEURS DE LA QUALIT DES
COSYSTMES AQUATIQUES : LABORATION DUN OUTIL DAIDE LA DCISION
Par
Vronique Benoit-Chabot
Essai prsent au Centre universitaire de formation

en environnement et dveloppement durable en vue
de lobtention du grade de matre en environnement (M. Env.)
Sous la direction de Monsieur Rjean de Ladurantaye
MATRISE EN ENVIRONNEMENT
UNIVERSIT DE SHERBROOKE
Mai 2014
SOMMAIRE
Mots cls : bio-indicateurs, cosystmes aquatiques, facteurs de slection, outil daide la dcision,
processus de slection, qualit de leau, critres de slection
La prservation de la qualit de leau est un enjeu trs important au Qubec sur les plans
environnemental, conomique et socio-politique. Le suivi environnemental des cosystmes
aquatiques revt donc une grande importance. Pour ce faire, il est crucial dutiliser des indicateurs
environnementaux fiables et adquats. Le principal avantage des indicateurs biologiques rside dans
le fait quils permettent dvaluer les impacts des diffrentes perturbations sur la faune et la flore
aquatique, contrairement aux indicateurs physico-chimiques qui permettent seulement de faire le
diagnostic de ces perturbations. ce jour, il nexiste pas de lignes directrices pour encadrer le
processus de slection des bio-indicateurs. Lobjectif gnral de cet essai est donc de fournir aux
gestionnaires un cadre normatif afin de standardiser le processus de slection des bio-indicateurs de
la qualit des milieux aquatiques et ainsi assurer une gestion adquate de ces milieux.
Dabord, les caractristiques propres chaque catgorie de bio-indicateurs, telles que leur longvit,
leur cycle de vie, leur sensibilit aux polluants et leur mcanisme de raction face aux perturbations,
dterminent la porte de leur potentiel en tant quindicateur ainsi que la mthodologie et les cots
relis leur utilisation. Ensuite, les principaux facteurs de slection considrer sont le type de
milieu ltude, le type de contaminant ou de problmatique tudi, la localisation de la
perturbation, la porte temporelle et gographique de ltude, ainsi que le budget disponible.
Lintgration de tous ces lments a permis de crer un outil informatis permettant dobjectiver le
processus de slection des bio-indicateurs. Conu sous la forme dun court questionnaire, cet outil
facilite significativement le processus de slection et assure la transparence lors de la prise de
dcisions. De plus, comme cet outil favorise lutilisation de bio-indicateurs pertinents et efficaces,
les impacts conomiques, environnementaux et socio-politiques dcoulant de lutilisation de bio-
indicateurs inadquats peuvent ainsi tre vits. Toutefois, il existe certaines sources de biais qui
peuvent tout de mme altrer la qualit des renseignements fournis par les bio-indicateurs. Il est
important den tenir compte et de rduire le plus possible leur influence sur les rsultats.
Par ailleurs, il est important de souligner que le prsent essai peut galement servir doutil pour
valuer si les bio-indicateurs utiliss dans le cadre de projets raliss dans le pass ou en cours de
ralisation sont adquats, et ainsi raligner le tir, le cas chant.
i
REMERCIEMENTS
La ralisation de cet essai fut une exprience trs enrichissante et formatrice sur les plans personnel
et professionnel. Elle ma notamment permis de mettre profit ma rigueur de travail et ma
dtermination, en plus de forger mon sens de lautonomie. Jen retire un grand sentiment
daccomplissement. Toutefois, la concrtisation de ce projet naurait pas t possible sans laide et
le soutien de certaines personnes cls.
Je tiens tout dabord remercier chaleureusement mon directeur, Monsieur Rjean de Ladurantaye,
qui a accept de massister dans cet important projet. Son expertise, sa disponibilit, ses rtroactions
positives et constructives et ses encouragements ont t des lments dterminants pour la russite
de cet essai.
Le soutien et les encouragements de ma famille et de mes amis ont galement t un atout majeur
en termes de motivation. Je souhaite dailleurs souligner laide prcieuse que mon pre, Gilles
Chabot, ma apporte dans la programmation de loutil qui fait lobjet du prsent essai.
Finalement, je tiens remercier particulirement mon conjoint, Gabriel Armand, ma sur, Gabrielle
Benoit-Chabot, ainsi que mes collgues et amies, Laurie Dumas et Emmanuelle Viau, pour tous les
conseils quils mont donns et pour la patience et lcoute remarquables dont ils ont fait preuve
tout au long de ce projet.
ii
TABLE DES MATIRES
INTRODUCTION............................................................................................................................... 1
1. DFINITIONS ET CONCEPTS DE BASE ................................................................................... 4
1.1 Dfinition du concept de bio-indication.................................................................................... 4
1.2 Utilisation des bio-indicateurs .................................................................................................. 5
1.3 Dfinition des concepts sous-jacents ........................................................................................ 6
1.3.1 Niche cologique ............................................................................................................... 6
1.3.2 cart la rfrence ............................................................................................................ 6
1.3.3 Espces polluosensibles et polluorsistantes ..................................................................... 6
1.3.4 Bioaccumulation, bioamplification et bioconcentration .................................................... 7
1.3.5 Indice biotique ................................................................................................................... 7
1.4 Typologie des bio-indicateurs ................................................................................................... 7
1.4.1 Classification selon le mcanisme daction ....................................................................... 7
1.4.2 Classification selon le niveau dorganisation biologique .................................................. 8
1.4.3 Classification selon le type de changements observables.................................................. 9
2. PRSENTATION DES PRINCIPAUX BIO-INDICATEURS DE LA QUALIT DES
COSYSTMES AQUATIQUES ............................................................................................. 10
2.1 Macroinvertbrs benthiques .................................................................................................. 10
2.1.1 Caractristiques ............................................................................................................... 11
2.1.2 Principaux facteurs dinfluence ....................................................................................... 12
2.1.3 Mthodologie dchantillonnage et danalyse ................................................................. 13
2.1.4 Principales espces utilises ............................................................................................ 14
2.2 Poissons .................................................................................................................................. 16
2.3 Algues ..................................................................................................................................... 20
2.4 Zooplancton ............................................................................................................................ 24
iii
2.5 Macrophytes............................................................................................................................ 28
2.6 Bactries.................................................................................................................................. 33
2.7 Oiseaux ................................................................................................................................... 35
3. FACTEURS PRENDRE EN CONSIDRATION .................................................................... 41
3.1 Caractristiques considres chez les bio-indicateurs............................................................. 41
3.2 Type de milieu ltude ......................................................................................................... 42
3.3 Type de contaminant ou problmatique .................................................................................. 43
3.3.1 Pollution par les hydrocarbures ....................................................................................... 43
3.3.2 Acidit ............................................................................................................................. 44
3.3.3 Salinit ............................................................................................................................. 45
3.3.4 Surabondance dlments nutritifs .................................................................................. 46
3.3.5 Pollution par les mtaux lourds ....................................................................................... 47
3.3.6 Pollution organique.......................................................................................................... 49
3.3.7 Contamination microbienne ............................................................................................ 50
3.3.8 Anoxie ............................................................................................................................. 50
3.4 Localisation de la contamination ou de la problmatique....................................................... 51
3.4.1 Sdiments ........................................................................................................................ 51
iv
3.4.2 Colonne deau .................................................................................................................. 52
3.5 Porte temporelle et gographique de ltude ......................................................................... 52
3.5.1 Frquence de la mesure ................................................................................................... 53
3.5.2 Dimensionnalit des effets tudis .................................................................................. 53
3.5.3 Priode dchantillonnage ............................................................................................... 54
3.5.4 tendue de la mesure ....................................................................................................... 55
3.6 Budget disponible ................................................................................................................... 56
3.6.1 quipement et matriel dchantillonnage ...................................................................... 56
3.6.2 Matriel et procdures danalyse en laboratoire .............................................................. 57
3.6.3 Embauche de spcialistes ................................................................................................ 58
3.6.4 Obtention de permis......................................................................................................... 58
4. OUTIL DAIDE LA DCISION .............................................................................................. 59
4.1 Notes sur la programmation de loutil .................................................................................... 59
4.2 Description gnrale de loutil ................................................................................................ 60
4.3 Instructions de base pour lutilisation de loutil...................................................................... 61
4.4 Complmentarit des bio-indicateurs...................................................................................... 63
4.5 Amlioration continue de loutil ............................................................................................. 64
5. IMPACTS POTENTIELS DUN MAUVAIS CHOIX DE BIO-INDICATEUR ......................... 65
5.1 Impacts conomiques .............................................................................................................. 65
5.1.1 Cots inutiles de lutilisation dun bio-indicateur inappropri ........................................ 65
5.1.2 Pertes financires dues la mise en oeuvre dactions inutiles ou inadquates................ 65
5.1.3 Investissements non judicieux dans la restauration de milieux jugs non prioritaires .... 65
5.1.4 Perte de ressources........................................................................................................... 66
5.2 Impacts environnementaux ..................................................................................................... 66
5.2.1 Aggravation dune problmatique environnementale non dcele ou dtecte trop tard 66
5.2.2. Non atteinte relle des objectifs de restauration ............................................................. 67
5.2.3 Autorisation de projets dpassant la capacit de support du milieu rcepteur ................ 67
5.2.4 Disparition despces sensibles aux perturbations non dtectes .................................... 67
5.3 Impacts sociopolitiques........................................................................................................... 67
5.3.1 Perte de crdibilit des gestionnaires............................................................................... 67
5.3.2 Frustrations et inquitudes au sein du public................................................................... 68
5.3.3 Perte du patrimoine naturel.............................................................................................. 69
5.3.4 Dpassement de seuils rglementaires ou non-respect de la rglementation .................. 69
v
5.3.5 Atteinte la sant de la population .................................................................................. 69
6. SOURCES DE BIAIS POTENTIELLES CONSIDRER........................................................ 70
6.1 Qualit du travail dchantillonnage et du traitement des chantillons .................................. 70
6..2 Variabilit intraspcifique ...................................................................................................... 70
6.2.1 Diffrences observables entre les individus .................................................................... 70
6.2.2 Diffrences observables entre les populations ................................................................. 71
6.3 Fiabilit des modles de rfrence .......................................................................................... 72
6.4 Complexit didentification des relations de cause effet...................................................... 72
CONCLUSION ................................................................................................................................. 74
RFRENCES .................................................................................................................................. 79
ANNEXE 1 : FICHES DESCRIPTIVES DES SEPT CATGORIES DE BIO-INDICATEURS DE
LA QUALIT DES COSYSTMES AQUATIQUES................................................................... 99
ANNEXE 2 : CAPTURES DCRAN PERMETTANT DILLUSTRER LES DIFFRENTES
TAPES DUTILISATION DE LOUTIL INFORMATIS ......................................................... 103
vi
LISTE DES FIGURES
Figure 2.1 Bouteille Van Dorn . 23
Figure 2.2 Structure de base dun corral ... 39
Figure 3.1 Vernier coulisse 56
vii
LISTE DES ACRONYMES ET DES SIGLES
ADEME Agence de l'Environnement et de la Matrise de l'nergie
AQLPA Association qubcoise de lutte contre la pollution atmosphrique
AMAP Arctic Monitoring and Assessment Programme
BPC Biphnyles polychlors
CCME Conseil canadien des ministres de l'environnement
CEVA Centre d'tude et de Valorisation des Algues
CIFS Centre dinformation sur la Fort de Soignes
CNRTL Centre National de Ressources Textuelles et Lexicales
COBAMIL Conseil des bassins versants des Mille-les
DDT Dichlorodiphnyltrichlorothane
ENRX Espaces naturels rgionaux
EPA Environmental Protection Agency
GIP Groupement dIntrt Public
HAP Hydrocarbures aromatiques polycycliques
IBD Indice biologique diatomique
IBGN Indice biologique global normalis
IBML Indice biologique macrophytique en lac
IBMR Indice biologique macrophytique en rivire
IFREMER Institut franais de recherche pour lexploitation de la mer
INVS Institut de veille sanitaire
IOBL Indice oligochtes de bio-indication lacustre
IOBS Indice oligochtes de bio-indication des sdiments
IPCDC Initiative sur le partage des connaissances et le dveloppement des comptences
IPR Indice poissons rivire
IRSTEA Institut de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture
ITOPF International Tanker Owners Pollution Federation
LOG Laboratoire dOcanologie et de Gosciences
MDDEFP Ministre du Dveloppement durable, de la Faune, de lEnvironnement et des Parcs
MDDEP Ministre du Dveloppement durable, de lEnvironnement et des Parcs
MEDDE Ministre de l'cologie, du Dveloppement durable et de l'nergie
viii
MPO Ministre des Pches et des Ocans
NCSU North Carolina State University
OBV Organisme de bassins versants
ONEMA Office national de leau et des milieux aquatiques
SAMBBA Socit d'amnagement et de mise en valeur du bassin de la Batiscan
TBT Tributyltain
WWF World Wildlife Fund
ix
LEXIQUE
Anoxie Absence ou diminution importante de la quantit d'oxygne dans un
milieu ou dans le sang et les tissus dun organisme (Dfinition de
lauteure).
Anthropisation Modification visible ou mesurable de toute activit humaine sur un

cosystme terrestre ou aquatique (Office qubcois de la langue
franaise, 2012).
Autotrophe Qui est capable d'laborer ses propres substances organiques partir
d'lments minraux (Office qubcois de la langue franaise, 2012).
Benthos Ensemble des espces aquatiques qui vivent sur les fonds (ou
proximit) et qui en dpendent pour leur nourriture (Office
qubcois de la langue franaise, 2012).
Bioaccumulation Processus par lequel les substances chimiques sont intgres et

retenues par les organismes, soit directement dans lenvironnement
ou par la consommation daliments contenant ces substances
(Institut de recherche en sciences et technologies pour
l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), 2010).
Bioamplification Augmentation, chaque maillon de la chane alimentaire, de la

concentration dun polluant dans les organismes (IRSTEA, 2010).
Biocnose Communaut despces animales ou vgtales en quilibre

dynamique plus ou moins stable dans un territoire dfini (Centre
National de Ressources Textuelles et Lexicales (CNRTL), 2012).
Bioconcentration Accumulation d'une substance dans un organisme vivant, des

concentrations parfois suprieures celles auxquelles elles se
rencontrent dans le milieu dans lequel cet organisme volue (Office
Biodisponibilit Dsigne la fraction dune substance ayant la possibilit dtre

absorbe et dtre utilise par le mtabolisme dun organisme vivant
(IRSTEA, 2010).
Biofilm Couche de microorganismes, dans une matrice solide, qui se forme

sur des surfaces en contact avec de leau (IRSTEA, 2010).
Bio-indicateur Organisme ou ensemble dorganismes qui, par rfrence des

variables biochimiques, cytologiques, physiologiques, thologiques
ou cologiques, permet, de faon pratique et sre, de caractriser
ltat dun cosystme ou dun cocomplexe et de mettre en
vidence aussi prcocement que possible leurs modifications,
naturelles ou provoques (Banaru et Perez, 2010).
x
Biomasse Quantit de matire vivante existant dans un cosystme aquatique
par unit de volume ou de superficie et exprime en units
massiques (CNRTL, 2012).
Biosurveillance Utilisation du vivant pour surveiller lvolution, des modifications,

des altrations, ou la stabilit de la qualit dun milieu
(IRSTEA, 2010).
Biote Tout tre vivant (CNRTL, 2012).
Colonne deau Espace deau vertical stendant de la surface au fond de la mer ou

des cours deau (IRSTEA, 2010).
Conductivit Capacit conduire le courant lectrique (Environnement

Canada, 2013d).
Dtritivore Terme qualifiant les animaux qui se nourrissent de dtritus

organiques (IRSTEA, 2010).
Espce autochtone Se dit d'une espce vgtale ou animale qui est originaire du lieu de
croissance et de reproduction o elle vit (Office qubcois de la
langue franaise, 2012).
Espce exotique Plante introduite d'un pays tranger, au sens strict. Dans un sens plus
large, plante croissant hors de son aire de distribution naturelle
(Office qubcois de la langue franaise, 2012).
Eutrophe Se dit des eaux riches en matires nutritives. Un lac eutrophe est un
lac relativement peu profond, aux bords plats et recouverts d'une
large ceinture de vgtation aquatique, aux fonds couverts d'une vase
riche en matires organiques et facilement putrescible (Office
Eutrophisation Enrichissement deaux naturelles en lments nutritifs, en particulier

azots et phosphors, provoquant une croissance excessive des
plantes et des algues (IRSTEA, 2010).
Exosquelette Enveloppe chitineuse de certains invertbrs tels que les insectes ou

les crustacs (CNRTL, 2012).
Facteur abiotique Ensemble des facteurs physico-chimiques dun cosystme

influenant sur une biocnose donne (IRSTEA, 2010).
Facteur biotique Facteur qui se rapporte des organismes vivants ou qui rsulte de
leur prsente (Office qubcois de la langue franaise, 2012).
xi
Htrotrophe Organisme qui est incapable de produire ses propres molcules
organiques et qui doit donc les puiser chez les tres autotrophes.
(Ex: les herbivores) (Office qubcois de la langue franaise, 2012)
Indice biotique valuation quantitative de la qualit des cosystmes sur la base de

l'abondance relative des espces, de la prsence/absence des espces
indicatrices (Caquet, 2012)
Intgrit cologique tat d'un cosystme dont la biodiversit et les processus naturels
sont sains et intacts (Office qubcois de la langue franaise, 2012).
Macrofaune Ensemble des animaux dont la taille est suffisante pour tre observs
lil nu (Dfinition de lauteure).
Marnage Amplitude des mares (CNRTL, 2012).
Msotrophe Se dit d'un milieu de capacit nutritive moyenne. Qualificatif des

lacs de type intermdiaire entre les lacs oligotrophes et les lacs
eutrophes (Office qubcois de la langue franaise, 2012).
Milieu lentique Habitat aquatique caractris par des eaux calmes ou stagnantes
(Office qubcois de la langue franaise, 2012).
Milieu lotique Habitat aquatique caractris par des eaux courantes (Office
Niche cologique Lensemble des facteurs biotiques et abiotiques optimisant la survie

dune espce (habitat, rgime alimentaire, relations interspcifiques,
rythmes dactivit, emplacement dans les rseaux trophiques et
besoins en terme de reproduction) (Ausset, 2013).
Oligotrophe Se dit d'un milieu pauvre en substances nutritives (Office qubcois

de la langue franaise, 2012).
Organisme polluorsistant Se dit dun organisme pouvant vivre en eau pollue

(IRSTEA, 2010).
Organisme polluosensible Se dit dun organisme exigeant en termes de qualit de leau. Sa

prsence tmoigne de labsence de pollutions majeures
(IRSTEA, 2010).
Organochlor Compos organique de synthse, comportant au moins un atome de

chlore et utilis comme solvant, pesticide, insecticide, fongicide ou
rfrigrant, ou molcules intermdiaires de synthse en chimie et en
pharmacie (IRSTEA, 2010).
xii
Priphyton Mlange complexe dalgues, de cyanobactries, de microbes
htrotrophes et de dtritus attach des surfaces immerges dans la
plupart des cosystmes aquatiques (IRSTEA, 2010).
Rseau trophique Ensemble des relations qui stablissent entre des organismes en
fonction de la faon dont ceux-ci se nourrissent, et qui assurent la
circulation de la matire organique et de lnergie au sein de
lcosystme. Comprend des producteurs primaires (algues, par
exemple), des consommateurs primaires (herbivores), des
consommateurs secondaires (carnivores) et des dcomposeurs (ou
dtritivores). Synonymes : Chane trophique, chane alimentaire.
(Charles et Charles, 2009)
Restauration Opration visant remettre dans un tat proche de son tat d'origine
un cosystme terrestre ou aquatique altr ou dtruit gnralement
par l'action de l'homme (Office qubcois de la langue
franaise, 2012).
Sessile Qui est fix un support, qui est immobile (Dfinition de lauteure).
Substrat Support physique (sol, roche, fond marin) dune population vgtale
ou animale (CNRTL, 2012).
Suspensivore Animal aquatique qui se nourrit des matires en suspension

(CNRTL, 2012).
Taxon Regroupement conceptuel de tous les organismes vivants possdant

en commun certains caractres bien dfinis. Un taxon peut se
rapporter nimporte quel niveau systmatique (familles, genres,
espces, etc.) (IRSTEA, 2010).
Taxonomie Science qui a pour objet de dcrire les organismes vivants et de les
regrouper en taxons afin de les nommer et de les classer
(IRSTEA, 2010).
Trophie Charge en lments nutritifs dun cosystme (IRSTEA, 2010).
Turbidit La turbidit dsigne le caractre trouble de leau d la prsence de

fines matires en suspension, comme du limon, de largile, des
organismes vivants et des matires organiques. Elle traduit la mesure
dans laquelle la pntration de la lumire est rduite par les matires
en suspension (Environnement Canada, 2013d).
Zone photique Zone qui reoit suffisamment de lumire pour permettre la

photosynthse, soit au minimum 1 % de lintensit lumineuse reue
en surface (Leclercq, 2009).
xiii
INTRODUCTION
Les enjeux lis la qualit de leau sont trs importants au Qubec, sur les plans environnemental,
conomique et politique. Dailleurs, le fait que le Qubec possde une part relativement importante
de la rserve mondiale deau douce lui confre une certaine responsabilit sur le plan international
(Ministre du Dveloppement durable, de lenvironnement et des Parcs (MDDEP), 2002).
lautomne 2002, le Qubec sest dot dune politique de leau afin de grer leau de faon intgre
dans une optique de dveloppement durable, dassurer la protection de cette importante ressource et
de protger la sant publique et la qualit des cosystmes aquatiques (MDDEP, 2002). De plus, le
Ministre du Dveloppement durable, de lEnvironnement, de la Faune et des Parcs (MDDEFP) a
confi aux organismes de bassins versants la responsabilit de faire le suivi et lvaluation de la
qualit de leau dans le cadre de la gestion de leau par bassins versants (MDDEP, 2009). Bien que
ltude des variables physico-chimiques soit largement utilise pour diagnostiquer les problmes de
pollution de leau et de dgradation des habitats, le recours aux indicateurs biologiques constitue
une mthode dvaluation plus complte et plus informative puisquils permettent galement aux
gestionnaires dvaluer les impacts de ces diffrentes perturbations sur la faune et la flore aquatique
(DREAL, 2013).
ce jour, quelques guides et fiches informatives ont t labors au Qubec sur les bio-indicateurs
et leur utilit pour valuer la qualit de leau, comme le Guide de surveillance biologique base sur
les macroinvertbrs benthiques deau douce du Qubec Cours deau peu profonds substrat
grossier (MDDEP, 2008). Le relev de la littrature rvle que le concept de la bio-indication fait
lobjet de plusieurs tudes et que son utilit est reconnue par la communaut scientifique. En effet,
les caractristiques dfinissant un bio-indicateur adquat sont bien tablies et tudies, et les
principaux paramtres observer et mesurer sont connus. Cependant, il ny a pas de protocole
universel ni de lignes directrices sur la mthodologie de slection dun bio-indicateur. Le choix du
bio-indicateur utilis dans les diffrentes tudes repose la plupart du temps sur une rflexion
ponctuelle lors de llaboration des mthodologies de recherche ou des programmes de suivi
environnemental. Labsence de lignes directrices pour encadrer le processus de slection constitue
une lacune non ngligeable puisquil est possible que certains bio-indicateurs soient slectionns sur
la base de critres subjectifs ou ambigus, ce qui peut altrer leur valeur relle en tant que bio-
indicateurs. En effet, les lignes directrices permettent dobjectiver et duniformiser les processus
dcisionnels. De plus, celles-ci visent assurer la transparence dans la prise de dcisions (Sant
Canada, 2010), un lment crucial dans le domaine socio-politique. Ce constat a donc orient le
1
choix du sujet de cet essai, soit les facteurs prendre en considration dans le processus de slection
des bio-indicateurs. Lobjectif gnral est de fournir aux gestionnaires un cadre normatif afin de
standardiser le processus de slection des bio-indicateurs de la qualit des milieux aquatiques. Pour
ce faire, le premier objectif spcifique est de crer un outil permettant dobjectiver le processus de
slection des bio-indicateurs qui soit utilisable par tous les gestionnaires des milieux aquatiques et
dans tous les contextes. Le second objectif spcifique, quant lui, est de dmontrer limportance de
respecter un processus de slection objectif et rigoureux pour sassurer que les bio-indicateurs
utiliss soient appropris et adquats pour lvaluation de la qualit des cosystmes aquatiques. La
pertinence de cet essai rside donc dans le fait quil rpond une lacune importante dans le
domaine de la gestion de leau et quil permettra de mieux intgrer lusage des bio-indicateurs dans
les pratiques de gestion des cosystmes aquatiques.
La mthodologie suivie pour raliser cet essai est relativement simple. Dabord un relev de la
littrature sur les caractristiques des diffrentes catgories de bio-indicateurs de la qualit de leau
ainsi que sur les critres de slection des bio-indicateurs a t effectu de faon exhaustive. Ensuite,
de nombreux rapports portant sur lvaluation et le suivi de la qualit de leau grce aux bio-
indicateurs ont t lus et analyss en portant une attention particulire la mthodologie de
slection des bio-indicateurs utiliss, lorsque celle-ci tait dcrite, de faon identifier les facteurs
de slection importants considrer. Puis, les facteurs de slection identifis ont t mis en relation
avec les caractristiques propres chacune des catgories de bio-indicateurs. Ainsi, un programme
informatique capable dindiquer aux gestionnaires quelle est la catgorie de bio-indicateurs la plus
adquate en fonction du contexte a t programm laide du logiciel Microsoft Access. Cet outil se
veut un substitut au processus dcisionnel, en ce sens o le gestionnaire qui en fait lusage
intervient uniquement en indiquant les paramtres de son projet dans un questionnaire conu cet
effet. Par la suite, afin de convaincre les gestionnaires de limportance de respecter un processus de
slection rigoureux et adquat, un relev de la littrature sur les diffrents impacts potentiels de
lutilisation dindicateurs inappropris a t effectu en portant une attention particulire aux
notions applicables aux bio-indicateurs. Enfin, un relev de la littrature a t ralis concernant les
facteurs qui peuvent potentiellement biaiser les renseignements fournis par les bio-indicateurs afin
de formuler certaines recommandations quant lutilisation des bio-indicateurs et linterprtation
des rsultats.
2
La recherche est base sur de trs nombreuses sources, qui sont dactualit ou relativement rcentes.
De plus, les sources utilises sont trs diversifies. Elles regroupent plusieurs articles de revues
scientifiques, des articles de recherche universitaire, des ouvrages scientifiques, de mme que des
publications gouvernementales et plusieurs thses et mmoires universitaires. La qualit et la
validit des sources utilises pour la rdaction de lessai ont t values selon plusieurs critres,
tels que la date de publication, lexpertise de lauteur, la rfrence dautres sources scientifiques
crdibles et de qualit, et labsence daffiliation entre lauteur et une quelconque organisation
risquant de biaiser linformation transmise. Ainsi, le grand niveau de rigueur dans la slection des
sources utilises assure la crdibilit et la vracit du contenu de cet essai.
Le premier chapitre dfinit les termes et les concepts de base sous-jacents lutilisation des bio-
indicateurs afin de favoriser une meilleure comprhension du sujet. Le deuxime chapitre, quant
lui, prsente les principales caractristiques des diffrentes catgories de bio-indicateurs de la
qualit des cosystmes aquatiques. Ensuite, le troisime chapitre dcrit les facteurs prendre en
considration dans le processus de slection des bio-indicateurs, dmontre limportance de chacun
de ces facteurs et fait le lien avec les informations prsentes au deuxime chapitre. Par la suite, le
chapitre 4 prsente loutil daide la dcision conu sur la base des analyses prsentes dans les
chapitres 2 et 3. Puis, le chapitre 5 expose les impacts potentiels dun mauvais choix de bio-
indicateur afin de dmontrer limportance de respecter un processus de slection rigoureux, objectif
et adquat. Enfin, le chapitre 6 dmontre dans quelle mesure certains facteurs de biais potentiels
peuvent tout de mme altrer la valeur des renseignements fournis par les bio-indicateurs utiliss et
met de lavant diffrentes recommandations afin de rduire leur influence sur les rsultats.
3
1. DFINITIONS ET CONCEPTS DE BASE
Bien que les bio-indicateurs soient trs utiliss dans la pratique, les concepts thoriques et le jargon
scientifique en lien avec la bio-indication demeurent facilement confondants. Cette problmatique
se traduit par lutilisation dune terminologie variable dans les diverses publications scientifiques
(Kerckhove, 2012). Le premier chapitre de cet essai a donc pour but de clarifier les principes de
base de la bio-indication et les concepts sous-jacents, ainsi que la terminologie des diffrents types
de bio-indicateurs.
1.1 Dfinition du concept de bio-indication

Lintgrit cologique dun milieu naturel est dtermine par la combinaison de son degr
dintgrit chimique, physique et biologique. La dgradation dune ou plusieurs de ces composantes
se manifeste gnralement dans la biocnose, cest--dire dans les diffrentes communauts
biologiques (MDDEP, 2011). En ce sens, les altrations morphologiques, comportementales,
tissulaires ou physiologiques, ainsi que labondance, le succs reproductif et la mortalit des
espces animales et vgtales constituent des variables observables et mesurables refltant ltat de
leur habitat (Harrag, 2012; Kaiser, 2001; Kerckhove, 2012). La bio-indication rfre donc un
processus danalyse de divers indicateurs biologiques qui sinscrit dans la biosurveillance de la
qualit des cosystmes.
Pour assurer la validit des rsultats de cette approche, il est important de respecter certaines
prmisses. Dune part, il faut sassurer dinterprter les changements observs sur la base dune
comprhension claire de ce que les variables considres indiquent rellement (Kushlan, 1993).
Dautre part, il faut tre en mesure de diffrencier les variations naturelles des variations
induites par les changements environnementaux (Kaiser, 2001). Il est donc essentiel davoir
une bonne connaissance de lcologie des bio-indicateurs slectionns et de disposer dune srie de
sites de rfrence afin dtre en mesure de tenir compte de la variabilit naturelle intraspcifique,
interspcifique ou temporelle (Bailey et autres, 2004; Sewell et Griffiths, 2009; Landres et
autres, 1988).
Selon la dfinition de Banaru et Perez (2010), reprise par plusieurs autres auteurs, un bio-indicateur
est un
organisme ou ensemble dorganismes qui, par rfrence des variables biochimiques,
cytologiques, physiologiques, thologiques ou cologiques, permet, de faon pratique
4
et sre, de caractriser ltat dun cosystme ou dun cocomplexe et de mettre en
vidence aussi prcocement que possible leurs modifications, naturelles ou
provoques (Banaru et Perez, 2010).
Le recours aux bio-indicateurs constitue donc une mesure indirecte, substitutive, dun
phnomne cologique (Landres et autres, 1988).
1.2 Utilisation des bio-indicateurs

Les bio-indicateurs sont utiliss pour dceler les changements qui surviennent dans lenvironnement
et la prsence de pollution, mesurer les effets de ces perturbations sur lcosystme et surveiller les
amliorations de la qualit de lenvironnement rsultant de la prise de dispositions remdiatrices
(Harrag, 2012; Banaru et Perez, 2010).
La surveillance de la qualit du milieu base exclusivement sur le suivi des paramtres physico-
chimiques ne permet pas de tirer des conclusions sur la sant de l'cosystme, puisquelle ne fournit
pas de renseignement sur la qualit de lhabitat et est limite ltude des polluants prsents des
concentrations suprieures aux limites de dtection des mthodes analytiques (MDDEP, 2008). De
plus, cette mthode ne permet pas dintgrer les effets synergiques, additifs ou antagonistes des
divers polluants sur les organismes. Par ailleurs, cette approche nest pas efficace pour la dtection
des molcules hydrophobes, qui se retrouvent majoritairement dans les graisses des tres vivants
(Laperche, 2014). La bio-indication est donc un outil indispensable pour valuer la sant des
cosystmes (Environmental Protection Agency (EPA), 2002).
Le recours la bio-indication prsente plusieurs avantages par rapport aux moyens de mesure
instrumentaux traditionnels. Dabord, lutilisation des bio-indicateurs est financirement plus
conomique puisquelle permet gnralement dviter demployer du matriel technologique
coteux (Markert et autres, 2003) et dconomiser du temps (Carignan and Villard, 2002). De plus,
grce leur capacit de bioaccumulation, certains bio-indicateurs permettent une dtection prcoce
des polluants ou des perturbations (Kaiser, 2001). Par ailleurs, les bio-indicateurs renseignent sur
la biodisponibilit des polluants plutt que sur leur concentration totale dans le milieu (Markert et
autres, 2003). Cette distinction est non ngligeable lorsquon sintresse aux effets des polluants sur
les organismes (Kerckhove, 2012). Enfin, ils fournissent une indication intgre des effets
spatiotemporels des polluants sur le biote puisquils refltent le temps total dexposition au
5
polluant, contrairement aux mesures instrumentales qui prennent les valeurs des paramtres de
faon instantane et localise (Markert et autres, 2003).
1.3 Dfinition des concepts sous-jacents

Cette sous-section a pour but de prsenter succinctement les concepts sous-jacents au principe de
bio-indication afin den faciliter la comprhension. Les notions de niche cologique et dcart la
rfrence seront abordes, suivies de la dfinition des espces polluosensibles et polluorsistantes.
Puis, la distinction entre les phnomnes de bioaccumulation, bioamplification et bioconcentration
sera clarifie et le concept dindice biotique sera dfini.
1.3.1 Niche cologique

Lune des ides fondatrices de la bio-indication est le concept de niche cologique. Par dfinition, la
niche cologique dune espce correspond lensemble des caractristiques de son habitat, son
rgime alimentaire, ses relations interspcifiques et ses rythmes dactivit, ainsi que sa place dans
les rseaux trophiques et ses besoins en terme de reproduction (Ausset, 2013). Le concept de niche
cologique traduit donc la relation fonctionnelle entre une espce et son cosystme, dtermine par
la combinaison de ses limites de tolrance par rapport aux diffrents facteurs biotiques et abiotiques.
Lorsque ces besoins spcifiques ne peuvent tre combls en raison dune perturbation, il en rsulte
un dsquilibre cologique (Kaiser, 2001) qui se manifeste par des variations dans les paramtres
cologiques, physiologiques ou morphologiques du bio-indicateur (Lvque et Mounolou, 2008).
1.3.2 cart la rfrence

Pour tre efficacement exploits, les changements observs lors des activits de biosurveillance
doivent tre analyss en termes dcart par rapport un tat de rfrence (Office national de leau et
des milieux aquatiques (ONEMA), 2012). Ce dernier correspond ltat dun milieu naturel
quivalent, mais exempt de toute perturbation dorigine anthropique, ou soumis des pressions de
trs faible intensit (Caquet, 2012). Autrement dit, linterprtation des rsultats de la bio-indication
ncessite une connaissance du fonctionnement naturel de lcosystme non transform (tat de
rfrence) (Genin et autres, 2003).
1.3.3 Espces polluosensibles et polluorsistantes

Certaines espces peuvent survivre exclusivement dans des milieux trs peu ou pas pollus. Celles-
ci sont alors qualifies de polluosensibles . Par opposition cette dfinition, les espces
6
polluorsistantes peuvent se maintenir dans des milieux exposs des niveaux de pollution plus
importants. (Ministre de l'cologie, du Dveloppement durable et de l'nergie (MEDDE), 2012)
1.3.4 Bioaccumulation, bioamplification et bioconcentration

Le phnomne de bioaccumulation consiste en lassimilation de polluants dans un organisme (par
adsorption ou incorporation) dont la concentration augmente dans le temps et devient plus leve
que dans lenvironnement immdiat (Amiard, 2011). La bioamplification, quant elle, se dfinit
comme laccumulation dune substance le long dune chane trophique via l'absorption de
substances (gnralement organiques) provenant des nutriments par l'pithlium de l'intestin
(Amiard, 2011; Markert, 2008). Enfin, la bioconcentration rfre l'absorption directe de
substances prsentes dans le milieu environnant par le biais de tissus ou d'organes (Markert, 2008).
1.3.5 Indice biotique

Lindice biotique correspond une valuation quantitative de la qualit des cosystmes sur la base
de l'abondance relative des espces, de la prsence/absence des espces indicatrices (Caquet, 2012)
ou en fonction de loccurrence et de lampleur des changements observs chez les bio-indicateurs
(Melquiot, 2008). Lindice biologique diatomique (IBD), lindice biologique macrophytique en
rivire (IBMR) et lindice biologique global normalis (IBGN) en sont des exemples (Touzin, 2008).
1.4 Typologie des bio-indicateurs

Il existe une grande varit de bio-indicateurs. Bien que la typologie des bio-indicateurs soit
variable dun auteur lautre, lanalyse des facteurs discriminants permet de suggrer trois
classifications diffrentes, bases respectivement sur les mcanismes daction, le gradient dchelle
(niveaux dorganisation biologique) et le type de changements observables. La prsente sous-
section a pour but de prsenter les principales caractristiques des divers types de bio-indicateurs en
relation avec ces diffrentes classifications.
1.4.1 Classification selon le mcanisme daction

Les bio-indicateurs peuvent tre dfinis et classs selon leur mcanisme daction. Dabord, certains
permettent de quantifier lexposition aux polluants grce leur capacit de bioaccumulation (voir la
section 1.3.4), ce sont les bioaccumulateurs (Kaiser, 2001). Ce phnomne de rsistance aux
changements environnementaux (Marques, 2009) permet de surveiller lvolution dune
contamination (Kerckhove, 2012).
7
Ensuite, les bio-indicateurs dits de raction permettent de dtecter la prsence dune pollution
environnementale (Sewell et Griffiths, 2009). Ceux-ci se divisent en deux groupes : les bio-
indicateurs dexposition et les bio-indicateurs de dommages (Markert et autres, 2003). Les
premiers sont des organismes (ou parties dorganisme) qui rvlent des indications sur la nature
et/ou la concentration des polluants quils ont ingrs ou assimils (Raymond, 2008). Ce sont donc
gnralement des bioaccumulateurs (Blanger, 2009). Cependant, il existe galement des bio-
indicateurs dexposition sans proprit de bioaccumulation. La rsistance aux pesticides acquise par
certains insectes en est un exemple (Kaiser, 2001). Les bio-indicateurs de dommage, quant eux,
sont des organismes (ou parties dorganisme) qui dveloppent une rponse, spcifique ou non, la
suite dune exposition un contaminant (Markert et autres, 2003). Il sagit donc dun phnomne
de bioconcentration (voir la section 1.3.4). Ces bio-indicateurs ragissent rapidement une
perturbation et ce, de faon observable et mesurable (Raymond, 2008). Ils prsentent donc une
rsistance au stress peu leve (Markert et autres, 2003).
1.4.2 Classification selon le niveau dorganisation biologique

Il est possible de classifier les bio-indicateurs en fonction de leur niveau dorganisation, dterminant
ainsi le niveau cologique auquel les conclusions de lanalyse peuvent tre tires. Dabord, les bio-
indicateurs utiliss lchelle sub-organismique sont les biomarqueurs et les biosenseurs. Les
biomarqueurs consistent en des changements biochimiques ou physiologiques observables et/ou
mesurables au niveau cellulaire, molculaire ou tissulaire (Banaru et Perez, 2010; Harrag, 2012;
Markert et autres, 2003). Dans la pratique, les biomarqueurs non spcifiques (maladie, ncrose,
protine de stress, etc.) servent de signal dalerte, menant ultimement lidentification de la source
de laltration qui permet de doser les polluants bioaccumuls et de cibler des marqueurs
spcifiques (Banaru et Perez, 2010) (mtallothionines, cytochrome P450, actylcholinestrase,
etc.). Les biosenseurs, quant eux, sont des paramtres mesurables qui produisent une rponse
proportionnelle la concentration dun polluant, tels que les anticorps (Markert et autres, 2003).
Ensuite, lchelle des organismes, les bio-indicateurs correspondent aux changements

physiologiques, morphologiques ou comportementaux observables au niveau des individus. Ceux-ci
sont qualifis de biomoniteurs lorsque leur capacit de bioaccumulation est utilise pour
fournir une indication quantitative dune pollution environnementale, et sont appels
biotracteurs lorsquils servent identifier une bioamplification potentielle dun polluant.
(Blanger, 2009)
8
Enfin, les bio-indicateurs lchelle de la communaut sont les modifications de la structure et de la
fonction dune communaut engendres par une perturbation environnementale. Ces variations font
partie des coindicateurs, dont la notion est aborde dans la section 1.4.3 suivante.
(Raymond, 2008; Banaru et Perez)
1.4.3 Classification selon le type de changements observables

Les bio-indicateurs peuvent aussi tre catgoriss selon le type de changements induits par les
perturbations quils subissent. On distingue notamment deux groupes : les bio-indicateurs exprimant
des variations physiologiques et morphologiques, cest--dire les biomarqueurs, biosenseurs et
biomoniteurs dfinis dans la section 1.4.2, et les coindicateurs, qui dmontrent une rponse au
niveau cologique face aux perturbations. Les coindicateurs peuvent tre considrs lchelle de
lindividu (comportement, reproduction, mortalit, dveloppement, etc.), de la population (structure
dge, proportion des sexes, diversit gntique, tendue gographique, etc.) ou de la communaut
(composition spcifique, abondance relative, biodiversit, dominance, etc.) (Raymond, 2008;
Banaru et Perez, 2010; Ministre des Pches et des Ocans (MPO), 2003). De plus, les ceux-ci sont
gnralement valus quantitativement via lutilisation dindices biotiques (voir la section 1.3.5)
(Melquiot 2008; Touzin, 2008).
9
2. PRSENTATION DES PRINCIPAUX BIO-INDICATEURS DE LA QUALIT DES
COSYSTMES AQUATIQUES
Dabord, la comprhension de leur mode de vie respectif reflte leur exposition relle aux diffrents
contaminants (Harrag, 2012). Elle permet donc par le fait mme dvaluer leur pertinence en
fonction des diffrents contextes de perturbation environnementale (Vindimian et Garric, 1993).
Ensuite, la comprhension de la relation cologique entre les tres vivants et leur habitat permet de
discriminer de faon objective les impacts des perturbations et linfluence de lhabitat (Barbour et
autres, 1999). Enfin, leurs caractristiques intrinsques, telles que leur longvit, leur cycle de vie,
leur sensibilit aux polluants et leur mcanisme de raction face aux perturbations, dterminent la
porte de leur potentiel en tant quindicateur, de mme que la mthodologie et les cots relis leur
utilisation. Il est donc important de prendre en compte tous ces lments dinformation dans le
processus de slection des bio-indicateurs.
Ce chapitre prsente les sept principales catgories de bio-indicateurs utiliss dans le domaine de la
bio-indication, soit les macroinvertbrs benthiques, les poissons, les algues, le zooplancton, les
macrophytes, les bactries et les oiseaux. Chaque sous-section contient une dfinition de la
catgorie de bio-indicateurs aborde, une description analytique de leurs principales caractristiques
et des principaux facteurs biotiques et abiotiques influenant leur survie, ainsi quune explication de
la mthodologie dchantillonnage et danalyse, puis se conclut par quelques exemples despces
frquemment utilises comme bio-indicateurs. Enfin, des fiches descriptives rsumant les
principales caractristiques des diffrentes catgories de bio-indicateurs abordes dans cet essai
sont prsentes lannexe 1. Celles-ci ont dailleurs t utilises pour btir loutil daide la
dcision qui fait lobjet du chapitre 4. (Noter que les informations plus pointues concernant les
espces bio-indicatrices sont prsentes titre de support. En effet, elles constituent seulement des
pistes de rflexion et de recherche pour la slection des bio-indicateurs lchelle de lespce.)
2.1 Macroinvertbrs benthiques

Les macroinvertbrs benthiques sont des organismes aquatiques visibles lil nu, qui ne
possdent pas de colonne vertbrale et qui habitent sur le fond des milieux aquatiques durant tout
leur cycle de vie ou pour une partie seulement (Boissonneault, 2005; Boissonneault, 2006; Socit
d'amnagement et de mise en valeur du bassin de la Batiscan (SAMBBA), 2008; MDDEP, 2011).
Les principaux taxons inclus dans cette dfinition sont les vers, les mollusques, les crustacs, les
larves dinsectes et les chinodermes (SAMBBA, 2008; MDDEP, 2011).
10
2.1.1 Caractristiques
En raison de leur systmatique importante et diversifie, les macroinvertbrs benthiques colonisent
une grande varit dhabitats et de microhabitats (MEDDE, 2013). Dailleurs, ils sont trs utiliss
dans le domaine de la bio-indication puisquils sont abondants dans la majorit des milieux
aquatiques, en plus dtre faciles identifier et chantillonner (Vindimian et Garric, 1993;
EPA, 2012a). De plus, leur prlvement a peu dimpact ngatif sur le biote en place (Barbour et
autres, 1999; EPA, 2012a). Enfin, les agences de qualit de leau collectent frquemment des
donnes sur les macroinvertbrs aquatiques (North Carolina State University (NCSU), s.d.), donc
il existe une base de donnes importante qui revt une grande importance dans le cadre de la bio-
indication. La plupart de ces agences ont dailleurs une meilleure expertise au niveau de ltude des
macroinvertbrs que des poissons (EPA, 2012a).
On retrouve les macroinvertbrs essentiellement sous les pierres, dans les sdiments faible
profondeur, dans les dbris organiques ou la surface des macrophytes (Boissonneault, 2005).
Dailleurs, ils peuvent coloniser des plans deau dont la petite taille permettrait seulement de
supporter une faune ichtyenne trs limite, voire absente (EPA, 2012a; Boissonneault, 2006). Les
filtreurs suspensivores et les fouisseurs benthiques se nourrissent principalement de particules
organiques (phytoplancton, dbris de plantes terrestres et dorganismes aquatiques, fces, rsidus de
produits ptroliers, etc.). La toxicit des mtaux et molcules organiques adsorbes la surface de
ces particules se reflte dans leur croissance, leur reproduction et leur dfense immunitaire
puisquils sont biodisponibles, cest--dire quils sont transfrs en partie dans les tissus des
organismes qui les consomment (Pelletier, 2013). Cette capacit de bioaccumulation des substances
organo-mtalliques permet nanmoins une dtection prcoce par rapport au seuil de dtection des
outils traditionnels (NCSU, s.d.).
La structure des assemblages benthiques change lorsque leur environnement subit une perturbation,
ce qui permet une meilleure caractrisation de la distribution spatio-temporelle de la pollution
(Banaru et Perez, 2010; MDDEP, 2008). De faon gnrale, les taxons les plus abondants dans les
milieux pollus sont les Oligochtes, les Chironomides et les Hirudines (SAMBBA, 2008). Noter
cependant que les variations saisonnires peuvent invalider la comparaison des rsultats
dchantillonnage dune saison lautre (NCSU, s.d.).
11
Leur importante richesse spcifique recouvre un large ventail de rponses aux facteurs de
lenvironnement (MEDDE, 2013; Caquet, 2012). De plus, la rponse ces perturbations varie dune
espce lautre. Par exemple, certains organismes tolrent de trs basses concentrations en oxygne,
comme les tubifex et les aselles, tandis que dautres, dits spcialistes, ont besoin dune eau trs
oxygne pour survivre, tels que certaines larves dphmres et de perles (World Wildlife Fund
(WWF), 2007).
Par ailleurs, la dure de leur cycle de vie varie gnralement entre plusieurs mois et un an. Ils sont
donc reconnus comme des organismes intgrateurs des effets synergiques des diverses perturbations
(Caquet, 2012; Jensen, 2007; Lemarchand et autres, s.d.). Les individus aux stades plus sensibles
rpondent rapidement aux perturbations tandis que les effets globaux seront observables au niveau
de la communaut, sur une chelle de temps plus grande (EPA, 2012a). De plus, comme leur mode
de vie est essentiellement sdentaire, ils fournissent un portrait reprsentatif des conditions locales
de leur habitat (Boissonneault, 2005; MEDDE, 2013).
De plus, plusieurs macroinvertbrs benthiques ont la capacit de bioaccumuler divers polluants, ce

qui leur confre un bon potentiel en tant que bio-indicateurs. Par exemple, les bivalves peuvent
accumuler les hydrocarbures ptroliers (Pelletier, 2013) et plusieurs mtaux lourds (NCSU, s.d.).
Enfin, comme les macroinvertbrs benthiques sont un maillon important de la chane alimentaire
aquatique (SAMBBA, 2008). Dailleurs, ils constituent la plus importante source dalimentation de
plusieurs espces damphibiens, doiseaux et de poissons (Vindimian et Garric, 1993;
Caquet, 2012). Ils jouent donc un rle cl dans les cosystmes aquatiques.
2.1.2 Principaux facteurs dinfluence

Les macroinvertbrs benthiques sont fortement affects par la modification de leur habitat, la
prsence de matire organique, ainsi que la qualit et la diversit du fond des cours deau
(WWF, 2007; Boissonneault, 2005). Par exemple, certains substrats tels que le sable et la vase, peu
accueillants pour nombre despces, seront pourtant lhabitat de prdilection des chironomes et des
vers (WWF, 2007).
De plus, la diversit des macroinvertbrs dpend de la fonctionnalit cologique des bandes

riveraines et de la morphologie des cours deau : ceux-ci doivent scouler librement, prsenter des
12
dbits rguliers et disposer de berges naturelles. De ce fait, la diversit spcifique sera plus faible
dans les cours deau anthropiss (WWF, 2007).
Ensuite, comme ils vivent la surface des rochers et au fond de leau, les macroinvertbrs
benthiques sont grandement exposs aux hydrocarbures sdiments (Sullivan et Jacque, 2003).
Nanmoins, le niveau de sensibilit des diffrentes espces est variable. En effet, plusieurs tudes
ont dmontr que les crustacs, particulirement les amphipodes et les coppodes, sont trs
sensibles aux hydrocarbures, tandis que les polychtes et les nmatodes sont beaucoup plus
rsistants (Amiard et Amiard-Triquet, 2008). De ce fait, la composition des communauts est
influence par la pollution par les hydrocarbures.
Par ailleurs, la prsence de polluants organiques toxiques a des impacts notables sur plusieurs
macroinvertbrs benthiques. Le pseudohermaphrodisme chez les gastropodes femelles de la
famille des Prosobranches et lpaississement de la coquille des hutres causs par la prsence de
tributyltain (TBT) dans les milieux aquatiques figurent parmi les exemples les plus frquemment
cits dans la littrature. (Genin et autres, 2003; Blanger, 2009)
Puis, les macroinvertbrs benthiques sont galement sensibles la teneur en oxygne des eaux
(WWF, 2007; Boissonneault, 2005). De ce fait, la surabondance de nutriments peut nuire leur
survie puisquelle engendre leutrophisation des milieux aquatiques, ce qui provoque la cration de
zones anoxiques (voir la section 3.3.4).
Enfin, les mollusques possdant une coquille calcaire sont trs sensibles lacidification des cours
deau puisque celle-ci se dissout lorsque le pH de leau est infrieur 7 (Noisette, 2013).
2.1.3 Mthodologie dchantillonnage et danalyse

De faon gnrale, les macroinvertbrs benthiques sont rcolts selon des protocoles
dchantillonnage standardiss qui ont t labors dans loptique doptimiser le ratio
cot/efficacit (Caquet, 2012). Par la suite, le traitement des chantillons en laboratoire consiste
identifier les organismes lespce, au genre, la famille ou lordre, selon le type de suivi
effectu et le groupe de macroinvertbrs tudi. Puis, la composition des communauts est
analyse et les rsultats sont traduits en un calcul de diffrents indices selon la problmatique
ltude (Boissonneault, 2006; ASCONIT, 2013a). Lindice le plus souvent utilis est lindice de
13
biodiversit globale normalis (IBGN) (Ouzair et autres, 2012). Toutefois, si les macroinvertbrs
benthiques utiliss comme bio-indicateurs ont t slectionns en raison de leur capacit de
bioaccumulation des contaminants, les analyses en laboratoire consisteront doser les contaminants
prsents dans les tissus des organismes chantillonns (Environnement Canada, 2012).
Le nombre dchantillons prlevs varie en fonction de la profondeur maximale du plan deau

chantillonn (ASCONIT, 2013a). De plus, lchantillonnage est ralis prfrentiellement
lautomne pour trois raisons. Dabord, la richesse taxonomique est accrue cette priode de lanne,
ce qui permet lutilisation de bio-indicateurs plus varis. Ensuite, les rsultats obtenus lautomne
refltent les conditions de lt. Il est alors possible de diagnostiquer les problmatiques en lien
avec la pollution agricole. Enfin, comme le MDDEFP acquiert gnralement un grand nombre de
donnes vers les mois de septembre et octobre, les gestionnaires peuvent faire davantage de
comparaisons avec les renseignements fournis dans les bases de donnes du MDDEFP (Jones et
autres, 2005). Lquipement de base ncessaire pour lchantillonnage sur le terrain est
normalement peu coteux. Il inclut gnralement un filet troubleau, un seau grillag (ou un tamis),
des contenants de plastique pour les chantillons, de lalcool thylique 95% ou du formaldhyde
(agents de conservation), un chronomtre (ou une montre), des gants de caoutchouc et des
cuissardes (MDDEP, 2008; Environnement Canada, 2013a; Goaziou, 2004). Lanalyse en
laboratoire ncessite essentiellement un tamis, des pinces entomologiques, un stromicroscope, des
flacons laveurs, de lalcool thylique 95% et des plats de ptri (MDDEP, 2008), dont les cots sont
relativement peu levs. Dailleurs, lanalyse par sous-chantillonnage, qui permet de diminuer les
cots de traitement des chantillons, est de plus en plus utilise (Barbour et autres, 1999).
La dure de lchantillonnage est value environ six heures par plan deau (ASCONIT, 2013a) et
les travaux danalyse durent en moyenne dix jours pour douze chantillons (ASCONIT, 2013a). En
2010, les firmes de consultants en France facturaient en moyenne, pour chaque station
dchantillonnage, 125 euros pour lchantillonnage et 200 euros pour lanalyse des chantillons en
laboratoire, en plus des frais de transport (0,3 euro par kilomtre) (Schmitt, 2014).
2.1.4 Principales espces utilises

Les macroinvertbrs les plus couramment utiliss en tant que bio-indicateurs sont les insectes
aquatiques (sous formes larvaires et parfois adultes), les mollusques, les crustacs deau douce et les
bivalves (Boissonneault, 2006). Ceux-ci sont slectionns sur la base de leur sensibilit respective
14
aux perturbations. Par exemple, les larves dphmres du genre Ecdyonurus dpendent de la
bonne oxygnation des cours deau, tandis que lristale gluante (une espce de mouche) est
indicatrice dune eau fortement pollue par la matire organique (WWF, 2007).
Crustacs
LAselle aquatique vit dans les eaux douces stagnantes, ou faible courant, qui sont riches en dbris
organiques. La prolifration de cette espce constitue donc un indice de pollution organique. De
plus, elle est sensible la pollution par les nitrates et les pesticides, ainsi qu lacidification et la
faible oxygnation des plans deau. (Hullnudd, 2009)
Mollusques
Les mollusques bivalves, tels que les hutres, les moules et les ptoncles, sont communment
utiliss comme bio-indicateurs en raison de leur capacit bioaccumuler les polluants
(Blanger, 2009; Environnement Canada, 2012). De plus, la plupart des spcimens de bivalves
deau douce sont assez grands pour fournir une quantit de tissus suffisante pour procder au
dosage des polluants (Environnement Canada, 2012). De ce fait, ces familles de mollusques sont
utiles pour raliser des suivis long terme de la contamination (Kaiser, 2001). Dailleurs, les
moules (surtout la moule bleue) sont les bio-indicateurs de prdilection pour lvaluation des
impacts des travaux de dragage en zone estuarienne et ctire (Pelletier, 2013). Toutefois,
lutilisation des mollusques comporte un inconvnient important: dans certains cas, il est difficile de
dterminer lge des individus, ce qui limite linterprtation des rsultats sur une chelle temporelle
(Environnement Canada, 2012).
Annlides
Le relev de la littrature a dmontr que la qualit biologique des sdiments est souvent value
grce ltude des oligochtes, qui se dfinissent comme des vers annels aquatiques et peu
mobiles. Lindice oligochte de bio-indication des sdiments (IOBS) permet dvaluer la
contamination des sdiments fins ou sableux, permanents et stables, par les micropolluants
organiques et minraux. Cependant, cette mthode nest pas applicable dans les secteurs qui
prsentent une mobilit importante des sdiments. De plus, elle ne peut tre utilise lorsque la
portion minrale ou organique des sdiments est trop importante ou quand les changes avec leau
sont limits par la surabondance de films biologiques ou de macrophytes (MEDDE, 2014). En
milieu lacustre, on utilise lindice oligochtes de bio-indication lacustre (IOBL), qui permet
15
dvaluer la capacit des sdiments minraliser la matire organique prsente dans les sdiments
lacustres profonds. Ce dernier est trs semblable lIOBS, la diffrence prs que la profondeur de
milieu ltude implique lutilisation dun matriel dchantillonnage adapt, soit une benne ou un
carottier. (Aquabio, 2014)
La sangsue, quant elle, est abondante dans les eaux calmes, chaudes et peu profondes, en
particulier o le fond est recouvert de dbris divers. Les tudes ont dmontr que les sangsues
peuvent accumuler de fortes doses de contaminants organiques, ce qui en fait de bons bio-
indicateurs de la contamination dorigine organique (Metcalfe et autres, 1984; (Jain et autres, 2010).
Dailleurs, une tude a rvl que les sangsues du genre Erpobdella permettent dvaluer la
prsence de biphnyles polychlors (BPC) dans la couche superficielle des sdiments fluviaux
(Macova et autres, 2009).
Insectes
Les larves dphmres et de plcoptres sont reconnues comme de bons bio-indicateurs de
leutrophisation des eaux courantes en raison de leur sensibilit la rarfaction de loxygne. Une
tude a galement dmontr quelles prsentent un bon potentiel en tant que bio-indicateurs de
leutrophisation des tangs (Menetrey et autres, 2010). De plus, les larves dodonates sont utilises
comme bio-indicateurs de la salinit de leau puisquelles vivent presquexclusivement en eaux
douces. Seules deux espces africaines (Ischnura senegalensis et Hemianax ephippiger), reconnues
pour leur tolrance la salinit, peuvent se dvelopper en eau saumtre (Ndiaye, 2010).
2.2 Poissons
La dfinition du terme poisson au sens de la Loi sur les pches (1985) inclut les mollusques, les
crustacs et les animaux marins. Nanmoins, cette section portera uniquement sur les poissons au
sens commun du terme, cest--dire des animaux vertbrs aquatiques branchies, pourvus de
nageoires, possdant gnralement une vessie natatoire et dont le corps est le plus souvent
fusiforme et recouvert dcailles (Centre National de Ressources Textuelles et Lexicales
(CNRTL), 2012).
Les poissons sont prsents dans la grande majorit des milieux aquatiques et jouent un rle cl
plusieurs niveaux de la chane trophique, des consommateurs primaires aux carnassiers (Valade et
16
autres, 2010; Vindimian et Garric, 1993). Les tendances populationnelles en terme dabondance et
de distribution sont trs variables dune espce lautre puisque la priode de reproduction varie de
faon importante selon lespce (Kleck, 2008; Institut franais de recherche pour lexploitation de la
mer (IFREMER), 2012). De plus, leur taxonomie, leur distribution et leur cologie sont mieux
connues que chez la plupart des autres groupes biologiques aquatiques, et leur capture et leur
identification sur le terrain sont relativement faciles (NCSU, s.d.; Vindimian et Garric, 1993;
EPA, 2012a). Dailleurs, la plupart des spcimens peuvent tre relchs sains et saufs aprs avoir
t identifis sur place par des spcialistes (EPA, 2012a). Enfin, en plus de limportance
conomique et rcrative des espces vises par les activits de pche, le grand public leur attribue
une valeur patrimoniale et esthtique, un lment non ngligeable pour la reconnaissance de
limportance des activits de suivi environnemental. (MEDDE, 2013; Boissonneault, 2005;
EPA, 2012a)
Bien quelle soit variable dune espce lautre, la dure de vie des poissons se chiffre en moyenne
20 ans, ce qui correspond une longvit significativement plus longue que la plupart des autres
catgories de bio-indicateurs (Boissonneault, 2005). Ceci dit, noter que la longvit des espces de
poissons de petite taille est plus faible. De plus, les peuplements de poissons se structurent en
moyenne sur des priodes de trois cinq ans (ONEMA, s.d.). De ce fait, lanalyse de la structure de
ces communauts permet dintgrer les effets dune perturbation sur une chelle de plusieurs annes.
Ces particularits, juxtaposes limportance des diffrents taxons dans le rseau trophique
aquatique, en font des bons bio-indicateurs de lintgrit globale de lcosystme aquatique
(Boissonneault, s.d.). Cependant, leur mobilit fait en sorte quil est difficile dtablir avec certitude
la corrlation entre une perturbation et les impacts sur lichtyofaune (EPA, 2012a).
Par ailleurs, les poissons accumulent dans leurs tissus les mtaux et les composs organochlors. Ce
phnomne de bioaccumulation est surtout prsent chez les espces territoriales ou non migratrices,
telles que le brochet et lachigan grande bouche, qui peuvent alors fournir une indication prcise
de lapport de mercure et de polluants organochlors dans les cours deau (Phillips and
Rainbow, 1993; Environnement Canada, 2012). De plus, la bioamplification de ces contaminants au
niveau des poissons carnassiers modifie la composition des communauts (NCSU, s.d.), et permet
dintgrer lensemble des perturbations qui ont lieu lchelle du bassin versant
(Bissonneault, 2005).
17
Enfin, il a t dmontr que les espces de poissons de petite taille (150 mm et moins) sont plus
vulnrables face aux perturbations de lenvironnement telles que les variations de pH. Toutefois, il
convient de mentionner que ceux-ci sont galement plus sensibles aux diffrences lies la priode
dchantillonnage. (Environnement Canada, 2012)

Dabord, les stades juvniles sont trs sensibles la prsence dhydrocarbures, toutes espces
confondues (International Tanker Owners Pollution Federation (ITOPF), s.d.). Toutefois, ce sont
les espces vivant essentiellement dans les couches suprieures de la colonne deau ou prs du fond
qui sont les bio-indicateurs les plus adquats pour valuer ce type de pollution (Sullivan et
Jacque, 2003). Cela sexplique par le fait que les zones qui sont les plus affectes par les
dversements dhydrocarbures sont les premiers mtres suprieurs de la colonne deau et les
sdiments (voir la section 3.3.1).
Par ailleurs, Beisel et autres (2011) soutiennent que la plupart des poissons deau douce tolrent une
salinisation importante des cours deau grce leur capacit dosmorgulation. Des tudes ont
mme dmontr quun taux de salinit de 2 g/l augmente significativement la croissance des
individus. Hart et autres (1990), quant eux, mentionnent que les impacts ngatifs de la salinit ne
sont pas perceptibles lorsque celle-ci est infrieure 10 g/l. (Beisel et autres, 2011)
De plus, les diffrentes espces de poissons prsentent une sensibilit variable face au manque
doxygne dissout. En effet, les poissons de la famille des salmonids ont besoin dune eau trs
oxygne pour survivre en raison de leurs besoins mtaboliques levs (Touzin, 2008). linverse,
certaines espces sont adaptes pour survivre dans des milieux pauvres en oxygnes, telles que le
tilapia et le poisson-chat (Popma and Masser, 1999; Heath, 2005). De ce fait, composition
spcifique des communauts de poissons sera modifie dans les milieux anoxiques.
Enfin, une tude a dmontr quune diminution du pH de 6,0 5,5 engendre une baisse de 25% du
nombre d'espces de poisson et quun pH de 5 entrane une diminution additionnelle de 50%. Ce
phnomne sexplique par laugmentation du taux de mortalit des oeufs et des alevins, par les
problmes de respiration branchiale et par la disparition des organismes la base de la chane
alimentaire, cest--dire le plancton, les plantes et les invertbrs. De plus, lacidit amplifie la
toxicit des mtaux lourds pour les poissons, et favorise la prolifration de mousses qui remplacent
18
les plantes aquatiques et dtruisent les frayres. (Association qubcoise de lutte contre la pollution
atmosphrique (AQLPA), 2009)

Dans la pratique, lutilisation des poissons en tant que bio-indicateurs consiste doser les
contaminants bioaccumuls dans la chaire des individus chantillonns, ou analyser la structure
des communauts chantillonnes et les anomalies morphologiques dtectes au niveau des
individus (Environnement Canada, 2012; Boissonneault, 2005). Les principaux paramtres mesurs
sont la richesse spcifique, labondance relative des diffrents taxons, ainsi que la taille et lge des
individus capturs (Pont, 2010). De plus, Le Rglement sur les effluents des mines de mtaux dfinit
les indicateurs d'effet comme tant la croissance des poissons, leur reproduction, leur condition et
leur survie (Environnement Canada, 2012).
Les rsultats de ce type danalyses sont frquemment traduits en un indice poissons rivire (IPR),
dont le calcul ncessite de connatre la surface chantillonne, le nombre dindividus capturs de
chaque espce (ou groupe despces) et neuf variables environnementales, incluant notamment la
surface du bassin versant, la largeur, la profondeur et la pente du cours deau chantillonn
(ONEMA, 2006). De plus, le suivi des communauts de poisson implique souvent lchantillonnage
des macroinvertbrs benthiques afin dvaluer lhabitat et le rgime alimentaire des poissons
(Environnement Canada, 2012).
Lchantillonnage des diffrentes stations est gnralement ralis laide dappareils de pche
lectrique ou dune seine (ONEMA, 2006; EPA, 2012a), bien que dautres engins de pche puissent
tre utiliss au besoin (Environnement Canada, 2012; NCSU, s.d.). Par exemple, un engin peu
slectif et destructeur comme un filet-trappe sera privilgi pour tudier la communaut, alors quon
utilisera un engin plus slectif pour tudier une espce en particulier, tel quun filet maillant dont la
dimension des mailles est cohrente avec la taille de lespce tudie (Environnement
Canada, 2012). Noter que la prcision de la pche lectrique est limite par la turbidit et la densit
de la vgtation en place. De plus, cette technique est inefficace dans les milieux humides qui
reoivent les drainages miniers acides, et les chantillons peuvent tre biaiss en faveur des espces
et des individus de plus grande taille (NCSU, s.d.). Lutilisation dune seine peut compenser pour
ces inconvnients (EPA, 2012a). Enfin, ce matriel reprsente des cots significatifs, et lobtention
dun permis est obligatoire (NCSU, s.d.).
19
La priode dchantillonnage est dfinie en fonction de la migration, de la reproduction et de la
dispersion des diffrentes espces, et il est recommand dchantillonner durant la nuit, surtout pour
le poisson-chat et la perche (NCSU, s.d.). Par ailleurs, la mobilit journalire et saisonnire des
poissons ncessite lapplication de protocoles dchantillonnage plus exigeants par rapport
lchantillonnage despces peu mobiles ou sessiles (Jensen, 2007). La complexit de ces mthodes
dchantillonnage est susceptible daltrer la robustesse de lIPR obtenu pour les cours deau dont le
bassin versant est dune superficie de plusieurs dizaines de milliers de kilomtres carrs
(ONEMA, 2006). Nanmoins, lutilisation des poissons comme bio-indicateurs prsente plusieurs
avantages, tel que dmontr prcdemment.

Les espces frquemment utilises dans le cadre de la bio-indication comprennent entre autres
lomble de fontaine, la perchaude et le dor jaune (Boissonneault, s.d.). Pour ltude du
comportement dvitement des zones contamines par les mtaux lourds, Svecevicius and
Kazlauskiene (2011) ont utilis la truite arc-en-ciel comme modle, qui sest rvle tre un bon
bio-indicateur des effets des mtaux lourds et de la gradation de ces effets. De plus, la frquence de
ventilation de la truite arc-en-ciel est frquemment utilise pour dtecter la prsence de substances
toxiques dans leau (Kerckhove, 2012).
Par ailleurs, les gros poissons prdateurs, dans la famille des Serranidae, des Haemulidae et des
Lutjanidae par exemple, sont utiliss comme bio-indicateurs de la surpche (Kerckhove, 2012).
Enfin, de faon plus gnrale, Agnes et autres (s.d.) soutiennent que ce sont majoritairement les
poissons tlostens qui sont utiliss comme bio-indicateurs de la qualit des cours deau
(Kerckhove, 2012).
2.3 Algues
Le groupe des algues correspond lensemble des vgtaux microscopiques aquatiques faisant
partie du phytoplancton (plancton vgtal) et du priphyton (algues benthiques, fixes sur les
substrats submergs). Ces organismes autotrophes vivent dans les milieux deau douce ou sale, de
mme quen eaux libres ou stagnantes. (Lebon, 1997; PhycoEco, 2011)
20
Les algues sont des organismes photosynthtiques qui assurent 45% de la production vgtale
(Leclercq, 2009). Ces producteurs primaires, situs la base de la chane alimentaire, reprsentent
donc une majeure source de nourriture pour le plancton animal et la macrofaune aquatique. Les
algues sont faciles collecter, transporter et conserver (Genin et autres, 2003), ce qui simplifie leur
utilisation, dautant plus quelles rpondent aux perturbations environnementales de faon
quantifiable. Ces caractristiques constituent des avantages notables en terme de bio-indication.
(Chouteau et autres, s.d.)
Les algues planctoniques se dveloppent gnralement dans les premiers 15 mtres la surface de
leau o lnergie lumineuse provenant du soleil est suffisante pour permettre la photosynthse.
Noter que dans les milieux marins, cette zone photique peut stendre jusqu 200 mtres de
profondeur. De plus, on observe des migrations verticales journalires en fonction de lintensit
lumineuse, ainsi quune succession saisonnire des diffrentes espces en fonction de la
temprature. (Leclercq, 2009)
De plus, les populations dalgues suivent un cycle saisonnier corrl la photosynthse et la

prdation, ce qui se traduit par un pic dabondance au dbut du printemps et la fin de lt, alors
que labondance est minimale durant les priodes estivale et hivernale (Groupement dIntrt Public
(GIP) Loire-Estuaire, 2005).
Enfin, grce leur taux de reproduction lev et leur cycle de vie trs court, les algues intgrent
rapidement les changements environnementaux, ce qui en fait de bons bio-indicateurs des effets
court terme (EPA, 2012a; NCSU, s.d.; Vindimian et Garric, 1993). Ceci dit, certaines dentre elles,
dont notamment les diatomes, se conservent si facilement long terme que les chantillons
historiques peuvent tre utiliss comme rfrentiels dans conditions passes (PhycoEco, 2011).

Dabord, labondance des algues est influence par lapport de nutriments dans les milieux
aquatiques. En effet, la photosynthse, qui permet aux algues de convertir lnergie lumineuse en
biomasse, est limite par la quantit de nutriments disponibles dans le milieu. (Centre d'tude et de
Valorisation des Algues (CEVA), 2011). De ce fait, plus les nutriments sont abondants, plus la
biomasse algale augmente
21
Ensuite, les algues sont trs sensibles la qualit physico-chimique de leau, notamment quant au
pH, au niveau de salinit, la prsence de polluants organiques toxiques (particulirement les
herbicides) et de mtaux lourds (EPA, 2012a; Boissonneault, 2005).
Par ailleurs, le dveloppement des diffrents groupes dalgues dpend fortement des facteurs
climatiques, particulirement la lumire et la temprature, ainsi que de la dynamique hydrique
(dbit, turbidit, vitesse du courant, etc.), de la composition spectrale de la lumire, de la
transparence de leau et de la disponibilit des diffrents nutriments. La pression de broutage par le
zooplancton influence galement la biomasse et la composition des communauts. Toutefois, noter
que limportance de ces variables environnementales varie selon lchelle temporelle considre.
Par exemple, lchelle mensuelle, cest lapport de nitrates et de phosphates qui est dterminant
pour les diatomes, tandis que la temprature, la lumire et la turbidit sont plus influentes
lchelle quotidienne. Somme toute, lhtrognit des diffrentes masses deau et la rapidit de la
croissance des individus engendrent une importante variabilit spatio-temporelle au niveau des
communauts. (Leclercq, 2009; Laboratoire dOcanologie et de Gosciences (LOG), 2009;
NCSU, s.d.)
Enfin, les algues sont sensibles aux hydrocarbures. Toutefois, leur parton de migration verticale
dans la colonne deau engendre une incertitude quant leur niveau dexposition rel aux nappes
dhydrocarbures, ce qui rduit leur efficacit en tant que bio-indicateurs de ce type de pollution.
(Sullivan et Jacque, 2003)

Lchantillonnage des algues est simple, peu coteux, ncessite peu dintervenants et a trs peu
dimpact sur le biote en place (EPA, 2012a). Le prlvement des algues dans la colonne deau est
gnralement ralis grce un filet ou une bouteille de type Van Dorn (voir la figure 2.1 la
page suivante), qui permet de recueillir des chantillons diffrentes profondeurs (Conseil canadien
des ministres de l'environnement (CCME), 2011). Le prlvement des chantillons dalgues
priphytiques requiert plutt lutilisation de scalpels, de brosses et de racloirs (ASCONIT, 2013a)
22
Figure 2.1 Bouteille Van Dorn (tire de : Devreker et Souissi, 2011, p.8)
Les chantillons sont conservs en laboratoire, au frais et dans lobscurit (ASCONIT, 2013a).
Selon les mthodes standardises, lanalyse en laboratoire consiste valuer la taxonomie des
espces prsentes, dnombrer les individus et analyser la structure des communauts laide dun
microscope, puis de complmenter les rsultats par lanalyse du microozooplancton, du
bactrioplancton et des dtritus en suspension (PhycoEco, 2011). Le matriel de laboratoire
comprend entre autres des lames et des lamelles, des pinces, des pipettes et un microscope tout
quip (ASCONIT, 2013b). De plus, certains protocoles opratoires visent dterminer la
sensibilit des espces chantillonnes face aux divers composs toxiques. Dans ce cas, les
individus prlevs aux diffrentes stations dchantillonnage sont soumis divers tests de rsistance
en laboratoire (Vindimian et Garric, 1993).
Selon ASCONIT (2013a), lchantillonnage dure en moyenne une heure, alors que la dure de
lanalyse varie entre trente minutes et trois heures selon la richesse du milieu. Schmitt (2014)
mentionne que les tarifs moyens fixs en France en 2007 pour lchantillonnage et lanalyse en
laboratoire slevaient respectivement 45 euros et 70 euros par station dchantillonnage.

Les algues les plus utilises comme bio-indicateurs sont les diatomes. Ce sont des algues
unicellulaires parois silicates trs ornementes (PhycoEco, 2011), qui font partie de
lembranchement des algues brunes. Les diatomes figurent parmi les groupes dalgues les mieux
connus et les plus utiliss pour le diagnostic cologique. Leur morphologie trs diversifie,
notamment au niveau de lexosquelette siliceux (frustule), sert de critre didentification des
diffrentes espces lors des analyses au microscope (Boissonneault, 2006). Dailleurs, le frustule
23
permet de conserver facilement les chantillons de diatomes (Centre dinformation sur la Fort
de Soignes (CIFS), s.d.). Cependant, lidentification spcifique requiert de bonnes connaissances
taxonomiques (Lebon, 1997).
Comme les diatomes ont une grande amplitude cologique, on les retrouve dans tous les types de
milieux aquatiques (MEDDE, 2013). Certaines espces se dveloppent dans la colonne deau
(notamment les diatomes centriques et les araphides), tandis que dautres colonisent la surface
de diffrents types de substrats (Morin, 2006). La composition des colonies varie selon le type de
substrat, donc il est important den tenir compte lors de linterprtation des donnes
(Boissonneault, 2006).
De plus, les diatomes sont reconnues pour tre fortement sensibles au pH, lapport de
nutriments (surtout lazote et le phosphore), la prsence de matire organique et la faible
oxygnation de leau (Boissonneault, 2005; Genin et autres, 2003; Eulin-Garrigue et autres, 2010).
La formation de microspores de rsistance en conditions dfavorables facilite le diagnostic de la
carence dazote par exemple (Morin, 2006). Dailleurs, Genin et autres (2003) mentionnent que
les diatomes sont considres comme les algues les plus sensibles aux conditions
environnementales, et quelles peuvent renseigner sur limportance du marnage, labondance des
macrophytes et le niveau trophique dun milieu. Elles sont donc plus sensibles aux
caractristiques physico-chimiques de leau quaux habitats dans lesquels elles se trouvent
(MEDDE, 2013).
Enfin, lindice biologique diatomes (IBD), bas sur lanalyse des peuplements de diatomes
priphytiques, implique le comptage des individus, lidentification lespce et lutilisation de
profils de sensibilit la pollution des diffrentes espces (Kermarrec et autres, 2010). Noter quil
est recommand de faire un chantillonnage mixte de cinq substrats, dont un chantillon au filet et
les autres sur substrats divers. (Beisel et autres, 2011)
2.4 Zooplancton
Le plancton animal, communment appel le zooplancton, correspond aux organismes aquatiques
de trs petite taille, flottant librement dans la colonne deau et drivant au gr des courants
(CCME, 2011; Souissi, s.d.). Malgr leur intrt biologique, les tudes portant sur leur potentiel en
tant que bio-indicateurs demeurent peu nombreuses (Beisel, 2011).
24
Les organismes zooplanctoniques sont des consommateurs primaires qui se nourrissent du plancton
vgtal (phytoplancton) ou dautres organismes zooplanctoniques (Lebon, 1997; Drari, 2009;
ASCONIT, 2013a). Ils jouent un rle dterminant dans les rseaux trophiques aquatiques puisquils
constituent une source importante de nourriture pour les poissons et les invertbrs prdateurs et
assurent la rgulation des populations dalgues par le broutage (Bouzidi, 2010).
Le zooplancton se reproduit gnralement au dbut du printemps, lorsque la temprature de leau

atteint un minimum de 10C. Cest donc cette priode de lanne que labondance est maximale.
Ensuite, un dclin des populations est gnralement observ durant lt, suivi dun second pic
dabondance vers la fin du mois doctobre, quoique moins important. (Devreker et autres, 2009)
De plus, linstar des algues, le zooplancton suit un patron cyclique de distribution

spatiotemporelle influenc par des facteurs biotiques (planctonivores, ressources) et par des facteurs
abiotiques (courants et physico-chimie) (Lvesque, 2008). Ce phnomne, qui se produit
quotidiennement, est connu sous le nom de migration verticale .
Par ailleurs, les trois ordres de zooplancton (rotifres, cladocres et coppodes) ont une dynamique
de population qui leur est propre, dtermine par le type dhabitat dans lequel on les retrouve. Les
rotifres, qui dominent les rivires, ont un temps de dveloppement trs court, tandis que dans les
milieux lentiques, on retrouve les coppodes, caractriss par un temps de dveloppement plus lent.
Les cladocres, quant eux, ont une dynamique de population intermdiaire. (Groupe Ranne de
Natagora, 2013)
Bien que la dtermination systmatique reprsente une difficult technique en raison de la grande
diversit spcifique du zooplancton (Beisel, 2011), certains auteurs considrent que les espces
zooplanctoniques sont plus aisment identifiables que les espces phytoplanctoniques
(Lebon, 1997). Nanmoins, la morphologie varie significativement selon les nombreux stades de
dveloppement, qui sont au nombre de 12 chez les coppodes par exemple, ce qui complexifie
lidentification des organismes chantillonns (Souissi, s.d.). Dailleurs, la disparit dans la taille
des diffrentes espces complexifie llaboration des stratgies dchantillonnage : afin de prlever
un chantillon de la totalit du spectre de taille des espces et des stades de dveloppement, il est
ncessaire de recourir diffrents types dengins (Souissi, s.d.).
25
Enfin, le zooplancton prsente un taux de renouvellement trs lev (Drari, 2009). De ce fait, ces
organismes sadaptent trs rapidement aux diffrents cosystmes. Il faut donc faire preuve de
prudence dans linterprtation des rsultats puisquune mme espce peut tre indicatrice de
conditions diffrentes selon le milieu o elle se trouve (Lebon, 1997).

De faon gnrale, la structure populationnelle du zooplancton est principalement influence par la
saison et la profondeur (Tchapgnouo et autres, 2012). De plus, en prsence de contamination
organique, certains protozoaires cilis, rhizoflagells et acintiens deviennent prdominants
(Tchatcho, 2004).
Les coppodes, les cladocres et ostracodes ne prsentent gnralement pas une grande tolrance
la salinisation de leau, donc leur abondance et leur richesse spcifique diminuent lorsque la salinit
augmente (Beisel, 2011). Les foraminifres, quant eux, sont adapts aux eaux saumtres et sales,
et se retrouvent essentiellement en milieu marin (Debenay et autres, 2000).
De plus, le zooplancton (plus particulirement les foraminifres) est galement sensible la

prsence de mtaux lourds. En effet, les concentrations leves en mtaux lourds engendrent des
modifications au niveau de leur morphologie, de leur taille et de la composition minrale de leur
coquille (Drari, 2009; Debenay et autres, 2000).
Ensuite, leutrophisation favorise la prolifration de la flore planctonique dont se nourrit le

zooplancton, ce qui engendre une augmentation de la biomasse zooplanctonique (Drari, 2009).
Cependant, lapparition dalgues toxiques engendre lintoxication du zooplancton herbivore qui les
consomme. Selon Duggan et autres (2001), la composition taxonomique des rotifres est rvlatrice
du niveau trophie des lacs. Parmi les rotifres, Trichocerca cylindrica, et Polyurthra euryptera ont
t dsigns comme indicateurs des milieux eutrophes, tandis que Asplanchna herricki, Synchaeta
grandis, et Ploesoma hudsoni sont des indicateurs des milieux oligotrophes. Puis, plusieurs rotifres
du genre Brachionus sont caractristiques des eaux msotrophes. (Saksena, 2006)
Par ailleurs, selon Sullivan et Jacque (2003), les organismes zooplanctoniques sont sensibles aux
hydrocarbures. Toutefois, leur parton de migration verticale dans la colonne deau engendre une
26
incertitude quant leur niveau dexposition rel aux nappes dhydrocarbures, ce qui rduit leur
efficacit en tant que bio-indicateurs de ce type de pollution.
Enfin, plusieurs tudes ont dmontr que les stades prcoces et les adultes en priode de
reproduction sont sensibles lacidification de leau. La diminution du pH engendre une
augmentation du taux de mortalit des juvniles, ce qui a un impact direct sur la taille des
populations. Les changements dans la rpartition et labondance des espces de zooplancton qui en
dcoulent constituent donc un indicateur de lacidification de leau. Dailleurs, noter que ces
changements se rpercuteront sur de multiples niveaux trophiques. (Gomez, 2012)

Dune part, la stratgie dchantillonnage du zooplancton est tablie en fonction de lchelle
spatiale considre. Il faut choisir et fixer lespace de prlvement afin de comparer les rsultats
dchantillonnage dune journe lautre et ainsi observer les fluctuations du milieu au cours du
temps. Dautre part, comme les populations planctoniques voluent aussi sur le plan vertical, les
prlvements doivent se faire plusieurs profondeurs.
Les chantillons sont prlevs afin dobtenir une estimation quantitative de la composition et de la
densit des communauts ou de la biomasse des lacs (CCME, 2011). Dans les milieux peu turbides,
lengin de pche le plus souvent employ est le filet zooplancton, dont les dimensions des mailles
varient en fonction de la taille des organismes prlever. Celui-ci est peu coteux et simple
utiliser, mais il est peu slectif et peu recommand dans les milieux de fort courant. Les dispositifs
les plus frquemment utiliss pour chantillonner des profondeurs spcifiques sont les bouteilles
de type Van Dorn (voir la figure 2.1 prsente la section 2.3.3). Ce matriel plus labor permet
de faire un chantillonnage plus prcis, mais il est plus coteux que le filet et son usage ne convient
quaux milieux avec une forte densit zooplanctonique. Il existe galement des mthodes rcentes
pour estimer la densit des coppodes grce des ondes acoustiques ou par une mthode optique,
mais celles-ci sont efficaces seulement dans les milieux peu turbides. De plus, ce matriel est
beaucoup plus coteux et plus complexe utiliser. Enfin, dans les cas les plus simples o seuls les
organismes prsents dans les premiers centimtres de la colonne deau doivent tre prlevs, un
simple seau gradu pour tre utilis, condition que les populations soient trs denses.
(CCME, 2011; Souissi, s.d.)
27
Une fois que les chantillons de zooplancton sont prlevs et placs dans des flacons de plastique,
ceux-ci doivent tre fixs laide dune solution aqueuse de formaldhyde 37% afin quils
demeurent reprsentatifs de linstant auquel ils ont t prlevs. Puis, les organismes sont identifis
en laboratoire jusquau genre (parfois lespce) laide de cls de dtermination. Somme toute,
lquipement requis correspond du matriel de base gnralement peu coteux et trs accessible.
(Souissi, s.d.)

Les familles de bio-indicateurs zooplanctoniques les plus frquemment utilises sont les gammares
et les daphnies (Battle, 2014). Les gammares, aussi appels crevettes deau douce, sont de petits
crustacs (9 15 mm de long) aplatis latralement. On les retrouve gnralement dans les eaux
fraches et courantes. Ils occupent une position cl dans le rseau trophique (dcomposeurs de la
matire organique) (Lacaze, 2011) et sont sensibles au niveau doxygnation de leau
(Pelletier, 2013; CCME, 1999). Les daphnies, quant elles, communment appeles puces deau,
sont des organismes deau douce qui se caractrisent par leur plasticit morphologique, dont les
principaux facteurs inducteurs sont la temprature et la viscosit de leau (Dajoz, 2012).
Contrairement aux gammares, elles survivent dans des milieux trs peu oxygns grce leur
capacit de produire de lhmoglobine (CCME, 1999).
2.5 Macrophytes
Les macrophytes sont des vgtaux aquatiques photosynthtiques, dont tout le cycle de vie se
droule sous leau (Lauret et autres, 2011). Ils regroupent les bryophytes, ptridophytes et
spermatophytes, ainsi que les algues filamenteuses visibles lil nu (Haury et autres, 2001). De ce
fait, ils reprsentent une part importante de la flore des cosystmes aquatiques.
De manire gnrale, les plantes aquatiques fournissent des indications sur les caractristiques
physiques de leur habitat, notamment quant la vitesse du courant et la profondeur. Par exemple,
on retrouve les nnuphars essentiellement dans les eaux calmes, o la profondeur est denviron
1,5 mtre. (Institut de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture
(IRSTEA), s.d.)
28
Comme ce sont des organismes sessiles, les macrophytes permettent davoir un portrait local de la
contamination. De plus, ils sont sensibles aux perturbations qui surviennent dans la colonne deau et
dans les sdiments (Lafabrie, 2007).
La majorit des macrophytes sont des plantes annuelles, cycles vgtatifs courts, qui peuvent tre
prolongs par la production de rhizomes et de racines plus durables (Testard, 2013). La dynamique
des peuplements est fortement influence par les saisons (Lauret et autres, 2011). En effet, les
macrophytes dmontrent une saisonnalit remarquable en termes de composition et dabondance.
Cette saisonnalit sexprime par une succession de pics de recouvrements lintrieur dune mme
station : les hydrophytes se dveloppent au printemps, alors quen t, les grands potamots et les
lentilles sont en forte extension. Toutefois, cette saisonnalit est moins marque dans les cours
deau dont les dbits sont relativement stables. (Haury et Muller, 2008)
Les diffrentes espces se rpartissent longitudinalement selon divers facteurs, tels que la pente, la
vitesse dcoulement et la granulomtrie des fonds. Par exemple, les bryophytes et les macroalgues
sinstallent dans les eaux vives substrat grossier, tandis quon retrouve essentiellement des
phanrogames dans les cours deau faible courant o le substrat est fin. Lorsque les berges sont
trs peu abruptes, la succession spatiale des espces est comparable celle des lacs et des tangs,
cest--dire quelle est principalement influence par la profondeur. (Hamdan, 2005)
Enfin, les macroalgues et les bryophytes ont la capacit de bioaccumuler diffrents mtaux lourds
(Lauret et autres, 2011; Choubba et autres, 2010; Haury et autres, 2001). Celles-ci peuvent donc
tre utilises pour valuer la teneur en mtaux lourds dans les milieux aquatiques.

Dabord, leutrophisation des milieux aquatiques nuit des impacts nuisibles sur les macrophytes
(Szoszkiewicz et autres, 2002; Haury et autres, 2001; Carbiener et autres, 1990). En effet, des
tudes ont dmontr que la richesse spcifique des macrophytes est significativement plus faible
dans les milieux eutrophes que dans les milieux oligotrophes et msotrophes (Hamdan, 2005). De
plus, la morphologie des espces est galement affecte par le niveau trophique des milieux
aquatiques (Haury et autres, 2001). Ce phnomne sexplique entre autres par le fait que la
prolifration des algues, cause par lapport excessif de nutriments, augmente la turbidit de leau et
inhibe par le fait mme le dveloppement des macrophytes (Hamdan, 2005).
29
Les macrophytes sont galement sensibles la prsence de polluants organiques toxiques. Par
exemple, latrazine engendre gnralement la dcoloration des feuilles (Haury et autres, 2001). De
plus, certains antibiotiques bactricides, comme lacide oxolinique, peuvent tre bioaccumuls dans
les rserves lipidiques des mousses aquatiques (Delmail, s.d.).
Par ailleurs, la pression de broutage par les oursins et certaines espces de gastropodes, de
poissons et doiseaux aquatiques influence la composition des peuplements (Lauret et autres, 2011).
De ce fait, les perturbations affectant labondance et la distribution de ces diffrents prdateurs ont
un impact sur les macrophytes.
Lacidification des milieux aquatiques a aussi un impact sur les macrophytes. Cependant, le niveau
de sensibilit est variable dune espce lautre. De ce fait, lacidification entrane la prolifration
des espces rsistantes au dtriment des espces sensibles, de qui affecte la diversit floristique.
(Haury et autres, 2001)
Enfin, la salinit intervient dans la composition des peuplements. De faon gnrale, la richesse
spcifique des macrophytes diminue drastiquement lorsque la salinit augmente (Beisel et autres,
2011). Certaines espces peuvent tolrer un stress salin grce leurs adaptations morphologiques
(glandes sel dans les feuilles ou excrtion du sel par les racines) ou physiologiques
(osmorgulation, synthse de protines de stress, etc.). Par exemple, Potamogeton pectinatus
colonise les milieux o la salinit est faible, tandis que Zostera noltii et Ruppia cirrhosa, se
retrouvent plutt dans les eaux dont la salinit est moyenne ou leve (Auby et Plus, 2011).
Nanmoins, limpact de la salinit sur les communauts macrophytiques des milieux deau courante
moyennement saumtre demeure mconnu, et les principales tudes disponibles sur la distribution
des espces en fonction du gradient de salinit concernent les milieux lentiques (Beiser et
autres, 2011).

Lchantillonnage des macrophytes fait lobjet de protocoles standardiss. Les principales mthodes
de suivi des macrophytes sont linventaire floristique et la cartographie, qui peuvent tre raliss via
la tldtection par imagerie satellite, lutilisation de sonars, par imagerie vido ou par des
observations visuelles lorsque la profondeur est trs faible (Lauret et autres, 2011). Le cot du
matriel varie donc selon la technologie utilise. Linventaire comprend lidentification des taxons
30
( lespce ou au genre, selon les groupes), lestimation de leur recouvrement et le prlvement
dchantillons des taxons dlicats identifier pour des analyses subsquentes en laboratoire laide
dune loupe binoculaire ou dun microscope. Pour les cours deau, lindice biologique
macrophytique en rivire (IBMR) est calcul afin de traduire le degr de trophie. Lindice
biologique macrophytique en lac (IBML), quant lui, est applicable pour les plans deau faiblement
marnants. (Aquabio, 2014; ASCONIT, 2013a)
Les principaux paramtres considrs sont la biomasse, le recouvrement et la richesse spcifique.

Ceux-ci peuvent tre valus au niveau de la communaut vgtale dans son ensemble, de
peuplements cibls ou de certaines espces en particulier (Lauret et autres, 2011). La mesure de
certains paramtres tels que la biomasse ncessite de procder des prlvements, alors que de
simples observations suffisent pour valuer dautres paramtres. De plus, le dosage des polluants
bioaccumuls chez certaines espces (les bryophytes par exemple) ncessite davantage de
manipulations et danalyses chimiques en laboratoire.
Sachant que la dynamique des peuplements est fortement influence par les saisons, notamment en
termes de composition ou dabondance, la priode la plus recommande pour effectuer le suivi des
peuplements de macrophytes est au dbut du printemps. En effet, lpanouissement maximal des
macrophytes seffectue globalement au printemps, ce qui concorde avec la priode de prolifration
du phytoplancton qui peut augmenter la turbidit du milieu. Puis, durant lt, la temprature leve
et laugmentation du risque de mortalit due lanoxie peuvent modifier significativement la
physionomie des peuplements. (Lauret et autres, 2011)
La surface explore et le nombre de stations chantillonnes varient galement selon les objectifs
viss et les moyens utiliss. Les principales stratgies mises en oeuvre sont lchantillonnage par
quadras et par transects. Les surfaces explores sont gnralement dlimites grce des cordes ou
des piquets, du matriel de base trs peu coteux. Par exemple, dans le cas du diagnostic de
leutrophisation, le suivi des peuplements de macrophytes est effectu selon un quadrillage rgulier
de points. (Lauret et autres, 2011)
Enfin, la dure de ralisation varie selon la superficie des plans deau et de la vgtation rencontre,
soit en moyenne dune demi-journe deux jours (ASCONIT, 2013a). Selon Schmitt (2014), les
tarifs moyens en France en 2011 pour la dtermination dun IBMR slevaient 600 euros, un prix
31
rduit par rapport au suivi des macroinvertbrs puisque lidentification des taxons macrophytiques
peut se faire en majorit directement sur le terrain.

De faon gnrale, la plupart des tudes portant sur la bio-indication par les macrophytes
sintressent aux espces du genre Enteromorpha, Fucus et Ulva (Lafabrie, 2007).
Les Chlorophytes (algues vertes), plus particulirement Cladophora glomerata, sont gnralement
considres comme les meilleurs bio-indicateurs de la contamination aquatique par les nutriments et
les mtaux lourds (Chmielewsk and Medved, 2000). Ensuite, Cabane (2007) rapporte que parmi
les macroalgues, ce sont les espces du genre Laminaria et Fucus qui sont les plus frquemment
utilises comme bio-indicateurs. Dailleurs, les espces du genre Fucus sont galement utilises lors
du suivi des impacts des rejets radioactifs en milieu marin (IRS, 2013). Dautres espces de
macroalgues, telles que Ulva rigida, sont aussi utilises pour leur grande capacit de
bioaccumulation des mtaux lourds (Lauret et autres, 2011; Rybak et autres, 2012). Noter que selon
Rybak et autres (2012), les populations dUlves vivant en eaux douces bioaccumulent plus
efficacement le nickel que les populations retrouves en eaux sales. Ceci dit, une tude mene par
Choubba et autres (2010) sur la capacit de bioaccumulation des mtaux chez trois espces de
macroalgues (Ulva rigida, Chaetomorpha linum et Caulerpa prolifera) a dmontr que Caulerpa
prolifera dmontre une capacit de bioaccumulation significativement suprieure aux deux autres
espces.
Les bryophytes, quant elles, sont les bio-indicateurs deau douce les plus recommands pour faire
le suivi de la contamination mtallique (Hamdan, 2005; Gagnon et autres, 1999). Les espces du
genre Amblystegium et Fontinalis sont utilises par plusieurs auteurs en raison de leur grande
capacit bioaccumuler des mtaux (Harrag, 2012). De plus, une tude a dmontr que dans les
milieux deau douce, Fontinalis antipyretica concentre lacide oxolinique, ce qui en fait un bio-
indicateur efficace dune ventuelle contamination par cet antibactrien (Delepee et autres, 2002).
Par ailleurs, Posidonia oceanica, une espce de plante fleurs aquatique endmique de la mer
Mditrrane, est reconnue comme un puissant bio-indicateur puisque lempreinte de la qualit des
eaux sur les herbiers est indpendante du sens du courant au moment de lobservation. La position
de sa limite infrieure et la densit des faisceaux tmoignent de la turbidit de leau, tandis que les
32
piphytes des feuilles et la composition chimique de la plante refltent la quantit de matire
organique et de nutriments disponibles. De plus, cette espce a la capacit de bioaccumuler certains
polluants stables. Enfin, la dessalure lembouchure des fleuves ctiers et des nappes phratiques
engendre la disparition de cette espce. (Lafabrie, 2007)
2.6 Bactries
Les bactries sont des microorganismes unicellulaires gnralement dpourvus de chlorophylle, qui
se reproduisent par scissiparit et qui dmontrent une rsistance diffrents facteurs
environnementaux (CNRTL, 2012). Jusqu ce jour, trs peu dtudes ont t ralises concernant
leur potentiel en tant que bio-indicateur, comparativement aux autres catgories de bio-indicateurs.
La prsente section se veut donc un court rsum des tudes consultes lors de la revue de la
littrature sur le sujet.
Dabord, les bactries sont abondantes dans une vaste gamme de milieux et sont trs faciles
prlever par rapport plusieurs autres organismes (Harrag, 2012). De plus, les mthodes
didentification de ces microorganismes sont simples, ce qui constitue un avantage significatif dans
le cadre de la bio-indication, et elles sont faciles cultiver en laboratoire. Toutefois, lobtention des
rsultats des analyses est un peu moins rapide comparativement aux autres catgories de bio-
indicateurs en raison du dlai de prolifration en milieu de culture. (Zakaria et autres, 2004)
Le temps de gnration (ou de reproduction) varie selon les espces. De plus, il est affect par la
temprature, le pH, lhumidit et les nutriments disponibles. Celui-ci peut tre de quelques minutes
ou quelques heures, voire quelques jours (Baudry et Brzellec, 2006). Dans le mme ordre dides,
la dure de vie des bactries est galement variable dune espce lautre, et elle est influence par
les conditions du milieu (Servais et autres, s.d.). Dailleurs, la dure de vie des coliformes fcaux
est gnralement rduite en eau sale. De ce fait, Hamdi et Ait Kaci (2008) recommandent
dutiliser dautres indicateurs bactriens en eau sale, tels que les streptocoques fcaux.
Les bactries vivent gnralement sur les substrats sous forme de biofilms ou adsorbes sur les
particules en suspension (Amblard et autres, 1998). Les bactries entriques (ou entrocoques), qui
constituent lun des principaux agents de la pollution fcale dans les milieux aquatiques, se
retrouvent rarement sous forme libre puisque labsence de refuge et la faible disponibilit des
33
nutriments les rendent vulnrables et nuisent leur reproduction et leur survie (Hamdi et Ait
Kaci, 2008).
Par ailleurs, les bactries accumulent facilement les polluants prsents dans leur environnement,
particulirement les mtaux. Dailleurs, certaines tudes tendent dmontrer leur potentiel en tant
quagent de remdiation des milieux pollus par les mtaux (Zakaria et autres, 2004).
Enfin, les coliformes fcaux, de par leur nature, servent dindicateurs de la pollution fcale
(EPA, 2012c), tandis que les cyanobactries, qui prolifrent dans les milieux eutrophes, sont
indicatrices de lapport excessif de phosphore dans les cosystmes aquatiques (Paerl et
autres, 2003).

La salinit a des effets diffrents selon le type de bactries. Par exemple, laugmentation de la
salinit rduit la dure de vie de Escherichia coli, alors quelle na aucune influence sur la survie
des bactries du genre Salmonella. (El-Sharkawi et autres, 1989). Ceci dit, les tudes ont dmontr
que dans les milieux hypersals, la pression de prdation sur les bactries est fortement rduite
dans la mesure o la plupart des prdateurs ne peuvent tolrer des salinits importantes (Amblard
et autres, 1998). De ce fait, les bactries tolrantes au stress salin seront plus abondantes dans ce
type de milieu par rapport aux autres cosystmes aquatiques de niveau trophique quivalent.
De plus, certains facteurs, comme la temprature et lapport de carbone et de nutriments, sont

reconnus comme tant plus influents que la salinit (Beisel et autres, 2011). Lexposition aux
rayons solaires, quant elle, a gnralement un effet dltre sur les bactries, cest--dire quelle
rduit leur dure de vie (El-Sharkawi et autres, 1989). De plus, loptimum en termes de pH varie
selon les espces. Par exemple, Thiobacillus ferrooxidans est acidophile, Escherichia coli colonise
les milieux de pH neutre, et Staphylococcus aureus est alcalinophile (Zakaria et autres, 2004). Par
consquent, la composition des communauts bactriologiques fournit une indication quant au pH
du milieu. Enfin, les bactries sont gnralement les meilleurs bio-indicateurs des conditions
extrmes, notamment en termes dacidit, de salinit et de temprature (Bassez, 2011).
34
Lchantillonnage des bactries consiste simplement prlever un volume deau prtabli laide
dune bouteille bouchon vis ou dun sac dchantillonnage strilis (EPA, 2012c). Cependant,
comme les chantillons bactriologiques ont une dure de vie limite, il est parfois impossible de
les expdier un laboratoire danalyse dans des dlais suffisamment courts. Il peut donc tre utile
de se procurer une trousse qui permet de faire les analyses bactriologiques de leau sur place. Ce
laboratoire portable contient deux tuves pouvant tre branches dans lallume-cigarette dune
automobile, un microscope binoculaire, des botes de Petri, du papier filtre, des gloses (milieux de
culture), de lalcool strilisant et un brleur (CCME, 2011).
Lanalyse des communauts bactriennes peut tre ralise par le biais de plusieurs mthodes
dinvestigation. Celles-ci comprennent entre autres des essais de filtration membranaires ou de
fermentation en tubes multiples, lobservation de la prsence ou de labsence des diffrentes
espces, lanalyse du ratio entre le nombre de coliformes fcaux et de streptocoques fcaux, de
mme que la dtection de spores de Clostridium perfringens ayant survcu la chaleur et la
dsinfection (Jain et autres, 2010).
Toutefois, le recours aux bactries comme bio-indicateurs prsente certains aspects techniques plus
dlicats, notamment au niveau de la strilisation de lquipement (Zakaria et autres, 2004;
EPA, 2012c). De plus, les manipulations et les analyses en laboratoire ncessitent du matriel
spcialis qui peut savrer coteux et relativement complexe utiliser. Laide dun microbiologiste
est donc requise, ce qui augmente les cots danalyse.

Les coliformes fcaux sont les indicateurs privilgis de la pollution fcale, de mme que les
entrocoques (Conseil des bassins versants des Mille-les (COBAMIL), s.d.; EPA, 2012c). Le
groupe des coliformes inclut notamment les genres Klebsiella, Escherichia, Citrobacter et
Enterobacter (Jain et autres, 2010). Les cyanobactries, quant elles, sont utilises comme bio-
indicateurs de leutrophisation des milieux aquatiques (Paerl et autres, 2003).
2.7 Oiseaux
La classe des oiseaux comprend tous les organismes plumes, ails, bipdes et qui pondent des
ufs. Les oiseaux de milieux humides se caractrisent par leur dpendance plus ou moins
35
prononce aux surfaces aquatiques, tandis que les oiseaux aquatiques proprement parl sont
associs la prsence dune eau libre de profondeur variable, et recherchent gnralement des plans
deau entours dune ceinture de vgtation plus ou moins dense selon lespce (Espaces naturels
rgionaux (ENRX), 2008). Depuis plusieurs annes, de nombreuses tudes visent caractriser les
milieux aquatiques en fonction des oiseaux qui en font usage pour la reproduction, lalimentation,
ou lors des migrations (Degorgue, 1998).
Selon la saison, leur rgime se compose principalement de zooplancton, de crustacs, dinsectes, de
poissons, et de vgtaux. Certains se nourrissent galement de batraciens, de micromammifres et
de reptiles. Toutefois, le rgime alimentaire est variable dune espce lautre (Darmangeat, 2008).
De plus, lidentification taxonomique est gnralement simple, mme lorsque les individus observs
se situent relativement loin de lobservateur (ENRX, 2008). Noter cependant que les inventaires
peuvent tre biaiss en faveur de certaines espces plus facilement observables (EPA, 2012b).
Ensuite, leur position leve dans la chane trophique les rend sensibles aux changements qui se
produisent dans les niveaux trophiques infrieurs (Hamel, 2010). Dans le mme ordre dides,
leur grande dure de vie leur confre une meilleure sensibilit aux effets cumulatifs des
perturbations par rapport aux autres groupes de bio-indicateurs qui intgrent essentiellement les
effets des perturbations pisodiques (EPA, 2012b). Puis, comme ils font preuve dune importante
mobilit, ceux-ci intgrent les effets des diffrentes perturbations sur une chelle spatiale plus
importante (EPA, 2012b). Par consquent, les oiseaux sont considrs comme des bio-indicateurs
reprsentatifs de la qualit de leur habitat, voire mme de leur cosystme. Ceci dit, les oiseaux
prsentent une plus faible sensibilit court terme (Martinez, 2012).
Par ailleurs, ils occupent de vastes territoires et colonisent une grande varit dhabitats. La plupart
des espces doiseaux dont la survie dpend entirement des milieux aquatiques migrent durant la
saison hivernale et reviennent dans la rgion au printemps pour la priode de reproduction
(EPA, 2012b). De ce fait, la diversit spcifique atteint son maximum entre avril et juin. Cest
galement durant cette priode que les oiseaux sont les plus sensibles aux perturbations
(inondations, pollution, etc.) puisquils se dplacent peu et exploitent les ressources locales
36
disponibles afin de subvenir aux besoins de leur couve (ENRX, 2008). Toutefois, la mobilit des
oiseaux durant le reste de lanne implique quil est difficile de dfinir prcisment le lien causal
entre les perturbations et leurs effets (EPA, 2012b). Cet lment est dailleurs trs critiqu par
plusieurs auteurs (Hamel, 2010). De plus, lors de lanalyse de la rpartition et de labondance des
espces, il faut tenir compte de la mortalit lors de lhivernage ou le dplacement de laire
dhivernage caus par les variations climatiques (Degorgue, 1998).
Enfin, plusieurs espces de rapaces et dchassiers ont tendance bioaccumuler certaines

substances toxiques en raison de leur position leve dans le rseau trophique (EPA, 2012b). Il est
gnralement reconnu que les ufs indiquent la contamination globale du milieu o la femelle sest
alimente durant la gestation, qui correspond gnralement aux milieux humides et aquatiques
proximit de la colonie (Boncompagni et autres, 2003). Les oiseaux de proie, quant eux, sont
reconnus comme bioaccumulateurs de DDT (Dichlorodiphnyltrichlorothane) (Donguy, 2007),
tandis que les oiseaux piscivores ont tendance accumuler les pesticides organochlors, comme le
BPC (Turgeon, 2006). Les mtaux lourds saccumulent galement dans les plumes, les organes et
les tissus des oiseaux. Matinez (2012) a dmontr que la concentration des diffrents mtaux varie
selon lorgane : le cadmium se concentre dans les reins, tandis que le plomb saccumule dans les os.
Le mercure, quant lui, est retrouv surtout dans le foie et les reins, et le zinc, le cuivre et le fer se
concentrent dans le foie. Cependant, Boncompagni et autres (2003) ont dmontr que le phnomne
de bioaccumulation est pratiquement nul pour larsenic et le chrome.

Labondance et la diversit des espces et la croissance des jeunes dpendent fortement de la
disponibilit, de labondance et de la qualit de la nourriture. De ce fait, les populations doiseaux
sont affectes par la perturbation des communauts de poissons, dinvertbrs benthiques et de
macrophytes (Chapdelaine et Rail, 2005). Dans le mme ordre dides, leutrophisation peut avoir
un impact positif sur les populations doiseaux puisque laugmentation de la productivit primaire
et secondaire accrot la quantit de ressources alimentaires disponibles. Toutefois, le phnomne
deutrophisation affecte la diversit des ressources disponibles. En effet, leutrophisation peut
causer une diminution de la richesse spcifique des poissons, des macrophytes et de la faune
benthique puisquelle engendre des conditions dfavorables telles que laugmentation de la turbidit
et la cration de zones anoxiques. (Hamel, 2010)
37
lintrieur dun mme milieu humide, la composition et, un moindre degr, la richesse des
communauts, sont influences par la frquence et la dure des changements du niveau deau et par
ltat du couvert vgtal. La salinit, quant elle, na pas dimpact significatif sur les populations
doiseaux, except lorsque les variations sont extrmes. (EPA, 2012b)
Par ailleurs, les oiseaux aquatiques sont galement trs sensibles la pollution par les
hydrocarbures. Ceux qui sont gnralement les plus exposs ce type de pollution sont les canards
barboteurs et les oiseaux plongeurs (cormoran aigrettes, pingouin, etc.), en raison de leur mode de
vie qui accrot leur exposition la contamination (Environnement Canada, 2013b; Sullivan et
Jacque, 2003). En contact avec les hydrocarbures, le plumage des oiseaux perd ses proprits
disolant, ce qui peut mener lhypothermie ou la noyade des individus affects (Davis, 2004).
Enfin, lacidification de leau a un impact indirect sur les oiseaux aquatiques puisquelle entrane
des changements dans la quantit et la qualit des ressources alimentaires (Arctic Monitoring and
Assessment Programme (Arctic Monitoring and Assessment Programme (AMAP), s.d.).

Dabord, le suivi des communauts doiseaux peut tre simple et non destructif (EPA, 2012b). Il
existe diffrentes mthodes, telles que le recensement non exhaustif des oiseaux par la technique
des points dcoute : lobservateur se place un endroit dfini et prend en note tous les oiseaux
observs et entendus pendant cinq minutes (Conservation nature, 2010). Les points dcoute, au
nombre de 30 par exemple, sont rpartis sur plusieurs sites localiss dans diffrentes rgions
naturelles prdtermines. Chacun de ces points est visit deux reprises tous les printemps. Cette
mthode permet lornithologue de dcrire la richesse ou la pauvret cologique dun milieu, en
valuant entre autres la prsence ou labsence de certaines espces, laugmentation ou le dclin
des populations, la richesse ou la diversit spcifique (Hamel, 2010). Le seul quipement
ncessaire consiste en une paire de jumelles, un chronomtre, du papier et un crayon, soit du
matriel simple et peu coteux (ENRX, 2008).
Ensuite, le suivi des oiseaux peut galement tre ralis par la capture et le baguage des individus.
Cette faon de procder ncessite entre autres lutilisation dappts, de leurre, et de diffrents filets.
Pour la capture de certains oiseaux tels que les anatids ou les grbes, il peut tre ncessaire de
concevoir des corrals, cest--dire des enclos construits prs des sites de mue, comportant deux
38
longues barrires permettant de diriger les individus vers ledit enclos (voir la figure 2.2 ci-dessous).
La complexit, lampleur et les cots de ces stratgies dchantillonnage sont donc plus importants.
(Biodiversity Research Institute, 2013; Whitworth et autres, 2009)
Figure 2.2 Structure de base dun corral (tire de : Whitworth et autres, 2009, p.36)
Les mthodes de recensement arien, quant elles, impliquent le recours de petits avions ou
hlicoptres, dont les frais dutilisation sont de lordre de quelques milliers de dollars par heure
(Hamel, 2010). De ce fait, bien que cette technique soit plus rapide et quelle limite les erreurs dues
aux dplacements des oiseaux, les cots lis au transport et lembauche dun pilote sont
significativement plus levs que les autres mthodes dchantillonnage.
La prsence de contaminants dans lenvironnement peut galement tre value via la mesure
directe du niveau de contamination dans les ufs et les tissus. Cette stratgie implique le
prlvement dufs, de jeunes ou dindividus adultes, suivi danalyses chimiques en laboratoire.
Par exemple, laccumulation de certains mtaux lourds ou dautres contaminants persistants est
value par lanalyse des plumes ou du sang, alors que la contamination par le DDT est mesure par
lamincissement de la coquille des ufs (Kushlan, 1993). Les oeufs sont faciles collecter,
lhomognit de leur composition facilite linterprtation des donnes, et leur prlvement prsente
moins de risque pour les espces ltude. Cependant, les plumes refltent mieux la contamination
locale, tant donn que les oiseaux ont la capacit de squestrer et excrter les mtaux lourds dans
leurs plumes au cours de la priode de croissance du plumage. (Boncompagni et autres, 2003)
39
Selon le protocole dchantillonnage de Boncompagni et autres (2003), les ufs frais sont rcolts
dans 10 nids pour chaque milieu, au nombre de un par nid. Pour la collecte des plumes, 10
12 plumes de corps sont prleves sur un jeune 15 jours aprs lclosion, dans le nid o les ufs ont
t rcolts, ce qui minimise la problmatique de la fixation externe des contaminants. Puis, les
proies sont chantillonnes via les aliments spontanment rgurgits par les jeunes lorsquils sont
manipuls, et des sdiments sont rcolts jusqu une profondeur de cinq centimtres dans les aires
dalimentation proximit. Lors du transport, les ufs et les chantillons de proies sont
homogniss, schs 50 C jusqu poids constant et dposs dans des flacons de polythylne
striles. Enfin, les chantillons sont analyss au laboratoire par spectrophotomtrie (pour le
cadmium, le chrome, le mercure et le plomb) et par une technique dactivation neutronique (pour
larsenic, le manganse, le slnium et le zinc). Ces mthodes impliquent du matriel de laboratoire
complexe et coteux, et requirent lembauche dun spcialiste.
Enfin, il existe des mthodes pour rduire limpact de lchantillonnage sur les populations tudies.
Par exemple, les tudes de Albanis et autres (1995) portant sur la contamination des oiseaux par les
insecticides organochlors sont bases sur des protocoles de collecte dufs ayant rouls hors des
nids et de jeunes nouvellement morts. Les ufs sont alors transports au laboratoire congels,
schs et homogniss, tandis que les individus morts sont congels -20 C et conservs dans du
papier daluminium jusqu ce que les analyses en laboratoire soient ralises. (Albanis et
autres, 1995)

De faon gnrale, les espces prdatrices sont prconises, car elles se situent au sommet de la
chane alimentaire, elles sont plus susceptibles de bioaccumuler les contaminants et elles intgrent
davantage les diffrents contaminants dans le temps (Boncompagni et autres, 2003).
Le relev de la littrature a galement rvl que laigrette est frquemment utilise comme bio-
indicateur des mtaux lourds (Barreto, 2011; Boncompagni et autres, 2003; Burger and
Gochfeld, 2004).
Enfin, le grand hron a t dsign comme espce bio-indicatrice dans les programmes de
surveillance de la qualit des eaux du fleuve Saint-Laurent (Turgeon, 2006).
40
3. FACTEURS PRENDRE EN CONSIDRATION
Comme il nexiste pas de bio-indicateur universel, il est important dtre en meure de choisir le bio-
indicateur qui convient le mieux selon les besoins de ltude (Genin et autres, 2003). Selon
Landres et autres (1988), la critique la plus frquente au sujet de lutilisation de bio-indicateurs
concerne linvalidit scientifique des critres de slection. En effet, le choix du bio-indicateur est
parfois essentiellement orient par le dsir dutiliser un taxon simple et peu coteux chantillonner
ou par la pression socio-conomique qui favorise ltude de la macrofaune charismatique. Il est
donc important de slectionner les bio-indicateurs sur la base de critres de recherche objectifs afin
dassurer la validit des tudes (EPA, 2002).
Demble, il est important de bien cerner les objectifs du projet et de connatre les caractristiques
fonctionnelles du milieu de manire dfinir les critres de slection des bio-indicateurs (Raymond,
2008; Genin et autres, 2003). Ainsi, la cohrence entre le bio-indicateur, le type de milieu ltude
et la problmatique cible assure la pertinence du bio-indicateur slectionn. De plus, il est
important que les dlais et les ressources sous-jacentes lutilisation du bio-indicateur slectionn
soient compatibles avec les moyens disponibles pour la ralisation de ltude. De ce fait, cette
portion de lessai vise prsenter les diffrents facteurs prendre en considration lors du choix
dun bio-indicateur et mettre en relation ces facteurs de slection avec les lments dinformation
prsents dans le chapitre prcdent. Cela permettra de dmontrer la pertinence des catgories de
bio-indicateurs qui sont recommandes selon les diffrentes dclinaisons des facteurs. Certains
exemples plus spcifiques de bio-indicateurs sont galement mentionns titre indicatif, bien que la
porte du prsent essai ne permette pas dlaborer un processus de slection lchelle de lespce.
3.1 Caractristiques considres chez les bio-indicateurs

Les principales caractristiques qui sont compares chez les diffrentes catgories de bio-
indicateurs sont entre autres le niveau de sdentarit et la longvit qui dterminent lexposition aux
effluents pollus ou aux perturbations, de mme que labondance dans le milieu, lemplacement
dans le rseau trophique et la capacit rpondre de faon observable et mesurable aux
perturbations ou accumuler le polluant ltude sans en subir les effets nfastes (Roche et
Girondot, 2010; Casas et autres, s.d.; Morin, 2006). De plus, le cycle de vie du bio-indicateur doit
tre compatible avec les variations temporelles ltude (Wacila, 2012; Morin, 2006), et la
mthodologie dchantillonnage et didentification taxonomique doit tre simple et peu coteuse
(Ader et autres, s.d.; MPO, 2003; Banaru et Perez, 2010; Caquet, 2012). Par ailleurs, un bio-
41
indicateur est efficace sil prsente une sensibilit spcifique trs forte par rapport un polluant ou
au contraire, sil prsente une forte rsistance face celui-ci et une capacit daccumulation leve
(Institut de veille sanitaire (INVS), 2005; Wacila, 2012; Banaru et Perez, 2010).
un niveau plus spcifique, lespce bio-indicatrice idale est abondante dans laire tudie, elle
prsente peu de variations saisonnires et son aire de rpartition gographique est importante, ce qui
permet de lutiliser sur une grande chelle gographique et temporelle (Wacila, 2012; Morin, 2006).
De plus, sa taxonomie, ses caractristiques biologiques et cologiques doivent tre bien connues
afin de permettre une interprtation fiable des rsultats. La prsence de lespce dans une vaste
gamme de milieux assure galement la possibilit de comparer des rsultats issus de lieux diffrents
(Genin et autres, 2003). Dans le mme ordre dides, la disponibilit des donnes historique
constitue un atout notable dans le cadre de la bio-indication (MPO, 2003). Par ailleurs, la rponse
observe suite la perturbation environnementale doit tre gale chez tous les individus de mme
ge ou de mme taille (Pinel-Alloul, 2005) et voluer de faon linaire en fonction de lintensit de
la perturbation (Caquet, 2012; MPO, 2003; Banaru et Perez, 2010). Enfin, noter que les espces
autochtones sont gnralement considres comme de meilleurs bio-indicateurs par rapport aux
espces exotiques qui sont plus comptitives, donc moins sensibles aux perturbations
environnementales (Morin, 2006).
Ceci dit, toutes ces caractristiques doivent tre mises en relation avec les diffrents paramtres du
cas ltude afin dtre intgres au processus de slection. Cest dans cette optique quont t
rdiges les prochaines sections du prsent chapitre.
3.2 Type de milieu ltude

En termes physico-chimiques, les diffrents types de cours deau et de plans deau diffrent
principalement quant au niveau de salinit, de la vitesse du courant, de la superficie et de la
profondeur (MDDEP, 2006). La faune et la flore qui colonisent les lacs, les rivires, les tangs, les
marais, les marcages et les estuaires prsentent donc des adaptations spcifiques aux diffrents
paramtres de leur milieu de vie. Ceci dit, chacune des sept catgories de bio-indicateurs prsentes
dans le prsent essai regroupe un ensemble dorganismes vivant dans tous ces types de milieu. De
ce fait, ce facteur de slection nest pas suffisamment discriminant pour tre pertinent dans le choix
de la catgorie de bio-indicateur utiliser. Cependant, le type de milieu ltude doit tre pris en
compte dans la slection de lespce afin de sassurer que le bio-indicateur slectionn peut de
42
prime abord tre observ dans le milieu tudi. De plus, pour pouvoir appliquer le concept dcart
la diffrence sous-jacent la bio-indication (voir le chapitre 1), il demeure essentiel davoir les
connaissances de base sur la distribution de lespce en conditions normales afin de sassurer que
lespce slectionne se retrouve normalement lendroit tudi.
3.3 Type de contaminant ou problmatique

Le type de contaminant ltude ou la problmatique quon veut cibler influence galement le
choix du bio-indicateur. En effet, les diffrentes catgories de bio-indicateurs prsentent une
sensibilit ou une rsistance face divers paramtres qui diffrent dune catgorie lautre. De plus,
certaines catgories de bio-indicateurs sont reconnues pour leur capacit de bioaccumulation ou de
bioamplification de divers contaminants, ce qui constitue galement un atout dans le cadre de la
bio-indication. Cette sous-section prsente les bio-indicateurs les plus adquats pour tudier les
principales problmatiques environnementales affectant les milieux aquatiques.
3.3.1 Pollution par les hydrocarbures

Les hydrocarbures comme le ptrole, les huiles et les graisses proviennent surtout des activits
dexploitation, de transport et de raffinement du ptrole. Lessence et les huiles automobiles
rpandues sur la chausse qui sont lessives par la pluie, de mme que les huiles uses jetes de
faon inadquate ou illgale entranent galement la contamination des milieux aquatiques. Les
hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), quant eux, proviennent entre autres de la
combustion des combustibles fossiles par les divers engins moteur, des dchets issus des
incinrateurs et des processus de production de coke, dasphalte et daluminium. (Blanger, 2009)
La fraction des hydrocarbures qui ne svapore pas durant les premires heures suivant les
dversements se comporte selon diffrentes phases, soit ltalement, lmulsification, la dissolution
et la sdimentation (Bertrand, 2012). Les premiers mtres suprieurs de la colonne deau et les
sdiments constituent les principales zones daccumulation dhydrocarbures, except en milieu
marin o la plupart des hydrocarbures flottent la surface (ITOPF, s.d.). De ce fait, ce sont les
organismes qui vivent dans les couches suprieures de la colonne deau, sur les fonds aquatiques ou
dans les sdiments qui sont les plus vulnrables. De plus, les communauts dorganismes dont la
mobilit est faible sont davantage affectes par les polluants, compte tenu du fait que le nombre
dindividus morts ne peut tre compens par limmigration dindividus provenant des zones non
atteintes (Sullivan et Jacque, 2003). Ceci dit, pour tre de bons bio-indicateurs, ces organismes
43
doivent galement prsenter une sensibilit importante lexposition aux hydrocarbures ou leurs
composantes chimiques (ITOPF, s.d.).
Bien que le phytoplancton et le zooplancton prsentent une certaine sensibilit aux hydrocarbures
(Sullivan et Jacque, 2003), lincertitude quant leur niveau dexposition due leurs dplacements
rguliers dans la colonne deau rduit leur efficacit en tant que bio-indicateurs. Les poissons, quant
eux, sont essentiellement sensibles aux hydrocarbures lors des stades juvniles (ITOPF, s.d.). De
plus, les espces de poissons vivant essentiellement dans les couches suprieures de la colonne
deau ou prs du fond des milieux aquatiques sont les bio-indicateurs les plus adquats (Sullivan et
Jacque, 2003). Par ailleurs, les oiseaux aquatiques sont galement trs sensibles la pollution par
les hydrocarbures, particulirement les oiseaux plongeurs tels que les cormorans et les pingouins
(Environnement Canada, 2013b; Sullivan et Jacque, 2003).
Les organismes vivant la surface des rochers et au fond de leau, quant eux, sont grandement
exposs aux hydrocarbures sdiments en raison de leur mode de vie (Sullivan et Jacque, 2003).
Les nombreuses tudes qui ont t menes sur les impacts environnementaux des accidents
ptroliers sur les macroinvertbrs benthiques ont dmontr que les crustacs, particulirement les
amphipodes et les coppodes, sont trs sensibles aux hydrocarbures, tandis que les polychtes et les
nmatodes sont beaucoup plus rsistants (Amiard et Amiard-Triquet, 2008). Dailleurs, Raymond
(2008), soutient que les crustacs amphipodes sont les plus vulnrables face ce type de pollution,
et que leur prsence ou leur absence constitue de ce fait lun des coindicateurs les plus
recommands. Toutefois, comme ceux-ci sont trs peu prsents sur les fonds rocheux, lanalyse de
la proportion des dtritivores, des suspensivores et des herbivores est une alternative envisageable
(Raymond, 2008). Les bivalves, quant eux, peuvent bioaccumuler les rsidus de produits
ptroliers adsorbs aux matires en suspension en raison de leur mode de vie filtreur
(Pelletier, 2013). Ainsi, ceux-ci permettent dvaluer la quantit dhydrocarbures prsents dans le
milieu.
3.3.2 Acidit
Lacidification des eaux de surface constitue un autre enjeu important dans le maintien de la qualit
de lenvironnement. Provoquant une forte rosion de la biodiversit, lacidification des milieux
aquatiques est gnralement cause par les prcipitations acides, les drainages miniers acides et,
44
dans une moindre mesure, lutilisation dengrais azots, les rejets urbains et industriels et les coupes
blanc des forts (Brahy, s.d.).
Pour valuer la pollution acide et ses impacts sur le biote, les bio-indicateurs utiliss doivent tre
slectionns sur la base de leur seuil de tolrance respectif face au pH acide. Chez les algues, les
impacts les plus importants surviennent lorsque le pH est infrieur 5.6, seuil partir duquel le
carbone inorganique essentiel la photosynthse spuise rapidement et disparat. Selon Pinel-
Alloul (2005), les algues seraient les bio-indicateurs les plus frquemment utiliss pour valuer la
pollution acide. Les oiseaux aquatiques, quant eux, se reproduisent normalement dans les milieux
o le pH est suprieur 5,5. (Lacoul et autres, 2011). Au niveau des macroinvertbrs, les
mollusques qui ont une coquille de calcaire sont affects par les pH infrieurs 7 puisque le
calcaire se dissout sous leffet de lacidit de leau, tel quexpliqu au chapitre prcdent. Puis,
plusieurs tudes ont dmontr que le zooplancton est galement sensible lacidification de leau.
Toutefois, en ce qui concerne les autres types de macroinvertbrs benthiques, les macrophytes, les
poissons et les bactries, la tolrance lacidification de leau varie significativement dune espce
lautre. Le critre de la sensibilit lacidification de leau ne permet donc pas de dterminer
laquelle de ces quatre catgories de bio-indicateurs est la plus approprie. Cest plutt au niveau du
choix de lespce bio-indicatrice quil faudra tenir compte de la sensibilit au pH acide.
3.3.3 Salinit
Selon la synthse bibliographique de Beisel et autres (2011), les niveaux de salinit globale entre
1 et 2 g/l constitueraient un seuil partir duquel les biocnoses sont affectes, bien que les auteurs
ncartent pas la possibilit que certains cosystmes aquatiques soient sensibles des
concentrations infrieures ce seuil. Une augmentation de la salinit engendre gnralement une
rduction de la richesse et de labondance des espces sensibles. Noter cependant que
laugmentation de la salinit de leau a principalement des effets nocifs dans les milieux deau
douce, tant donn que les organismes vivant en eaux sales sont beaucoup mieux adapts pour
supporter des niveaux de salinit levs. Comme chacune des sept catgories de bio-indicateurs
abordes dans le prsent essai regroupe des espces deau douce et deau sale, il est essentiel de
choisir des espces deau douce, qui ne sont pas adaptes aux milieux sals.
De faon gnrale, les groupes biologiques les plus tolrants laugmentation de la salinit de leau
sont les poissons adultes, les oiseaux et les macroinvertbrs. Les algues, le zooplancton
45
(particulirement les coppodes, les cladocres et les ostracodes) et les macrophytes, quant
eux, sont gnralement moins tolrants. Quant aux bactries, la sensibilit la salinisation de leau
est significativement variable dune espce lautre.
Il convient de mentionner que selon les donnes de 2011, peu de mthodes ont t dveloppes pour
valuer le niveau de salinit sur la base des communauts biologiques. Pour linstant, les outils les
mieux dvelopps pour obtenir une apprciation de la pollution saline, particulirement limpact des
chlorures, sont bass sur lanalyse des communauts de diatomes benthiques (algues benthiques).
Comme celles-ci sont particulirement sensibles la minralisation de leau, elles ragissent de
faibles augmentations de la salinit de lordre de 0,1 g/l. (Beisel et autres, 2011)
3.3.4 Surabondance dlments nutritifs

Lapport dlments nutritifs dans les milieux aquatiques est essentiellement d lagriculture, aux
rejets deaux uses municipales et rurales, ainsi quaux rejets industriels et aux exploitations
aquicoles et forestires (Environnement Canada, 2001). Lapport excessif dlments nutritifs dans
les milieux aquatiques entrane leutrophisation, cest--dire la croissance excessive des plantes et
des algues (IRSTEA, 2010). Laugmentation importante de la biomasse algale engendre alors une
augmentation de la turbidit de leau et peut mener la cration de conditions anoxiques
(Organisme des bassins versants (OBV) de la Capitale, 2014). linstar de ltude de la pollution
acide et saline, il est important de slectionner un bio-indicateur sensible la problmatique
souponne, soit dans ce cas-ci, leutrophisation des plans deau cause par lapport excessif de
nutriments.
De faon gnrale, les algues sont reconnues comme de bons bio-indicateurs de leutrophisation des
cours deau. Lexplication est simple : les algues convertissent lnergie lumineuse en biomasse par
la photosynthse, qui est limite par la quantit de nutriments disponibles dans le milieu
(CEVA, 2011). De ce fait, plus ces nutriments sont abondants, plus la biomasse algale augmente.
Suivant le mme raisonnement, les diatomes, en tant que producteurs primaires, reprsentent des
bio-indicateurs efficaces pour valuer la prsence de nutriments dorigine agricole, notamment
lapport de phosphore (Boissonneault, 2006).
Les bio-indicateurs de leutrophisation les plus connus demeurent nanmoins les cyanobactries. En
effet, comme la quantit de phosphore disponible constitue le principal facteur limitant leur
46
croissance, leur prolifration dpend directement de lapport de phosphore dans le milieu (Paerl et
autres, 2003).
Par ailleurs, leutrophisation influence galement le zooplancton. En effet, tel que mentionn dans
le chapitre prcdant, leutrophisation favorise la prolifration de la flore planctonique dont se
nourrit le zooplancton, ce qui engendre une augmentation de la biomasse zooplanctonique
(Drari, 2009). En contrepartie, lapparition dalgues toxiques engendre lintoxication du
zooplancton herbivore qui les consomme.
Enfin, leutrophisation favorise laugmentation la turbidit de leau, ce qui affecte particulirement

les macrophytes, et engendre la cration de zones anoxiques qui nuit significativement aux
communauts de macroinvertbrs benthiques et de poissons (voir la section 3.3.8). Ce faisant, les
oiseaux qui se nourrissent des plantes aquatiques et des invertbrs sont galement affects
(EPA, 2012b). Ceci dit, comme les effets subits par ces derniers sont plus indirects par rapport aux
autres catgories de bio-indicateurs, leur utilisation est moins conseille.
3.3.5 Pollution par les mtaux lourds

La pollution par les mtaux lourds est en grande partie cause par les rejets industriels et
domestiques, lactivit minire et les eaux de ruissellement contamines par les engrais et les
pesticides utiliss en agriculture (Blanger, 2009). Les caractristiques recherches chez les bio-
indicateurs pour analyser la pollution par les mtaux lourds sont soit une forte rsistance aux effets
des mtaux lourds accompagne dune capacit de bioaccumulation de ces mtaux, soit une
sensibilit importante face ceux-ci engendrant la disparition de ces espces sensibles au profit
despces rsistantes.
Selon Pinel-Alloul (2005), la pollution mtallique est souvent value via lutilisation des
macroinvertbrs. Ces derniers sont de trs bons bio-indicateurs de la concentration en mtaux
lourds (arsenic, cadmium, cobalt, chrome, cuivre, plomb et zinc), grce leur proximit par rapport
aux sdiments contamins et leur capacit de bioaccumulation (Harrag, 2012). Par exemple, les
isopodes et les amphipodes sont reconnus pour tre de grands bioaccumulateurs de cuivre, de fer, de
plomb et de zinc (NCSU, s.d.). De plus, les mollusques bivalves bioaccumulent fortement le cuivre,
le fer et le manganse, tandis que les mollusques gastropodes bioaccumulent davantage le cuivre et
le zinc (NCSU, s.d.). une chelle plus spcifique, des chercheurs franais ont dmontr
47
lefficacit des moules du genre Dreissena comme bio-indicateurs de la pollution mtallique
(IRSTEA, 2011). Noter cependant que certaines tudes tendent dmontrer que la relation entre la
concentration en mtaux dans les tissus des mollusques et la concentration des mtaux dans le
milieu ambiant varie selon le mtal considr et quelle est module par certains paramtres
biologiques, physiques et chimiques, qui doivent tre pris en compte lors de lanalyse des rsultats
(Environnement Canada, 2012). Certains macroinvertbrs benthiques peuvent galement tre
utiliss comme bio-indicateurs en raison de leur forte sensibilit aux mtaux lourds. En effet, les
tudes de Amiard et Amiard-Triquet (2008) ont dmontr que les larves de chironomes tendent
disparatre des zones contamines par les mtaux, tandis quelles atteignent des valeurs maximales
dans les sdiments peu ou pas contamins. loppos, les populations doligochtes tendent
augmenter dans les sdiments lacustres contamins par certains mtaux comme le cadmium, le zinc
et le chrome, et atteignent des valeurs minimales dans les sdiments peu ou pas contamins. Ce
phnomne sexplique par le fait que les oligochtes sont rsistants la pollution mtallique, tandis
que les chironomes y sont sensibles, ce qui influence labondance et la distribution de ces deux
groupes dinvertbrs benthiques. La proportion des oligochtes et des larves de chironomes
constitue donc un autre bio-indicateur de la pollution par les mtaux lourds.
Au niveau des macrophytes, les macroalgues et les bryophytes (mousses aquatiques) figurent parmi
les organismes les plus communment utiliss comme bio-indicateurs de la contamination
mtallique puisquelles prsentent une forte capacit de bioaccumulation de plusieurs diffrents
mtaux lourds (Casas et autres, s.d.; Genin et autres, 2003; NCSU, s.d.; Harrag, 2012), linstar de
la plupart des bactries (Zakaria et autres, 2004).
De plus, la plupart des algues et du zooplancton (particulirement les foraminifres) sont galement
sensibles la prsence de mtaux lourds (Drari, 2009; Debenay et autres, 2000; EPA, 2012a;
Boissonneault, 2005).
Par ailleurs, les mtaux lourds qui sont bioaccumuls dans les organismes la base du rseau
trophique sont bioamplifis chaque chelon de la chane alimentaire. De ce fait, les grands
prdateurs comme les poissons et les oiseaux constituent galement des bons bio-indicateurs de la
prsence de ces mtaux lourds dans le milieu ltude (Blanger, 2009). Toutefois, noter que les
effets sont visibles plus long terme, compte tenu du fait que le phnomne de bioamplification
travers les chelons du rseau tropique se produit sur une chelle de temps plus grande.
48
Somme toute, les sept catgories de bio-indicateurs abordes dans cet essai peuvent tre utilises
pour diagnostiquer la pollution par les mtaux lourds, mais le type danalyses effectuer est
diffrent, ce qui affecte les cots (voir la section 3.6.2). Il est donc important den tenir compte lors
de la slection du bio-indicateur utilis.
3.3.6 Pollution organique

Les polluants organiques persistants sont des composs qui, diffrents degrs, perdurent dans les
cosystmes aquatiques, qui peuvent tre bioaccumuls dans les tissus adipeux des organismes
aquatiques et qui peuvent causer de srieux dommages aux cosystmes (Kayalto, 2009;
Blanger, 2009). Les bio-indicateurs de la contamination organique doivent rpondre lun ou
lautre des critres suivants : prsenter la capacit de bioaccumuler les contaminants organiques et
de rsister fortement leurs effets nfastes, ou, au contraire, prsenter une grande sensibilit face
la contamination organique, qui se traduit par des symptmes physiologiques ou morphologiques,
ou par la diminution de leur abondance (voire leur absence) au profit despces rsistantes.
Selon Pinel-Alloul (2005), les algues et les protozoaires (organismes unicellulaires faisant partie du
zooplancton) sont, de faon gnrale, les organismes les plus souvent utiliss comme bio-
indicateurs de la pollution dorigine organique. Dailleurs, les algues constituent la principale voie
dentre de certains contaminants organiques dans la chane alimentaire, notamment le BPC
(Blanger, 2009). Au niveau de la pollution par les pesticides, les communauts diatomiques sont
sensibles certains herbicides viticoles, tels que le diuron, et quelques fongicides phytosanitaires
(azoxystrobine, carbendazine, procymidone, etc.) (Delmail, s.d.). Par ailleurs, certains antibiotiques
bactricides comme lacide oxolinique peuvent galement tre bioaccumuls dans les rserves
lipidiques des mousses aquatiques (Delmail, s.d.).
Au niveau des macroinvertbrs benthiques, un exemple de bio-indicateurs frquemment abord

dans la littrature est celui des exuvies nymphales, qui peuvent tre utilises pour valuer la
pollution dominance organique dans les cours deau (Genin et autres, 2003). De plus, le
pseudohermaphrodisme chez les gastropodes femelles de la famille des Prosobranches et
lpaississement de la coquille des hutres constituent de bons bio-indicateurs de la prsence de
TBT dans le milieu tudi. (Blanger, 2009)
49
Concernant les poissons, la bioaccumulation des composs organochlors est surtout observe chez
les espces territoriales ou non migratrices, telles que le brochet et lachigan grande bouche
(Phillips and Rainbow, 1993; Environnement Canada, 2012). De plus, certaines tudes ont
dmontr que lexposition du poisson-demoiselle (Pomacentrus aboinensis) aux pesticides
organochlors lui cause des problmes importants, tels que la malformation de la colonne vertbrale
ou la mortalit des embryons et le rtrcissement de la larve, qui peuvent tre utiliss comme bio-
indicateurs (Kerckhove, 2012).
Puis, tel que mentionn dans la section prcdente, les oiseaux de proie sont reconnus comme
bioaccumulateurs de DDT (Donguy, 2007), tandis que les oiseaux piscivores ont tendance
accumuler les pesticides organochlors comme le BPC (Turgeon, 2006).
Enfin, en ce qui concerne les bactries, le relev de la littrature rvle que plusieurs tudes sont
menes sur la capacit des bactries biodgrader les polluants organiques toxiques. Cependant,
aucune tude attestant de leur potentiel en tant que bio-indicateur de ce type de pollution na t
trouve lors des nombreuses recherches effectues dans le cadre de cet essai.
3.3.7 Contamination microbienne

Les bio-indicateurs privilgis pour dtecter la contamination microbiologique de leau sont les
coliformes fcaux, la bactrie Escherichia coli (E. coli) et les entrocoques. En effet, leur prsence
constitue un bon indicateur de lintensit de la pollution dorigine fcale et de la prsence de
microorganismes pathognes dans les cours deau (COBAMIL, s.d.). Dans ce contexte, les
bactries sont donc les bio-indicateurs de prdilection puisquaucune autre catgorie de bio-
indicateurs noffre des rsultats aussi directs et concluants quant ce type de pollution.
3.3.8 Anoxie
La quantit doxygne dissout varie en fonction de diffrents paramtres, soit notamment le
brassage par le vent, lactivit photosynthtique des vgtaux et la temprature de leau, qui est
directement affecte par la profondeur, donc par le taux de sdimentation. De plus, la quantit de
matire organique constitue un autre facteur important puisquelle dtermine le taux doxygne
consomm par les microorganismes dcomposeurs (dAuteuil, 2014). Loxygne dissout est
gnralement essentiel la survie de la faune et de la flore aquatique. Cependant, les exigences
propres aux diffrentes espces sont variables.
50
Pour tre pertinents et adquats, les bio-indicateurs slectionns pour valuer cette problmatique
doivent tre sensibles la teneur en oxygne de leau ou, au contraire, tre en mesure de subsister
dans des milieux ou le taux doxygne est trs faible. Ainsi, lanalyse de la composition des
communauts, cible sur la prsence ou labsence des bio-indicateurs sensibles et rsistants, permet
de dresser un portrait de la problmatique. Le relev de la littrature rvle que les principaux
organismes utiliss comme bio-indicateurs de la teneur en oxygne sont les macroinvertbrs
benthiques et les poissons. Toutefois, la sensibilit au niveau doxygnation est trs variable selon
les espces. Chez les macroinvertbrs benthiques, la plupart des espces soient sensibles au dficit
doxygne dans leau (Boissonneault, s.d.). Toutefois, certains groupes comme les chironomids et
les sangsues ont la capacit de sacclimater en rgissant leur absorption doxygne, ce qui les rend
plus tolrant la diminution du taux doxygne (CCME, 1999). Au niveau des poissons, un
appauvrissement important en oxygne aura des impacts notables sur le comportement et la survie
des espces ncessitant une bonne oxygnation des cours deau (Kerckhove, 2009; NCSU, s.d.). Par
exemple, les poissons de la famille des salmonids ont besoin dune eau trs oxygne pour
survivre (Touzin, 2008). Cependant, certaines espces comme le tilapia et le poisson-chat sont
beaucoup moins affectes par le manque doxygne, ce qui leur permet de survivre dans des milieux
trs peu oxygns (Popma and Masser, 1999; Heath, 1995).
3.4 Localisation de la contamination ou de la problmatique

Lors du choix du bio-indicateur, il faut galement prendre en considration la localisation de la
contamination ou de la problmatique ltude, puisque la concentration dun contaminant ou
lintensit dune problmatique peut tre significativement diffrente dans les sdiments et dans
leau libre (Harrag, 2012). De ce fait, il importe de tenir compte du mode de vie des diffrents bio-
indicateurs puisquil reflte leur exposition relle au contaminant tudi. Toutefois, ce facteur de
slection nest pertinent que lorsque lintensit de la problmatique tudie peut varier selon la zone
o elle est observe (sdiments ou colonne deau), excluant ainsi les problmatiques dacidification
et de salinisation qui sont seulement observables au niveau de la colonne deau.
3.4.1 Sdiments
Les organismes vivant dans ou sur les sdiments sont affects par les divers polluants accumuls
dans ces sdiments. De plus, les organismes se nourrissant du benthos auquel les particules
polluantes peuvent sadsorber sont directement affects par la pollution au niveau des sdiments
(Kerckhove, 2012; Blanger, 2009). De ce fait, il est recommand dutiliser des organismes
51
benthiques (algues benthiques, macroinvertbrs benthiques et bactries benthiques) ou dtritivores
comme les polychtes et les crustacs (Banaru et Perez, 2010; Blanger, 2009). Dans cette optique,
certaines espces de poissons plats et relativement sdentaires tels que les poissons plats du type
limande ou flet (Cabane, 2007), de mme que les espces doiseaux qui consomment des
organismes et des vgtaux benthiques. Enfin, les macrophytes sont galement de bons bio-
indicateurs de ce type de contamination, car ils puisent les contaminants prsents dans les sdiments
par leur systme racinaire (dAuteuil, 2014).
3.4.2 Colonne deau

Les bio-indicateurs qui sont les plus indiqus pour valuer les problmatiques affectant la colonne
deau doivent tre en contact avec les particules en suspension, soit grce leur mode de vie filtreur
ou leur prsence dans la colonne deau ou la surface de leau.
Dune part, laccumulation de polluants mesure chez les organismes qui filtrent leau reflte la
concentration des contaminants solubles prsents dans la colonne deau (Blanger, 2009). Par
exemple, les macroinvertbrs benthiques filtreurs comme les bivalves absorbent les contaminants
sous formes dissoutes et particulaires (Banaru et Perez, 2010). Les phanrogames aquatiques
(macrophytes), quant eux, ont galement la capacit dassimiler les sources dissoutes de
contaminants (Haury et autres, 2001).
Dautre part, les poissons, les algues et le zooplancton, qui vivent dans la colonne deau, sont
exposs aux polluants libres ou adsorbs aux particules en suspension. Les oiseaux aquatiques qui
nagent la surface de leau ou qui plongent pour capturer les poissons sont galement exposs aux
contaminants dans la colonne deau.
3.5 Porte temporelle et gographique de ltude

Les renseignements fournis par les bio-indicateurs sinscrivent dans une matrice de donnes
spatiotemporelle. Par consquent, lespace et le temps constituent des paramtres trs importants
prendre en compte afin de choisir un bio-indicateur appropri (Kerckhove, 2009). De plus,
lvolution temporelle et la distribution spatiotemporelle des diffrents types de bio-indicateurs
influencent leur exposition aux diffrentes perturbations. Ces facteurs affectent donc leur pertinence
en tant que bio-indicateurs selon le contexte et la problmatique ltude.
52
3.5.1 Frquence de la mesure
Plus lcosystme ltude est dynamique, plus les processus physico-chimiques et biologiques
agissent une brve chelle temporelle. Les prlvements doivent donc tre effectus une
frquence plus leve pour tre en mesure dapprcier adquatement les changements qui
surviennent. En dautres termes, la frquence de prlvement dfinit la prcision temporelle avec
laquelle les processus physico-chimiques et biologiques sont observs au sein de la colonne deau
(Souissi, s.d.).
Ce principe fait en sorte que la dynamique du milieu ltude impose la frquence

dchantillonnage. Dans le cas o la dynamique du milieu est leve, il est important
dchantillonner une frquence leve afin de bien percevoir lvolution des paramtres
indicateurs. Il est donc pertinent dutiliser des bio-indicateurs qui ragissent rapidement aux
perturbations et qui prsentent un cycle de vie rapide. Dans ce contexte, il est donc pertinent
dutiliser les macrophytes, le zooplancton, les algues, les bactries et les larves dinsectes
(macroinvertbrs) comme bio-indicateurs. Noter qu lexception des larves dinsectes, la
composition et la structure des populations de macroinvertbrs benthiques voluent gnralement
un peu plus lentement (dAuteuil, 2014). linverse, les bio-indicateurs dont le cycle de vie est
gnralement plus lent, soit les oiseaux et les poissons, devraient tre privilgis lorsque la
dynamique du milieu ltude impose une frquence dchantillonnage plus faible.
Enfin, il est important de noter que la frquence des prlvements influence invitablement les
cots de transport (Hamel, 2010).
3.5.2 Dimensionnalit des effets tudis

Il est essentiel dutiliser des bio-indicateurs dont la longvit concorde avec la dimensionnalit des
effets tudis pour que les rsultats soient fiables et valides. Ainsi, les bio-indicateurs situs au bas
de la chane alimentaire, qui prsentent gnralement une courte dure de vie permettent dvaluer
efficacement les impacts qui surviennent sur une courte priode (Boissonneault, 2005). Dans ce cas,
lutilisation des algues, du zooplancton, des macroinvertbrs benthiques (surtout les larves
dinsectes), des bactries, des macrophytes annuels et des espces de poissons de petite taille est
donc tout indique. linverse, pour tre en mesure dobserver les effets long terme des
perturbations, il est important de slectionner un bio-indicateur dont la dure de vie est
suffisamment longue, qui sont gnralement positionns un niveau trophique lev, soit les
53
poissons, les oiseaux et certains macroinvertbrs benthiques tels que les mollusques (Blanger,
2009). Il convient galement de choisir des bio-indicateurs qui ont la capacit de bioaccumuler les
contaminants, dont notamment les mollusques bivalves et les poissons, et ceux qui subissent le
phnomne de bioamplification des contaminants, soit essentiellement les poissons prdateurs et les
oiseaux piscivores (Kerckhove, 2012).
De plus, lchelle de temps impose par le type dimpacts ltude dtermine le niveau
dorganisation qui devrait tre observ. En effet, pour valuer les impacts qui surviennent de faon
instantane ou dans un dlai de lordre de quelques jours suite une perturbation, ce sont les
indicateurs de types biochimiques, physiologiques ou morphologiques qui devront tre observs.
Les impacts sur le cycle de vie (dveloppement, comportement, reproduction, etc.), quant eux,
seront observables une chelle temporelle de quelques jours quelques semaines, tandis que les
impacts au niveau des communauts (liens trophiques, disparition despces, dominance, etc.)
seront gnralement observs une chelle mensuelle ou annuelle. Enfin, les effets cosystmiques,
tels que la modification de la structure et de la dynamique des communauts, pourront tre observs
sur une chelle de plusieurs annes ou quelques dcennies. (Caquet, 2012)
3.5.3 Priode dchantillonnage

Dans le cadre de la biosurveillance, lefficacit et la valeur scientifique de lchantillonnage de
certains bio-indicateurs dpendent fortement du moment auquel celui-ci est ralis. Il faut
notamment tenir compte de laccessibilit et du cycle de dveloppement des individus
(Environnement Canada, 2012). De ce fait, les macroinvertbrs devraient tre chantillonns
lautomne puisque cest la priode laquelle la richesse taxonomique est accrue. Or, il est
prfrable dchantillonner les macrophytes, oiseaux, le zooplancton et les algues au printemps, car
cest gnralement cette priode que la croissance des populations est maximale.
En ce qui concerne les bactries et les poissons, il ny a pas de priode dchantillonnage plus
favorable en termes de reprsentativit et de validit des rsultats, puisque la priode de
reproduction est trs variable dune espce lautre. Il est donc important de tenir compte de la
priode de reproduction lors de la slection de lespce qui sera utilise comme bio-indicateur.
54
3.5.4 tendue de la mesure
Lamplitude gographique du milieu ltude constitue galement un facteur important prendre
en considration lors du choix du bio-indicateur utilis. Les caractristiques cls values chez les
bio-indicateurs potentiels sont la mobilit et la rpartition puisquelles dterminent leur exposition
aux effluents locaux (Environnement Canada, 2012).
Lorsque la problmatique ltude implique dvaluer les effets dune perturbation sur la totalit
dun cosystme, les poissons peu territoriaux et les oiseaux peuvent tre utiliss comme bio-
indicateurs puisque leur mobilit en fait de bons intgrateurs sur une chelle spatiale plus
importante. linverse, dans le cas o ltude porte sur lvaluation dun microhabitat cibl, il est
essentiel de choisir un bio-indicateur trs peu mobile afin dobtenir un portrait le plus reprsentatif
des conditions locales et de minimiser le risque dinclure des variables confondantes. Ainsi, il est
pertinent dutiliser comme bio-indicateurs les macroinvertbrs benthiques, particulirement les
espces sessiles telles que les bivalves, les macrophytes et les poissons trs territoriaux qui habitent
dans le milieu ltude pendant la totalit de leur cycle de vie. De plus, la mobilit pratiquement
nulle des bio-indicateurs qui vivent sur les substrats, soit essentiellement les algues benthiques et la
plupart des bactries, en fait de bons bio-indicateurs dans le cadre dtudes cibles sur des habitats
prcis et de faible superficie. Enfin, les catgories dorganismes qui drivent au gr des courants,
cest--dire les algues planctoniques et le zooplancton, peuvent tre utilises comme bio-indicateurs
de la qualit des habitats dont la superficie est restreinte dans les eaux calmes renouvellement lent
telles que les lacs, les tangs, les marais et les marcages, et comme bio-indicateurs de la qualit des
habitats plus largis dans les eaux courantes telles que les rivires et les fleuves.
Comme le temps de sjour dans les diffrentes zones considres influence galement lexposition
aux effluents locaux, les espces migratrices ne constituent pas des bio-indicateurs adquats, sauf si
les caractristiques locales (barrages, obstacles naturels, changements dans lhabitat, etc.) limitent
efficacement leurs dplacements. (Environnement Canada, 2012)
une chelle plus spcifique, il faut tenir compte de la rpartition de lespce bio-indicatrice
slectionne. Celle-ci doit possder une aire de rpartition qui correspond lhabitat tudi dans son
entier. Il est donc essentiel de mener pralablement des investigations concernant la rpartition
gographique des espces bio-indicatrices potentielles afin de sassurer quelles reprsentent
adquatement toute la communaut en place (Kerckhove, 2012).
55
3.6 Budget disponible
Le budget disponible constitue un autre facteur important considrer puisque les stratgies
dchantillonnage, de mme que le matriel et les techniques danalyse en laboratoire varient selon
le bio-indicateur utilis. De faon gnrale, les frais relis la mise en oeuvre des suivis biologiques
se rapportent essentiellement lachat dquipement, le transport du matriel et des chantillons, les
analyses en laboratoire et lembauche dexperts et de techniciens (Hamel, 2010). Bien quils soient
relativement levs dans certains cas, les cots dutilisation des bio-indicateurs peuvent tre
compenss par les bnfices obtenus, ce qui justifie leur utilisation du point de vue financier.
3.6.1 quipement et matriel dchantillonnage

Lquipement ncessaire lchantillonnage reprsente une part importante du budget. De faon
gnrale, le matriel de terrain comprend des jumelles, un compteur-enregistreur, une balance, un
vernier coulisse (voir la figure 3.1 ci-dessous), un GPS, diffrentes cartes gographiques et
hydrologiques, un carnet de terrain, et des formulaires standardiss distribus aux observateurs afin
de compiler les rsultats (Hamel, 2010).
Figure 3.1 Vernier coulisse (tire de: Gouvernement du Manitoba, 1999, p. H-19)
Dune part, le cot de lchantillonnage est influenc par la mobilit des bio-indicateurs utiliss. En
effet, le recours des bio-indicateurs qui ont une grande mobilit, entre autres les oiseaux et les
poissons, ncessite de couvrir un large territoire. Cela implique donc lutilisation dengins de
56
transport plus labors et plus coteux, ainsi quun temps de transport et une quantit de carburant
accrus.
Dautre part, lchantillonnage des bio-indicateurs de trs petite taille (bactries, algues,
zooplancton) ncessite gnralement du matriel de capture plus simple et moins coteux, comme
les bouteilles de prlvement de type Van Dorn (voir la figure 2.1 prsente la section 2.3.3) et les
sacs dchantillonnage striliss. En comparaison, lchantillonnage des bio-indicateurs de plus
grande taille est plus coteux. Lchantillonnage des poissons requiert des engins de pche plus
sophistiqus qui reprsentent un cot supplmentaire non ngligeable. Les diffrents types de filets
ncessaires pour le prlvement des macroinvertbrs benthiques reprsentent galement un
investissement notable, quoique moins substantiel. Le cot du matriel dchantillonnage des
macrophytes et des oiseaux varie largement selon la technique dchantillonnage utilise, tel que
dmontr dans les sections correspondantes au chapitre 2.
3.6.2 Matriel et procdures danalyse en laboratoire

Lanalyse en laboratoire des diffrents bio-indicateurs requiert gnralement du matriel de base tel
quun microscope, des pinces, des plats de ptri et des agents de conservation.
Dune part, les cots danalyse varient en fonction de la ncessit dappliquer des protocoles
complexes impose par la nature du bio-indicateur. De ce fait, les bactries se dmarquent au
niveau de la complexit du matriel et des procdures danalyse en laboratoire, notamment en
raison des conditions de mise en culture et de la ncessit de striliser tout lquipement.
Dautre part, le type dindications que fournissent les diffrentes catgories de bio-indicateurs
influence les techniques danalyse en laboratoire, de mme que le matriel utilis. En effet, les bio-
indicateurs dont lanalyse des chantillons est base sur labsence et la prsence des diffrents
taxons requiert peu de matriel et de manipulations. En comparaison, les bio-indicateurs utiliss
pour leur capacit de bioaccumulation ou de bioamplification (macroinvertbrs benthiques
bivalves, bryophytes, poissons et oiseaux) impliquent des analyses en laboratoire plus pousses afin
de dterminer la concentration en polluants dans les diffrents tissus et organes analyss.
57
3.6.3 Embauche de spcialistes
Dune part, les cots relis lutilisation des diffrentes catgories de bio-indicateurs varient en
fonction de la complexit de lidentification des taxons. De ce fait, comme la taxonomie des algues
est relativement complexe (particulirement la diffrenciation des espces de diatomes), le travail
didentification des spcimens rcolts lors des chantillonnages requiert limplication de
spcialistes (Hamel, 2010). linverse, lidentification des autres groupes de bio-indicateurs est
gnralement plus simple, donc les cots dembauche de spcialistes pour lidentification sont
rduits.
Dautre part, les cots varient galement entre les catgories de bio-indicateurs selon la complexit
des manipulations sur le terrain et en laboratoire. En plus de la ncessit de conserver tout le
matriel strile, lensemble des manipulations et des procds mettre en oeuvre pour
lchantillonnage et la mise en culture des bactries en font donc des bio-indicateurs plus coteux
en termes dembauche de spcialistes. En comparaison, cet investissement supplmentaire nest pas
ncessaire lors de lutilisation des autres catgories de bio-indicateurs
3.6.4 Obtention de permis

Comme lobtention dun permis est ncessaire pour la capture de certaines espces protges ou
dont lexploitation est contrle, le budget ncessaire pour lutilisation des diffrents bio-indicateurs
est variable. En effet, lchantillonnage de certaines espces de poissons, doiseaux, de crustacs et
de mollusques ncessite lobtention dun permis auprs du MDDEFP, ce qui implique une
augmentation des fonds ncessaires pour lutilisation de ces types de bio-indicateurs.
(MDDEFP, 2009)
58
4. OUTIL DAIDE LA DCISION
Les facteurs de slection dcrits et analyss dans le chapitre prcdent ont servi la conception dun
loutil daide la dcision labor grce au logiciel de programmation Microsoft Access dans le but
de permettre lutilisateur de savoir quel(s) type(s) de bio-indicateur il devrait utiliser en fonction
du contexte environnemental et des objectifs du projet, des ressources disponibles et des contraintes
financires et spatio-temporelles. Cet outil informatis simplifie grandement le processus de
slection puisquil permet dintgrer tous les facteurs de slection en quelques clics seulement.
Ainsi, la personne charge de la slection du bio-indicateur utiliser nest pas laisse elle-mme
face un texte thorique aride qui dcrit lefficacit des diffrents bio-indicateurs en fonction de
facteurs compartiments. La principale valeur ajoute de cet outil est quil permet de standardiser,
dobjectiver et de crdibiliser le processus de slection. En effet, sa conception est fonde sur des
faits scientifiques dmontrs qui ne sont pas sujets linterprtation, et le fait quil soit trs simple
dutilisation fait en sorte que tous les usagers lutiliseront de la mme faon.
Cet outil constitue la suite logique des deux chapitres prcdents puisquil intgre les diffrents
facteurs considrer dans le choix dun bio-indicateur et les caractristiques propres chaque
catgorie de bio-indicateur. Le prsent chapitre vise expliquer au lecteur comment utiliser loutil
et interprter les rsultats obtenus. Pour avoir accs loutil en question, communiquer par courriel
avec Vronique Benoit-Chabot ladresse suivante : Veronique.benoit-chabot@Usherbrooke.ca.
4.1 Notes sur la programmation de loutil

Dabord, la cration dun outil informatis a t privilgie puisque les nombreux facteurs de
slection considrer et les multiples dclinaisons de chacun deux faisaient en sorte que les outils
de type logigramme ou Cmap taient trs lourds visuellement et conceptuellement. Ensuite, le
logiciel Microsoft Access a t utilis plutt que le logiciel Microsoft Excel, car il permet de
concevoir des outils plus accessibles, cest--dire plus simples dutilisation, et plus intressants
visuellement. Par ailleurs, dans le but de contrler son utilisation, loutil est programm de faon
ce que seul le concepteur puisse y apporter des modifications. Lutilisateur ne peut donc pas
modifier le contenu du programme ni les fonctions programmes. Enfin, le travail de
programmation de loutil a t ralis en collaboration avec un spcialiste en programmation
informatique afin den maximiser la qualit et lefficacit.
59
4.2 Description gnrale de loutil
Linformation concernant chaque catgorie de bio-indicateurs est rsume dans sept fiches
descriptives correspondant respectivement aux sept catgories de bio-indicateurs. Dans chacune de
ces fiches, plusieurs commentaires sont indiqus, entre parenthses, titre indicatif. Ceux-ci visent
essentiellement apporter des prcisions quant la correspondance entre le bio-indicateur concern
et les diffrents critres de recherche.
La recherche seffectue laide dun questionnaire compos de huit questions qui renvoient aux
facteurs de slection :
1. Quel est le type de contaminant ou la problmatique l'tude?
a. Pollution par les hydrocarbures
b. Acidit
c. Salinit
d. Surabondance dlments nutritifs
e. Pollution par les mtaux lourds
f. Pollution organique
g. Contamination bactrienne
h. Anoxie
2. Quelle est la localisation de la contamination l'tude?

a. Sdiments
b. Colonne deau
3. quelle frquence avez-vous la possibilit d'effectuer l'chantillonnage?

a. Quotidiennement
b. Hebdomadairement
c. Mensuellement
d. Annuellement
4. Quelle est la dimension temporelle des effets tudis?

a. Court terme (0 6 mois)
b. Moyen terme (entre 6 mois et 1 an)
c. Long terme (plus dun an)
60
5. quelle priode de l'anne avez-vous la possibilit d'effectuer l'chantillonnage?
a. Printemps
b. Automne
c. Aucune limitation
6. Quelle est la superficie de l'habitat ou du milieu l'tude?

a. Restreinte (25 m2 ou moins)
b. largie (plus de 25 m2)
7. Quel est le budget disponible pour effectuer l'chantillonnage?

a. Faible (moins de 1 000$)
b. Moyen (entre 1 000$ et 3 000$)
c. lev (entre 3 000$ et 5 000$)
d. Trs lev (plus de 5 000$)
8. Quel est le budget disponible pour effectuer les analyses en laboratoire?

a. Nul (0$)
b. Faible (moins de 1 000$)
c. Moyen (entre 1 000$ et 2 000$)
d. lev (plus de 2 000$)
Les choix de rponse aux diffrentes questions correspondent aux dclinaisons possibles selon les
caractristiques des diffrentes catgories de bio-indicateurs. Noter que lchelle de grandeur
propose dans les choix de rponse des questions 7 et 8 est base sur une valuation approximative
fonde sur la revue de la littrature. Pour la question 6, le seuil de 25 m2 a galement t tabli de
faon approximative, tant donn que le but de cette question est essentiellement de discriminer les
bio-indicateurs sur le fait quils sont mobiles ou non. Ce seuil correspond une estimation du
dplacement moyen des organismes trs peu mobiles ou sessiles.
4.3 Instructions de base pour lutilisation de loutil

Cette section vise expliquer les instructions de base pour lutilisation de loutil. Les captures
dcran prsentes lannexe 2 permettent dimager ce que lusager verra lcran lorsquil
utilisera ledit outil.
61
louverture du programme, un menu principal permet lutilisateur de consulter les fiches
descriptives des sept catgories de bio-indicateurs ou de faire une recherche. Pour connatre la (les)
catgorie(s) de bio-indicateurs approprie(s) son projet, lutilisateur doit cliquer sur loption
Faire une recherche . Le formulaire de recherche contenant les huit questions prsentes dans la
section 4.2 saffichera lcran. Ensuite, il doit indiquer ses critres de recherche en cochant les
choix de rponse qui correspondent son projet, puis lancer la recherche en cliquant sur Lancer la
recherche au bas du formulaire. Les catgories de bio-indicateurs qui rpondent tous les critres
apparatront lcran. En cliquant sur le bouton Dtails , lutilisateur peut avoir accs la fiche
descriptive du bio-indicateur correspondant (voir les fiches descriptives des sept catgories de bio-
indicateurs prsentes lannexe 1). Noter quil est important de prendre connaissance des
commentaires inscrits entre parenthses afin de poursuivre adquatement le processus de slection
lchelle de lespce bio-indicatrice.
Il convient de mentionner que les rsultats obtenus grce cet outil demeurent globaux, en ce sens
o, une chelle aussi large que la catgorie (oiseaux, bactries, algues, zooplancton, macrophytes,
poissons et macroinvertbrs benthiques), le niveau de prcision demeure trs faible. Nanmoins,
cet outil permet de faciliter, dacclrer et duniformiser la premire tape du processus de slection
des bio-indicateurs, soit le tri lchelle de la catgorie, ce qui permet daffiner la liste des
indicateurs potentiels. De plus, la valeur ajoute de cet essai rside dans le fait que les facteurs de
slection identifis sappliquent toutes les tapes du processus de slection, cest--dire du choix
de la catgorie de bio-indicateurs jusquau choix de lespce utilise. Ltape suivante consiste donc
dterminer dans quelle mesure chaque sous-catgorie, chaque famille et chaque espce rpond aux
critres de slection. Cette dmarche ncessite un examen beaucoup plus approfondi de la littrature
et des recherches spcifiques ces diffrents niveaux dorganisation, ce qui reprsente un travail
considrable qui outrepasse le mandat du prsent essai. La collaboration de biologistes et dautres
spcialistes en gestion de lenvironnement demeure donc essentielle pour complter le processus de
slection. De plus, dans le cas de certains programmes dvaluation de la qualit dun milieu
aquatique, il pourrait tre utile de faire intervenir les diffrentes parties prenantes du projet afin
dlaborer et dintgrer dautres critres de slection, portant sur des aspects sociaux ou politiques
par exemple (Burger et autres, 2006).
Le chapitre 2 constitue galement un soutien additionnel puisquil prsente quelques exemples

despces frquemment utiliss dans le domaine de la bio-indication pour chacune des catgories de
62
bio-indicateurs. Le chapitre 3, quant lui, fournit des indications supplmentaires quant aux
paramtres plus spcifiques prendre en considration lors du choix de lespce bio-indicatrice, tels
que le dbit deau, le type de milieu (eau douce, saumtre ou sale), la rpartition gographique des
espces, etc.
4.4 Complmentarit des bio-indicateurs

Dabord, la notion de complmentarit entre les diffrents bio-indicateurs est importante prendre
en considration lors du processus de slection. En effet, il est possible dutiliser un assemblage de
bio-indicateurs, condition de bien les choisir. Ainsi, mme si chaque bio-indicateur ne rpond pas
tous les critres de slection, chacun doit en respecter un certain nombre, et ce, de faon
complmentaire (Hamel, 2010). Autrement dit, une fois que les bio-indicateurs rpondant au plus
grand nombre de critres sont choisis, il faut complter la srie par des bio-indicateurs qui
rpondent aux critres non satisfaits lors de la phase de slection prcdente (MPO, 2003). De ce
fait, si lutilisateur de loutil dvelopp dans le cadre du prsent chapitre nobtient aucun rsultat en
fonction de ses critres de slection, il peut observer quelles catgories de bio-indicateurs sont
exclues de la slection lorsquil ajoute successivement ses diffrents critres et utiliser cette
information pour slectionner diffrentes catgories de bio-indicateurs rpondant de faon
complmentaire ses critres de recherche.
Ensuite, il est important de noter que pour avoir un portrait global de la qualit dun milieu
aquatique, il est ncessaire dutiliser un assemblage de plusieurs bio-indicateurs complmentaires.
Le principe rside dans le fait que les diffrents bio-indicateurs utiliss fournissent des informations
diffrentes. Par exemple, les perturbations de lhabitat peuvent tre dtectes par lutilisation des
invertbrs benthiques, tandis que les diatomes fournissent davantage dinformations quant aux
perturbations physico-chimiques de leau (Boissonneault, 2006). De plus, comme le temps de
rponse suite aux perturbations varie dun bio-indicateur lautre, il est possible dlaborer un
programme de suivi sur une chelle de temps plus complte. Par exemple, les diatomes sont des
indicateurs de pollution court terme, contrairement plusieurs espces doiseaux et de poissons
qui fournissent plutt des indications plus long terme (Boissonneault, 2006). Dans le mme ordre
dides, lutilisation simultane de plusieurs bio-indicateurs sensibles des perturbations diffrentes
et intgrant la pollution sur des laps de temps diffrents permet davoir un portrait global des
perturbations. Banaru et Perez (2010) soulignent galement quil est important dutiliser plusieurs
bio-indicateurs situs des niveaux trophiques diffrents et qui couvrent tous les types dhabitats
63
prsents dans le milieu ltude. Ce principe sapplique aussi au niveau dorganisation des bio-
indicateurs slectionns : pour poser un diagnostique prcis et complet, il est important davoir
recours des indicateurs reprsentatifs des diffrents niveaux dorganisation, soit de lchelle
cellulaire (biomarqueurs) jusqu la lchelle de la population (coindicateurs).
Par ailleurs, NCSU (s.d.) soutient que labsence simultane de plusieurs espces qui prsentent des
niveaux de tolrance similaires face une perturbation, qui vivaient pralablement dans le milieu,
mais qui appartiennent des ordres diffrents est plus indicatrice que labsence dune seule espce.
Il est possible de mettre profit toutes ces notions dans lutilisation du prsent loutil en modifiant
les critres de recherche de faon obtenir les rsultats correspondant aux multiples contextes.
Ainsi, la pluralit des possibilits dagencement des diffrents paramtres de recherche permet
dobtenir une liste de plusieurs bio-indicateurs potentiels combiner.
4.5 Amlioration continue de loutil

Loutil qui fait lobjet du prsent chapitre a t labor sur la base des connaissances disponibles et
des notions thoriques reconnues comme valables la date de sa cration. Une mise jour de son
contenu devra donc tre effectue en fonction des avances et des dcouvertes scientifiques.
64
5. IMPACTS POTENTIELS DUN MAUVAIS CHOIX DE BIO-INDICATEUR
Afin de dmontrer limportance de procder une analyse et une rflexion approfondies et
rigoureuses lors du processus de slection dun bio-indicateur, ce chapitre prsente les principaux
impacts potentiels aux niveaux conomique, environnemental et sociopolitique que pourrait
engendrer lutilisation dun bio-indicateur inadquat.
5.1 Impacts conomiques

Les impacts conomiques de la slection dun mauvais bio-indicateur sont perceptibles plusieurs
niveaux. Cette sous-section prsente les principales implications conomiques que peut reprsenter
lutilisation dun bio-indicateur inadquat.
5.1.1 Cots inutiles de lutilisation dun bio-indicateur inappropri

Lutilisation dun bio-indicateur qui ne permet pas dinterprter adquatement la (ou les)
problmatique(s) ltude reprsente une perte de temps et dargent. Ces pertes sont non
ngligeables puisque le cot des mthodes de bio-indication, en termes dquipement et de salaire,
est un aspect crucial considrer dans la mesure o les ressources disponibles sont gnralement
limites (Morellet, 2008). Dailleurs, selon Schauer (2006), il est prfrable de ne pas utiliser
dindicateur plutt que davoir recours un indicateur inappropri puisque ce dernier implique du
travail et des cots inutiles.
5.1.2 Pertes financires dues la mise en oeuvre dactions inutiles ou inadquates

Choisir un bio-indicateur adquat permet de concentrer les efforts de mesure sur des paramtres qui
prsentent un rel besoin de mesure ou de suivi et de dterminer les actions prioritaires (Tarrier et
Delacre, 2007; Marzin, 2013). Ainsi, les gestionnaires sont en mesure de rationaliser les cots et de
rpondre de faon plus approprie aux attentes du public (Hmidy et autres, s.d.). Les rsultats
obtenus grce au bio-indicateur slectionn permettent donc dobjectiver les dcisions en termes de
gestion des milieux naturels (Guy, 2007). De ce fait, la slection dun bio-indicateur inadquat
risque damener les gestionnaires investir dans des programmes de gestion inadquats ou inutiles
et dengendrer des pertes financires significatives.
5.1.3 Investissements non judicieux dans la restauration de milieux jugs non prioritaires
Les gestionnaires ont galement besoin de bio-indicateurs pertinents pour cibler les milieux
dgrads et les restaurer (Schmidt-Lain, 2008). Par consquent, lutilisation de mauvais bio-
65
indicateurs peut orienter les actions de restauration en faveur de milieux non prioritaires, ce qui
reprsente des dpenses supplmentaires peu judicieuses compte tenu des cots levs des
programmes de restauration (Vincent, 2007).
5.1.4 Perte de ressources

Le recours un bio-indicateur inadquat peut galement mener une mauvaise interprtation de la
qualit et de la disponibilit des ressources. Lorsquune mauvaise connaissance de ltat de ces
ressources occasionne linaction des gestionnaires, la perte de ressources implique des pertes
conomiques considrables selon la gravit de la situation. Dailleurs, les impacts conomiques
seront majeurs lorsque le renouvellement des ressources est compromis (Lvque et
Mounolou, 2008). Ce principe sapplique particulirement aux poissons et aux crustacs, compte
tenu du fait que la pche constitue une activit rcrative et conomique importante (Vindimian et
Garric, 1993).
5.2 Impacts environnementaux

La slection dun mauvais bio-indicateur peut galement avoir plusieurs impacts au niveau
environnemental. Cette sous-section vise donc prsenter les principaux impacts environnementaux
que peut engendrer lutilisation dun bio-indicateur non adapt aux besoins de ltude ou du
programme de suivi.
5.2.1 Aggravation dune problmatique environnementale non dcele ou dtecte trop tard
Lutilisation dindicateurs biologiques rpond une problmatique essentiellement applique, dans
la mesure o lobjectif vis est de poser un diagnostic en vue dlaborer un programme de gestion
ou de restauration. Lorsque les bio-indicateurs slectionns sont pertinents et efficaces, ils
permettent de dtecter de manire prcoce les problmatiques environnementales afin den prvenir
les consquences cologiques (Dauvin et autres, 2006). Lutilisation dun bio-indicateur inadquat
ne permet pas latteinte de ces objectifs. Par consquent, certaines problmatiques
environnementales pourraient ne pas tre dceles ou tre dtectes aprs un dlai important, ce qui
se traduit par des impacts environnementaux qui auraient pu tre vits par la slection dun bio-
indicateur plus adquat. Noter que la rversibilit de ces impacts est dterminante dans lvaluation
des dommages subits.
66
5.2.2. Non atteinte relle des objectifs de restauration
Les bio-indicateurs permettent galement de mesurer lvolution de la qualit dun milieu dans le
cadre dun programme de restauration. Les indicateurs sont donc des outils importants pour les
gestionnaires afin dajuster les actions mises en oeuvre et ainsi favoriser latteinte des rsultats
(Initiative sur le partage des connaissances et le dveloppement des comptences (IPCDC), 2013;
Valavi et autres, 2010). Par consquent, la slection de bio-indicateurs inadquats risque de fournir
un portrait erron de la situation qui peut mener une mauvaise interprtation de lefficacit des
actions poses, ce qui nuit latteinte des objectifs de restauration.
5.2.3 Autorisation de projets dpassant la capacit de support du milieu rcepteur

Comme ils fournissant des renseignements sur le niveau de pollution prsent dans un milieu, les
bio-indicateurs peuvent tre utiliss pour tablir la capacit de support dun milieu en termes de
projets de dveloppement ou dexploitation. Dans le mme ordre dides, les bio-indicateurs
renseignent sur la durabilit environnementale de ces diffrents projets (Holt and Miller, 2011). Or,
la slection dun mauvais bio-indicateur peut engendrer une valuation errone de ltat dun milieu
et ainsi mener les gestionnaires autoriser la mise en oeuvre de certains projets polluants en pensant
tort que le niveau de pollution est faible. Cela contribue augmenter le niveau de pollution au-
del de la capacit de support du milieu rcepteur.
5.2.4 Disparition despces sensibles aux perturbations non dtectes

Dans le cas o la gestion des cosystmes serait base sur des bio-indicateurs inadapts, certaines
perturbations environnementales pourraient ne pas tre dtectes. De ce fait, les organismes
sensibles ces perturbations pourraient tre affects de faon importante, voire disparatre (Holt and
Miller, 2011).
5.3 Impacts sociopolitiques

Certaines problmatiques dordre social ou politique peuvent galement tre provoques par la
slection dun mauvais bio-indicateur. Cette dernire sous-section prsente les principales
consquences qui peuvent tre constates au niveau sociopolitique.
5.3.1 Perte de crdibilit des gestionnaires

Pour tre utile et efficace, le bio-indicateur choisi doit dabord tre pertinent, cest--dire quil doit
avoir la capacit de rpondre la mesure voulue et tre judicieux en termes de cots et de bnfices
67
(Delorme et Chatelain, 2005). Comme la slection dun bio-indicateur non pertinent peut avoir
plusieurs effets indsirables aux niveaux conomique, environnemental et sociopolitique, la
crdibilit des gestionnaires risque fortement dtre remise en question par le public et les
diffrentes institutions lorsque les bio-indicateurs slectionns savrent tre non pertinents.
5.3.2 Frustrations et inquitudes au sein du public

Dans certains cas, les gestionnaires peuvent dcider de rejeter un bio-indicateur pertinent en raison
du cot dutilisation trop lev et dutiliser un bio-indicateur moins coteux (dAlmeida et Said-
Hassani, 2006). Toutefois, si ledit bio-indicateur avait pour objectif dvaluer une problmatique
qui prsente le risque daffecter significativement la population, certaines incomprhensions,
frustrations et inquitudes peuvent tre souleves au sein du public.
Dans le mme ordre dide, comme le risque datteinte la sant peut demeurer lev mme si le
degr dexposition un polluant est trs faible, plusieurs sont conscients quil peut y avoir un effet
mme si aucun signe de contamination nest observ, ce qui amne une augmentation de la pression
socitale (Hmidy et autres, s.d.). Les attentes du public sont donc de plus en plus grandes quant
la performance des programmes de surveillance de lenvironnement, ce qui accrot les frustrations
et les inquitudes lorsquun bio-indicateur se rvle inadquat.
Par ailleurs, du point de vue thique et constitutionnel, chacun a le droit de savoir quels produits
chimiques sont prsents dans son environnement (IPEN, s.d.). La slection dun mauvais bio-
indicateur peut donc mener une dsinformation du public, ce qui va lencontre de ce droit
fondamental. Cette problmatique peut avoir des rpercussions diffrentes selon le cas. Dune part,
le fait de transmettre des informations errones aux diffrents acteurs de leau peut mener une
modification des comportements de faon plus restrictive que ncessaire et ainsi crer un sentiment
de frustration. Dautre part, la propagation dinformations errones peut galement modifier les
comportements de faon plus permissive, ce qui risque dengendrer un laisser-aller qui aura
ventuellement des consquences sur la qualit du milieu de vie des personnes concernes.
Enfin, les bio-indicateurs slectionns doivent tre en mesure de rpondre aux besoins exprims par
la socit (dAlmeida et Said-Hassani, 2006). Si les gestionnaires ne tiennent pas compte de cet
lment et quils slectionnent des bio-indicateurs ne permettant pas de diagnostiquer les
problmatiques qui proccupent le public, les gens pourraient ressentir un manque de considration
68
ou attribuer ces dcisions un manque de comptence. De plus, la confiance du public envers les
gestionnaires pourrait sen trouver affecte, de mme que la crdibilit de ces gestionnaires.
5.3.3 Perte du patrimoine naturel

Les perturbations environnementales nayant pas t dceles ou qui sont dtectes trop tard en
raison de lutilisation dun bio-indicateur inadquat sont susceptibles de causer la disparition de
certains organismes, tel que mentionn prcdemment, ce qui constitue une perte en termes de
patrimoine naturel. (Tarrier et Delacre, 2007)
5.3.4 Dpassement de seuils rglementaires ou non-respect de la rglementation

Lutilisation dun mauvais bio-indicateur peut galement se traduire par des impacts
environnementaux non compatibles avec la rglementation en vigueur ou les chances du cadre
politique (Delorme et Chatelain, 2005). Cette problmatique constitue une aberration du point de
vue lgal et pourrait soulever certaines indignations auprs des environnementalistes.
5.3.5 Atteinte la sant de la population

Comme certaines problmatiques environnementales ont des rpercussions sur la sant publique, la
slection dun bio-indicateur inapte diagnostiquer ces problmatiques risque de causer des effets
indsirables chez les personnes exposes. Par exemple, les gens qui se baignent dans un lac o la
prolifration de cyanobactries na pas t dtecte risquent de dvelopper une dermatite. Or, ils
auraient pu tre pargns de ce dsagrment sils avaient t informs du risque sanitaire. Dans la
mme optique, si le bio-indicateur choisit ne permet pas de dtecter la contamination des poissons
en mtaux lourds, la sant des consommateurs peut sen trouver grandement affecte. Il est donc
important de porter une attention particulire aux organismes qui font partie du rgime alimentaire
de la population (Vindimian et Garric, 1993).
69
6. SOURCES DE BIAIS POTENTIELLES CONSIDRER
Une fois que le processus de slection est complt et que lespce bio-indicatrice adquate est
slectionne, certaines sources de biais peuvent tout de mme altrer la qualit des rsultats obtenus.
Ce dernier chapitre se veut donc un rsum des principaux facteurs de biais considrer lors de la
dfinition des programmes de surveillance et de linterprtation des rsultats. De plus, ces lments
sont analyss de faon mettre de lavant les moyens de rduire leur influence sur les rsultats.
6.1 Qualit du travail dchantillonnage et du traitement des chantillons

La premire source de biais prendre en considration lors de linterprtation des rsultats est la
qualit et la prcision du mode opratoire des personnes charges dchantillonner les bio-
indicateurs et de traiter les chantillons en laboratoire. Selon Environnement Canada (2012),
lerreur dchantillonnage est gnralement la principale cause de lincertitude inhrente aux
mesures environnementales. En effet, comme il existe une multitude de protocoles diffrents et que
la rigueur de travail varie dune personne lautre, lanalyse de la qualit dun milieu ne saurait tre
ralise sans tenir compte de ces lments (Charrette, 1979; Banaru et Perez, 2010). Cela implique
que la slection dun bio-indicateur adquat nassure pas ncessairement lobtention de rsultats
valides et fiables. Dans cette optique, il est recommand davoir recours des modes opratoires
labors par des organismes de normalisation (Environnement Canada, American Environmental
Protection Agency, etc.), de fournir une formation complte et adquate au personnel, de sassurer
que le matriel utilis est appropri, en bon tat et talonn correctement, puis de contrler la
qualit du travail effectu sur le terrain et en laboratoire (ONEMA, 2012; Environnement
Canada, 2012).
6..2 Variabilit intraspcifique

La variabilit intraspcifique constitue galement une source de biais importante puisquelle
influence la valeur indicatrice des spcimens chantillonns. (Kerckhove, 2012). Les deux sous-
sections qui suivent expliquent succinctement les principales diffrences qui peuvent tre observes
lchelle des individus et des populations.
6.2.1 Diffrences observables entre les individus

Le premier facteur de biais en lien avec la variabilit intraspcifique se rapporte aux diffrences
observables entre les individus. En effet, certaines caractristiques intrinsques des rcepteurs
modulent lintensit de lexposition, laccumulation, la toxicocintique et la toxicit des polluants.
70
Dune part, lge et le sexe des individus dterminent plusieurs traits dordre physiologiques,
biologiques et cologiques qui influencent leur rponse face aux perturbations. Par exemple, les
diffrences en termes de rgime alimentaire et de comportement (choix de territoire, recherche de
nourriture, etc.) induites par le sexe et lge peuvent fortement influencer lexposition des individus
aux polluants, modulant ainsi la quantit de polluants bioaccumuls. Dans le mme ordre dides,
lge des individus peut galement influencer le degr dexposition aux polluants persistants et la
mise en place de mcanismes de dfense. Dautre part, la variabilit gntique observable entre les
individus peut influencer les mcanismes dassimilation et dexcrtion des polluants, modifier leur
capacit de bioaccumulation ou engendrer une acclimatation physiologique, ce qui affecte leur
pouvoir indicateur. (Fritsch, 2010; Brajot, 2004; Perez et autres, 2000)
Compte tenu de ces lments, il est crucial de sassurer de la validit statistique du programme
dchantillonnage lors de son laboration et de la puissance statistique des analyses effectues.
6.2.2 Diffrences observables entre les populations

Le second facteur de biais li la variabilit intraspcifique rside dans le fait que les impacts
observs suite aux perturbations peuvent varier dune population lautre. Ce phnomne
sexplique essentiellement par les diffrences observables en termes de dynamique des populations,
de composition des communauts en place et de structure des rseaux trophiques. En effet, ces
paramtres peuvent moduler le transfert des polluants dans les chanes alimentaires, en fonction
notamment de la capacit de bioaccumulation des espces composant les diffrents niveaux
trophiques et de la longueur de la chane trophique (Fritsch, 2010). Par ailleurs, les pressions
exerces sur les populations des diffrents habitats peuvent engendrer une diffrenciation gntique
entre les populations. De ce fait, il est probable que celles-ci prsentent des rponses diffrentes de
croissance et de mortalit lorsquelles sont soumises la prsence de polluants (Vanderpoorten et
Serisiaux, 2003). Enfin, dans le mme ordre dides, loccurrence de phnomnes dacclimatation
ou dadaptation au sein de certaines populations peut galement engendrer des diffrences entre les
populations en termes de rponse aux perturbations (Fritsch, 2010).
Bien quil soit difficile dchapper ces sources de confusion et de biais, il est possible de rduire
leur influence sur les rsultats en faisant preuve dune grande rigueur lors de la collecte de donnes
et de linterprtation des rsultats : il faut prendre en considration tous les paramtres biotiques et
abiotiques du milieu ltude, en portant une attention particulire la dynamique de population et
71
au fonctionnement du rseau trophique, en plus de tenir compte de lhistoire volutive du milieu et
de lespce bio-indicatrice utilise.
6.3 Fiabilit des modles de rfrence

Le principe fondamental de la bio-indication repose sur le concept dcart la rfrence, tel
quexpliqu au chapitre 1. La fiabilit du modle de rfrence est donc cruciale puisque celui-ci sert
de rfrentiel pour linterprtation des rsultats fournis par les bio-indicateurs utiliss. De ce fait, si
les donnes utilises pour tablir le modle de rfrence sont peu robustes en termes de qualit et de
vracit, la valeur des conclusions tablies suite aux analyses sen trouve directement affecte et ce,
malgr la pertinence du bio-indicateur slectionn. Le meilleur moyen dliminer de facteur de biais
est donc de sassurer dutiliser des bases de donnes fiables, compltes et mises jour
rgulirement, afin dtablir des modles de rfrence fiables.
6.4 Complexit didentification des relations de cause effet

Les organismes aquatiques vivent dans des systmes complexes o ils sont soumis plusieurs stress
qui peuvent agir simultanment, voire de faon synergique. De plus, les fluctuations saisonnires et
annuelles engendrent une variabilit naturelle des communauts (ONEMA, 2012). La
comprhension des liens de causalit entre les diffrents facteurs de stress et les changements
observs chez les bio-indicateurs est ncessaire pour diagnostiquer une problmatique sur la base
des bio-indicateurs et distinguer les effets cumulatifs de plusieurs facteurs de stress (Environnement
Canada, 2013b). Cependant, ces liens de causalit peuvent tre dlicats tablir (Hamel, 2010), ce
qui peut affecter la valeur dun bio-indicateur. En effet, comme la prsence ou labsence dune
espce dpend avant tout des conditions biotiques et abiotiques du milieu, le bio-indicateur
slectionn ne fournit des rsultats significatifs que lorsque linfluence de ces paramtres est carte
(Brulez, 2013).
Pour pallier le plus possible cette problmatique, il est recommand dutiliser la mthode du poids
de la preuve qui facilite ltablissement des liens de causalit entre les facteurs de stress et leurs
effets sur les organismes. Cette mthode consiste regrouper linformation provenant de diffrents
lments de preuve. La force du lien de causalit est value grce un ensemble de critres, dont
notamment la corrlation spatiale, la corrlation temporelle, lexistence dun mcanisme plausible,
la vrification exprimentale, la spcificit et la preuve dexposition. Une pondration des critres
en fonction de leur importance relative pour une valuation donne peut tre ralise dans le cas o
72
certains critres ne peuvent pas tre satisfaits ou si les rsultats des critres sont incompatibles.
(Environnement Canada, 2013c)
De plus, il est important dintgrer les facteurs de confusion potentiels dans la conception de ltude
pour tre en mesure dvaluer leur influence au moment de linterprtation des donnes
(Environnement Canada, 2012; Vindimian et Garric, 1993). Cela permet de prendre en
considration linterfrence des facteurs naturels et historiques de lhabitat lors de lanalyse de la
qualit dun milieu au moyen dindicateurs biologiques (Charrette, 1979).
Vindimian et Garric (1993) recommandent galement de prlever un grand nombre dchantillons

en amont et en aval des points de rejet tudis, de tenir compte de lensemble du bassin versant et
de procder une description approfondie des stations dchantillonnage pour bien saisir le
fonctionnement de lhydrosystme ltude. Enfin, il est ncessaire de raliser de nombreuses
mesures dans le temps et de disposer de donnes historiques afin de comprendre et discerner les
facteurs de variation naturelle des communauts (Vindimian et Garric, 1993).
73
CONCLUSION
La qualit de leau est un enjeu trs important au Qubec sur les plans environnemental,
conomique et sociopolitique. De ce fait, la gestion des cosystmes aquatiques doit tre efficace et
efficiente afin dassurer un suivi rigoureux de la qualit de leau et de mettre en oeuvre des actions
favorisant la protection et, le cas chant, la restauration de ces milieux. Le choix des indicateurs
revt donc une grande importance puisque les dcisions des gestionnaires sont essentiellement
orientes par les diffrents indicateurs utiliss. Les principaux types dindicateurs
environnementaux qui peuvent tre utiliss sont les indicateurs physico-chimiques et les indicateurs
biologiques, aussi appels bio-indicateurs. Ces derniers se dfinissent globalement comme des
organismes permettant de caractriser ltat dun cosystme et de mettre en vidence de faon
prcoce les perturbations de leur habitat grce des variables biochimiques, cytologiques,
physiologiques, thologiques ou cologiques. Leur typologie varie selon leur mcanisme daction,
leur niveau dorganisation biologique et le type de changements observables. Les sept catgories de
bio-indicateurs qui peuvent tre utiliss pour valuer la qualit des cosystmes aquatiques sont les
macroinvertbrs benthiques, les poissons, les algues, le zooplancton, les macrophytes, les bactries,
et les oiseaux. Cependant, la valeur indicatrice de ces diffrentes catgories de bio-indicateurs
dpend du contexte dans lequel ceux-ci sont utiliss.
Le relev de la littrature rvle nanmoins une lacune importante au niveau de lutilisation des bio-
indicateurs, soit labsence de lignes directrices pour encadrer le processus de slection. Cette
problmatique constitue une entrave non ngligeable la gestion adquate des cosystmes
aquatiques puisquil en rsulte que certains bio-indicateurs peuvent tre slectionns sur la base de
critres subjectifs ou ambigus, altrant ainsi leur valeur relle en tant que bio-indicateurs. Cette
rflexion a donc orient le choix du sujet de cet essai, soit les facteurs prendre en considration
dans le processus de slection des bio-indicateurs. Lobjectif gnral tait de fournir aux
gestionnaires un cadre normatif afin de standardiser le processus de slection des bio-indicateurs de
la qualit des milieux aquatiques et ainsi assurer une gestion adquate de ces milieux. Pour y
parvenir, deux objectifs spcifiques ont t dfinis afin dorienter le travail de recherche et de
rdaction. Le premier objectif spcifique tait de crer un outil permettant dobjectiver le processus
de slection des bio-indicateurs qui soit utilisable par tous les gestionnaires des milieux aquatiques
et dans tous les contextes. Toutes les recherches effectues et lanalyse rigoureuse des informations
colliges ont permis de conceptualiser un outil informatis simple dutilisation et utilisable dans un
large ventail de contextes. Cet outil, programm laide du logiciel Microsoft Access, se substitue
74
littralement au processus dcisionnel en recherchant, parmi les sept catgories de bio-indicateurs
de la qualit de leau, celle(s) qui rpond(ent) aux besoins de lutilisateur. Ce dernier na qu
indiquer les paramtres de son projet dans un questionnaire conu cet effet, puis lancer la
recherche afin de connatre la (les) catgorie(s) de bio-indicateurs la (les) plus adquate(s) pour la
mise en oeuvre de son projet. Le premier objectif spcifique est donc atteint. Ensuite, le second
objectif spcifique tait de dmontrer limportance de respecter un processus de slection objectif et
rigoureux pour sassurer que les bio-indicateurs utiliss soient appropris et adquats pour
lvaluation de la qualit des cosystmes aquatiques. La meilleure stratgie pour atteindre cet
objectif consistait dmontrer que la slection dun bio-indicateur inadquat peut avoir plusieurs
impacts ngatifs non ngligeables. Une revue de la littrature a donc t effectue dans le but de
mettre en vidence les principaux impacts aux niveaux conomique, environnemental et
sociopolitique que peut engendrer lutilisation de bio-indicateurs inadquats. Le chapitre 5, rdig
sur la base de ces renseignements, permet de dmontrer aux gestionnaires limportance de respecter
un processus de slection rigoureux et objectif afin dviter les consquences indsirables dun
mauvais choix de bio-indicateur. Le second objectif spcifique est donc galement atteint. Ainsi,
comme les deux objectifs spcifiques ont t atteints, lobjectif gnral de lessai est considr
comme atteint.
Somme toute, plusieurs lments importants sont retenir. Dabord, comme le concept de la bio-
indication est fond sur la mesure dcarts la rfrence, il est essentiel davoir une connaissance
approfondie du fonctionnement naturel des cosystmes tudis, exempts de toute perturbation
dorigine anthropique ou soumis des pressions de trs faible intensit. De plus, pour tre en
mesure dutiliser adquatement les diffrents bio-indicateurs, il est important de comprendre la
notion de niche cologique et despces polluosensibles et polluorsistantes, les phnomnes de
bioaccumulation, de bioamplification et de bioconcentration et le concept dindice biotique.
Ensuite, linterprtation des renseignements fournis par les bio-indicateurs ncessite absolument
une trs bonne connaissance de la biologie, de lcologie, de lhistoire volutive et de la rpartition
spatiale des espces utilises. De plus, les caractristiques propres chaque catgorie de bio-
indicateurs, telles que leur longvit, leur cycle de vie, leur sensibilit aux polluants et leur
mcanisme de raction face aux perturbations, dterminent la porte de leur valeur indicatrice ainsi
que la mthodologie et les cots relis leur utilisation. De ce fait, il est essentiel de tenir compte
de tous ces lments dans le processus de slection des bio-indicateurs. Noter que la porte des
75
analyses prsentes dans le prsent essai est restreinte lchelle des catgories de bio-indicateurs,
puisquil aurait t impensable de mener ces investigations lchelle de lespce compte tenu du
nombre despces aquatiques existantes. Ceci dit, la valeur de cet essai rside dans le fait que les
facteurs de slection identifis sappliquent toutes les tapes du processus de slection, cest--
dire du choix de la catgorie de bio-indicateurs jusquau choix de lespce utilise.
Par ailleurs, comme il nexiste pas de bio-indicateur universel, il est important de choisir celui qui
convient le mieux selon le contexte des diffrentes tudes. Cinq principaux facteurs doivent tre
considrs. Dabord, il faut tenir compte du type de milieu ltude. En effet, comme les divers
milieux aquatiques diffrent en termes de dbit deau, de profondeur, de superficie et de niveau de
salinit, certaines espces se retrouvent naturellement dans un ventail de milieux trs restreint.
Cependant, ce facteur nest gnralement pas suffisamment discriminant lchelle de la catgorie
de bio-indicateurs. Il sapplique donc essentiellement lors du choix de lespce bio-indicatrice. Le
second facteur considrer est le type de contaminant ou de problmatique ltude (pollution par
les hydrocarbures, acidit, salinit, surabondance dlments nutritifs, pollution par les mtaux
lourds, pollution organique, contamination microbienne ou anoxie). En effet, il est important de
slectionner des bio-indicateurs dont le mode de vie accrot leur exposition la perturbation tudie,
et qui prsentent une sensibilit ou, au contraire, une rsistance notable face ladite perturbation.
Ensuite, il faut galement tenir compte de la localisation de la contamination ou de la problmatique
(sdiments ou colonne deau). Les bio-indicateurs dont le milieu de vie correspond la zone
affecte seront donc les plus reprsentatifs de la contamination ou de la problmatique tudie. Le
quatrime facteur prendre en considration est la porte temporelle et gographique de ltude.
Dune part, la rapidit du cycle de vie, la dure de vie et la priode de reproduction doivent
concorder avec les paramtres temporels de ltude, soit la frquence et la priode
dchantillonnage ainsi que la dimensionnalit des effets tudis. Dautre part, le niveau de mobilit
et la rpartition gographique les bio-indicateurs utiliss doivent tre cohrents avec lamplitude
gographique du milieu ltude. Enfin, le dernier lment influenant le choix des bio-indicateurs
utiliss est le budget disponible. En effet, les cots relis lchantillonnage et aux analyses en
laboratoire varient selon la mobilit et la taille des bio-indicateurs utiliss, ainsi quen fonction de la
difficult didentification taxonomique, de la complexit des manipulations en laboratoire et de la
ncessit de striliser le matriel ou dobtenir un permis municipal ou gouvernemental. Il importe
donc de choisir des bio-indicateurs dont les cots dutilisation sont acceptables compte tenu du
budget disponible.
76
Afin de faciliter lintgration de tous ces lments dans le processus de slection des bio-indicateurs,
il est fort utile davoir accs un outil daide la dcision. Loutil informatis qui a t cr dans le
cadre du prsent essai permet lutilisateur de savoir quel(s) type(s) de bio-indicateur il devrait
utiliser en fonction du contexte environnemental et des objectifs du projet, des ressources
disponibles et des contraintes financires et spatio-temporelles. Ainsi, les gestionnaires ne sont pas
laisss eux-mmes face des textes thoriques arides qui dcrivent lefficacit des diffrents bio-
indicateurs en fonction de facteurs compartiments. La principale valeur ajoute de cet outil est
quil permet de standardiser, dobjectiver et de crdibiliser le processus de slection. Ce faisant, il
permet de combler une lacune importante au niveau de lutilisation des bio-indicateurs dans la
gestion des cosystmes aquatiques.
La slection dun bio-indicateur inadquat peut engendrer plusieurs consquences dplorables. Du

point de vue conomique, lutilisation dun mauvais bio-indicateur peut entraner des cots inutiles
lis lutilisation de bio-indicateurs inappropris, des pertes financires dues la mise en oeuvre
dactions inutiles ou inadquates, de mme que des investissements non judicieux dans la
restauration de milieux jugs non prioritaires et une perte de ressources. Au niveau environnemental,
le recours des bio-indicateurs inadquats peut mener laggravation dune problmatique
environnementale non dcele ou dtecte trop tard, lautorisation de projets menant un
dpassement de la capacit de support du milieu rcepteur et la disparition despces sensibles aux
perturbations non dtectes, en plus de nuire latteinte relle des objectifs de restauration. Puis, les
impacts potentiels au niveau lchelle sociopolitique sont notamment la perte de crdibilit des
gestionnaires, la perte du patrimoine naturel, le dpassement des seuils rglementaires ou un non-
respect de la rglementation, en plus dengendrer des frustrations et des inquitudes au sein du
public et de nuire la sant de la population.
Bien que la standardisation du processus de slection favorise lutilisation de bio-indicateurs

appropris et adquats, il existe certaines sources de biais potentielles qui peuvent altrer la qualit
des rsultats. Il est donc important de considrer celles-ci lors de la dfinition des programmes de
surveillance et de linterprtation des rsultats. Les principaux facteurs prendre en compte sont la
qualit du travail dchantillonnage et du traitement des chantillons, la variabilit intraspcifique
lchelle des individus et des populations, ainsi que la fiabilit des modles de rfrence et la
complexit didentification des relations de cause effet. Il est possible de rduire linfluence de ces
77
sources de biais en suivant des protocoles normaliss, en offrant une formation complte et
adquate au personnel, en utilisant du matriel appropri, en bon tat et talonn correctement, puis
en sassurant de la validit statistique des programmes dchantillonnage et de la puissance
statistique des analyses effectues. De plus, il est important de faire preuve dune grande rigueur
lors de la collecte de donnes et de linterprtation des rsultats, cest--dire de prendre en
considration tous les paramtres biotiques et abiotiques du milieu ltude, de porter une attention
particulire la dynamique de population et au fonctionnement du rseau trophique, et de tenir
compte de lhistoire volutive du milieu et de lespce bio-indicatrice utilise. Enfin, il est essentiel
dutiliser des bases de donnes fiables, compltes et mises jour rgulirement, afin dtablir des
modles de rfrence fiables, et dutiliser des outils efficaces tels que la mthode du poids de la
preuve pour tablir avec plus de certitude les liens de causalit entre les facteurs de stress et leurs
effets sur les organismes.
En conclusion, il est important de souligner que le prsent essai peut galement servir doutil pour
valuer si les bio-indicateurs utiliss dans le cadre de projets raliss dans le pass ou en cours de
ralisation sont adquats, et ainsi raligner le tir, le cas chant.
78
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98
ANNEXE 1 : FICHES DESCRIPTIVES DES SEPT CATGORIES DE BIO-INDICATEURS
DE LA QUALIT DES COSYSTMES AQUATIQUES
1) Macroinvertbrs benthiques
2) Poissons
99
3) Algues
4) Zooplancton
100
5) Macrophytes
6) Bactries
101
7) Oiseaux
102
ANNEXE 2 : CAPTURES DCRAN PERMETTANT DILLUSTRER LES DIFFRENTES
TAPES DUTILISATION DE LOUTIL INFORMATIS
1) Menu principal saffichant louverture du programme
103
2) Questionnaire remplir par lutilisateur en fonction de son projet
3) Exemple de rsultat apparaissant lcran lorsque la recherche est lance
104

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LES FACTEURS DE SLECTION DES BIO-INDICATEURS DE LA QUALIT DES

COSYSTMES AQUATIQUES : LABORATION DUN OUTIL DAIDE LA DCISION

Essai prsent au Centre universitaire de formation

Sous la direction de Monsieur Rjean de Ladurantaye

Anthropisation Modification visible ou mesurable de toute activit humaine sur un

Bioaccumulation Processus par lequel les substances chimiques sont intgres et

Bioamplification Augmentation, chaque maillon de la chane alimentaire, de la

Biocnose Communaut despces animales ou vgtales en quilibre

Bioconcentration Accumulation d'une substance dans un organisme vivant, des

Biodisponibilit Dsigne la fraction dune substance ayant la possibilit dtre

Biofilm Couche de microorganismes, dans une matrice solide, qui se forme

Bio-indicateur Organisme ou ensemble dorganismes qui, par rfrence des

Biosurveillance Utilisation du vivant pour surveiller lvolution, des modifications,

Biote Tout tre vivant (CNRTL, 2012).

Colonne deau Espace deau vertical stendant de la surface au fond de la mer ou

Conductivit Capacit conduire le courant lectrique (Environnement

Dtritivore Terme qualifiant les animaux qui se nourrissent de dtritus

Eutrophisation Enrichissement deaux naturelles en lments nutritifs, en particulier

Exosquelette Enveloppe chitineuse de certains invertbrs tels que les insectes ou

Facteur abiotique Ensemble des facteurs physico-chimiques dun cosystme

Indice biotique valuation quantitative de la qualit des cosystmes sur la base de

Marnage Amplitude des mares (CNRTL, 2012).

Msotrophe Se dit d'un milieu de capacit nutritive moyenne. Qualificatif des

Niche cologique Lensemble des facteurs biotiques et abiotiques optimisant la survie

Oligotrophe Se dit d'un milieu pauvre en substances nutritives (Office qubcois

Organisme polluorsistant Se dit dun organisme pouvant vivre en eau pollue

Organisme polluosensible Se dit dun organisme exigeant en termes de qualit de leau. Sa

Organochlor Compos organique de synthse, comportant au moins un atome de

Suspensivore Animal aquatique qui se nourrit des matires en suspension

Taxon Regroupement conceptuel de tous les organismes vivants possdant

Trophie Charge en lments nutritifs dun cosystme (IRSTEA, 2010).

Turbidit La turbidit dsigne le caractre trouble de leau d la prsence de

Zone photique Zone qui reoit suffisamment de lumire pour permettre la

1.1 Dfinition du concept de bio-indication

1.2 Utilisation des bio-indicateurs

1.3 Dfinition des concepts sous-jacents

1.3.1 Niche cologique

1.3.2 cart la rfrence

1.3.3 Espces polluosensibles et polluorsistantes

1.3.4 Bioaccumulation, bioamplification et bioconcentration

1.3.5 Indice biotique

1.4 Typologie des bio-indicateurs

1.4.1 Classification selon le mcanisme daction

1.4.2 Classification selon le niveau dorganisation biologique

Ensuite, lchelle des organismes, les bio-indicateurs correspondent aux changements

1.4.3 Classification selon le type de changements observables

2.1 Macroinvertbrs benthiques

De plus, plusieurs macroinvertbrs benthiques ont la capacit de bioaccumuler divers polluants, ce

2.1.2 Principaux facteurs dinfluence

De plus, la diversit des macroinvertbrs dpend de la fonctionnalit cologique des bandes

2.1.3 Mthodologie dchantillonnage et danalyse

Le nombre dchantillons prlevs varie en fonction de la profondeur maximale du plan deau

2.1.4 Principales espces utilises

2.2.2 Principaux facteurs dinfluence

2.2.3 Mthodologie dchantillonnage et danalyse

2.2.4 Principales espces utilises

De plus, les populations dalgues suivent un cycle saisonnier corrl la photosynthse et la

2.3.2 Principaux facteurs dinfluence

2.3.3 Mthodologie dchantillonnage et danalyse

2.3.4 Principales espces utilises

Le zooplancton se reproduit gnralement au dbut du printemps, lorsque la temprature de leau

De plus, linstar des algues, le zooplancton suit un patron cyclique de distribution

2.4.2 Principaux facteurs dinfluence